7UPJA

Hiv-1 protease/u101935 complex
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure-based design of nonpeptidic HIV protease inhibitors: the sulfonamide-substituted cyclooctylpyramones.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 7upjA00
2BBBA 3QI1A 5KR8A 1GNOA 5AH8A 4R91A 1MTBA 3UCBA 4Y3LA 1A30A 5SY3A 5DPZA 3M9FA 5P07A 2AIDA 5P89A 4CPUA 3BVAA 2WECA 5P14A 1EPRE 1T6GA 4K9HA 1A9MA 2IKOA 5OZBA 5B18A 5P6RA 5P4GA 4B0QA 2RMPA 2XFIA 5P5QA 2WF2A 3L5DA 2ZJMA 1HTGA 4DQFA 4Y6MA 2Q55A 3UQWA 5HE5A 2P4JA 2I4QA 4JP9A 1BAIA 3GI4A 2G24A 2PQZA 3PI0A 5P2TA 4YD7A 5ENMA 5ISKA 5P69A 3ER3E 4Q1NA 4CMSA 1OD1A 3NUOA 5P46A 2V13A 3SKFA 5P2EA 4NJSA 4FSEA 5P47A 5P0OA 5P0MA 3QAAA 4ACXA 3S43A 4FM8A 3BUFA 5OZRA 3UDMA 1WBMA 4Q1YA 1IDBA 2EWYA 5P5EA 4B1DA 5P7GA 5ISJA 3I25A 5P6WA 1ENTE 1E82E 2AOCA 5P26A 4RLDA 3PBZA 5P0VA 3NXNA 5HU0A 5P15A 3O9EA 1BWBA 3PCWA 5P6HA 1FQ4A 1FIVA 4EQ0A 4OD9A 2JXRA 2AOIA 4GJAA 5P5AA 3OK9A 1RQ9A 5OZKA 1G6LA 4BFBA 5SY2A 5P1WA 5P0PA 3S85A 5P6CA 2QHZA 8HVPA 3LNKA 3FIVA 5P29A 3TOHA 2BQVA 1QBRA 5P6TA 1RNEA 1PPLE 4I0EA 5P08A 5KQXA 1TQFA 4AZYA 5P6MA 1LYAA 2QNQA 3I7EA 4LAPA 1KJHA 2HM1A 3ST5A 1DP5A 5OZEA 4D83A 2BJUA 1HEFE 2B8VA 2F3EA 4B1CA 3OY4A 5P8LA 4X2LA 5P1KA 5P4UA 5KR1A 4Y53A 4ZPGA 2R38A 3PHVA 1GNNA 3SQFA 1HSIA 5P2AA 5P02A 5P8KA 1Z8CA 1W5XA 5P0FA 2P3BA 1BDLA 4OBJA 5I3VA 2VS2A 3T6IA 5P0XA 5P8BA 2AOEA 1K6CA 3OU3A 5P7FA 5P0DA 1MERA 1K6VA 2QP8A 5P2LA 1HVKA 1GVUA 1LS5A 3IXOA 3KA2A 4APRE 1G0VA 1B6KA 4Y50A 4AMTA 5P59A 2PYNA 5P1SA 2ZE1A 5P51A 2WEDA 3IVHA 1XN2A 3OADB 4L7GA 3MWSA 5ER2E 4S1GA 3OQAA 2IRZA 2QMFA 4Y4TA 3NR6A 3S2OA 3NUJA 3DK1A 5P67A 3LZVA 2R43A 3O9IA 6FIVA 4H3JA 4XX3A 2R5QA 2JJJA 4NPTA 3KT5A 3EBZA 1OEXA 3RU1A 5F00A 5P6NA 5I3WA 4GJDA 5P76A 1W6IA 4YD4A 2MIPA 5P2GA 5BWYA 3GGUA 5P5KA 3ECGA 1PROA 3PJ6A 5P3GA 4OBZB 4Y3JA 3PWRA 5OZDA 5IS4A 4HLAA 2QI0A 5OYSA 4EYRA 4GJ8A 1EPQE 2VIEA 2QHYA 2OF0A 2FGVA 4Z50A 3UDYA 4I1CA 4QJ8A 3UPJA 3RVIA 4HDFA 4YOBA 3QRVA 2R5PA 4K4QA 4B05A 1NPVA 2VNNA 4K8SA 5P1ZA 1K6TA 1FQ6A 5JFUA 5OZ5A 5P4HA 3K5GA 3R0YA 2B60A 5P1JA 4GJ6A 4U7QA 5KR0A 1IZEA 4J1CA 1FKNA 1LYAB 1QBUA 4Y3GA 5COPA 1FQXA 4OC6A 3O9CA 3L59A 5OZUA 5DQCA 3SAAA 5P35A 4ZPEA 4DJRA 4F73A 2RENA 3LIYA 3DUYA 3GGAA 5P1LA 3CIDA 2QZKA 2HC0A 4Y3FA 1UPJA 4QJAA 5P60A 2OHNA 5P33A 4UPJA 4KE1A 3JW2A 5OZYA 3HW1A 1HVIA 4DFGA 5AGZA 2ANLA 5AH7A 2P3BB 1FF0C 4I0GA 5P27A 5I3YA 1TSUA 3R4BA 5OYZA 1BBSA 4F74A 5UPJA 3ZLQA 3S8IA 5P1BA 4DPFA 1LZQA 5P2XA 3NXEA 3RTMA 5P1VA 2G21A 4J5JA 7UPJA 5P6XA 4KE0A 5P2JA 3IA9A 2R3WA 1A94A 1PSNA 3S56A 4GZFA 5KR2A 2VJ7A 1HSHA 4Y3PA 5SZ9A 1TCWA 4B1EA 2IQGA 3KM4A 4FLGA 1T7KA 3DCRA 3VUCA 4FCOA 4DVFA 4ZSQA 4YE3A 2AZ9A 5P2RA 1SDTA 4HEGA 5P84A 3O9AA 4Y4ZA 1CMSA 3WSJA 3ZOVA 3SA6A 2NR6A 3INHA 3QVIA 1HSGA 3QRMA 4QJ6A 4YHQA 2VA5A 3CYXA 5OZGA 4X7IA 2I4VA 5OYQA 5P6GA 6APRE 2FIVA 5AH9A 1FQ8A 4HDBA 3LZYA 3VSWA 4F75A 5P4TA 2XFJA 3Q4BA 4QJ7A 5P0KA 4J55A 3CKTA 5P05A 3TH9A 5IVQA 4K4PA 4Y41A 1D4HA 4FRKA 3EC0A 1HXBA 5P0YA 4WY1A 3L58A 1EEDP 2ER0E 4Y4EA 4EXHA 4TVHA 1QBTA 5P5IA 3OQDA 2IDWA 2A4FA 5P42A 1EBYA 5P7VA 5P1IA 4PZXA 5P49A 1SDVA 4L6BA 3URLA 3DV1A 3DOXA 4FSLA 2QI1A 2ZJJA 3IVIA 3L5CA 5OZLA 5P80A 4BEKA 5P10A 4Y5PA 5FIVA 3TPLA 3FNSA 4MC1A 5P3EA 4J1HA 5P72A 4Y48A 3SO9A 2IEOA 4LXMA 5P1PA 3FSMA 5P7JA 3VF3A 3UDHA 1D4YA 3QRSA 2Z54A 3O9LB 2ZJKA 1T7IA 3HZCA 3PLLA 3NDTA 5KQYA 2HAHA 1HVLA 3OUBA 5P8NA 3NWQA 2WF3A 5P6AA 5P37A 5P3QA 3F9QA 5I70A 4PPHA 2ZDZA 4LXAA 2QZXA 4Y4JA 2AOJA 2G94A 3LPKA 2IS0A 5P62A 4MC9A 4AA9A 3JVWA 4Y3AA 5IVRA 2FMBA 4B78A 5P5JA 3VFBA 3WZ7A 2QMDA 1EC0A 5OZWA 5P5PA 4Y3QA 3EKXA 3UF3A 3KFRA 2NTRA 3AUPA 4J1KA 5P88A 5P30A 2OHSA 3OQKA 2G22A 3Q70A 3CYWA 2ZJHA 1TW7A 2F81A 2I1AA 4ER2E 2IGXA 1K2BA 5HVPA 1EBKC 3IAWA 1RL8A 5JFPA 5DR3A 5P2KA 2AZCA 3VYDA 5P1QA 4FRJA 1HPXA 2AVVA 3QPJA 4RRNA 4TRYA 5P5HA 5P6JA 3EKQA 5P7OA 5P8UA 1OHRA 3S7MA 3WB4A 5P3OA 1K1TA 5OZQA 4TRZA 4FGXA 4J1IA 5P56A 2HB3A 4LL3A 2BPYA 5P6KA 2CEJA 1BXQA 5P81A 5P52A 5P7AA 5P8EA 2ZHSA 4NJVA 5P63A 4GYEA 4FL8A 2APRA 3TPJA 4EPJA 1HVHA 5P7TA 3LIXA 6UPJA 1AXAA 5P3JA 1AJVA 4GJ9A 1LF4A 3NSHA 1YTHA 5SXNA 5T4SA 2PWRA 3EL0A 3KDBA 2HS1A 3R2FA 5P5DA 5HTZA 2BPWA 1K1UA 1AAQA 5P7WA 5OYYA 5P3NA 5HCOA 3PVKA 4OBFA 5P31A 2P83A 2V11C 2AZBA 1IBQA 1E81E 5P5VA 1HRNA 5P1AA 1G2KA 4Y45A 1AZ5A 5P7UA 4EJ8A 2ZHUA 3INDA 1QBSA 1T7JA 2H6TA 5P2SA 5P7RA 3GI5A 3I2LA 3RTNA 3IXJA 4RCEA 3BGBA 3BUGA 4PYVA 1EPOE 1MRXA 4KB9A 5P5YA 4A6CA 5P11A 3OAGB 2ZJIA 4OBKA 3OHHA 2NMYA 4YOAA 3OU1B 1MIQA 2J9KA 5P1NA 5COOA 1M4HA 3LIQA 3GI0A 3C9XA 5P4KA 4M8YA 4AA8A 5P6IA 1EPME 3OGQA 1GVVA 1AJXA 2QI3A 4DQHA 1EC3A 2RSPA 3ZKSA 1T6EX 2HPEA 2I0AA 3TTPA 3Q3TA 1TSQA 3SPKA 3FV3A 4R5NA 5OZJA 4LC7A 3INFA 4ZEAA 1W5WA 5P32A 5P8GA 5PEPA 4J1EA 5P8CA 2AOHA 3VV8A 4ZE6A 5P4CA 3ZPSA 3BRAA 1FLHA 2WEAA 3VSXA 1YTJA 4Y5AA 4I8ZA 4EP3A 5P6QA 3OGPA 4Y3ZA 5P0UA 2FGUA 1B6MA 1FQ5A 4L7HA 2AOFA 2Q3KA 4J54A 1UH8A 4YD3A 5P4AA 3APPA 5OZ0A 1MEUA 1YT9A 1LYBA 4Z4XA 3DM6A 1SGUA 3K1WA 1EPPE 1NPWA 4BFDA 2BPZA 4EQJA 3UQXA 3K5DA 2BB9A 3H5BA 5P3IA 5P4OA 2JJIA 4Z2ZA 5OZZA 3SA5A 3L5FA 5P83A 4QJ9A 3K5FA 1SBGA 5P57A 3LPJA 4NJUA 1WKRA 4Y5KA 3SM1A 4LHHA 1HBVA 3G6ZA 5P7ZA 3EKVA 2BKTA 3NDUA 5P1TA 3PSUA 3LITA 5BS4A 1LF2A 5P44A 3T11A 2F3KA 2HB4A 5P4EA 3NU3A 5E5KA 5OZFA 4D89A 2QI5A 5P3ZA 1HTRB 1META 1DAZC 5P3HA 4Y3EA 2AVMA 2ZHRA 5P4ZA 3EMYA 4JPCA 5BRYA 3ZPTA 4F76A 2PWCA 5P5FA 2G1YA 2ZYEA 5P2OA 5P71A 3UDQA 1PFZA 5P0TA 2OHUA 1HVJA 1B5FA 5P53A 1APUE 3UDJA 3LIZA 2AZ8A 5P4XA 2Q15A 4APEA 1KJ7A 1E80E 3VV7A 5IVTA 4DV9A 5C9DA 3KDDA 4HE9A 2QHCA 5OYRA 3LINA 5P4BA 4Y51A 5P4MA 5P3AA 5P8VA 4I0IA 4YDFA 4YCKA 5P6EA 2V00A 5P0EA 4NKKA 4I11A 1VIKA 3ZKIA 3I6OA 3L3AA 2A1EA 5KOSA 2FNTA 2OHLA 4ZPFA 4FAEA 1DPJA 3CKPA 5C9BA 5P7YA 4YCTA 3EM3A 4YD6A 2G69A 3OXXA 5OZAA 4YBIA 5P12A 5P7LA 4Y3WA 1MT8A 1MESA 4EJKA 5P4NA 3S43B 3SLZA 4RVIA 2J9JA 2Q64A 5HU1A 3Q5HA 5IVSA 4Y44A 3MXEA 5P2MA 3VCMA 3JVYA 1FB7A 1LF3A 5P2CA 3O9HA 1LYWA 5P34A 1EC1A 1HVCA 1J71A 5P7SA 4AUCA 1U8GA 2OHRA 4Q1WA 5P6UA 2VIZA 2IL2A 2AODA 5OZMA 1F34A 5P0IA 1LYBB 4Y5EA 4OD9B 5P0RA 4GJ5A 1B11A 5P68A 5OYUA 5P2BA 2OAHA 5DQ5A 1RV7A 5P6PA 2RKGA 3PI5A 5APRE 3FNUA 4OBHA 1APWE 1ME6A 1Q9PA 5J25A 1XDHA 2QI4A 1ZTZA 5P1YA 4E43A 5P1CA 5P1HA 5P5WA 5P82A 5P1FA 5COKA 5P6FA 4JPEA 3U71A 5P0HA 3ZPUA 2ZHTA 2R8NA 1A8GA 3PRSA 5P8QA 4Y43A 4ZSMA 2IGYA 3HDKA 2I0DA 1JLDA 2NXDA 3OU4A 3OOZA 5P87A 5IE1A 5P13A 1B5FB 5P78A 2QD7A 5P3CA 2QI6A 1EBZA 1XS7D 2QMPA 5OZ6A 3UFNA 1IZIA 3G72A 5P20A 4FIVA 3L38A 2WF1A 4L1AA 5EZXA 4LP9A 2VKMA 3FX5A 4RYGA 2Q11A 2ASIA 3BGCA 3O9GA 4R95A 2FNSA 3DJKA 5P5SA 1HPSA 1XE6A 2XFKA 4Y5LA 2WL0A 2PYMA 2G27A 5HD0A 4HDPA 2ZJNA 1CZIE 3OOTA 4XXSA 5OZ3A 3UFLA 1IIQA 2CENA 3BVBA 1HVSA 2WJOA 4J0ZA 2F80A 5DR7A 3VF5A 5OZVA 3PSYA 3SKGA 1MRWA 1SIPA 5DR1A 1HHPA 2J9JB 5P2FA 4ER1E 2NXLA 3K5CA 1MT9A 3OTSA 3A2OA 1ER8E 1LYWB 3R1GB 4HVPA 4YDGA 2FS4A 5OZXA 4OBGA 3TPPA 5P2VA 4Y9WA 3TNEA 1BVGA 3QVCA 4B72A 1BDQA 3RSXA 2O4SA 4Y47A 5P2YA 4RVXA 5P45A 5AH6A 3UDKA 5P50A 2G26A 3VG1A 4DQCA 4DJOA 2VJ6A 3L5BA 3UDNA 4CPXA 5KQZA 3CICA 1MTRA 5P55A 1FQ7A 5P8AA 4OC6B 4Y5MA 1ZPKA 3H0BA 3EXOA 2Z4OA 3LZUA 4LBTA 5P16A 1ODWA 3Q6YA 3KT2A 2NXMA 4Y58A 1TZSA 2QU2A 1AM5A 1HIHA 3BC4A 3CIBA 1ZSRA 4Q1XA 2I4WA 5P19A 4BELA 4N00A 3NLSA 1C70A 1W6HA 2F8GA 2FLEA 3N3IA 4WTUA 3OUCA 3PSGA 4NJTA 3OXWA 2PSUA 2G1RA 3NU6A 4DJWA 4Y37A 1OEWA 3OU4B 4FE6A 4Y4AA 2FXDA 5P2ZA 3NU5A 5P7EA 4Z22A 3D20A 3VV6A 2QD6A 5HDZA 1YX9A 5P0AA 5P5CA 5P8TA 4D85A 5P5LA 1K6PA 3TOFA 3K4VA 5P48A 4RZ1A 1BILA 1K2CA 2WEBA 4L1AB 5P25A 4GIDA 5OZIA 1MT7A 4Y4XA 4Y3RA 2UXZA 1MSMA 4J0PA 5P7MA 3BUHA 5C9FA 1HXWA 3QIHA 5OZTA 5OYWA 2V10C 2ER6E 4ZSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BBB A;  3QI1 A;  5KR8 A;  1GNO A;  5AH8 A;  4R91 A;  1MTB A;  3UCB A;  4Y3L A;  1A30 A;  5SY3 A;  5DPZ A;  3M9F A;  5P07 A;  2AID A;  5P89 A;  4CPU A;  3BVA A;  2WEC A;  5P14 A;  1EPR E;  1T6G A;  4K9H A;  1A9M A;  2IKO A;  5OZB A;  5B18 A;  5P6R A;  5P4G A;  4B0Q A;  2RMP A;  2XFI A;  5P5Q A;  2WF2 A;  3L5D A;  2ZJM A;  1HTG A;  4DQF A;  4Y6M A;  2Q55 A;  3UQW A;  5HE5 A;  2P4J A;  2I4Q A;  4JP9 A;  1BAI A;  3GI4 A;  2G24 A;  2PQZ A;  3PI0 A;  5P2T A;  4YD7 A;  5ENM A;  5ISK A;  5P69 A;  3ER3 E;  4Q1N A;  4CMS A;  1OD1 A;  3NUO A;  5P46 A;  2V13 A;  3SKF A;  5P2E A;  4NJS A;  4FSE A;  5P47 A;  5P0O A;  5P0M A;  3QAA A;  4ACX A;  3S43 A;  4FM8 A;  3BUF A;  5OZR A;  3UDM A;  1WBM A;  4Q1Y A;  1IDB A;  2EWY A;  5P5E A;  4B1D A;  5P7G A;  5ISJ A;  3I25 A;  5P6W A;  1ENT E;  1E82 E;  2AOC A;  5P26 A;  4RLD A;  3PBZ A;  5P0V A;  3NXN A;  5HU0 A;  5P15 A;  3O9E A;  1BWB A;  3PCW A;  5P6H A;  1FQ4 A;  1FIV A;  4EQ0 A;  4OD9 A;  2JXR A;  2AOI A;  4GJA A;  5P5A A;  3OK9 A;  1RQ9 A;  5OZK A;  1G6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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