9HVPA

Design, activity and 2.8 angstroms crystal structure of a c2 symmetric inhibitor complexed to hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Design, activity, and 2.8 A crystal structure of a C2 symmetric inhibitor complexed to HIV-1 protease.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 9hvpA00
1D4SA 3VF3A 4EXGA 4YOBA 4GZFA 4H3JA 4Y36A 5JFPA 2NMZA 2G22A 5DR8A 3NU4A 1EBKC 2FNSA 2Q15A 3UDNA 2NXDA 4BEKA 3O9LA 4Y51A 2OF0A 4FLGA 1FKNA 5AGZA 3T6IA 2VKMA 3Q70A 2V13A 2F81A 4RVIA 1HTRB 1PPME 3UCBA 4BFBA 4AA8A 5HVPA 3R0YA 1A94A 2R3WA 4X7IA 4I12A 1FIVA 3QRMA 5P1BA 4DH6A 4L1AB 5HU0A 3PMUA 4NJUA 5DQ4A 5P3MA 5OYTA 3OGQA 5P4QA 4ZSQA 4YD3A 5OZ2A 5P0LA 3PJ6A 3CKPA 1ZBGA 4Y3JA 5OZ4A 5P35A 5OZCA 1FQ4A 4PZWA 5P3RA 2IKOA 4Y54A 4DJQA 5OZHA 1SMEA 3GGXA 5P8IA 4D8CA 1YTHA 2B7ZA 2J9KA 3K1WA 2IKUA 3DOXA 1B6KA 4GJCA 4IVSA 5P2RA 5HDUA 4HLAA 1LYBB 1FF0C 3G70A 5P63A 2ZYEA 2ZJHA 1HXWA 3S43B 1T6EX 4CKUA 4FAFA 1UH8A 3LPIA 3CYXA 5KR8A 3LZVA 4ER4E 1LF3A 4GIDA 5P0XA 4OBZB 1YT9A 5P0YA 5OZWA 3S8IA 4EPJA 3INHA 2VJ7A 1BILA 5OYRA 5P2AA 2VA6A 5P5SA 5P24A 2R38A 3GW5A 2XFJA 4R8YA 5P51A 2R9BA 3O9AA 3ZPTA 5P5CA 1LYWB 5OYWA 4RRSA 1IZEA 2ZGAA 1XDHA 4FIVA 4RCFA 5OZ5A 5SXNA 2BKTA 2VIZA 3OAGB 4JPCA 5P50A 3LHGA 5HCOA 4QGIA 2NMYA 5P11A 3WZ8A 5P5YA 5P8BA 1LZQA 1GVXA 3ZKIA 2NXMA 1FMBA 1IZHA 5ISKA 4J0YA 3MWSA 5OZTA 3GGUA 5P3IA 1EPLE 4ACUA 1CZIE 4Y5LA 4I8ZA 5DQ1A 5P37A 5P6YA 3SA4A 1DW6C 5P6HA 5I3YA 5P3JA 2CEMA 4L1AA 2WKZA 4FM6A 5P44A 1KZKA 3EL0A 5P0KA 5P83A 4LHHA 2QMDA 4H3IA 4Z50A 1FFIC 5P4FA 2QMPA 2WF0A 2UXZA 4DQCA 5P5PA 1OEXA 5P04A 1J71A 3O9DA 1Z8CA 2ZJJA 1TCXA 3BGBA 2O4LA 3S85A 4Q5MA 5P3XA 5P5XA 4Q1XA 5T4SA 1FQXA 2QI6A 3D3TA 1WKRA 1CPIA 4YDFA 4Y48A 4B72A 3G6ZA 3PWMA 3OU4A 3EXOA 5P17A 1LYBA 5P6GA 3SPKA 2APRA 3LZYA 1IVQA 5COKA 5OZYA 1OEWA 2AZ8A 4Y56A 4J0ZA 4CPQA 2NNKA 3NXEA 3OADB 5P4EA 5DR1A 1HIIA 3SLZA 3UFNA 3PSYA 3F9QA 4RLDA 2AVQA 4RRNA 5P1XA 1NPWA 5OZRA 1AZ5A 1T3RA 5P2QA 5P18A 5ENMA 3HD8A 4Y3ZA 2ER0E 5P6KA 5DQ5A 5JFUA 5P49A 1QBUA 5B18A 5P23A 5P4BA 1W5WA 1BBSA 3EM4A 2AZ9A 3OAGA 5P1KA 4NPTA 3OXWA 3PCZA 3ZPUA 1QDMA 2B8VA 3D20A 1EPQE 4L6BA 2IL2A 1D4HA 3ZKGA 5HE5A 1GVTA 4HEGA 1HVIA 5P6SA 3Q4BA 3FNSA 5P3FA 4QJ9A 5P4NA 3MSKA 5P0RA 5OZGA 4XKXA 5OZUA 2VNMA 5OZ7A 1FG6C 4ACXA 5P15A 5SY3A 5KQXA 2HPFA 5P76A 4HDBA 3LIQA 5KOSA 4FRSA 3OQFA 2RMPA 3PSGA 5OZ9A 3O9HA 3SFCA 5P1FA 2QZLA 5P5BA 2FMBA 5P8OA 5P3DA 4LBTA 4L7HA 5P12A 5P1VA 3OU3A 4I10A 1W6IA 3SQFA 3HBOA 5P2OA 3UQPA 3APRE 1ENTE 1EPOE 5P1DA 5OYVA 1SDVA 2IEOA 2VIJA 3QBHA 5P1PA 3ZPSA 4D83A 3VG1A 2QZWA 2HPEA 5P54A 4Y4UA 3SACA 5P27A 3O9FA 2O4PA 3O9EA 5F00A 3L5DA 4Q1NA 5P6NA 5P8RA 5OZPA 5OZLA 2P83A 2V00A 2Z54A 5P6AA 4DQFA 3VYDA 3OADA 5P7YA 1PSNA 1BDRA 3EC0A 1B6LA 3IXKA 5P5KA 4CPSA 5P6EA 3O9BA 5OZOA 5P4ZA 3ER3E 1UH9A 5P7BA 5P4MA 4J0TA 2I4UA 5P10A 4YD4A 2OHUA 5P79A 2PYMA 4NJVA 1C70A 5P6TA 5P4WA 3PWWA 2WL0A 4Y5BA 1HHPA 1HVRA 3RU1A 4I0ZA 2QNNA 5P26A 1MSMA 3HVGA 5HDXA 3ZOVA 3KMXA 3U6AA 4GJ7A 3QBFA 2OHTA 3I6OA 3AUPA 4Y47A 2FGUA 1M43A 3TKGA 1TW7A 5P4PA 3S7MA 2WEZA 4FAEA 4J17A 5OZ3A 4NJSA 5TOLA 5P3OA 2VNNA 4APEA 5P07A 4OBFA 5P8PA 2HM1A 4RROA 3ZKNA 1AXAA 4Z2ZA 5P84A 5KQYA 1FMXA 1AVFA 4Y5PA 4DJXA 5P6DA 5F01A 2ZHVA 4Y35A 2WF2A 2G1SA 1W6HA 3ZKQA 3C9XA 3PMYA 3SA9A 4Y4EA 1ME6A 2BQVA 3S45A 2A4FA 4Y4AA 2NR6A 4DQHA 3EL5A 2WEBA 4GJDA 3TPLA 1C6ZA 5P2JA 1D4KA 5OZFA 3OHHA 5P64A 4AA9A 5KQZA 3R4BA 4J55A 3NDXA 4Y58A 2AVMA 2BPZA 3MXDA 3VFBA 3OU1B 2ZJIA 1CMSA 5P1TA 5P7UA 2WEDA 4Y5KA 5P61A 5P33A 5P4XA 3T3CA 5P0OA 3DV1A 2QI7A 4YCTA 5P1GA 4KE0A 3KFPA 5P0TA 4LL3A 1EC0A 3URIA 2WECA 3VLBA 1VIKA 5AH6A 1IBQA 1HSHA 1K1TA 3L5EA 3OUCA 2AIDA 5P4DA 1K2CA 3H5BA 4ZSMA 3TLHA 2OHQA 3MXEA 5OZXA 3Q3TA 4LAPA 5P1MA 5P62A 3TTPA 2ER9E 4H3GA 3VSXA 4CMSA 2I1AA 3OK9A 2FDEA 5OYXA 3I8WA 2PSGA 2B42A 2ZHSA 4PHVA 4Z4XA 4FS4A 4DJVA 5P5QA 5P3WA 5DPZA 1HSGA 4K4QA 1AJVA 3DCRA 5P1OA 1F7AA 2F3KA 4WY6A 4EP3A 3VV8A 4I0DA 1AM5A 4U7QA 5P1RA 3FX5A 3R2FA 5P5GA 5P0GA 5BRYA 2FDDA 1HPVA 1APTE 2VIYA 5P53A 3VUCA 3T7PA 5P1QA 1KJHA 4NJTA 1G35A 5P40A 5P5TA 2ZJKA 1FFFC 5P31A 3SA3A 2O4KA 1FQ6A 2G69A 5KQFA 9HVPA 5P67A 4TRWA 2P3CA 3KA2A 3ER5E 3UDHA 3QAAA 3IA9A 3GI4A 2FLEA 3CIBA 2QCIA 2BBBA 4N00A 4APRE 5P4RA 2I4WA 1MT9A 3WZ6A 3OQDA 5P05A 5AH7A 4I0HA 5DGWA 5IVSA 5P3PA 5KR0A 5P68A 4B1EA 5OZ1A 1FG8C 4Y3PA 3TKWA 4ZLSA 2ZHRA 5J25A 5P88A 5P1JA 1IZIA 3GI0A 3IN3A 3TPPA 3B80A 3NWQA 3GI5A 4ZSPA 4RVJA 1BXOA 4UPJA 5P8GA 1MVPA 1A30A 1E82E 1QBRA 5P7JA 4RZ1A 2FNTA 5OZNA 5P0HA 3RSVA 5P6QA 5P47A 5P74A 5BS4A 5P43A 5DQCA 4Y3DA 5P8DA 3VV7A 3PWRA 5P2WA 1C6YA 3BXSA 1QBSA 1BXQA 5P2MA 2P3BA 5P38A 3KMYA 3LPKA 5P3EA 3L5BA 1HTEA 1K6TA 2FIVA 3D91A 5OYYA 4ZSRA 5P8AA 3KFSA 3JW2A 5P5HA 3APPA 2ER7E 2F3EA 3R0WA 4YDGA 2Q55A 1IDAA 5P1SA 5P2VA 4YOAA 1F34A 4I0JA 3KFNA 5OZAA 4YD5A 4EJLA 4YBFA 5P3AA 3UFLA 5P86A 4GMIA 5P8HA 4TVGA 3NWXA 2AOHA 4Y39A 3JVYA 2G1NA 3OUAA 3TOHA 5P81A 2F80A 4DPFA 4Y3FA 1D4JA 4Y3RA 5P5IA 4NKKA 5HCTA 5DGUA 2VA5A 1PSOE 1A9MA 4Y4ZA 1BAIA 3UQWA 1HEGE 5P1YA 4YA8A 2G1YA 1B11A 1ZTZA 5P32A 5P5DA 4X2LA 3MSJA 5P0AA 3SABA 1NPAA 2HS2A 1EEDP 5P7NA 3KT2A 4Y5CA 2QI1A 5P6JA 4DV9A 1RNEA 5P8VA 5OZSA 1MPPA 5P89A 3EBZA 2QHCA 5HE7A 5P8JA 2FXEA 4B77A 5OZVA 2ZDZA 4Q1YA 3U71A 3K5CA 3LNKA 5OZKA 3EM3A 3EKQA 3PLDA 5P6RA 4Y43A 2ZHTA 5OYZA 1LS5A 1XL5A 3JVWA 3OXVA 3EL4A 3KDCA 4GJBA 1YTJA 4J1IA 4EYRA 2G1OA 3NXNA 5DR0A 5P2FA 5P7LA 5P09A 3URJA 5P0PA 2QMGA 1MUIA 5P4LA 2G24A 5P1ZA 5P1NA 3O99A 3FIVA 4D85A 1IZDA 3URLA 3VFAA 2BPYA 3PLLA 4Y5AA 5P7FA 1FGCC 5P0ZA 5IVQA 1QBTA 1WBMA 5OYQA 1RPIA 5P1AA 5P4YA 3NUOA 1E80E 1GNOA 4YE3A 1NPVA 8HVPA 4Q1WA 3SA5A 4R91A 1BVEA 1BV7A 2ASIA 4Y5EA 3EKTA 5P5JA 3S43A 4MC1A 5P8EA 1G6LA 4XXSA 1HPSA 5P5LA 5P0BA 5P36A 3OTYA 1DPJA 5ER2E 5ENKA 4K4PA 2B7FA 3OUDB 4GJ9A 4OBZA 3H0BA 5P7HA 1XL2A 1HSIA 2PYNA 2BB9A 2G26A 1MT8A 5AHCA 2XYFA 1U8GA 4DFGA 4EP2A 3ZL7A 3HZCA 3NLSA 1UH7A 1HIHA 2HAHA 3QIHA 3LPJA 5P3GA 5IE1A 3DM6A 4GJ8A 1LYWA 5P7DA 2ANLA 5KR1A 3CYWA 3TOFA 4OBJA 3I7EA 1ODWA 4GJ6A 3TNEA 4FRKA 3KF0A 5P1WA 4OD9B 5P2ZA 3HVPA 4Y4TA 5P57A 4I0FA 4Y57A 1BV9A 4Y37A 4DUSA 3OUBA 5P60A 1SMRA 4D88A 4RYGA 5P48A 1APUE 1EPME 3WB4A 4I1CA 3DUYA 3S54A 2SAMA 1SGUA 2I4VA 3UDKA 2QMFA 3KM4A 4Y3QA 4BFDA 5P4VA 2AQUA 2ZJMA 1M4HA 1OHRA 2FS4A 4Y9WA 2CEJA 5P4KA 4FRJA 4Y3WA 4FRIA 4H1EA 3VCMA 4ZIPA 1PPKE 2FXDA 3UF3A 5P6BA 1VIJA 3MSLA 4HE9A 2P8HA 4JPEA 5CLMA 3FKTA 4DJPA 4KB9A 3G72A 1ZAPA 4EJKA 1W5XA 1NH0A 2IDWA 1YX9A 2BJUA 4GYEA 3PBDA 5P3TA 2CENA 5P85A 4GJAA 3KFRA 3LZSA 4K8SA 4DJOA 1HVKA 4Y38A 5P3LA 5P6LA 2P4JA 4DQEA 4FSLA 5P25A 4F73A 3BUFA 4YD7A 2WHHA 6UPJA 5ER1E 1YM4A 1ZP8A 5DR7A 1HVSA 1BWBA 4YCKA 4Y3NA 4U8WA 3OUDA 2A1EA 2NXLA 5P7XA 4DQGA 1HVLA 1W5VA 5P58A 4Y3GA 5P0FA 1PROA 4CPRA 2VS2A 5APRE 3SO9A 4RCEA 2IRZA 2I4DA 4E43A 3NSHA 2IENA 4B00A 2Q5KA 5OZEA 4Y3TA 1HPXA 5CONA 4Y4BA 4MC2A 4HVPA 4ZPEA 2AOFA 5P4AA 5P2GA 3CIDA 5P78A 3ZMGA 2HC0A 3OXCA 5P8FA 4QJ8A 2IS0A 3OOZA 5P5OA 2OHNA 3SKFA 4OD9A 5P5ZA 1M0BA 3UPJA 1A8KA 4A6BA 5P7GA 3ZKXA 3K5DA 4K9HA 3Q6YA 4LP9A 3TH9A 3L5CA 5COOA 4I0EA 5P5WA 1FQ5A 2ZJLA 4A4QA 3OOTA 2I0AA 4KE1A 5IS4A 1RL8A 2OHRA 2PH6A 5P6IA 2AVOA 3LIVA 1MERA 5AHBA 2AZCA 3VYFA 1HTFA 4S1GA 4B1DA 2QAKA 3NDTA 5P41A 1PFZA 5P3ZA 4EQ0A 3SA8A 3VSWA 2V12C 2QI4A 5JODA 4M8XA 1W51A 4I8WA 5P7TA 3WSJA 5P77A 3NU6A 5P3UA 3A2OA 3IVHA 2I0DA 3NU3A 5P6XA 5P7WA 1YTGA 2Q54A 1C6XA 4RYCA 5P19A 3NU9A 1DAZC 3ZKMA 5ISJA 1BDLA 1PSAA 2QD6A 3KDDA 5OZ6A 2Q3KA 1SDUA 5P4JA 3KYRA 1ZPKA 4EJ8A 3QRVA 5P3KA 3WB5A 3PSUA 4Y3AA 5P45A 2F3FA 4R92A 3QRSA 4B05A 2HS1A 1LV1A 3INDA 5P01A 1LF2A 3QN8A 1UPJA 4R93A 5P0NA 3PRSA 3RSXA 3UDYA 3DV5A 2G1RA 3INFA 3PI0A 3IGBA 5HDZA 4PYVA 5EZXA 5P6UA 1SP5A 3DJKA 5P02A 3PHVA 1W50A 5P3HA 3UDMA 5AH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4S A;  3VF3 A;  4EXG A;  4YOB A;  4GZF A;  4H3J A;  4Y36 A;  5JFP A;  2NMZ A;  2G22 A;  5DR8 A;  3NU4 A;  1EBK C;  2FNS A;  2Q15 A;  3UDN A;  2NXD A;  4BEK A;  3O9L A;  4Y51 A;  2OF0 A;  4FLG A;  1FKN A;  5AGZ A;  3T6I A;  2VKM A;  3Q70 A;  2V13 A;  2F81 A;  4RVI A;  1HTR B;  1PPM E;  3UCB A;  4BFB A;  4AA8 A;  5HVP A;  3R0Y A;  1A94 A;  2R3W A;  4X7I A;  4I12 A;  1FIV A;  3QRM A;  5P1B A;  4DH6 A;  4L1A B;  5HU0 A;  3PMU A;  4NJU A;  5DQ4 A;  5P3M A;  5OYT A;  3OGQ A;  5P4Q A;  4ZSQ A;  4YD3 A;  5OZ2 A;  5P0L A;  3PJ6 A;  3CKP A;  1ZBG A;  4Y3J A;  5OZ4 A;  5P35 A;  5OZC A;  1FQ4 A;  4PZW A;  5P3R A;  2IKO A;  4Y54 A;  4DJQ A;  5OZH A;  1SME A;  3GGX A;  5P8I A;  4D8C A;  1YTH A;  2B7Z A;  2J9K A;  3K1W A;  2IKU A;  3DOX A;  1B6K A;  4GJC A;  4IVS A;  5P2R A;  5HDU A;  4HLA A;  1LYB B;  1FF0 C;  3G70 A;  5P63 A;  2ZYE A;  2ZJH A;  1HXW A;  3S43 B;  1T6E X;  4CKU A;  4FAF A;  1UH8 A;  3LPI A;  3CYX A;  5KR8 A;  3LZV A;  4ER4 E;  1LF3 A;  4GID A;  5P0X A;  4OBZ B;  1YT9 A;  5P0Y A;  5OZW A;  3S8I A;  4EPJ A;  3INH A;  2VJ7 A;  1BIL A;  5OYR A;  5P2A A;  2VA6 A;  5P5S A;  5P24 A;  2R38 A;  3GW5 A;  2XFJ A;  4R8Y A;  5P51 A;  2R9B A;  3O9A A;  3ZPT A;  5P5C A;  1LYW B;  5OYW A;  4RRS A;  1IZE A;  2ZGA A;  1XDH A;  4FIV A;  4RCF A;  5OZ5 A;  5SXN A;  2BKT A;  2VIZ A;  3OAG B;  4JPC A;  5P50 A;  3LHG A;  5HCO A;  4QGI A;  2NMY A;  5P11 A;  3WZ8 A;  5P5Y A;  5P8B A;  1LZQ A;  1GVX A;  3ZKI A;  2NXM A;  1FMB A;  1IZH A;  5ISK A;  4J0Y A;  3MWS A;  5OZT A;  3GGU A;  5P3I A;  1EPL E;  4ACU A;  1CZI E;  4Y5L A;  4I8Z A;  5DQ1 A;  5P37 A;  5P6Y A;  3SA4 A;  1DW6 C;  5P6H A;  5I3Y A;  5P3J A;  2CEM A;  4L1A A;  2WKZ A;  4FM6 A;  5P44 A;  1KZK A;  3EL0 A;  5P0K A;  5P83 A;  4LHH A;  2QMD A;  4H3I A;  4Z50 A;  1FFI C;  5P4F A;  2QMP A;  2WF0 A;  2UXZ A;  4DQC A;  5P5P A;  1OEX A;  5P04 A;  1J71 A;  3O9D A;  1Z8C A;  2ZJJ A;  1TCX A;  3BGB A;  2O4L A;  3S85 A;  4Q5M A;  5P3X A;  5P5X A;  4Q1X A;  5T4S A;  1FQX A;  2QI6 A;  3D3T A;  1WKR A;  1CPI A;  4YDF A;  4Y48 A;  4B72 A;  3G6Z A;  3PWM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CKT A;  3EL9 A;  4JP9 A;  1SIV A;  5P7E A;  3QRO A;  1TQF A;  2OAH A;  2AOC A;  5P2H A;  3AID A;  1RQ9 A;  2FDP A;  1D4Y A;  2XFK A;  5P7A A;  4FM7 A;  1B6J A;  1EPR E;  2OHP A;  3LIY A;  5P7M A;  5P7I A;  3SM2 A;  4OBD A;  5UPJ A;  5P4H A;  2QD7 A;  2QI0 A;  3PB5 A;  5AHA A;  2HB4 A;  5P6Z A;  3UQR A;  5P0C A;  1K6P A;  4QLH A;  3PCW A;  4DVF A;  5I3V A;  2O4N A;  4WY1 A;  3QVI A;  2OHL A;  5HTZ A;  2R5P A;  2WF1 A;  2HB3 A;  3IAW A;  3L3A A;  3RTM A;  1Z1H A;  1K2B A;  4H3F A;  1T7K A;  4FM8 A;  4MC6 A;  4Y50 A;  4Y5M A;  5P0V A;  1KJ7 A;  2H6S A;  3CKR A;  1BIM A;  1MRW A;  3EKP A;  4TVH A;  3FNT A;  1QRP E;  4QJ6 A;  1ZPA A;  3BGC A;  2PQZ A;  3D1Y A;  5P5V A;  1GVV A;  1FMU A;  5PEP A;  4LXA A;  2AOD A;  5P0U A;  3U7S A;  3N4L A;  1E81 E;  2QU2 A;  5P5A A;  5P66 A;  5P3Y A;  3BC4 A;  1HOS A;  1IVP A;  1NSO A;  3HDK A;  4RVX A;  1GNM A;  1AAQ A;  5P03 A;  4YBI A;  1FQ8 A;  3OQK A;  1Q9P A;  1FEJ C;  4KUP A;  1APW E;  4Y44 A;  5C9D A;  1B5F B;  2NTR A;  4J5J A;  5OZM A;  5P3B A;  5P20 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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