The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
257
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structure length |
257
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Chain Sequence |
VIIYELNLQGTTKAQYSTFLKQLRDDIKDPNLHYGGTNLPVIKRPVGPPKFLRVNLKASTGTVSLAVQRSNLYVAAYLAKNNNKQFRAYYFKGFQITTNQLNNLFPEATGVSNQQELGYGESYPQIQNAAGVTRQQAGLGIKKLAESMTKVNGVARVEKDEALFLLIVVQMVGEAARFKYIENLVLNNFDTAKEVEPVPDRVIILENNWGLLSRAAKTANNGVFQTPLVLTSYAVPGVEWRVTTVAEVEIGIFLNVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Transition state analogues in structures of ricin and saporin ribosome-inactivating proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Saponaria officinalis
|
| molecule keywords |
Vacuolar saporin
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| total genus |
86
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| structure length |
257
|
| sequence length |
257
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2009-05-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EJ5 X; 4YP2 B; 1IFT A; 1R4P A; 1TCS A; 1HWP A; 4ZFY A; 1HWN A; 1MOM A; 1OBS A; 3Q4P A; 4Q2V A; 1RTC A; 2ZR1 A; 4FBC A; 4LHQ A; 4HR6 B; 3KTZ A; 2B7U A; 2Q8W A; 3BWH A; 2G5X A; 1LPC A; 1RL0 A; 1OQL A; 1LLN A; 2Q3N A; 4Z8S A; 3KU0 A; 3NFM A; 1MRG A; 2P8N A; 4HV7 X; 4LWX A; 4HV3 A; 1J1R A; 4HUO X; 4MX1 A; 1AHB A; 4H0Z A; 1PC8 A; 1J1S A; 3HIO A; 2OQA A; 4M1U A; 2VLC A; 4RZJ A; 4ZFU A; 3PX9 X; 2MLL A; 3NJS A; 4KL4 A; 3U8F A; 1J4G A; 5J57 A; 3BJG A; 4ZBV A; 3SJ6 A; 1J1Q A; 4HOA A; 4M5A A; 3D7W A; 3MRY A; 4KWN A; 4Q9F A; 2VS6 A; 4FBB A; 4F9N A; 2JJR A; 1F8Q A; 4ZLB A; 1J1M A; 4FZ9 A; 5GU4 A; 2PJO A; 4ZT8 A; 3CTK A; 1CF5 A; 1NIO A; 4JTB A; 3PX8 X; 3RTJ A; 3HIS A; 3N1D A; 1QD2 A; 5ILX A; 3MK9 A; 3H5K A; 1IFU A; 1LPD A; 4LGR A; 3MY6 A; 4Z9W A; 5CF9 B; 3U70 A; 1IL9 A; 2R9K A; 5CST A; 4FBA A; 3RL9 A; 1QCI A; 1TFM A; 3HIV A; 1AHC A; 1PAF A; 3V2K A; 1PAG A; 2PQJ A; 4GUW A; 1LP8 A; 1IL3 A; 4FBH A; 4ESI A; 4MX5 X; 1RZO A; 3LC9 A; 3NX9 A; 4LT4 A; 3U6Z A; 4KPV A; 1ABR A; 2Z4U A; 2K6H A; 3V14 A; 1HWM A; 5E1H A; 1UQ4 A; 3SRP A; 2JDL A; 4O8E A; 5DDZ A; 3S9Q A; 4P2C A; 4HUP X; 4ZZ6 A; 4JKX A; 5ILW A; 1AHA A; 1GIK A; 3HIW A; 3O5W A; 4LRO A; 5CIX A; 3MRW A; 3N5D A; 4LGS A; 4EB2 A; 3RTI A; 4Z9K A; 4I47 A; 4LGP A; 3U6T A; 5GM7 A; 1YF8 A; 4O4Q A; 3N1N A; 1OBT A; 5SV3 B; 1MRH A; 4KMK A; 1APA A; 3N2D A; 2GA4 A; 4KUC A; 4FB9 A; 1UQ5 A; 1QI7 A; 2AAI A; 1IL5 A; 2QET A; 3QJI A; 2RG9 A; 1IFS A; 5BOZ A; 5J56 A; 2R2X A; 3HIQ A; 1D6A A; 2R3D A; 4EMF A; 1M2T A; 2PQG A; 1DM0 A; 1ONK A; 4ZGR A; 1NLI A; 1IL4 A; 1MRK A; 1SZ6 A; 3LE7 A; 1PUM A; 1PUU A; 4O0O A; 4ZFW A; 4ZA3 A; 4XY7 A; 4JTP A; 3N31 A; 1CE7 A; 4ZU0 A; 1BRY Y; 5GZ7 A; 2PQI A; 2VC4 A; 2VC3 A; 2Z53 A; 3MVG A; 2QES A; 4K2Z A; 1D8V A; 5CSO A; 1QCJ A; 3HIT A; 4L66 A; 1MRI A; 1GGP A; 3N3X A; 1QCG A; 1R4Q A; 4IMV A; 4EMR A; 4DWM A; 1GIS A; 4FXA A; 1MRJ A; 1BR6 A; 4LHJ A; 1HWO A; 1GIU A; 1BR5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EJ5 X; 4YP2 B; 1IFT A; 1R4P A; 1TCS A; 1HWP A; 4ZFY A; 1HWN A; 1MOM A; 1OBS A; 3Q4P A; 4Q2V A; 1RTC A; 2ZR1 A; 4FBC A; 4LHQ A; 4HR6 B; 3KTZ A; 2B7U A; 2Q8W A; 3BWH A; 2G5X A; 1LPC A; 1RL0 A; 1OQL A; 1LLN A; 2Q3N A; 4Z8S A; 3KU0 A; 3NFM A; 1MRG A; 2P8N A; 4HV7 X; 4LWX A; 4HV3 A; 1J1R A; 4HUO X; 4MX1 A; 1AHB A; 4H0Z A; 1PC8 A; 1J1S A; 3HIO A; 2OQA A; 4M1U A; 2VLC A; 4RZJ A; 4ZFU A; 3PX9 X; 2MLL A; 3NJS A; 4KL4 A; 3U8F A; 1J4G A; 5J57 A; 3BJG A; 4ZBV A; 3SJ6 A; 1J1Q A; 4HOA A; 4M5A A; 3D7W A; 3MRY A; 4KWN A; 4Q9F A; 2VS6 A; 4FBB A; 4F9N A; 2JJR A; 1F8Q A; 4ZLB A; 1J1M A; 4FZ9 A; 5GU4 A; 2PJO A; 4ZT8 A; 3CTK A; 1CF5 A; 1NIO A; 4JTB A; 3PX8 X; 3RTJ A; 3HIS A; 3N1D A; 1QD2 A; 5ILX A; 3MK9 A; 3H5K A; 1IFU A; 1LPD A; 4LGR A; 3MY6 A; 4Z9W A; 5CF9 B; 3U70 A; 1IL9 A; 2R9K A; 5CST A; 4FBA A; 3RL9 A; 1QCI A; 1TFM A; 3HIV A; 1AHC A; 1PAF A; 3V2K A; 1PAG A; 2PQJ A; 4GUW A; 1LP8 A; 1IL3 A; 4FBH A; 4ESI A; 4MX5 X; 1RZO A; 3LC9 A; 3NX9 A; 4LT4 A; 3U6Z A; 4KPV A; 1ABR A; 2Z4U A; 2K6H A; 3V14 A; 1HWM A; 5E1H A; 1UQ4 A; 3SRP A; 2JDL A; 4O8E A; 5DDZ A; 3S9Q A; 4P2C A; 4HUP X; 4ZZ6 A; 4JKX A; 5ILW A; 1AHA A; 1GIK A; 3HIW A; 3O5W A; 4LRO A; 5CIX A; 3MRW A; 3N5D A; 4LGS A; 4EB2 A; 3RTI A; 4Z9K A; 4I47 A; 4LGP A; 3U6T A; 5GM7 A; 1YF8 A; 4O4Q A; 3N1N A; 1OBT A; 5SV3 B; 1MRH A; 4KMK A; 1APA A; 3N2D A; 2GA4 A; 4KUC A; 4FB9 A; 1UQ5 A; 1QI7 A; 2AAI A; 1IL5 A; 2QET A; 3QJI A; 2RG9 A; 1IFS A; 5BOZ A; 5J56 A; 2R2X A; 3HIQ A; 1D6A A; 2R3D A; 4EMF A; 1M2T A; 2PQG A; 1DM0 A; 1ONK A; 4ZGR A; 1NLI A; 1IL4 A; 1MRK A; 1SZ6 A; 3LE7 A; 1PUM A; 1PUU A; 4O0O A; 4ZFW A; 4ZA3 A; 4XY7 A; 4JTP A; 3N31 A; 1CE7 A; 4ZU0 A; 1BRY Y; 5GZ7 A; 2PQI A; 2VC4 A; 2VC3 A; 2Z53 A; 3MVG A; 2QES A; 4K2Z A; 1D8V A; 5CSO A; 1QCJ A; 3HIT A; 4L66 A; 1MRI A; 1GGP A; 3N3X A; 1QCG A; 1R4Q A; 4IMV A; 4EMR A; 4DWM A; 1GIS A; 4FXA A; 1MRJ A; 1BR6 A; 4LHJ A; 1HWO A; 1GIU A; 1BR5 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3EJ5 X; 4YP2 B; 1IFT A; 1R4P A; 1TCS A; 1HWP A; 4ZFY A; 1HWN A; 1MOM A; 1OBS A; 3Q4P A; 4Q2V A; 1RTC A; 2ZR1 A; 4FBC A; 4LHQ A; 4HR6 B; 3KTZ A; 2B7U A; 2Q8W A; 3BWH A; 2G5X A; 1LPC A; 1RL0 A; 1OQL A; 1LLN A; 2Q3N A; 4Z8S A; 3KU0 A; 3NFM A; 1MRG A; 2P8N A; 4HV7 X; 4LWX A; 4HV3 A; 1J1R A; 4HUO X; 4MX1 A; 1AHB A; 4H0Z A; 1PC8 A; 1J1S A; 3HIO A; 2OQA A; 4M1U A; 2VLC A; 4RZJ A; 4ZFU A; 3PX9 X; 2MLL A; 3NJS A; 4KL4 A; 3U8F A; 1J4G A; 5J57 A; 3BJG A; 4ZBV A; 3SJ6 A; 1J1Q A; 4HOA A; 4M5A A; 3D7W A; 3MRY A; 4KWN A; 4Q9F A; 2VS6 A; 4FBB A; 4F9N A; 2JJR A; 1F8Q A; 4ZLB A; 1J1M A; 4FZ9 A; 5GU4 A; 2PJO A; 4ZT8 A; 3CTK A; 1CF5 A; 1NIO A; 4JTB A; 3PX8 X; 3RTJ A; 3HIS A; 3N1D A; 1QD2 A; 5ILX A; 3MK9 A; 3H5K A; 1IFU A; 1LPD A; 4LGR A; 3MY6 A; 4Z9W A; 5CF9 B; 3U70 A; 1IL9 A; 2R9K A; 5CST A; 4FBA A; 3RL9 A; 1QCI A; 1TFM A; 3HIV A; 1AHC A; 1PAF A; 3V2K A; 1PAG A; 2PQJ A; 4GUW A; 1LP8 A; 1IL3 A; 4FBH A; 4ESI A; 4MX5 X; 1RZO A; 3LC9 A; 3NX9 A; 4LT4 A; 3U6Z A; 4KPV A; 1ABR A; 2Z4U A; 2K6H A; 3V14 A; 1HWM A; 5E1H A; 1UQ4 A; 3SRP A; 2JDL A; 4O8E A; 5DDZ A; 3S9Q A; 4P2C A; 4HUP X; 4ZZ6 A; 4JKX A; 5ILW A; 1AHA A; 1GIK A; 3HIW A; 3O5W A; 4LRO A; 5CIX A; 3MRW A; 3N5D A; 4LGS A; 4EB2 A; 3RTI A; 4Z9K A; 4I47 A; 4LGP A; 3U6T A; 5GM7 A; 1YF8 A; 4O4Q A; 3N1N A; 1OBT A; 5SV3 B; 1MRH A; 4KMK A; 1APA A; 3N2D A; 2GA4 A; 4KUC A; 4FB9 A; 1UQ5 A; 1QI7 A; 2AAI A; 1IL5 A; 2QET A; 3QJI A; 2RG9 A; 1IFS A; 5BOZ A; 5J56 A; 2R2X A; 3HIQ A; 1D6A A; 2R3D A; 4EMF A; 1M2T A; 2PQG A; 1DM0 A; 1ONK A; 4ZGR A; 1NLI A; 1IL4 A; 1MRK A; 1SZ6 A; 3LE7 A; 1PUM A; 1PUU A; 4O0O A; 4ZFW A; 4ZA3 A; 4XY7 A; 4JTP A; 3N31 A; 1CE7 A; 4ZU0 A; 1BRY Y; 5GZ7 A; 2PQI A; 2VC4 A; 2VC3 A; 2Z53 A; 3MVG A; 2QES A; 4K2Z A; 1D8V A; 5CSO A; 1QCJ A; 3HIT A; 4L66 A; 1MRI A; 1GGP A; 3N3X A; 1QCG A; 1R4Q A; 4IMV A; 4EMR A; 4DWM A; 1GIS A; 4FXA A; 1MRJ A; 1BR6 A; 4LHJ A; 1HWO A; 1GIU A; 1BR5 A;
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