The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
100
|
sequence length |
292
|
structure length |
292
|
Chain Sequence |
QDPLPQPIYNPTEQDIIDLKFAIADSGLSVSELVSVAWASASTFRGGDKRGGANGARLALMPQRDWDVNAAAVRALPVLEKIQKESGKASLADIIVLAGVVGVEKAASAAGLSIHVPFAPGRVDARQDQTDIEMFELLEPIADGFRNYRARLDVSTTESLLIDKAQQLTLTAPEMTALVGGMRVLGANFDGSKNGVFTDRVGVLSNDFFVNLLDMRYEWKATDESKELFEGRDRETGEVKFTASRADLVFGSNSVLRAVAEVYASSDAHEKFVKDFVAAWVKVMNLDRFDLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Peroxidase/catalase HPI
|
| publication title |
Structure of the C-terminal domain of the catalase-peroxidase KatG from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
100
|
| structure length |
292
|
| sequence length |
292
|
| ec nomenclature |
ec
1.11.1.21: Catalase peroxidase. |
| pdb deposition date | 2004-07-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CCI A; 4BM4 A; 3E2N A; 4XVA A; 4PAE A; 5L02 A; 1ZBY A; 1CYF A; 2V23 A; 4JMA A; 1LY9 A; 4BLX A; 2VO2 X; 5CCP A; 2ATJ A; 1AC8 A; 4XV5 A; 1CPF A; 3FJW A; 1BVA A; 4CVJ A; 1DSG A; 4CVI A; 4A6Z A; 1AES A; 1W4W A; 2E39 A; 2YCG A; 5KQ2 A; 5SX2 A; 1GWO A; 4FDQ A; 1CCG A; 3VLL A; 3M8M A; 1CK6 A; 5CIB A; 1V0H X; 1BEM A; 2Y6B A; 2VCN A; 5SXQ A; 3M2A A; 6CCP A; 1IYN A; 5KQK A; 1B80 A; 5CIG A; 5CIH A; 5D6M A; 2X08 A; 1KZM A; 2AS6 A; 3UT2 A; 2RBZ X; 1FHF A; 1UB2 A; 5AOG A; 5EJX A; 4BM0 A; 2B10 A; 2E3B A; 1STQ A; 1CPE A; 2CL4 X; 2PCC A; 3M2E A; 1DJ1 A; 5JHY A; 7CCP A; 4FCN A; 5L05 A; 1H3J A; 1DSO A; 1CPD A; 3FM6 A; 2EUS A; 1AC4 A; 1OAG A; 4CZN A; 3M29 A; 5JHX A; 4NVF A; 2PCB A; 4NFG A; 4BLZ A; 2ANZ A; 5FNB A; 1CCP A; 2E3A A; 1JCI A; 4JN0 A; 1HCH A; 1AA4 A; 1ARU A; 2XJ6 A; 2B0Z A; 1AEQ A; 4JM9 A; 1AEO A; 3M5Q A; 2GHH X; 2GHC X; 2W23 A; 3ATJ A; 1YYD A; 1A2G A; 3CCX A; 1H58 A; 2YLJ A; 1U75 A; 4NVN B; 2AQD A; 2EUN A; 1BEJ A; 1ZBZ A; 1H5A A; 1H5K A; 5SX3 A; 1H5H A; 2IA8 A; 2ICV A; 4NVA A; 3R98 A; 2Y5A A; 1H5G A; 1GZA A; 2V2E A; 4NVM B; 4JPU A; 2GHK X; 5ABQ A; 2VCS A; 1ARX A; 1YZR A; 4JMZ A; 1CMQ A; 4NVB A; 1GWT A; 5KQ0 A; 1SDQ A; 4NVK B; 3M25 A; 1AEK A; 3EXB A; 1DSP A; 4NVH B; 1MKQ A; 1RYC A; 2GHD X; 5KQ3 A; 4OQ7 A; 4JMS A; 4CZR A; 1SOG A; 4JB4 A; 4ATJ A; 3M27 A; 5SYL A; 1U2L A; 2RBV X; 4CUO A; 1APX A; 1BEK A; 5SX0 A; 1CCK A; 1C8I A; 2VKA A; 4XV4 A; 1EBE A; 3RIV A; 4GED A; 2RBX X; 3M26 A; 1YZP A; 2CEP A; 1DCC A; 4BLY A; 1S73 A; 1YYG A; 2N18 A; 5CIC A; 1H5F A; 2WD4 A; 5KSF A; 5SX1 A; 3VLI A; 4CZO A; 4JM8 A; 4JMB A; 4A7M A; 5SXT A; 1CCE A; 4JM6 A; 4JPT A; 4BM1 A; 1BES A; 4C50 A; 5KQH A; 5JPR A; 1ATJ A; 5SYJ A; 2BCN A; 3FMU A; 4JMW A; 5SYH A; 5KQI A; 1GWU A; 1SJ2 A; 3M2I A; 3M2G A; 1KXN A; 1LYC A; 4XV7 A; 1ARV A; 3R99 A; 3M2B A; 4CZP A; 1CPG A; 3VLM A; 5SYX A; 3E2O A; 5SX7 A; 3HDL A; 3FM4 A; 1A2F A; 5EJT A; 4FCS A; 1CMU A; 2RBY X; 2RC2 X; 2VCF X; 5SYI A; 1SCH A; 3ZCH A; 4A78 A; 1CCC A; 2VNX X; 1BEP A; 7ATJ A; 1SBM A; 5SYU A; 5CIE A; 5SW5 A; 3M2D A; 2RBW X; 2AS3 A; 4JMT A; 1LGA A; 5JQR A; 5ALA A; 1MN2 A; 3RIW A; 2XIL A; 4G05 A; 1ARP A; 2AS2 A; 1PA2 A; 1ITK A; 4A5G A; 4JQJ A; 6ATJ A; 1BGP A; 4USC A; 4CCP A; 1DSE A; 5SXS A; 1CCB A; 3FKG A; 1AEG A; 3M2H A; 4BM2 A; 3M23 A; 1DJ5 A; 1BJ9 A; 2EUU A; 2BOQ A; 3Q3U A; 5FNE A; 5SX6 A; 2EUP A; 3VLJ A; 4FEF A; 1AEB A; 1ML2 A; 2JTI A; 4NVO B; 4NVC A; 1Z53 A; 3CCP A; 5SXW A; 1CCJ A; 2XJ8 A; 2RC0 X; 1CMP A; 2EUQ A; 1H57 A; 2CCD A; 1B82 A; 2GB8 A; 1QPA A; 2RC1 X; 3VLK A; 4JMV A; 2GHE X; 5KSK A; 3WNU A; 5KQ6 A; 1HSR A; 4BM3 A; 1AEH A; 3ZCY A; 2AS1 A; 1AEF A; 1ARW A; 1H5J A; 2VNZ X; 1AET A; 4NVD A; 2CYP A; 1MN1 A; 2B11 A; 4C51 A; 1AEM A; 2CCP A; 5SYY A; 1AEU A; 1GX2 A; 5SW4 A; 1LY8 A; 1U2K A; 1QO4 A; 3VLH A; 1OAF A; 1DS4 A; 2RBT X; 4NVE A; 3FM1 A; 5CJH A; 3M28 A; 5ABN A; 4NVL A; 1U74 A; 4JQM A; 1AED A; 1AEN A; 5SXX A; 5SW6 A; 2EUR A; 1H5I A; 4JPL A; 2XJ5 A; 5ABO A; 1H55 A; 4NVG B; 4BLL A; 1H5E A; 4NVI B; 1CCL A; 2B12 A; 1MNP A; 1GW2 A; 1H5L A; 2AS4 A; 2XIF A; 4JQK A; 3M2C A; 1H5C A; 3RRW A; 1JDR A; 5SYV A; 1MKR A; 1LYK A; 1AEE A; 1S6V A; 1LLP A; 5SX0 B; 3WXO A; 2RBU X; 4XV8 A; 2X07 A; 1H5D A; 2EUT A; 1W4Y A; 1KXM A; 1CMT A; 1KOK A; 2GGN X; 5CID A; 1AEV A; 1B85 A; 1ARY A; 1U2J A; 5SYW A; 1MK8 A; 3X16 A; 4JM5 A; 5AMM A; 4NVJ B; 5AL9 A; 1H5M A; 3UW8 A; 1KRJ A; 2EUO A; 3M2F A; 1GZB A; 4CZQ A; 4JQN A; 4A71 A; 1QGJ A; 3ZCG A; 4XV6 A; 4BLN A; 5L86 A; 2XI6 A; 5SXR A; 2CCA A; 2XIH A; 5SYK A; 2Y6A A; 5JHZ A; 4CCX A; 4P4Q A; 4BLK A; 1BEQ A; 1CCA A; 5CIF A; 1AEJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CCI A; 4H79 A; 2A7U B; 2ZCA A; 4BM4 A; 3E2N A; 4XVA A; 4PAE A; 5L02 A; 1ZBY A; 1CYF A; 2V23 A; 4JMA A; 1LY9 A; 4BLX A; 2VO2 X; 5CCP A; 2ATJ A; 1AC8 A; 4XV5 A; 1CPF A; 3FJW A; 1BVA A; 4CVJ A; 1DSG A; 4CVI A; 4A6Z A; 1AES A; 1W4W A; 2E39 A; 2YCG A; 5KQ2 A; 5SX2 A; 1GWO A; 4FDQ A; 3WA8 A; 2JMX A; 1CCG A; 3VLL A; 3M8M A; 5CD4 J; 1CK6 A; 5CIB A; 1V0H X; 1BEM A; 2Y6B A; 2VCN A; 5SXQ A; 3M2A A; 6CCP A; 1IYN A; 5KQK A; 1B80 A; 5CIG A; 5CIH A; 5D6M A; 2X08 A; 1KZM A; 2AS6 A; 1ABV A; 3UT2 A; 2RBZ X; 1FHF A; 1UB2 A; 5AOG A; 5EJX A; 4BM0 A; 2B10 A; 2E3B A; 1STQ A; 1CPE A; 2CL4 X; 2PCC A; 3M2E A; 1DJ1 A; 5JHY A; 7CCP A; 4FCN A; 5L05 A; 1H3J A; 1DSO A; 1CPD A; 3FM6 A; 2EUS A; 1AC4 A; 1OAG A; 4CZN A; 3M29 A; 5JHX A; 4NVF A; 2PCB A; 4NFG A; 4BLZ A; 2ANZ A; 5FNB A; 1CCP A; 2E3A A; 1JCI A; 4JN0 A; 1HCH A; 1AA4 A; 1ARU A; 2XJ6 A; 2B0Z A; 1AEQ A; 4JM9 A; 1AEO A; 3M5Q A; 3X1L F; 2GHH X; 2GHC X; 2W23 A; 3ATJ A; 1YYD A; 1A2G A; 3CCX A; 1H58 A; 2YLJ A; 1U75 A; 4NVN B; 2AQD A; 2EUN A; 1BEJ A; 1ZBZ A; 1H5A A; 1H5K A; 5SX3 A; 1H5H A; 2IA8 A; 2ICV A; 4NVA A; 3R98 A; 2Y5A A; 1H5G A; 1GZA A; 2V2E A; 4NVM B; 4JPU A; 2GHK X; 4JZA A; 5ABQ A; 2VCS A; 1ARX A; 1YZR A; 4JMZ A; 1CMQ A; 4NVB A; 1GWT A; 5KQ0 A; 1SDQ A; 4NVK B; 3M25 A; 1AEK A; 3EXB A; 1DSP A; 4NVH B; 1MKQ A; 1RYC A; 2GHD X; 5KQ3 A; 4OQ7 A; 4JMS A; 4CZR A; 1SOG A; 4JB4 A; 4ATJ A; 3M27 A; 5SYL A; 1U2L A; 2RBV X; 4CUO A; 1APX A; 1BEK A; 5SX0 A; 1CCK A; 1C8I A; 2VKA A; 4XV4 A; 2WSS S; 1EBE A; 3RIV A; 4GED A; 2RBX X; 3M26 A; 1YZP A; 2CEP A; 1DCC A; 4BLY A; 1S73 A; 1YYG A; 2N18 A; 5CIC A; 1H5F A; 2WD4 A; 5KSF A; 5SX1 A; 3VLI A; 4CZO A; 4JM8 A; 4JMB A; 4A7M A; 5SXT A; 1CCE A; 4JM6 A; 4JPT A; 4BM1 A; 1BES A; 4C50 A; 5KQH A; 5JPR A; 1ATJ A; 5SYJ A; 2BCN A; 3FMU A; 4JMW A; 5SYH A; 5KQI A; 1GWU A; 1SJ2 A; 3M2I A; 3M2G A; 1KXN A; 1LYC A; 4XV7 A; 1ARV A; 3R99 A; 3M2B A; 4CZP A; 1CPG A; 3VLM A; 5SYX A; 3E2O A; 5SX7 A; 3HDL A; 3FM4 A; 5H9F B; 1A2F A; 5EJT A; 4FCS A; 1CMU A; 2RBY X; 2RC2 X; 2VCF X; 5SYI A; 1SCH A; 3ZCH A; 4A78 A; 1CCC A; 2VNX X; 1BEP A; 7ATJ A; 1SBM A; 5SYU A; 5CIE A; 5SW5 A; 3M2D A; 2RBW X; 2AS3 A; 4JMT A; 1LGA A; 5JQR A; 5ALA A; 1MN2 A; 3RIW A; 2XIL A; 4G05 A; 1ARP A; 2AS2 A; 1PA2 A; 1ITK A; 4A5G A; 4JQJ A; 6ATJ A; 1BGP A; 4USC A; 4CCP A; 1DSE A; 5SXS A; 1CCB A; 3FKG A; 1AEG A; 3M2H A; 4BM2 A; 3M23 A; 1DJ5 A; 1BJ9 A; 2EUU A; 2BOQ A; 3Q3U A; 5FNE A; 5SX6 A; 2EUP A; 3VLJ A; 4FEF A; 1AEB A; 1ML2 A; 2JTI A; 4NVO B; 4NVC A; 1Z53 A; 3CCP A; 5SXW A; 1CCJ A; 2XJ8 A; 2RC0 X; 1CMP A; 2EUQ A; 1H57 A; 2CCD A; 1B82 A; 2GB8 A; 1QPA A; 2RC1 X; 3VLK A; 4JMV A; 2GHE X; 5KSK A; 3WNU A; 2OEB A; 5KQ6 A; 1HSR A; 4H7A A; 4BM3 A; 1AEH A; 3ZCY A; 2AS1 A; 1AEF A; 1ARW A; 4GKF A; 1H5J A; 2VNZ X; 1AET A; 4NVD A; 2CYP A; 1MN1 A; 2B11 A; 4C51 A; 1AEM A; 2CCP A; 5SYY A; 1AEU A; 1GX2 A; 5SW4 A; 1LY8 A; 1U2K A; 2BO5 A; 1QO4 A; 3VLH A; 1OAF A; 1DS4 A; 2RBT X; 4NVE A; 3FM1 A; 5CJH A; 3M28 A; 5ABN A; 4NVL A; 1U74 A; 4JQM A; 1AED A; 1AEN A; 5SXX A; 5SW6 A; 2EUR A; 1H5I A; 4JPL A; 2XJ5 A; 5ABO A; 1H55 A; 4NVG B; 4BLL A; 1H5E A; 4NVI B; 1CCL A; 2B12 A; 1MNP A; 1GW2 A; 1H5L A; 2AS4 A; 2XIF A; 4JQK A; 3M2C A; 1H5C A; 3RRW A; 1JDR A; 5SYV A; 1MKR A; 1LYK A; 1AEE A; 1S6V A; 1LLP A; 5SX0 B; 3WXO A; 2RBU X; 4XV8 A; 2X07 A; 1H5D A; 2EUT A; 1W4Y A; 1KXM A; 1CMT A; 1KOK A; 2GGN X; 4U7U B; 5CID A; 1AEV A; 1B85 A; 1ARY A; 1U2J A; 5SYW A; 1MK8 A; 3X16 A; 4JM5 A; 5AMM A; 4NVJ B; 5AL9 A; 1H5M A; 3UW8 A; 1KRJ A; 2EUO A; 3M2F A; 1GZB A; 4CZQ A; 4JQN A; 4A71 A; 1QGJ A; 3ZCG A; 4XV6 A; 4BLN A; 5L86 A; 4QYZ B; 2XI6 A; 5SXR A; 2CCA A; 2XIH A; 5H9E B; 2ZOP A; 5SYK A; 2Y6A A; 5JHZ A; 4CCX A; 4P4Q A; 4BLK A; 1BEQ A; 1CCA A; 5CIF A; 1AEJ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1CCI A; 4H79 A; 2ZCA A; 4BM4 A; 3E2N A; 4XVA A; 4PAE A; 5L02 A; 1ZBY A; 1CYF A; 2V23 A; 4JMA A; 1LY9 A; 4BLX A; 2VO2 X; 5CCP A; 2ATJ A; 1AC8 A; 4XV5 A; 1CPF A; 3FJW A; 1BVA A; 4CVJ A; 1DSG A; 4CVI A; 4A6Z A; 1AES A; 1W4W A; 2E39 A; 2YCG A; 5KQ2 A; 5SX2 A; 1GWO A; 4FDQ A; 3WA8 A; 1CCG A; 3VLL A; 3M8M A; 5CD4 J; 1CK6 A; 5CIB A; 1V0H X; 1BEM A; 2Y6B A; 2VCN A; 5SXQ A; 3M2A A; 6CCP A; 1IYN A; 5KQK A; 1B80 A; 5CIG A; 5CIH A; 5D6M A; 2X08 A; 1KZM A; 2AS6 A; 3UT2 A; 2RBZ X; 1FHF A; 1UB2 A; 5AOG A; 5EJX A; 4BM0 A; 2B10 A; 2E3B A; 1STQ A; 1CPE A; 2CL4 X; 2PCC A; 3M2E A; 1DJ1 A; 5JHY A; 7CCP A; 4FCN A; 5L05 A; 1H3J A; 1DSO A; 1CPD A; 3FM6 A; 2EUS A; 1AC4 A; 1OAG A; 4CZN A; 3M29 A; 5JHX A; 4NVF A; 2PCB A; 4NFG A; 4BLZ A; 2ANZ A; 5FNB A; 1CCP A; 2E3A A; 1JCI A; 4JN0 A; 1HCH A; 1AA4 A; 1ARU A; 2XJ6 A; 2B0Z A; 1AEQ A; 4JM9 A; 1AEO A; 3M5Q A; 2GHH X; 2GHC X; 2W23 A; 3ATJ A; 1YYD A; 1A2G A; 3CCX A; 1H58 A; 2YLJ A; 1U75 A; 4NVN B; 2AQD A; 2EUN A; 1BEJ A; 1ZBZ A; 1H5A A; 1H5K A; 5SX3 A; 1H5H A; 2IA8 A; 2ICV A; 4NVA A; 3R98 A; 2Y5A A; 1H5G A; 1GZA A; 2V2E A; 4NVM B; 4JPU A; 2GHK X; 4JZA A; 5ABQ A; 2VCS A; 1ARX A; 1YZR A; 4JMZ A; 1CMQ A; 4NVB A; 1GWT A; 5KQ0 A; 1SDQ A; 4NVK B; 3M25 A; 1AEK A; 3EXB A; 1DSP A; 4NVH B; 1MKQ A; 1RYC A; 2GHD X; 5KQ3 A; 4OQ7 A; 4JMS A; 4CZR A; 1SOG A; 4JB4 A; 4ATJ A; 3M27 A; 5SYL A; 1U2L A; 2RBV X; 4CUO A; 1APX A; 1BEK A; 5SX0 A; 1CCK A; 1C8I A; 2VKA A; 4XV4 A; 1EBE A; 3RIV A; 4GED A; 2RBX X; 3M26 A; 1YZP A; 2CEP A; 1DCC A; 4BLY A; 1S73 A; 1YYG A; 2N18 A; 5CIC A; 1H5F A; 2WD4 A; 5KSF A; 5SX1 A; 3VLI A; 4CZO A; 4JM8 A; 4JMB A; 4A7M A; 5SXT A; 1CCE A; 4JM6 A; 4JPT A; 4BM1 A; 1BES A; 4C50 A; 5KQH A; 5JPR A; 1ATJ A; 5SYJ A; 2BCN A; 3FMU A; 4JMW A; 5SYH A; 5KQI A; 1GWU A; 1SJ2 A; 3M2I A; 3M2G A; 1KXN A; 1LYC A; 4XV7 A; 1ARV A; 3R99 A; 3M2B A; 4CZP A; 1CPG A; 3VLM A; 5SYX A; 3E2O A; 5SX7 A; 3HDL A; 3FM4 A; 5H9F B; 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