9HVPA

Design, activity and 2.8 angstroms crystal structure of a c2 symmetric inhibitor complexed to hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Design, activity, and 2.8 A crystal structure of a C2 symmetric inhibitor complexed to HIV-1 protease.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 9hvpA00
4Y4BA 1EBWA 4B77A 1VIKA 5BWYA 3GI6A 5P0RA 5P12A 3TOGA 1TZSA 1XE5A 5P48A 5P70A 3IVHA 1PSAA 4QJ8A 2ER9E 2QHCA 4EPJA 1EAGA 3D1ZA 3VG1A 4OBKA 2QZKA 1W5WA 1YT9A 5P1EA 4K9HA 3SA6A 5BRYA 4J5JA 4OBZB 3QVIA 2QMDA 3KM4A 5P3GA 2HS2A 1W6IA 1WBKA 5P7QA 4YD7A 5HU1A 2XYFA 3OTSA 2QAKA 3UDNA 5P5OA 2QZLA 5DR0A 3KMYA 5P5CA 5P4GA 1PPME 1F7AA 2WHHA 4Y3WA 2V12C 3CMSA 5IVQA 2PMAA 4BELA 4NPTA 5P4RA 5P7JA 1B6LA 2OF0A 5OZ2A 5P4EA 4Y4AA 3QRMA 2IGYA 3BRAA 5P6LA 3SA4A 5P3CA 2IS0A 5P57A 1EC0A 5DR4A 4CPWA 3URIA 4FCOA 3PMYA 5AH9A 1META 5P76A 4B1EA 2ER0E 3KA2A 4J0PA 1FKNA 5C9DA 5P1GA 4FAEA 3LIYA 3BVAA 3OHFA 2BKSA 5P4DA 2HAHA 3ER3E 4Y4EA 1FMUA 4DJYA 4ZLSA 5P2TA 1ZLFA 5P7VA 4GJDA 3UDYA 5OZQA 2F8GA 2PQZA 1OEWA 5OZCA 3GGUA 2OHSA 3IVIA 5OZDA 2PC0A 5AH7A 1EPPE 4F74A 5P7CA 1EC2A 2VIZA 5ER1E 5P38A 5P6CA 1HVKA 3URJA 1WKRA 5DGWA 5HE5A 1HVHA 5P7MA 4PZXA 2BPYA 3VF7A 5P4LA 3PM4A 5P5LA 3LPIA 3VEUA 5P49A 2IKUA 4H1EA 4I0JA 5P8BA 4DH6A 3SKFA 2JYSA 1MVPA 5P2DA 2G94A 2NNPA 3MXDA 1OHRA 4RVIA 5I3VA 1FFFC 1MTRA 5P19A 4Y54A 2P3BA 5P4ZA 1A9MA 3FX5A 5DQ4A 4Y48A 4ZPFA 2BKTA 3EL1A 2BJUA 2F3FA 3PEPA 3EKVA 5P51A 4Y37A 5P8FA 1E82E 1AAQA 3NU4A 4HLAA 2UY0A 3DM6A 3O9LA 5P8OA 5P5NA 2RSPA 3VLAA 3URLA 1EPOE 5OZVA 5P2KA 3ZOVA 5C9BA 5P6FA 2APRA 2NXDA 4PHVA 5OYRA 2AOEA 1SIPA 2B7ZA 5P6GA 3EKXA 5P4VA 4Z50A 4HDFA 5P0FA 3L5DA 1A30A 4Y5LA 5P44A 4YDGA 1PPLE 4WTUA 5P2ZA 5P40A 2FXEA 1SP5A 2IDWA 3AIDA 4RRNA 4LXAA 5OZ1A 5P3XA 1B6JA 5P3KA 5P5PA 3OOTA 4XXSA 3IAWA 3KMXA 1A8KA 1HWRA 5P3RA 4FRJA 3K4VC 5P3IA 3NU6A 2BPVA 4L7JA 2WF3A 5P2MA 2O4KA 5P2JA 5DR3A 5HDZA 3VSXA 5P30A 5P2OA 3KF0A 3RVIA 4IVSA 4TRYA 5P72A 2CEMA 1YX9A 3LZVA 5DPZA 5IVRA 4QJ7A 4LAPA 4X2LA 1LYBA 1MT8A 2ZHUA 3T7PA 1F34A 2WEDA 3SLZA 5P0UA 3Q3TA 5P1LA 3KN0A 5P7ZA 3MXEA 1NPVA 5JFPA 3IN3A 3NSHA 2QMGA 4JPEA 3PLDA 1EBKC 4JP9A 3LPJA 4CP7A 5P5HA 3LZUA 1D4KA 3UDJA 2FDEA 2I4XA 3GI5A 2AVVA 2WJOA 3EMYA 5P6IA 4I0HA 5DQ1A 3PJ6A 3ZMGA 5P43A 3HLOA 4Y5BA 1WBMA 4XKXA 5P6NA 3RSXA 4QGIA 1EC1A 2OHRA 3SFCA 5P4UA 1ER8E 4L1AA 2QI0A 4D8CA 3KYRA 4B1CA 3VV8A 5DQ5A 5JFUA 5P04A 3HAUA 3MWSA 4NJVA 1J71A 3S45A 1PSOE 4JOOA 3OUBA 2B60A 5OZ5A 1GNNA 1XE6A 5P66A 1MEUA 2FDDA 5I3XA 3O9FA 5HCOA 5P8SA 2XYEA 4CPUA 4MC6A 4D89A 5P2BA 3OU1A 1SMEA 5B18A 2WEZA 1UH7A 1TCWA 5P31A 1B6PA 5P1WA 1BVEA 4Y43A 2JXRA 5KR0A 4FS4A 2VIEA 5P2IA 1AJVA 4DPFA 5P80A 5P65A 5OYWA 5P50A 5P5SA 1FQ4A 3RTNA 4Y4ZA 3JW2A 4OBDA 5P25A 3DOXA 4Y5GA 2R8NA 1QBSA 5P3JA 2B7FA 3UF3A 3NWXA 4Y3PA 1K6PA 4J54A 4EXGA 2H6SA 4RROA 3MSLA 1IBQA 3RTMA 1HIHA 3TTPA 1SGUA 2ZJJA 5HTZA 5P8DA 4ACXA 4YOAA 4PYVA 1ZAPA 4OBZA 5P6YA 4HE9A 5P5ZA 3EKTA 5P27A 1HIIA 5P1AA 4U7QA 5P5MA 2IKOA 4YD5A 5P73A 5P2LA 2I0AA 1K2BA 4MC1A 2VA5A 5P08A 3LNKA 5P86A 3ECGA 3UDPA 2UPJA 3AUPA 1JLDA 1LS5A 5P3PA 6UPJA 1BDRA 4M8XA 2QD6A 5P41A 5OZNA 5P4KA 4Y3HA 3NU9A 2AVQA 1U8GA 3M9FA 3LINA 3OXWA 5P0XA 4Y4WA 1M43A 1PPKE 3SA7A 3NDUA 3OUDB 5KQFA 2P8HA 3L38A 3O9AA 2RKGA 4I8ZA 3UCBA 2HC0A 4DQEA 3Q6YA 3VFAA 1B5FB 1YTJA 1DPJA 1LYAA 4FM7A 4Z4XA 5P8LA 4YBFA 1W50A 5P13A 2QU3A 2Z54A 3FNUA 3LIVA 1IZIA 1NPWA 1B6KA 4LXKA 1HIVA 1MT7A 3APPA 1G2KA 1TSUA 5SXNA 5P8TA 4GJBA 1W5XA 1MERA 8HVPA 5P0DA 5P1ZA 1GVVA 1FG8C 3D1YA 3UQPA 3CKRA 3CIBA 3UDHA 4WY1A 1T7IA 1KJGA 5P6UA 1LEEA 3OQFA 5P0IA 1QBTA 4PZWA 3ZPTA 1K6TA 4EJ8A 3NUOA 5P7FA 3DJKA 4FE6A 3IN4A 3KT5A 3INDA 5P00A 5P1PA 1HVIA 2WF0A 5P7KA 5P5EA 2QD8A 4H3FA 5P53A 5KQXA 3OQAA 1QRPE 2OHNA 5P1VA 3SA8A 3OGPA 2FDPA 2AOHA 3NU3A 1W5VA 4Y5NA 3QPJA 2ZGAA 4J0ZA 4ZE6A 5P7DA 3O9BA 5OYUA 2I0DA 4Y3TA 3NXNA 4WY6A 3T6IA 3UQUA 1MUIA 2QI1A 3UQRA 4Y3QA 1AM5A 2AOCA 5P4MA 3K5CA 3UQWA 5P6ZA 3VCMA 1IZHA 5P07A 3GGAA 3CYWA 4RYCA 4D85A 4Y3DA 5P05A 3O9HA 4LHHA 3NR6A 2HPEA 5OYSA 1FGCC 2ZJNA 2IRZA 2UXZA 5P1SA 2IL2A 4CPRA 4F76A 4DVFA 1LYWA 3O9GA 5OZ3A 3GI4A 3JVYA 5P61A 1BDQA 5P5IA 3C9XA 4Y51A 4ZSPA 3TPJA 2VA7A 2B8VA 2FNSA 5I3YA 3OTYA 5TOLA 4FSEA 5P4XA 3LPKA 3NUJA 5SY3A 5HD0A 1OD1A 4Y39A 3R2FA 3S7LA 5OZ4A 1APWE 2I4UA 2VIJA 2O4SA 1XS7D 5P10A 2ZJLA 4RLDA 4HZTA 1K6VA 2AOFA 5P62A 4L7GA 5P85A 1AXAA 3EM6A 5P42A 1TCXA 5OZTA 2WECA 4UPJA 1BIMA 5P1JA 2XFJA 4Y45A 3K1WA 1XN3A 5P8MA 4PPHA 2P83A 5P59A 3VUCA 2ASIA 4IVTA 3OQDA 3ZPSA 1FQ5A 3VF3A 3BUFA 4CPTA 2R38A 5P1IA 5AHCA 1D4LA 4EWOA 4EHCA 3MSJA 4BFBA 4YA8A 2F81A 1PSNA 2Q54A 2VNMA 4EXHA 1UPJA 3OQKA 1D4IA 1Z1HA 1PFZA 3F9QA 3O9DA 4F73A 5P4QA 3K4VA 5I3WA 2O4LA 2V10C 2Q15A 1LZQA 3GGVA 5HDUA 2ZE1A 3EL0A 3U7SA 2PH6A 5P75A 4I11A 7UPJA 5OZLA 3EC0A 1LYAB 3OU4B 3ZKSA 5P7BA 4Z2ZA 5OYZA 2ZDZA 2OHPA 5P1CA 5P7YA 2G27A 5P4CA 1HVRA 4M8YA 4L7HA 4YE3A 1C6ZA 4Y5AA 2G1YA 4Y3MA 3I25A 5P3QA 1ODXA 5P1MA 2QI6A 1KJHA 5P7WA 4DQCA 1PROA 4A4QA 2QHZA 2NXLA 1CPIA 3SA9A 3SABA 1GNOA 3LIZA 2QNPA 1KJ4A 1SBGA 4YHQA 2VJ7A 3G6ZA 1B11A 5P8EA 1HOSA 1ZSRA 2H6TA 2V0ZC 5P0BA 4DQGA 3D91A 1YTGA 1HVJA 3D1XA 2OHQA 3QRSA 5P0TA 5F00A 5COOA 3HVPA 4Y53A 5P2WA 1NSOA 1IDAA 3QS1A 1TW7A 4FRIA 1TQFA 1FIVA 5P7SA 3CYXA 2PYNA 4I0GA 2IGXA 3R4BA 3G70A 5KAOA 5P37A 3TNEA 1APTE 3UDKA 2I4QA 4Y3SA 3OAGB 1FMBA 1HSHA 5AHBA 1KJFA 3ZLQA 5E5KA 3PWWA 2FIVA 2VKMA 5P68A 5P0ZA 3OU3A 1HEFE 2J9JB 3QN8A 4Y3ZA 5P0MA 5P39A 2V11C 3PI0A 3TOFA 3PLLA 4I0DA 3OUDA 5KOSA 1D4JA 3PHVA 1LYWB 4D88A 5P6QA 4DJVA 4EYRA 5P81A 5HE7A 5P3FA 2FXDA 1B5FA 4Y35A 1QBRA 5P58A 3GI0A 3L5BA 5UPJA 2VIYA 3QBFA 3INEA 2BBBA 2ZJMA 1HVSA 3CICA 5P64A 1GVUA 1MPPA 4Y38A 5P2GA 5OZXA 3S53A 4OBJA 4B05A 1NH0A 5P3LA 1LF3A 4FL8A 1G0VA 3DCKA 2BPZA 4YOBA 1OEXA 5JODA 4R5NA 3KT2A 3ZKIA 3H0BA 3KFSA 3BC4A 5P7UA 2PSGA 5HE4A 1ZTZA 2WF2A 2G22A 3IGBA 2G24A 2FGUA 2BB9A 4TVHA 4EJDA 2G1OA 3NXEA 1QBUA 1C6YA 2VJ9A 5P3AA 4RVXA 3FIVA 4TRWA 5P4JA 1MRXA 5P8PA 2JJJA 2J9KA 1EBYA 2EWYA 3EKPA 2JJIA 3ZPUA 3HD8A 2AODA 3LZSA 4J55A 5HDVA 5P8CA 2G26A 1RPIA 2OHKA 2AZ8A 2HM1A 5P0GA 3BUHA 5EZXA 3L3AA 3ZKQA 3BUGA 4F75A 3L5EA 5P17A 2PK6A 3VYFA 4EQ0A 3INHA 5COPA 5OZ7A 4GJ8A 4J0YA 4QJ9A 4R92A 2Q11A 5P71A 3PB5A 3S8IA 1D4HA 3UDRA 5P0QA 2AVSA 1HTEA 5P2HA 2B8LA 2QZXA 5P4IA 2PWCA 3RSVA 4ZSRA 2AVMA 4I0ZA 3KFPA 4GJAA 4ZEAA 1T6GA 5P0WA 1EBZA 4LC7A 4HDPA 5OZEA 4CPQA 3QRVA 5HU0A 4APEA 2HB3A 2Q3KA 4Y9WA 4TVGA 2Q5KA 5P2CA 1CZIE 2IQGA 4Y3AA 4Z22A 3RU1A 5P16A 2IEOA 2Q63A 1Q9PA 5OZBA 2BQVA 3SM1A 1D4YA 4Y3YA 5OZYA 1T3RA 2QNNA 1GVWA 5P74A 5P60A 1K2CA 4Q5MA 4Y4DA 3ZKGA 4DJRA 4Y5EA 1ZBGA 3VF5A 3VV7A 3EL5A 5P7AA 1FQ6A 2HPFA 1MSMA 1C6XA 1XDHA 3UTLA 5P26A 1ENTE 5ENMA 4K4RA 5P6KA 3BGCA 3O9CA 1W51A 5P6WA 5P1FA 3QVCA 4FAFA 1HHPA 3QROA 4Y5MA 4HVPA 4MC2A 5P6DA 4Y5PA 2F3EA 5P77A 3OXCA 5OYYA 2OHLA 2RENA 4EP2A 2ZHSA 5P36A 3VYEA 4GJ7A 3OGQA 4GJ6A 5P4TA 5P6BA 3SKGA 3CKPA 1NPAA 5P8HA 5P8GA 3TPRA 3ZKMA 2FLEA 4Y47A 1BAIA 1IZDA 5P6SA 4GB2A 3HBOA 5P29A 5P4AA 5P3EA 5OZJA 4GJCA 5OYXA 4Y3GA 3H5BA 1MESA 4OD9A 2IENA 3S2OA 4KB9A 3OU4A 5P2NA 5P1BA 4DJOA 3EM3A 1BVGA 1LF2A 4QLHA 3K5GA 5ISKA 2F80A 2P3AA 3L5CA 3K5FA 4OBHA 1FFIC 3PBZA 3N3IA 4GIDA 5P4NA 5P88A 5OZRA 4DFGA 4B1DA 1IVQA 3ZKXA 1UH8A 4NJSA 1ZPAA 2G21A 4ZPEA 5P7EA 5EZZA 1SDTA 4LP9A 2G69A 2P3CA 3T11A 5P78A 3I8WA 5SY2A 1FG6C 5P20A 5P7TA 5P56A 2AOIA 2G1NA 5P2XA 4U7VA 3EBZA 4Y4UA 5ENKA 5P0LA 4Y36A 1AIDA 1M4HA 4HDBA 1RQ9A 2PYMA 1EPRE 5BS4A 5IE1A 5P3WA 2PSUA 3FKTA 5P22A 3PCZA 2P4JA 4S1GA 4J1FA 5P1TA 5P6TA 5P6VA 5P55A 2R9BA 3NWQA 5OZAA 2VS2A 5P79A 5COKA 2VNNA 1DMPA 5OZPA 1W5YA 5P2QA 5KQYA 4B70A 5KR2A 5IVTA 1K1UA 6FIVA 4Y3FA 3T3CA 5HCTA 2NPHA 2R5QA 4COEA 2FS4A 5KOQA 4APRE 4I1CA 5DGUA 1APUE 5DR8A 4RZ1A 4Y3RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4B A;  1EBW A;  4B77 A;  1VIK A;  5BWY A;  3GI6 A;  5P0R A;  5P12 A;  3TOG A;  1TZS A;  1XE5 A;  5P48 A;  5P70 A;  3IVH A;  1PSA A;  4QJ8 A;  2ER9 E;  2QHC A;  4EPJ A;  1EAG A;  3D1Z A;  3VG1 A;  4OBK A;  2QZK A;  1W5W A;  1YT9 A;  5P1E A;  4K9H A;  3SA6 A;  5BRY A;  4J5J A;  4OBZ B;  3QVI A;  2QMD A;  3KM4 A;  5P3G A;  2HS2 A;  1W6I A;  1WBK A;  5P7Q A;  4YD7 A;  5HU1 A;  2XYF A;  3OTS A;  2QAK A;  3UDN A;  5P5O A;  2QZL A;  5DR0 A;  3KMY A;  5P5C A;  5P4G A;  1PPM E;  1F7A A;  2WHH A;  4Y3W A;  2V12 C;  3CMS A;  5IVQ A;  2PMA A;  4BEL A;  4NPT A;  5P4R A;  5P7J A;  1B6L A;  2OF0 A;  5OZ2 A;  5P4E A;  4Y4A A;  3QRM A;  2IGY A;  3BRA A;  5P6L A;  3SA4 A;  5P3C A;  2IS0 A;  5P57 A;  1EC0 A;  5DR4 A;  4CPW A;  3URI A;  4FCO A;  3PMY A;  5AH9 A;  1MET A;  5P76 A;  4B1E A;  2ER0 E;  3KA2 A;  4J0P A;  1FKN A;  5C9D A;  5P1G A;  4FAE A;  3LIY A;  3BVA A;  3OHF A;  2BKS A;  5P4D A;  2HAH A;  3ER3 E;  4Y4E A;  1FMU A;  4DJY A;  4ZLS A;  5P2T A;  1ZLF A;  5P7V A;  4GJD A;  3UDY A;  5OZQ A;  2F8G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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