The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
VKLKTNFEDPKWVNRHKFMFNFLDINGNGKITLDEIVSKASDDICAKLGATPAQTQRHQEAVEAFFKKIGLDYGKEVEFPAFVNGWKELAKHDLKLWSQNKKSLIRNWGEAVFDIFDKDGSGSISLDEWKTYGGISGICPSDEDAEKTFKHCDLDNSGKLDVDEMTRQHLGFWYTLDPNADGLYGNFVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Fluorescent protein, hydrolase
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| molecule keywords |
Apophotoprotein clytin-3
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| publication title |
NMR derived topology of a GFP-photoprotein energy transfer complex
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Clytia gregaria
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| total genus |
73
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| ec nomenclature |
ec
1.13.12.5: Renilla-type luciferase. |
| pdb deposition date | 2009-11-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13202 | EF-hand_5 | EF hand |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AQJ A; 4YGE B; 1SK6 D; 1YVH A; 1W7I B; 3I5G C; 5CSJ A; 4ZCV A; 3CTN A; 4M2P A; 1MF8 B; 1KQM B; 1SMG A; 4MN0 A; 5HLV A; 4N5X A; 1H4B A; 1EG4 A; 4WRI A; 1SKT A; 1EJ3 A; 4PHM A; 2LMU A; 4WQ3 A; 1QV0 A; 3AKA A; 1OMR A; 4MSP A; 1DJI A; 1FPW A; 3SG6 A; 5AER A; 3VRR A; 4C0J A; 1UUS A; 3NSK A; 1CDN A; 3OX5 A; 2HF5 A; 3SG7 A; 1JF2 A; 1F55 A; 1CDM A; 1CTR A; 1QJT A; 4Q04 A; 1LA3 A; 2BKI B; 3LLE A; 4QJ4 B; 5AXI A; 1ALW A; 1F8H A; 1DJZ A; 2MHH A; 3D10 A; 3H4S E; 1G33 A; 2GGM A; 2BCX A; 2L50 A; 3SIB A; 2H61 A; 1PRW A; 2CT9 A; 4HRG A; 1NPQ A; 2LV7 A; 5B8I B; 1R2U A; 4I5L B; 3FWB A; 1AVS A; 1QVI Y; 3VRN A; 1KFX L; 3O78 A; 2K8M B; 2KQY A; 4JPZ B; 4GUK A; 2M9G A; 3EVU A; 4GNK B; 1EG3 A; 3SG4 A; 2LAN A; 2AMI A; 1S6I A; 5I2O A; 1CKK A; 2WOR A; 3ZWH A; 1LVC D; 2QAC A; 5K89 A; 1AUI B; 3KPX A; 2JZI A; 2BE6 A; 3TS5 C; 4AOM A; 4MVF A; 3K21 A; 1MUX A; 2LVJ A; 1XYD A; 1CB1 A; 2CXJ A; 1NP8 A; 1QVI Z; 1PVA A; 5D7F A; 4AQI A; 5I2Q A; 1DJX A; 1B1G A; 1F70 A; 3OX6 A; 2Y5I A; 5CSI A; 4OCI A; 1YUS A; 2KGB C; 4YBH B; 2LM5 A; 3JTD C; 1TRF A; 1KFU L; 2M0R A; 2LNK A; 1SCM C; 2KBM A; 2KQ6 A; 2H2K A; 3VRP A; 3LK0 A; 2K7O A; 1TNP A; 2MLF C; 1AP4 A; 3EK4 A; 5IBW A; 1WY9 A; 3ZNI A; 1NIW A; 2K2F A; 1A4P A; 1N0Y A; 2EHB A; 1LIN A; 4DIR A; 3NSO A; 3VRO A; 1IJ6 A; 1JBA A; 2JUL A; 1AK8 A; 1XFZ O; 2F3Z A; 1YUT A; 1R6P A; 2WCF A; 5HKW A; 2LHI A; 1YX8 A; 1JWD A; 3TZ1 A; 2JNF A; 4U8D A; 1TNX A; 2M1U A; 3A8R A; 3IQQ A; 1UWO A; 2JT8 A; 5F6T A; 4NDC A; 1KSO A; 3TUY B; 2F3Y A; 1A2X A; 1TNW A; 1AJ5 A; 1S6J A; 4ICB A; 1RFJ A; 1QXP A; 3TS5 B; 1SR6 C; 3SG3 A; 4XJK A; 3HX4 A; 5GQQ C; 2GGZ A; 2BBN A; 5AFP A; 1OZO A; 1NX2 A; 4L9M A; 2EC6 C; 3FS7 A; 4WQ2 A; 1F4Q A; 1XA5 A; 2ZN9 A; 2M1K B; 2F2P A; 2KOT A; 2B1U A; 1TTX A; 2E6W A; 2K61 A; 4OR9 B; 2KAY A; 1K8U A; 2I18 A; 1DF0 A; 1PVB A; 4PAL A; 1YX7 A; 1SCM B; 3IF7 A; 2MAZ A; 4HRE E; 2E30 A; 1WRK A; 2OS8 C; 1WRZ A; 2MRD A; 5ER4 X; 3CGA A; 1QAS A; 1F54 A; 2KI6 D; 1CFD A; 5CPV A; 4GBA A; 2SCP A; 1KK7 Z; 1QTX A; 3I5H C; 4ORA B; 5FYX A; 3SIA A; 4MLW A; 1OQP A; 4QJ3 B; 2LUC A; 1M31 A; 1TIZ A; 2JU0 A; 1YUU A; 2LVV A; 2LMV A; 3BUX B; 1MXL C; 1EXR A; 1QX5 B; 1CFP A; 1WDC C; 1DJG A; 4PHK A; 5BPJ A; 1B8C A; 4GFT A; 1QLK A; 1XFV O; 3E3R A; 4I5K A; 4N1G A; 2LLS A; 4PDZ A; 1MR8 A; 2PSR A; 1SR6 B; 2HQ8 A; 1S3P A; 4D1E A; 1GJY A; 4PE4 A; 3GK1 A; 2EC6 B; 2L4I A; 5D69 A; 1QLS A; 2FCE A; 3EVR A; 1FW4 A; 3O2P A; 1UUR A; 2O5G A; 4ORC B; 3WHU B; 1LKJ A; 2BKH B; 1Q80 A; 2JC2 A; 4YGD B; 1EH2 A; 2JPT A; 2KI4 B; 2RGI A; 2ZFD A; 3NSI A; 4C0K A; 4NDB A; 3CS1 A; 2WCE A; 5CSN A; 1FI5 A; 5JOL A; 3OP0 A; 1BG1 A; 1SL9 A; 1ALV A; 1W7J B; 1AJ4 A; 1PSB A; 1WRL A; 1BLQ A; 3CR2 A; 1X02 A; 1N65 A; 1F71 A; 1BR4 B; 5DKN A; 1DJH A; 1XFU O; 2FJU B; 2ZKM X; 4JQ0 D; 3I5H B; 1BT6 A; 2GV5 A; 1XK4 C; 4IL1 A; 1K90 D; 1KWO B; 2F33 A; 2LLT A; 4OV2 A; 3AAJ A; 1A29 A; 4XYN A; 1OMD A; 2L5X B; 1K9U A; 3KEV A; 3LCP C; 1L2O C; 2L2E A; 1TCF A; 1WDC B; 1S5G Y; 3LK1 A; 1G4Y R; 3GOF A; 1KFX S; 3I5G B; 3OHM B; 3QRX A; 2AUC A; 3CR4 X; 1NX1 A; 3NSL A; 4XJK B; 1J7R A; 2KDH A; 1ZOT B; 1CLL A; 2I7A A; 3DVK A; 1YVL A; 2KGR A; 2PAL A; 1XVJ A; 1UHJ A; 4N1F A; 2IS9 A; 2LUX A; 2PAS A; 1RTP 1; 2COL B; 1KQV A; 5ER5 A; 3I5F C; 4PE1 A; 1YRT B; 5DKR A; 1DF0 B; 1NCZ A; 3SG5 A; 2KFG A; 2JQ6 A; 1YTZ C; 1A75 A; 4ETO A; 1MXE A; 1U5I A; 1UHK A; 1M46 A; 3DVM A; 1BR1 B; 1UHN A; 2BCB A; 3KF9 A; 1IKU A; 1TN4 A; 1OE9 B; 4NQG A; 2L4H A; 2NLN A; 1KFU S; 3OB2 B; 2JT0 A; 1E8A A; 4QJ5 B; 1CLM A; 4CID A; 2TN4 A; 2G9B A; 1Y1U A; 1BMO A; 1CMF A; 2JTT A; 2A4J A; 1J1D A; 5HKZ A; 4YI9 A; 3TDU A; 3PAT A; 2HPS A; 2LE9 B; 5PAL A; 4P2Y B; 1KSM A; 3CZT X; 3KO0 A; 3GK2 A; 1OOJ A; 1DGV A; 4DRW A; 1CDL A; 2M29 A; 1IJ5 A; 3PAL A; 3EKH A; 3GK4 X; 2KHN A; 2KNE A; 2MA2 A; 2KSP A; 1XFY O; 2L98 A; 2KYC A; 4CFQ A; 3VGO A; 1MWN A; 3BYA A; 1Y1A A; 2KYF A; 3BOW A; 3I5F B; 2JXL A; 5AEQ A; 2D8N A; 1IWQ A; 2M7N A; 5KSZ A; 1K2H A; 1K93 D; 1ZUZ A; 1PSR A; 1NCX A; 4GAO A; 1SW8 A; 1CLB A; 1RK9 A; 3PN7 C; 4YGC B; 3JTD B; 3OB1 B; 2BCA A; 4GGN A; 1IGV A; 1RWY A; 2V53 A; 3HCM A; 1BJF A; 1Y1X A; 2K0J A; 1JFJ A; 1C7V A; 1JFK A; 2M8U A; 2WC8 A; 1PUL A; 1SNL A; 5DKQ A; 1DGU A; 3SJS A; 4MRX A; 2I2R E; 1J55 A; 2L51 A; 2K2A A; 1NX3 A; 4C0L A; 2M7L A; 3MSE B; 1V1G A; 5I8N A; 1DMO A; 3IQO A; 1XK4 A; 1BU3 A; 3CWG A; 3ICB A; 1QAT A; 3TDI A; 3WHT B; 5JJG A; 2DOQ A; 3WNX B; 5HKY A; 1NSH A; 1NCY A; 1RRO A; 1J7Q A; 4PHJ A; 3WXA A; 1F4O A; 1ZFS A; 4I5N B; 1TCO B; 5KU1 A; 1C07 A; 1BOC A; 2LHL A; 1JC2 A; 2ZND A; 4HSZ A; 2MLE C; 3BUN B; 3CLN A; 2JTZ A; 1A75 B; 4PE7 A; 1U5I B; 3DD4 A; 3PFV A; 2CNP A; 1GGW A; 1KK8 C; 3A4U B; 2LAP A; 3EKJ A; 1SRA A; 2OPO A; 1Y6W A; 5HLO A; 5TNC A; 1LXF C; 3EVV A; 3PN7 B; 4MRY A; 4CFR A; 2SAS A; 2PVB A; 4TNC A; 1M39 A; 2KBI A; 1HQV A; 1JSA A; 2CTN A; 1CMG A; 2OS8 B; 2ZRS A; 2Y1M A; 1HT9 A; 2KAX A; 1SPY A; 1H8B A; 1VRK A; 4F0Z B; 2JNX A; 2Q91 A; 2M3W A; 1YRU B; 2KAV A; 3JVT C; 2BE4 A; 4MEW A; 1M45 A; 3RLZ A; 1IH0 A; 1NUB A; 1IQ5 A; 1SCV A; 1PK0 D; 1QIV A; 2PRU A; 5CSF A; 4BY5 A; 1S6C A; 3KHE A; 2NXQ A; 1QX2 A; 4MZK A; 5G08 A; 2ZN8 A; 2M97 A; 2LP3 A; 4FTG A; 4I5J A; 2LMT A; 4PE0 A; 4JWQ A; 1G8I A; 3DF0 A; 1QIW A; 1B8R A; 2NCO A; 2PMY A; 5KTY A; 2K7D A; 2LC5 A; 3BOW B; 1FBV A; 1XO5 A; 1FI6 A; 1B7T Y; 1RJV A; 2I94 A; 1D1O A; 1ODB A; 2KFF A; 1K95 A; 2Y4Q A; 3DVJ A; 1ZAC A; 1KK8 B; 4HRH A; 1BF5 A; 1DJW A; 1N2D A; 1SYM A; 2KI6 C; 2BL0 C; 4MZL A; 1DT7 B; 2BEC A; 1SL7 A; 5AAN A; 1V1F A; 1OMV A; 1CM1 A; 2JRF A; 2NZ0 A; 3AKB A; 4M2O A; 4DCK A; 4R1E A; 4ORB B; 1GGZ A; 3D0Y A; 1S5G Z; 1B4C A; 1YUR A; 1IRJ A; 3CR5 X; 4OKH A; 1LA0 A; 1XFW O; 2L0P A; 1J7O A; 4DUQ A; 1JUO A; 2CBL A; 2JT3 A; 4MZJ A; 1SL8 A; 2LLU A; 1CFC A; 1FF1 A; 1B7T Z; 3EK7 A; 1JF0 A; 1J1E A; 3VRQ A; 3TUY C; 4MBE A; 3BQ3 A; 4E68 A; 3JVT B; 1S36 A; 1B9A A; 2LCP A; 2JOJ A; 1M63 B; 2LP2 A; 2KFH A; 1REC A; 2ZNE A; 4M2Q A; 1C7W A; 1L7Z A; 1CM4 A; 5J3X A; 3BXK A; 1L2O B; 2P6B B; 1NWD A; 1WLZ A; 1K9P A; 1UP5 A; 2AAO A; 2OTG C; 1XFX O; 4A4C A; 1DTL A; 3I5I C; 1K9K A; 3AAK A; 1A03 A; 1TNQ A; 2BBM A; 2F8P A; 2H61 C; 1SBJ A; 2F2O A; 2WOS A; 3PLF B; 2K7B A; 2Y1N A; 1S26 D; 2Q4U A; 1NYA A; 1SY9 A; 2BL0 B; 2G2B A; 3FIA A; 2VRG A; 1NX0 A; 2FCD A; 1B8L A; 2JXC A; 4GGF A; 1MHO A; 1OZS A; 2JWW A; 3DVE A; 3RM1 A; 1CNP A; 2LVK A; 2CCM A; 1IG5 A; 2WCB A; 1BOD A; 1AHR A; 1QS7 A; 1MQ1 A; 2HET A; 1UHH A; 3EK8 A; 4NDD A; 1QV1 A; 5HYD A; 2K7C A; 3TDZ A; 2ISD A; 4YRU A; 2QPT A; 2EGD A; 1KQM C; 1CDP A; 3SG2 A; 2MBX A; 2R2I A; 3NXA A; 2LVI A; 3M0W A; 1KCY A; 3PM8 A; 2M49 B; 1ZMZ A; 3F45 A; 4USL A; 1PAL A; 4YI8 A; 1K94 A; 1KK7 Y; 3DF0 B; 4BY4 A; 3C1V A; 4DS7 A; 1GQM A; 3O4Y A; 4A4B A; 3O6B A; 4P5O E; 1EL4 A; 2OTG B; 2MJW B; 4OVN F; 1DVI A; 1K96 A; 2NCP A; 1WLM A; 2KI4 C; 3FWC A; 3I5I B; 3LL8 B; 4ZCU A; 1J7P A; 2ZRT A; 4YGA A; 1TOP A; 3BUM B; 1CFF A; 1IQ3 A; 1DJY A; 3PSR A; 4GPL B; 1Y0V H; 4YGB B; 2WND A; 4PCW A; 1B47 A; 4CPV A; 2FOT A; 2HQW A; 4UPG A; 3D0Y B; 1QX7 A; 1UHI A; 3BUO B; 4GGF C; 5I2L A; 2O60 A; 1KWO C; 3BUW B; 4CLN A; 4PHN A; 1YR5 A; 4FQO A; 1OSA A; 1S1E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AQJ A; 4YGE B; 1OOH A; 3BJH A; 1SK6 D; 1YVH A; 1W7I B; 3I5G C; 5CSJ A; 3EG5 B; 3CTN A; 4M2P A; 5EL2 A; 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