The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
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sequence length |
262
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structure length |
262
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Chain Sequence |
YPIINFTTAGATVQSYTNFIRAVRGRLTTGADVRHEIPVLPNRVGLPINQRFILVELSNHAELSVTLALDMTNAAVVGYRAGNSAYFFHPDNQEDAEAITHLFTDVQNRYTFAFGGNYDRLEQLAGNLRENIELGNGPLEEAISALYYYSTGGTQLPTLARSFIICIQMISEAARFQYIEGEMRTRIRYNRRSAPDPSVITLENSWGRLSTAIQESNQGAFASPIQLQRRNGSKFSVYDVSILIPIIALMVYRCAPPPSSQF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of RiVax: a recombinant ricin vaccine.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Ricinus communis
|
| molecule keywords |
Ricin A chain
|
| total genus |
90
|
| structure length |
262
|
| sequence length |
262
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2011-07-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GU4 A; 4O0O A; 1TFM A; 3D7W A; 4M5A A; 5J57 A; 1AHB A; 4JTP A; 4P2C A; 4IMV A; 1NIO A; 4XY7 A; 5GZ7 A; 3N1N A; 2Q8W A; 3PX8 X; 2MLL A; 1PUM A; 3V2K A; 1APA A; 2VS6 A; 4HV7 X; 4O8E A; 2P8N A; 4FXA A; 2R3D A; 4LGP A; 4MX5 X; 5E1H A; 1J1Q A; 4ZA3 A; 3MRY A; 1AHC A; 1GIU A; 3KTZ A; 1D8V A; 3RTJ A; 5CF9 B; 3MY6 A; 1BR5 A; 3CTK A; 1MRI A; 4Q2V A; 1CF5 A; 2PJO A; 3V14 A; 5GM7 A; 4FBB A; 1D6A A; 4FBC A; 4ZBV A; 3MVG A; 5BOZ A; 3Q4P A; 3RTI A; 1IL9 A; 1IFS A; 4FBA A; 1R4P A; 4JTB A; 3S9Q A; 2R9K A; 4Z9W A; 4ZFW A; 3N31 A; 3LE7 A; 5J56 A; 2OQA A; 3HIT A; 5CIX A; 3N3X A; 4ESI A; 1J1S A; 1UQ5 A; 3U6T A; 3NJS A; 1F8Q A; 2ZR1 A; 3PX9 X; 1OBS A; 4HR6 B; 4ZFY A; 1OQL A; 2RG9 A; 1RTC A; 1DM0 A; 1MRJ A; 1CE7 A; 1HWN A; 1SZ6 A; 5CSO A; 4H0Z A; 4HUO X; 2VC3 A; 4MX1 A; 2VLC A; 3H5K A; 5ILX A; 1J4G A; 2JJR A; 3RL9 A; 1AHA A; 1J1R A; 1QCG A; 1R4Q A; 3KU0 A; 4LWX A; 3BJG A; 1QI7 A; 1GIS A; 1LPC A; 4LHJ A; 5ILW A; 5CST A; 4GUW A; 3HIV A; 2PQG A; 2PQI A; 4YP2 B; 4ZFU A; 3HIO A; 4EB2 A; 2JDL A; 1MRK A; 3MRW A; 4K2Z A; 4O4Q A; 4FB9 A; 3N1D A; 4JKX A; 1GGP A; 2QES A; 4Z8S A; 1RZO A; 2QET A; 3N2D A; 2G5X A; 2PQJ A; 1NLI A; 2K6H A; 2Z4U A; 3QJI A; 1RL0 A; 4HV3 A; 4ZU0 A; 4ZZ6 A; 1BR6 A; 1PUU A; 5DDZ A; 3N5D A; 4KWN A; 4RZJ A; 1J1M A; 4KPV A; 3O5W A; 4LRO A; 3NFM A; 4FZ9 A; 1HWM A; 1PAG A; 1BRY Y; 4M1U A; 5SV3 B; 3BWH A; 4HUP X; 1HWP A; 1QCJ A; 1LLN A; 4FBH A; 4EMR A; 1LPD A; 1LP8 A; 1M2T A; 4LT4 A; 4F9N A; 4ZLB A; 1MRG A; 3HIQ A; 4Z9K A; 1GIK A; 1QD2 A; 3HIS A; 4Q9F A; 4KMK A; 1MOM A; 4LHQ A; 3SRP A; 4ZGR A; 3HIW A; 1OBT A; 2R2X A; 1MRH A; 1TCS A; 2VC4 A; 3SJ6 A; 2B7U A; 4KUC A; 4I47 A; 1IL4 A; 4L66 A; 3LC9 A; 4DWM A; 3MK9 A; 3U8F A; 3U6Z A; 1HWO A; 1ONK A; 4LGS A; 1UQ4 A; 4HOA A; 1QCI A; 1IL5 A; 2Q3N A; 3U70 A; 1ABR A; 2GA4 A; 1IFT A; 4ZT8 A; 1IFU A; 1PAF A; 2Z53 A; 4LGR A; 1YF8 A; 4EMF A; 1PC8 A; 4KL4 A; 3EJ5 X; 2AAI A; 3NX9 A; 1IL3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GU4 A; 4O0O A; 1TFM A; 3D7W A; 4M5A A; 5J57 A; 1AHB A; 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4Z8S A; 1RZO A; 2QET A; 3N2D A; 2G5X A; 2PQJ A; 1NLI A; 2K6H A; 2Z4U A; 3QJI A; 1RL0 A; 4HV3 A; 4ZU0 A; 4ZZ6 A; 1BR6 A; 1PUU A; 5DDZ A; 3N5D A; 4KWN A; 4RZJ A; 1J1M A; 4KPV A; 3O5W A; 4LRO A; 3NFM A; 4FZ9 A; 1HWM A; 1PAG A; 1BRY Y; 4M1U A; 5SV3 B; 3BWH A; 4HUP X; 1HWP A; 1QCJ A; 1LLN A; 4FBH A; 4EMR A; 1LPD A; 1LP8 A; 1M2T A; 4LT4 A; 4F9N A; 4ZLB A; 1MRG A; 3HIQ A; 4Z9K A; 1GIK A; 1QD2 A; 3HIS A; 4Q9F A; 4KMK A; 1MOM A; 4LHQ A; 3SRP A; 4ZGR A; 3HIW A; 1OBT A; 2R2X A; 1MRH A; 1TCS A; 2VC4 A; 3SJ6 A; 2B7U A; 4KUC A; 4I47 A; 1IL4 A; 4L66 A; 3LC9 A; 4DWM A; 3MK9 A; 3U8F A; 3U6Z A; 1HWO A; 1ONK A; 4LGS A; 1UQ4 A; 4HOA A; 1QCI A; 1IL5 A; 2Q3N A; 3U70 A; 1ABR A; 2GA4 A; 1IFT A; 4ZT8 A; 1IFU A; 1PAF A; 2Z53 A; 4LGR A; 1YF8 A; 4EMF A; 1PC8 A; 4KL4 A; 3EJ5 X; 2AAI A; 3NX9 A; 1IL3 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5GU4 A; 4O0O A; 1TFM A; 3D7W A; 4M5A A; 5J57 A; 1AHB A; 4JTP A; 4P2C A; 4IMV A; 1NIO A; 4XY7 A; 5GZ7 A; 3N1N A; 2Q8W A; 3PX8 X; 2MLL A; 1PUM A; 3V2K A; 1APA A; 2VS6 A; 4HV7 X; 4O8E A; 2P8N A; 4FXA A; 2R3D A; 4LGP A; 4MX5 X; 5E1H A; 1J1Q A; 4ZA3 A; 3MRY A; 1AHC A; 1GIU A; 3KTZ A; 1D8V A; 3RTJ A; 5CF9 B; 3MY6 A; 1BR5 A; 3CTK A; 1MRI A; 4Q2V A; 1CF5 A; 2PJO A; 3V14 A; 5GM7 A; 4FBB A; 1D6A A; 4FBC A; 4ZBV A; 3MVG A; 5BOZ A; 3Q4P A; 3RTI A; 1IL9 A; 1IFS A; 4FBA A; 1R4P A; 4JTB A; 3S9Q A; 2R9K A; 4Z9W A; 4ZFW A; 3N31 A; 3LE7 A; 5J56 A; 2OQA A; 3HIT A; 5CIX A; 3N3X A; 4ESI A; 1J1S A; 1UQ5 A; 3U6T A; 3NJS A; 1F8Q A; 2ZR1 A; 3PX9 X; 1OBS A; 4HR6 B; 4ZFY A; 1OQL A; 2RG9 A; 1RTC A; 1DM0 A; 1MRJ A; 1CE7 A; 1HWN A; 1SZ6 A; 5CSO A; 4H0Z A; 4HUO X; 2VC3 A; 4MX1 A; 2VLC A; 3H5K A; 5ILX A; 1J4G A; 2JJR A; 3RL9 A; 1AHA A; 1J1R A; 1QCG A; 1R4Q A; 3KU0 A; 4LWX A; 3BJG A; 1QI7 A; 1GIS A; 1LPC A; 4LHJ A; 5ILW A; 5CST A; 4GUW A; 3HIV A; 2PQG A; 2PQI A; 4YP2 B; 4ZFU A; 3HIO A; 4EB2 A; 2JDL A; 1MRK A; 3MRW A; 4K2Z A; 4O4Q A; 4FB9 A; 3N1D A; 4JKX A; 1GGP A; 2QES A; 4Z8S A; 1RZO A; 2QET A; 3N2D A; 2G5X A; 2PQJ A; 1NLI A; 2K6H A; 2Z4U A; 3QJI A; 1RL0 A; 4HV3 A; 4ZU0 A; 4ZZ6 A; 1BR6 A; 1PUU A; 5DDZ A; 3N5D A; 4KWN A; 4RZJ A; 1J1M A; 4KPV A; 3O5W A; 4LRO A; 3NFM A; 4FZ9 A; 1HWM A; 1PAG A; 1BRY Y; 4M1U A; 5SV3 B; 3BWH A; 4HUP X; 1HWP A; 1QCJ A; 1LLN A; 4FBH A; 4EMR A; 1LPD A; 1LP8 A; 1M2T A; 4LT4 A; 4F9N A; 4ZLB A; 1MRG A; 3HIQ A; 4Z9K A; 1GIK A; 1QD2 A; 3HIS A; 4Q9F A; 4KMK A; 1MOM A; 4LHQ A; 3SRP A; 4ZGR A; 3HIW A; 1OBT A; 2R2X A; 1MRH A; 1TCS A; 2VC4 A; 3SJ6 A; 2B7U A; 4KUC A; 4I47 A; 1IL4 A; 4L66 A; 3LC9 A; 4DWM A; 3MK9 A; 3U8F A; 3U6Z A; 1HWO A; 1ONK A; 4LGS A; 1UQ4 A; 4HOA A; 1QCI A; 1IL5 A; 2Q3N A; 3U70 A; 1ABR A; 2GA4 A; 1IFT A; 4ZT8 A; 1IFU A; 1PAF A; 2Z53 A; 4LGR A; 1YF8 A; 4EMF A; 1PC8 A; 4KL4 A; 3EJ5 X; 2AAI A; 3NX9 A; 1IL3 A;
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