The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
257
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structure length |
257
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Chain Sequence |
VIIYELNLQGTTKAQYSTFLKQLRDDIKDPNLHYGGTNLPVIKRPVGPPKFLRVNLKASTGTVSLAVQRSNLYVAAYLAKNNNKQFRAYYFKGFQITTNQLNNLFPEATGVSNQQELGYGESYPQIQNAAGVTRQQAGLGIKKLAESMTKVNGVARVEKDEALFLLIVVQMVGEAARFKYIENLVLNNFDTAKEVEPVPDRVIILENNWGLLSRAAKTANNGVFQTPLVLTSYAVPGVEWRVTTVAEVEIGIFLNVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| molecule keywords |
Vacuolar saporin
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| publication title |
Transition state analogues in structures of ricin and saporin ribosome-inactivating proteins.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saponaria officinalis
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| total genus |
87
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| structure length |
257
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| sequence length |
257
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2009-05-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2G5X A; 1MRK A; 3N2D A; 5ILX A; 5CST A; 1M2T A; 3MK9 A; 1MRH A; 5CF9 B; 5SV3 B; 4LGS A; 1LP8 A; 1HWN A; 1PUM A; 4FXA A; 3EJ5 X; 2VLC A; 4K2Z A; 4M5A A; 4ZU0 A; 2PQG A; 4MX5 X; 3SJ6 A; 1SZ6 A; 1J1S A; 1HWM A; 2VS6 A; 4Z9W A; 1TFM A; 1RL0 A; 4I47 A; 1OBS A; 4FBH A; 4Q9F A; 1YF8 A; 4KWN A; 2JDL A; 3CTK A; 1BR6 A; 1QD2 A; 1F8Q A; 4HR6 B; 5DDZ A; 3LC9 A; 1PUU A; 3N1D A; 2Q8W A; 3O5W A; 4LRO A; 1HWO A; 4YP2 B; 2K6H A; 4M1U A; 4Q2V A; 4GUW A; 3NX9 A; 4LGP A; 1QCG A; 4HV7 X; 4FBA A; 1RTC A; 1UQ4 A; 4FZ9 A; 4FB9 A; 1J4G A; 1LLN A; 4F9N A; 4MX1 A; 1IL3 A; 4EMF A; 1TCS A; 1D6A A; 2P8N A; 4ZA3 A; 4EB2 A; 1NIO A; 4LT4 A; 1PAG A; 4LGR A; 4KUC A; 5GM7 A; 4P2C A; 2RG9 A; 1IFU A; 4FBB A; 4ZFY A; 3Q4P A; 1R4P A; 4EMR A; 2PJO A; 3SRP A; 5GU4 A; 3MRW A; 5BOZ A; 3U8F A; 3KU0 A; 3U6T A; 2R9K A; 1QCJ A; 4LWX A; 4DWM A; 1LPC A; 1OQL A; 1DM0 A; 2PQI A; 4O0O A; 1D8V A; 1GIU A; 4JKX A; 5ILW A; 4LHQ A; 3HIS A; 4KL4 A; 3HIO A; 4LHJ A; 2B7U A; 4ZFU A; 3HIT A; 3S9Q A; 3BJG A; 2JJR A; 4O8E A; 1APA A; 5J57 A; 3U70 A; 3QJI A; 2QES A; 3NFM A; 4Z8S A; 4XY7 A; 1GIS A; 2PQJ A; 1CF5 A; 2R3D A; 2Z4U A; 4L66 A; 4ESI A; 3PX8 X; 1BRY Y; 2AAI A; 3NJS A; 1HWP A; 1UQ5 A; 3HIV A; 1IFT A; 2Q3N A; 4KMK A; 1OBT A; 1MRI A; 1PAF A; 3PX9 X; 2ZR1 A; 1ONK A; 1AHC A; 1J1Q A; 1MRG A; 3V2K A; 4ZZ6 A; 2QET A; 1MRJ A; 1ABR A; 1QI7 A; 3V14 A; 4HUP X; 4ZFW A; 2Z53 A; 3HIW A; 3N1N A; 3RL9 A; 4RZJ A; 3U6Z A; 1J1M A; 4H0Z A; 5CSO A; 1GGP A; 5J56 A; 1R4Q A; 4FBC A; 4JTP A; 4O4Q A; 1J1R A; 1CE7 A; 1BR5 A; 1PC8 A; 1AHA A; 1IL9 A; 4ZBV A; 3N5D A; 1GIK A; 1AHB A; 4ZLB A; 1NLI A; 3MY6 A; 5E1H A; 3BWH A; 3D7W A; 4ZT8 A; 3RTJ A; 3MVG A; 4Z9K A; 3KTZ A; 2R2X A; 1QCI A; 3H5K A; 5GZ7 A; 4JTB A; 1MOM A; 1IL5 A; 2OQA A; 2VC4 A; 2VC3 A; 2MLL A; 3N31 A; 4HUO X; 4ZGR A; 1RZO A; 4KPV A; 1IL4 A; 1IFS A; 3LE7 A; 4HOA A; 3HIQ A; 3N3X A; 4IMV A; 4HV3 A; 3RTI A; 5CIX A; 1LPD A; 3MRY A; 2GA4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2G5X A; 1MRK A; 3N2D A; 5ILX A; 5CST A; 1M2T A; 3MK9 A; 1MRH A; 5CF9 B; 5SV3 B; 4LGS A; 1LP8 A; 1HWN A; 1PUM A; 4FXA A; 3EJ5 X; 2VLC A; 4K2Z A; 4M5A A; 4ZU0 A; 2PQG A; 4MX5 X; 3SJ6 A; 1SZ6 A; 1J1S A; 1HWM A; 2VS6 A; 4Z9W A; 1TFM A; 1RL0 A; 4I47 A; 1OBS A; 4FBH A; 4Q9F A; 1YF8 A; 4KWN A; 2JDL A; 3CTK A; 1BR6 A; 1QD2 A; 1F8Q A; 4HR6 B; 5DDZ A; 3LC9 A; 1PUU A; 3N1D A; 2Q8W A; 3O5W A; 4LRO A; 1HWO A; 4YP2 B; 2K6H A; 4M1U A; 4Q2V A; 4GUW A; 3NX9 A; 4LGP A; 1QCG A; 4HV7 X; 4FBA A; 1RTC A; 1UQ4 A; 4FZ9 A; 4FB9 A; 1J4G A; 1LLN A; 4F9N A; 4MX1 A; 1IL3 A; 4EMF A; 1TCS A; 1D6A A; 2P8N A; 4ZA3 A; 4EB2 A; 1NIO A; 4LT4 A; 1PAG A; 4LGR A; 4KUC A; 5GM7 A; 4P2C A; 2RG9 A; 1IFU A; 4FBB A; 4ZFY A; 3Q4P A; 1R4P A; 4EMR A; 2PJO A; 3SRP A; 5GU4 A; 3MRW A; 5BOZ A; 3U8F A; 3KU0 A; 3U6T A; 2R9K A; 1QCJ A; 4LWX A; 4DWM A; 1LPC A; 1OQL A; 1DM0 A; 2PQI A; 4O0O A; 1D8V A; 1GIU A; 4JKX A; 5ILW A; 4LHQ A; 3HIS A; 4KL4 A; 3HIO A; 4LHJ A; 2B7U A; 4ZFU A; 3HIT A; 3S9Q A; 3BJG A; 2JJR A; 4O8E A; 1APA A; 5J57 A; 3U70 A; 3QJI A; 2QES A; 3NFM A; 4Z8S A; 4XY7 A; 1GIS A; 2PQJ A; 1CF5 A; 2R3D A; 2Z4U A; 4L66 A; 4ESI A; 3PX8 X; 1BRY Y; 2AAI A; 3NJS A; 1HWP A; 1UQ5 A; 3HIV A; 1IFT A; 2Q3N A; 4KMK A; 1OBT A; 1MRI A; 1PAF A; 3PX9 X; 2ZR1 A; 1ONK A; 1AHC A; 1J1Q A; 1MRG A; 3V2K A; 4ZZ6 A; 2QET A; 1MRJ A; 1ABR A; 1QI7 A; 3V14 A; 4HUP X; 4ZFW A; 2Z53 A; 3HIW A; 3N1N A; 3RL9 A; 4RZJ A; 3U6Z A; 1J1M A; 4H0Z A; 5CSO A; 1GGP A; 5J56 A; 1R4Q A; 4FBC A; 4JTP A; 4O4Q A; 1J1R A; 1CE7 A; 1BR5 A; 1PC8 A; 1AHA A; 1IL9 A; 4ZBV A; 3N5D A; 1GIK A; 1AHB A; 4ZLB A; 1NLI A; 3MY6 A; 5E1H A; 3BWH A; 3D7W A; 4ZT8 A; 3RTJ A; 3MVG A; 4Z9K A; 3KTZ A; 2R2X A; 1QCI A; 3H5K A; 5GZ7 A; 4JTB A; 1MOM A; 1IL5 A; 2OQA A; 2VC4 A; 2VC3 A; 2MLL A; 3N31 A; 4HUO X; 4ZGR A; 1RZO A; 4KPV A; 1IL4 A; 1IFS A; 3LE7 A; 4HOA A; 3HIQ A; 3N3X A; 4IMV A; 4HV3 A; 3RTI A; 5CIX A; 1LPD A; 3MRY A; 2GA4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2G5X A; 1MRK A; 3N2D A; 5ILX A; 5CST A; 1M2T A; 3MK9 A; 1MRH A; 5CF9 B; 5SV3 B; 4LGS A; 1LP8 A; 1HWN A; 1PUM A; 4FXA A; 3EJ5 X; 2VLC A; 4K2Z A; 4M5A A; 4ZU0 A; 2PQG A; 4MX5 X; 3SJ6 A; 1SZ6 A; 1J1S A; 1HWM A; 2VS6 A; 4Z9W A; 1TFM A; 1RL0 A; 4I47 A; 1OBS A; 4FBH A; 4Q9F A; 1YF8 A; 4KWN A; 2JDL A; 3CTK A; 1BR6 A; 1QD2 A; 1F8Q A; 4HR6 B; 5DDZ A; 3LC9 A; 1PUU A; 3N1D A; 2Q8W A; 3O5W A; 4LRO A; 1HWO A; 4YP2 B; 2K6H A; 4M1U A; 4Q2V A; 4GUW A; 3NX9 A; 4LGP A; 1QCG A; 4HV7 X; 4FBA A; 1RTC A; 1UQ4 A; 4FZ9 A; 4FB9 A; 1J4G A; 1LLN A; 4F9N A; 4MX1 A; 1IL3 A; 4EMF A; 1TCS A; 1D6A A; 2P8N A; 4ZA3 A; 4EB2 A; 1NIO A; 4LT4 A; 1PAG A; 4LGR A; 4KUC A; 5GM7 A; 4P2C A; 2RG9 A; 1IFU A; 4FBB A; 4ZFY A; 3Q4P A; 1R4P A; 4EMR A; 2PJO A; 3SRP A; 5GU4 A; 3MRW A; 5BOZ A; 3U8F A; 3KU0 A; 3U6T A; 2R9K A; 1QCJ A; 4LWX A; 4DWM A; 1LPC A; 1OQL A; 1DM0 A; 2PQI A; 4O0O A; 1D8V A; 1GIU A; 4JKX A; 5ILW A; 4LHQ A; 3HIS A; 4KL4 A; 3HIO A; 4LHJ A; 2B7U A; 4ZFU A; 3HIT A; 3S9Q A; 3BJG A; 2JJR A; 4O8E A; 1APA A; 5J57 A; 3U70 A; 3QJI A; 2QES A; 3NFM A; 4Z8S A; 4XY7 A; 1GIS A; 2PQJ A; 1CF5 A; 2R3D A; 2Z4U A; 4L66 A; 4ESI A; 3PX8 X; 1BRY Y; 2AAI A; 3NJS A; 1HWP A; 1UQ5 A; 3HIV A; 1IFT A; 2Q3N A; 4KMK A; 1OBT A; 1MRI A; 1PAF A; 3PX9 X; 2ZR1 A; 1ONK A; 1AHC A; 1J1Q A; 1MRG A; 3V2K A; 4ZZ6 A; 2QET A; 1MRJ A; 1ABR A; 1QI7 A; 3V14 A; 4HUP X; 4ZFW A; 2Z53 A; 3HIW A; 3N1N A; 3RL9 A; 4RZJ A; 3U6Z A; 1J1M A; 4H0Z A; 5CSO A; 1GGP A; 5J56 A; 1R4Q A; 4FBC A; 4JTP A; 4O4Q A; 1J1R A; 1CE7 A; 1BR5 A; 1PC8 A; 1AHA A; 1IL9 A; 4ZBV A; 3N5D A; 1GIK A; 1AHB A; 4ZLB A; 1NLI A; 3MY6 A; 5E1H A; 3BWH A; 3D7W A; 4ZT8 A; 3RTJ A; 3MVG A; 4Z9K A; 3KTZ A; 2R2X A; 1QCI A; 3H5K A; 5GZ7 A; 4JTB A; 1MOM A; 1IL5 A; 2OQA A; 2VC4 A; 2VC3 A; 2MLL A; 3N31 A; 4HUO X; 4ZGR A; 1RZO A; 4KPV A; 1IL4 A; 1IFS A; 3LE7 A; 4HOA A; 3HIQ A; 3N3X A; 4IMV A; 4HV3 A; 3RTI A; 5CIX A; 1LPD A; 3MRY A; 2GA4 A;
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