The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
162
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sequence length |
392
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structure length |
392
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Chain Sequence |
GSMDITMFKEDLKSHLEEKIIPFWQSLKDDEFGGYYGYMDFNLNIDRKAQKGCVLNSRILWFFSACYNVLKSEKCKEMAFHAFEFLKNKFWDKEYEGLFWSVSHKGVPVDVTKHVYVQAFGIYGLSEYYEASGDEEALHMAKRLFEILETKCKRENGYTEQFERNWQEKENRFLSENGVIASKTMNTHLHVLESYTNLYRLLKLDDVYEALEWIVRLFVDKIYKKGTGHFKVLCDDNWNELIKAVSYGHDIEASWLLDQAAKYLKDEKLKEEVEKLALEVAQITLKEAFDGQSLINEMIEDRIDRSKIWWVEAETVVGFFNAYQKTKEEIYLDAAIKTWEFIKEHLVDRRKNSEWLWKVNEDLEAVNMPIVEQWKCPYHNGRMCLEIIKRVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| molecule keywords |
Cellobiose 2-epimerase
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| publication title |
Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
rcsb |
| source organism |
Caldicellulosiruptor saccharolyticus dsm 8903
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| total genus |
162
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| structure length |
392
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| sequence length |
392
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| ec nomenclature |
ec
5.1.3.11: Cellobiose epimerase. |
| pdb deposition date | 2015-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07221 | GlcNAc_2-epim | N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CJ1 A; 4DOD A; 2F6D A; 4AYR A; 1FO3 A; 4AYP A; 4Z4L A; 1RQ5 A; 4WVC A; 4KTR A; 4Q88 A; 2ZZR A; 3WIW A; 4CE7 A; 1TF4 A; 3QXQ A; 4ZH5 A; 1KWF A; 1X9D A; 2GZ6 A; 1FCE A; 5M7I A; 1KRF A; 3H2W A; 4WVA A; 2EAD A; 3ANI A; 1G9J A; 3GLY A; 4WU0 A; 1WU5 A; 2GH4 A; 2WYN A; 1AGM A; 1FBO A; 2FUZ A; 2EAC A; 1LF6 A; 1IS9 A; 3QFY A; 4EL8 A; 3RX8 A; 3QT3 A; 2B4F A; 1GA2 A; 5GW7 A; 1KRE A; 1IA7 A; 1G9G A; 1KKT A; 3S4D A; 1JS4 A; 2AHF A; 2DRR A; 3D3I A; 3W5N A; 3X17 A; 4TXT A; 5MEH A; 2EAE A; 3W7W A; 1FAE A; 2RI9 A; 2D5J A; 3QG0 A; 3RX7 A; 4AYO A; 3EZ8 A; 1CLC A; 1K72 A; 3CIH A; 1H54 A; 1F9O A; 2AHG A; 1IA6 A; 1XWT A; 1H14 A; 3QSP A; 3W5M A; 2RGK A; 2CQS A; 1H12 A; 1GAI A; 1V7V A; 3VW5 A; 4ZG8 A; 1FMI A; 3WKG A; 3GT5 A; 1V5C A; 3QPF A; 1F9D A; 1V7W A; 1H13 A; 2DRS A; 3RRS A; 1DOG A; 1UG9 A; 3RX5 A; 5DGR A; 5CD2 A; 3W7U A; 2Z07 A; 3S4A A; 4AYQ A; 3ACS A; 3WKI A; 1GAH A; 1XWQ A; 3WC3 A; 5DGQ A; 1KSD A; 2A8Z A; 4TF4 A; 5CZL A; 3RSY A; 5M7Y A; 1FO2 A; 1LF9 A; 3QFZ A; 2FV1 A; 1WU6 A; 2JG0 A; 3QRY A; 2DRQ A; 2XFG A; 3ANJ A; 4KTP A; 1FBW A; 3W7S A; 5CA3 A; 1WU4 A; 2ZBL A; 1FP3 A; 3H3K A; 3A3V A; 3WKH A; 2CQT A; 2YIK A; 3ON6 A; 1NC5 A; 4CJ0 A; 3AFJ A; 2JJB A; 3S4B A; 3QT9 A; 3ANK A; 3EQA A; 3QWT A; 2VN7 A; 3E6U A; 1VD5 A; 1DL2 A; 2QNO A; 4Q2B A; 3ACT A; 1KS8 A; 3WIR A; 1L2A A; 1G6I A; 4XUV A; 3WKF A; 3WIQ A; 2OKX A; 1V5D A; 4FUS A; 4L6X A; 3W7X A; 2RI8 A; 1KFG A; 1XW2 A; 3QDE A; 1L1Y A; 1V7X A; 1G87 A; 3GZK A; 1UT9 A; 2FV0 A; 5KKB A; 2NVP A; 2EAB A; 2D8L A; 4DOE A; 3K11 A; 5E2J A; 4Z4J A; 1HCU A; 1AYX A; 2P0V A; 2VN4 A; 3VXD A; 2JF4 A; 3QXF A; 3E73 A; 2DRO A; 4L0G A; 1WZZ A; 3P2C A; 1ULV A; 3H7L A; 3TF4 A; 5GY3 A; 1GLM A; 3WUX A; 1CEM A; 3S4C A; 4WVB A; 3REN A; 1KSC A; 3PMM A; 3T33 A; 1NXC A; 4JJJ A; 4J5T A; 2FBA A; 2AFA A; 3W7T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F6D A; 4AYR A; 1FO3 A; 3WIW A; 3KSL B; 4ZRP A; 4ZH5 A; 1MZC B; 5M7I A; 1FCE A; 5C05 A; 1G9J A; 1N9A B; 3E7J A; 3Q75 B; 2B39 A; 1AGM A; 1SA4 B; 1N1Z A; 2I07 B; 4EHM B; 1NI1 B; 3QFY A; 3M78 A; 4D4A A; 1TN7 B; 3E30 B; 1N95 B; 2V8I A; 2B4F A; 2BRV X; 5JPM B; 3M00 A; 1IA7 A; 1G9G A; 3S4D A; 1N22 A; 4M76 A; 5ILI A; 3DSU B; 3A0O A; 3DSX B; 5IM1 A; 4YDE B; 3QG0 A; 2D5J A; 4LIX A; 4YDO B; 1CLC A; 4L9P B; 1HXG A; 1F9O A; 1GXO A; 4FXG B; 5IL8 A; 3VW5 A; 1O6R A; 4GTV B; 2H6F B; 2BB6 A; 4GTR B; 5DHK A; 1O1S B; 3QPF A; 5AGD A; 4GTQ B; 5CD2 A; 2WY7 A; 2H6G B; 1O5M B; 1HN0 A; 4TF4 A; 5IK9 A; 5IKH A; 5M7Y A; 1WU6 A; 1FBW A; 1HM2 A; 1H3A A; 2H6H B; 3WKH A; 4ZRQ A; 3PYB A; 4OJZ A; 1N4P B; 1NC5 A; 2ONH A; 4LNV A; 3AFJ A; 5GZK A; 1RWG A; 3S4B A; 1LXM A; 3DPY B; 3SDT A; 1D8E B; 1I8Q A; 3Q73 B; 2VN7 A; 3E6U A; 3NFV A; 4Q2B A; 3M72 A; 1KS8 A; 1O1T B; 1TNY B; 1W6K A; 1N7Q A; 1GSZ A; 3Q7F B; 4E1Y A; 4D4C A; 4FUS A; 1TNO B; 1UT9 A; 4NEI A; 3OED A; 3E34 B; 2D8L A; 4DOE A; 5E2J A; 3SDU A; 1AYX A; 3QXF A; 3E73 A; 2DRO A; 1ULV A; 1H39 A; 3P5R A; 1GXN A; 1TNZ B; 1CEM A; 4LNG B; 1KSC A; 3T33 A; 4JJJ A; 1RWF A; 1O6Q A; 5FOB B; 2A73 B; 3SQC A; 4Z4L A; 1RQ5 A; 3SDQ A; 4WVC A; 1HV6 A; 3E37 B; 4C1S A; 3M77 A; 4OK4 A; 1F1S A; 4ONT A; 1X1J A; 4WVA A; 4GTM B; 1JCS B; 1H3B A; 4WU0 A; 2V8J A; 2WYN A; 2R2L B; 3D5R A; 2BRP A; 1LD7 B; 5ILK A; 3EU8 A; 2V3N A; 1EGU A; 3EU5 B; 3N0F A; 1KRE A; 5IK0 A; 1TNU B; 2AHF A; 1NL4 B; 1TNB B; 1J0M A; 2BRW A; 4GTO B; 3W5N A; 3X17 A; 5DHI A; 3SAE A; 3W7W A; 2SQC A; 4AYO A; 3EZ8 A; 1GXM A; 1H54 A; 3VSN A; 3W5M A; 3QSP A; 1GAI A; 1DCE B; 2GOX A; 4ZG8 A; 5JPN B; 1O79 A; 1V5C A; 1V7W A; 1QBQ B; 2DRS A; 2ZIR B; 3G4F A; 1UG9 A; 2Z07 A; 1X1H A; 3ACS A; 1GAH A; 1N94 B; 2A8Z A; 3NNB A; 3RSY A; 5FO8 B; 1FO2 A; 3QFZ A; 2JG0 A; 2NOJ A; 3P5P A; 3QRY A; 4KTP A; 2ZBL A; 1FP3 A; 2CQT A; 2FUQ A; 1W3Y A; 1N20 A; 2JJB A; 3EQA A; 2PMV A; 3M7C A; 2J5C A; 3QWT A; 2V3P A; 2QNO A; 3VSM A; 2G0D A; 3ACT A; 1QQF A; 1SA5 B; 3PZ4 B; 3WIR A; 3M7E A; 4XUV A; 1TN8 B; 1C3D A; 4L6X A; 2Q1F A; 1KFG A; 1N7P A; 1N4S B; 1G87 A; 1RWA A; 3GZK A; 2FV0 A; 1HMW A; 4KKJ A; 1HCU A; 2P0V A; 3Q78 B; 2VN4 A; 2WDA A; 2WY8 A; 1N1B A; 1N7O A; 3P2C A; 1KZO B; 5GY3 A; 3S4C A; 2F0Y B; 1OJP A; 3REN A; 3M75 A; 4ZH1 A; 1NXC A; 5ILJ A; 2FBA A; 4CJ1 A; 1LOH A; 1H3C A; 1SQC A; 2ZZR A; 1TF4 A; 3QXQ A; 4GAX A; 1KRF A; 3H2W A; 2XWB B; 2EAD A; 3LZ9 A; 2G02 A; 1KZP B; 1WU5 A; 3DSV B; 3HXD B; 1FBO A; 2FUZ A; 4GTP B; 1N4R B; 4MMH A; 2EAC A; 1LF6 A; 4GTS B; 1HX9 A; 3RX8 A; 3G6J B; 3QT3 A; 1GA2 A; 5GW7 A; 4FNV A; 1KKT A; 5EAT A; 3M74 A; 4OZW A; 3N0G A; 5MEH A; 3SFY B; 3DSW B; 3RJ3 A; 3RX7 A; 4BOK A; 1JCR B; 3E80 A; 1K72 A; 2AHG A; 1XWT A; 2XWJ B; 1N7N A; 3M7L A; 4FJQ A; 2RGK A; 3EUV B; 1N24 A; 1V7V A; 3M73 A; 3SDR A; 1HMU A; 1H37 A; 4V1S A; 1F9D A; 1FT1 B; 1H13 A; 4LNB B; 3SFX B; 5DGR A; 4AYQ A; 5IL3 A; 1XWQ A; 2BB5 A; 1UMP A; 3WC3 A; 2BBC A; 5ILH A; 5DGQ A; 1KSD A; 3M01 A; 5FO9 B; 5CZL A; 3AFL A; 1LF9 A; 2FV1 A; 2WIN B; 2XFG A; 2H6I B; 5CA3 A; 1WU4 A; 3G4D A; 3H3K A; 3A3V A; 4V1R A; 2YIK A; 1OJO A; 4OK2 A; 4GTT B; 2WCO A; 5IKA A; 1H36 A; 1D8D B; 3S9V A; 2ONG A; 1LXK A; 1QSJ A; 3M7B A; 1LD8 B; 1HM3 A; 1C82 A; 2OKX A; 1V5D A; 3W7X A; 1XW2 A; 3C72 B; 4D94 A; 1TN6 B; 2X03 A; 1N7R A; 2NVP A; 2PN5 A; 3HXE B; 3CU7 A; 3VXD A; 1WZZ A; 3H7L A; 1GLM A; 3DST B; 3HXC B; 4J5T A; 1QAZ A; 3HXF B; 2WII B; 3DRA B; 1HXA A; 2E24 A; 3Q7A B; 4DOD A; 4AYP A; 5ILZ A; 3K7X A; 4KTR A; 4Q88 A; 4CE7 A; 1KWF A; 1X9D A; 5FO7 B; 1OJM A; 2GZ6 A; 2XQW A; 3ANI A; 3GLY A; 2IEJ B; 3Q79 B; 1FT2 B; 2GH4 A; 1O1R B; 4RNQ A; 1J0N A; 4KKI A; 2E22 A; 1O6H A; 4MMI A; 1IS9 A; 3KQ4 A; 4EL8 A; 4MU9 A; 1CB8 A; 1H35 A; 4D4B A; 5EAS A; 3E32 B; 1JS4 A; 3KLS A; 2DRR A; 3D3I A; 4TXT A; 2EAE A; 5IK6 A; 1HZF A; 1FAE A; 2RI9 A; 1N21 A; 3HXB B; 1W6J A; 2BED B; 4GL3 A; 3CIH A; 1IA6 A; 1H14 A; 3M76 A; 3KSQ B; 2CQS A; 1H12 A; 4D4D A; 4FXK B; 5ILD A; 2ZIS B; 1OJN A; 1FMI A; 3WKG A; 1F9G A; 1FPP B; 3GT5 A; 3RRS A; 1DOG A; 3RX5 A; 3PZ1 B; 3W7U A; 3S4A A; 4F13 A; 3WKI A; 4OZV A; 5ILY A; 1RWH A; 3OXU A; 4F10 A; 5JMD A; 2DRQ A; 3ANJ A; 3W7S A; 1LTX B; 3M71 A; 1S63 B; 3ON6 A; 4CJ0 A; 1HXC A; 3E33 B; 3QT9 A; 3ANK A; 3SDV A; 3PYA A; 1VD5 A; 1DL2 A; 1RW9 A; 4QT9 A; 1N23 A; 5JMF A; 5EAU A; 1L2A A; 1G6I A; 3WKF A; 3WIQ A; 1R76 A; 2RI8 A; 4YCR A; 1GHQ A; 3QDE A; 1L1Y A; 1V7X A; 1X1I A; 5KKB A; 2V8K A; 4BOJ A; 1RWC A; 2EAB A; 3PZ2 B; 3DSS B; 2FUT A; 4DI5 A; 3K11 A; 4Z4J A; 1JCQ B; 2JF4 A; 4L0G A; 3M02 A; 4MBG B; 1S64 B; 3TF4 A; 3WUX A; 1X81 B; 3D5S A; 4WVB A; 3PMM A; 3PZ3 B; 1N4Q B; 2AFA A; 3W7T A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2F6D A; 4AYR A; 1FO3 A; 3WIW A; 3KSL B; 4ZRP A; 4ZH5 A; 1MZC B; 5M7I A; 1FCE A; 1G9J A; 1N9A B; 3Q75 B; 2B39 A; 1AGM A; 1SA4 B; 2I07 B; 4EHM B; 1NI1 B; 3QFY A; 3M78 A; 4D4A A; 1TN7 B; 3E30 B; 1N95 B; 2V8I A; 2B4F A; 5JPM B; 1IA7 A; 1G9G A; 3S4D A; 4M76 A; 3DSU B; 3DSX B; 4YDE B; 3QG0 A; 2D5J A; 4LIX A; 4YDO B; 1CLC A; 4L9P B; 1F9O A; 1GXO A; 4FXG B; 3VW5 A; 1O6R A; 4GTV B; 2H6F B; 2BB6 A; 4GTR B; 1O1S B; 3QPF A; 5AGD A; 4GTQ B; 5CD2 A; 2WY7 A; 2H6G B; 1O5M B; 4TF4 A; 5M7Y A; 1WU6 A; 1FBW A; 1H3A A; 2H6H B; 3WKH A; 4ZRQ A; 3PYB A; 1N4P B; 1NC5 A; 4LNV A; 3AFJ A; 5GZK A; 3S4B A; 3DPY B; 3SDT A; 1D8E B; 3Q73 B; 2VN7 A; 3E6U A; 4Q2B A; 3M72 A; 1KS8 A; 1O1T B; 1TNY B; 1W6K A; 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