The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
|
sequence length |
253
|
structure length |
251
|
Chain Sequence |
LPESFDAREQWPNCPTIKEIRDQGSCGSCWAFGAVEAISDRICIHSNVNVEVSAEDMLTCCGGECGDGCNGGFPSGAWNFWTKKGLVSGGLYNSHVGCRPYSIPPCEHHVNGSRPPCTGEGDTPKCSKTCEPGYSPSYKEDKHFGCSSYSVANNEKEIMAEIYKNGPVEGAFSVYSDFLLYKSGVYQHVSGEIMGGHAIRILGWGVENGTPYWLVGNSWNTDWGDNGFFKILRGQDHCGIESEIVAGMPCT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
CATHEPSIN B
|
| publication title |
Quantitative estimation of each active subsite of cathepsin B for the inhibitory activity, based on the inhibitory activitybinding mode relationship of a series of epoxysuccinyl inhibitors by X-ray crystal structure analyses of the complexes
rcsb |
| total genus |
78
|
| structure length |
251
|
| sequence length |
253
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.1: Cathepsin B. |
| pdb deposition date | 2005-12-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00112 | Peptidase_C1 | Papain family cysteine protease |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JQF R; 3H8B A; 4P6G A; 4KLB A; 3BWK A; 2H7J A; 1HUC B; 5EF4 A; 4PAD A; 1ZIV A; 1BP4 A; 4AXM A; 3RVW A; 3KKU A; 3P5U A; 1POP A; 1PBH A; 3MTN A; 3AI8 A; 1AYW A; 4BPV A; 4DMY A; 3KWB X; 1PPN A; 3DF0 A; 2VHF A; 1DEU A; 1A6R A; 3H7D A; 3GCB A; 1U9X A; 1MHW A; 1QDQ A; 4PP2 E; 4XR7 A; 4I04 A; 1PIP A; 3B79 A; 2FUD A; 3OF9 A; 2JQG R; 4YVA A; 2CIO A; 4YYV A; 2FTD A; 1NB5 A; 1QXP A; 3KFQ A; 1U9V A; 3KSE A; 2FQ9 A; 5CHV A; 2WBF X; 2YJ9 A; 2OUL A; 1AIM A; 4I05 A; 2NQG A; 2XU1 A; 2AU1 A; 5PAD A; 4CDF B; 2PRE A; 3PDF A; 3HWN A; 3D6S A; 4OEL A; 2HD5 A; 7PCK A; 1AU3 A; 1QMY A; 1STF E; 2YJC A; 4YYR A; 2ATO A; 2BDL A; 3P5V A; 2B1N A; 2NQI A; 3OIS A; 5K16 A; 4CDE B; 2XU4 A; 4FIP A; 1ME4 A; 1CSB B; 4W4U A; 1F2A A; 4W5B A; 2G8J A; 1KHQ A; 4CDC B; 1YVB A; 3V6C A; 1CQD A; 4G54 A; 1PAD A; 2NQA A; 2DC6 A; 3E1Z B; 3MHS A; 1AYV A; 2DCA A; 2DC8 A; 1EWL A; 5CVM A; 4CZW A; 1O0E A; 2E00 A; 3KW9 A; 2P7U A; 4MZS A; 3CBJ A; 3V6E A; 2IBI A; 1MS6 A; 2DCD A; 4MSX A; 3LXS A; 1X9Y A; 1GMY A; 4WA6 A; 1U5I A; 2P86 A; 3N3K A; 1CB5 A; 1PPD A; 1DF0 A; 2E02 A; 1FH0 A; 1Y4H A; 4N79 A; 2R9M A; 4QH6 A; 3HHI A; 4QRX A; 4N8W A; 3WXF A; 2PAD A; 2PNS A; 1EWO A; 4HWY A; 1MIR A; 1F2C A; 3IMA A; 3ERV A; 1BY8 A; 4FK5 A; 3WXG A; 1EWP A; 2HH5 A; 4YV8 A; 1KFX L; 3QT4 A; 4YYU A; 4YYQ A; 2Y5B A; 2AYO A; 2DJF B; 4X6J A; 1AYU A; 1M6D A; 3IUT A; 3BCN A; 3KWZ A; 3N4C A; 4W5C A; 3WXE A; 4K7C A; 1NPZ A; 3IEJ A; 2ACT A; 1GCB A; 2R6N A; 4CDD B; 3NHE A; 3PBH A; 1AU0 A; 1F2B A; 1S4V A; 3BC3 A; 1THE A; 1TLO A; 3TNX A; 1ATK A; 2O6X A; 4DMX A; 3QSD A; 2HXZ A; 3ZUA A; 1CPJ A; 2AS8 A; 3S3R A; 1YAL A; 9PAP A; 4QRV A; 5F02 A; 2Y6E A; 1Q6K A; 5FPW A; 1AU4 A; 4BS6 A; 1YK8 A; 2YJ8 A; 1MEM A; 1CVZ A; 2HHN A; 1XKG A; 2AUZ A; 2FT2 A; 1MEG A; 1JQP A; 1CTE A; 3BPM A; 1ICF A; 1TU6 A; 5CHT A; 2DZZ A; 1PPP A; 1PE6 A; 4RY2 A; 3S3Q A; 1PCI A; 5A24 A; 1NQC A; 3H6S A; 3HD3 A; 2G6D A; 2IPP B; 3H89 A; 1IWD A; 3C9E A; 2F1G A; 3K8U A; 2AUX A; 2YJ2 A; 3K24 A; 1YT7 A; 3MHH A; 2CB5 A; 1NB3 A; 1KFU L; 1YK7 A; 1U9W A; 3H8C A; 3OVZ A; 2OP3 A; 1EF7 A; 1EWM A; 1KXR A; 2VHS A; 2DC9 A; 2XU5 A; 2FRQ A; 8PCH A; 3CH3 X; 1CV8 A; 3PW3 A; 4Q8G A; 3CBK A; 2DJG B; 3OVX A; 2NQD B; 3O1G A; 2B1M A; 3P5W A; 2GFO A; 4X6H A; 4YYS A; 1GEC E; 3K9M A; 2R9O A; 2FRA A; 2DZY A; 1ME3 A; 2G7Y A; 4BSQ A; 4XUI A; 2AVW A; 1ITO A; 1F29 A; 1CJL A; 1CS8 A; 2XU3 A; 4MZO A; 5CVO B; 3KX1 A; 3O0U A; 4ZUX U; 3IV2 A; 5JH3 A; 1ZCM A; 2R9N A; 3PNR A; 3MOR A; 1VJV A; 3IHP A; 2DCC A; 4N4Z A; 1VSN A; 2R9F A; 3M99 A; 4PP1 A; 2G8E A; 2YJB A; 3QJ3 A; 4YYW A; 2ARY A; 3P5X A; 3OF8 A; 3U8E A; 3RVV A; 3USV A; 3IOQ A; 4QBB A; 1NL6 A; 4Q8H A; 4BQV A; 1GLO A; 4QRG A; 3BPF A; 1SNK A; 2P0R A; 2E01 A; 1Y08 A; 1AEC A; 2OZ2 A; 2DCB A; 2DC7 A; 2F7D A; 1PPO A; 5J94 A; 2R9C A; 2FO5 A; 2BDZ A; 4X6I A; 1NLJ A; 2FYE A; 3F75 A; 3CH2 X; 1BGO A; 3LFY A; 1PXV A; 1K3B B; 3I3T A; 4BS5 A; 1TL9 A; 1SP4 B; 3HHA A; 2C0Y A; 2E03 A; 1MDW A; 3N3G A; 3RVX A; 4FJC A; 5JA7 A; 2AYN A; 2PBH A; 6PAD A; 4AXL A; 4PI3 A; 3BOW A; 4P6E A; 1BQI A; 1KHP A; 5EGW A; 2GHU A; 3F5V A; 4I07 A; 4OEM A; 1AU2 A; 2AIM A; 3I06 A; 1QOL A; 5CVN B; 1U9Q X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JQF R; 5KO3 A; 3H8B A; 4P6G A; 4KLB A; 5E6J A; 3BWK A; 2H7J A; 1HUC B; 5EF4 A; 4PAD A; 1ZIV A; 1BP4 A; 4AXM A; 3RVW A; 4XZX A; 4IP3 A; 3KKU A; 3P5U A; 1POP A; 1PBH A; 2FE8 A; 3MTN A; 3AI8 A; 1AYW A; 4BPV A; 4DMY A; 3KWB X; 1PPN A; 3DF0 A; 1UKF A; 2VHF A; 1DEU A; 1A6R A; 3H7D A; 3GCB A; 1U9X A; 1MHW A; 1QDQ A; 4PP2 E; 4XR7 A; 4I04 A; 1PIP A; 3B79 A; 2FUD A; 2UZJ A; 3OF9 A; 2JQG R; 4YVA A; 2CIO A; 4YYV A; 2FTD A; 1NB5 A; 1QXP A; 3KFQ A; 1PVJ A; 1U9V A; 3KSE A; 2FQ9 A; 5CHV A; 2WBF X; 2YJ9 A; 2OUL A; 1AIM A; 4I05 A; 2NQG A; 2XU1 A; 2AU1 A; 3TRK A; 3B21 A; 5PAD A; 4CDF B; 2PRE A; 3PDF A; 3HWN A; 3D6S A; 4OEL A; 2HD5 A; 7PCK A; 4OW0 A; 3TMP A; 4RF1 A; 1AU3 A; 1QMY A; 1STF E; 2YJC A; 4YYR A; 3PT2 A; 2ATO A; 2BDL A; 3P5V A; 2B1N A; 2NQI A; 3OIS A; 5K16 A; 4CDE B; 2XU4 A; 3PHX A; 4FIP A; 1ME4 A; 1CSB B; 4W4U A; 1F2A A; 4W5B A; 2G8J A; 1KHQ A; 4CDC B; 1YVB A; 3V6C A; 1CQD A; 4OVZ A; 4MM3 B; 4G54 A; 1PAD A; 3C0R A; 4PT5 A; 2NQA A; 2DC6 A; 3E1Z B; 3MHS A; 1AYV A; 2DCA A; 2DC8 A; 1EWL A; 5CVM A; 4CZW A; 1O0E A; 4M0W A; 2E00 A; 3KW9 A; 2P7U A; 4BOZ A; 3W30 A; 4MZS A; 3CBJ A; 3V6E A; 4BOP A; 2IBI A; 1MS6 A; 2DCD A; 4MSX A; 3LXS A; 1X9Y A; 3O65 A; 1GMY A; 4WA6 A; 1U5I A; 2P86 A; 3N3K A; 1CB5 A; 1PPD A; 1DF0 A; 2E02 A; 3PRP A; 1FH0 A; 4R3D A; 1Y4H A; 4N79 A; 2R9M A; 4QH6 A; 3HHI A; 4D8B A; 4QRX A; 4OVZ B; 4N8W A; 3WXF A; 2PAD A; 2PNS A; 1EWO A; 4HWY A; 1MIR A; 1F2C A; 3IMA A; 3ERV A; 1BY8 A; 4FK5 A; 3BB7 A; 3WXG A; 1EWP A; 2HH5 A; 4YV8 A; 1KFX L; 3QT4 A; 4YYU A; 4YYQ A; 2Y5B A; 2AYO A; 2DJF B; 3PRM A; 4X6J A; 1AYU A; 1M6D A; 3IUT A; 3BCN A; 3KWZ A; 3N4C A; 4W5C A; 3WXE A; 4K7C A; 3BBA A; 1NPZ A; 3IEJ A; 2ACT A; 4BOQ A; 1GCB A; 2R6N A; 4CDD B; 2J7Q C; 3NHE A; 3PBH A; 1AU0 A; 1F2B A; 1S4V A; 3BC3 A; 1THE A; 1TLO A; 3TNX A; 4MI7 A; 1ATK A; 2O6X A; 4DMX A; 3QSD A; 2HXZ A; 3ZUA A; 1CPJ A; 5JZE A; 2AS8 A; 3S3R A; 1YAL A; 9PAP A; 4QRV A; 5F02 A; 3W31 A; 2Y6E A; 4REZ A; 1Q6K A; 5FPW A; 1AU4 A; 4BS6 A; 1YK8 A; 2YJ8 A; 2JRI A; 1MEM A; 1CVZ A; 2HHN A; 2BTW B; 1XKG A; 2AUZ A; 4RKX A; 3PHU A; 2FT2 A; 1MEG A; 1JQP A; 1CTE A; 3BPM A; 1ICF A; 4ZTB A; 1TU6 A; 2AGA A; 5CHT A; 2DZZ A; 1PPP A; 1PE6 A; 4RY2 A; 3S3Q A; 1PCI A; 5A24 A; 1NQC A; 3H6S A; 3HD3 A; 2G6D A; 2Z84 A; 2IPP B; 3H89 A; 1IWD A; 3C9E A; 2F1G A; 3K8U A; 2AUX A; 2YJ2 A; 3K24 A; 1YT7 A; 3MHH A; 2CB5 A; 1NB3 A; 1KFU L; 1YK7 A; 1U9W A; 4GUA A; 3H8C A; 3OVZ A; 2OP3 A; 1EF7 A; 4HXD B; 1EWM A; 4RNA A; 1KXR A; 3MP2 A; 2VHS A; 2DC9 A; 2XU5 A; 2FRQ A; 8PCH A; 3CH3 X; 1CV8 A; 3PW3 A; 4Q8G A; 3CBK A; 2DJG B; 3OVX A; 2NQD B; 3O1G A; 2B1M A; 3P5W A; 2GFO A; 3PSE A; 4X6H A; 4YYS A; 1GEC E; 3K9M A; 2R9O A; 2HWK A; 2FRA A; 2DZY A; 1YZB A; 1ME3 A; 2G7Y A; 4BSQ A; 4XUI A; 3RNV A; 2AVW A; 1ITO A; 1F29 A; 1CJL A; 4P16 A; 1CS8 A; 2XU3 A; 4MZO A; 5CVO B; 3KX1 A; 3O0U A; 4ZUX U; 3IV2 A; 5JH3 A; 4A5U A; 1ZCM A; 3PHW A; 2R9N A; 5EZS A; 3BY4 A; 3PNR A; 4D8I A; 3MOR A; 2BTW A; 4WUR A; 1VJV A; 3IHP A; 1DKI A; 5EZQ A; 2DCC A; 4N4Z A; 1VSN A; 2R9F A; 3OQC A; 3M99 A; 4PP1 A; 2G8E A; 2YJB A; 3QJ3 A; 4YYW A; 2ARY A; 3P5X A; 3OF8 A; 4IUM A; 3ZNH A; 2DOS A; 3U8E A; 3RVV A; 4RF0 A; 3USV A; 3IOQ A; 4QBB A; 1NL6 A; 4Q8H A; 3E9S A; 4BQV A; 1GLO A; 4QRG A; 3BPF A; 1SNK A; 2P0R A; 2E01 A; 1Y08 A; 2BU3 A; 1AEC A; 2OZ2 A; 3MTV A; 2DCB A; 2DC7 A; 2F7D A; 1PPO A; 5J94 A; 2R9C A; 2FO5 A; 2BDZ A; 4X6I A; 1NLJ A; 2FYE A; 3F75 A; 3CH2 X; 4BOS A; 1BGO A; 3LFY A; 1PXV A; 3MJ5 A; 1K3B B; 3I3T A; 4BS5 A; 2JTC A; 1TL9 A; 1SP4 B; 3HHA A; 2C0Y A; 2E03 A; 1MDW A; 3N3G A; 4D8E A; 3RVX A; 4FJC A; 5JA7 A; 2AYN A; 2PBH A; 4BOU A; 6PAD A; 4AXL A; 4PI3 A; 3BOW A; 4P6E A; 1BQI A; 1KHP A; 3IFU A; 5EGW A; 2GHU A; 3F5V A; 4I07 A; 2J7Q A; 1AU2 A; 4OEM A; 2AIM A; 3I06 A; 1QOL A; 5CVN B; 1U9Q X; #chains in the Genus database with same CATH homology 2JQF R; 3H8B A; 4P6G A; 4BGF A; 4KLB A; 1W4T A; 3BWK A; 2H7J A; 1HUC B; 5EF4 A; 4PAD A; 1ZIV A; 1BP4 A; 4AXM A; 3RVW A; 3KKU A; 3P5U A; 1POP A; 1PBH A; 3MTN A; 3AI8 A; 3LTW A; 1AYW A; 4BPV A; 4DMY A; 3KWB X; 1PPN A; 3DF0 A; 4NV8 A; 2VHF A; 1DEU A; 1A6R A; 3H7D A; 3GCB A; 1U9X A; 1MHW A; 1QDQ A; 4PP2 E; 4XR7 A; 4I04 A; 1PIP A; 3B79 A; 2FUD A; 3OF9 A; 2JQG R; 4YVA A; 2CIO A; 4YYV A; 2FTD A; 1W6F A; 1NB5 A; 1QXP A; 3KFQ A; 1U9V A; 3KSE A; 2FQ9 A; 5CHV A; 2WBF X; 2YJ9 A; 2OUL A; 1AIM A; 4I05 A; 2NQG A; 2XU1 A; 2AU1 A; 5PAD A; 4CDF B; 2PRE A; 3PDF A; 3HWN A; 3D6S A; 4OEL A; 2HD5 A; 7PCK A; 1AU3 A; 1QMY A; 1STF E; 2YJC A; 4YYR A; 2ATO A; 2BDL A; 3P5V A; 2B1N A; 2NQI A; 3OIS A; 5K16 A; 2BSZ A; 4CDE B; 2XU4 A; 4FIP A; 1ME4 A; 3D9W A; 1CSB B; 4W4U A; 1F2A A; 4W5B A; 2G8J A; 1KHQ A; 4CDC B; 1YVB A; 3V6C A; 1CQD A; 4G54 A; 1PAD A; 2NQA A; 2DC6 A; 3E1Z B; 3MHS A; 1AYV A; 2DCA A; 2DC8 A; 1EWL A; 5CVM A; 4CZW A; 1O0E A; 2E00 A; 3KW9 A; 2P7U A; 4MZS A; 3CBJ A; 3V6E A; 2IBI A; 1MS6 A; 2VFC A; 2DCD A; 4MSX A; 3LXS A; 1X9Y A; 1GMY A; 4WA6 A; 1U5I A; 2P86 A; 3N3K A; 1CB5 A; 1PPD A; 1DF0 A; 2E02 A; 1FH0 A; 1Y4H A; 4N79 A; 2R9M A; 4QH6 A; 3HHI A; 4QRX A; 4N8W A; 3WXF A; 2PAD A; 2PNS A; 1EWO A; 4HWY A; 1MIR A; 1F2C A; 3IMA A; 3ERV A; 1W5R A; 1BY8 A; 4FK5 A; 3WXG A; 1EWP A; 2HH5 A; 4YV8 A; 1KFX L; 3QT4 A; 4YYU A; 4YYQ A; 2Y5B A; 2AYO A; 4B55 A; 2DJF B; 4X6J A; 1AYU A; 1M6D A; 3IUT A; 3BCN A; 3KWZ A; 3N4C A; 4W5C A; 3WXE A; 4K7C A; 1NPZ A; 3IEJ A; 2ACT A; 1GCB A; 2R6N A; 4CDD B; 3NHE A; 3PBH A; 1AU0 A; 1F2B A; 1S4V A; 3BC3 A; 1THE A; 1TLO A; 3TNX A; 1ATK A; 2O6X A; 4DMX A; 3QSD A; 2HXZ A; 3ZUA A; 1CPJ A; 2VFB A; 2AS8 A; 3S3R A; 1YAL A; 9PAP A; 4QRV A; 5F02 A; 2Y6E A; 1Q6K A; 4C5P A; 5FPW A; 1AU4 A; 4BS6 A; 1YK8 A; 2YJ8 A; 1GX3 A; 1MEM A; 1CVZ A; 2HHN A; 1XKG A; 2AUZ A; 2FT2 A; 1MEG A; 1JQP A; 1CTE A; 3BPM A; 1ICF A; 1TU6 A; 5CHT A; 2DZZ A; 1PPP A; 1PE6 A; 4RY2 A; 3S3Q A; 1PCI A; 5A24 A; 1NQC A; 3H6S A; 3HD3 A; 2G6D A; 2IPP B; 3H89 A; 1IWD A; 3C9E A; 2F1G A; 3K8U A; 2AUX A; 2YJ2 A; 3K24 A; 1YT7 A; 3MHH A; 2CB5 A; 1NB3 A; 1KFU L; 1E2T A; 1YK7 A; 1U9W A; 3H8C A; 3OVZ A; 2OP3 A; 1EF7 A; 1EWM A; 1KXR A; 4NV7 A; 2VHS A; 2DC9 A; 2XU5 A; 2FRQ A; 8PCH A; 3CH3 X; 1CV8 A; 3PW3 A; 4Q8G A; 3CBK A; 2DJG B; 3OVX A; 2NQD B; 3O1G A; 2B1M A; 3P5W A; 2GFO A; 4X6H A; 4YYS A; 1GEC E; 3K9M A; 2R9O A; 2FRA A; 2DZY A; 1ME3 A; 2G7Y A; 4BSQ A; 4XUI A; 2AVW A; 1ITO A; 1F29 A; 1CJL A; 1CS8 A; 2XU3 A; 4MZO A; 5CVO B; 3KX1 A; 3O0U A; 4ZUX U; 3IV2 A; 5JH3 A; 1ZCM A; 2R9N A; 3PNR A; 3MOR A; 1VJV A; 3IHP A; 2DCC A; 4N4Z A; 1VSN A; 2R9F A; 3M99 A; 4PP1 A; 2G8E A; 2YJB A; 3QJ3 A; 4YYW A; 2ARY A; 3P5X A; 3OF8 A; 3U8E A; 3RVV A; 4GUZ A; 3USV A; 3IOQ A; 4QBB A; 1NL6 A; 4Q8H A; 4BQV A; 1GLO A; 4QRG A; 3BPF A; 1SNK A; 2P0R A; 2E01 A; 1Y08 A; 1AEC A; 2OZ2 A; 2DCB A; 2DC7 A; 2F7D A; 1PPO A; 5J94 A; 2R9C A; 2FO5 A; 2BDZ A; 4X6I A; 1NLJ A; 2FYE A; 3F75 A; 3CH2 X; 1BGO A; 3LFY A; 1PXV A; 1K3B B; 3I3T A; 4BS5 A; 1TL9 A; 1SP4 B; 3HHA A; 2C0Y A; 2E03 A; 1MDW A; 3N3G A; 3RVX A; 4FJC A; 5JA7 A; 2AYN A; 2PBH A; 6PAD A; 4AXL A; 4PI3 A; 3BOW A; 4P6E A; 1BQI A; 1KHP A; 5EGW A; 2GHU A; 3F5V A; 4I07 A; 4OEM A; 1AU2 A; 2AIM A; 3I06 A; 1QOL A; 5CVN B; 1U9Q X;
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