The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
84
|
sequence length |
262
|
structure length |
262
|
Chain Sequence |
VNTIIYNVGSTTISKYATFLNDLRNEAKDPSLKCYGIPMLPNTNTNPKYVLVELQGSNKKTITLMLRRNNLYVMGYSDPFETNKCRYHIFNDISGTERQDVETTLCPNANSRVSKNINFDSRYPTLESKAGVKSRSQVQLGIQILDSNIGKISGVMSFTEKTEAEFLLVAIQMVSEAARFKYIENQVKTNFNRAFNPNPKVLNLQETWGKISTAIHDAKNGVLPKPLELVDASGAKWIVLRVDEIKPDVALLNYVGGSCQTT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystallographic analysis of the structural basis for the interactions of pokeweed antiviral protein with its active site inhibitor and ribosomal RNA substrate analogs.
pubmed rcsb |
| molecule tags |
Antiviral protein
|
| molecule keywords |
POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
|
| total genus |
84
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| structure length |
262
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| sequence length |
262
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 1999-05-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H5K A; 3BWH A; 2G5X A; 3N5D A; 1IL5 A; 4KL4 A; 1IL3 A; 3SJ6 A; 3N1N A; 2JJR A; 3HIQ A; 2ZR1 A; 1MRJ A; 1RZO A; 4O8E A; 4IMV A; 1OBT A; 4LGR A; 4LHQ A; 4KWN A; 1MRH A; 3O5W A; 4FBH A; 3D7W A; 3NJS A; 4LRO A; 4HR6 B; 1AHB A; 4GUW A; 4LT4 A; 3N2D A; 3N1D A; 1IL4 A; 1SZ6 A; 2JDL A; 1QCJ A; 3HIS A; 1NIO A; 4FXA A; 3V2K A; 4Q9F A; 3MK9 A; 3MVG A; 3V14 A; 1LLN A; 1IL9 A; 2PQI A; 3HIT A; 4EMR A; 1R4Q A; 3HIW A; 5GU4 A; 2K6H A; 3RTI A; 2B7U A; 1UQ5 A; 1D6A A; 4EB2 A; 1GIS A; 4O4Q A; 1HWP A; 3LE7 A; 5CST A; 1UQ4 A; 2R9K A; 3Q4P A; 3PX9 X; 1GGP A; 2PQJ A; 1IFS A; 2Q3N A; 1MRG A; 4HOA A; 4ZZ6 A; 3HIV A; 1J1Q A; 1HWM A; 4ZBV A; 3N31 A; 1J1M A; 1PAG A; 4DWM A; 4O0O A; 2Z4U A; 3KU0 A; 4HV7 X; 1LPD A; 3KTZ A; 1BR6 A; 4Q2V A; 4M1U A; 1OBS A; 4JTB A; 1HWN A; 4LHJ A; 1MRK A; 3MRW A; 4ZA3 A; 4HUP X; 5J56 A; 1APA A; 2OQA A; 4MX5 X; 3NFM A; 3SRP A; 4FBB A; 4ZGR A; 4EMF A; 1ONK A; 1QI7 A; 5ILX A; 4LGS A; 1GIU A; 1PUU A; 4LWX A; 2PQG A; 3LC9 A; 5CF9 B; 4ESI A; 5BOZ A; 4KMK A; 4ZFU A; 4KPV A; 3MY6 A; 1PUM A; 1J4G A; 1YF8 A; 1LPC A; 2Z53 A; 4K2Z A; 4ZFW A; 2Q8W A; 1J1S A; 1NLI A; 2MLL A; 3MRY A; 1QCI A; 5GM7 A; 1IFT A; 4Z9W A; 3U70 A; 1TCS A; 4P2C A; 5J57 A; 3U8F A; 4F9N A; 1RL0 A; 2VLC A; 3HIO A; 4ZFY A; 1AHA A; 4M5A A; 1R4P A; 1LP8 A; 3U6T A; 2QET A; 1MRI A; 5ILW A; 4FBC A; 3BJG A; 5E1H A; 2VC4 A; 3RTJ A; 1QCG A; 2VC3 A; 3NX9 A; 2QES A; 1CE7 A; 4I47 A; 1GIK A; 1PAF A; 1CF5 A; 5CIX A; 4MX1 A; 4Z8S A; 3RL9 A; 4RZJ A; 5GZ7 A; 4ZLB A; 4H0Z A; 4ZU0 A; 4FBA A; 4KUC A; 1OQL A; 1IFU A; 1HWO A; 1F8Q A; 4JKX A; 1AHC A; 1DM0 A; 3QJI A; 1TFM A; 3S9Q A; 1RTC A; 4HV3 A; 4Z9K A; 5DDZ A; 1J1R A; 4XY7 A; 4JTP A; 2RG9 A; 2PJO A; 4L66 A; 4LGP A; 5SV3 B; 4ZT8 A; 1M2T A; 1BRY Y; 1ABR A; 2AAI A; 2R2X A; 3U6Z A; 1PC8 A; 1BR5 A; 3PX8 X; 3EJ5 X; 4HUO X; 1D8V A; 3N3X A; 2R3D A; 4FZ9 A; 5CSO A; 4YP2 B; 2VS6 A; 1MOM A; 4FB9 A; 2GA4 A; 3CTK A; 2P8N A; 1QD2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H5K A; 3BWH A; 2G5X A; 3N5D A; 1IL5 A; 4KL4 A; 1IL3 A; 3SJ6 A; 3N1N A; 2JJR A; 3HIQ A; 2ZR1 A; 1MRJ A; 1RZO A; 4O8E A; 4IMV A; 1OBT A; 4LGR A; 4LHQ A; 4KWN A; 1MRH A; 3O5W A; 4FBH A; 3D7W A; 3NJS A; 4LRO A; 4HR6 B; 1AHB A; 4GUW A; 4LT4 A; 3N2D A; 3N1D A; 1IL4 A; 1SZ6 A; 2JDL A; 1QCJ A; 3HIS A; 1NIO A; 4FXA A; 3V2K A; 4Q9F A; 3MK9 A; 3MVG A; 3V14 A; 1LLN A; 1IL9 A; 2PQI A; 3HIT A; 4EMR A; 1R4Q A; 3HIW A; 5GU4 A; 2K6H A; 3RTI A; 2B7U A; 1UQ5 A; 1D6A A; 4EB2 A; 1GIS A; 4O4Q A; 1HWP A; 3LE7 A; 5CST A; 1UQ4 A; 2R9K A; 3Q4P A; 3PX9 X; 1GGP A; 2PQJ A; 1IFS A; 2Q3N A; 1MRG A; 4HOA A; 4ZZ6 A; 3HIV A; 1J1Q A; 1HWM A; 4ZBV A; 3N31 A; 1J1M A; 1PAG A; 4DWM A; 4O0O A; 2Z4U A; 3KU0 A; 4HV7 X; 1LPD A; 3KTZ A; 1BR6 A; 4Q2V A; 4M1U A; 1OBS A; 4JTB A; 1HWN A; 4LHJ A; 1MRK A; 3MRW A; 4ZA3 A; 4HUP X; 5J56 A; 1APA A; 2OQA A; 4MX5 X; 3NFM A; 3SRP A; 4FBB A; 4ZGR A; 4EMF A; 1ONK A; 1QI7 A; 5ILX A; 4LGS A; 1GIU A; 1PUU A; 4LWX A; 2PQG A; 3LC9 A; 5CF9 B; 4ESI A; 5BOZ A; 4KMK A; 4ZFU A; 4KPV A; 3MY6 A; 1PUM A; 1J4G A; 1YF8 A; 1LPC A; 2Z53 A; 4K2Z A; 4ZFW A; 2Q8W A; 1J1S A; 1NLI A; 2MLL A; 3MRY A; 1QCI A; 5GM7 A; 1IFT A; 4Z9W A; 3U70 A; 1TCS A; 4P2C A; 5J57 A; 3U8F A; 4F9N A; 1RL0 A; 2VLC A; 3HIO A; 4ZFY A; 1AHA A; 4M5A A; 1R4P A; 1LP8 A; 3U6T A; 2QET A; 1MRI A; 5ILW A; 4FBC A; 3BJG A; 5E1H A; 2VC4 A; 3RTJ A; 1QCG A; 2VC3 A; 3NX9 A; 2QES A; 1CE7 A; 4I47 A; 1GIK A; 1PAF A; 1CF5 A; 5CIX A; 4MX1 A; 4Z8S A; 3RL9 A; 4RZJ A; 5GZ7 A; 4ZLB A; 4H0Z A; 4ZU0 A; 4FBA A; 4KUC A; 1OQL A; 1IFU A; 1HWO A; 1F8Q A; 4JKX A; 1AHC A; 1DM0 A; 3QJI A; 1TFM A; 3S9Q A; 1RTC A; 4HV3 A; 4Z9K A; 5DDZ A; 1J1R A; 4XY7 A; 4JTP A; 2RG9 A; 2PJO A; 4L66 A; 4LGP A; 5SV3 B; 4ZT8 A; 1M2T A; 1BRY Y; 1ABR A; 2AAI A; 2R2X A; 3U6Z A; 1PC8 A; 1BR5 A; 3PX8 X; 3EJ5 X; 4HUO X; 1D8V A; 3N3X A; 2R3D A; 4FZ9 A; 5CSO A; 4YP2 B; 2VS6 A; 1MOM A; 4FB9 A; 2GA4 A; 3CTK A; 2P8N A; 1QD2 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3H5K A; 3BWH A; 2G5X A; 3N5D A; 1IL5 A; 4KL4 A; 1IL3 A; 3SJ6 A; 3N1N A; 2JJR A; 3HIQ A; 2ZR1 A; 1MRJ A; 1RZO A; 4O8E A; 4IMV A; 1OBT A; 4LGR A; 4LHQ A; 4KWN A; 1MRH A; 3O5W A; 4FBH A; 3D7W A; 3NJS A; 4LRO A; 4HR6 B; 1AHB A; 4GUW A; 4LT4 A; 3N2D A; 3N1D A; 1IL4 A; 1SZ6 A; 2JDL A; 1QCJ A; 3HIS A; 1NIO A; 4FXA A; 3V2K A; 4Q9F A; 3MK9 A; 3MVG A; 3V14 A; 1LLN A; 1IL9 A; 2PQI A; 3HIT A; 4EMR A; 1R4Q A; 3HIW A; 5GU4 A; 2K6H A; 3RTI A; 2B7U A; 1UQ5 A; 1D6A A; 4EB2 A; 1GIS A; 4O4Q A; 1HWP A; 3LE7 A; 5CST A; 1UQ4 A; 2R9K A; 3Q4P A; 3PX9 X; 1GGP A; 2PQJ A; 1IFS A; 2Q3N A; 1MRG A; 4HOA A; 4ZZ6 A; 3HIV A; 1J1Q A; 1HWM A; 4ZBV A; 3N31 A; 1J1M A; 1PAG A; 4DWM A; 4O0O A; 2Z4U A; 3KU0 A; 4HV7 X; 1LPD A; 3KTZ A; 1BR6 A; 4Q2V A; 4M1U A; 1OBS A; 4JTB A; 1HWN A; 4LHJ A; 1MRK A; 3MRW A; 4ZA3 A; 4HUP X; 5J56 A; 1APA A; 2OQA A; 4MX5 X; 3NFM A; 3SRP A; 4FBB A; 4ZGR A; 4EMF A; 1ONK A; 1QI7 A; 5ILX A; 4LGS A; 1GIU A; 1PUU A; 4LWX A; 2PQG A; 3LC9 A; 5CF9 B; 4ESI A; 5BOZ A; 4KMK A; 4ZFU A; 4KPV A; 3MY6 A; 1PUM A; 1J4G A; 1YF8 A; 1LPC A; 2Z53 A; 4K2Z A; 4ZFW A; 2Q8W A; 1J1S A; 1NLI A; 2MLL A; 3MRY A; 1QCI A; 5GM7 A; 1IFT A; 4Z9W A; 3U70 A; 1TCS A; 4P2C A; 5J57 A; 3U8F A; 4F9N A; 1RL0 A; 2VLC A; 3HIO A; 4ZFY A; 1AHA A; 4M5A A; 1R4P A; 1LP8 A; 3U6T A; 2QET A; 1MRI A; 5ILW A; 4FBC A; 3BJG A; 5E1H A; 2VC4 A; 3RTJ A; 1QCG A; 2VC3 A; 3NX9 A; 2QES A; 1CE7 A; 4I47 A; 1GIK A; 1PAF A; 1CF5 A; 5CIX A; 4MX1 A; 4Z8S A; 3RL9 A; 4RZJ A; 5GZ7 A; 4ZLB A; 4H0Z A; 4ZU0 A; 4FBA A; 4KUC A; 1OQL A; 1IFU A; 1HWO A; 1F8Q A; 4JKX A; 1AHC A; 1DM0 A; 3QJI A; 1TFM A; 3S9Q A; 1RTC A; 4HV3 A; 4Z9K A; 5DDZ A; 1J1R A; 4XY7 A; 4JTP A; 2RG9 A; 2PJO A; 4L66 A; 4LGP A; 5SV3 B; 4ZT8 A; 1M2T A; 1BRY Y; 1ABR A; 2AAI A; 2R2X A; 3U6Z A; 1PC8 A; 1BR5 A; 3PX8 X; 3EJ5 X; 4HUO X; 1D8V A; 3N3X A; 2R3D A; 4FZ9 A; 5CSO A; 4YP2 B; 2VS6 A; 1MOM A; 4FB9 A; 2GA4 A; 3CTK A; 2P8N A; 1QD2 A;
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