The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
248
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structure length |
248
|
Chain Sequence |
MKRIVPKFTEIFPVEDANYPYSAFIASVRKDVIKHCTDHKGIFQPVLPPEKKVPELWLYTELKTRTSSITLAIRMDNLYLVGFRTPGGVWWEFGKDGDTHLLGDNPRWLGFGGRYQDLIGNKGLETVTMGRAEMTRAVNDLAKKKKMLEPQADTKSKLVKLVVMVCEGLRFNTVSRTVDAGFNSQHGVTLTVTQGKQVQKWDRISKAAFEWADHPTAVIPDMQKLGIKDKNEAARIVALVKNQTTAAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of an active mutant of maize ribosome-inactivating protein (MOD) and its interaction with the ribosomal stalk protein P2.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Zea mays
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| molecule keywords |
Ribosome-inactivating protein
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| total genus |
67
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| structure length |
248
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| sequence length |
248
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2008-07-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FB9 A; 3HIT A; 4FXA A; 4ZFW A; 4ZA3 A; 1CF5 A; 3U6Z A; 1YF8 A; 3NX9 A; 2G5X A; 1J1M A; 2QET A; 1GGP A; 5CF9 B; 1GIS A; 1R4P A; 1F8Q A; 4P2C A; 1PUM A; 5DDZ A; 3H5K A; 1QCJ A; 2B7U A; 5ILX A; 1SZ6 A; 4L66 A; 1IFU A; 4RZJ A; 4DWM A; 1RZO A; 2VS6 A; 4HV3 A; 5CIX A; 4ZT8 A; 3V14 A; 1D8V A; 4K2Z A; 4LT4 A; 3PX8 X; 2AAI A; 1J1S A; 1HWN A; 2R3D A; 4LGS A; 1QCI A; 1LPD A; 4HR6 B; 4JTB A; 4XY7 A; 5BOZ A; 1MRH A; 1MRJ A; 1TCS A; 3N5D A; 2R9K A; 1IFS A; 1R4Q A; 4IMV A; 2GA4 A; 1ABR A; 2Z53 A; 3MRW A; 3MRY A; 4JTP A; 4KWN A; 4ZFY A; 3D7W A; 4FBB A; 4LGP A; 3QJI A; 4EMF A; 1IL4 A; 1MRI A; 4LRO A; 4M1U A; 4LWX A; 4ZU0 A; 1BR6 A; 2JJR A; 4KL4 A; 3HIV A; 1M2T A; 1PC8 A; 3N3X A; 5E1H A; 5J57 A; 3V2K A; 4HUO X; 3HIO A; 2VC3 A; 1GIK A; 3HIQ A; 4GUW A; 4O0O A; 5GZ7 A; 1APA A; 1BRY Y; 1IL9 A; 4ZLB A; 1UQ5 A; 1CE7 A; 1QD2 A; 4Q2V A; 2QES A; 4KMK A; 1QCG A; 3HIW A; 4ZGR A; 3HIS A; 3KU0 A; 1AHC A; 4O4Q A; 2PQI A; 4FBA A; 3BJG A; 4LGR A; 4FBH A; 4MX1 A; 1ONK A; 2JDL A; 3EJ5 X; 1D6A A; 4ZFU A; 1TFM A; 1PAF A; 1LP8 A; 1UQ4 A; 4Q9F A; 1NIO A; 3SJ6 A; 1LPC A; 3NFM A; 1IFT A; 1IL3 A; 1NLI A; 1QI7 A; 3U6T A; 2OQA A; 1HWO A; 1LLN A; 4HUP X; 4FZ9 A; 1MRK A; 5GU4 A; 2MLL A; 2PQG A; 3KTZ A; 4O8E A; 2Q8W A; 2K6H A; 4ZZ6 A; 2Q3N A; 5CSO A; 4EMR A; 2VLC A; 3N1D A; 4LHJ A; 4JKX A; 4HV7 X; 3O5W A; 1BR5 A; 1OQL A; 1HWM A; 3Q4P A; 1AHB A; 5J56 A; 1AHA A; 4KUC A; 4LHQ A; 1PAG A; 2R2X A; 4ZBV A; 2Z4U A; 2PJO A; 3BWH A; 3N1N A; 5GM7 A; 1HWP A; 5CST A; 5SV3 B; 1J1R A; 4KPV A; 3S9Q A; 3U8F A; 3RTJ A; 5ILW A; 4Z9K A; 4EB2 A; 3MK9 A; 1GIU A; 1MOM A; 3CTK A; 4MX5 X; 1OBT A; 4FBC A; 1OBS A; 4YP2 B; 1PUU A; 3RL9 A; 4F9N A; 1J1Q A; 3N2D A; 4M5A A; 4HOA A; 4ESI A; 3U70 A; 1RTC A; 3SRP A; 2P8N A; 2ZR1 A; 3N31 A; 4Z8S A; 2VC4 A; 3LC9 A; 3NJS A; 1MRG A; 3PX9 X; 1IL5 A; 4H0Z A; 2RG9 A; 2PQJ A; 3LE7 A; 3MVG A; 1J4G A; 3RTI A; 1RL0 A; 3MY6 A; 4Z9W A; 1DM0 A; 4I47 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FB9 A; 3HIT A; 4FXA A; 4ZFW A; 4ZA3 A; 1CF5 A; 3U6Z A; 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1IFT A; 1IL3 A; 1NLI A; 1QI7 A; 3U6T A; 2OQA A; 1HWO A; 1LLN A; 4HUP X; 4FZ9 A; 1MRK A; 5GU4 A; 2MLL A; 2PQG A; 3KTZ A; 4O8E A; 2Q8W A; 2K6H A; 4ZZ6 A; 2Q3N A; 5CSO A; 4EMR A; 2VLC A; 3N1D A; 4LHJ A; 4JKX A; 4HV7 X; 3O5W A; 1BR5 A; 1OQL A; 1HWM A; 3Q4P A; 1AHB A; 5J56 A; 1AHA A; 4KUC A; 4LHQ A; 1PAG A; 2R2X A; 4ZBV A; 2Z4U A; 2PJO A; 3BWH A; 3N1N A; 5GM7 A; 1HWP A; 5CST A; 5SV3 B; 1J1R A; 4KPV A; 3S9Q A; 3U8F A; 3RTJ A; 5ILW A; 4Z9K A; 4EB2 A; 3MK9 A; 1GIU A; 1MOM A; 3CTK A; 4MX5 X; 1OBT A; 4FBC A; 1OBS A; 4YP2 B; 1PUU A; 3RL9 A; 4F9N A; 1J1Q A; 3N2D A; 4M5A A; 4HOA A; 4ESI A; 3U70 A; 1RTC A; 3SRP A; 2P8N A; 2ZR1 A; 3N31 A; 4Z8S A; 2VC4 A; 3LC9 A; 3NJS A; 1MRG A; 3PX9 X; 1IL5 A; 4H0Z A; 2RG9 A; 2PQJ A; 3LE7 A; 3MVG A; 1J4G A; 3RTI A; 1RL0 A; 3MY6 A; 4Z9W A; 1DM0 A; 4I47 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4FB9 A; 3HIT A; 4FXA A; 4ZFW A; 4ZA3 A; 1CF5 A; 3U6Z A; 1YF8 A; 3NX9 A; 2G5X A; 1J1M A; 2QET A; 1GGP A; 5CF9 B; 1GIS A; 1R4P A; 1F8Q A; 4P2C A; 1PUM A; 5DDZ A; 3H5K A; 1QCJ A; 2B7U A; 5ILX A; 1SZ6 A; 4L66 A; 1IFU A; 4RZJ A; 4DWM A; 1RZO A; 2VS6 A; 4HV3 A; 5CIX A; 4ZT8 A; 3V14 A; 1D8V A; 4K2Z A; 4LT4 A; 3PX8 X; 2AAI A; 1J1S A; 1HWN A; 2R3D A; 4LGS A; 1QCI A; 1LPD A; 4HR6 B; 4JTB A; 4XY7 A; 5BOZ A; 1MRH A; 1MRJ A; 1TCS A; 3N5D A; 2R9K A; 1IFS A; 1R4Q A; 4IMV A; 2GA4 A; 1ABR A; 2Z53 A; 3MRW A; 3MRY A; 4JTP A; 4KWN A; 4ZFY A; 3D7W A; 4FBB A; 4LGP A; 3QJI A; 4EMF A; 1IL4 A; 1MRI A; 4LRO A; 4M1U A; 4LWX A; 4ZU0 A; 1BR6 A; 2JJR A; 4KL4 A; 3HIV A; 1M2T A; 1PC8 A; 3N3X A; 5E1H A; 5J57 A; 3V2K A; 4HUO X; 3HIO A; 2VC3 A; 1GIK A; 3HIQ A; 4GUW A; 4O0O A; 5GZ7 A; 1APA A; 1BRY Y; 1IL9 A; 4ZLB A; 1UQ5 A; 1CE7 A; 1QD2 A; 4Q2V A; 2QES A; 4KMK A; 1QCG A; 3HIW A; 4ZGR A; 3HIS A; 3KU0 A; 1AHC A; 4O4Q A; 2PQI A; 4FBA A; 3BJG A; 4LGR A; 4FBH A; 4MX1 A; 1ONK A; 2JDL A; 3EJ5 X; 1D6A A; 4ZFU A; 1TFM A; 1PAF A; 1LP8 A; 1UQ4 A; 4Q9F A; 1NIO A; 3SJ6 A; 1LPC A; 3NFM A; 1IFT A; 1IL3 A; 1NLI A; 1QI7 A; 3U6T A; 2OQA A; 1HWO A; 1LLN A; 4HUP X; 4FZ9 A; 1MRK A; 5GU4 A; 2MLL A; 2PQG A; 3KTZ A; 4O8E A; 2Q8W A; 2K6H A; 4ZZ6 A; 2Q3N A; 5CSO A; 4EMR A; 2VLC A; 3N1D A; 4LHJ A; 4JKX A; 4HV7 X; 3O5W A; 1BR5 A; 1OQL A; 1HWM A; 3Q4P A; 1AHB A; 5J56 A; 1AHA A; 4KUC A; 4LHQ A; 1PAG A; 2R2X A; 4ZBV A; 2Z4U A; 2PJO A; 3BWH A; 3N1N A; 5GM7 A; 1HWP A; 5CST A; 5SV3 B; 1J1R A; 4KPV A; 3S9Q A; 3U8F A; 3RTJ A; 5ILW A; 4Z9K A; 4EB2 A; 3MK9 A; 1GIU A; 1MOM A; 3CTK A; 4MX5 X; 1OBT A; 4FBC A; 1OBS A; 4YP2 B; 1PUU A; 3RL9 A; 4F9N A; 1J1Q A; 3N2D A; 4M5A A; 4HOA A; 4ESI A; 3U70 A; 1RTC A; 3SRP A; 2P8N A; 2ZR1 A; 3N31 A; 4Z8S A; 2VC4 A; 3LC9 A; 3NJS A; 1MRG A; 3PX9 X; 1IL5 A; 4H0Z A; 2RG9 A; 2PQJ A; 3LE7 A; 3MVG A; 1J4G A; 3RTI A; 1RL0 A; 3MY6 A; 4Z9W A; 1DM0 A; 4I47 A;
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