The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
124
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sequence length |
441
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structure length |
441
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Chain Sequence |
KPVFSEVTVHDPSIIKANGTYYVFGSHLASAKSTDLMNWTQISSSVHDGNPLIPNVYEELKETFEWAESDTLWAPDVTQLEDGKFYMYYNACRGDSPRSALGLAVADDIEGPYKNKGIFLKSGMDGISNDGTPYDATKHPNVVDPHTFFDQNGKLWMVYGSYSGGIFILEMDKKTGFPLPGQGYGKKLIGGNHSRIEGAYILYHPETQYYYLYMSFGGLAADGGYNIRVARSKNPDGPYYDAEGHAMIDVRGKEGTLFDDRSIEPYGVKLMGNFSFNNKNGYVSPGHNSAFYDEKSGKSYLIFHTRFPGRGEEHEVRVHQLLMNKQGWPVVAPHRYAGEKLEKVKKSDVIGDYELVRHGKDISADIKESKEIRLNQNGKITGAVAGTWKNTGHNKIELKIDGKTYDGVFLRQWDAASERKVMTFSALSREGDAVWGSSLKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Glycoside hydrolase YxiA
|
| publication title |
Crystal structure of the glycoside hydrolase, family 43 YxiA protein from Bacillus licheniformis.
rcsb |
| source organism |
Bacillus licheniformis
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| total genus |
124
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| structure length |
441
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| sequence length |
441
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04616 | Glyco_hydro_43 | Glycosyl hydrolases family 43 |
| A | PF16369 | GH43_C | C-terminal lipocalin-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin | ||
| Mainly Beta | 5 Propeller | Tachylectin-2; Chain A | Glycosyl hydrolase domain; family 43 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UDG A; 5FIX A; 5GLM A; 4KCA A; 3C7G A; 5GLN A; 4MLG A; 3LIH A; 2AEZ A; 5AYE A; 2EXH A; 2EXI A; 2ADD A; 3WAT A; 3AKG A; 3ZXJ A; 4UDK E; 4O8O A; 3UGG A; 3WN0 A; 3ZXK A; 1W18 A; 3CU9 A; 3BYN A; 5AYD A; 3WN2 A; 1Y7B A; 3NQH A; 4N1I A; 3SC7 X; 3LDK A; 4COT A; 5A7V B; 2QQW A; 3QZ4 A; 3WPY A; 4AK6 A; 5A8C A; 5GLQ A; 3K1U A; 3C7E A; 2VDT A; 2ADE A; 3BYK A; 4O8N A; 3D5Z A; 5FMC A; 3WMY A; 1Y9M A; 3QED A; 3OM7 A; 3VT1 A; 3VSF A; 3WAU A; 3VSS A; 3LIG A; 3OM2 A; 3WPZ A; 3AKH A; 3AKF A; 5ANN A; 4UDJ A; 3WMZ A; 4UDK A; 4N2R A; 3VSR A; 3R4Y A; 5FKC A; 5A7V A; 3VSZ A; 5GLP A; 5GLR A; 3UGF A; 3QEE A; 3C7H A; 1GYH A; 1JIW I; 4AK7 A; 2AC1 A; 2XQR A; 1UYP A; 3BYL A; 5GLL A; 3QC2 A; 3U75 A; 3KF3 A; 4ONZ A; 4KMI A; 5AY9 A; 1SMP I; 1YIF A; 2QQV A; 1GYD B; 5JOX A; 3PIG A; 3C7O A; 3D5Y A; 2RN4 A; 1Y4W A; 5FMB A; 5FLW A; 3R67 A; 3LFI A; 2AEY A; 3U14 A; 3UGH A; 3KST A; 4EQV A; 5FMD A; 4PVA A; 4N2Z A; 5GLO A; 3ZXL A; 1UV4 A; 4D47 A; 4UDI A; 3BYJ A; 3R4Z A; 4FFG A; 3WPU A; 2X8F A; 5FK8 A; 3OM4 A; 3AKI A; 3D61 A; 4QQS A; 2EXJ A; 4FFF A; 3RWK X; 2YFR A; 1WL7 A; 3C7F A; 3P2N A; 4N4B A; 5B6T A; 5FKB A; 4NOV A; 3LF7 A; 2YFS A; 4PVI A; 3VT2 A; 1Y9G A; 4KC8 A; 3PIJ A; 1ST8 A; 1OYG A; 3OM5 A; 2B4W A; 3LDR A; 3LV4 A; 2YFT A; 2X8T A; 4FFI A; 4U6B A; 5FK7 A; 5JOY A; 4U6D A; 5A8D A; 4AK5 A; 5C0P A; 2OXB A; 3QEF A; 5JOW A; 2EXK A; 3KF5 A; 3WN1 A; 4O8P A; 2X8S A; 4FFH A; 1PT2 A; 3OM6 A; 3WAS A; 5JOZ A; 5GLK A; 3LEM A; 1W2T A; 4KCB A; 3TAW A; 1YRZ A; 5AYC A; 5B6S A; 3C2U A; 4KC7 A; 3VT0 A; 3WPV A; 1YI7 A; 1GYE B; 1VKD A; 2QQU A; 3D60 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ALO A; 1HMT A; 4KCA A; 1O1U A; 3NR3 A; 3WJC A; 3UGG A; 2XST A; 1JJJ A; 2NNE A; 1HN2 A; 2OL6 O; 1EW3 A; 3SLO A; 2MJI A; 2AT8 X; 2ALL X; 3OM7 A; 3VT1 A; 3JSQ A; 1RXK A; 3FDC A; 3RY2 A; 1W4T A; 5A7V A; 1RST B; 3KVN A; 2L9C A; 3UGF A; 4OEL A; 3P24 A; 1VYF A; 1FJ1 E; 1MDC A; 1LPJ A; 1LFO A; 4I3D A; 3U75 A; 2MO5 A; 1JMZ A; 4NNS A; 4A60 A; 3FR4 A; 4ODD A; 2CBS A; 1B4M A; 2L5P A; 2HYS A; 5B5F A; 2IFB A; 3VG5 A; 5IRW A; 2RTK A; 5EED A; 1WL7 A; 2FHL A; 3VGW A; 2IZC B; 2PY1 A; 4BVM A; 1SWL A; 1X8O A; 3CBC A; 5C0N A; 5DG4 A; 1VWE B; 1GT3 A; 1CBQ A; 2QOS C; 5FFH A; 3UEU A; 1LIF A; 3WZQ A; 2PI3 O; 1ZNE A; 3CR6 A; 2K62 A; 4N7D A; 5HZ9 A; 5AYD A; 4WFU A; 4ID2 A; 2F09 A; 3SC7 X; 1BJ7 A; 1BLR A; 1QWD A; 4MVI A; 2RTC B; 3P6E A; 2F73 A; 3MBT A; 2KT4 B; 5EDB A; 1ML7 A; 1AVD A; 3VSS A; 2XKL A; 5H9A A; 4AW8 A; 4GGZ A; 2GTL M; 3R4Y A; 5FKC A; 1JIW I; 1L6M A; 2RA6 A; 3T1D A; 1HXL A; 2DM5 A; 5H9L A; 4CDD A; 4INN A; 3P6H A; 4ALB A; 3AUM O; 3H3I A; 3HWD A; 1UV4 A; 4M7M A; 3OM4 A; 4QGW A; 1ALB A; 4JO6 A; 5LJH A; 1SWH A; 4GDZ A; 3T6F A; 4FFI A; 3NAD A; 1I9H A; 5EDC A; 2Q2M A; 3NPO A; 1VYO A; 3HPE A; 5F6Z A; 4KCB A; 1XCA A; 1ZNH A; 4AZQ A; 3RDO A; 1OBP A; 1WBI A; 1CBR A; 1URE A; 1JYD A; 3KZA A; 3AKG A; 1DZP A; 5LJC A; 2VFB A; 4GE1 A; 3WN0 A; 4HFO A; 1DF3 A; 4FGI B; 2QM9 A; 3VPJ E; 4OMX A; 3IA8 A; 3B2I A; 3RDX A; 3EW2 A; 2RTG B; 1S7D A; 3FMZ A; 4OS0 A; 2A2U A; 4Y0R A; 1TL2 A; 4KH8 A; 3SZH A; 1BRQ A; 4U46 A; 1IFB A; 4GJV A; 1IKE A; 1ZNK A; 1LIE A; 1YP6 A; 1ZRY A; 5GLP A; 1SWK A; 4AZR A; 4BQU A; 5D48 A; 4L3R A; 1QY2 A; 3QC2 A; 1W5R A; 5H8T A; 4O3X B; 2CAM A; 4K19 A; 4YCE A; 5HZQ A; 4TJZ A; 4NW4 A; 3BU1 A; 2KW1 A; 4N2Z A; 4FFG A; 1EPB A; 3LF7 A; 2OFB A; 1Y9G A; 1P6P A; 1JV4 A; 2CBR A; 1VWI B; 1SWC A; 4Z6J A; 3HOL A; 4EKV A; 2HLV A; 2OY8 A; 1SLE B; 2AL0 X; 4A1H A; 5DPQ A; 1YRZ A; 5IO6 A; 4GD9 A; 1VWP B; 2IZD B; 1VWH B; 3O2Y A; 1UZ2 X; 1SWS A; 3BX7 A; 1EQD A; 3T6L A; 5AJC A; 1RXH A; 1SWR A; 4QAE A; 5CYB A; 2R56 A; 2RTE B; 1GX9 A; 1RXJ A; 2IZH B; 2FKJ A; 5FQ8 E; 3K1U A; 3C7E A; 4N7C A; 5HZ8 A; 1DZJ A; 2Y3E A; 3PEC A; 3RBY A; 4RUN A; 2HMB A; 4UU3 A; 1SWF A; 3VSF A; 2LFO A; 3HWG A; 3FYF A; 4FBV A; 2KTS A; 5IO5 A; 3ELX A; 3VG2 A; 2IZB A; 1VWB B; 1N4J A; 4WFV A; 3E3C A; 4O4O A; 1E00 A; 4QZU A; 1KZX A; 1YWB A; 1GGL A; 5D4A A; 2FT9 A; 1GKA A; 5L3Y A; 1MVG A; 4MIR A; 4B55 A; 4BX7 B; 1FEN A; 1SWB A; 3NQK A; 4PVA A; 2X8F A; 2Y32 A; 3SLJ A; 4QGX A; 3ZW1 A; 2OFA A; 5D47 A; 1IW2 A; 2A2G A; 1LCZ A; 3S5V A; 2AMM X; 5LJE A; 1SRE A; 1HBP A; 5F58 A; 5IRU A; 3P6F A; 2OXB A; 1SLF B; 3FIQ A; 4FBR A; 1KL5 A; 5EZ2 A; 1MX8 A; 1CJ5 A; 1N9M A; 3CU9 A; 1N9Y A; 3S5X A; 3WN2 A; 1STP A; 4AZM A; 5A7V B; 5L8N A; 1NBX A; 3D9W A; 5FMC A; 1GT1 A; 1X71 A; 1T0V A; 1ADL A; 1YWD A; 3VSR A; 2OY1 O; 4ORX A; 2GJ5 A; 1VWC B; 2BLG A; 4GU8 A; 4CPI A; 4IMO A; 3CQN A; 1SRH A; 4CV7 A; 4CDE A; 5FQ7 E; 4Z2O A; 2Z4I A; 4EFG A; 4TLJ A; 2IZK A; 4DQ3 A; 4MIS A; 4TQ2 A; 1HQQ A; 3R67 A; 3BS2 A; 1LEL A; 3RWX A; 3FA8 A; 4JGL A; 4BGF A; 5EEE A; 4LZU A; 1VWO B; 2FWV A; 1LDO A; 1AVE A; 1BSQ A; 3STM X; 4OEM A; 3KFH A; 2I5Z O; 4ZHD A; 4GNY A; 4YDA A; 2CZT A; 5JOY A; 1Y55 X; 5JOW A; 1JMX A; 2A5B A; 2RTN B; 1E2T A; 3VT0 A; 1VWL B; 1JJU A; 1IJ8 A; 1VPR A; 1CRB A; 5HTE A; 3P6C A; 4BBO A; 2EXI A; 5B27 A; 3ZXJ A; 4O8O A; 4RUU A; 1LF7 A; 3ZXK A; 4XMH A; 4XMD A; 4M6S A; 1B0O A; 3I17 A; 1OBQ A; 5B2A O; 4U9C A; 5BVQ A; 3PED A; 5GLQ A; 1G5W A; 3WJD A; 4ZHH A; 5KHP A; 1KL3 A; 2AF5 A; 2HKD A; 3ELZ A; 2R73 A; 1SWG A; 4DQ4 A; 2G7B A; 3LIG A; 2AVI A; 4O9S A; 4GH7 A; 3FA7 A; 1I04 A; 2GTL N; 4PSQ A; 2G79 A; 2GTL O; 4I60 A; 5GLR A; 4YH0 A; 5B29 A; 2XQR A; 1NQM A; 1KQW A; 4QNI A; 4IB8 A; 1VYG A; 2A8G A; 4KMI A; 5KIC A; 1Y4W A; 1NQN A; 5D8J A; 2G8C O; 3ZWE A; 2AEY A; 3KST A; 1I05 A; 3HK1 A; 1CBS A; 1BSO A; 1BSY A; 1FEL A; 1VWK B; 4ZHF A; 3BYJ A; 3PPT A; 2RTM A; 3VG6 A; 4XME A; 4FFF A; 4GGT A; 3S26 A; 5FKB A; 2LKK A; 3Q34 A; 4ZJ0 A; 3CBS A; 4YCH A; 2WQ9 A; 3RDQ A; 3RE5 A; 2C1S A; 3KFF A; 2OFR X; 3QEF A; 4FFH A; 3F6Z B; 2OVE A; 1LNM A; 3RSW A; 3WPV A; 2FTB A; 2A3F X; 1LKE A; 5H9N A; 3LIH A; 2RTF B; 1DF8 A; 4BCS A; 3CKG A; 2QMI A; 1ZNG A; 4YKO A; 5HAE A; 2BT9 A; 1YP7 A; 1LCW A; 3PH6 A; 1LUQ A; 5HCD C; 3C78 X; 4COT A; 1KZW A; 3APW A; 4AK6 A; 3WJB A; 5H9K A; 3FW5 A; 5HA0 A; 3RZY A; 1BWY A; 3WAU A; 3EBW A; 3D96 A; 1GT4 A; 4IB9 A; 2WSJ A; 3FW4 A; 2OL8 O; 3OE3 A; 2CM4 A; 3UEV A; 3JQO A; 5LJB A; 3D95 A; 4MVK A; 2AC1 A; 3WJG A; 5LKE A; 1OEK A; 1SWU A; 4HPD A; 4GUZ A; 1SY0 A; 4MVL A; 3T2X A; 2MHD A; 5JOX A; 4CPF A; 2X32 A; 3C7O A; 5FLW A; 2X56 A; 1IFC A; 4A1Y A; 1Y9T A; 2W2B A; 1KGL A; 5F6B A; 4U8U M; 4Y59 A; 2RTB B; 3CKF A; 4IAW A; 1FDQ A; 4YGH A; 3U0D A; 1SRJ A; 2RTP B; 3AKI A; 3STN A; 2QO5 A; 3EM0 A; 4GK9 A; 4YDB A; 5FEN A; 2LBV A; 2ZAG A; 3L4R A; 3PK2 A; 2OVD A; 1HBQ A; 4CPH B; 1X8P A; 3ZZV A; 4IAX A; 2EXK A; 3WN1 A; 4XMC A; 1PT2 A; 1GX3 A; 3RE6 A; 1QFV A; 4KC7 A; 1SLG B; 3D60 A; 4AZP A; 2FS6 A; 4GDA A; 3RY1 A; 2FGS A; 3NQ3 A; 2EXH A; 2BC3 A; 4Y0P A; 1ZNL A; 2JU7 A; 4Z2V A; 2AT3 X; 1EIO A; 4GGR A; 2ANS A; 2AT6 X; 1UYO X; 1NC9 A; 3WJF A; 4EQA C; 4N1I A; 1STS B; 3O22 A; 2VDT A; 1BRP A; 5K67 A; 1Z24 A; 2FKG A; 3PH5 A; 1ZND A; 4ARH A; 4XMF A; 1EXS A; 2FRS A; 3PDF A; 3SZI A; 1GKA B; 4OS3 A; 4FQB B; 1GXA A; 5LJD A; 4JHQ A; 3ZW1 B; 1QQS A; 1TVQ A; 3RDS A; 4D6A A; 3VHI A; 3NP1 A; 2M4L A; 5F7G A; 4Y0Q A; 2WEX A; 1G74 A; 4BJ8 A; 3TF6 A; 5FMD A; 3SOT A; 5HZ6 A; 1TOU A; 1OEJ A; 2A13 A; 1O1V A; 3RWK X; 3APX A; 1OPB A; 2RTI B; 4Z27 A; 3UEW A; 4BX5 A; 4ZCB A; 3Q6L A; 3HOE A; 3LDR A; 2G5L A; 4ZGF A; 1RLB E; 3P02 A; 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