8LYZA

An x-ray study of the structure and binding properties of iodine-inactivated lysozyme
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title An x-ray study of the structure and binding properties of iodine-inactivated lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 39
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1977-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 8lyzA00
4XN6A 2ZIJA 3N9AA 1IWVA 1HELA 5L3HA 4II8A 1CKCA 4H93A 1HEOA 5DM9A 3A91A 3G3BB 1HERA 4CHXA 4NWEA 1BB6A 1JKBA 5EBHA 9LYZA 2FYCA 2H9KA 1GBOA 4GN3A 1GFEA 4HV1A 1B5YA 1B5ZA 1JTOL 3LHMA 3W6FA 1DZBX 3FI7A 3OJPA 4RLNA 1GBZA 5E4PA 4AXTA 4LFXA 2A7DA 1IEEA 2BQJA 3WH1A 1G7MC 5L3IA 3A94A 1BB4A 4NSHA 1C45A 1LZTA 1DKKA 1LYZA 4HV2A 1IWZA 3D9AC 5I4WA 1LOZA 3WPLA 2DQFC 2HUBA 3J4GA 1UC0A 1JITA 1ZVYB 1XEKA 1E8LA 4DDAA 1HFXA 4ZFPA 3B6LA 1WQRA 1ZV5L 2D91A 4R6CA 2F4GA 4MR1A 1LJJA 1OUBA 1UIAA 1HEWA 1LAAA 1G7HC 3A95A 1GF8A 1JKDA 3CT1A 3HBEX 1FLYA 4G9SA 4TWSA 4DD9A 1GE4A 5LVKA 4MCKA 4QDNA 4NGWA 3W6EA 4ETCA 4WM1A 4O34A 4PPOA 4NSIA 5II3A 1B7PA 1QQYA 1JSEA 1O23A 4WO9A 2MEIA 5B07A 1C08C 5LYTA 4QY9A 1LTMA 1A2YC 4B0DA 2Y8PA 1LPIA 2HEBA 4WO6A 3TXIA 1EL1A 3P64A 3WVXA 4G49A 2BQAA 3LN2A 3RNXA 3TXBA 3AW7A 3TMUA 2H5ZA 5DN5A 4TUNA 1UIBA 1CKDA 1LSEA 1RCMA 3G3AB 3W6CA 2CWIA 2F2NA 1JTPL 6LYZA 4N1EI 3IJUA 2Z18A 1QDTA 1DXJA 2ZNXY 1GDXA 3RT5X 3EO5A 4LT1A 1DI3A 3CSQA 5AMYA 1OUIA 3TXFA 1LZBA 2DQHY 4HJYA 1TAYA 1HF4A 4OOTA 4B49A 4C5FA 5B05A 1GBSA 2GV0A 2LHMA 4ETEA 5HNLA 3W3EA 1DI5A 1GDWA 3LZ2A 5T3FA 1F10A 1REXA 2DQEY 3A3QA 2MEEA 3W6DA 1DPWA 2BQMA 2D4KA 1LZSA 1P2CC 1LHHA 2XJWA 3TXKA 4CFPA 3TXDA 1JIYA 1BVKC 1AM7A 1CJ8A 1J1PY 4H94A 4N0JA 4CJ2A 2ZYCA 1NWGA 4N8ZA 1LKSA 3GXKA 3KAMA 1LCNA 4B4IA 2DQJY 4NGJA 135LA 2LZ2A 4B4JA 2MEDA 1B5UA 2ZYPA 3AGHA 4IJ4A 5HMJA 2EQLA 4HP0A 1ALCA 2HEFA 5B06A 1AZFA 5C6IA 4I0CA 2BQBA 5LYMA 2D4JA 4NHTA 5A3ZA 3WU8A 4BADA 2EKSC 1XGPC 1LJ3A 4W96A 4EMNA 4RW1A 1IWYA 1HEMA 1NHEA 4BS7A 1QUSA 1LZ8A 4NG8A 4DD3A 3TXGA 4NHSA 1LMOA 4J0LA 4NHPA 1YAQA 4NIJA 1DI4A 4J1AA 1LJEA 1QSWA 1ZMYL 2A7FA 4I8SA 4WM2A 3WUNA 1LSDA 1GD6A 2DQAA 2CDSA 3AGIA 4YOPA 4DDCA 2FYDA 3P4ZA 3WMKA 2MEFA 1D0KA 4D9ZA 2LYOA 1YAMA 1C10A 1QUTA 2HEAA 5KKJA 4TX7A 2CGIA 5IELA 3LYOA 2DQGY 5FEKA 1B9OA 4NWHA 2Z19A 3A92A 4GCCA 5KXYA 4H1PA 1IIZA 3ZEKA 4A7DA 2LYMA 1LHKA 1YQVY 5JENB 1HC0A 4HTKA 194LA 3ATOA 4KT3A 1RI8B 4TSBA 1UIFA 5LVGA 1CKGA 1T6VL 1REZA 4LFPA 1FLUA 1NMMA 4Z98A 4J1BA 2G4PA 1IP4A 1LMCA 3N9CA 4H8XA 3A93A 4YM8A 5KKIA 4MSTA 132LA 1D6QA 1GF4A 2N5ZA 4WLTA 4FDYA 3A6BY 4CFOA 4Z3MA 1LKRA 4DD2A 5LINA 1YILA 1IC7Y 1XGUC 4LYCA 4NHIA 2ZQ4A 3RU5A 1UIEA 2FBDA 1XGQC 4TTDA 1JHLA 1OUCA 7LYZA 2HEEA 4GCEA 3ULRA 4NGLA 4ET9A 1OUAA 3QE8A 4LYTA 4YENA 4CGEA 2Z38A 1HMKA 4TSCA 4ETAA 1IWXA 3M3UA 4NY5A 2Z2FA 5I5QA 4ZEEA 4NGVA 1IP3A 1DKJA 1IC4Y 3GXRA 5KXNA 4DC4A 1LSPA 4C3WA 1XEJA 4XYYA 1WQQA 1OUGA 3HBDA 3A90A 4DYGA 1LSCA 2LZTA 3D3DA 1YAPA 3P66A 4WLYA 2BLXA 3W6AA 1BB7A 1GEVA 1QIOA 5LIOA 3WULA 1H87A 1NBZC 1NF5A 1LSGA 5F81A 4WG1A 1GPQC 4H9EA 3P68A 4DWXA 1FLWA 1I1ZA 1UIGA 5F9XA 4PRUA 4LT2A 3WXTA 1LJKA 2YDGA 1LSFA 1YANA 4RW2A 3WL2A 2WARA 1J1XY 1IVMA 1BB3A 1GFTA 5FDJA 1REYA 1LZDA 2DQCY 2DQDY 5FELA 1IR9A 1LZRA 4ZIXA 1IP6A 4H9AA 1VFBC 4NGKA 4LGKA 1LYSA 1KIQC 4NFVA 3SP3A 1KIRC 3WVYA 3AYQA 3TMVA 1IORA 1GBYA 5APEA 1JTTL 2HU1A 1VAUA 4XENA 5KJ9A 2MEBA 1IR8A 2BQNA 1GWDA 5B1GA 1GFRA 4H9FA 4OOOA 1LSBA 2I26L 5B1FA 1LHMA 4WL6A 1EQ4A 3K3TA 5B59A 1YKZX 2BAAA 1IY3A 1D0LA 2BQFA 4XJFA 2H9JA 4DD1A 4H9BA 3RW8A 4LYOA 4NHQA 5I54A 1UCOA 3E3DA 1LJ4A 4HPEA 4WM4A 207LA 2IHLA 3AZ4A 2ZILA 1CJ6A 3WU9A 133LA 1IC5Y 3CQLA 1IWWA 1GE2A 2YBLA 4XADA 1PZYA 5F16A 4PJ2C 1KXXA 1Z55A 2D6BA 1PS5A 2BQEA 154LA 2IFFY 1I20A 5HMVA 5LA8A 1B7SA 1UBZA 1HFYA 1LJNA 1GF5A 1D0MA 4UWVA 1D9UA 1GE3A 1LSNA 4BAFA 3WYHA 5FCPA 3A67Y 4XJHA 1LZ9A 1B5VA 1GFUA 1SLYA 5C6JA 1EQEA 1LMTA 1F0WA 4UWNA 1AKIA 1ZVHL 2Z37A 5I4YA 5M1YA 1YL1X 4AGAA 2BQKA 4G4CA 4RLMA 2G4QA 1HFZA 1B7NA 3B0OA 4NGIA 3AGGG 1GE0A 1HSXA 2W1YA 4NGOA 1TDYA 2HECA 1CJ9A 5LAFA 1CKFA 1DPXA 2HU3A 2W1XA 3LZTA 4WLXA 4HSFA 5ILFA 2XBRA 4H91A 4NEBA 4WM5A 3T36A 1LSMA 1YKXX 2ZNWY 1JUGA 1VEDA 1XGRC 5LA5A 4LZTA 1JJ3A 5DN4A 3AW6A 4EOFA 1AT5A 1AT6A 4M4OA 1LYOA 1RFPA 4FJRA 1JEFA 4OW1A 1BWJA 1VDTA 3CB7A 1LJFA 2Z12A 1T3PA 3AZ5A 1GXV2 2BPUA 5DLAA 2VB1A 1GB6A 5KXSA 4OWHA 5F9UA 1GEZA 2YBNA 5L9JA 1GFAA 4PHIA 1GAZA 1OUHA 1GB5A 1GF0A 1LZGA 1IP2A 4GLAA 5APFA 1B7QA 1A4VA 3FE0A 4H8ZA 5KXPA 4DDBA 5A3EA 1QDRA 2HEDA 1H6MA 4GN5C 3LYMA 1TEWA 5E9RA 1GB2A 5IDDA 1KXYA 2EIZC 2W1LA 1B7RA 1LZCA 2YBHA 3VWOA 5APCA 1GF6A 4L41A 5K7OA 2RSCA 1JPOA 1LZAA 3AZ6A 5FSTA 1IP5A 2Q0MX 4B4EA 2LYZA 1HEPA 1LMPA 4N1CC 1FLQA 1OUJA 2YBMA 3EXDA 4NSJA 1RE2A 1WTNA 1NBYC 3MGWA 1IO5A 1GB7A 2AUBA 1VDQA 2CJLA 4H92A 3HBHA 4X3BA 4YEOA 1WVUA 3WPJA 3A34A 3BKHA 5I4XA 5KXZA 1GBXA 4HJZA 1GHLA 1BVXA 4G4BA 8LYZA 4GCBA 4KL7A 1UUZC 4W94A 4DT3A 4N5RA 4H9IA 2C8OA 1XFPL 3IJVA 1JKAA 4KPMA 2Z2EA 4IATA 1OUDA 4IASA 1YIKA 1W08A 2G4NA 4KXIA 4YEMA 134LA 1I56A 1XSFA 1GFVA 1IP7A 1REMA 4WOAA 1UACY 4P2EA 4H8YA 1IOQA 1LSAA 2FBBA 4OWBA 1B7MA 3ATNA 3ZVQA 1GFJA 1IWUA 1HEQA 4H9HA 2Z39A 1XEIA 3N9EA 4GLVA 3AZ7A 1INUA 4R0FA 2F4AA 1NDMC 1QTKA 5LXWA 1WVVA 1BB5A 2MEAA 5LVJA 2BQLA 1LMAA 1HHLA 3B0KA 1OQMA 208LA 1GF9A 1YAOA 3M18B 1G7IC 4LYZA 1YKYX 3AJNA 4Z41A 5KXRA 5HLLA 1LZYA 3A8ZA 1GFGA 1OUFA 1TBYA 1LZ4A 1VDSA 1WQOA 4J7VA 1J1OY 1KIPC 4XJIA 1B0DA 1B7OA 3A6CY 5APDA 1OP9B 2DQIY 4BAPA 4QEQA 1UIDA 2I25L 5DL9A 4UWUA 1BQLY 2D4IA 3HFMY 3WUAA 1B5WA 1GE1A 1JJ1A 4U3XB 4LT0A 1DQJC 3RZ4A 5ILCA 1TCYA 1CKHA 1LZNA 4WMGA 1FKVA 3WW5A 4HTNA 1LHLA 4GN4A 1W6ZA 1IR7A 4RDSA 1YROA 1LHIA 2HTXA 3EBAB 1HNLA 4NG1A 2BQOA 3OK0A 5LVHA 4XJGA 3TMWA 1GF7A 2YVBA 5KXMA 1LZ5A 1LJGA 1EQ5A 1G7LC 1QSAA 1GFKA 1F6RA 2DBTA 4WL7A 1JJ0A 4WLDA 2B5ZA 4LT3A 3WUMA 1BWHA 1VATA 5D5CA 3ZVQB 1IOSA 3A96A 2MEGA 3WW6A 2W1MA 1MELL 4M6DA 4YF2A 1GB9A 1LMNA 4OWCA 3A3RX 1RJCB 3TXJA 1WTMA 1LHJA 1LZEA 2BQDA 2EPEA 4H9CA 4HTQA 3WXUA 3WU7A 4E3UA 1XGTC 1LYYA 3B0IA 1FBIX 1V7TA 3P65A 4OWAA 1D6PA 1IWTA 1C7PA 3QY4A 2YBJA 2ZWBA 3BKVA 5FHWA 4Z46A 5KXOA 1V7SA 2ZQ3A 2BLYA 1FDLY 4WG7A 4B1AA 1LJHA 4N9RA 4DD7A 3B72A 1GFHA 4XJBA 4QGZA 4G4HA 3IWRA 5D5FA 5I53A 2YSSC 1GB8A 4WM6A 5LYZA 5C6LA 5LAGA 1WQPA 1YL0X 2BQHA 1GXXA 2XBSA 5HQ1A 1OUEA 1G7JC 3T6UA 1MLCE 1LZ6A 1LSYA 2MEHA 1VDPA 1JKCA 2X0AA 4PRQA 1GBWA 2YBIA 4GCDA 4ANRA 4ET8A 5KXTA 1IX0A 4HJVA 1KXWA 3AB6A 2BQCA 5KXWA 3TXEA 1LSZA 1FN5A 5F14A 4H90A 3J6KA 1BWIA 1SQ2L 1F6SA 1NDGC 1FKQA 193LA 2PC2A 2F30A 3LYZA 5IHGA 6LYTA 1C46A 1UIHA 3TXHA 3QNGA 153LA 4NGZA 2ZIKA 3TMXA 5KY1A 1IY4A 1N4FA 1B7LA 4WM3A 5KXXA 3LYTA 1CNSA 1JSFA 3WPKA 1GF3A 1IOTA 1B5XA 1IOCA 1HENA 5KXLA 1JISA 1QTEA 4LYBA 1WQMA 3CSZA 4ML7A 4DD0A 3CT0A 1NKHA 1HMLA 1CJ7A 2MECA 5HNCA 5KXKA 5LVIA 4ETBA 1BGIA 1GB0A 1JWRA 1HSWA 3CSRA 4GCFA 5J7CA 4NSGA 1C43A 1B2KA 2C8PA 1LZ1A 1NQIA 2BQIA 1WQNA 4ETDA 3F6ZA 2XTHA 4LYMA 4OWEA 1GAYA 1LJIA 2BQGA 4HPIA 2DKVA 1LMQA 1BHZA 1IP1A 1UA6Y 2I6ZA 1GB3A 4PGJB 3W6BA 4XJDA 2NWDX 4NGYA 3CT5A 3EMSA 1UICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZIJA 231LA 1CKCA 4W58A 4H93A 1HEOA 3GUPA 5EBHA 9LYZA 1LPYA 1GBOA 1C6FA 3LHMA 4I7PA 129LA 3HH4A 3OJPA 5E4PA 4DQ7A 2BQJA 1G7MC 1C45A 2RB1X 225LA 1C67A 209LA 1C6BA 247LA 235LA 4ZFPA 4MR1A 1L16A 1OUBA 1LAAA 1GF8A 1FLYA 4G9SA 1L33A 5LVKA 4MCKA 3W6EA 1C60A 1L79A 4B0DA 1LPIA 128LA 3P64A 2BQAA 171LA 3RNXA 3AW7A 5DN5A 1UIBA 3G3AB 1LSEA 1RCMA 256LA 1P6YA 3HT7A 2Z18A 1DXJA 1L97A 1T8AA 1K28A 1L52A 1OUIA 1CV4A 4HJYA 228LA 2RBNA 4B49A 114LA 236LA 5T3FA 2DQEY 4CFPA 2XJWA 1LHHA 143LA 4N8ZA 1LKSA 1QT5A 1LCNA 2LZ2A 1ZURA 2ZYPA 1G0GA 1ALCA 2HEFA 5B06A 4I0CA 3CDTA 2D4JA 5A3ZA 2EKSC 3C8QA 1LJ3A 4EMNA 1HEMA 1NHEA 1L81A 1QUSA 1L90A 3TXGA 4NHSA 1DI4A 1LSDA 2MEFA 1D0KA 1C6MA 5KKJA 3HUAA 1QUTA 1OVJA 1L95A 206LA 4H1PA 1IIZA 1QS9A 2LYMA 1LHKA 1D2YA 1LYJA 3C7YA 3C82A 2O79A 3HDEA 1NMMA 4Z98A 2G4PA 165LA 1L59A 3N9CA 3A93A 216LA 4YM8A 4MSTA 148LE 1L69A 254LA 3HT8A 4PK0A 4Z3MA 1CV3A 1LKRA 1P36A 211LA 1KNIA 2FBDA 7LYZA 166LA 4NGLA 4ET9A 4CGEA 3M3UA 3V2WA 1IP3A 3GXRA 5KXNA 3C83A 1GEVA 3WULA 1NBZC 185LA 1DYFA 1XJTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XN6 A;  2ZIJ A;  3N9A A;  1IWV A;  1HEL A;  5L3H A;  4II8 A;  1CKC A;  4H93 A;  1HEO A;  5DM9 A;  3A91 A;  3G3B B;  1HER A;  4CHX A;  4NWE A;  1BB6 A;  1JKB A;  5EBH A;  9LYZ A;  2FYC A;  2H9K A;  1GBO A;  4GN3 A;  1GFE A;  4HV1 A;  1B5Y A;  1B5Z A;  1JTO L;  3LHM A;  3W6F A;  1DZB X;  3FI7 A;  3OJP A;  4RLN A;  1GBZ A;  5E4P A;  4AXT A;  4LFX A;  2A7D A;  1IEE A;  2BQJ A;  3WH1 A;  1G7M C;  5L3I A;  3A94 A;  1BB4 A;  4NSH A;  1C45 A;  1LZT A;  1DKK A;  1LYZ A;  4HV2 A;  1IWZ A;  3D9A C;  5I4W A;  1LOZ A;  3WPL A;  2DQF C;  2HUB A;  3J4G A;  1UC0 A;  1JIT A;  1ZVY B;  1XEK A;  1E8L A;  4DDA A;  1HFX A;  4ZFP A;  3B6L A;  1WQR A;  1ZV5 L;  2D91 A;  4R6C A;  2F4G A;  4MR1 A;  1LJJ A;  1OUB A;  1UIA A;  1HEW A;  1LAA A;  1G7H C;  3A95 A;  1GF8 A;  1JKD A;  3CT1 A;  3HBE X;  1FLY A;  4G9S A;  4TWS A;  4DD9 A;  1GE4 A;  5LVK A;  4MCK A;  4QDN A;  4NGW A;  3W6E A;  4ETC A;  4WM1 A;  4O34 A;  4PPO A;  4NSI A;  5II3 A;  1B7P A;  1QQY A;  1JSE A;  1O23 A;  4WO9 A;  2MEI A;  5B07 A;  1C08 C;  5LYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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