The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
140
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sequence length |
427
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structure length |
411
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Chain Sequence |
IPMVPAEVGRAVIDPKSYGTWEPLLDRFDALRAEAPVAKVVAPDDEHEPFWLVSSFDGVMKASKDNATFLNNPKSTVFTLRVGEMMAKAITGGSPHLVESLVQMDAPKHPKLRRLTQDWFMPKNLARLDGEIRKIANEAIDRMLGAGEEGDFMALVAAPYPLHVVMQILGVPPEDEPKMLFLTQQMFGGQISQIVAGAVAEFERYFAGLAAERRRNPTDDVATVIANAVVDGEPMSDRDTAGYYIITASAGHDTTSASSAGAALALARDPDLFARVKADRNLLPGIVEEAIRWTTPVQHFMRTAATDTELCGQKIAAGDWLMLNYVAANHDPAQFPEPRKFDPTRPANRHLAFGAGSHQCLGLHLARLEMRVLLDVLLDRVDSLELAGEPKRVNSTFVGGFKSLPMRWKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of CYP108D1 from Novosphingobium aromaticivorans DSM12444: an aromatic hydrocarbon-binding P450 enzyme
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytochrome P450
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Novosphingobium aromaticivorans
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| total genus |
140
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| structure length |
411
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| sequence length |
427
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00067 | p450 | Cytochrome P450 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome p450 | Cytochrome P450 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G93 A; 1JFC A; 4WNW A; 4L4C A; 3GPH A; 1F4U A; 4FIA A; 4KF2 A; 4I4G A; 3EKF A; 2YOO A; 3E5L A; 4WG2 A; 2CIB A; 2WX2 A; 4C27 A; 3P6S A; 2FDV A; 4FYZ A; 4L40 A; 1TQN A; 2RCH A; 3OO3 A; 4RSN A; 3UAS A; 3E5K A; 2RCL A; 6CPP A; 4OQR A; 1UYU A; 3QM4 A; 5LIV A; 4IPS A; 2J1M A; 3R1A A; 5D40 A; 5L1O A; 3AWM A; 3MZS A; 2J4S A; 3E6I A; 2Q6N A; 4DU2 A; 2ZQX A; 4FXB A; 5IBF A; 4KTK A; 4UQH A; 2W09 A; 3A4H A; 1T85 A; 4KTL A; 1IWI A; 2X7Y A; 4D7D A; 4TRI A; 4B7D A; 2DKK A; 3A4G A; 1EHE A; 5L90 A; 1RE9 A; 4OQS A; 3ZG2 A; 1F25 A; 3WVS A; 3NA1 A; 1PHE A; 2H7R A; 3L63 A; 3G5H A; 4G44 A; 2ZUI A; 1YRC A; 2FDU A; 4C9L A; 4YZR A; 1S1F A; 5LI7 A; 5E0E A; 1DZ4 A; 3KX5 A; 3VNO A; 3P6R A; 5IRV A; 1ULW A; 4ZFB A; 4L4A A; 5CP4 A; 5M0O C; 5L1Q A; 4G7G A; 1RF9 A; 7CPP A; 5E9Z A; 2Y5Z A; 3A1L A; 3EL3 A; 3NC7 A; 4COH A; 4WNU A; 4GGV A; 2A1O A; 4ZDZ A; 3O1A A; 2Z3U A; 4H23 A; 3RWL A; 4ZV8 A; 2NZA A; 4B7S A; 2Y98 A; 4IQ7 A; 5B2Y A; 3R9C A; 3MGX A; 3KSW A; 3B99 A; 3MDV A; 2VZ7 A; 4KTJ A; 5FOI A; 2Q9F A; 4DTY A; 1DT6 A; 3N9Y A; 3P6O A; 1U13 A; 4I4H A; 5L1R A; 4HGH A; 3WEC A; 2YGX A; 1YRD A; 4K9U A; 4EGP A; 1GWI A; 4EJH A; 3KW4 A; 5JKW A; 4CPP A; 2HPD A; 1P7R A; 2FE6 A; 2UUQ A; 3MDT A; 5HH3 A; 4BY0 A; 2WM5 A; 2FR7 A; 1PHD A; 1PHA A; 8CPP A; 4O4P A; 2ZWU A; 4BJK A; 4L4G A; 4WPD A; 4J14 A; 4EGM A; 3P6T A; 4HGG A; 2WIV A; 1IWJ A; 2CP4 A; 4IPW A; 1JIP A; 3P6V A; 5DE9 A; 2NNJ A; 2IJ3 A; 4CK9 A; 4EK1 A; 4UMZ A; 5IBH A; 3P6X A; 4L54 A; 2Z36 A; 2L8M A; 3JUS A; 3TK3 A; 1MPW A; 3BEN A; 4HGJ A; 1CPT A; 3R1B A; 3ZSN A; 2WIY A; 3ME6 A; 2FDY A; 1Z8P A; 4JLT A; 1PHF A; 2X5L A; 3PM0 A; 1BU7 A; 5IBG A; 5JQ2 A; 1F24 A; 5IKI A; 2VE4 A; 3BE0 A; 4ZF8 A; 2W0B A; 4EGN A; 3L4D A; 3EQM A; 5E58 A; 3LC4 A; 1CMN A; 1LWL A; 1T86 A; 2CA0 A; 1FAG A; 1N40 A; 3CPP A; 1GED A; 2W0A A; 1DZ6 A; 4G3J A; 1IO9 A; 5CWE A; 5KYO A; 5EDT A; 4FMX A; 1PKF A; 2QBM A; 2WHW A; 4GQS A; 1ODO A; 3DL9 A; 3OL5 A; 2JJO A; 4XRY A; 1GEM A; 3DGI A; 1N6B A; 3DAX A; 5L94 A; 4KPB A; 3BDZ A; 3DAM A; 3TBG A; 1JIO A; 3P6N A; 4D78 A; 2A1M A; 3GW9 A; 5E7Y A; 3NV5 A; 3IVY A; 2UWH A; 4D75 A; 4DVQ A; 2LQD A; 1PQ2 A; 3QU8 A; 4UBS A; 3V8D A; 1X8V A; 5JTD A; 4R20 A; 3VOO A; 2BDM A; 1GEI A; 3CP4 A; 5CJE A; 5L1V A; 3AWP A; 4UVR A; 3SN5 A; 1IZO A; 3IW2 A; 3DBM A; 4I8V A; 6CP4 A; 4EJJ A; 5IUZ A; 5LI8 A; 4J6C A; 4R21 A; 1ZO9 A; 5IK1 A; 3SWZ A; 3KHM A; 5JL6 A; 4JBT A; 5CPP A; 4L4E A; 3TKT A; 2ZUH A; 4WQ0 A; 4Y8W A; 2Y5N A; 1NR6 A; 5EM4 A; 5AJR A; 1ROM A; 4XE3 A; 3K1O A; 1EA1 A; 1BVY A; 2GQX A; 3TIK A; 4KTF A; 3TDA A; 5A1R A; 2NZ5 A; 3B98 A; 5IRQ A; 4MM0 A; 1PHG A; 1SE6 A; 3NXU A; 3T3S A; 4KKY X; 2XKR A; 4DUD A; 1GJM A; 2C6H A; 2ZBX A; 4L49 A; 4RUI A; 3KOH A; 3L61 A; 4E2P A; 4AW3 A; 4IQ9 A; 3EKB A; 4NKX A; 4C9P A; 3VM4 A; 5LI6 A; 4G46 A; 5JQV A; 2FEU A; 4CP4 A; 3UA1 A; 1T2B A; 5DQN A; 2IAG A; 5DYZ A; 1EUP A; 3FWF A; 2UVN A; 5JKV A; 2CD8 A; 3LD6 A; 1QMQ A; 1R9O A; 4TVF A; 4L36 A; 3P6M A; 4UAX A; 4DUA A; 3W9C A; 4TUV A; 2F9Q A; 1LFK A; 4C9K A; 1UE8 A; 1YQP A; 3L62 A; 4KEW A; 2XBK A; 3ZBY A; 4DUC A; 3A4Z A; 1NOO A; 1LG9 A; 2PG7 A; 1P0W A; 3CY1 A; 3G5N A; 3EKD A; 1JME A; 2GR6 A; 2ROM A; 2WIO A; 3QZ1 A; 3IBD A; 3ZG3 A; 4DNZ A; 3CXX A; 3NC3 A; 4G48 A; 1P0V A; 4TT5 A; 5L1U A; 1FAH A; 4D6Z A; 3AWQ A; 3CY0 A; 3HF2 A; 3P6Q A; 1P2Y A; 1OG5 A; 1W0G A; 2WM4 A; 2X2N A; 4ZFA A; 1OG2 A; 4C0C A; 3TYW A; 3MDR A; 3P99 A; 2Z97 A; 3IW0 A; 2NNI A; 4Z5P A; 4L6G A; 1F4T A; 2ZAX A; 3NV6 A; 1N4G A; 3CZH A; 4R1Z A; 1T87 A; 3FWI A; 3WRJ A; 1CP4 A; 2ZUJ A; 1CMJ A; 1DZ8 A; 4RM4 A; 4ZGX A; 1Z10 A; 1YQO A; 3LXH A; 3P3X A; 2V0M A; 2M56 A; 4WQJ A; 4EJI A; 3CXZ A; 4K9V A; 4ICT A; 3ABA A; 3CXV A; 4TPN A; 5IT1 A; 5L1W A; 4BF4 A; 2ZQJ A; 4G47 A; 3B6H A; 3JUV A; 5A5J A; 2ZWT A; 3MDM A; 4EP6 A; 2IJ5 A; 3TZO A; 2WH8 A; 4XRZ A; 1EHF A; 2FDW A; 4WNV A; 2ZBZ A; 4EJG A; 5B2W A; 5BV5 A; 3ABB A; 3CBD A; 4KEY A; 5L1S A; 2CPP A; 1LGF A; 4DUB A; 1W0F A; 4H24 A; 4L0F A; 4KF0 A; 1T93 A; 3NPL A; 2Y46 A; 1K2O A; 4H1N A; 4K9W A; 3ZK5 A; 1P0X A; 2JJP A; 4JX1 A; 3CV8 A; 3WRM A; 1J51 A; 4C28 A; 4JWU A; 3E4E A; 3CLI A; 4L77 A; 3P3Z A; 3KX3 A; 3A50 A; 1IO7 A; 2NNH A; 4J6D A; 4DNJ A; 4J6B A; 4L0E A; 4MGJ A; 1T88 A; 5HIW A; 1E9X A; 2WUZ A; 5M0P A; 4HGF A; 3LXI A; 2YJN B; 1Z8O A; 4DTZ A; 5B2X A; 5IUT A; 2QBL A; 4WPZ A; 1ZO4 A; 4RQL A; 4APY A; 5IBE A; 3DSK A; 5A1P A; 4DUF A; 1Q5E A; 5HDI A; 3S79 A; 1SUO A; 4NZ2 A; 2YCA A; 3K9Y A; 3OIA A; 2P85 A; 4NY4 A; 5IBI A; 2C7X A; 3WSP A; 3DSJ A; 5GXG A; 2RCM A; 4I3Q A; 2RFC A; 2JJN A; 1PHB A; 1Z8Q A; 4LHT A; 3CXY A; 2QBO A; 5JL7 A; 2H7Q A; 2RFB A; 4JWS A; 2VN0 A; 2QBN A; 4HGI A; 4DXY A; 2D09 A; 3WRL A; 3OFU A; 3UA5 A; 4NKW A; 4FB2 A; 1SMJ A; 3P6P A; 4H6O A; 3WRH A; 3FWJ A; 1EHG A; 1DZ9 A; 1OXA A; 3G1Q A; 5M0O A; 2X80 A; 2PG5 A; 4RRT A; 4CK8 A; 2PG6 A; 2ZBY A; 2X5W A; 3BUJ A; 3DBG A; 5EX6 A; 4GL7 A; 4G45 A; 3VRM A; 3T3Z A; 1Z11 A; 4NKZ A; 5L1P A; 2FER A; 2XN8 A; 5L1T A; 1JIN A; 3IW1 A; 4ZF6 A; 4L4B A; 5IBJ A; 4GL5 A; 4DO1 A; 4K9X A; 3P6W A; 3QOA A; 1F26 A; 5IBD A; 2WGY A; 3TJS A; 1GEK A; 2BVJ A; 4I91 A; 5A5I A; 3A51 A; 2IJ7 A; 4C9N A; 4YT3 A; 2D0E A; 4G3R A; 3C6G A; 3NC5 A; 4FDH A; 3TMZ A; 2VKU A; 4EGO A; 5B2U A; 1JFB A; 4CKA A; 3B4X A; 3P3O A; 2X9P A; 1CL6 A; 3NC6 A; 3EBS A; 2CI0 A; 1GEJ A; 1W0E A; 4G1X A; 3QI8 A; 2H7S A; 3T3R A; 1SMI A; 3DAN A; 1PHC A; 3K9V A; 3P3L A; 1IO8 A; 4L4D A; 4BMM A; 2WHF A; 3P6U A; 2BMH A; 2BZ9 A; 3PSX A; 4KPA A; 4KQ8 A; 5D3U A; 5E78 A; 3G5F A; 4PXH A; 4DTW A; 2J0D A; 2A1N A; 3NA0 A; 5M0N A; 1PO5 A; 5L91 A; 4C9M A; 1JPZ A; 2WV2 A; 5LIE A; 3DSI A; 2ZAW A; 4TPO A; 5TE8 A; 2Z3T A; 1O76 A; 4ENH A; 2IJ4 A; 2VE3 A; 4Z5Q A; 2XC3 A; 2FRZ A; 3N9Z A; 2NNB A; 3OFT A; 3FWG A; 4PWV A; 3WRK A; 2HI4 A; 3ZPI A; 4DUE A; 3M4V A; 1UED A; 2WI9 A; 1H5Z A; 3RUK A; 1AKD A; 3ZKP A; 5JL9 A; 3WRI A; 1GEB A; 2XFH A; 5DYP A; 4TX3 A; 4L4F A; 2VZM A; 5JQU A; 4NKV A; 1WIY A; 1ZOA A; 2IJ2 A; 5B2V A; 1Q5D A; 1N97 A; 1IWK A; 5L92 A; 4WNT A; 2Q9G A; 3S7S A; 3MVR A; 3E5J A; 4K9T A; 1EGY A; 3VTJ A; 4NKY A; 4C9O A; 3KX4 A; 3R9B A; 3T3Q A; 3CV9 A; 4G2G A; 1XQD A; 1C8J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G93 A; 1JFC A; 4WNW A; 4L4C A; 3GPH A; 1F4U A; 4FIA A; 4KF2 A; 4I4G A; 3EKF A; 2YOO A; 3E5L A; 4WG2 A; 2CIB A; 2WX2 A; 4C27 A; 3P6S A; 2FDV A; 4FYZ A; 4L40 A; 1TQN A; 2RCH A; 3OO3 A; 4RSN A; 3UAS A; 3E5K A; 2RCL A; 6CPP A; 4OQR A; 1UYU A; 3QM4 A; 5LIV A; 4IPS A; 2J1M A; 3R1A A; 5D40 A; 5L1O A; 3AWM A; 3MZS A; 2J4S A; 3E6I A; 2Q6N A; 4DU2 A; 2ZQX A; 4FXB A; 5IBF A; 4KTK A; 4UQH A; 2W09 A; 3A4H A; 1T85 A; 4KTL A; 1IWI A; 2X7Y A; 4D7D A; 4TRI A; 4B7D A; 2DKK A; 3A4G A; 1EHE A; 5L90 A; 1RE9 A; 4OQS A; 3ZG2 A; 1F25 A; 3WVS A; 3NA1 A; 1PHE A; 2H7R A; 3L63 A; 3G5H A; 4G44 A; 2ZUI A; 1YRC A; 2FDU A; 4C9L A; 4YZR A; 1S1F A; 5LI7 A; 5E0E A; 1DZ4 A; 3KX5 A; 3VNO A; 3P6R A; 5IRV A; 1ULW A; 4ZFB A; 4L4A A; 5CP4 A; 5M0O C; 5L1Q A; 4G7G A; 1RF9 A; 7CPP A; 5E9Z A; 2Y5Z A; 3A1L A; 3EL3 A; 3NC7 A; 4COH A; 4WNU A; 4GGV A; 2A1O A; 4ZDZ A; 3O1A A; 2Z3U A; 4H23 A; 3RWL A; 4ZV8 A; 2NZA A; 4B7S A; 2Y98 A; 4IQ7 A; 5B2Y A; 3R9C A; 3MGX A; 3KSW A; 3B99 A; 3MDV A; 2VZ7 A; 4KTJ A; 5FOI A; 2Q9F A; 4DTY A; 1DT6 A; 3N9Y A; 3P6O A; 1U13 A; 4I4H A; 5L1R A; 4HGH A; 3WEC A; 2YGX A; 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