The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
99
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sequence length |
277
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structure length |
277
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Chain Sequence |
AMNVPFWTEEHVRATLPERDAESHKGTYGTALLLAGSDDMPGAALLAGLGAMRSGLGKLVIGTSENVIPLIVPVLPEATYWRDGWKKAADAQLEETYRAIAIGPGLPQTESVQQAVDHVLTADCPVILDAGALAKRTYPKREGPVILTPHPGEFFRMTGVPVNELQKKRAEYAKEWAAQLQTVIVLKGNQTVIAFPDGDCWLNPTGNGALAKGGTGDTLTGMILGMLCCHEDPKHAVLNAVYLHGACAELWTDEHSAHTLLAHELSDILPRVWKRFE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase/lyase substrate
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| molecule keywords |
ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
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| publication title |
Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
99
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| structure length |
277
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| sequence length |
277
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.136: ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase. |
| pdb deposition date | 2011-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01256 | Carb_kinase | Carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PKN A; 3NL6 A; 2DDM A; 4K8C A; 3LHX A; 4JKS A; 3RSF A; 3IBQ A; 3IN1 A; 4S1I A; 4JKU A; 3KZH A; 2PKM A; 4K93 A; 3GO7 A; 4K9I A; 1GQT A; 4O1G A; 2C49 A; 3RT9 A; 3B3L A; 1RFV A; 1KYH A; 2A9Y A; 4XF6 A; 4KAN A; 1JXH A; 1RKD A; 3RQX A; 3RRF A; 2AJP A; 2AWD A; 2F7K A; 3FHY A; 3RTE A; 3VAQ A; 1VK4 A; 2AFB A; 5BYF A; 1U2X A; 2AA0 A; 2DDO A; 4YL5 A; 3NM1 A; 3N1C A; 5TQI A; 4E8W A; 3DRW A; 3GBU A; 1LIO A; 3PL2 A; 1TZ3 A; 2PKK A; 3UMO A; 3IKH A; 3LOO A; 4LC4 A; 3PZS A; 5C3Z A; 5CGE A; 3RRB A; 2F02 A; 3RQ5 A; 3RU2 A; 1BX4 A; 2FV7 A; 5EYN A; 3MBJ A; 1LIK A; 4DC3 A; 1ESQ A; 1EKQ A; 2I5B A; 5C41 A; 3RT7 A; 5CM5 A; 4E84 A; 3KEU A; 3DZV A; 5BYC A; 4C5K A; 4K8P A; 3MBH A; 4X8F A; 3NL5 A; 2ABS A; 2JGV A; 2DDW A; 5C3Y A; 2C4E A; 3NBV A; 2AB8 A; 1UB0 A; 4N09 A; 4B8R A; 3GO6 A; 3RQ8 A; 3RRE A; 4E8Y A; 3RPZ A; 3OTX A; 4JJP A; 4EBU A; 1UA4 A; 3RQQ A; 2A9Z A; 2NWH A; 4EN4 A; 2Q5R A; 4E8Z A; 3FHX A; 3RU3 A; 1DGM A; 4E69 A; 4B8S A; 3B1N A; 1ESJ A; 2AX3 A; 2R3B A; 3I3Y A; 4N08 A; 4XDA A; 4PVV A; 2QCV A; 3RTA A; 3RTC A; 3H74 A; 3RY7 A; 5F0Z A; 1YGJ A; 3UMP A; 1YHJ A; 4DU5 A; 4KAH A; 5EY7 A; 1VM7 A; 4S1I B; 4LCA A; 3RSG A; 1LIJ A; 3ZS7 A; 1LHR A; 3IH0 A; 5F11 A; 4C5M A; 2R3E A; 3NCA A; 4UBE A; 2XTB A; 3RPH A; 2I6B A; 3UBO A; 3UQ9 A; 3KTN A; 5BYD A; 3HYO A; 3K5W A; 4XCK A; 3VAS A; 4K9C A; 3EWM A; 4K8K A; 1GC5 A; 2YXT A; 4EUM A; 3B1P A; 2QHP A; 1V19 A; 3UQ6 A; 3JUL A; 3K9E A; 3QAI A; 3NBW A; 5BYE A; 2VAR A; 1V1B A; 1RKS A; 3W4S A; 3QA2 A; 4S1M A; 3HIC A; 5C40 A; 3RS8 A; 4C5N A; 1TD2 A; 2I6A A; 1VI9 A; 2HQQ A; 4C5L A; 3KD6 A; 3RTB A; 3B1R A; 3IQ0 A; 3RS9 A; 3H49 A; 5CGA A; 3RM5 A; 1WYE A; 2ABQ A; 1RFT A; 1YGK A; 2RBC A; 3B1O A; 3LJS A; 4KBE A; 3HPD A; 1TZ6 A; 5TRW A; 3BGK A; 3RTG A; 1L2L A; 1LHP A; 3NM3 A; 3RQH A; 4LBG A; 1TYY A; 2AJR A; 2DCN A; 3NC9 A; 3NL2 A; 2YXU A; 3LKI A; 3BF5 A; 3Q92 A; 4K8T A; 4O1L A; 3RQ6 A; 3RSQ A; 3NL3 A; 3CQD A; 2PKF A; 4C5J A; 1RKA A; 1V1S A; 1LII A; 3IE7 A; 4YWR A; 3UQE A; 2JG5 A; 4WJM A; 1V1A A; 3UQD A; 1RFU A; 2HW1 A; 3RSS A; 1RK2 A; 3RTD A; 4GM6 A; 4S1H A; 3RQ2 A; 4LBX A; 2V78 A; 4KAD A; 4E3A A; 4XF7 A; 3B1Q A; 4KAL A; 3Q1Y A; 2HLZ A; 1C3Q A; 1EKK A; 3NC2 A; 5B6A A; 3RRJ A; 1JXI A; 3RO4 A; 4U7X A; 5COJ A; 4EOH A; 2JG1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PKN A; 3LHX A; 4QDI A; 2AM1 A; 4K9I A; 2C49 A; 3RRF A; 1KYH A; 4KAN A; 2AJP A; 3RTE A; 1GQY A; 1EEH A; 1U2X A; 2AA0 A; 3N1C A; 5TQI A; 2VTE A; 3DRW A; 1TZ3 A; 1GG4 A; 4LC4 A; 3PZS A; 2F02 A; 2Y68 A; 4DC3 A; 2I5B A; 3RT7 A; 4E84 A; 3DZV A; 4X8F A; 2ABS A; 2DDW A; 5C3Y A; 4ZIY A; 4B8R A; 4N09 A; 3RQ8 A; 4JJP A; 1UA4 A; 4E8Z A; 1ESJ A; 2R3B A; 3RTA A; 1J6U A; 3H74 A; 4CVL A; 2VTD A; 5EY7 A; 4S1I B; 4LCA A; 1LIJ A; 5F11 A; 4C5M A; 3HYO A; 3EWM A; 4K8K A; 4EUM A; 3B1P A; 2QHP A; 3K9E A; 1RKS A; 4HV4 A; 3HN7 A; 4C5L A; 4UAG A; 4BUC A; 3RTB A; 3RS9 A; 1RFT A; 5TRW A; 3BGK A; 3NM3 A; 4QF5 A; 4LBG A; 3NC9 A; 3LKI A; 4C5J A; 4C13 A; 2GC5 A; 4WJM A; 2HW1 A; 3QCZ A; 4GM6 A; 3RQ2 A; 4XF7 A; 2AM2 A; 3Q1Y A; 1EKK A; 1JXI A; 1JBV A; 1GQQ A; 2JG1 A; 3RSF A; 3KZH A; 1GQT A; 3RT9 A; 3UBO A; 4XF6 A; 2A9Y A; 2VOS A; 3VAQ A; 2AWD A; 3GBU A; 3ZL8 A; 5C3Z A; 1P31 A; 3RU2 A; 4CVM A; 3MBJ A; 5C41 A; 3EAG A; 3NL5 A; 3NBV A; 1UB0 A; 4E8Y A; 3OTX A; 2UUP A; 2NWH A; 3RU3 A; 4E69 A; 4C12 A; 2AX3 A; 4N08 A; 3I3Y A; 3RY7 A; 3UMP A; 1VM7 A; 3ZS7 A; 1LHR A; 3NCA A; 3RPH A; 5BYD A; 3K5W A; 3VAS A; 4CVK A; 2F00 A; 1V19 A; 2VAR A; 1V1B A; 4S1M A; 3HIC A; 3RS8 A; 4C5N A; 1TD2 A; 2I6A A; 1VI9 A; 3B1R A; 5CGA A; 1WYE A; 1YGK A; 2RBC A; 4KBE A; 3RTG A; 1L2L A; 2GC6 A; 2Y1O A; 3NL3 A; 3IE7 A; 4YWR A; 2JG5 A; 1RFU A; 3RTD A; 4KAD A; 4KAL A; 1C3Q A; 3NC2 A; 2WTZ A; 2UAG A; 3RRJ A; 5COJ A; 2WJP A; 2DDM A; 2Y66 A; 4K8C A; 4JKS A; 1P3D A; 3IN1 A; 4S1I A; 4JKU A; 2PKM A; 4K93 A; 4O1G A; 3RQX A; 5BYF A; 2F7K A; 2UUO A; 1VK4 A; 2AFB A; 2DDO A; 2XPC A; 1UAG A; 3UMO A; 3LOO A; 2FV7 A; 5EYN A; 1LIK A; 1FGS A; 3ZM6 A; 3KEU A; 4C5K A; 4K8P A; 2C4E A; 3ZM5 A; 3RRE A; 3RPZ A; 4EBU A; 3RQQ A; 1E0D A; 3FHX A; 4B8S A; 2VOR A; 3B1N A; 4XDA A; 2QCV A; 5F0Z A; 4KAH A; 3IH0 A; 2R3E A; 2XTB A; 2I6B A; 3KTN A; 2YXT A; 4BUB A; 3QAI A; 3NBW A; 3W4S A; 3QA2 A; 2Y67 A; 2HQQ A; 2X5O A; 3KD6 A; 3IQ0 A; 3H49 A; 1O5Z A; 3B1O A; 2JFF A; 3HPD A; 3RQH A; 4K8T A; 3NL2 A; 3RQ6 A; 4E3A A; 2YXU A; 3BF5 A; 3Q92 A; 4O1L A; 3RSQ A; 2PKF A; 1V1S A; 3UQD A; 1RK2 A; 4S1H A; 4LBX A; 3UAG A; 3B1Q A; 5B6A A; 4U7X A; 4EOH A; 3NRS A; 3NL6 A; 1W7K A; 3IBQ A; 2XJA A; 3GO7 A; 3PYZ A; 2GCB A; 3B3L A; 1RFV A; 1JXH A; 1RKD A; 3FHY A; 4YL5 A; 3NM1 A; 4E8W A; 5A5F A; 1LIO A; 3PL2 A; 2PKK A; 3IKH A; 5CGE A; 3RRB A; 3RQ5 A; 1BX4 A; 1ESQ A; 1EKQ A; 5CM5 A; 5BYC A; 3MBH A; 2JGV A; 2AB8 A; 3GO6 A; 2A9Z A; 4EN4 A; 2Q5R A; 1DGM A; 3RTC A; 3LK7 A; 4PVV A; 1YGJ A; 1YHJ A; 4DU5 A; 3RSG A; 4UBE A; 3UQ9 A; 4XCK A; 4K9C A; 1JBW A; 1GC5 A; 2JFH A; 3UQ6 A; 3JUL A; 2JFG A; 5BYE A; 1E8C A; 1W78 A; 5C40 A; 3RM5 A; 2ABQ A; 3LJS A; 1TZ6 A; 1LHP A; 1TYY A; 2AJR A; 2DCN A; 3CQD A; 5A5E A; 1RKA A; 1LII A; 3HJ6 A; 3UQE A; 1V1A A; 3RSS A; 2V78 A; 3N2A A; 2HLZ A; 3RO4 A; 2GCA A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2PKN A; 3NL6 A; 2DDM A; 4K8C A; 3LHX A; 4JKS A; 3RSF A; 3IBQ A; 3IN1 A; 4S1I A; 4JKU A; 3KZH A; 2PKM A; 4K93 A; 3GO7 A; 4K9I A; 1GQT A; 4O1G A; 2C49 A; 3RT9 A; 3B3L A; 1RFV A; 1KYH A; 2A9Y A; 4XF6 A; 4KAN A; 1JXH A; 1RKD A; 3RQX A; 3RRF A; 2AJP A; 2AWD A; 2F7K A; 3FHY A; 3RTE A; 3VAQ A; 1VK4 A; 2AFB A; 5BYF A; 1U2X A; 2AA0 A; 2DDO A; 4YL5 A; 3NM1 A; 3N1C A; 5TQI A; 4E8W A; 3DRW A; 3GBU A; 1LIO A; 3PL2 A; 1TZ3 A; 2PKK A; 3UMO A; 3IKH A; 3LOO A; 4LC4 A; 3PZS A; 5C3Z A; 5CGE A; 3RRB A; 2F02 A; 3RQ5 A; 3RU2 A; 1BX4 A; 2FV7 A; 5EYN A; 3MBJ A; 1LIK A; 4DC3 A; 1ESQ A; 1EKQ A; 2I5B A; 5C41 A; 3RT7 A; 5CM5 A; 4E84 A; 3KEU A; 3DZV A; 5BYC A; 4C5K A; 4K8P A; 3MBH A; 4X8F A; 3NL5 A; 2ABS A; 2JGV A; 2DDW A; 5C3Y A; 2C4E A; 3NBV A; 2AB8 A; 1UB0 A; 4N09 A; 4B8R A; 3GO6 A; 3RQ8 A; 3RRE A; 4E8Y A; 3RPZ A; 3OTX A; 4JJP A; 4EBU A; 1UA4 A; 3RQQ A; 2A9Z A; 2NWH A; 4EN4 A; 2Q5R A; 4E8Z A; 3FHX A; 3RU3 A; 1DGM A; 4E69 A; 4B8S A; 3B1N A; 1ESJ A; 2AX3 A; 2R3B A; 3I3Y A; 4N08 A; 4XDA A; 4PVV A; 2QCV A; 3RTA A; 3RTC A; 3H74 A; 3RY7 A; 5F0Z A; 1YGJ A; 3UMP A; 1YHJ A; 4DU5 A; 4KAH A; 5EY7 A; 1VM7 A; 4S1I B; 4LCA A; 3RSG A; 1LIJ A; 3ZS7 A; 1LHR A; 3IH0 A; 5F11 A; 4C5M A; 2R3E A; 3NCA A; 4UBE A; 2XTB A; 3RPH A; 2I6B A; 3UBO A; 3UQ9 A; 3KTN A; 5BYD A; 3HYO A; 3K5W A; 4XCK A; 3VAS A; 4K9C A; 3EWM A; 4K8K A; 1GC5 A; 2YXT A; 4EUM A; 3B1P A; 2QHP A; 1V19 A; 3UQ6 A; 3JUL A; 3K9E A; 3QAI A; 3NBW A; 5BYE A; 2VAR A; 1V1B A; 1RKS A; 3W4S A; 3QA2 A; 4S1M A; 3HIC A; 5C40 A; 3RS8 A; 4C5N A; 1TD2 A; 2I6A A; 1VI9 A; 2HQQ A; 4C5L A; 3KD6 A; 3RTB A; 3B1R A; 3IQ0 A; 3RS9 A; 3H49 A; 5CGA A; 3RM5 A; 1WYE A; 2ABQ A; 1RFT A; 1YGK A; 2RBC A; 3B1O A; 3LJS A; 4KBE A; 3HPD A; 1TZ6 A; 5TRW A; 3BGK A; 3RTG A; 1L2L A; 1LHP A; 3NM3 A; 3RQH A; 4LBG A; 1TYY A; 2AJR A; 2DCN A; 3NC9 A; 3NL2 A; 2YXU A; 3LKI A; 3BF5 A; 3Q92 A; 4K8T A; 4O1L A; 3RQ6 A; 3RSQ A; 3NL3 A; 3CQD A; 2PKF A; 4C5J A; 1RKA A; 1V1S A; 1LII A; 3HJ6 A; 3IE7 A; 4YWR A; 3UQE A; 2JG5 A; 4WJM A; 1V1A A; 3UQD A; 1RFU A; 2HW1 A; 3RSS A; 1RK2 A; 3RTD A; 4GM6 A; 4S1H A; 3RQ2 A; 4LBX A; 2V78 A; 4KAD A; 4E3A A; 4XF7 A; 3B1Q A; 4KAL A; 3Q1Y A; 2HLZ A; 1C3Q A; 1EKK A; 3NC2 A; 5B6A A; 3RRJ A; 1JXI A; 3RO4 A; 4U7X A; 5COJ A; 4EOH A; 2JG1 A;
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