The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
101
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structure length |
101
|
Chain Sequence |
NYCNQMMKSRNLTKDRCKPVNTFVHESLADVQAVCSQKNVACKNGQTNCYQSYSTMSITDCRETGSSKYPNCAYKTTQANKHIIVACEGNPYVPVHFDASV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Thermodynamic and structural studies of cavity formation in proteins suggest that loss of packing interactions rather than the hydrophobic effect dominates the observed energetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
S PEPTIDE
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
24
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-10-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | P-30 Protein | Ribonuclease A-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YMN A; 1Y92 A; 3FD7 A; 2G8Q A; 3I6H A; 4KXH A; 1RHB A; 1KF7 A; 1U1B A; 3I67 A; 1KM8 A; 1SSB A; 4YGW B; 3DJP A; 4O36 B; 1RBB A; 2BLZ A; 1UN4 A; 4G90 A; 1DYT A; 1YMW A; 2K11 A; 4X08 A; 1Z6D A; 2RAT A; 3EUY A; 6RSA A; 1RBN A; 4J63 A; 1A2W A; 1RNM E; 3FL3 A; 1RCN E; 2Q4G X; 3D8Z A; 3MZR A; 2RNS A; 1O0O A; 1E21 A; 1EOS A; 1RAT A; 3U01 A; 1RCA A; 2E3W A; 2G4X A; 1QWQ A; 1KVZ A; 3DJO A; 7RSA A; 1HI5 A; 3QL1 A; 1Z7X X; 6RAT A; 1PU3 A; 1RRA A; 4O37 B; 2I5S X; 2P49 A; 1A4Y B; 1RPH A; 1J82 B; 1D5D B; 2BEX C; 3EV3 A; 4J69 A; 1H8X A; 1EOW A; 4J6A A; 1DFJ E; 1C8W A; 5AR6 A; 1RBX A; 3BCM A; 1KF3 A; 1RNX A; 1H0D C; 2W5L A; 5E5E A; 1O0M A; 2RNF A; 4AHF A; 1RNO A; 1D5H B; 4J60 A; 3LJD A; 3EV2 A; 1RBH A; 3LN8 A; 2P48 A; 1RSM A; 3DI9 A; 4ZZ4 A; 3DIB A; 4POU A; 1RBF A; 2QCA A; 1RBC A; 4WYP A; 3FKZ A; 2E0O A; 1J81 B; 2P42 A; 3DJV A; 1B1J A; 1C0C A; 4RTE A; 2P47 A; 4OOH A; 4B36 A; 2VQ9 A; 1RBI A; 4G8Y A; 2P46 A; 1AWZ A; 2G4W A; 1UN5 A; 2VQ8 A; 1CJQ B; 1D5E B; 5EQO A; 5ET4 A; 4AHL A; 4AHE A; 1YV6 A; 3DIC A; 3EV1 A; 4G8V A; 4AHN A; 2G8R A; 2P43 A; 1DY5 A; 3MX8 A; 4K7M A; 1GIO A; 11BG A; 1GQV A; 4J68 A; 3I7X A; 1O0F A; 1K5B A; 1K59 A; 2P45 A; 3ZBV A; 4AHK A; 1JS0 A; 2P44 A; 3FL0 A; 1JVT A; 1J7Z B; 4A2Y A; 3RSD A; 4J5Z A; 1QHC A; 1K2A A; 1QMT A; 4J66 A; 4L55 A; 3ZBW A; 1Z6S A; 3DI7 A; 1RHA A; 1HI3 A; 3OR0 A; 1UN3 A; 1RUV A; 4AHD A; 1O0H A; 5JLG A; 5RSA A; 1BSR A; 5E13 A; 3RID A; 4QFI A; 5E5F A; 1RNV A; 1JVU A; 1RAS A; 3LJE A; 2NUI A; 4MXF A; 1KF4 A; 3EV0 A; 1A5Q A; 1XPS A; 4J67 A; 3QL2 A; 1HI2 A; 4J61 A; 4AHI A; 2BWK A; 2BLP A; 2E0M A; 2E33 B; 1RTB A; 3MZQ A; 2W5K A; 3FL1 A; 3OQY A; 4A2O A; 3DJQ A; 4N4C A; 1W4O A; 1AFL A; 1RPF A; 3I6F A; 1HBY A; 5D6U A; 4S18 A; 3SNF A; 1JN4 A; 1YV7 A; 1EIE A; 1OJ1 A; 1R3M A; 1CJR B; 3D7B A; 2OP2 A; 2XOG A; 3BCO A; 1RNZ A; 4OXB A; 1RBE A; 2W5M A; 1RNU A; 2J4T A; 1Z5F A; 3TSR A; 4OKF B; 3DXG A; 1FEV B; 3I7W A; 2OQF A; 2C02 A; 3QSK A; 1SSC A; 1WBU A; 3BCP A; 4QH3 A; 1RNN E; 1SSA A; 1AGI A; 4K7L B; 2LVZ A; 3F8G A; 4AHM A; 2LT5 A; 3RN3 A; 1B1I A; 1H1H A; 1H53 A; 4SRN A; 1RTA E; 1DZA A; 4J65 A; 2XOI A; 2ANG A; 7RAT A; 4AHJ A; 1ANG A; 5EOP A; 5D97 A; 3D6Q A; 1EIC A; 1FS3 A; 4J64 A; 1C9V A; 3PHN A; 2RLN E; 4S0Q A; 5JML A; 1W4P A; 4QFJ A; 3EV5 A; 3MWR A; 3EUX A; 4RSD A; 1RND A; 4OWZ A; 1YMR A; 5JMG A; 1JVV A; 4RAT A; 1BEL A; 2C01 X; 1C9X A; 1B1E A; 3LXO A; 4X09 A; 1EID A; 2E0L A; 3I6J A; 5ARK A; 2E0J A; 1BZQ A; 1LSQ A; 1KF5 A; 4J62 A; 1M58 A; 2KB5 A; 3RH1 A; 3DXH A; 1ONC A; 1Z3M E; 1K58 A; 2GMK A; 1ROB A; 1O0N A; 1RNW A; 1IZP A; 1AQP A; 5ARL A; 9RSA A; 1W4Q A; 1KH8 A; 1KF8 A; 5ARJ A; 1RNY A; 1KM9 A; 2APQ A; 3DJX A; 1RNC A; 2P7S A; 3HG6 A; 2AAS A; 3D6P A; 1N3Z A; 3I7Y A; 1K5A A; 2ZPO A; 1OJ8 A; 5RAT A; 1TQ9 A; 1F0V A; 1BC4 A; 1R5C A; 1IZQ A; 2LFJ A; 3DH6 A; 1RNF A; 2P6Z A; 1XPT A; 1GV7 A; 1H52 A; 3MWQ A; 1N1X A; 3SRN A; 1AFU A; 4AHG A; 4AO1 A; 3RSP A; 1R5D A; 3A1R A; 4PEQ A; 3JW1 A; 1SRN A; 3DI8 A; 4RSK A; 2KB6 A; 1A5P A; 1C0B A; 1M07 A; 1AFK A; 3RSK A; 1Z3P E; 8RAT A; 3U00 A; 1RAR A; 1RBW A; 3OQZ A; 5EPZ A; 11BA A; 3EV6 A; 9RAT A; 2HKY A; 2W5I A; 1RBJ A; 4AOH A; 4OT4 A; 2BZZ A; 3DH5 A; 4OXF A; 3RAT A; 1Y94 A; 3EUZ A; 8RSA A; 1RBD A; 1RBG A; 1YV4 A; 1RNQ A; 1Z3L E; 4PER B; 1RPG A; 3D8Y A; 3EV4 A; 1HI4 A; 1KF2 A; 4AHH A; 1J80 B; 2W5G A; 2C05 A; 3D6O A; 1B6V A; 4WYZ A; 2P4A A; 1IZR A; 4WYN A; 2BWL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YMN A; 1Y92 A; 3FD7 A; 2G8Q A; 3I6H A; 4KXH A; 1RHB A; 1KF7 A; 1U1B A; 3I67 A; 1KM8 A; 1SSB A; 4YGW B; 3DJP A; 4O36 B; 1RBB A; 2BLZ A; 1UN4 A; 4G90 A; 1DYT A; 1YMW A; 2K11 A; 4X08 A; 1Z6D A; 2RAT A; 3EUY A; 6RSA A; 1RBN A; 4J63 A; 1A2W A; 1RNM E; 3FL3 A; 1RCN E; 2Q4G X; 3D8Z A; 3MZR A; 2RNS A; 1O0O A; 1E21 A; 1EOS A; 1RAT A; 3U01 A; 1RCA A; 2E3W A; 2G4X A; 1QWQ A; 1KVZ A; 3DJO A; 7RSA A; 1HI5 A; 3QL1 A; 1Z7X X; 6RAT A; 1PU3 A; 1RRA A; 4O37 B; 2I5S X; 2P49 A; 1A4Y B; 1RPH A; 1J82 B; 1D5D B; 2BEX C; 3EV3 A; 4J69 A; 1H8X A; 1EOW A; 4J6A A; 1DFJ E; 1C8W A; 5AR6 A; 1RBX A; 3BCM A; 1KF3 A; 1RNX A; 1H0D C; 2W5L A; 5E5E A; 1O0M A; 2RNF A; 4AHF A; 1RNO A; 1D5H B; 4J60 A; 3LJD A; 3EV2 A; 1RBH A; 3LN8 A; 2P48 A; 1RSM A; 3DI9 A; 4ZZ4 A; 3DIB A; 4POU A; 1RBF A; 2QCA A; 1RBC A; 4WYP A; 3FKZ A; 2E0O A; 1J81 B; 2P42 A; 3DJV A; 1B1J A; 1C0C A; 4RTE A; 2P47 A; 4OOH A; 4B36 A; 2VQ9 A; 1RBI A; 4G8Y A; 2P46 A; 1AWZ A; 2G4W A; 1UN5 A; 2VQ8 A; 1CJQ B; 1D5E B; 5EQO A; 5ET4 A; 4AHL A; 4AHE A; 1YV6 A; 3DIC A; 3EV1 A; 4G8V A; 4AHN A; 2G8R A; 2P43 A; 1DY5 A; 3MX8 A; 4K7M A; 1GIO A; 11BG A; 1GQV A; 4J68 A; 3I7X A; 1O0F A; 1K5B A; 1K59 A; 2P45 A; 3ZBV A; 4AHK A; 1JS0 A; 2P44 A; 3FL0 A; 1JVT A; 1J7Z B; 4A2Y A; 3RSD A; 4J5Z A; 1QHC A; 1K2A A; 1QMT A; 4J66 A; 4L55 A; 3ZBW A; 1Z6S A; 3DI7 A; 1RHA A; 1HI3 A; 3OR0 A; 1UN3 A; 1RUV A; 4AHD A; 1O0H A; 5JLG A; 5RSA A; 1BSR A; 5E13 A; 3RID A; 4QFI A; 5E5F A; 1RNV A; 1JVU A; 1RAS A; 3LJE A; 2NUI A; 4MXF A; 1KF4 A; 3EV0 A; 1A5Q A; 1XPS A; 4J67 A; 3QL2 A; 1HI2 A; 4J61 A; 4AHI A; 2BWK A; 2BLP A; 2E0M A; 2E33 B; 1RTB A; 3MZQ A; 2W5K A; 3FL1 A; 3OQY A; 4A2O A; 3DJQ A; 4N4C A; 1W4O A; 1AFL A; 1RPF A; 3I6F A; 1HBY A; 5D6U A; 4S18 A; 3SNF A; 1JN4 A; 1YV7 A; 1EIE A; 1OJ1 A; 1R3M A; 1CJR B; 3D7B A; 2OP2 A; 2XOG A; 3BCO A; 1RNZ A; 4OXB A; 1RBE A; 2W5M A; 1RNU A; 2J4T A; 1Z5F A; 3TSR A; 4OKF B; 3DXG A; 1FEV B; 3I7W A; 2OQF A; 2C02 A; 3QSK A; 1SSC A; 1WBU A; 3BCP A; 4QH3 A; 1RNN E; 1SSA A; 1AGI A; 4K7L B; 2LVZ A; 3F8G A; 4AHM A; 2LT5 A; 3RN3 A; 1B1I A; 1H1H A; 1H53 A; 4SRN A; 1RTA E; 1DZA A; 4J65 A; 2XOI A; 2ANG A; 7RAT A; 4AHJ A; 1ANG A; 5EOP A; 5D97 A; 3D6Q A; 1EIC A; 1FS3 A; 4J64 A; 1C9V A; 3PHN A; 2RLN E; 4S0Q A; 5JML A; 1W4P A; 4QFJ A; 3EV5 A; 3MWR A; 3EUX A; 4RSD A; 1RND A; 4OWZ A; 1YMR A; 5JMG A; 1JVV A; 4RAT A; 1BEL A; 2C01 X; 1C9X A; 1B1E A; 3LXO A; 4X09 A; 1EID A; 2E0L A; 3I6J A; 5ARK A; 2E0J A; 1BZQ A; 1LSQ A; 1KF5 A; 4J62 A; 1M58 A; 2KB5 A; 3RH1 A; 3DXH A; 1ONC A; 1Z3M E; 1K58 A; 2GMK A; 1ROB A; 1O0N A; 1RNW A; 1IZP A; 1AQP A; 5ARL A; 9RSA A; 1W4Q A; 1KH8 A; 1KF8 A; 5ARJ A; 1RNY A; 1KM9 A; 2APQ A; 3DJX A; 1RNC A; 2P7S A; 3HG6 A; 2AAS A; 3D6P A; 1N3Z A; 3I7Y A; 1K5A A; 2ZPO A; 1OJ8 A; 5RAT A; 1TQ9 A; 1F0V A; 1BC4 A; 1R5C A; 1IZQ A; 2LFJ A; 3DH6 A; 1RNF A; 2P6Z A; 1XPT A; 1GV7 A; 1H52 A; 3MWQ A; 1N1X A; 3SRN A; 1AFU A; 4AHG A; 4AO1 A; 3RSP A; 1R5D A; 3A1R A; 4PEQ A; 3JW1 A; 1SRN A; 3DI8 A; 4RSK A; 2KB6 A; 1A5P A; 1C0B A; 1M07 A; 1AFK A; 3RSK A; 1Z3P E; 8RAT A; 3U00 A; 1RAR A; 1RBW A; 3OQZ A; 5EPZ A; 11BA A; 3EV6 A; 9RAT A; 2HKY A; 2W5I A; 1RBJ A; 4AOH A; 4OT4 A; 2BZZ A; 3DH5 A; 4OXF A; 3RAT A; 1Y94 A; 3EUZ A; 8RSA A; 1RBD A; 1RBG A; 1YV4 A; 1RNQ A; 1Z3L E; 4PER B; 1RPG A; 3D8Y A; 3EV4 A; 1HI4 A; 1KF2 A; 4AHH A; 1J80 B; 2W5G A; 2C05 A; 3D6O A; 1B6V A; 4WYZ A; 2P4A A; 1IZR A; 4WYN A; 2BWL A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1YMN A; 1Y92 A; 3FD7 A; 2G8Q A; 3I6H A; 4KXH A; 1RHB A; 1KF7 A; 1U1B A; 3I67 A; 1KM8 A; 1SSB A; 4YGW B; 3DJP A; 4O36 B; 1RBB A; 2BLZ A; 1UN4 A; 4G90 A; 1DYT A; 1YMW A; 2K11 A; 4X08 A; 1Z6D A; 2RAT A; 3EUY A; 6RSA A; 1RBN A; 4J63 A; 1A2W A; 1RNM E; 3FL3 A; 1RCN E; 2Q4G X; 3D8Z A; 3MZR A; 2RNS A; 1O0O A; 1E21 A; 1EOS A; 1RAT A; 3U01 A; 1RCA A; 2E3W A; 2G4X A; 1QWQ A; 1KVZ A; 3DJO A; 7RSA A; 1HI5 A; 3QL1 A; 1Z7X X; 6RAT A; 1PU3 A; 1RRA A; 4O37 B; 2I5S X; 2P49 A; 1A4Y B; 1RPH A; 1J82 B; 1D5D B; 2BEX C; 3EV3 A; 4J69 A; 1H8X A; 1EOW A; 4J6A A; 1DFJ E; 1C8W A; 5AR6 A; 1RBX A; 3BCM A; 1KF3 A; 1RNX A; 1H0D C; 2W5L A; 5E5E A; 1O0M A; 2RNF A; 4AHF A; 1RNO A; 1D5H B; 4J60 A; 3LJD A; 3EV2 A; 1RBH A; 3LN8 A; 2P48 A; 1RSM A; 3DI9 A; 4ZZ4 A; 3DIB A; 4POU A; 1RBF A; 2QCA A; 1RBC A; 4WYP A; 3FKZ A; 2E0O A; 1J81 B; 2P42 A; 3DJV A; 1B1J A; 1C0C A; 4RTE A; 2P47 A; 4OOH A; 4B36 A; 2VQ9 A; 1RBI A; 4G8Y A; 2P46 A; 1AWZ A; 2G4W A; 1UN5 A; 2VQ8 A; 1CJQ B; 1D5E B; 5EQO A; 5ET4 A; 4AHL A; 4AHE A; 1YV6 A; 3DIC A; 3EV1 A; 4G8V A; 4AHN A; 2G8R A; 2P43 A; 1DY5 A; 3MX8 A; 4K7M A; 1GIO A; 11BG A; 1GQV A; 4J68 A; 3I7X A; 1O0F A; 1K5B A; 1K59 A; 2P45 A; 3ZBV A; 4AHK A; 1JS0 A; 2P44 A; 3FL0 A; 1JVT A; 1J7Z B; 4A2Y A; 3RSD A; 4J5Z A; 1QHC A; 1K2A A; 1QMT A; 4J66 A; 4L55 A; 3ZBW A; 1Z6S A; 3DI7 A; 1RHA A; 1HI3 A; 3OR0 A; 1UN3 A; 1RUV A; 4AHD A; 1O0H A; 5JLG A; 5RSA A; 1BSR A; 5E13 A; 3RID A; 4QFI A; 5E5F A; 1RNV A; 1JVU A; 1RAS A; 3LJE A; 2NUI A; 4MXF A; 1KF4 A; 3EV0 A; 1A5Q A; 1XPS A; 4J67 A; 3QL2 A; 1HI2 A; 4J61 A; 4AHI A; 2BWK A; 2BLP A; 2E0M A; 2E33 B; 1RTB A; 3MZQ A; 2W5K A; 3FL1 A; 3OQY A; 4A2O A; 3DJQ A; 4N4C A; 1W4O A; 1AFL A; 1RPF A; 3I6F A; 1HBY A; 5D6U A; 4S18 A; 3SNF A; 1JN4 A; 1YV7 A; 1EIE A; 1OJ1 A; 1R3M A; 1CJR B; 3D7B A; 2OP2 A; 2XOG A; 3BCO A; 1RNZ A; 4OXB A; 1RBE A; 2W5M A; 1RNU A; 2J4T A; 1Z5F A; 3TSR A; 4OKF B; 3DXG A; 1FEV B; 3I7W A; 2OQF A; 2C02 A; 3QSK A; 1SSC A; 1WBU A; 3BCP A; 4QH3 A; 1RNN E; 1SSA A; 1AGI A; 4K7L B; 2LVZ A; 3F8G A; 4AHM A; 2LT5 A; 3RN3 A; 1B1I A; 1H1H A; 1H53 A; 4SRN A; 1RTA E; 1DZA A; 4J65 A; 2XOI A; 2ANG A; 7RAT A; 4AHJ A; 1ANG A; 5EOP A; 5D97 A; 3D6Q A; 1EIC A; 1FS3 A; 4J64 A; 1C9V A; 3PHN A; 2RLN E; 4S0Q A; 5JML A; 1W4P A; 4QFJ A; 3EV5 A; 3MWR A; 3EUX A; 4RSD A; 1RND A; 4OWZ A; 1YMR A; 5JMG A; 1JVV A; 4RAT A; 1BEL A; 2C01 X; 1C9X A; 1B1E A; 3LXO A; 4X09 A; 1EID A; 2E0L A; 3I6J A; 5ARK A; 2E0J A; 1BZQ A; 1LSQ A; 1KF5 A; 4J62 A; 1M58 A; 2KB5 A; 3RH1 A; 3DXH A; 1ONC A; 1Z3M E; 1K58 A; 2GMK A; 1ROB A; 1O0N A; 1RNW A; 1IZP A; 1AQP A; 5ARL A; 9RSA A; 1W4Q A; 1KH8 A; 1KF8 A; 5ARJ A; 1RNY A; 1KM9 A; 2APQ A; 3DJX A; 1RNC A; 2P7S A; 3HG6 A; 2AAS A; 3D6P A; 1N3Z A; 3I7Y A; 1K5A A; 2ZPO A; 1OJ8 A; 5RAT A; 1TQ9 A; 1F0V A; 1BC4 A; 1R5C A; 1IZQ A; 2LFJ A; 3DH6 A; 1RNF A; 2P6Z A; 1XPT A; 1GV7 A; 1H52 A; 3MWQ A; 1N1X A; 3SRN A; 1AFU A; 4AHG A; 4AO1 A; 3RSP A; 1R5D A; 3A1R A; 4PEQ A; 3JW1 A; 1SRN A; 3DI8 A; 4RSK A; 2KB6 A; 1A5P A; 1C0B A; 1M07 A; 1AFK A; 3RSK A; 1Z3P E; 8RAT A; 3U00 A; 1RAR A; 1RBW A; 3OQZ A; 5EPZ A; 11BA A; 3EV6 A; 9RAT A; 2HKY A; 2W5I A; 1RBJ A; 4AOH A; 4OT4 A; 2BZZ A; 3DH5 A; 4OXF A; 3RAT A; 1Y94 A; 3EUZ A; 8RSA A; 1RBD A; 1RBG A; 1YV4 A; 1RNQ A; 1Z3L E; 4PER B; 1RPG A; 3D8Y A; 3EV4 A; 1HI4 A; 1KF2 A; 4AHH A; 1J80 B; 2W5G A; 2C05 A; 3D6O A; 1B6V A; 4WYZ A; 2P4A A; 1IZR A; 4WYN A; 2BWL A;
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