The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
119
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sequence length |
408
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structure length |
384
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Chain Sequence |
AVIGMNEAASALTPSRVSSLPDTQRAAWQEYLARSEAQLSRDKASLAAELAPGQPLPPPPAEGKGADTMPLDKPAAWYTSKAARHVADVIVSFQTPAGGWGKNQPRDGALRLPGQHYTGENVAKVKRDRDWHYVGTIDNDATVTEIRFLAQVVSQLAPEEAAPYRDAALKGIEYLLASQFPNGGWPQVWPLEGGYHDAITYNDDALVHVAELLSDIAAGRDGFGFVPPAIRTRALEATNAAIHCIVETQVVQDGKRLGWGQQHDALTLRPTSARNFEPAALSSTESARILLFLMEIEAPSDAVKQAIRGGVAWLNTSVIRDQGAKPLWSRFYSLDGNKPVFGDRDKTIHDDVMGISQERRTGYAWYTTSPQKALSAFTKWEKRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
|
| molecule keywords |
pectate lyase
|
| publication title |
Azospirillum irakense pectate lyase displays a toroidal fold.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Azospirillum irakense
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| total genus |
119
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| structure length |
384
|
| sequence length |
408
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| ec nomenclature |
ec
4.2.2.2: Pectate lyase. |
| pdb deposition date | 2003-10-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09492 | Pec_lyase | Pectic acid lyase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4L9P B; 1H3B A; 2WII B; 1O1S B; 3SFY B; 3OXU A; 2ZIR B; 1SQC A; 1C3D A; 4C1S A; 1GHQ A; 2ZIS B; 3E33 B; 3DSX B; 1TN8 B; 1N4S B; 1O1T B; 3KLS A; 4V1S A; 3SFX B; 3CU7 A; 1QQF A; 2BB5 A; 1JCQ B; 1NL4 B; 1O6R A; 2V8K A; 2WY8 A; 3E34 B; 2NOJ A; 2PN5 A; 1TNU B; 1SA5 B; 3DST B; 1O5M B; 3DSU B; 3Q78 B; 1H3A A; 2BB6 A; 1LTX B; 1N4R B; 3E37 B; 4D4A A; 1H37 A; 3DPY B; 1S64 B; 3KSL B; 3Q7A B; 2V3P A; 1TNY B; 3DRA B; 1JCR B; 1TNO B; 2G02 A; 1D8E B; 1N4P B; 1N9A B; 5FO9 B; 4GTM B; 1N95 B; 4GTP B; 1UMP A; 3DSS B; 1FT2 B; 1O6Q A; 3SQC A; 3K7X A; 1O1R B; 4LNV A; 1KZO B; 2R2L B; 1KZP B; 3DSV B; 5JPN B; 4YDE B; 3DSW B; 4GTV B; 4GTR B; 3Q7F B; 3D5R A; 4GTS B; 3HXE B; 2H6G B; 1N94 B; 1H35 A; 5AGD A; 4YDO B; 2B39 A; 2H6I B; 2PMV A; 1R76 A; 1DCE B; 1NI1 B; 3PZ2 B; 1GXO A; 3HXB B; 3KSQ B; 4LNG B; 2I07 B; 3PZ1 B; 1GXN A; 2V3N A; 2XQW A; 2WIN B; 1N4Q B; 1O79 A; 3RJ3 A; 1H39 A; 1JCS B; 2GOX A; 4KKJ A; 2BED B; 4MU9 A; 1HZF A; 3HXF B; 3EUV B; 1FPP B; 3D5S A; 4GTQ B; 1TN6 B; 3Q73 B; 4KKI A; 3G6J B; 1LD7 B; 4D94 A; 1W6J A; 1S63 B; 1X81 B; 2V8I A; 3EU5 B; 2IEJ B; 4GTO B; 4ONT A; 1O6H A; 1LD8 B; 1FT1 B; 1D8D B; 3KQ4 A; 2V8J A; 5FO7 B; 2A73 B; 1GSZ A; 1W6K A; 1TNZ B; 2H6F B; 4ZH1 A; 3C72 B; 3OED A; 1TNB B; 5FO8 B; 3Q75 B; 1TN7 B; 4GTT B; 4MBG B; 2H6H B; 3HXC B; 2SQC A; 4LNB B; 2XWB B; 4V1R A; 4BOK A; 4M76 A; 5JPM B; 4FXG B; 4D4C A; 2G0D A; 1MZC B; 1GXM A; 1H36 A; 4ZRP A; 4ZRQ A; 2F0Y B; 4FXK B; 3E30 B; 2BBC A; 5FOB B; 1H3C A; 3PZ4 B; 3Q79 B; 1QSJ A; 4D4D A; 3PZ3 B; 4BOJ A; 4EHM B; 2WY7 A; 3HXD B; 4D4B A; 2XWJ B; 3E32 B; 1SA4 B; 1QBQ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WII B; 4GAX A; 5IKH A; 3E73 A; 3REN A; 3OXU A; 1CEM A; 1C3D A; 4TXT A; 1F9G A; 4CJ1 A; 3GZK A; 5M7Y A; 2AFA A; 1V7W A; 4V1S A; 3SFX B; 2XFG A; 4DI5 A; 3CU7 A; 3QWT A; 3WIW A; 5IK6 A; 2V8K A; 5MEH A; 3E34 B; 2PN5 A; 1O5M B; 1H3A A; 1N4R B; 3M74 A; 3QG0 A; 3DPY B; 3PYA A; 2VN4 A; 3RX8 A; 2DRR A; 3DRA B; 2X03 A; 1JCR B; 1TNO B; 1HXG A; 1D8E B; 1N9A B; 5FO9 B; 1KWF A; 4GTP B; 1FT2 B; 3SQC A; 2AHG A; 1O1R B; 4LNV A; 2A8Z A; 5IL8 A; 2FUQ A; 1XW2 A; 3ON6 A; 4DOE A; 3E7J A; 4YDE B; 3DSW B; 4GTS B; 1N94 B; 1H35 A; 3P5R A; 1N7P A; 2PMV A; 1R76 A; 1KRE A; 3PZ2 B; 3HXB B; 3PZ1 B; 3RX5 A; 1GXN A; 2WYN A; 3QXF A; 5DGQ A; 2WIN B; 2DRQ A; 3RJ3 A; 3VSM A; 2GOX A; 2WCO A; 3EUV B; 3VXD A; 1RQ5 A; 4GTQ B; 3S4D A; 4FJQ A; 1KSC A; 1X81 B; 3G4D A; 1N24 A; 2IEJ B; 1V5C A; 2V8I A; 4GTO B; 3VSN A; 3SDT A; 1D8D B; 2E22 A; 3EU8 A; 5CA3 A; 1NC5 A; 5FO7 B; 1GSZ A; 4ZH1 A; 3QSP A; 3OED A; 5FO8 B; 3Q75 B; 1LXK A; 2JG0 A; 3W7X A; 2RGK A; 1X1J A; 1KSD A; 4WVA A; 1LF6 A; 1HCU A; 4V1R A; 4BOK A; 3ACS A; 5JPM B; 4FXG B; 4Z4L A; 1C82 A; 1G9G A; 3E30 B; 4Q2B A; 3PZ4 B; 3H7L A; 4EHM B; 1GAH A; 1LOH A; 1RWG A; 1L1Y A; 3SDV A; 4D4B A; 3WKF A; 3M78 A; 1SA4 B; 3RRS A; 5GW7 A; 4L9P B; 1H3B A; 4AYR A; 3QFY A; 3A3V A; 1XWQ A; 4Q88 A; 3WC3 A; 1UT9 A; 5C05 A; 3M7B A; 1N7O A; 1IS9 A; 1RWA A; 3QDE A; 2AHF A; 2F6D A; 4L6X A; 1N7R A; 5ILJ A; 3E33 B; 3M02 A; 4OK2 A; 1GAI A; 1RWF A; 1N4S B; 1W3Y A; 2RI8 A; 3W5M A; 3KLS A; 1RW9 A; 1WU6 A; 3QXQ A; 2GZ6 A; 1H54 A; 3CIH A; 1O6R A; 1HN0 A; 1OJN A; 5M7I A; 3DST B; 1SA5 B; 3ANK A; 2RI9 A; 3Q78 B; 4RNQ A; 2BRP A; 4D4A A; 1GLM A; 5KKB A; 3KSL B; 5EAU A; 1N95 B; 3PMM A; 3DSS B; 2GH4 A; 2D8L A; 1FAE A; 5IM1 A; 4L0G A; 5JPN B; 1FBW A; 3GLY A; 1HXA A; 1IA7 A; 5GY3 A; 4GTR B; 1J0N A; 2H6G B; 5AGD A; 2EAE A; 3GT5 A; 2B39 A; 3M77 A; 1K72 A; 1N20 A; 1DCE B; 1N1B A; 1GXO A; 3KSQ B; 4ZH5 A; 3M7C A; 3W7S A; 1FBO A; 1IA6 A; 3M00 A; 4JJJ A; 3WKG A; 1VD5 A; 3AFJ A; 1QAZ A; 3QT9 A; 4MU9 A; 3RSY A; 1FPP B; 1KRF A; 4OK4 A; 1TN6 B; 3Q73 B; 2YIK A; 1S63 B; 3EU5 B; 1O6H A; 2FUT A; 1HMU A; 3PYB A; 2V8J A; 3N0F A; 1W6K A; 2H6F B; 3C72 B; 1OJM A; 5IK0 A; 1TNB B; 2FV1 A; 5ILH A; 1N21 A; 3HXC B; 1HMW A; 4TF4 A; 2XWB B; 1J0M A; 4CJ0 A; 3D3I A; 4M76 A; 3S4B A; 1KS8 A; 4MMI A; 4D4C A; 2G0D A; 5IK9 A; 1MZC B; 1H36 A; 4ZRQ A; 3ACT A; 2DRS A; 3QFZ A; 5FOB B; 1HM3 A; 1OJP A; 3Q79 B; 3EZ8 A; 3W7U A; 4BOJ A; 1UG9 A; 3E32 B; 1RWH A; 4AYP A; 2Z07 A; 3H2W A; 1O1S B; 3SFY B; 3S4A A; 5ILY A; 3WKH A; 2ZIR B; 3QPF A; 4GL3 A; 3G4F A; 5DGR A; 5ILI A; 5DHI A; 1ULV A; 3SDU A; 2D5J A; 2EAD A; 2ZIS B; 1AGM A; 3LZ9 A; 1X1H A; 1LXM A; 5GZK A; 3DSX B; 4WVB A; 3QRY A; 1JCQ B; 4FUS A; 1NL4 B; 1N22 A; 2NOJ A; 1TNU B; 1H37 A; 1F9O A; 4EL8 A; 3Q7A B; 4F10 A; 3SDR A; 2V3P A; 1KKT A; 4XUV A; 5CD2 A; 1TF4 A; 5JMD A; 3K7X A; 1KZO B; 3DSV B; 4KTR A; 5DHK A; 4GTV B; 3Q7F B; 3P2C A; 2BRV X; 1DOG A; 1NI1 B; 3WUX A; 1HV6 A; 4LNG B; 1FO3 A; 2I07 B; 2ZBL A; 3M75 A; 2V3N A; 1O79 A; 4AYQ A; 1H39 A; 1JCS B; 4KKJ A; 2BED B; 3HXF B; 3M76 A; 1WZZ A; 2JF4 A; 4D94 A; 3E6U A; 2BRW A; 1FT1 B; 3S4C A; 2FV0 A; 3T33 A; 1TN7 B; 3W7T A; 4MBG B; 2H6H B; 1XWT A; 1I8Q A; 2SQC A; 1JS4 A; 2FBA A; 3M73 A; 4LIX A; 2FUZ A; 1NXC A; 1G87 A; 5EAS A; 1FCE A; 2CQS A; 3A0O A; 4ZRP A; 2F0Y B; 4FXK B; 1HXC A; 3RX7 A; 2BBC A; 1H3C A; 1HX9 A; 1RWC A; 4YCR A; 4OZV A; 4D4D A; 3PZ3 B; 3SAE A; 2JJB A; 1H12 A; 2XWJ B; 3G6J B; 2NVP A; 1QBQ B; 1LF9 A; 2ONG A; 4AYO A; 2ZZR A; 2EAC A; 2P0V A; 1SQC A; 2OKX A; 2B4F A; 5CZL A; 5EAT A; 1N1Z A; 3E80 A; 4C1S A; 2CQT A; 1GHQ A; 1FMI A; 5JMF A; 1X1I A; 3EQA A; 5E2J A; 1TN8 B; 2DRO A; 1N7N A; 1O1T B; 3ANI A; 4ZG8 A; 1G6I A; 4KTP A; 1CB8 A; 5IKA A; 1QQF A; 2BB5 A; 4FNV A; 2WY8 A; 5ILZ A; 3S9V A; 1V7X A; 3N0G A; 1FO2 A; 3DSU B; 4J5T A; 2BB6 A; 1LTX B; 3E37 B; 1H13 A; 4NEI A; 1S64 B; 1V7V A; 3VW5 A; 3WKI A; 3X17 A; 1TNY B; 1HM2 A; 2J5C A; 2G02 A; 1N4P B; 4GTM B; 3SDQ A; 1UMP A; 3NFV A; 1O6Q A; 2R2L B; 1KZP B; 1DL2 A; 3M01 A; 1WU5 A; 4QT9 A; 3D5R A; 3HXE B; 1GA2 A; 4WU0 A; 4YDO B; 3TF4 A; 3NNB A; 2H6I B; 1WU4 A; 5ILD A; 2VN7 A; 4DOD A; 1FP3 A; 3QT3 A; 1N7Q A; 2XQW A; 3M7E A; 1N4Q B; 1X9D A; 5ILK A; 3ANJ A; 3WIR A; 1HZF A; 3M7L A; 3D5S A; 2QNO A; 4KKI A; 3AFL A; 1F9D A; 1LD7 B; 1W6J A; 2EAB A; 1OJO A; 2E24 A; 4ONT A; 1V5D A; 4CE7 A; 1LD8 B; 3WIQ A; 4F13 A; 3KQ4 A; 2ONH A; 2A73 B; 3W7W A; 1TNZ B; 1EGU A; 1H14 A; 3P5P A; 4GTT B; 1AYX A; 4LNB B; 4OJZ A; 4MMH A; 1G9J A; 1KFG A; 4WVC A; 1N23 A; 1F1S A; 3M71 A; 3K11 A; 4Z4J A; 2WDA A; 1GXM A; 5IL3 A; 3M72 A; 3H3K A; 1CLC A; 3W5N A; 1QSJ A; 4OZW A; 4E1Y A; 1L2A A; 2Q1F A; 2WY7 A; 3HXD B; #chains in the Genus database with same CATH homology 2WII B; 3E73 A; 3REN A; 3OXU A; 1CEM A; 1C3D A; 4TXT A; 4CJ1 A; 3GZK A; 5M7Y A; 2AFA A; 1V7W A; 4V1S A; 3SFX B; 2XFG A; 3CU7 A; 3QWT A; 3WIW A; 2V8K A; 5MEH A; 3E34 B; 2PN5 A; 1O5M B; 1H3A A; 1N4R B; 3M74 A; 3QG0 A; 3DPY B; 3PYA A; 2VN4 A; 3RX8 A; 2DRR A; 3DRA B; 1JCR B; 1TNO B; 1D8E B; 1N9A B; 5FO9 B; 1KWF A; 4GTP B; 1FT2 B; 3SQC A; 2AHG A; 1O1R B; 4LNV A; 2A8Z A; 1XW2 A; 3ON6 A; 4DOE A; 4YDE B; 3DSW B; 4GTS B; 1N94 B; 1H35 A; 3P5R A; 2PMV A; 1R76 A; 1KRE A; 3PZ2 B; 3HXB B; 3PZ1 B; 3RX5 A; 1GXN A; 2WYN A; 3QXF A; 5DGQ A; 2WIN B; 2DRQ A; 3RJ3 A; 2GOX A; 3EUV B; 3VXD A; 1RQ5 A; 4GTQ B; 3S4D A; 1KSC A; 1X81 B; 2V8I A; 2IEJ B; 1V5C A; 4GTO B; 3SDT A; 1D8D B; 3EU8 A; 5CA3 A; 1NC5 A; 5FO7 B; 1GSZ A; 4ZH1 A; 3QSP A; 3OED A; 5FO8 B; 3Q75 B; 2JG0 A; 3W7X A; 2RGK A; 1KSD A; 4WVA A; 1LF6 A; 1HCU A; 4V1R A; 4BOK A; 3ACS A; 5JPM B; 4FXG B; 4Z4L A; 1G9G A; 3E30 B; 4Q2B A; 3PZ4 B; 3H7L A; 4EHM B; 1GAH A; 3SDV A; 1L1Y A; 4D4B A; 3WKF A; 3M78 A; 1SA4 B; 3RRS A; 5GW7 A; 4L9P B; 1H3B A; 4AYR A; 3QFY A; 3A3V A; 1XWQ A; 4Q88 A; 3WC3 A; 1UT9 A; 3M7B A; 1IS9 A; 3QDE A; 2AHF A; 2F6D A; 4L6X A; 3E33 B; 1GAI A; 1N4S B; 2RI8 A; 3W5M A; 3KLS A; 1WU6 A; 3QXQ A; 2GZ6 A; 1H54 A; 3CIH A; 1O6R A; 5M7I A; 3DST B; 1SA5 B; 3ANK A; 2RI9 A; 3Q78 B; 4D4A A; 1GLM A; 5KKB A; 3KSL B; 1N95 B; 3PMM A; 3DSS B; 2GH4 A; 2D8L A; 1FAE A; 4L0G A; 5JPN B; 1FBW A; 3GLY A; 1IA7 A; 5GY3 A; 4GTR B; 2H6G B; 5AGD A; 2EAE A; 3GT5 A; 2B39 A; 3M77 A; 1K72 A; 1DCE B; 1GXO A; 3KSQ B; 4ZH5 A; 3M7C A; 3W7S A; 1FBO A; 1IA6 A; 4JJJ A; 3WKG A; 1VD5 A; 3AFJ A; 3QT9 A; 4MU9 A; 3RSY A; 1FPP B; 1KRF A; 1TN6 B; 3Q73 B; 2YIK A; 1S63 B; 3EU5 B; 1O6H A; 3PYB A; 2V8J A; 1W6K A; 2H6F B; 3C72 B; 1TNB B; 2FV1 A; 3HXC B; 4TF4 A; 2XWB B; 4CJ0 A; 3D3I A; 4M76 A; 3S4B A; 1KS8 A; 4D4C A; 2G0D A; 1MZC B; 1H36 A; 4ZRQ A; 3ACT A; 2DRS A; 3QFZ A; 5FOB B; 3Q79 B; 3EZ8 A; 3W7U A; 4BOJ A; 1UG9 A; 3E32 B; 4AYP A; 2Z07 A; 3H2W A; 1O1S B; 3SFY B; 3S4A A; 3WKH A; 2ZIR B; 3QPF A; 4GL3 A; 5DGR A; 1ULV A; 3SDU A; 2D5J A; 2EAD A; 2ZIS B; 1AGM A; 5GZK A; 3DSX B; 4WVB A; 3QRY A; 1JCQ B; 4FUS A; 1NL4 B; 2NOJ A; 1TNU B; 1H37 A; 1F9O A; 4EL8 A; 3Q7A B; 3SDR A; 2V3P A; 1KKT A; 4XUV A; 5CD2 A; 1TF4 A; 3K7X A; 1KZO B; 3DSV B; 4KTR A; 4GTV B; 3Q7F B; 3P2C A; 1DOG A; 1NI1 B; 3WUX A; 4LNG B; 1FO3 A; 2I07 B; 2ZBL A; 3M75 A; 2V3N A; 1O79 A; 4AYQ A; 1H39 A; 1JCS B; 4KKJ A; 2BED B; 3HXF B; 3M76 A; 1WZZ A; 2JF4 A; 4D94 A; 3E6U A; 1FT1 B; 3S4C A; 2FV0 A; 3T33 A; 1TN7 B; 3W7T A; 4MBG B; 2H6H B; 1XWT A; 2SQC A; 1JS4 A; 2FBA A; 3M73 A; 4LIX A; 2FUZ A; 1NXC A; 1G87 A; 1FCE A; 2CQS A; 4ZRP A; 3RX7 A; 2F0Y B; 4FXK B; 2BBC A; 1H3C A; 4YCR A; 4D4D A; 3PZ3 B; 3SAE A; 2JJB A; 1H12 A; 2XWJ B; 3G6J B; 2NVP A; 1QBQ B; 1LF9 A; 4AYO A; 2ZZR A; 2EAC A; 2P0V A; 1SQC A; 2OKX A; 2B4F A; 5CZL A; 4C1S A; 2CQT A; 1GHQ A; 1FMI A; 3EQA A; 5E2J A; 1TN8 B; 2DRO A; 1O1T B; 3ANI A; 4ZG8 A; 1G6I A; 4KTP A; 1QQF A; 2BB5 A; 2WY8 A; 3S9V A; 1V7X A; 1FO2 A; 3DSU B; 4J5T A; 2BB6 A; 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