The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
349
|
structure length |
349
|
Chain Sequence |
VIEKRATCSNGKTVGDASCCAWFDVLDDIQQNLFHGGQCGAEAHESIRLVFHDSIAISPAMEAQGKFGGGGADGSIMIFDDIETAFHPNIGLDEIVKLQKPFVQKHGVTPGDFIAFAGAVALSNCPGAPQMNFFTGRAPATQPAPDGLVPEPFHTVDQIINRVNDAGEFDELELVWMLSAHSVAAVNDVDPTVQGLPFDSTPGIFDSQFFVETQLRGTAFPGSGGNQGEVESPLPGEIRIQSDHTIARDSRTACEWQSFVNNQSKLVDDFQFIFLALTQLGQDPNAMTDCSDVIPQSKPIPGNLPFSFFPAGKTIKDVEQACAETPFPTLTTLPGPETSVQRIPPPPGA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of pristine and oxidatively processed lignin peroxidase expressed in Escherichia coli and of the W171F variant that eliminates the redox active tryptophan 171. Implications for the reaction mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Phanerochaete chrysosporium
|
| molecule keywords |
PROTEIN (LIGNIN PEROXIDASE)
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| total genus |
113
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| structure length |
349
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| sequence length |
349
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
1.11.1.14: Lignin peroxidase. |
| pdb deposition date | 1999-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00141 | peroxidase | Peroxidase |
| A | PF11895 | Peroxidase_ext | Fungal peroxidase extension region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JDR A; 4CZR A; 5SYK A; 5EJX A; 1CCA A; 4NVO B; 2AS3 A; 2Y6A A; 4JM5 A; 5KQI A; 1HSR A; 4XV6 A; 1AEO A; 1LYC A; 5SX0 B; 1SOG A; 4NVD A; 1CCP A; 5CCP A; 3VLL A; 4CZN A; 4NVK B; 2VCN A; 7ATJ A; 1MK8 A; 1BEJ A; 1DS4 A; 5AL9 A; 1CCK A; 1CCG A; 2XI6 A; 2XIL A; 1CMU A; 5SW6 A; 4NVJ B; 1AEN A; 5SXR A; 4BM3 A; 4BM2 A; 2EUP A; 5ABQ A; 2AS1 A; 2CCP A; 2ATJ A; 1B82 A; 5CIG A; 4JMW A; 1H5I A; 2JTI A; 2V2E A; 4JMV A; 5KSF A; 3M27 A; 4USC A; 1H5J A; 2GGN X; 4JMA A; 1YYD A; 1MNP A; 1H57 A; 5CIF A; 3VLI A; 4XVA A; 1AEK A; 1OAF A; 5KQ0 A; 2EUS A; 2B10 A; 1SJ2 A; 1BES A; 3M29 A; 1H5E A; 2W23 A; 3RIV A; 1QPA A; 5L86 A; 2AS2 A; 3FM1 A; 3FJW A; 5SX3 A; 5CIB A; 4BLZ A; 5SXS A; 2RBV X; 1ITK A; 5JHX A; 1CMP A; 2GHD X; 5AMM A; 5CID A; 1ARU A; 1PA2 A; 2B0Z A; 5SX0 A; 5SYU A; 1H5C A; 1LY9 A; 1U75 A; 5ABO A; 5KQ2 A; 3M2E A; 1ATJ A; 1KRJ A; 4BM0 A; 1AEU A; 2GHE X; 4CZP A; 5CIE A; 4NVM B; 1ARY A; 1MN2 A; 4JQN A; 2BOQ A; 2EUN A; 2B12 A; 1H3J A; 4BLN A; 3M2I A; 4BLY A; 3R99 A; 2RC0 X; 2CEP A; 2VNX X; 3FM6 A; 3FKG A; 1AA4 A; 2ANZ A; 5KQK A; 1DSE A; 4JB4 A; 4BM1 A; 5SX1 A; 1AEQ A; 5SXT A; 1DSO A; 1LY8 A; 1KZM A; 4A6Z A; 4JPU A; 1APX A; 1KOK A; 2AS4 A; 2GB8 A; 3M2H A; 4JM9 A; 5ALA A; 1BEK A; 4JN0 A; 2RBY X; 3M8M A; 5D6M A; 5CIH A; 1BEQ A; 2BCN A; 1YZP A; 1FHF A; 5KSK A; 3M2D A; 1AES A; 3X16 A; 1QO4 A; 4JMZ A; 1CCL A; 1AED A; 1CPF A; 4NVF A; 2E39 A; 2VCS A; 5SX2 A; 1AEV A; 2X08 A; 1AEH A; 1CPG A; 2WD4 A; 4NVC A; 1ZBY A; 1BGP A; 1GWT A; 1DSP A; 1CMQ A; 1H5H A; 1A2G A; 4OQ7 A; 4XV7 A; 5KQ3 A; 5CIC A; 2IA8 A; 2RBU X; 1OAG A; 4BM4 A; 3VLK A; 1JCI A; 6ATJ A; 2CYP A; 3EXB A; 5SW4 A; 1ARW A; 4P4Q A; 2AQD A; 1SBM A; 1RYC A; 4NVI B; 3FMU A; 5KQ6 A; 1LGA A; 3M2C A; 1LYK A; 2VO2 X; 4CCP A; 1W4Y A; 1EBE A; 3UT2 A; 5SX6 A; 3CCP A; 2VKA A; 5SYH A; 3ZCH A; 1GW2 A; 2Y5A A; 4CUO A; 4JMT A; 2RBZ X; 2EUQ A; 2PCB A; 1U2J A; 3M2B A; 1CYF A; 5SYJ A; 3VLH A; 3M2F A; 1YYG A; 4XV5 A; 4NVL A; 6CCP A; 1ARX A; 4ATJ A; 2CCA A; 4NVH B; 5KQH A; 4A5G A; 1ARV A; 1B80 A; 5SYX A; 2GHK X; 1AEG A; 1AC4 A; 1CCE A; 1GZB A; 4JM6 A; 2XJ6 A; 1GX2 A; 5SYV A; 1A2F A; 4NVG B; 5SXQ A; 1CCI A; 3CCX A; 3Q3U A; 5SYY A; 4FCN A; 5ABN A; 2GHH X; 3M28 A; 1LLP A; 3HDL A; 2VNZ X; 1CCJ A; 5JHZ A; 1GZA A; 2E3B A; 5SYI A; 4JM8 A; 1V0H X; 5JPR A; 3M5Q A; 5JQR A; 5AOG A; 4BLK A; 4JPT A; 3WNU A; 2GHC X; 5SYL A; 3ZCY A; 4GED A; 2CCD A; 2N18 A; 1AEE A; 1CPE A; 2RBW X; 1CCC A; 1C8I A; 2E3A A; 1CPD A; 1H5A A; 4CZQ A; 4CZO A; 4G05 A; 5CJH A; 5SXW A; 1IYN A; 2EUU A; 4JPL A; 5EJT A; 4JMB A; 1ARP A; 3E2O A; 2EUT A; 5L02 A; 4C51 A; 1STQ A; 2YCG A; 1AEB A; 1BJ9 A; 7CCP A; 3VLJ A; 1MKQ A; 4A71 A; 1DJ5 A; 4JQK A; 1AEM A; 5SYW A; 1KXM A; 3M2A A; 2B11 A; 4NFG A; 1H5F A; 4BLX A; 3ZCG A; 2ICV A; 2RBX X; 1GWU A; 2YLJ A; 1AEF A; 1H5G A; 2EUO A; 1SDQ A; 2CL4 X; 4BLL A; 1BVA A; 1H58 A; 1YZR A; 5FNE A; 4JQJ A; 2XIF A; 4A78 A; 2RC2 X; 4NVA A; 4NVN B; 1AET A; 2VCF X; 3M26 A; 5SXX A; 1H5D A; 1H5K A; 1SCH A; 1CK6 A; 4XV8 A; 4NVB A; 1H5M A; 2XIH A; 3ATJ A; 1AC8 A; 1KXN A; 1HCH A; 4JMS A; 1GWO A; 1S73 A; 1S6V A; 4C50 A; 5SW5 A; 1QGJ A; 1DSG A; 4FCS A; 3M23 A; 1Z53 A; 4CVJ A; 5L05 A; 4A7M A; 4FEF A; 3WXO A; 3R98 A; 4CVI A; 2EUR A; 1BEP A; 2XJ8 A; 4XV4 A; 3M2G A; 3FM4 A; 1UB2 A; 1DJ1 A; 1H55 A; 3M25 A; 1H5L A; 3VLM A; 1CMT A; 2RBT X; 2RC1 X; 1ZBZ A; 3UW8 A; 1U2L A; 3E2N A; 5SX7 A; 5JHY A; 2X07 A; 2XJ5 A; 1ML2 A; 1W4W A; 1BEM A; 1CCB A; 1U74 A; 4PAE A; 1MKR A; 1B85 A; 2V23 A; 3RRW A; 5FNB A; 4CCX A; 4JQM A; 4FDQ A; 1AEJ A; 1U2K A; 1DCC A; 2AS6 A; 2PCC A; 4NVE A; 2Y6B A; 1MN1 A; 3RIW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JDR A; 4CZR A; 5SYK A; 5EJX A; 1CCA A; 4NVO B; 2AS3 A; 2Y6A A; 4JM5 A; 5KQI A; 1HSR A; 4XV6 A; 1AEO A; 1LYC A; 5SX0 B; 1SOG A; 4NVD A; 1CCP A; 5CCP A; 3VLL A; 4CZN A; 4NVK B; 2VCN A; 7ATJ A; 1MK8 A; 1BEJ A; 2ZCA A; 1DS4 A; 5AL9 A; 1CCK A; 1CCG A; 2XI6 A; 2XIL A; 1CMU A; 2WSS S; 5SW6 A; 4NVJ B; 1AEN A; 5SXR A; 4BM3 A; 4BM2 A; 2EUP A; 5ABQ A; 2AS1 A; 2CCP A; 2ATJ A; 1B82 A; 5CIG A; 4JMW A; 1H5I A; 2JTI A; 2V2E A; 4JMV A; 5KSF A; 3M27 A; 4USC A; 1H5J A; 2GGN X; 4JMA A; 1YYD A; 1MNP A; 1H57 A; 5CIF A; 3VLI A; 4XVA A; 1AEK A; 1OAF A; 5KQ0 A; 2EUS A; 2B10 A; 1SJ2 A; 1BES A; 3M29 A; 1H5E A; 2W23 A; 3RIV A; 1QPA A; 5L86 A; 2AS2 A; 3FM1 A; 5H9F B; 3FJW A; 5SX3 A; 4H79 A; 5CIB A; 4BLZ A; 5SXS A; 2RBV X; 1ITK A; 5JHX A; 1CMP A; 2GHD X; 5AMM A; 4H7A A; 5CID A; 1ARU A; 1PA2 A; 2B0Z A; 5SX0 A; 5SYU A; 1H5C A; 1LY9 A; 1U75 A; 5ABO A; 5KQ2 A; 3M2E A; 1ATJ A; 1KRJ A; 4BM0 A; 2BO5 A; 1AEU A; 2GHE X; 4CZP A; 5CIE A; 4NVM B; 1ARY A; 1MN2 A; 4JQN A; 2BOQ A; 2EUN A; 2B12 A; 1H3J A; 4BLN A; 3M2I A; 4BLY A; 3R99 A; 2RC0 X; 2CEP A; 2VNX X; 3FM6 A; 3FKG A; 2OEB A; 1AA4 A; 2ANZ A; 5KQK A; 1DSE A; 4JB4 A; 4BM1 A; 5SX1 A; 1AEQ A; 2JMX A; 5SXT A; 1DSO A; 1LY8 A; 1KZM A; 4A6Z A; 4JPU A; 1APX A; 1KOK A; 2AS4 A; 2GB8 A; 3M2H A; 4JM9 A; 5ALA A; 1BEK A; 4JN0 A; 2RBY X; 3M8M A; 5D6M A; 5CIH A; 1BEQ A; 2BCN A; 1YZP A; 1FHF A; 5KSK A; 3M2D A; 1AES A; 3X16 A; 1QO4 A; 4JMZ A; 1CCL A; 1AED A; 1CPF A; 4NVF A; 2E39 A; 2VCS A; 5SX2 A; 2ZOP A; 1AEV A; 2X08 A; 1AEH A; 1CPG A; 2WD4 A; 4NVC A; 1ZBY A; 1BGP A; 1GWT A; 1DSP A; 1CMQ A; 1H5H A; 1A2G A; 4OQ7 A; 4XV7 A; 5KQ3 A; 5CIC A; 2IA8 A; 2RBU X; 1OAG A; 4BM4 A; 2A7U B; 3VLK A; 1JCI A; 6ATJ A; 2CYP A; 3EXB A; 5SW4 A; 1ARW A; 4P4Q A; 2AQD A; 1SBM A; 1RYC A; 4NVI B; 3FMU A; 5KQ6 A; 1LGA A; 3M2C A; 1LYK A; 2VO2 X; 4CCP A; 1W4Y A; 1EBE A; 3UT2 A; 5SX6 A; 3CCP A; 2VKA A; 5SYH A; 3ZCH A; 1GW2 A; 2Y5A A; 4CUO A; 4JMT A; 2RBZ X; 2EUQ A; 2PCB A; 1U2J A; 3M2B A; 1CYF A; 5SYJ A; 3VLH A; 3M2F A; 1YYG A; 4XV5 A; 4NVL A; 6CCP A; 1ARX A; 4ATJ A; 2CCA A; 4NVH B; 5KQH A; 4A5G A; 1ARV A; 1B80 A; 5SYX A; 2GHK X; 1AEG A; 1AC4 A; 1CCE A; 1GZB A; 4JM6 A; 2XJ6 A; 1GX2 A; 5SYV A; 1A2F A; 4NVG B; 5SXQ A; 1CCI A; 3CCX A; 3Q3U A; 5SYY A; 4FCN A; 5CD4 J; 5ABN A; 2GHH X; 3M28 A; 1LLP A; 3HDL A; 2VNZ X; 1CCJ A; 5JHZ A; 1GZA A; 2E3B A; 5SYI A; 4JM8 A; 1V0H X; 5JPR A; 3M5Q A; 3X1L F; 5JQR A; 5AOG A; 4BLK A; 4JPT A; 3WNU A; 2GHC X; 5SYL A; 3ZCY A; 4GED A; 2CCD A; 2N18 A; 1AEE A; 1CPE A; 2RBW X; 1CCC A; 1C8I A; 2E3A A; 1CPD A; 1H5A A; 4CZQ A; 4CZO A; 4G05 A; 5CJH A; 5SXW A; 1IYN A; 2EUU A; 4JPL A; 5EJT A; 4JMB A; 4JZA A; 1ARP A; 3E2O A; 2EUT A; 5L02 A; 4C51 A; 1STQ A; 2YCG A; 1AEB A; 1BJ9 A; 7CCP A; 3VLJ A; 1MKQ A; 4A71 A; 1DJ5 A; 4JQK A; 1AEM A; 5SYW A; 1KXM A; 3M2A A; 2B11 A; 3WA8 A; 4NFG A; 1H5F A; 4BLX A; 3ZCG A; 2ICV A; 2RBX X; 1GWU A; 2YLJ A; 1AEF A; 4U7U B; 1H5G A; 2EUO A; 1SDQ A; 2CL4 X; 4BLL A; 1BVA A; 1H58 A; 1YZR A; 5FNE A; 4JQJ A; 2XIF A; 4A78 A; 2RC2 X; 4NVA A; 4NVN B; 1AET A; 2VCF X; 3M26 A; 1ABV A; 5SXX A; 1H5D A; 1H5K A; 1SCH A; 1CK6 A; 4XV8 A; 4NVB A; 1H5M A; 2XIH A; 3ATJ A; 1AC8 A; 1KXN A; 1HCH A; 4JMS A; 4QYZ B; 1GWO A; 1S73 A; 1S6V A; 4C50 A; 5SW5 A; 1QGJ A; 1DSG A; 4FCS A; 5H9E B; 3M23 A; 1Z53 A; 4CVJ A; 5L05 A; 4A7M A; 4FEF A; 3WXO A; 4GKF A; 3R98 A; 4CVI A; 2EUR A; 1BEP A; 2XJ8 A; 4XV4 A; 3M2G A; 3FM4 A; 1UB2 A; 1DJ1 A; 1H55 A; 3M25 A; 1H5L A; 3VLM A; 1CMT A; 2RBT X; 2RC1 X; 1ZBZ A; 3UW8 A; 1U2L A; 3E2N A; 5SX7 A; 5JHY A; 2X07 A; 2XJ5 A; 1ML2 A; 1W4W A; 1BEM A; 1CCB A; 1U74 A; 4PAE A; 1MKR A; 1B85 A; 2V23 A; 3RRW A; 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