The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
83
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sequence length |
310
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structure length |
310
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Chain Sequence |
PEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-processing factor 19
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| publication title |
Crystal structure of the WD40 domain of human PRPF19.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
83
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| structure length |
310
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| sequence length |
310
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2013-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00400 | WD40 | WD domain, G-beta repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1A0R B; 4A09 B; 4Y7R A; 2G9A A; 3DWL C; 4CY3 A; 4X61 B; 5HE3 B; 3SVW D; 2GNQ A; 5HE2 B; 4UI9 R; 5IC7 A; 3OL2 A; 2J56 H; 2OVR B; 2AGX A; 3P4F A; 4FWW A; 5H14 A; 2OIZ A; 1SHY B; 1RI6 A; 5HE0 B; 5FKT A; 3OW8 A; 1N6F A; 4A2L A; 2P9I C; 4PSX B; 2IWK A; 2W18 A; 4E54 A; 5HE1 B; 4BUJ C; 4A0B B; 2YNP A; 2I0S A; 4ZN4 A; 3ZWL B; 5CYK B; 4FAV D; 3JRP A; 3U4Y A; 1K8K C; 4CI1 A; 2XU7 A; 3MKQ A; 3CFV A; 4J73 A; 3MKS B; 3AL8 B; 3MMY A; 2AH0 A; 3OKY A; 4LG8 A; 5JWZ A; 3I7K A; 2CO0 A; 2IUQ A; 4R7A B; 1JMZ B; 5I5I A; 2P9N C; 3SCY A; 4JSX C; 1SQJ A; 2AGL A; 2EBS A; 2OVQ B; 5SXM A; 4BH6 A; 2CN3 A; 3PSC B; 4OZU A; 3JAM g; 2PBI B; 1Q47 A; 2PM9 B; 2B5N A; 2XL2 A; 3FGB A; 2PM7 B; 4ZOV A; 5EML B; 1U2V C; 2UZX B; 2H68 A; 5FXY A; 2P9K C; 3PXT D; 4PXW A; 4JT5 C; 3RFG A; 4GQ1 A; 4FA5 D; 3SHF A; 5CXC B; 3NVN A; 1ERJ A; 4A2M A; 2GC7 A; 4Z8L A; 4J82 A; 3CFS B; 1K32 A; 3IJ1 A; 4K3I D; 3JB9 L; 3K27 A; 4GM9 A; 3UKR C; 2YNO A; 2I0T A; 2OK4 A; 2IWF A; 3EI3 B; 5EMJ B; 4A11 A; 2IUR A; 3VGZ A; 3C5M A; 3I7L A; 3UVM A; 4EWR A; 4X63 B; 4BL0 A; 5GXH A; 3EI1 B; 3PXW D; 4A0A A; 4GMB A; 3AL9 A; 3DXK C; 5GSA A; 3I8C A; 5EMK B; 1N6E A; 2AH1 A; 3ODT A; 4FHL A; 4O9D A; 4L9O A; 4CZX A; 4GM8 A; 5K19 A; 4GZ8 A; 2HJB A; 2XL3 A; 4JSV C; 1S4U X; 2OJY A; 4J81 A; 5I5M A; 3SWS D; 3EI4 B; 3IKO A; 2YMU A; 5EAM A; 5CXB A; 2H9M A; 4JD2 C; 3DM0 A; 4CY5 A; 1L0Q A; 4YVD A; 3UKU C; 1MG2 A; 1PGU A; 3MZK A; 3JZH A; 5K1C C; 2Z2P A; 4O3T B; 1NEX B; 1GOT B; 5EM2 B; 4J8B A; 3JZN A; 5IJ7 E; 2B4E A; 4JSP C; 4X60 B; 3GFC A; 3GRE A; 2GC4 A; 1GP2 B; 5B4W A; 3UVL A; 3VA6 A; 1N6D A; 4O3U B; 4GM3 A; 4A08 A; 1R5M A; 3DXM C; 3UVN A; 3N0E A; 2B5L A; 1B9Y A; 2H9L A; 2YNN A; 4LG9 A; 4A09 A; 2P9U C; 3I7P A; 5FQD A; 2OK6 A; 1MG3 A; 3BG0 A; 4I79 A; 2CNX A; 3K26 A; 2TRC B; 4E5Z B; 3ULE C; 5C9Z B; 4CC9 A; 1GG2 B; 3VH0 A; 2H9P A; 4GGD A; 5GMK n; 5EAL A; 2P9P C; 2MTA H; 3BG1 A; 2QXV A; 2BCJ B; 3C9C A; 4JXM A; 1MDA H; 3NVQ A; 4GGC A; 3A0F A; 5EMM B; 5EAR A; 1YFQ A; 4GQB B; 3C75 H; 4X3E A; 4A0B A; 3EWE A; 5IJ8 E; 4LGN A; 2Z2N A; 5CYK A; 3I8E A; 4XEI C; 2Z2O A; 3I7O A; 2YBA A; 1U4C A; 3AL8 A; 2H13 A; 3B7F A; 3RFH A; 3OKT A; 1NR0 A; 3IJ0 A; 4ZOZ A; 4PBZ A; 4G56 B; 5THA A; 4QT8 A; 2H47 A; 4CZV A; 2BBK H; 1B9X A; 4FA4 D; 4J78 A; 4J84 A; 3JPX A; 2G99 A; 1PBY B; 5IT9 g; 4ZOY A; 4A0A B; 4K3J B; 4AEZ A; 5AJA A; 3L4M D; 3KRX B; 4CI8 A; 2I0R A; 4U7A A; 3OTT A; 4JSN C; 3SMR A; 4GGA A; 4MK0 B; 4J87 A; 5TDH B; 3OKW A; 3RSE C; 3EI2 A; 2QC5 A; 2CE8 A; 4IMM A; 5CXC A; 3I89 A; 4FA1 D; 4J8G A; 3I2N A; 2XYI A; 3MXX A; 2H9N A; 2H6Q A; 2I3S A; 5HQG A; 2OVP B; 4Y5R D; 2HKR A; 3SBQ A; 2IUP A; 4KFM B; 3C99 A; 4FAN D; 3L4O D; 3EI3 A; 1PEV A; 4PBY A; 5IGQ A; 3JZG A; 3W15 A; 3OL2 B; 4QRJ A; 2HJ4 A; 2CN2 A; 2J57 G; 5FKS A; 1VYH C; 5H17 A; 4CY1 A; 4FB1 D; 4CI3 A; 3SLE D; 3E0C A; 1OLZ A; 4J0X A; 4O45 A; 3N0D A; 1PI6 A; 3I7H A; 4E54 B; 4L3G D; 5TEF A; 1OMW B; 4CY2 A; 3SBR A; 3ORV D; 5FKQ A; 3F3F A; 4J0W A; 3RLM D; 3KRW B; 4NSX A; 4ESG A; 3RRM C; 3OKY B; 4ERY A; 4U1E I; 4PNK B; 4J79 A; 4L3H D; 4CZY A; 5C2W B; 5IGO A; 5EAP A; 2CO0 C; 3EI4 A; 3PVU B; 3NVX A; 5GXI A; 4OWR A; 2P9S C; 3PSL A; 1QNI A; 2AGY A; 1TBG A; 4CI2 A; 1P22 A; 5FA5 B; 3UVO A; 3EU7 A; 3UVK A; 1TYQ C; 5EM2 A; 4H5J A; 3SJL D; 3IIW A; 3FRX A; 4N14 A; 3V9F A; 3BWS A; 3RN1 D; 3RN0 D; 2H6N A; 2IUV A; 2HES X; 4XYH A; 4H5I A; 4PC0 A; 2PM6 B; 3SFZ A; 1XIP A; 3SXT D; 4PSW B; 2HKM A; 3AFC A; 3HFQ A; 2AQ5 A; 5FKR A; 2O9K A; 2J55 H; 1XHM A; 1JJU B; 4XYI A; 5FLX g; 4E5Z A; 3FM0 A; 4JT6 C; 3V5W B; 2P9L C; 4L1Q D; 4D0K A; 5C2V B; 4A11 B; 1FWX A; 2AGW A; 1GXR A; 5AFU 3; 4HDJ A; 2B5M A; 5TF2 A; 4ES0 A; 2PM9 A; 3EI2 B; 3PXS D; 2UZY B; 3SN6 B; 2IAA A; 1JMX B; 4ZOX A; 1JOF A; 3UR4 A; 2H14 A; 3EMH A; 4J86 A; 4QL1 A; 4D6V A; 2YB8 B; 2H3X A; 3J80 g; 1SQ9 A; 3JRO A; 4J77 A; 4QQE A; 4GQ2 P; 4A7J A; 5I5J A; 3RMZ D; 1XKS A; 4ERZ A; 2Q7Q A; 3AH8 B; 5CXB B; 5TEE A; 2HYE A; 3EG6 A; 2I3T A; 3MZL A; 3PVW B; 3SBP A; 5KDO B; 4O1Q D; 3I7N A; 3DSM A; 3IJC A; 2H6K A; 4AOW A; 5HYN B; 2HXC A; 3F3G A; 4IA9 A; 4ERQ A; 5H1M A; 3EI1 A; 3IIY A; 3F3P A; 5AMS A; 4TZ4 A; 3PE7 A; 3CIK B; 4A08 B; 2CE9 A; 5A2Q g; 3V7D B; 3J81 g; 4FA9 D; 2AGZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1A0R B; 4A09 B; 4Y7R A; 1GOH A; 2G9A A; 3DWL C; 3O4J A; 4CY3 A; 4X61 B; 5HE3 B; 3SVW D; 2GNQ A; 5HE2 B; 4UI9 R; 5E6U A; 5IC7 A; 3OL2 A; 2J56 H; 2OVR B; 2AGX A; 4AN0 A; 3P4F A; 2HU8 A; 2VZ1 A; 4FWW A; 1UOQ A; 5H14 A; 2OIZ A; 1SHY B; 1RI6 A; 5HE0 B; 5FKT A; 3OW8 A; 1UTC A; 1N6F A; 4A2L A; 4AN1 A; 2P9I C; 4PSX B; 2IWK A; 2W18 A; 4E54 A; 2QZP A; 1H2Z A; 1QFS A; 4L1M A; 5HE1 B; 4BUJ C; 4A0B B; 2YNP A; 4MMX A; 2I0S A; 4ZN4 A; 3ZWL B; 5CYK B; 3MVD K; 3IUQ A; 3ZDY A; 4FAV D; 3JRP A; 2EIC A; 3OF7 A; 3U4Y A; 1K8K C; 4CI1 A; 2XU7 A; 3MKQ A; 3CFV A; 4J73 A; 3MKS B; 3AL8 B; 3MMY A; 2AH0 A; 3OKY A; 1C9L A; 4LG8 A; 3I7K A; 5JWZ A; 1E8M A; 2CO0 A; 1H2W A; 2IUQ A; 4R7A B; 1JMZ B; 5I5I A; 2P9N C; 3SCY A; 4JSX C; 1SQJ A; 2AGL A; 3ZDZ A; 2EBS A; 2QR5 A; 5SXM A; 2OVQ B; 3K71 A; 3MUN A; 5M61 A; 3VI3 A; 4BH6 A; 2CN3 A; 3PSC B; 4OZU A; 3JAM g; 2PBI B; 1Q47 A; 3O4I A; 2PM9 B; 2B5N A; 2XL2 A; 3FGB A; 2PM7 B; 1VZ3 A; 4ZOV A; 5EML B; 1U2V C; 3NID A; 2UZX B; 2H68 A; 5FXY A; 2P9K C; 3PXT D; 4PXW A; 1O6G A; 4JT5 C; 3RFG A; 4GQ1 A; 4FA5 D; 3SHF A; 3K72 A; 3ZE0 A; 5CXC B; 3NVN A; 5FFO A; 1ERJ A; 4A2M A; 2GC7 A; 4Z8L A; 4J82 A; 3CFS B; 1K32 A; 3IJE A; 3IJ1 A; 4K3I D; 3JB9 L; 3K27 A; 4GM9 A; 3UKR C; 2YNO A; 2I0T A; 2OK4 A; 4O2W A; 2IWF A; 3EI3 B; 5EMJ B; 1TYE A; 4WK0 A; 4A11 A; 2IUR A; 2HU5 A; 2VC2 A; 3VGZ A; 3C5M A; 3I7L A; 3T3P A; 3UVM A; 1H2X A; 4EWR A; 4X63 B; 4BL0 A; 5GXH A; 3EI1 B; 3PXW D; 4A0A A; 2VDL A; 4GMB A; 3AL9 A; 1VE6 A; 3DXK C; 3ZE1 A; 3I8C A; 5EMK B; 5GSA A; 1N6E A; 4AMY A; 2AH1 A; 4MMZ A; 3ZE2 A; 3ODT A; 3T3M A; 4FHL A; 4O9D A; 4L9O A; 3IUM A; 4CZX A; 4GM8 A; 5K19 A; 4GZ8 A; 2HJB A; 2XL3 A; 4JSV C; 1S4U X; 2OJY A; 4J81 A; 5I5M A; 3SWS D; 3EI4 B; 3IKO A; 2YMU A; 4Z7N A; 5EAM A; 5CXB A; 2H9M A; 3V4V A; 4JD2 C; 3DM0 A; 3EQ8 A; 4CY5 A; 5M5T A; 1L0Q A; 4YVD A; 3UKU C; 1MG2 A; 1PGU A; 3MZK A; 3JZH A; 5K1C C; 2Z2P A; 4O3T B; 1NEX B; 2VDK A; 1GOT B; 5EM2 B; 4J8B A; 3JZN A; 1JTD B; 2B4E A; 5IJ7 E; 4JSP C; 4X60 B; 3GFC A; 4WJK A; 4QAM A; 3GRE A; 2GC4 A; 1GP2 B; 5B4W A; 3UVL A; 3VA6 A; 4AMZ A; 5HDB A; 1N6D A; 4O3U B; 4GM3 A; 4NAA A; 4A08 A; 1R5M A; 3DXM C; 2VDM A; 3UVN A; 3N0E A; 2B5L A; 1B9Y A; 2H9L A; 2YNN A; 4LG9 A; 4A09 A; 2P9U C; 3I7P A; 5FQD A; 3IVM A; 2OK6 A; 1MG3 A; 3BG0 A; 3NIG A; 4I79 A; 2CNX A; 2WQ8 A; 3K26 A; 2TRC B; 1UOP A; 4E5Z B; 3ULE C; 5C9Z B; 4CC9 A; 1GG2 B; 3VH0 A; 2H9P A; 4GGD A; 5GMK n; 5EAL A; 2P9P C; 3FCS A; 2MTA H; 3BG1 A; 2QXV A; 1L5G A; 2BCJ B; 3C9C A; 4G1E A; 4JXM A; 1MDA H; 3NVQ A; 1T2X A; 3A0F A; 4GGC A; 1I2M B; 5EMM B; 3EQ9 A; 1YFQ A; 4GQB B; 5EAR A; 3C75 H; 1GOF A; 4X3E A; 4A0B A; 4JHP C; 1QFM A; 3EWE A; 5IJ8 E; 4LGN A; 2Z2N A; 5CYK A; 1A12 A; 3I8E A; 4XEI C; 3KCI A; 2Z2O A; 3I7O A; 4Z7Q A; 2YBA A; 1U4C A; 3AL8 A; 2H13 A; 3B7F A; 3VI4 A; 3RFH A; 3QHY B; 4UM8 A; 3OKT A; 1NR0 A; 3IJ0 A; 3QI0 A; 4ZOZ A; 4PBZ A; 2EIE A; 4G56 B; 5THA A; 4QT8 A; 1GOG A; 2H47 A; 3MUO A; 2BBK H; 4G55 A; 4AX4 A; 2VDP A; 4CZV A; 1C9I A; 1B9X A; 2VDN A; 4NC4 A; 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