The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
167
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sequence length |
475
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structure length |
469
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Chain Sequence |
SRFLPATAFIDPEGRNRNEVERLVQQVVDLILAKLTGAAERPPMPETPITIPEAAATEATLLQAIRDMVDGSMNPANPGYIGHMDPMPATMAILGDLVAAAVNNNMLSLEMSPSFSRLETLLLRAIAGLFGLGEQAGGVLTSGGSLANLQALAVARNVAFDSVEPGITGLAQRPVIFASEAAHTSLQKAAMLLGLGTAAVIPVRATADSRMDPEDLRARIDQARGAGQHPFCVVATAGTTTTGNIDPLAEIGAIAREHGLWFHVDAAYGGALVFSERHRWRLAGIEQADSITFNPQWLYVAKTCAMVLFRDAGVLERAFRIPAPQMRATDGFINLGEIGVQGTRHADVVKLWLTLQHIGQQGYARLIDDGYRLAERVVEGVRQRPFLRLAGEIDTNIVCFRGEPDWLPAERWDDWNAALQALLLREGKIFLSLPVYRGGRWLRAVLLNPYTTDAVIDAMFKQIDRFAGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
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| molecule keywords |
Pyridoxal-dependent decarboxylase
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| publication title |
The crystal structure of y333q mutant pyridoxal-dependent decarboxylase from sphaerobacter thermophilus dsm 20745
rcsb |
| source organism |
Sphaerobacter thermophilus dsm 20745
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| total genus |
167
|
| structure length |
469
|
| sequence length |
475
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
4.1.1.15: Glutamate decarboxylase. |
| pdb deposition date | 2014-10-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00282 | Pyridoxal_deC | Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AEU A; 3E2Z A; 5DJ1 A; 5D95 A; 1SFF A; 3GR9 A; 1OAT A; 3BWO A; 4PFF A; 3WLX A; 3II0 A; 4AO9 A; 2GSA A; 4HVK A; 1CQ6 A; 3NX3 A; 4ZM4 A; 2VGV A; 5E4Z A; 1M0O A; 1IJI A; 1FG3 A; 2F8J A; 3BCA A; 1W7M A; 2W7F A; 3NYU A; 2XBN A; 4A0H A; 3MAF B; 1LW5 A; 1Y4I A; 4GRX A; 2Z1Z A; 4MQP A; 4ZDP A; 1ASA A; 4U1T A; 3HBX A; 1W7N A; 1AIB A; 1ART A; 3AEP A; 3HVY A; 2Z9U A; 3I4J A; 2DKB A; 3QN6 A; 3RCH B; 1WYT A; 4WD2 A; 1QIT A; 1KKP A; 4A6T A; 1MAQ A; 4JEY A; 2AY5 A; 2R5C A; 3F0H A; 4JEX A; 3T32 A; 2QB3 A; 5M4D A; 2DOU A; 2PB2 A; 4RJY A; 4WP0 A; 3FFR A; 5G4J A; 4ZDO A; 1SVV A; 4Y0D A; 3H14 A; 2VIA A; 4K2M A; 4R5Z A; 1LC5 A; 4A6U A; 2VMU A; 2X5D A; 3A9X A; 2FQ6 A; 2W8T A; 3JTX A; 3PIU A; 4RKC A; 4TN4 A; 2W8V A; 3FZ8 A; 1YJZ A; 3AEN B; 5AX8 A; 3VOM A; 2TPL A; 4GE9 A; 4WYE A; 1CQ8 A; 2ZJG A; 3B8X A; 2JG2 A; 3USF A; 1WYV A; 4ITG A; 4LW4 A; 4J8L A; 1LW4 A; 3HMU A; 2VMS A; 2VLH A; 3FVU A; 2AY1 A; 2X3L A; 3NNK A; 1BQA A; 1RV3 A; 1ELQ A; 1CS1 A; 1CZE A; 2AAT A; 1D7U A; 1V2E A; 2DGL A; 2PO3 A; 2AY7 A; 4A00 A; 4ADB A; 1WYU B; 3NUB A; 1DGE A; 3QHX A; 4IYO B; 4UHN A; 4F5I A; 2Z20 A; 3D6K A; 4J5U A; 4XK1 A; 2BI2 A; 3GSB A; 4XQ2 A; 3VK4 A; 4ZM3 A; 1UU2 A; 4ZAS A; 5G2P A; 1SZK A; 1LS3 A; 4KAM A; 1YJS A; 2GMU A; 3ATH A; 1DJU A; 2HOR A; 2VMT A; 4GEB A; 1VJO A; 3FRK A; 1LK9 A; 4MKJ A; 3W1J A; 1J04 A; 2HP1 A; 5M4B A; 3WGB A; 1ASF A; 3AAT A; 1AMA A; 1IX8 A; 2FN6 A; 3JWA A; 1ARS A; 3ZZK A; 4EU1 A; 1AHG A; 2BHX A; 2W7J A; 1ZOB A; 3DR4 A; 3KKI A; 4M2K A; 2CFB A; 2EPJ A; 1AX4 A; 5EIG A; 2W7H A; 3R9A A; 2VMX A; 2WK7 A; 2BWO A; 2VIB A; 2VMV A; 1AKC A; 4E77 A; 3FVS A; 4Q76 A; 3DC1 A; 1RVY A; 3MKJ A; 4GE7 A; 1GEY A; 4MY5 A; 2BIE A; 3BC8 A; 1BJO B; 4PFN A; 2OKK A; 4L0O A; 4W8I A; 1S09 A; 4JE5 D; 4Y0H A; 9AAT A; 1M0P A; 4XJL A; 5IWQ A; 5G2Q A; 2FNU A; 4IW7 A; 3TFU A; 3B46 A; 3QPG A; 2D65 A; 3EZ1 A; 4XEW A; 2OGA A; 5EQC A; 4ISY A; 4KYO A; 4MGR A; 1BT4 A; 2CST A; 3TQX A; 3A8U X; 2CIN A; 2AY8 A; 4DBC A; 4RIZ A; 1I43 A; 5F9S A; 5M49 A; 4W91 A; 4AOA A; 3LG0 A; 3ELP A; 1B9I A; 3K7Y A; 5HHY A; 2R0T A; 4AZJ A; 2O7C A; 2W7M A; 3IHJ A; 1ECX A; 2YHK A; 3ISL A; 2NMP A; 2YKU A; 4B98 A; 2W7E A; 1AMR A; 3AEL A; 5FT8 A; 1LC7 A; 2VI8 A; 3P1T A; 4FL0 A; 1CL1 A; 1MDZ A; 2YCT A; 4WYC A; 2BIG A; 5HDM A; 1JS3 A; 2W7K A; 3NUI A; 4K2I A; 1W3U A; 3RQ1 A; 1W23 A; 3OP7 A; 1KKJ A; 2D64 A; 1YNU A; 1ZC9 A; 4WXB A; 3HT4 A; 2HOX A; 1TOI A; 2AY6 A; 3N5M A; 4UQV A; 1M6S A; 2VMR A; 1VP4 A; 3B1E A; 3EIA A; 3F9T A; 3MBB A; 5FT6 A; 3RUY A; 5LH9 A; 2Q7W A; 1UKJ A; 1AIC A; 2EZ1 A; 3H7F A; 4P3M A; 1V2D A; 2QA3 A; 3FSL A; 3FDB A; 2VGT A; 4IXZ A; 4RIT A; 4DQ6 A; 3HL2 A; 1XEY A; 3CQ5 A; 1TPL A; 2Z9W A; 4WB0 B; 1G4X A; 7AAT A; 3DOD A; 3EI9 A; 1M0N A; 1V2F A; 2WK9 A; 2CAN A; 2QB2 A; 4M2J A; 4F5H A; 4MQR A; 2W7L A; 3DYD A; 4UOY A; 2WK8 A; 3RCH A; 3I5T A; 3WKS A; 1ARI A; 4A0F A; 1AMQ A; 1X0M A; 2V0Y A; 3AEM A; 3AEM C; 3LVL B; 3PDX A; 3EI5 A; 3NDN A; 2HUI A; 2D7Y A; 4F5F A; 3GWP A; 2JIS A; 5M46 A; 2EH6 A; 3NYS A; 1IX7 A; 2BWN A; 1BW0 A; 1TOE A; 4KXK A; 1AAW A; 4R5F A; 3EI6 A; 2CH1 A; 3HLM A; 1C7O A; 3NU7 A; 3A9Z A; 3E77 A; 4ADE A; 4ATQ A; 3DXW A; 5G0A A; 1I29 A; 1JS6 A; 1TOJ A; 1ASC A; 1ASM A; 1O69 A; 1UU1 A; 4XJP A; 4XJM A; 3E2Y A; 2VMP A; 1N31 A; 1Z7D A; 3N0L A; 2VMO A; 3ZRQ A; 5EUN A; 3JZL A; 2YRI A; 1S0A A; 3K40 A; 4ADD A; 4P7Y A; 2V1P A; 2XH1 A; 3ASB A; 2WKA A; 1ASE A; 1T3I A; 1WYU A; 4IYO A; 2GQN A; 2W8U A; 3G0T A; 4JEV A; 4RLG A; 3JWB A; 3OKS A; 3PJ0 A; 2VGW A; 5J8Q A; 1CQ7 A; 3GBX A; 4I8A A; 1FG7 A; 1W7L A; 3PGY A; 3BB8 A; 2D63 A; 1C7N A; 1SF2 A; 1TOK A; 4OMA A; 4OYT A; 2E7I A; 5K8B A; 1GD9 A; 1B5P A; 4CBR A; 1WYT B; 3MAU A; 1AKB A; 1J32 A; 1BJ4 A; 1QIR A; 2PB0 A; 1ASD A; 4MSO A; 3UWC A; 1G4V A; 1GC4 A; 1SPA A; 3I16 A; 3LVM A; 4BMK A; 3DR7 A; 4EFF A; 3EI8 A; 1IAX A; 2JJF A; 1BJW A; 1CL2 A; 4RJ0 A; 4OBU A; 1DJ9 A; 2VGZ A; 1GC3 A; 2EZ2 A; 4BQ0 A; 1D7V A; 1B8G A; 2C81 A; 3QI6 A; 2VLF A; 4DGT A; 1IUG A; 4A72 A; 5F8V A; 3AEJ A; 5FT4 A; 3AEJ C; 4BHD A; 1AHE A; 2ZYJ A; 1KL1 A; 1TAR A; 3M5U A; 2VYC A; 2EO5 A; 1TAT A; 1GC2 A; 2QMA A; 3ZRP A; 4F5M A; 2YOB A; 3KGW A; 2GMS A; 2E54 A; 5EAA A; 1KL2 A; 4BA4 A; 1BJO A; 3B1C A; 2W7I A; 2AY9 A; 3BS8 A; 3B1D A; 4W1V A; 2QLR A; 1MDO A; 4WYA A; 1B4X A; 1ARG A; 1AY8 A; 3COG A; 3AOV A; 1IX6 A; 2Z9V A; 3CAI A; 4UHM A; 3ZZJ A; 5EFS A; 4JF1 A; 1BQD A; 1O62 A; 4AZK A; 4U2H A; 1ASL A; 1TAS A; 1PMO A; 1D7R A; 4LNL A; 1MGV A; 3GET A; 3VK2 A; 1AIA A; 3MC6 A; 1G7X A; 3MC6 C; 3CQ4 A; 1YAA A; 1O4S A; 3G8M A; 2CJD A; 2OKJ A; 4WYD A; 3WX9 A; 2DKJ A; 1S07 A; 2BYL A; 1N2T A; 1ZOD A; 1S06 A; 1EQB A; 2ZC0 A; 3TAT A; 4OBV A; 2HOY A; 3LY1 A; 4W1W A; 3AV7 A; 4ZSY A; 2QBT A; 3AEO A; 1GCK A; 2CTZ A; 3FVX A; 4ZWV A; 5G4I A; 4R8D A; 4WBT A; 3ASA A; 4O6Z A; 4A0R A; 4CVQ A; 4RKD A; 4TMR A; 2VMZ A; 1QJ5 A; 1ASG A; 1DJE A; 4Q6R A; 4ZAH A; 5EAV A; 1MLY A; 1XI9 A; 1MAP A; 1QIS A; 4WYG A; 5EIG B; 4F5G A; 2HUU A; 1ELU A; 1IAY A; 5TF5 A; 4F4E A; 2C7T A; 2D66 A; 4Y0I A; 2VMN A; 3FTB A; 4FFC A; 4ZDL A; 5DB5 A; 5E3K A; 3L8A A; 3PA9 A; 4AO4 A; 5JAY A; 5EUE A; 1LC8 A; 4A0G A; 1RVU A; 3E6G A; 3MAF A; 3PDB B; 1YOO A; 4ADC A; 4RM1 A; 1MLZ A; 3GJU A; 3RI6 A; 2HZP A; 2ORD A; 3QM2 A; 3W1I A; 1E5E A; 1AJS B; 3FFH A; 2Z9X A; 1E5F A; 2CY8 A; 3BCX A; 4LNJ A; 4ZWM A; 3EI7 A; 2X8U A; 1GDE A; 3WKR A; 4EB5 A; 2HP2 A; 1B5O A; 1JF9 A; 3IF2 A; 4XJO A; 5FT5 A; 3LV2 A; 1GC0 A; 1X29 A; 2JJH A; 2JGT A; 4GE4 A; 4WLJ A; 3PD6 B; 3HQT A; 4JF0 A; 1ASN A; 5DJ9 A; 3KE3 A; 4PVF A; 3K28 A; 3NRA A; 1BKG A; 3HDO A; 3E9K A; 3CQ6 A; 4IXS A; 1MDX A; 1IBJ A; 1OXP A; 1C9C A; 4EB7 A; 3L44 A; 3MEB A; 3LVK A; 2E7U A; 3DRD A; 1QJ3 A; 2EGY A; 4RAE A; 4WLH A; 2W7G A; 1FC4 A; 1G7W A; 2FYF A; 3PPL A; 4ITX A; 3BN1 A; 3ECD A; 4CBS A; 1QZ9 A; 3F6T A; 1BS0 A; 4GDY A; 1KMK A; 1DGD A; 1O61 A; 1U08 A; 1EJI A; 3CBF A; 2O1B A; 3AEN A; 4ZLV A; 4BA5 A; 3E2Z B; 1RV4 A; 1D7S A; 1AHY A; 3ACZ A; 3ZRR A; 2RFV A; 3FKD A; 3WY7 A; 1D2F A; 3EZS A; 1AHF A; 3TCM A; 3EUC A; 1GEW A; 3FD0 A; 3KGX A; 3UAK A; 3GZC A; 1C7G A; 1SZS A; 2JJG A; 2VMY A; 2BI5 A; 2C0R A; 2X5F A; 1WKH A; 1PMM A; 3DZZ A; 1UU0 A; 4Q31 A; 4E1O A; 3QGU A; 3NU8 A; 4QGR A; 4LNM A; 4F5L A; 2O0R A; 1M0Q A; 1LKC A; 1AJR A; 2ZP7 A; 4M2M A; 4JE5 A; 3FCR A; 4LW2 A; 2AY3 A; 1OXO A; 2DGM A; 3FZ6 A; 4GSA A; 5E5I A; 2VGU A; 1I48 A; 2BKW A; 5DX5 A; 3P6K A; 1H0C A; 4F5J A; 2VMW A; 2AY4 A; 3JU7 A; 1AMS A; 5G09 A; 5BJ3 A; 3R4T A; 1VEF A; 1C0N A; 3RBF A; 3VK3 A; 5LHA A; 1X28 A; 4EMY A; 1V72 A; 3AOW A; 3QBO A; 3TFT A; 1DFO A; 2R5C B; 4OT8 A; 3WCO A; 2BI1 A; 2DR1 A; 4UHO A; 1AHX A; 1I41 A; 2C44 A; 3WGC A; 4CXR A; 3DXV A; 3ELE A; 2W8W A; 3FQA A; 3Q8N A; 1SZU A; 2Z1Y A; 2YKX A; 3LWS A; 2VI9 A; 1H1C A; 4B9B A; 2OQX A; 2VGS A; 1AY4 A; 1EG5 A; 4XAU A; 1TOG A; 1ASB A; 4OC9 A; 1WST A; 2OGE A; 3N75 A; 4E3Q A; 2ZUK A; 1M4N A; 2FNI A; 2D61 A; 2D5Y A; 2OAT A; 2CJH A; 2BIA A; 4PIW A; 3FQ7 A; 2E7J A; 4E3R A; 1AKA A; 3W1H A; 2BYJ A; 3VP6 A; 2CB1 A; 1AAM A; 2CJG A; 3WCN A; 1WYV B; 1ORD A; 1PFF A; 1DKA A; 5C6U A; 1B9H A; 4TV7 A; 2G6W A; 4R2N A; 1WKG A; 4ZSW A; 2YRR A; 2BI3 A; 2Z61 A; 1S08 A; 2GB3 A; 4JEZ A; 4W1X A; 3A9Y A; 2AY2 A; 4N0B A; 4F5K A; 1Z3Z A; 2W7D A; 4N0W A; 4WYF A; 1OHY A; 3PAA A; 4NOG A; 1JG8 A; 1YIZ A; 1BJN A; 4IY7 A; 2DGK A; 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