The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
159
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structure length |
158
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Chain Sequence |
LAPLPPLPAQFKSIQHHLRTAQEHDKRDPVVAYYCRLYAMQTGMKIDSKTPECRKFLSKLMDQLEALKKQLGDNEAITQEIVGCAHLENYALKMFLYADNEDAGRFHKNMIKSFYTASLLIDVITVFGELTDENVKHRKYARWKATYIHNCLKNGETP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
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| molecule keywords |
Charged multivesicular body protein 1b
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| publication title |
A Novel Mechanism of Regulating the ATPase VPS4 by Its Cofactor LIP5 and the Endosomal Sorting Complex Required for Transport (ESCRT)-III Protein CHMP5.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
67
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| structure length |
158
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| sequence length |
159
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-07-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04652 | Vta1 | Vta1 like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Vacuolar protein sorting-associated protein vta1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RKK A; 2LXL A; 4TXP A; 4U7E B; 2LUH A; 4TXQ A; 4TXR A; 5H7P A; 2LXM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LJ3 A; 2EIL E; 1BPO A; 3FU6 A; 2XPI A; 4I6G A; 4B8A A; 5LX8 A; 4AY5 A; 2UY1 B; 2ZIS A; 3HVE B; 4DK5 A; 3L22 A; 1N4P A; 4HQD A; 4I6J A; 3HDX A; 4L1B A; 3R9A B; 3C98 A; 4XKB A; 3TJP A; 3U4T A; 3ENE A; 3ZYL A; 3DXK G; 2F8X K; 3OTN A; 1TEZ A; 3VLD A; 2XPZ A; 3ZEF A; 3V2X A; 1YYH A; 3AS5 A; 1W3B A; 1FVF A; 1PAQ A; 3TXN A; 2QZA A; 2A5U A; 4N3C A; 3FUN A; 4JEH A; 5KWD A; 4DPR A; 1Z3X A; 4GMJ A; 3RO2 A; 3ZGQ A; 4YDE A; 4B94 A; 3ZXS A; 1HU3 A; 3UKU G; 3L17 A; 2P58 C; 1U3D A; 3APD A; 4AM9 A; 2PQR A; 3G2S A; 4LCT A; 1KT1 A; 3UIN C; 4PS3 A; 4DX6 D; 1HXI A; 2BED A; 4MS6 A; 1FPP A; 5A6C A; 3DPY A; 2XZD G; 2Y1L E; 3UQ3 A; 4HB5 A; 3SD5 A; 2ZU6 B; 3KSQ A; 3AS8 A; 4AVX A; 3PZD A; 2FO1 E; 1ELK A; 2RFM A; 2VSY A; 4BWR A; 4Y6C A; 5KNG A; 2LSV A; 1XGW A; 1HS6 A; 3LDZ A; 4APF A; 3MX3 A; 1TNY A; 4YND A; 2V4L A; 3CHS A; 4FLB A; 4B0Z A; 5CCL A; 3R9M A; 3LXU X; 4B93 B; 4TXP A; 2QYU A; 4G24 A; 3EHN A; 5EIB E; 4UI9 K; 1K1A A; 5CEC B; 4A63 B; 1Z6T A; 3AU4 A; 3JYS A; 3GZ1 A; 2P9K G; 4XX5 A; 1UG3 A; 1WG0 A; 1H2U A; 2XGO A; 2FUL A; 3EJN A; 5A7D B; 2GRR B; 2P2C P; 4DLO A; 3E33 A; 1K1B A; 4F6R D; 5JHA A; 2KXP C; 2DYR E; 3SBS A; 4NRH B; 2LXM A; 5CBO A; 3P2B A; 5CED B; 4JA7 A; 4PH4 B; 1Z5S C; 4LNU D; 4C48 B; 3FU3 A; 2VGX A; 2I1J A; 3D9H A; 4GPK A; 4DX2 A; 4BT9 A; 3JCK C; 4EZJ A; 2MRI A; 3L54 A; 4I43 A; 2R02 A; 4WWN A; 3Q75 A; 5EIL A; 3ZN3 A; 1ZU2 A; 3ML8 A; 3PZ3 A; 3BG1 B; 3G2U A; 4AJW A; 1PC2 A; 4HLL A; 1E90 A; 1B89 A; 3UM2 A; 2J8S D; 3BUA A; 5E76 A; 2IJG X; 3SGH A; 1S70 B; 1WAO 1; 5ARF A; 1QQE A; 4G8L A; 2AXU A; 5C2Y A; 4BTB A; 3MV2 B; 5AQA A; 5FQ4 A; 4ILH B; 4GA0 A; 2WXL A; 4BEP A; 1TNB A; 4J8E A; 2Y3A A; 4OVU A; 1YMP A; 1SVX A; 5ENS D; 2YNQ A; 2DCP A; 4G26 A; 1E8W A; 3QNK A; 4JHJ A; 4ATG A; 5BPP A; 3NOG D; 2MOW A; 2F8Y A; 3KSL A; 4JC8 A; 4LER A; 1E8Z A; 4J8Y A; 4UWL A; 3L08 A; 2WXO A; 2XZT G; 3ZKJ A; 3ZW3 A; 4RG6 A; 2M63 A; 1JCS A; 1E96 B; 3PDN A; 1OCC E; 5BV0 A; 2FO7 A; 4ANX A; 4WNG A; 3E34 A; 4A3T A; 2ZIR A; 1QNF A; 2VTB B; 2KC7 A; 2XS1 A; 2UWJ G; 5CHE E; 3ZIM A; 2E2E A; 5EYP F; 3ZYQ A; 3ONL A; 3Q9U C; 3T5X A; 3SF4 A; 3RIB A; 1UN9 A; 3D9P A; 2LXL A; 3TWX A; 4TXR A; 5AJD A; 3K9I A; 3LVQ E; 4ZFH A; 3QWV A; 2IY0 C; 2WQ7 A; 3UIP C; 3TWV A; 4ATZ D; 5HQ8 A; 2ETA A; 3TG5 A; 3LY8 A; 3FY4 A; 1HZ4 A; 4GCO A; 4TV3 A; 1NL4 A; 2GRP B; 4CYM D; 2PQN A; 3DSW A; 3Q5M A; 3OXF A; 3Q4A B; 4BET A; 2PM7 A; 4FU3 A; 4O60 A; 3WXX A; 2Y69 E; 3P1U A; 5BNW A; 2VYI A; 4KVM A; 3UT8 A; 3AU5 A; 3ZUV B; 1GW6 A; 2CHZ A; 3S7B A; 4GYW A; 3PRZ A; 3TL5 A; 1OCO E; 5FZQ A; 1H6P A; 3ABM E; 3CVQ A; 3FTX A; 3QAR A; 3UM1 A; 3QOU A; 4WNF A; 1SZ9 A; 2CG3 A; 4HFG A; 4AV7 A; 2X6J A; 1IQU A; 3DSU A; 1V55 E; 1VDY A; 3UXG A; 4IRU A; 4U0Z A; 2PNN A; 3DWL G; 1EF1 C; 4GB9 A; 4RQI A; 2I6H A; 2WQH A; 4GA2 A; 3MYV A; 1N11 A; 2R59 A; 3PZ1 A; 2FF4 A; 5D66 A; 1TNZ A; 2LNI A; 3UTM A; 2J4D A; 4YVO A; 1E8Y A; 1OY3 D; 1INZ A; 3CVL A; 2CG2 A; 3UT7 A; 4GPM A; 3LEW A; 5HI7 A; 1TR4 A; 3FDH A; 1JCR A; 2VSX E; 4BSZ B; 4MLP A; 3AG2 E; 3D9J A; 1HX8 A; 1KLX A; 2IU1 A; 3CHO A; 4U8H A; 1KPS B; 3C5R A; 3MKR A; 5FQ7 A; 5EYL A; 3EDT B; 2XHE A; 3ASH A; 3CIA A; 4Z68 A; 2AJA A; 3APF A; 1AWC B; 3Q47 B; 3UX4 A; 4GTO A; 3CGH A; 2L0T B; 2BUG A; 1LD8 A; 2P9S G; 4LEU A; 2R17 C; 1RW2 A; 5D0Q D; 3JXJ A; 4MBG A; 4KBQ A; 3MKQ B; 4DX1 A; 3UM0 A; 1U3C A; 1JUQ A; 4BFR A; 2XRZ A; 5EKQ D; 3DPD A; 4I1M A; 4J6I A; 3VTY A; 3RO3 A; 2J09 A; 3FEX A; 3FHE A; 3ZRH A; 1EYH A; 2YHE A; 3FH8 A; 2JLB A; 4L9P A; 3D9I A; 3B7T A; 2WXM A; 2X3M A; 4CEM A; 3ZHE B; 4GTP A; 2KCV A; 2GRO B; 3O4Z A; 1N94 A; 3QJZ A; 3FTU A; 3DEP A; 5AIJ A; 3E37 A; 3TWR A; 3W9G A; 3FUI A; 4XI9 A; 4GYY A; 3RJV A; 4J8D A; 2A4Z A; 3V31 A; 3SO8 A; 2P9U G; 4GA1 A; 4GTQ A; 3Q7A A; 4TXQ A; 4JD2 G; 2CFZ A; 5CCM A; 4A3V A; 4GU5 A; 3E32 A; 2HM8 A; 3NAW A; 4BTA A; 5B3S E; 2MHK A; 2L0I A; 4DI3 A; 5J08 A; 3ZYK A; 4KXK B; 2C0L A; 3CK7 A; 3IV0 A; 3BQO A; 4I1A A; 2X6K A; 4HI8 A; 3KEZ A; 4LNB A; 3AS4 A; 4K5B A; 2IQC A; 4CDN A; 4YDO A; 1BD8 A; 4B89 A; 4HOT A; 3FTS A; 3CV0 A; 4NQ0 A; 3FWV A; 3MA5 A; 1FCH A; 5ENN A; 3LPZ A; 4G11 A; 4BX8 A; 5BV1 A; 1TNU A; 2GRL A; 2XGS A; 4EZL A; 5JHB A; 4BER A; 1TYQ G; 4WNE A; 3CVY A; 5T3R A; 2WXR A; 4GML A; 2WVI A; 1HG5 A; 4ZHB A; 4I1O B; 5HKP A; 3UPV A; 1ELR A; 2CFU A; 3GYZ A; 5LFA A; 3B95 A; 3JUE A; 3SHF A; 2F0Y A; 2NSZ A; 5IY5 E; 4QFV A; 4KT6 B; 3FTV A; 3AJI A; 1IKN D; 3DSV A; 1KT0 A; 3CQC B; 1QZ2 A; 2Q7F A; 1E7V A; 4OYS A; 2EIJ E; 3CKC A; 2XCB A; 4GZ3 A; 4QQI A; 3JUI A; 1IYG A; 4BX9 A; 4CDR A; 4PUC A; 3SFZ A; 4F1S A; 1JPL A; 2IO2 C; 5BXU A; 5KNH D; 4CDM A; 4NIK A; 5CMY A; 4U8V D; 3DRA A; 3U3W A; 1HFA A; 3NZS A; 4IUL A; 4MKT A; 2HYZ A; 2XEE A; 5JJ7 A; 3KD7 A; 4GZD A; 3SY2 A; 1O1S A; 3DEO A; 3ASD A; 5H7P A; 1OUV A; 3U9W A; 4GYO A; 4DJA A; 4K03 A; 3HRA A; 3I5P A; 2I2O A; 1P5Q A; 3DSX A; 3RRN B; 2WXI A; 2Y4T A; 4F3V A; 1DNP A; 4JW1 A; 3UM3 A; 5FZS A; 3SQV A; 3OAW A; 5B1A E; 4AP2 A; 5EID A; 4K0R A; 4C0E A; 3CKB A; 3S7F A; 4CT0 A; 4L23 A; 3ONK A; 4RVB A; 1O5M A; 4G8K A; 2R2L A; 2IEJ A; 5HRY A; 2OND A; 5DBK A; 4GZ6 A; 5ARG A; 4CCA A; 3QWP A; 2WXP A; 3MV3 B; 5ITZ F; 3CHQ A; 3C3O A; 5T8I A; 4ABN A; 4PDX A; 3TWT A; 4L2L A; 5CRU A; 2QYJ A; 2IOL A; 1IXV A; 2RD0 A; 1E7U A; 3G2V A; 3C3Q A; 3NBN B; 3HG0 D; 2XGM A; 2GRM A; 4DLQ A; 3UKR G; 5T4Y A; 3S7J A; 1N0Q A; 3FFL A; 4L7T A; 3FUK A; 4HOQ A; 5ANR A; 3T8K A; 1IHB A; 4P29 A; 3C3R A; 4HRN A; 2WB2 A; 2XCC A; 3Q78 A; 2H6G A; 4HNA D; 1SQM A; 3PEU B; 1WDY A; 1BLX B; 4U0S A; 4O6F A; 3B7B A; 3JXI A; 2ETB A; 5KCM A; 1MX6 A; 1N4R A; 2VJ8 A; 4FJZ A; 3SNX A; 2DIW A; 4LNG A; 1KZP A; 4HXI A; 2AXZ A; 1V54 E; 3PUJ A; 5EX0 A; 3HXD A; 2RFA A; 2XRY A; 3VLE A; 4R7L A; 3C72 A; 4XE0 A; 4X8Q A; 3RRM B; 2GW1 A; 1SA4 A; 2OOE A; 3KEA A; 5B1B E; 3FTY A; 3PNT B; 3G2T A; 4B8C B; 3ESL A; 2VGX B; 3DXM G; 4EQF A; 3MJW A; 4UWF A; 1JCQ A; 1Z3Y A; 3QB2 A; 4GMR A; 4N5Q A; 3T8M A; 1HE8 A; 2DVW A; 2OVB A; 2P9I G; 3I4G A; 5D2M C; 3O48 A; 1UW4 B; 3LCA A; 4N3B A; 5JJ6 A; 3QDN A; 3FP3 A; 2PM6 A; 2LO6 A; 4C0M A; 5JA4 D; 5D0O D; 1FT1 A; 1H2V C; 3MCX A; 4UWG A; 2AWI A; 5BXO A; 4LG6 A; 4WAF A; 4A55 A; 3R7Q A; 3F6Q A; 2WXJ A; 3PE4 A; 4I6E A; 1NP7 A; 4BY6 A; 5AQ7 A; 3ULE G; 4XIF A; 3ZVV A; 1NA3 A; 3ABK E; 3PS6 A; 3EU9 A; 3D9K A; 4E85 A; 2KZT A; 3PZ2 A; 2IOS A; 4LUN U; 1LF8 A; 3LYA A; 3ZXP A; 4N5C A; 3UI2 A; 4CGV A; 4L2Y A; 3D9N A; 3RKV A; 1X81 A; 5ENT D; 5G2N A; 5DIZ A; 1SZA A; 3SFX A; 4H7Y A; 2J49 A; 3LS8 A; 3LY9 A; 5KBA A; 3ZFW A; 3L16 A; 3Q15 A; 1U2V G; 1IQR A; 5AAR A; 5KJM A; 3RU0 A; 3D3M A; 2EIN E; 1TN6 A; 2EIK E; 4JVS A; 4YDY A; 2V8S E; 1LD7 A; 4GTR A; 3IBE A; 2VQ2 A; 3MGB A; 4HS2 A; 4I9E A; 4U07 A; 3FUF A; 3PH0 C; 3NB2 A; 2AXV A; 1N52 A; 2DZO A; 4UQY A; 4Q94 A; 4UQZ A; 1YA0 A; 3CK9 A; 3OXL A; 5LCW C; 5AYW D; 4CRW A; 4GTM A; 5M72 A; 1MZC A; 2J9Q A; 4DRX E; 4CGW A; 3ISM C; 2WPV A; 3HHM A; 5CRV A; 1D8D A; 2OEV A; 3EHR A; 3TAX A; 4KYO B; 1KZO A; 2BF0 X; 4JPS A; 1WM5 A; 2V5F A; 2QY7 A; 2JEK A; 4K5C A; 2UY1 A; 4KZ0 A; 3D9O A; 1D9S A; 1Y8M A; 2PZI A; 2WXG A; 3HVE A; 4ILI A; 1H6O A; 4V3I A; 3TWS A; 3FTW A; 4ACK A; 1JWF A; 1UN8 A; 3LKU A; 5A23 A; 2CHX A; 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