The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
VVGIGRDKLGKIFYRALTQYLTPTSNFSQLRAAAVQSATDLYGSTSQEVASVKQAFDAVGVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase (metalloprotease)
|
| molecule keywords |
THERMOLYSIN FRAGMENT 255 - 316
|
| publication title |
NMR solution structure of the C-terminal fragment 255-316 of thermolysin: a dimer formed by subunits having the native structure.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus thermoproteolyticus
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| total genus |
24
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.27: Thermolysin. |
| pdb deposition date | 1994-09-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neutral Protease; domain 2 | Neutral Protease Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KS7 A; 4ZW3 A; 3FUH A; 2VQX A; 3FUK A; 4XO5 A; 7TLN A; 5L3U E; 1FJO A; 1PE8 A; 3FOR A; 2HPO A; 2A7G E; 3EBI A; 1EZM A; 1LNB E; 3FH8 A; 3FH5 A; 4MXJ E; 3B34 A; 5TLI A; 5TMN E; 3T8F A; 3B37 A; 4XN8 A; 5JT9 E; 3B2X A; 1TLI A; 4MTW E; 3FBO A; 3FTW A; 3MSA A; 5DLL A; 3FUN A; 3P7R E; 3P7W E; 3FTS A; 3FLF A; 5L8P E; 3Q43 A; 4K5M A; 1SQM A; 1OS0 A; 3NQY B; 3LS7 A; 4XO3 A; 5FSP A; 1L3F E; 1QF2 A; 3T8V A; 3B7U X; 3EBG A; 3P7P E; 1FJ3 A; 5TLN A; 3B7R L; 3B7S A; 4Q4E A; 3B7T A; 3FU6 A; 4D9W A; 5JS3 E; 5LWD E; 3F28 A; 3PUU A; 3FUF A; 4XNA A; 4QME A; 5AEN A; 1BQB A; 3FUL A; 3N21 A; 2R59 A; 3QH1 A; 3QGO A; 4QUO A; 3T2H E; 3MSF A; 3U9W A; 3ZI6 A; 4J3B A; 4TLI A; 4OI5 E; 3T8D A; 2TMN E; 3FUM A; 3CIA A; 4N4E E; 4XN4 A; 1FJV A; 1ZDP E; 3FH7 A; 4X2U A; 3DO0 A; 4GAA A; 4XO4 A; 4ZQT A; 5FSS A; 4ZW6 A; 3FCQ A; 4XN5 A; 3T2J E; 3FU0 A; 3B3B A; 1U4G A; 3FXP A; 1THL A; 3FXS A; 4ZW5 A; 1KKK A; 1TMN E; 3FHE A; 4TLN A; 3P7S E; 5K7T A; 4K5L A; 2XPZ A; 5FXN A; 3FV4 A; 3MS3 A; 4ZX5 A; 3DBK A; 1KJP A; 3DNZ A; 2VJ8 A; 4QHP A; 4K89 A; 5FWQ A; 3KED A; 3NQX A; 4XND A; 3CHR A; 3NQZ B; 4ZX3 A; 4R5V A; 4PVB A; 3F2P A; 4D91 A; 2XQ0 A; 1KEI A; 3B2P A; 2WHZ A; 4XMV A; 1GW6 A; 3FUE A; 5DLH A; 1ESP A; 1LNC E; 3SSB A; 3FUJ A; 3Q44 A; 5FSJ A; 4PW4 A; 3T2I E; 4TNL A; 1KL6 A; 4GER A; 4PU2 A; 3P7V E; 1TLX A; 4ZW7 A; 4XNB A; 3P7U E; 1QF0 A; 4QPE A; 2DQ6 A; 3QJX A; 3FTU A; 4ZW8 A; 4QIR A; 4XMU A; 3T74 A; 3DO2 A; 3EBH A; 4DPR A; 1GXW A; 4N5P E; 3TMN E; 1KJO A; 4XMZ A; 4XN7 A; 3T8G A; 3CHS A; 2HPT A; 4K90 A; 4XMT A; 4R5X A; 1Y3G E; 3FGD A; 4N66 E; 1TLP E; 3MSN A; 4MWP E; 2TLI A; 1PE7 A; 3TLI A; 5LIF E; 1HYT A; 5JXN E; 5L41 E; 3FUI A; 1NPC A; 3FU3 A; 3P7Q E; 1KRO A; 2WI0 A; 4R5T A; 4K5O A; 4MZN E; 4XMW A; 5DPE E; 4B52 A; 5A3Y A; 4K5P A; 6TMN E; 3NN7 A; 1FJU A; 1Z9G E; 4XN2 A; 3T8H A; 3FTV A; 2GTQ A; 4H57 A; 7TLI A; 1FJQ A; 4XMX A; 3CHO A; 1LNA E; 2DQM A; 4OW3 A; 5JSS E; 4XN1 A; 1H19 A; 3FTY A; 3CHQ A; 1PE5 A; 4RVB A; 3FU5 A; 1LNF E; 4K5N A; 5JVI E; 2XPY A; 3FTX A; 2G4Z A; 5DYF A; 3FTZ A; 1LNE E; 3FVP A; 3P7T E; 4R7L A; 4MS6 A; 6TLI A; 3T73 A; 1LND E; 5DPF E; 3T8C A; 5BPP A; 8TLI A; 8TLN E; 1QF1 A; 2TLX A; 1FJW A; 4RSY A; 3FB0 A; 3CHP A; 1FJT A; 2ZXG A; 3DO1 A; 3QH5 A; 1KTO A; 4L2L A; 1HS6 A; 4TMN E; 4ZX4 A; 4XN9 A; 4ZX6 A; 1TRL A; 5HQD A; 4Q4I A; 3T87 A; 3FUD A; 3EIM A; 4MKT A; 4M65 A; 1KR6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OU3 A; 1FJO A; 5TLN A; 2HPO A; 3T8F A; 5JT9 E; 3FBO A; 3P7W E; 1QF2 A; 3EBG A; 3PUU A; 1BQB A; 3FUL A; 3U9W A; 2R59 A; 3T2H E; 3MSF A; 3QNF A; 3ZI6 A; 4OI5 E; 2TMN E; 3CIA A; 1ZDP E; 3FH7 A; 4Z7I A; 3FU0 A; 3B3B A; 1Z1W A; 4TLN A; 3P7S E; 4KXA A; 2XPZ A; 5FWQ A; 4QHP A; 3KED A; 4FKH A; 4WZ9 A; 5DLH A; 4NZ8 A; 3P7V E; 1TLX A; 3P7U E; 1QF0 A; 4QPE A; 3FTU A; 4QIR A; 3EBH A; 4DPR A; 1GXW A; 3CHS A; 2HPT A; 1Y3G E; 3MSN A; 1HYT A; 5JXN E; 1NPC A; 3FU3 A; 6TMN E; 1Z9G E; 4XN2 A; 4AR1 A; 4XMX A; 3CHO A; 5JSS E; 2DQM A; 4XN1 A; 3CHQ A; 5K1V A; 1LNF E; 2G4Z A; 1LNE E; 3FVP A; 4R7L A; 3T8C A; 4RSY A; 3CHP A; 3QH5 A; 1KTO A; 1HS6 A; 4TMN E; 4JBS A; 3MDJ A; 4PJ6 A; 1KS7 A; 4XO5 A; 2VQX A; 4E36 A; 3EBI A; 4XN8 A; 3B2X A; 3FTW A; 5DLL A; 3FTS A; 3Q7J A; 4P8Q A; 3FLF A; 1SQM A; 1L3F E; 3T8V A; 3B7U X; 3B7R L; 5LWD E; 3B7T A; 4J3B A; 4XN4 A; 3DO0 A; 4XO4 A; 3FXP A; 4F5C A; 4ZW5 A; 1KKK A; 3SE6 A; 5K7T A; 5FXN A; 3FV4 A; 4ZX5 A; 2VJ8 A; 3NQX A; 4R5V A; 4D91 A; 1KEI A; 3Q44 A; 3T74 A; 2DQ6 A; 3QJX A; 3DO2 A; 3TMN E; 1KJO A; 3T8G A; 2WI0 A; 4K5O A; 4MZN E; 4XMW A; 4B52 A; 3NN7 A; 1FJU A; 3T8H A; 4H57 A; 4KX9 A; 1H19 A; 3FTY A; 4KXB A; 3FTX A; 4FKE A; 3T73 A; 1LND E; 5AB2 A; 8TLI A; 1FJT A; 4NAQ A; 4XN9 A; 4ZX6 A; 4Q4I A; 4ARF A; 3T87 A; 3FUD A; 5L8P E; 4MKT A; 4MWP E; 1KR6 A; 4FYQ A; 5LG6 A; 3FOR A; 4MXJ E; 5AB0 A; 3FH8 A; 3FH5 A; 5JS3 E; 3B34 A; 5TMN E; 3B37 A; 4MTW E; 3FUN A; 4K5M A; 1OS0 A; 3NQY B; 4FYT A; 5FSP A; 3P7P E; 4D9W A; 3B7S A; 4Q4E A; 3F28 A; 4XNA A; 4QME A; 5AEN A; 3QGO A; 3QH1 A; 1FJV A; 4X2U A; 4GAA A; 4ZQT A; 3T2J E; 4XN5 A; 5C97 A; 3FXS A; 1TMN E; 3FHE A; 4K5L A; 3MS3 A; 3DBK A; 1KJP A; 4XND A; 3CHR A; 3NQZ B; 2WHZ A; 4XMV A; 1GW6 A; 3SSB A; 3FUJ A; 5FSJ A; 3T2I E; 4GER A; 4PU2 A; 5EV7 A; 4K90 A; 4XMT A; 3FGD A; 4N66 E; 1TLP E; 3P7Q E; 1KRO A; 5A3Y A; 4AR9 A; 2GTQ A; 7TLI A; 1FJQ A; 4RVB A; 2XPY A; 5DYF A; 3FTZ A; 4MS6 A; 6TLI A; 5DPF E; 5BPP A; 1QF1 A; 2TLX A; 4ZX4 A; 3DO1 A; 4L2L A; 1TRL A; 5LDS A; 4II7 A; 5J6S A; 3EIM A; 4KXC A; 4ZW3 A; 3FUH A; 3FUK A; 5L3U E; 1PE8 A; 4KX8 A; 7TLN A; 2A7G E; 1EZM A; 1LNB E; 5TLI A; 1TLI A; 3MSA A; 4FYR A; 3P7R E; 3Q43 A; 5JVI E; 4XO3 A; 3LS7 A; 1FJ3 A; 4FYS A; 3FU6 A; 4KX7 A; 4AR8 A; 3FUF A; 3N21 A; 4QUO A; 4TLI A; 3T8D A; 4FGM A; 3FUM A; 4N4E E; 1Z5H A; 4IHQ A; 5FSS A; 4ZW6 A; 3FCQ A; 1U4G A; 1THL A; 3DNZ A; 4K89 A; 4PVB A; 3F2P A; 2XQ0 A; 3B2P A; 3FUE A; 1ESP A; 1LNC E; 4PW4 A; 4TNL A; 1KL6 A; 4ZW7 A; 4FCA A; 4XNB A; 4ZW8 A; 4FKK A; 4KXD A; 4XMU A; 4N5P E; 4XMZ A; 4XN7 A; 4R5X A; 2TLI A; 1PE7 A; 3TLI A; 5LIF E; 5L41 E; 3FUI A; 4R5T A; 4HOM A; 5DPE E; 4K5P A; 3FTV A; 1LNA E; 4OW3 A; 1PE5 A; 5CU5 A; 3FU5 A; 4K5N A; 5LHD A; 3P7T E; 8TLN E; 1FJW A; 2YD0 A; 3FB0 A; 2ZXG A; 5HQD A; 4ZX3 A; 4M65 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1KS7 A; 4ZW3 A; 3FUH A; 2VQX A; 3FUK A; 4XO5 A; 7TLN A; 5L3U E; 1FJO A; 1PE8 A; 3FOR A; 2HPO A; 2A7G E; 3EBI A; 1EZM A; 1LNB E; 3FH8 A; 3FH5 A; 4MXJ E; 3B34 A; 5TLI A; 5TMN E; 3T8F A; 3B37 A; 4XN8 A; 5JT9 E; 3B2X A; 1TLI A; 4MTW E; 3FBO A; 3FTW A; 3MSA A; 5DLL A; 3FUN A; 3P7R E; 3P7W E; 3FTS A; 3FLF A; 5L8P E; 3Q43 A; 4K5M A; 1SQM A; 1OS0 A; 3NQY B; 3LS7 A; 4XO3 A; 5FSP A; 1L3F E; 1QF2 A; 3T8V A; 3B7U X; 3EBG A; 3P7P E; 1FJ3 A; 5TLN A; 3B7R L; 3B7S A; 4Q4E A; 3B7T A; 3FU6 A; 4D9W A; 5JS3 E; 5LWD E; 3F28 A; 3PUU A; 3FUF A; 4XNA A; 4QME A; 5AEN A; 1BQB A; 3FUL A; 3N21 A; 2R59 A; 3QH1 A; 3QGO A; 4QUO A; 3T2H E; 3MSF A; 3U9W A; 3ZI6 A; 4J3B A; 4TLI A; 4OI5 E; 3T8D A; 2TMN E; 3FUM A; 3CIA A; 4N4E E; 4XN4 A; 1FJV A; 1ZDP E; 3FH7 A; 4X2U A; 3DO0 A; 4GAA A; 4XO4 A; 4ZQT A; 5FSS A; 4ZW6 A; 3FCQ A; 4XN5 A; 3T2J E; 3FU0 A; 3B3B A; 1U4G A; 3FXP A; 1THL A; 3FXS A; 4ZW5 A; 1KKK A; 1TMN E; 3FHE A; 4TLN A; 3P7S E; 5K7T A; 4K5L A; 2XPZ A; 5FXN A; 3FV4 A; 3MS3 A; 4ZX5 A; 3DBK A; 1KJP A; 3DNZ A; 2VJ8 A; 4QHP A; 4K89 A; 5FWQ A; 3KED A; 3NQX A; 4XND A; 3CHR A; 3NQZ B; 4ZX3 A; 4R5V A; 4PVB A; 3F2P A; 4D91 A; 2XQ0 A; 1KEI A; 3B2P A; 2WHZ A; 4XMV A; 1GW6 A; 3FUE A; 5DLH A; 1ESP A; 1LNC E; 3SSB A; 3FUJ A; 3Q44 A; 5FSJ A; 4PW4 A; 3T2I E; 4TNL A; 1KL6 A; 4GER A; 4PU2 A; 3P7V E; 1TLX A; 4ZW7 A; 4XNB A; 3P7U E; 1QF0 A; 4QPE A; 2DQ6 A; 3QJX A; 3FTU A; 4ZW8 A; 4QIR A; 4XMU A; 3T74 A; 3DO2 A; 3EBH A; 4DPR A; 1GXW A; 4N5P E; 3TMN E; 1KJO A; 4XMZ A; 4XN7 A; 3T8G A; 3CHS A; 2HPT A; 4K90 A; 4XMT A; 4R5X A; 1Y3G E; 3FGD A; 4N66 E; 1TLP E; 3MSN A; 4MWP E; 2TLI A; 1PE7 A; 3TLI A; 5LIF E; 1HYT A; 5JXN E; 5L41 E; 3FUI A; 1NPC A; 3FU3 A; 3P7Q E; 1KRO A; 2WI0 A; 4R5T A; 4K5O A; 4MZN E; 4XMW A; 5DPE E; 4B52 A; 5A3Y A; 4K5P A; 6TMN E; 3NN7 A; 1FJU A; 1Z9G E; 4XN2 A; 3T8H A; 3FTV A; 2GTQ A; 4H57 A; 7TLI A; 1FJQ A; 4XMX A; 3CHO A; 1LNA E; 2DQM A; 4OW3 A; 5JSS E; 4XN1 A; 1H19 A; 3FTY A; 3CHQ A; 1PE5 A; 4RVB A; 3FU5 A; 1LNF E; 4K5N A; 5JVI E; 2XPY A; 3FTX A; 2G4Z A; 5DYF A; 3FTZ A; 1LNE E; 3FVP A; 3P7T E; 4R7L A; 4MS6 A; 6TLI A; 3T73 A; 1LND E; 5DPF E; 3T8C A; 5BPP A; 8TLI A; 8TLN E; 1QF1 A; 2TLX A; 1FJW A; 4RSY A; 3FB0 A; 3CHP A; 1FJT A; 2ZXG A; 3DO1 A; 3QH5 A; 1KTO A; 4L2L A; 1HS6 A; 4TMN E; 4ZX4 A; 4XN9 A; 4ZX6 A; 1TRL A; 5HQD A; 4Q4I A; 3T87 A; 3FUD A; 3EIM A; 4MKT A; 4M65 A; 1KR6 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
