The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
95
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sequence length |
297
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structure length |
281
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Chain Sequence |
REFTIDFSTQQSYVSSLNSIRTEISTPLEHISQGTTSVSVINHTPPGSYFAVDIRGLDVYQARFDHLRLIIEQNNLYVAGFVNTATNTFYRFSDFTHISVPGVTTVSMTTDSSYTTLQRVAALERSGMQISRHSLVSSYLALMEFSGNTMTRDASRAVLRFVTVTAEALRFRQIQREFRQALSETAPVYTMTPGDVDLTLNWGRISNVLPEYRGEDGVRVGRISFNNISAILGTVAVILNCHECQITGDRPVIKINNTLWESNTAAAFLNRKSQFLYTTGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli o157:h7
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| publication title |
The crystal structure of shiga toxin type 2 with bound disaccharide guides the design of a heterobifunctional toxin inhibitor.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Shiga toxin 2 A-subunit
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| total genus |
95
|
| structure length |
281
|
| sequence length |
297
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2013-08-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LPD A; 4MX5 X; 4XY7 A; 4HV3 A; 2VC3 A; 3N1N A; 4FBB A; 1MRH A; 3HIW A; 3MRY A; 5E1H A; 4ZBV A; 4P2C A; 4FB9 A; 3MK9 A; 1QD2 A; 4Z8S A; 1IFS A; 4ZT8 A; 1CF5 A; 4ZGR A; 4L66 A; 4MX1 A; 4F9N A; 3MY6 A; 4KWN A; 4Z9K A; 2Z4U A; 1DM0 A; 1GGP A; 3N5D A; 4JTP A; 1RZO A; 4EMF A; 2AAI A; 1HWM A; 1UQ5 A; 2QES A; 1HWN A; 3PX9 X; 4HOA A; 4LGS A; 2R3D A; 4ZFY A; 4FXA A; 3LE7 A; 5J57 A; 4HV7 X; 1CE7 A; 3HIS A; 3HIO A; 2B7U A; 1IFT A; 4LHQ A; 1HWP A; 2G5X A; 2Z53 A; 3EJ5 X; 4FBC A; 5SV3 B; 3NX9 A; 3N31 A; 4ZU0 A; 2MLL A; 3KTZ A; 1J4G A; 4ESI A; 5GZ7 A; 1J1R A; 1RTC A; 3N2D A; 1D8V A; 1LLN A; 4IMV A; 3N3X A; 4DWM A; 1D6A A; 3BWH A; 1MRG A; 4LRO A; 4O8E A; 5CSO A; 1RL0 A; 2OQA A; 1LP8 A; 5BOZ A; 3NJS A; 3SRP A; 1F8Q A; 4M5A A; 1ABR A; 4FBA A; 1IL4 A; 4KL4 A; 4JTB A; 1PUU A; 3N1D A; 4ZFU A; 1YF8 A; 4K2Z A; 4LWX A; 1MRK A; 4O4Q A; 2JDL A; 1J1M A; 1J1Q A; 1GIU A; 1MOM A; 1QI7 A; 3Q4P A; 1OBT A; 2RG9 A; 4HUO X; 4Z9W A; 1AHC A; 2R9K A; 1IL3 A; 5GM7 A; 1TFM A; 3LC9 A; 1ONK A; 5DDZ A; 1APA A; 4KPV A; 4H0Z A; 4Q9F A; 3S9Q A; 2Q8W A; 4M1U A; 1BR6 A; 4Q2V A; 4RZJ A; 1QCI A; 1GIK A; 3PX8 X; 4KMK A; 4HUP X; 3D7W A; 1QCG A; 4O0O A; 2QET A; 1NLI A; 3HIV A; 1M2T A; 4FZ9 A; 5GU4 A; 4LHJ A; 1OQL A; 1NIO A; 3QJI A; 4I47 A; 4KUC A; 4ZLB A; 4JKX A; 4ZZ6 A; 4LGR A; 1AHB A; 1PC8 A; 5ILW A; 3U6Z A; 4ZA3 A; 3MRW A; 3RL9 A; 2PQJ A; 1LPC A; 1IFU A; 1HWO A; 2VS6 A; 4HR6 B; 3BJG A; 3V14 A; 1R4Q A; 4EB2 A; 3U70 A; 4ZFW A; 2K6H A; 1SZ6 A; 2GA4 A; 2R2X A; 1QCJ A; 1UQ4 A; 1PUM A; 5CST A; 3V2K A; 5CF9 B; 2PQG A; 3U6T A; 1MRI A; 1IL9 A; 3RTI A; 3KU0 A; 4YP2 B; 2Q3N A; 3NFM A; 4GUW A; 1PAG A; 1PAF A; 3RTJ A; 2PJO A; 3HIQ A; 1BR5 A; 3O5W A; 2P8N A; 2VC4 A; 3MVG A; 5ILX A; 2PQI A; 1GIS A; 1OBS A; 3H5K A; 1J1S A; 5CIX A; 4LGP A; 1IL5 A; 2JJR A; 4FBH A; 5J56 A; 1R4P A; 3HIT A; 3SJ6 A; 2VLC A; 1BRY Y; 2ZR1 A; 1AHA A; 3CTK A; 4LT4 A; 4EMR A; 1MRJ A; 3U8F A; 1TCS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LPD A; 4MX5 X; 4XY7 A; 4HV3 A; 2VC3 A; 3N1N A; 4FBB A; 1MRH A; 3HIW A; 3MRY A; 5E1H A; 4ZBV A; 4P2C A; 4FB9 A; 3MK9 A; 1QD2 A; 4Z8S A; 1IFS A; 4ZT8 A; 1CF5 A; 4ZGR A; 4L66 A; 4MX1 A; 4F9N A; 3MY6 A; 4KWN A; 4Z9K A; 2Z4U A; 1DM0 A; 1GGP A; 3N5D A; 4JTP A; 1RZO A; 4EMF A; 2AAI A; 1HWM A; 1UQ5 A; 2QES A; 1HWN A; 3PX9 X; 4HOA A; 4LGS A; 2R3D A; 4ZFY A; 4FXA A; 3LE7 A; 5J57 A; 4HV7 X; 1CE7 A; 3HIS A; 3HIO A; 2B7U A; 1IFT A; 4LHQ A; 1HWP A; 2G5X A; 2Z53 A; 3EJ5 X; 4FBC A; 5SV3 B; 3NX9 A; 3N31 A; 4ZU0 A; 2MLL A; 3KTZ A; 1J4G A; 4ESI A; 5GZ7 A; 1J1R A; 1RTC A; 3N2D A; 1D8V A; 1LLN A; 4IMV A; 3N3X A; 4DWM A; 1D6A A; 3BWH A; 1MRG A; 4LRO A; 4O8E A; 5CSO A; 1RL0 A; 2OQA A; 1LP8 A; 5BOZ A; 3NJS A; 3SRP A; 1F8Q A; 4M5A A; 1ABR A; 4FBA A; 1IL4 A; 4KL4 A; 4JTB A; 1PUU A; 3N1D A; 4ZFU A; 1YF8 A; 4K2Z A; 4LWX A; 1MRK A; 4O4Q A; 2JDL A; 1J1M A; 1J1Q A; 1GIU A; 1MOM A; 1QI7 A; 3Q4P A; 1OBT A; 2RG9 A; 4HUO X; 4Z9W A; 1AHC A; 2R9K A; 1IL3 A; 5GM7 A; 1TFM A; 3LC9 A; 1ONK A; 5DDZ A; 1APA A; 4KPV A; 4H0Z A; 4Q9F A; 3S9Q A; 2Q8W A; 4M1U A; 1BR6 A; 4Q2V A; 4RZJ A; 1QCI A; 1GIK A; 3PX8 X; 4KMK A; 4HUP X; 3D7W A; 1QCG A; 4O0O A; 2QET A; 1NLI A; 3HIV A; 1M2T A; 4FZ9 A; 5GU4 A; 4LHJ A; 1OQL A; 1NIO A; 3QJI A; 4I47 A; 4KUC A; 4ZLB A; 4JKX A; 4ZZ6 A; 4LGR A; 1AHB A; 1PC8 A; 5ILW A; 3U6Z A; 4ZA3 A; 3MRW A; 3RL9 A; 2PQJ A; 1LPC A; 1IFU A; 1HWO A; 2VS6 A; 4HR6 B; 3BJG A; 3V14 A; 1R4Q A; 4EB2 A; 3U70 A; 4ZFW A; 2K6H A; 1SZ6 A; 2GA4 A; 2R2X A; 1QCJ A; 1UQ4 A; 1PUM A; 5CST A; 3V2K A; 5CF9 B; 2PQG A; 3U6T A; 1MRI A; 1IL9 A; 3RTI A; 3KU0 A; 4YP2 B; 2Q3N A; 3NFM A; 4GUW A; 1PAG A; 1PAF A; 3RTJ A; 2PJO A; 3HIQ A; 1BR5 A; 3O5W A; 2P8N A; 2VC4 A; 3MVG A; 5ILX A; 2PQI A; 1GIS A; 1OBS A; 3H5K A; 1J1S A; 5CIX A; 4LGP A; 1IL5 A; 2JJR A; 4FBH A; 5J56 A; 1R4P A; 3HIT A; 3SJ6 A; 2VLC A; 1BRY Y; 2ZR1 A; 1AHA A; 3CTK A; 4LT4 A; 4EMR A; 1MRJ A; 3U8F A; 1TCS A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1LPD A; 4MX5 X; 4XY7 A; 4HV3 A; 2VC3 A; 3N1N A; 4FBB A; 1MRH A; 3HIW A; 3MRY A; 5E1H A; 4ZBV A; 4P2C A; 4FB9 A; 3MK9 A; 1QD2 A; 4Z8S A; 1IFS A; 4ZT8 A; 1CF5 A; 4ZGR A; 4L66 A; 4MX1 A; 4F9N A; 3MY6 A; 4KWN A; 4Z9K A; 2Z4U A; 1DM0 A; 1GGP A; 3N5D A; 4JTP A; 1RZO A; 4EMF A; 2AAI A; 1HWM A; 1UQ5 A; 2QES A; 1HWN A; 3PX9 X; 4HOA A; 4LGS A; 2R3D A; 4ZFY A; 4FXA A; 3LE7 A; 5J57 A; 4HV7 X; 1CE7 A; 3HIS A; 3HIO A; 2B7U A; 1IFT A; 4LHQ A; 1HWP A; 2G5X A; 2Z53 A; 3EJ5 X; 4FBC A; 5SV3 B; 3NX9 A; 3N31 A; 4ZU0 A; 2MLL A; 3KTZ A; 1J4G A; 4ESI A; 5GZ7 A; 1J1R A; 1RTC A; 3N2D A; 1D8V A; 1LLN A; 4IMV A; 3N3X A; 4DWM A; 1D6A A; 3BWH A; 1MRG A; 4LRO A; 4O8E A; 5CSO A; 1RL0 A; 2OQA A; 1LP8 A; 5BOZ A; 3NJS A; 3SRP A; 1F8Q A; 4M5A A; 1ABR A; 4FBA A; 1IL4 A; 4KL4 A; 4JTB A; 1PUU A; 3N1D A; 4ZFU A; 1YF8 A; 4K2Z A; 4LWX A; 1MRK A; 4O4Q A; 2JDL A; 1J1M A; 1J1Q A; 1GIU A; 1MOM A; 1QI7 A; 3Q4P A; 1OBT A; 2RG9 A; 4HUO X; 4Z9W A; 1AHC A; 2R9K A; 1IL3 A; 5GM7 A; 1TFM A; 3LC9 A; 1ONK A; 5DDZ A; 1APA A; 4KPV A; 4H0Z A; 4Q9F A; 3S9Q A; 2Q8W A; 4M1U A; 1BR6 A; 4Q2V A; 4RZJ A; 1QCI A; 1GIK A; 3PX8 X; 4KMK A; 4HUP X; 3D7W A; 1QCG A; 4O0O A; 2QET A; 1NLI A; 3HIV A; 1M2T A; 4FZ9 A; 5GU4 A; 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