The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
132
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sequence length |
393
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structure length |
385
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Chain Sequence |
SHDLPCLNLEPPKMLKLSPLLRALQDRGPIHRVRTPAGDEAWLVTRHAELKQLLHDERIGRTHPDPPSAAQYVRSPFLDLLISDADAESGRRQHAETRRLLTPLFSARRVLEMQPKVEEAADTLLDAFIAQGPPGDLHGELTVPFALTVLCEVIGVPPQRRAELTTLLAGIAKLDDREGAVRAQDDLFGYVAGLVEHKRAEPGPDIISRLNDGELTEDRVAHLAMGLLFAGLDSVASIMDNGVVLLAAHPDQRAAALADPDVMARAVEEVLRTARAGGSVLPPRYASEDMEFGGVTIRAGDLVLFDLGLPNFDERAFTGPEEFDAARTPNPHLTFGHGIWHCIGAPLARLELRTMFTKLFTRLPELRPELPVEQLRLFAELRVVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Cytochrome P450 Pimd Suggests Epoxidation of the Polyene Macrolide Pimaricin Occurs Via a Hydroperoxoferric Intermediate.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PIMD PROTEIN
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Streptomyces natalensis
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| total genus |
132
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| structure length |
385
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| sequence length |
393
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00067 | p450 | Cytochrome P450 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome p450 | Cytochrome P450 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1P7R A; 3DSI A; 3KX5 A; 2ZUJ A; 1CP4 A; 1F24 A; 4TT5 A; 5LI6 A; 3TZO A; 2M56 A; 1PHC A; 1UED A; 3R1A A; 3CBD A; 3TJS A; 3T3S A; 5TE8 A; 4H23 A; 4K9W A; 1GJM A; 4HGH A; 5DYZ A; 3IW2 A; 5L1T A; 4XE3 A; 3E5J A; 5L1W A; 3AWP A; 2C6H A; 3G5H A; 4D75 A; 4RRT A; 4DTZ A; 4WPD A; 2V0M A; 4ZV8 A; 4G1X A; 5L1O A; 4WQ0 A; 4KF2 A; 4R1Z A; 4J6B A; 5B2W A; 2ZWU A; 3TIK A; 1AKD A; 3ZKP A; 1Z8P A; 1PHD A; 1EHG A; 2Q9F A; 3WRK A; 4IQ7 A; 4TUV A; 5L1U A; 3NC6 A; 2WIO A; 2ZAX A; 3M4V A; 2WI9 A; 3DAM A; 1ODO A; 5HIW A; 2VN0 A; 1ULW A; 1PQ2 A; 4HGJ A; 3ZK5 A; 3P99 A; 4IPS A; 3MDR A; 4KTK A; 3NXU A; 2X5W A; 3W9C A; 1JPZ A; 4KPA A; 1W0G A; 4EGN A; 4EGO A; 1H5Z A; 3VTJ A; 4I3Q A; 3WRI A; 1RE9 A; 3NC7 A; 2IJ7 A; 4COH A; 3ZBY A; 3FWF A; 2NZ5 A; 3QOA A; 1PHA A; 3TK3 A; 4DU2 A; 4AW3 A; 5E78 A; 1QMQ A; 4BY0 A; 3K1O A; 3SN5 A; 3P3Z A; 2FDW A; 1F26 A; 2H7R A; 2VE3 A; 5B2U A; 3NA0 A; 4TX3 A; 1JFC A; 2ZAW A; 3WRM A; 4WNT A; 2Z97 A; 2RCM A; 4OQS A; 2X7Y A; 1S1F A; 2WUZ A; 2H7Q A; 4NKZ A; 4LHT A; 2A1M A; 3FWJ A; 4B7S A; 1OG2 A; 3OFT A; 2UVN A; 4EP6 A; 2J4S A; 3CV9 A; 5IRQ A; 5A1R A; 3A4G A; 4JLT A; 5JTD A; 1IO7 A; 4GQS A; 3E5L A; 4C9O A; 5IBE A; 2P85 A; 3RWL A; 4CKA A; 2W0B A; 3NC5 A; 1OXA A; 2FEU A; 4EJI A; 2RCH A; 3B6H A; 1T85 A; 1YQP A; 3KOH A; 5CWE A; 3MDV A; 3OIA A; 1CL6 A; 1JIN A; 3ABA A; 1IWK A; 4E2P A; 1GWI A; 4C28 A; 1N40 A; 4ENH A; 1P0X A; 2WIY A; 4RUI A; 3CXX A; 1IZO A; 2C7X A; 5JL7 A; 3CZH A; 4L4G A; 4C9M A; 5M0O C; 3G5F A; 5A5I A; 4OQR A; 3E5K A; 5IBG A; 2CP4 A; 1J51 A; 4GGV A; 3ZG3 A; 1GEK A; 3JUS A; 4DNZ A; 3L63 A; 3MDM A; 3FWI A; 4I8V A; 2VZM A; 4J14 A; 4ZFB A; 4NKX A; 3P6P A; 2QBO A; 2QBN A; 3LXH A; 3A4Z A; 1PKF A; 5LIV A; 4UVR A; 3IVY A; 4C27 A; 3L61 A; 3NA1 A; 1IWI A; 5M0P A; 4Z5Q A; 3CP4 A; 5JQU A; 1T2B A; 1DZ8 A; 2FE6 A; 4DUB A; 2ZUI A; 1SE6 A; 1P2Y A; 2Y5N A; 3CXY A; 3EL3 A; 4WPZ A; 3O1A A; 1NR6 A; 4D6Z A; 2Z3T A; 4C9P A; 3A51 A; 4C0C A; 2W0A A; 3DAN A; 3P6N A; 4H24 A; 2ZBY A; 2XKR A; 3QZ1 A; 1T87 A; 3E6I A; 3DBM A; 3MZS A; 1ROM A; 4G3R A; 2QBM A; 4RSN A; 3GPH A; 2CIB A; 4I4G A; 2ZBZ A; 3KX4 A; 5KYO A; 4DUC A; 5JQ2 A; 3SWZ A; 5EDT A; 2IJ3 A; 3CV8 A; 8CPP A; 3WRJ A; 4NZ2 A; 4K9T A; 4L77 A; 2FDV A; 4KQ8 A; 3P3L A; 1TQN A; 1YRC A; 5E9Z A; 3OFU A; 1GED A; 2NZA A; 4K9U A; 2J1M A; 3VM4 A; 2GR6 A; 3NPL A; 3ZSN A; 4ZFA A; 2WHW A; 5CP4 A; 2Q6N A; 1SMJ A; 3LD6 A; 4FMX A; 1K2O A; 1LFK A; 5FOI A; 2A1O A; 3P6V A; 2VE4 A; 4L36 A; 5B2Y A; 4L54 A; 4DUA A; 1CMN A; 2Q9G A; 3NV5 A; 4KTF A; 1NOO A; 2PG7 A; 3IW0 A; 4WQJ A; 1Z8Q A; 3UA5 A; 2IJ5 A; 3BE0 A; 5L94 A; 4L4A A; 5D40 A; 2D09 A; 3EBS A; 2Y46 A; 5JL9 A; 1GEJ A; 3R9B A; 4EK1 A; 3P3O A; 2WV2 A; 4BJK A; 1JIP A; 3TKT A; 3P6Q A; 4DNJ A; 4CK8 A; 3CY0 A; 1XQD A; 3EKB A; 3P6O A; 4EJG A; 4L6G A; 1W0F A; 5EM4 A; 3GW9 A; 1LWL A; 4PWV A; 3WRH A; 4KF0 A; 4CK9 A; 2BZ9 A; 4G7G A; 4TPO A; 4KTJ A; 1N6B A; 4L4E A; 3DL9 A; 2L8M A; 5DE9 A; 4Y8W A; 1OG5 A; 4DUD A; 2XFH A; 2WH8 A; 2XBK A; 3FWG A; 4TRI A; 4I4H A; 1GEB A; 1FAH A; 2FRZ A; 4NKV A; 2Y5Z A; 4D7D A; 1UE8 A; 1P0V A; 2WGY A; 4C9K A; 3CXV A; 4UMZ A; 3P6W A; 4L4F A; 2A1N A; 4NKY A; 5CJE A; 5IT1 A; 4HGG A; 3BEN A; 1RF9 A; 3IW1 A; 5L1Q A; 4GL5 A; 5AJR A; 5IBD A; 5B2V A; 2FR7 A; 5IBF A; 3T3Q A; 3B4X A; 3PM0 A; 3VRM A; 4EJJ A; 2HI4 A; 1DZ9 A; 2NNI A; 1W0E A; 4B7D A; 1F4T A; 5IBI A; 1PHB A; 3AWM A; 4ZDZ A; 1EA1 A; 4H6O A; 3G93 A; 2IJ2 A; 4DUF A; 4TVF A; 4L40 A; 1U13 A; 4ZF6 A; 3B98 A; 4J6C A; 4YT3 A; 2JJP A; 3P6X A; 4G46 A; 3QM4 A; 1P0W A; 4CPP A; 3LC4 A; 1ZO9 A; 4DO1 A; 6CPP A; 4KTL A; 4L4C A; 4BF4 A; 5IBJ A; 1YQO A; 1SMI A; 3OO3 A; 3CLI A; 4K9X A; 4R20 A; 2UWH A; 2YCA A; 3KX3 A; 5L91 A; 2NNJ A; 2IAG A; 4G48 A; 5CPP A; 4JWS A; 1E9X A; 2D0E A; 4JWU A; 4L0E A; 3S7S A; 5L1S A; 4O4P A; 3S79 A; 2DKK A; 2JJN A; 4C9N A; 4D78 A; 4TPN A; 1LG9 A; 2Z3U A; 4XRY A; 1MPW A; 5HH3 A; 3ME6 A; 1ZO4 A; 7CPP A; 3DSJ A; 2F9Q A; 3IBD A; 2W09 A; 3ZG2 A; 4ZF8 A; 2YOO A; 3CXZ A; 3R1B A; 4G2G A; 1IO9 A; 1FAG A; 4L49 A; 4R21 A; 1DT6 A; 3P6U A; 1PO5 A; 4G44 A; 4DUE A; 1IWJ A; 2WX2 A; 3PSX A; 4FXB A; 5A1P A; 1GEM A; 5IUT A; 3A1L A; 2JJO A; 4HGI A; 4MGJ A; 2RFB A; 2X9P A; 1Z10 A; 5IUZ A; 4I91 A; 5M0N A; 2H7S A; 2CD8 A; 1C8J A; 3L62 A; 4K9V A; 3BUJ A; 3NV6 A; 4UQH A; 2CI0 A; 1JME A; 1YRD A; 1N4G A; 1F4U A; 5JQV A; 3MGX A; 4DXY A; 4ZGX A; 2IJ4 A; 2LQD A; 3NC3 A; 3DSK A; 4L4D A; 4EGM A; 4L0F A; 3K9V A; 1O76 A; 3JUV A; 1UYU A; 3E4E A; 2NNH A; 4G45 A; 4IQ9 A; 4WNW A; 4XRZ A; 1Z8O A; 5E58 A; 5A5J A; 5E7Y A; 2FER A; 3AWQ A; 2YJN B; 1CMJ A; 2RCL A; 5IK1 A; 2WM4 A; 1T88 A; 3OL5 A; 2FDY A; 4DTY A; 4EJH A; 5LI8 A; 3VNO A; 5GXG A; 1PHE A; 2QBL A; 5D3U A; 3HF2 A; 5M0O A; 1ZOA A; 5HDI A; 3QU8 A; 3WRL A; 2BVJ A; 1X8V A; 3P3X A; 3T3R A; 1IO8 A; 1LGF A; 2XN8 A; 1R9O A; 2ZQX A; 3N9Y A; 4GL7 A; 1EGY A; 5B2X A; 4NKW A; 4KEY A; 6CP4 A; 4H1N A; 5IKI A; 3TBG A; 3P6R A; 3BDZ A; 1N97 A; 2J0D A; 5JKW A; 1SUO A; 2ZQJ A; 4WG2 A; 4G3J A; 2WM5 A; 4FDH A; 2CPP A; 4HGF A; 5EX6 A; 3TDA A; 5JL6 A; 4DVQ A; 4BMM A; 4IPW A; 1EHE A; 2FDU A; 2WIV A; 5L92 A; 3ZPI A; 5LIE A; 5L1V A; 2ROM A; 5L1R A; 3DAX A; 5IBH A; 4KPB A; 4ICT A; 1Q5D A; 4CP4 A; 3G5N A; 2NNB A; 4KEW A; 3WVS A; 4G47 A; 3TYW A; 1JFB A; 4RM4 A; 4KKY X; 2GQX A; 2RFC A; 4NY4 A; 3LXI A; 2CA0 A; 3T3Z A; 2VZ7 A; 3V8D A; 3WEC A; 3UAS A; 2YGX A; 3DGI A; 3TMZ A; 3VOO A; 4DTW A; 4MM0 A; 3MVR A; 2Y98 A; 2PG5 A; 5BV5 A; 2XC3 A; 4RQL A; 3A50 A; 3K9Y A; 5L90 A; 1Z11 A; 4EGP A; 3CPP A; 3B99 A; 4FIA A; 3EQM A; 4YZR A; 3A4H A; 1BVY A; 3WSP A; 4C9L A; 1PHG A; 3P6M A; 4WNV A; 5LI7 A; 3P6S A; 3KHM A; 5DQN A; 3RUK A; 3N9Z A; 2X2N A; 3P6T A; 2ZWT A; 2ZUH A; 3R9C A; 4FB2 A; 3KSW A; 5DYP A; 1DZ6 A; 3G1Q A; 2HPD A; 2PG6 A; 1F25 A; 2ZBX A; 3ABB A; 3CY1 A; 4JX1 A; 2X80 A; 5JKV A; 4APY A; 4J6D A; 5L1P A; 2BMH A; 2UUQ A; 4PXH A; 1GEI A; 3MDT A; 1DZ4 A; 1JIO A; 4FYZ A; 5E0E A; 5IRV A; 1T93 A; 4UAX A; 1Q5E A; 2Z36 A; 1EUP A; 4UBS A; 3DBG A; 3L4D A; 2X5L A; 1CPT A; 4JBT A; 3EKF A; 1T86 A; 1BU7 A; 3EKD A; 1EHF A; 2VKU A; 2WHF A; 3C6G A; 1WIY A; 4L4B A; 3QI8 A; 4Z5P A; 4WNU A; 3UA1 A; 1PHF A; 2BDM A; 3KW4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1P7R A; 3DSI A; 3KX5 A; 2ZUJ A; 1CP4 A; 1F24 A; 4TT5 A; 5LI6 A; 3TZO A; 2M56 A; 1PHC A; 1UED A; 3R1A A; 3CBD A; 3TJS A; 3T3S A; 5TE8 A; 4H23 A; 4K9W A; 1GJM A; 4HGH A; 5DYZ A; 3IW2 A; 5L1T A; 4XE3 A; 3E5J A; 5L1W A; 3AWP A; 2C6H A; 3G5H A; 4D75 A; 4RRT A; 4DTZ A; 4WPD A; 2V0M A; 4ZV8 A; 4G1X A; 5L1O A; 4WQ0 A; 4KF2 A; 4R1Z A; 4J6B A; 5B2W A; 2ZWU A; 3TIK A; 1AKD A; 3ZKP A; 1Z8P A; 1PHD A; 1EHG A; 2Q9F A; 3WRK A; 4IQ7 A; 4TUV A; 5L1U A; 3NC6 A; 2WIO A; 2ZAX A; 3M4V A; 2WI9 A; 3DAM A; 1ODO A; 5HIW A; 2VN0 A; 1ULW A; 1PQ2 A; 4HGJ A; 3ZK5 A; 3P99 A; 4IPS A; 3MDR A; 4KTK A; 3NXU A; 2X5W A; 3W9C A; 1JPZ A; 4KPA A; 1W0G A; 4EGN A; 4EGO A; 1H5Z A; 3VTJ A; 4I3Q A; 3WRI A; 1RE9 A; 3NC7 A; 2IJ7 A; 4COH A; 3ZBY A; 3FWF A; 2NZ5 A; 3QOA A; 1PHA A; 3TK3 A; 4DU2 A; 4AW3 A; 5E78 A; 1QMQ A; 4BY0 A; 3K1O A; 3SN5 A; 3P3Z A; 2FDW A; 1F26 A; 2H7R A; 2VE3 A; 5B2U A; 3NA0 A; 4TX3 A; 1JFC A; 2ZAW A; 3WRM A; 4WNT A; 2Z97 A; 2RCM A; 4OQS A; 2X7Y A; 1S1F A; 2WUZ A; 2H7Q A; 4NKZ A; 4LHT A; 2A1M A; 3FWJ A; 4B7S A; 1OG2 A; 3OFT A; 2UVN A; 4EP6 A; 2J4S A; 3CV9 A; 5IRQ A; 5A1R A; 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