The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
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sequence length |
361
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structure length |
361
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Chain Sequence |
SMEEYYMKLALDLAKQGEGQTESNPLVGAVVVKDGQIVGMGAHLKYGEAHAEVHAIHMAGAHAEGADIYVTLEPCSHYGKTPPCAELIINSGIKRVFVAMRDPNPLVAGRGISMMKEAGIEVREGILADQAERLNEKFLHFMRTGLPYVTLKAAASLDGKIATSTGDSKWITSEAARQDAQQYRKTHQSILVGVGTVKADNPSLTCRLPNVTKQPVRVILDTVLSIPEDAKVICDQIAPTWIFTTARADEEKKKRLSAFGVNIFTLETERIQIPDVLKILAEEGIMSVYVEGGSAVHGSFVKEGCFQEIIFYFAPKLIGGTHAPSLISGEGFQSMKDVPLLQFTDITQIGRDIKLTAKPTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase, oxidoreductase
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| molecule keywords |
Riboflavin biosynthesis protein RibD
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| publication title |
Evolution of vitamin B(2) biosynthesis: eubacterial RibG and fungal Rib2 deaminases.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
110
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| structure length |
361
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| sequence length |
361
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.1.1.193: 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase. |
| pdb deposition date | 2012-07-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00383 | dCMP_cyt_deam_1 | Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region |
| A | PF01872 | RibD_C | RibD C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Cytidine Deaminase; domain 2 | Cytidine Deaminase, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3F0U X; 3DAT A; 3K45 A; 2INQ A; 4OCM A; 3SRW X; 3KY8 A; 2O96 A; 2DHF A; 1DIU A; 4E0Q A; 3DH1 A; 2FZJ A; 3SRS X; 1JUV A; 1RB2 A; 3SGY A; 3FQZ A; 3JVX A; 2P8R A; 1IA2 A; 2ZNV A; 3KJS A; 2D30 A; 4D10 F; 5GAO A; 1DR3 A; 3F91 A; 2GD9 A; 3NZA X; 4XT8 A; 1CZ3 A; 3FRA X; 2ZZA A; 3D80 A; 3FQV A; 3UM8 A; 2LF1 A; 3FRB X; 4M2X A; 2B3J A; 1S3Y A; 3SRQ X; 3JWM A; 3UM6 A; 4OWP B; 1HFQ A; 4KY8 A; 4OCL B; 4M7V A; 3FQ0 A; 1DYI A; 1OHK A; 4QJC A; 4JXE A; 4LCN A; 1DR4 A; 4CD2 A; 5M52 C; 1DDS A; 3IRO A; 3KFY A; 3NXX A; 4OSG A; 3F0S X; 4M7U A; 3OCQ A; 4LD4 A; 3IRM A; 1WN5 A; 5HF0 X; 3FL8 A; 5HVB A; 1DRF A; 2W9G A; 3NTZ A; 2P87 A; 2QLC A; 1J3K A; 4ZD5 A; 5HQY A; 3SQY X; 3F8Z A; 3TQA A; 1RA3 A; 4K1R A; 4KIT C; 3SRU X; 3EEM A; 4GH8 A; 1RX5 A; 1DRA A; 4ZFR A; 3DRC A; 4QHV A; 2FR6 A; 1RA9 A; 2W3B A; 4QFT A; 4IXF X; 5CC9 A; 3QYL A; 3K47 A; 1KMV A; 3KGY A; 4LAE X; 4DP3 A; 1RX6 A; 2W3W A; 2BL9 A; 4I13 A; 3TQB A; 4M6L A; 2A8N A; 4X5F A; 5M59 B; 1DHF A; 1OX7 A; 1DG8 A; 1RG7 A; 4P9E A; 3CSE A; 2CD2 A; 4HOF A; 4EG2 A; 3DL6 A; 4QI9 A; 2D0K A; 4O8Y A; 1VJ3 A; 2C2S A; 4KAK A; 2C2T A; 3IA5 A; 3RZV A; 1IA1 A; 3E0B A; 1DG5 A; 3R33 A; 3SH2 A; 1KLK A; 1PD8 A; 4O8X A; 3SR5 X; 1DR2 A; 1DHJ A; 3TQ8 A; 5HSR A; 1RX8 A; 1RX1 A; 3FQC A; 3FL9 A; 4KM2 A; 2O95 A; 3DMO A; 2O3K A; 1IA3 A; 4KJK A; 5HVE A; 3IRN A; 1J3J A; 3SBG A; 1RX9 A; 4RGC A; 5HT5 A; 1HFR A; 1U71 A; 5EAJ A; 2Z3J A; 4OWP A; 1JOM A; 1WKQ A; 3NXO A; 3JSU A; 2FR5 A; 1R5X A; 3I3R A; 1RH3 A; 3E1U A; 3IX9 A; 4X5J A; 2G84 A; 3SA2 A; 3NZ9 X; 2CIG A; 4Q0E A; 4O8Y B; 1DYR A; 4XEC X; 3HBB A; 5HF2 X; 2FZH A; 2W9T A; 3EX8 A; 3EEL A; 2G6V A; 3RZU A; 4ILG C; 1AO8 A; 4F3W A; 4KY4 A; 4O8X B; 3L3R A; 5HPB A; 4KEB A; 3G8Q A; 1AOE A; 3QLR A; 4X5H A; 1LY3 A; 1YSB A; 1KMS A; 3Q1H A; 4HRQ A; 3GHW A; 2OBC A; 3JWF A; 4XT5 A; 2AZN A; 4OCN A; 4EJ1 A; 3CD2 A; 3LG4 A; 2DRC A; 2H2Q A; 1R5T A; 2Z3I A; 5JG0 X; 2BLC A; 1IA4 A; 1PD9 A; 8DFR A; 4PQT A; 4LC5 A; 3KJR A; 3R2N A; 5HI6 A; 1UX1 A; 1M79 A; 3IA4 A; 3OAF A; 1DRE A; 5DCA J; 5FDA A; 4LAG X; 3NXY A; 1SEJ A; 3RG9 A; 1UWZ A; 3NXR A; 2NX8 A; 4XT6 A; 3QLZ A; 5U27 A; 2FZI A; 5CW6 A; 1P6O A; 1AF2 A; 2ANO A; 3S3V A; 2Z3G A; 4KJL A; 2BLA A; 4OCN B; 1VDR A; 4ELG A; 1DDR A; 4H98 A; 3I8A X; 5HT4 A; 1AI9 A; 1RX4 A; 3JWC A; 1U70 A; 3F0V X; 3B8F A; 1DR1 A; 1UX0 A; 2KCQ A; 3F0Q X; 2B3Z A; 2OG4 A; 4P9C A; 3NZC X; 3QLS A; 1DR6 A; 4P3R A; 5CCC A; 1BOZ A; 4PSY A; 1JOL A; 3INV A; 1CTU A; 1S3U A; 3S9U A; 4LD2 A; 5HQZ A; 7DFR A; 1HFP A; 3NZD A; 3ZPG A; 1U72 A; 3GHC A; 1RA2 A; 4PDJ A; 1PDB A; 4QJZ D; 4FGG A; 3EEJ A; 1OHJ A; 3QYO A; 3DGA A; 4MSJ A; 4X5I A; 4H97 A; 4MSQ A; 3QLX A; 3QG2 A; 3MPZ A; 1MQ0 A; 6DFR A; 1BZF A; 4HOG A; 5DFR A; 3TQ9 A; 3NRR A; 3GI2 A; 4KJJ A; 4OR7 A; 1WN6 A; 4DPH A; 3DG8 A; 4QLF A; 4H96 A; 1DIS A; 2L28 A; 4ELF A; 1S3W A; 4QLG A; 4P68 A; 4TU5 X; 4KFJ A; 4X5G A; 4Q67 A; 4FGH A; 2ANQ A; 2KGK A; 4PSS A; 3F8Y A; 4KM0 A; 2HXV A; 1YSD A; 1ZAB A; 3OJ6 A; 4NQL A; 1WWR A; 2Z3H A; 4HRW A; 4ELH A; 4F7O A; 3DL5 A; 3QL0 A; 4IXE D; 4P66 A; 2BLB A; 1CTT A; 2XW7 A; 3ROA A; 3NU0 A; 4FHB A; 4ECK A; 4I1N A; 1RF7 A; 3FQO A; 4KNE A; 4ELB A; 1J3I A; 1DF7 A; 4XRB A; 4QLE A; 1OI0 A; 1S3V A; 3FY8 X; 1E26 A; 4HA7 A; 2KKS A; 4EIZ A; 1DLS A; 4NX7 A; 1DAJ A; 4XT7 A; 1DYH A; 3SA1 A; 3OCH A; 2NYT A; 5ECX A; 1YHO A; 2HQP A; 3CL9 A; 1RB7 A; 3QL3 A; 2O7P A; 4P9D A; 4MSD A; 4ZD4 A; 3FYW X; 4KLX A; 4DPD A; 4EIG A; 3EEK A; 4KD7 A; 4KYA A; 5E8Q A; 1RB3 A; 3JW3 A; 1DYJ A; 1LY4 A; 2W3M A; 3HJ3 A; 4G3M A; 1Z3A A; 1DR5 A; 3GYF A; 3JW5 A; 1RC4 A; 2W3A A; 1RX2 A; 4KBN A; 3FS6 A; 1TIY A; 3M08 A; 1DLR A; 3FYV X; 4OCM B; 3VCO A; 4PST A; 4ELE A; 4DFR A; 1DRB A; 3NZB X; 4HOE A; 2HM9 A; 3FY9 X; 2W9H A; 3FRF X; 3QFX A; 2P4G A; 4MS7 A; 3UM5 A; 2QK8 A; 1RX3 A; 4EIL A; 1RE7 A; 1JTK A; 3RO9 A; 4G95 A; 1RA1 A; 3CLB A; 2D5N A; 4M6K A; 1DHI A; 2PW9 A; 1ZDR A; 3ZEF B; 2RPZ A; 3FQF A; 4HA9 A; 4LCP A; 5JA3 A; 5HSU A; 3DFR A; 4BGD C; 1LUD A; 4LCO A; 3N0H A; 1TDR A; 3D84 X; 4PTJ A; 4KL9 A; 5HUI A; 1D1G A; 3K74 A; 3SAI A; 4IXG X; 1RA8 A; 2W3V A; 4WIG A; 1M7A A; 3GHV A; 1DR7 A; 2ZNR A; 3JWK A; 1VQ2 A; 5ECC A; 1DRH A; 4Q6A A; 3ZPC A; 4ZFT A; 1MVT A; 2JYB A; 3QLW A; 1RX7 A; 2ITH A; 1UAQ A; 4XE6 X; 3F0B X; 2W9S A; 1MVS A; 3K2H A; 1M78 A; 3EIG A; 2OIP A; 4Q0D A; 3S7A A; 4M6J A; 1DG7 A; 4XT4 A; 5U26 A; 3FRE X; 4LEK X; 2HVV A; 4DDR A; 3JTW A; 4I43 B; 3DAU A; 3QLY A; 3TD8 A; 4WIF A; 4OCL A; 3NXV A; 4NX6 A; 3F0X X; 2W4L A; 4PTH A; 5C2O A; 3M09 A; 5DXV A; 3FRD X; 4MSM A; 4G8Z X; 2HVW A; 1QZF A; 4LAH X; 3QGT A; 3NXT A; 1RD7 A; 3IJF X; 4H95 A; 3NZ6 X; 4P3Q A; 1CD2 A; 1ALN A; 3SRR X; #chains in the Genus database with same CATH topology 3F0U X; 3DAT A; 3K45 A; 2INQ A; 4OCM A; 3SRW X; 3KY8 A; 2O96 A; 2DHF A; 1DIU A; 4E0Q A; 3DH1 A; 2FZJ A; 3SRS X; 1JUV A; 1RB2 A; 3SGY A; 3FQZ A; 3JVX A; 2P8R A; 1IA2 A; 2ZNV A; 3BH1 A; 3KJS A; 2D30 A; 4D10 F; 5GAO A; 1DR3 A; 3F91 A; 2GD9 A; 3NZA X; 4XT8 A; 1CZ3 A; 3FRA X; 2ZZA A; 3D80 A; 3FQV A; 3UM8 A; 2LF1 A; 3FRB X; 4M2X A; 2B3J A; 1S3Y A; 3SRQ X; 3JWM A; 3UM6 A; 4OWP B; 1HFQ A; 4KY8 A; 4OCL B; 4M7V A; 3FQ0 A; 1PKX A; 1DYI A; 1OHK A; 4QJC A; 4JXE A; 4LCN A; 1DR4 A; 4CD2 A; 5M52 C; 1DDS A; 3IRO A; 3KFY A; 3NXX A; 4OSG A; 3F0S X; 4M7U A; 1G8M A; 3OCQ A; 4LD4 A; 3IRM A; 1WN5 A; 5HF0 X; 3FL8 A; 2B1I A; 5HVB A; 1DRF A; 2W9G A; 3NTZ A; 2P87 A; 2QLC A; 1J3K A; 4ZD5 A; 5HQY A; 3SQY X; 3F8Z A; 3TQA A; 1RA3 A; 4K1R A; 4KIT C; 3SRU X; 3EEM A; 4GH8 A; 1RX5 A; 1DRA A; 4ZFR A; 3DRC A; 4QHV A; 2FR6 A; 1RA9 A; 2W3B A; 4QFT A; 4IXF X; 5CC9 A; 3QYL A; 3K47 A; 1KMV A; 3KGY A; 4LAE X; 4DP3 A; 1RX6 A; 2W3W A; 2BL9 A; 4I13 A; 3TQB A; 4M6L A; 2A8N A; 4X5F A; 5M59 B; 1DHF A; 1OX7 A; 1DG8 A; 1RG7 A; 4P9E A; 3CSE A; 2CD2 A; 4HOF A; 4EG2 A; 3DL6 A; 4QI9 A; 2D0K A; 4O8Y A; 1VJ3 A; 2C2S A; 4KAK A; 2C2T A; 3IA5 A; 3RZV A; 1IA1 A; 3E0B A; 1DG5 A; 3R33 A; 3SH2 A; 1KLK A; 1PD8 A; 4O8X A; 3SR5 X; 1DR2 A; 1DHJ A; 3TQ8 A; 5HSR A; 2B1G A; 1RX8 A; 1RX1 A; 3FQC A; 3FL9 A; 4KM2 A; 2O95 A; 3DMO A; 2O3K A; 1M9N A; 1IA3 A; 2IU3 A; 4KJK A; 5HVE A; 3IRN A; 1J3J A; 3SBG A; 1RX9 A; 4RGC A; 5HT5 A; 1HFR A; 1U71 A; 5EAJ A; 2Z3J A; 4OWP A; 1JOM A; 1WKQ A; 3NXO A; 3JSU A; 2FR5 A; 1R5X A; 3I3R A; 1RH3 A; 3E1U A; 3IX9 A; 4X5J A; 2G84 A; 3SA2 A; 3NZ9 X; 2CIG A; 4Q0E A; 4O8Y B; 1DYR A; 4XEC X; 3HBB A; 5HF2 X; 2FZH A; 2W9T A; 3EX8 A; 3EEL A; 2G6V A; 3RZU A; 4ILG C; 1AO8 A; 4F3W A; 4KY4 A; 4O8X B; 3L3R A; 5HPB A; 4KEB A; 3G8Q A; 1AOE A; 3QLR A; 4X5H A; 1LY3 A; 1YSB A; 1KMS A; 3Q1H A; 4HRQ A; 3GHW A; 2OBC A; 3JWF A; 4XT5 A; 2AZN A; 4OCN A; 4EJ1 A; 3CD2 A; 3LG4 A; 2DRC A; 2H2Q A; 1R5T A; 2Z3I A; 5JG0 X; 2BLC A; 1IA4 A; 1PD9 A; 8DFR A; 4PQT A; 4LC5 A; 3KJR A; 3R2N A; 5HI6 A; 1UX1 A; 1M79 A; 3IA4 A; 3OAF A; 1DRE A; 5DCA J; 5FDA A; 4LAG X; 3NXY A; 1SEJ A; 3RG9 A; 1UWZ A; 3NXR A; 2NX8 A; 4XT6 A; 3QLZ A; 5U27 A; 2FZI A; 1OZ0 A; 5CW6 A; 1P6O A; 1VK9 A; 1AF2 A; 2ANO A; 3S3V A; 2Z3G A; 4KJL A; 2BLA A; 4OCN B; 1VDR A; 4ELG A; 1DDR A; 4H98 A; 3I8A X; 5HT4 A; 1AI9 A; 1RX4 A; 3JWC A; 1U70 A; 3F0V X; 3B8F A; 1DR1 A; 1UX0 A; 2KCQ A; 3F0Q X; 2B3Z A; 2OG4 A; 4P9C A; 3NZC X; 3QLS A; 1DR6 A; 4P3R A; 5CCC A; 1BOZ A; 4PSY A; 1JOL A; 3INV A; 4GGM X; 1CTU A; 1S3U A; 3S9U A; 4LD2 A; 5HQZ A; 7DFR A; 1HFP A; 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