7TIMA

Structure of the triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex: an analogue of the intermediate on the reaction pathway
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex: an analogue of the intermediate on the reaction pathway.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Intramolecular oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 88
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 7timA00
4K7YA 4LVGA 4MYXA 3L5LA 3UWWA 1UBSA 3THQA 4Z0JA 5HINA 4DO5A 4UTWC 5AFDA 5AOUA 3L65A 4Y6GA 4OQVA 3W7QA 2VFGA 1SZNA 3EKLA 1VPXA 5AN7A 1KW1A 4XKYA 3QPYA 4YLWA 1OF8A 4IX2A 5DY3A 3TMLA 1THFD 4GUJA 1ONRA 3GKFA 4GUGA 1PVNA 5LGZA 3GB6A 2B0MA 1VHCA 2FFCA 2Y70A 1B3OA 3FEMA 4EIVA 4R33A 2C13A 1P5BA 4MVAA 4O18A 5G5IA 1EA0A 4AF0A 3M41A 3FJ6A 3F1QA 4OE7A 4EWND 2V8ZA 2V2HA 2CZ5A 3OVRA 1FWTA 5KSWA 5I3JA 1ZALA 4NQ1A 3N34A 4AXKA 5C5YA 3RLUA 5FEPA 3S9YA 1ZENA 2Y89A 3LBCA 3B8DA 1X7FA 4LS1A 3DXIA 3CTLA 3IVSA 3G1HA 3NG3A 3UWUA 3MI2A 2EKCA 4O1DA 2WV8A 4AWUA 3NQ8A 2QCNA 1QCWA 4LUIA 2CZDA 1MZHA 4UXDA 3CLMA 4MY9A 3LRLA 1H1YA 2FPVA 2J24A 5D2XA 4IMGA 3UD6A 3QMTA 4TMBA 1I2OA 2H3DA 3WJWA 2VEMA 4UR7A 1IGSA 3B03A 1VJIA 5HULA 3I68A 1PL9A 3NQCA 1OFQA 3LXBA 1XUUA 5HUOA 2QJIA 1N8FA 4UFJA 4B5NA 2V2DA 1I2NA 3SZ8A 3EXSA 2DZPA 3PS7A 1OFRA 2E6FA 4LU0A 3W70A 2H6RA 4MOZA 1LOQA 3TROA 4IMCA 3W2NA 3N9SA 1TTIA 1LBLA 1YTKA 3EB2A 3R2GA 4K6AA 5F2MA 2QUUA 2NWSA 4IJBA 5LKYA 1P0NA 1NFBA 4IMFA 3KRUA 3QM3A 4DELA 3W7JA 1V5XA 2E5CA 1AMKA 2FDSA 5TQLA 1CX9A 3HF3A 1WBJA 3W74A 4POCA 3MHFA 5C2XA 3MW7A 4MKNA 4BWLC 4BI6A 1IXOA 3RMJA 4N9DA 3VE9A 3TIMA 2B7QA 4GJ1A 3B0VC 2ATMA 2DZWA 4RXFA 2GVLA 4PFMA 5IBXA 3R5EA 4UMAA 2H8ZA 4H6KA 4O53A 3BW4A 4HN4A 4O16A 1PE1A 3Q58A 3IGUA 5H91A 4XBSA 3THAA 4WOQA 3P62A 4JY9A 4IXXA 2ZZ4A 3S1XA 1TO3A 2X1SA 1A5BA 2J9YA 1ZHAA 3EX1A 4NXSA 1RD5A 3BLIA 3QH2A 3GDKA 3TSDA 1AW1A 1JCXA 1MEIA 3CEUA 2QCDA 1M7PA 1K8XA 3HMJG 4J9JA 3TH6A 2NX3A 4A22A 2YCEA 4I7WA 3ZFHA 2XN2A 1H61A 3KFTA 1G4PA 4Q33A 2JGYA 3S42A 1ME7A 1NSJA 5KMYA 3QFEA 3MHGA 1RPXA 2V81A 1TPVA 5I3IA 1W37A 3DZ1A 3PUDA 4NJGA 3NYZA 5I3KA 2A21A 3RLVA 4WY0F 1WX0A 5D02A 1LTDA 2A85A 1GEQA 1JCYA 4JS3A 1F74A 4Y9AA 1OG0A 4RX0A 5CZ0A 4KFPA 3U6WA 1IIGA 1VCFA 3A9IA 3A22A 1MSSA 1B9BA 1I2PA 4JIPA 1KBJA 3PVFA 3FYOA 3U8GA 3STGA 2RKXA 5G2WA 2ZA2A 3LB0A 2GQ9A 1F6KA 3PSWA 4JIQA 3RK8A 2VXNA 5AYZA 3O15A 1XC4A 3L9CA 4KFOA 3EWUA 4TX9A 5E1QA 3TCEA 4ADSA 2NUYA 1ZY9A 3RFAA 1OX6A 1XUZA 4ORIA 3VE7A 5LHEA 1A50A 5HR6A 2Y63A 3FOKA 1T96A 5J5DA 1K3UA 3NQMA 5FI8A 2HSAA 1WBHA 2FLIA 4OHQA 5KZMA 4O1CA 5F4WA 3MYOA 3N19B 3R89A 3NZRA 3CIWA 4Z0SA 1ZCOA 2ZZ5A 3OG3A 4K36A 3SY5A 3NL2A 1O94A 1Q6RA 2J9XA 2G5WA 3LCHA 5LGXA 1YXCA 3F03K 3IGXA 5D32A 1PV8A 3IV3A 4JTSA 2EPHA 2F7FA 2OJPA 4PTNA 4XZ9A 4E2DA 4LS0A 1CI1A 1VZWA 2CLEA 2JK2A 1ME8A 2ZRVA 4OT7A 3M0ZA 3PR2A 2CLMA 2YXGA 2C18A 2OX1A 1S3HA 1KM4A 3N9RA 4FEZA 4PL1A 4RJEA 5CG7A 3E96A 1R2SA 2WQPA 4FX8A 2CFFA 3PG9A 3LM7A 4I7VA 3QW3A 1GVSA 1SFLA 2TRSA 3JRKA 2E09A 3QJAA 1ME9A 3R13A 3BK0A 3HG5A 3P80A 1SZGA 3W2JA 4LTSA 3C56A 1MEWA 3M47A 2OZ0A 3G1SA 1Q6LA 1W5PA 4DPPA 2FB3A 2YFNA 1TPFA 3O06A 2A6LA 1SUXA 2Y62A 4QISA 3BLEA 3ATYA 3QYQA 4N4PA 2ZRXA 3W85A 3IIOA 1OVDA 3ABSA 2BZNA 3B0UX 1JCNA 1GPWA 2CLLA 4X2RA 5F4XA 4CCCA 4O10A 2Z0IA 2WSYA 2Q8ZA 1TQJA 1VYPX 2KZHA 1OFOA 4ZQOA 1YDNA 3NPVA 5D05A 5EMUA 4FIQA 1XM3A 3B04A 3EX2A 2QCMA 1TRIA 4UC5A 4QNEA 3EEGA 4HNTA 1Q45A 2B7PA 1FWSA 1VCVA 4MJZA 3TK7A 3NQFA 1QNVA 2YR1A 3ZWSA 5C6MA 3LOTA 1TSIA 3TC6A 3HGRA 4FO4A 1DL3A 3W7OA 1TPH1 4LRSA 2ZFAA 2VFIA 1YADA 3HGJA 2TMDA 4ALDA 3WK2A 1XBXA 1H51A 2GOUA 2E6DA 2E77A 2ABAA 4KWVA 1G7UA 5A8GA 3BV4A 5MHBA 4AEOA 1A5SA 1X1ZA 4WQ6A 5AC8A 1W5NA 3IGSA 4CQAA 1TJPA 3LLFA 6ALDA 5D2WA 3MYPA 4JTJA 4M6QA 4JX5A 3TR2A 3LLDA 3G1AA 4CQ8A 4MIMA 3NNTA 3HPXA 3P81A 3T44A 3CWNA 3TAKA 4S2CA 1M6JA 3W7MA 1BWLA 3EKZA 1PHWA 2WSRA 1K8ZA 3M5VA 2YFOA 5IM51 1R2TA 1FUYA 3N3MA 2P10A 1PIIA 4MLRA 4RV8A 4G1KA 4MZYA 1ICPA 2VEPA 3H53A 1QR7A 3S5NA 4IXHA 4MLJA 3ATZA 3C61A 4NJHA 1R30A 1LM1A 1FQ0A 3NPXA 1NF7A 4IUOA 4JEQA 4UFIA 1OK4A 4CCEA 2V5LA 2B4GA 1WAUA 3ELFA 3PSVA 3DBPA 3DHDA 1RR2A 1TV8A 3KRZA 3LCFA 2W6RA 3MP4A 4KWWA 4OU1A 2PURA 2ISSA 2CW6A 4MZ1A 4PH6A 1FXPA 2Y7EA 1RQHA 4ADUA 2DZSA 5EYWA 4CLMA 5AHMA 1C9DA 4FNTA 5HWJA 1WV2A 3PBVA 4XKYB 1PS9A 1SO4A 4O1BA 5E93A 3GXTA 2ZZ6A 5CPLA 3C8FA 5EL1A 4JDBA 1H62A 1FX6A 3V75A 4UUIA 5DCEA 2I9EA 4WUIA 4O52A 4JTKA 2C16A 5F1VA 2ZTJA 1ALDA 1SZEA 1KV8A 5AHFA 3W1AA 3W7DA 5IBXC 2BTMA 1HL2A 2ZRWA 1B4KA 3IVTA 4ZMGA 2CLKA 2PRLA 4GNJA 3M9YA 2I1OA 3DH7A 4Y90A 4FHAA 3VKJA 3WJZA 5F4SA 3HIJA 4UCGA 1F76A 4WX2A 1O5KA 4XUGA 3TE9A 3IIPA 3SW6A 1C29A 1LZOA 1K8YA 3S5OA 1VYSX 2YYUA 2VEIA 4AB4A 3W7IA 1OFDA 2H90A 5I3GA 1KFBA 3C2FA 3V1PA 3W1UA 4X3ZA 2ZZ3A 4MPQA 1XXXA 3W72A 4NUWA 4ZQCA 2EGZA 3KXQA 3UPBA 1QOQA 3NQ6A 3W1PA 5KZEA 1C8VA 2A6NA 2AAMA 4M7TA 1SO6A 5D09A 1HO4A 5J5RA 3DFOA 1LLZA 2JKPA 2VKZG 2B7NA 2C14A 1LRTA 3B4UA 1MO0A 2W79A 3B05A 4D2JA 2C15A 1HUVA 3GAYA 3BPWA 3VFLA 4HT3A 4MY8A 4FX7A 3NPUA 3GZ3A 4A2SA 3TU9A 4JTEA 3ANYA 4EVZA 2TYSA 1GQNA 1JUEA 3TNOA 2NZLA 3M44A 2EAWA 3ZR4A 3PBWA 4QSHA 1AW5A 3K30A 3W7GA 1BEUA 2WSQA 3MI6A 4WJEA 5FF7A 2GUUA 2A5HA 2XFWA 4PL2A 1FXQA 3A23A 4UTIA 3PBUA 3C2EA 4Z08A 3LCWA 5BRBA 1G7VA 1SW0A 3BO9A 3LXAA 4AWTA 1K7EA 1DQWA 1KFJA 1G67A 4MUZA 3CHVA 5DY2A 4IWWA 3ABQA 4DF0A 1VRDA 2W0UA 2QUVA 2QAPA 2E5BA 1H7NA 1W5MA 1EP1A 2OT0A 4UR8A 1B57A 1ZJIA 5AHIA 1TTPA 3QQ0A 3PAJA 3PG8A 3KVJA 5GVJA 4O50A 3AJXA 2C0AA 2ISWA 3W71A 3A5VA 1QPNA 3PBYA 1HTIA 2TPSA 1KFCA 1FWWA 4GWEA 5KITA 4O13A 3ZS4A 4PODA 2QCDB 3PM6A 2RDWA 3G18A 3DKJA 1L9WA 3P82A 2GVGA 1ICQA 3E0IA 1Q6OA 2PCQA 2QKFA 4E2BA 4NJKA 1TTJA 3MP5A 1O4UA 3LHTA 5K3VA 1LBFA 2JKEA 2VC6A 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1WQ5A 5D30A 4W9TA 1K03A 3P5ZA 3NOEA 1OX5A 1I4NA 1P0KA 3TQ0A 3SSJA 1TPWA 1KLYA 3W3OA 1AK5A 4AWSA 4RXGA 3HBLA 3TJXA 4DBEA 2G95A 1UASA 5A5WA 1DQXA 1G4TA 3O63A 3HJZA 4N9EA 1TPB1 1GVQA 4FF7A 1ZAIA 2YDAA 1RQEA 1QDSA 1KM1A 1YPIA 5EBUA 3BG3A 3UY8A 4PA8A 5CPOA 3TUUA 1VS1A 2AQWA 1J2WA 3OBKA 3HQ1A 1KLZA 2H3BA 2X16A 4IMEA 3L21A 4R7JA 2ZRUA 1RVGA 4HNNA 5K4XA 1UJPA 3GDRA 1P4CA 2PE4A 4O0ZA 4RZ6A 4O15A 3SJ3A 4X9SA 1KFKA 1LLWA 3S1VA 4UTTA 3I7SA 2NV1A 3G3DA 4M7SA 4JXCA 4NX0A 1H7XA 1G6CA 1JCMP 1JULA 2PC4A 2GQ8A 4UMBA 3C3NA 4UTKA 4LVDA 3DFSA 4A21A 2YZRA 3EWBX 3TFXA 3TV8A 5FF0A 5I3FA 3NQEA 2NXHA 1DHPA 2R91A 5D38A 5AC7A 3C2OA 1OYAA 4JTHA 3PY2A 5C54A 4MFEA 4O28A 1NF0A 5FF4A 3C0JA 1W56A 3IIVA 3O16A 4O19A 1VLWA 1GTEA 4IGHA 4RZ5A 3GK0A 2J27A 4BFAA 5HJLA 3P8JA 4FXRA 1XKYA 4A2RA 4O0KA 2RH9A 2RHGA 4Q4KA 4UTJA 4AAJA 5SWUA 4NNCA 1OJXA 5CZTA 3YPIA 4FXSA 1H60A 2NX9A 5HWMA 3T7VA 1YTEA 3LCGA 4RKAA 2FQIA 4R34A 4IX0A 2EHHA 1JRCA 3NL3A 2NUXA 3E49A 3M16A 5G4WA 3DKLA 3IVUA 4WY0A 3RF9A 1OABA 5K2ZA 3GR8A 3O6CA 1SW7A 1T99A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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