The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
150
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sequence length |
371
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structure length |
370
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Chain Sequence |
GDDWLKKSTKTAVIQLTRAAQTYTPGMNPRSVNPDGTVRLAPPRDWTTGFFPGTLWYGYELSGDKNLAAEAKRFTLALDTIQYVKDTHDLGFMLYCSYGNAYRVTGDKIYLKPLENGAANLYARFNKKVGAIRSWDFGHWQFPVIIDNLMNLEYLYWAGKEFNKPEWFDAAKTHAVTTMKNHFRKDYSSYHVIYDTLSGKVLQRETHQGLTNESAWARGQAWGLYGYTMSYKDTKDKKFIEHAEHIAAFIMNHPAMPADKIPLWDFDVHNRDRSPRDASAAAVIASALLDLSTQVKDGQKYFKFAEDILKTLSSDEYLAKPGENQFFILKHSVGALLYNSEIDTPLNYADYYYLEALKRYAEIKKIDLKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Glycosyl hydrolase family 88
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| publication title |
Crystal structure of a bacterial unsaturated glucuronyl hydrolase with specificity for heparin
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pedobacter heparinus
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| total genus |
150
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| structure length |
370
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| sequence length |
371
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-09-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07470 | Glyco_hydro_88 | Glycosyl Hydrolase Family 88 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CEM A; 1ULV A; 5GY3 A; 4ZG8 A; 1FP3 A; 5MEH A; 3T33 A; 4AYP A; 4WVB A; 1NC5 A; 3E73 A; 1IS9 A; 3WKF A; 3RX8 A; 3QRY A; 2ZZR A; 3RRS A; 3H2W A; 3P2C A; 4L6X A; 4AYO A; 2NVP A; 1V7W A; 5CZL A; 3W7T A; 1G9J A; 1RQ5 A; 2EAE A; 1H13 A; 1H12 A; 4AYQ A; 4CE7 A; 4EL8 A; 4DOE A; 1KSD A; 1GLM A; 2B4F A; 1FCE A; 1KFG A; 4CJ1 A; 4FUS A; 5KKB A; 3W7S A; 1FBW A; 3H3K A; 4XUV A; 4ZH5 A; 4Q88 A; 1XWT A; 1JS4 A; 1X9D A; 3EZ8 A; 2OKX A; 5CA3 A; 1DOG A; 3QFY A; 1FO3 A; 3AFJ A; 2JF4 A; 4AYR A; 1G87 A; 2RI9 A; 1GAH A; 1AGM A; 1KRE A; 1XW2 A; 3QXQ A; 3RSY A; 3QWT A; 3D3I A; 3WKG A; 4CJ0 A; 4DOD A; 3REN A; 3CIH A; 1FMI A; 1H14 A; 1WZZ A; 2CQS A; 2RI8 A; 1VD5 A; 2VN7 A; 1GA2 A; 1NXC A; 2AHF A; 4Q2B A; 1F9O A; 1WU5 A; 2XFG A; 2D5J A; 3ACT A; 3EQA A; 4WU0 A; 3K11 A; 1LF9 A; 3ANK A; 1KKT A; 4TF4 A; 3WKI A; 4Z4L A; 3RX7 A; 1KRF A; 1WU4 A; 5M7I A; 3W7U A; 1V7V A; 3TF4 A; 3WIQ A; 3S4D A; 2FBA A; 3W7W A; 1KS8 A; 3QDE A; 4WVC A; 3GZK A; 3WIR A; 2JJB A; 2D8L A; 4WVA A; 3QG0 A; 2A8Z A; 2DRO A; 2EAB A; 2VN4 A; 1K72 A; 1AYX A; 2ZBL A; 5DGR A; 3S4B A; 2FV1 A; 4KTP A; 1KWF A; 1FO2 A; 3ANI A; 3W5M A; 4J5T A; 1V5C A; 2DRR A; 1GAI A; 3ACS A; 1FBO A; 4Z4J A; 3VW5 A; 3VXD A; 3PMM A; 2EAC A; 2WYN A; 1TF4 A; 5DGQ A; 5M7Y A; 1XWQ A; 4JJJ A; 3X17 A; 1G6I A; 2GZ6 A; 3H7L A; 1FAE A; 1L2A A; 3A3V A; 2GH4 A; 2JG0 A; 2P0V A; 3WUX A; 3W5N A; 4TXT A; 3QFZ A; 5GW7 A; 5CD2 A; 1KSC A; 2AHG A; 3S4C A; 3W7X A; 3ON6 A; 1F9D A; 2FUZ A; 3QXF A; 1LF6 A; 2Z07 A; 3E6U A; 1UT9 A; 2DRS A; 1L1Y A; 3QPF A; 2FV0 A; 5E2J A; 3QT3 A; 3WC3 A; 1WU6 A; 3ANJ A; 1H54 A; 1DL2 A; 3WKH A; 3QT9 A; 1IA6 A; 2EAD A; 2QNO A; 1IA7 A; 3QSP A; 1G9G A; 1UG9 A; 4L0G A; 1V5D A; 4KTR A; 1CLC A; 1V7X A; 2AFA A; 2CQT A; 3GLY A; 3RX5 A; 2RGK A; 3WIW A; 3S4A A; 3GT5 A; 1HCU A; 2DRQ A; 2YIK A; 2F6D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KZP B; 1CEM A; 4OK2 A; 5MEH A; 3T33 A; 4FNV A; 4WVB A; 4AYP A; 2I07 B; 5ILK A; 3N0G A; 3RX8 A; 1R76 A; 1X81 B; 3LZ9 A; 3P5P A; 1TNB B; 1N1B A; 3H2W A; 1TN7 B; 1TNY B; 3W7T A; 1G9J A; 4CE7 A; 1H12 A; 3M75 A; 2ONH A; 1KFG A; 3M7E A; 3EU8 A; 5KKB A; 5DHK A; 1X9D A; 2WII B; 3EZ8 A; 3HXD B; 2G02 A; 2V3P A; 1FT1 B; 2JF4 A; 4AYR A; 1O1R B; 5ILD A; 1GAH A; 1AGM A; 1N7R A; 2BB5 A; 4FJQ A; 3M02 A; 3D3I A; 3VSN A; 3WKG A; 4ZRQ A; 1F9G A; 4OZW A; 1N1Z A; 3RJ3 A; 2J5C A; 1WZZ A; 1GA2 A; 1HV6 A; 2XFG A; 2PMV A; 4GL3 A; 4M76 A; 1S63 B; 3ANK A; 3WKI A; 1J0M A; 3RX7 A; 1N95 B; 3HXB B; 2FUT A; 3WIQ A; 3S4D A; 4D94 A; 2PN5 A; 4NEI A; 3QDE A; 4WVC A; 4C1S A; 4WVA A; 4OJZ A; 2WY7 A; 2DRO A; 2EAB A; 2VN4 A; 1AYX A; 1TN6 B; 3SDU A; 3S4B A; 1N9A B; 3M78 A; 3W5M A; 1GAI A; 1N21 A; 3N0F A; 4Z4J A; 3DSS B; 1TF4 A; 1XWQ A; 1X1H A; 2BRV X; 3H7L A; 3A3V A; 2GH4 A; 2JG0 A; 1GHQ A; 5IL8 A; 5C05 A; 4GTO B; 3QFZ A; 1GXN A; 3S4C A; 3ON6 A; 1RWH A; 1H3A A; 2FUZ A; 5JMD A; 5EAT A; 5E2J A; 1OJM A; 3KLS A; 4MBG B; 4LIX A; 1GXM A; 1IA6 A; 2EAD A; 2QNO A; 2XWJ B; 3RX5 A; 4F10 A; 1V5D A; 1W3Y A; 1V7X A; 1N7Q A; 1OJN A; 3WIW A; 2RGK A; 3S4A A; 3DSV B; 3D5R A; 3M73 A; 2H6H B; 1O1T B; 4GTP B; 5AGD A; 1N22 A; 4MU9 A; 4ZG8 A; 1N23 A; 1CB8 A; 3KSL B; 4BOJ A; 1O1S B; 5GZK A; 2NVP A; 5CZL A; 1EGU A; 2H6G B; 1LTX B; 3DSU B; 1N24 A; 4DOE A; 1GSZ A; 1O5M B; 4CJ1 A; 3M7L A; 4LNB B; 2ZIS B; 1C3D A; 1H36 A; 1JS4 A; 3Q7F B; 4LNV A; 3SDT A; 2WIN B; 1F1S A; 3QFY A; 4V1R A; 2E24 A; 5FO9 B; 4LNG B; 1N4P B; 3K7X A; 4CJ0 A; 3REN A; 3CIH A; 3EUV B; 1FMI A; 4EHM B; 1H14 A; 2RI8 A; 1NXC A; 1TNZ B; 1F9O A; 4GTS B; 3ACT A; 3K11 A; 1QBQ B; 4RNQ A; 4YCR A; 4TF4 A; 3PZ4 B; 2WCO A; 5ILI A; 2BB6 A; 1N4Q B; 2IEJ B; 1KRF A; 5M7I A; 3CU7 A; 1V7V A; 4MMH A; 3TF4 A; 2FBA A; 3W7W A; 3M77 A; 3GZK A; 2H6F B; 2D8L A; 2JJB A; 2A8Z A; 2ZBL A; 1O6R A; 1FPP B; 3Q73 B; 1DCE B; 1HX9 A; 5DGR A; 3ANI A; 4J5T A; 1MZC B; 1V5C A; 2DRR A; 5JPM B; 1S64 B; 1FBO A; 3VXD A; 4BOK A; 3G6J B; 1RW9 A; 3PYA A; 4FXG B; 2WY8 A; 3E32 B; 1G6I A; 4YDO B; 5ILH A; 1H39 A; 1NL4 B; 1OJO A; 2ONG A; 1O6H A; 3DPY B; 2BRW A; 1RWC A; 2E22 A; 5GW7 A; 4D4D A; 3SQC A; 2XWB B; 2SQC A; 1QQF A; 1J0N A; 1N4S B; 1QSJ A; 1LF6 A; 1L1Y A; 1GXO A; 1WU6 A; 4FXK B; 3M71 A; 1JCQ B; 3WKH A; 3QSP A; 1FT2 B; 4GTV B; 1UG9 A; 4L0G A; 4MMI A; 1CLC A; 5FO8 B; 1HM3 A; 2Q1F A; 2G0D A; 1N7P A; 1TN8 B; 2WDA A; 1H35 A; 3M7C A; 2GOX A; 2DRQ A; 3Q78 B; 4ONT A; 4D4A A; 5ILZ A; 1ULV A; 2BRP A; 4V1S A; 3SFY B; 4GAX A; 5GY3 A; 1FP3 A; 3PZ1 B; 1NC5 A; 1IS9 A; 3WKF A; 3QRY A; 5DHI A; 1N7N A; 1SQC A; 4QT9 A; 4F13 A; 3SDV A; 4EL8 A; 1RQ5 A; 2EAE A; 3PZ3 B; 1GLM A; 1FCE A; 1RWF A; 4DI5 A; 3DST B; 1LD8 B; 1QAZ A; 1HXG A; 3E34 B; 3W7S A; 1FBW A; 2F0Y B; 2XQW A; 3H3K A; 4ZH5 A; 2OKX A; 3A0O A; 3SAE A; 5CA3 A; 1HZF A; 1FO3 A; 1HXC A; 1G87 A; 2RI9 A; 3E33 B; 3SDQ A; 5EAU A; 5JPN B; 1N7O A; 3KQ4 A; 1LXK A; 3P5R A; 4GTT B; 1LOH A; 2AHF A; 3M7B A; 1WU5 A; 3NNB A; 4Q2B A; 2D5J A; 1C82 A; 3Q79 B; 4Z4L A; 1O79 A; 3AFL A; 1HMW A; 2BBC A; 1TNO B; 4D4C A; 1KS8 A; 3OXU A; 2V8I A; 5IKA A; 1N4R B; 2H6I B; 4L9P B; 2B39 A; 4D4B A; 3M01 A; 1N20 A; 4KTP A; 1FO2 A; 1UMP A; 2FUQ A; 3VW5 A; 1SA4 B; 2WYN A; 5IL3 A; 4JJJ A; 1H3B A; 3PYB A; 2GZ6 A; 1FAE A; 1L2A A; 2P0V A; 3W5N A; 4TXT A; 3HXF B; 1KSC A; 3W7X A; 1HMU A; 3EU5 B; 2Z07 A; 1UT9 A; 1RWA A; 2ZIR B; 3WC3 A; 3ANJ A; 1N94 B; 5IM1 A; 3D5S A; 3E37 B; 2A73 B; 3SFX B; 1D8E B; 1SA5 B; 3GLY A; 1H3C A; 1O6Q A; 5FOB B; 3G4D A; 3GT5 A; 1HCU A; 2YIK A; 3M74 A; 3Q7A B; 4ZH1 A; 5IK9 A; 2X03 A; 3E80 A; 3SDR A; 3E73 A; 1RWG A; 2BED B; 2V3N A; 2ZZR A; 3HXC B; 3RRS A; 5JMF A; 3P2C A; 3M72 A; 4L6X A; 4AYO A; 1V7W A; 5IK6 A; 4AYQ A; 1H13 A; 1HM2 A; 1KSD A; 2B4F A; 1OJP A; 1LD7 B; 4GTQ B; 4FUS A; 3C72 B; 4XUV A; 4Q88 A; 3M00 A; 1D8D B; 1XWT A; 4KKI A; 1DOG A; 1KZO B; 1HXA A; 3AFJ A; 3QXQ A; 3RSY A; 1XW2 A; 1KRE A; 3QWT A; 1X1I A; 3M76 A; 4DOD A; 1W6J A; 2CQS A; 2VN7 A; 1VD5 A; 3PZ2 B; 5ILJ A; 3EQA A; 4WU0 A; 1LF9 A; 1KKT A; 2V8J A; 3E7J A; 3G4F A; 1WU4 A; 1W6K A; 3W7U A; 1NI1 B; 1H37 A; 3DSX B; 3E30 B; 1JCS B; 4GTM B; 3WIR A; 3QG0 A; 1K72 A; 4ZRP A; 2FV1 A; 1KWF A; 4OK4 A; 3ACS A; 3DRA B; 4OZV A; 3HXE B; 5IK0 A; 3DSW B; 3PMM A; 2EAC A; 5DGQ A; 1X1J A; 5FO7 B; 5M7Y A; 3X17 A; 1TNU B; 3VSM A; 5ILY A; 3WUX A; 4YDE B; 1I8Q A; 4KKJ A; 5CD2 A; 2AHG A; 2V8K A; 1F9D A; 3QXF A; 3E6U A; 3NFV A; 3QPF A; 2DRS A; 2FV0 A; 1LXM A; 3OED A; 2NOJ A; 1HN0 A; 3QT3 A; 3KSQ B; 4E1Y A; 1H54 A; 3S9V A; 3Q75 B; 1DL2 A; 4GTR B; 3QT9 A; 1IA7 A; 4KTR A; 1G9G A; 2AFA A; 2CQT A; 5IKH A; 1JCR B; 2R2L B; 5EAS A; 2F6D A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1KZP B; 1CEM A; 5MEH A; 3T33 A; 4AYP A; 4WVB A; 2I07 B; 3RX8 A; 1R76 A; 1X81 B; 3P5P A; 1TNB B; 3H2W A; 1TN7 B; 1TNY B; 3W7T A; 1G9J A; 4CE7 A; 1H12 A; 3M75 A; 1KFG A; 3M7E A; 3EU8 A; 5KKB A; 1X9D A; 2WII B; 3EZ8 A; 3HXD B; 2G02 A; 2V3P A; 1FT1 B; 2JF4 A; 4AYR A; 1O1R B; 1GAH A; 1AGM A; 2BB5 A; 3D3I A; 3WKG A; 4ZRQ A; 3RJ3 A; 1WZZ A; 1GA2 A; 2XFG A; 2PMV A; 4GL3 A; 4M76 A; 1S63 B; 3ANK A; 3WKI A; 3RX7 A; 1N95 B; 3HXB B; 3WIQ A; 3S4D A; 4D94 A; 2PN5 A; 3QDE A; 4WVC A; 4C1S A; 4WVA A; 2WY7 A; 2DRO A; 2EAB A; 2VN4 A; 1AYX A; 1TN6 B; 3SDU A; 3S4B A; 1N9A B; 3M78 A; 3W5M A; 1GAI A; 4Z4J A; 3DSS B; 1TF4 A; 1XWQ A; 3H7L A; 3A3V A; 2GH4 A; 2JG0 A; 1GHQ A; 4GTO B; 3QFZ A; 1GXN A; 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