7HVPA

X-ray crystallographic structure of a complex between a synthetic protease of human immunodeficiency virus 1 and a substrate-based hydroxyethylamine inhibitor
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title X-ray crystallographic structure of a complex between a synthetic protease of human immunodeficiency virus 1 and a substrate-based hydroxyethylamine inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 7hvpA00
3UDQA 1ER8E 3OK9A 5P8RA 3OGPA 4Y3SA 5P88A 4XKXA 5KQZA 2I4UA 3NU4A 5P0BA 4Y3RA 4RLDA 2HAHA 5P2OA 4AZYA 4Y35A 9HVPA 2BKTA 3INDA 5P2JA 1FG8C 1SDUA 5P2XA 3SKFA 2O4SA 5P4MA 5P45A 3UHLA 5IE1A 5P1TA 4RYGA 2PYNA 4J1HA 5P49A 5KOQA 2RMPA 5HDUA 3OAGA 2QP8A 2JJJA 1T7IA 4RRNA 5P11A 3NR6A 4B72A 3VV6A 5P48A 5P0OA 4GJ6A 5CLMA 3TPRA 2G1SA 4DI2A 5OZSA 3MWSA 3INEA 5HE7A 3VFAA 4EWOA 4L1AB 5OZCA 3UF3A 1B6PA 4GJCA 1FGCC 4QJ2A 1YT9A 4QJAA 1SMEA 3T7XA 3QS1A 2I4XA 5P5JA 4ZPEA 4KE0A 2VJ9A 5P83A 5P4KA 1SDTA 3CKTA 2I4DA 3SLZA 5P19A 3VYDA 3BRAA 1NPVA 1SP5A 5HU0A 2O40A 5P0EA 2V10C 4WTUA 5C9DA 4CPTA 8HVPA 3NUJA 5DQCA 6APRE 3UQRA 2PSUA 5P69A 3PMUA 2QZKA 1YM4A 2ER9E 5P7DA 5P3CA 1W5XA 5P14A 2FDEA 5P55A 4EP3A 3LZSA 5P7RA 4Y36A 4Y5MA 5P0GA 1MT9A 5P6LA 3IA9A 5CONA 5P4CA 5EZZA 1FIVA 4FCOA 3VF5A 4Y58A 3INHA 3SKGA 3K5DA 1J71A 4RVIA 3ER5E 2ZE1A 2JXRA 2VNMA 3EL0A 3O9GA 1TCXA 3KFSA 1FMXA 3S7LA 2VIZA 4QJ9A 4QJ8A 1T7JA 1YTJA 5OZKA 4EPJA 3LIZA 2A1EA 1HRNA 2ER0E 4L7GA 5P1SA 5COKA 5P60A 5TOLA 5P5MA 3PWRA 3KMYA 3PLLA 2AIDA 4K4PA 3GW5A 1T6GA 4GJ7A 3R4BA 5P8QA 2Q55A 5P4SA 4I10A 3OHHA 3RSVA 1ZPKA 5KQYA 4HVPA 4Q1NA 3VG1A 1LYWB 4RZ1A 3O9AA 2OHMA 3PEPA 3PGIA 3UPJA 3GGUA 4JP9A 1FQ6A 4HDFA 2Q63A 4Y4TA 4JPEA 5P6PA 1FB7A 3TL9A 1LF3A 3T7PA 4D83A 1NPWA 5P8FA 3Q4BA 4Y3MA 3KDBA 4L7HA 1MVPA 3G72A 4GJ9A 5P0SA 5P7JA 4YD6A 1HVHA 2NTRA 5P0ZA 1K2BA 4BFDA 5P54A 1W51A 4X7IA 5OZXA 4JOOA 5P1QA 1W5VA 5P0LA 5P3PA 4Y4UA 5P0MA 1B11A 4TVGA 5P1LA 3UDHA 5P23A 5AH8A 2ZJIA 3ZKXA 4Y5KA 5P1RA 4B05A 2EWYA 3NU5A 1Z8CA 5P6HA 5KOSA 3UQWA 4Y4JA 2OF0A 4DPFA 5AH6A 1JLDA 5OZEA 2G26A 5OYQA 1EBYA 3NXNA 3WZ6A 3EM3A 3O9CA 5HDZA 2AODA 5P7WA 4OBZB 4Y4BA 4RCEA 1AZ5A 5P0AA 1ZBGA 5P5PA 5P87A 4FRJA 5P70A 5E5KA 1B6KA 4ZSPA 3URIA 3IVHA 5P1FA 2QI4A 4Y5PA 3FNTA 1E80E 1D4JA 2V12C 5P57A 3DUYA 2IQGA 1ODWA 1HVCA 5P5RA 3NSHA 1BXQA 4OBFA 3LIVA 4QJ6A 5P28A 4APRE 4Y3EA 5P0JA 4Y3ZA 5P89A 1BDRA 2B7ZA 5P62A 3TOFA 4AA9A 2BKSA 2QD8A 3DCKA 1LYBA 3WB4A 1ZSRA 5P3KA 4DV9A 5OZJA 3EKXA 1MERA 1GKTA 1SIVA 5P8NA 5P3EA 1D4IA 5P5YA 1BV9A 2G24A 5C9FA 1A8GA 1GVVA 2VJ7A 4U7QA 4ZPGA 5P6MA 2QI7A 2R43A 5KQFA 1VIJA 4H3FA 4AMTA 2P3CA 4YD3A 4HDPA 3JVYA 3CYWA 5P00A 1MT7A 5P8MA 5P29A 3S2OA 5P2EA 5P3SA 2R9BA 5COPA 1M4HA 4XXSA 5P37A 2QCIA 5BRYA 4FIVA 3NXEA 5OZ3A 3SA5A 1WBMA 3LITA 5OZ7A 1TSQA 5P2TA 3MSJA 1UH7A 5P84A 3IVIA 5P74A 2H6SA 2G21A 4PEPA 5P59A 4Y3XA 5OZWA 5P4NA 3RTHA 3SQFA 3DCRA 5P2RA 1LYWA 1A9MA 1LS5A 4J55A 4WY1A 5P5VA 4R5NA 2QAKA 1AVFA 4CPUA 5KR0A 5OZ9A 5P5LA 3OQ7A 3LPIA 2WL0A 2WEAA 3OU4B 4K9HA 2XFIA 1EC2A 3ST5A 1HTGA 4B00A 3RU1A 1SH9A 5AHBA 1GVTA 2V11C 2F81A 3EL1A 5DR4A 4PYVA 2WJOA 4R93A 1CPIA 4GMIA 5OYYA 5P8HA 2VJ6A 4APEA 4EQJA 3L5FA 3B7VA 5P38A 2Q3KA 1ZAPA 3O9LB 1HEFE 5OZVA 5P1IA 3L58A 5I3YA 4Q5MA 1BDLA 1YX9A 5ENMA 4NPUA 1YTIA 2O4LA 3OTSA 3PBZA 2OHKA 2BPWA 5OZ6A 1A8KA 3DV5A 3EMYA 5F00A 4H3IA 5P4ZA 4COEA 5P3BA 3NDTA 5OYVA 5P1DA 2AVQA 1XN3A 5P13A 3TOGA 4ZE6A 3KFPA 3PWWA 1TQFA 5OYTA 4IVSA 1WBKA 2ER7E 2FXDA 5P71A 2HPFA 1HEGE 2OHLA 3ZPUA 5P47A 2QMDA 4BEKA 5OZ8A 4CPRA 4LC7A 2P3AA 1K6CA 4J0PA 3DK1A 5P79A 2I0AA 3LINA 1K6VA 5P1UA 2QK5A 3KDDA 3VV8A 7HVPA 4I0FA 4DQGA 3BUHA 2WF2A 3QVCA 2IS0A 4K4QA 3PB5A 4Y4WA 4Y50A 3BGCA 5OYSA 3VSWA 4GJAA 3KFRA 1BVEA 1MESA 3OQDA 2R3WA 1SIPA 3OY4A 3NU9A 4CMSA 5P4AA 1PPLE 4Y5GA 3LZYA 3LPJA 5P6BA 5P8SA 4EXGA 5IVTA 3HLOA 4ZIPA 1SBGA 1HIIA 4RVJA 5P6NA 5P8BA 2G94A 3SA4A 5HE4A 1M0BA 5P6EA 1OD1A 3CICA 1F34A 4LXAA 4Y37A 2OHUA 3R0WA 2O4PA 5P2VA 3OXXA 3WZ7A 1K1UA 4ZSQA 4KB9A 3IGBA 3NDWA 5P7KA 5P5NA 5P2ZA 5P6AA 4LP9A 3RVIA 4Y3GA 2IRZA 5P7EA 1TZSA 4F76A 4RYCA 5SXNA 2NNPA 4Y54A 1HVKA 2FMBA 4FM6A 3TKGA 4B1DA 5KR1A 4JECA 5OZMA 3PCWA 1RL8A 4FLGA 5P77A 4B1EA 5P0KA 2QU3A 2ZJJA 5P1KA 2AOEA 5P2NA 1KJHA 1DW6C 4I0ZA 5P0VA 2BBBA 5P72A 2CENA 4Z2ZA 4Y5LA 3K5CA 4EJDA 2P3BB 4Q1YA 2AOJA 3NDXA 1LZQA 3OXVA 1HTFA 2BPVA 4Y4GA 5P78A 5P32A 3NDUA 2NMZA 2FLEA 5P09A 3QN8A 3MXEA 3FV3A 2B60A 4LXKA 1HPSA 1QBUA 5P5UA 1W5WA 3S54A 2G69A 4ACXA 2R5PA 3ZMGA 3O9LA 3VYEA 1DMPA 2HB4A 5COOA 2XYFA 3VF7A 5P8KA 1BWAA 4YE3A 3TKWA 5P76A 2QU2A 3UFLA 3VV7A 5P4PA 3UDPA 5P86A 3MSKA 4X2LA 5P8AA 3OADB 4I8ZA 1BXOA 5E5JA 3I8WA 4OC6B 1C70A 3BVAA 4FGXA 1K1TA 4YD5A 3I7EA 1FFFC 4DPIA 5OYZA 1HSIA 1PFZA 5P50A 3ZPTA 5UPJA 4RRSA 4OBHA 3PSGA 5P8EA 4CKUA 4Y44A 3MSLA 4UPJA 3L5EA 3EKWA 2APRA 1GNOA 3HDKA 5IVSA 5P02A 2ZYEA 1SDVA 1HVIA 2I0DA 3VLAA 5P08A 4GJDA 5P3WA 5DQ5A 3IXKA 5P2AA 1UH9A 2BJUA 4BELA 3NU3A 4FM8A 5P39A 5P8IA 1BIMA 4EP2A 3SA8A 5P4LA 5P6TA 5DR0A 1XL5A 2R5QA 4ZSRA 4Y3DA 3K1WA 4B77A 4DQCA 5P41A 2FS4A 1BBSA 4HLAA 1IZIA 1META 3SA3A 5P6ZA 1LYBB 3EKQA 3ZKNA 5P7TA 2F8GA 5HE5A 3O9IA 1BILA 1SMRA 1GVXA 3OQFA 5P1VA 1AIDA 5P8VA 3D20A 1MTRA 3D3TA 4B78A 3C9XA 3HW1A 3CKPA 4I0DA 1G6LA 4YD4A 4ER2E 5P3QA 5OZQA 3I2LA 3PVKA 5OZPA 2Q64A 5P65A 5P03A 5P7PA 3RTNA 3NYGA 4L6BA 5P6QA 2G1YA 2XYEA 5P52A 2VNNA 3SAAA 4R8YA 5P53A 5ER2E 3EXOA 4DJWA 5P3NA 4Q1XA 1LF4A 5P31A 4Y3HA 2WEZA 1EBWA 3M9FA 2IGXA 2QI6A 2F80A 4ZSMA 2QD7A 4DQFA 2P3BA 3U7SA 3I6OA 5OZ2A 5P33A 3NWXA 4E43A 2ZHTA 2UY0A 1IVQA 5P1PA 2BPZA 5P1CA 3UFNA 2WF4A 1C6YA 4D89A 1U8GA 2HC0A 4J5JA 2OHQA 3PM4A 3INFA 2J9KA 3N3IA 4RCDA 2IENA 5P0IA 4TRZA 5P18A 2O4NA 3PI5A 5ISJA 4WY6A 3S8IA 5P4VA 2FGUA 4N00A 3ZKQA 5P2FA 3OU3A 4CPQA 5AH7A 4ZEAA 5P1WA 2AOCA 5P5SA 1YTGA 3OADA 4QGIA 4OC6A 2HIZA 5P4OA 1EBKC 1KJ7A 3QROA 3H0BA 3LHGA 4Y3NA 2QNPA 5P5TA 1SGUA 3VFBA 1NPAA 5P27A 4J1FA 4DVFA 4R92A 2FXEA 3UTLA 3CMSA 4OBKA 1EBZA 1W6IA 5DQ4A 5P1NA 5P5ZA 2NMYA 5P6CA 1EPNE 4Y48A 3EKPA 5KQXA 1W50A 4FRKA 1DPJA 3SO9A 5JFUA 4LBTA 2VA6A 5P85A 2WHHA 3R2FA 4U7VA 2QI5A 3PI0A 3T6IA 5P3JA 4ER4E 2AOHA 5OZAA 4DFGA 3AIDA 5P0PA 2JE4A 1IIQA 1EPQE 2BPYA 5P7SA 5P15A 2R3TA 5OZZA 5KAOA 1G2KA 4Y39A 2HB3A 2Q11A 4CPWA 1APUE 3KYRA 4CPXA 2PWCA 3UDYA 2WKZA 1XS7D 3VUCA 1AXAA 5P5GA 2AVMA 3UQXA 3DOXA 1E81E 3VYFA 5HVPA 5P5HA 5P7QA 1EC0A 5JODA 5OZLA 1OEXA 2QHZA 5P2HA 5HDVA 3PWMA 4FRIA 1Q9PA 1PPME 4QJ7A 5P0UA 5EZXA 5P4IA 4NPTA 5APRE 1HVRA 5P6XA 4YBIA 2XFKA 4Y51A 5P2KA 4B70A 3T3CA 3PBDA 4I0IA 4KUPA 5P1XA 5P3MA 4Y3QA 5P3LA 1XDHA 1G35A 1TCWA 1HOSA 5P73A 2QNNA 5P22A 4A6CA 3VSXA 4YBFA 4J0ZA 4DJYA 3EL5A 1RV7A 2ER6E 5P6WA 3LZUA 2Z4OA 3PSUA 3GI6A 4HA5A 5P7IA 4FL8A 4A4QA 5I3XA 5P3GA 1GNNA 2ZJMA 2CEMA 5AH9A 4J0YA 4YA8A 3RSXA 2UXZA 5P26A 3URLA 2AZBA 1HVSA 5P1HA 6UPJA 2QZXA 4D8CA 1BAIA 3T11A 4M8XA 5P4WA 1AM5A 1RQ9A 3FX5A 1MT8A 1ME6A 5IVRA 5I3VA 3UQPA 1EC1A 2I4QA 4Y5CA 4FRSA 3EBZA 4DJVA 1C6XA 3ZKSA 2RKGA 3S85A 1W5YA 5P6SA 2PQZA 5P0HA 4DJXA 3RTMA 1GVUA 1D4KA 3R1GB 3HVPA 1HSGA 1A30A 5OZUA 5OZ0A 1D4YA 5P3XA 1ODXA 2NXMA 5P7GA 2ZJKA 4J0VA 4Y56A 2JYSA 4H3JA 4Y4ZA 5P8TA 3O9EA 5P3HA 2AVOA 3CYXA 1YG9A 1FQ4A 2PK6A 5P0TA 4DQEA 3NUOA 5AGZA 4MC9A 1UH8A 1HBVA 2OHSA 5P5WA 5P68A 1FQXA 3TPLA 1GNMA 2ZHUA 3FIVA 4R91A 3GI5A 2OHTA 3QRMA 5P1OA 5SZ9A 1RPIA 4I1CA 2MIPA 5P80A 5JFPA 5OZ4A 1HWRA 1LV1A 5P2IA 4ACUA 4NJVA 1LEEA 4DJPA 4J17A 3KDCA 2PH6A 3ZOVA 3EKYA 3LIQA 4EJ8A 3SA6A 4GYEA 4Y3TA 1QBRA 4I0EA 3WB5A 2QI0A 5OZHA 5DR3A 5P8GA 5P07A 2NXLA 3OU1B 5DGWA 5P3TA 5P75A 1RNEA 4S1GA 4LAPA 3ZKGA 2JJIA 3HVGA 5P2CA 3VEUA 5P0RA 3BXRA 2BPXA 3L59A 3O9DA 3U71A 3UDMA 3EM6A 2QZWA 4QLHA 5P2UA 1XL2A 1SGZA 3EC0A 3BHEA 4AA8A 5OZFA 2OHRA 5OZ1A 5P8PA 4EJKA 4PPHA 2FNSA 5T4SA 4IVTA 5P5FA 4Y6MA 1E5OE 1BV7A 2IDWA 1YTHA 4Y41A 2WECA 1K6TA 1HVJA 5P7HA 3TOHA 2VA7A 3SPKA 5P8OA 1FF0C 3S53A 1A94A 5P1JA 3OUCA 1EPME 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDQ A;  1ER8 E;  3OK9 A;  5P8R A;  3OGP A;  4Y3S A;  5P88 A;  4XKX A;  5KQZ A;  2I4U A;  3NU4 A;  5P0B A;  4Y3R A;  4RLD A;  2HAH A;  5P2O A;  4AZY A;  4Y35 A;  9HVP A;  2BKT A;  3IND A;  5P2J A;  1FG8 C;  1SDU A;  5P2X A;  3SKF A;  2O4S A;  5P4M A;  5P45 A;  3UHL A;  5IE1 A;  5P1T A;  4RYG A;  2PYN A;  4J1H A;  5P49 A;  5KOQ A;  2RMP A;  5HDU A;  3OAG A;  2QP8 A;  2JJJ A;  1T7I A;  4RRN A;  5P11 A;  3NR6 A;  4B72 A;  3VV6 A;  5P48 A;  5P0O A;  4GJ6 A;  5CLM A;  3TPR A;  2G1S A;  4DI2 A;  5OZS A;  3MWS A;  3INE A;  5HE7 A;  3VFA A;  4EWO A;  4L1A B;  5OZC A;  3UF3 A;  1B6P A;  4GJC A;  1FGC C;  4QJ2 A;  1YT9 A;  4QJA A;  1SME A;  3T7X A;  3QS1 A;  2I4X A;  5P5J A;  4ZPE A;  4KE0 A;  2VJ9 A;  5P83 A;  5P4K A;  1SDT A;  3CKT A;  2I4D A;  3SLZ A;  5P19 A;  3VYD A;  3BRA A;  1NPV A;  1SP5 A;  5HU0 A;  2O40 A;  5P0E A;  2V10 C;  4WTU A;  5C9D A;  4CPT A;  8HVP A;  3NUJ A;  5DQC A;  6APR E;  3UQR A;  2PSU A;  5P69 A;  3PMU A;  2QZK A;  1YM4 A;  2ER9 E;  5P7D A;  5P3C A;  1W5X A;  5P14 A;  2FDE A;  5P55 A;  4EP3 A;  3LZS A;  5P7R A;  4Y36 A;  4Y5M A;  5P0G A;  1MT9 A;  5P6L A;  3IA9 A;  5CON A;  5P4C A;  5EZZ A;  1FIV A;  4FCO A;  3VF5 A;  4Y58 A;  3INH A;  3SKG A;  3K5D A;  1J71 A;  4RVI A;  3ER5 E;  2ZE1 A;  2JXR A;  2VNM A;  3EL0 A;  3O9G A;  1TCX A;  3KFS A;  1FMX A;  3S7L A;  2VIZ A;  4QJ9 A;  4QJ8 A;  1T7J A;  1YTJ A;  5OZK A;  4EPJ A;  3LIZ A;  2A1E A;  1HRN A;  2ER0 E;  4L7G A;  5P1S A;  5COK A;  5P60 A;  5TOL A;  5P5M A;  3PWR A;  3KMY A;  3PLL A;  2AID A;  4K4P A;  3GW5 A;  1T6G A;  4GJ7 A;  3R4B A;  5P8Q A;  2Q55 A;  5P4S A;  4I10 A;  3OHH A;  3RSV A;  1ZPK A;  5KQY A;  4HVP A;  4Q1N A;  3VG1 A;  1LYW B;  4RZ1 A;  3O9A A;  2OHM A;  3PEP A;  3PGI A;  3UPJ A;  3GGU A;  4JP9 A;  1FQ6 A;  4HDF A;  2Q63 A;  4Y4T A;  4JPE A;  5P6P A;  1FB7 A;  3TL9 A;  1LF3 A;  3T7P A;  4D83 A;  1NPW A;  5P8F A;  3Q4B A;  4Y3M A;  3KDB A;  4L7H A;  1MVP A;  3G72 A;  4GJ9 A;  5P0S A;  5P7J A;  4YD6 A;  1HVH A;  2NTR A;  5P0Z A;  1K2B A;  4BFD A;  5P54 A;  1W51 A;  4X7I A;  5OZX A;  4JOO A;  5P1Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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