The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
255
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structure length |
255
|
Chain Sequence |
LNQRRQRSEFQSKIKILLSTTIKAKPELVPSLLKLALNDAMTYDKATKSGGANGSIRFSSELSRAENEGLSDGLSLIEEVKKEIDSISKGGPISYADIIQLAGQSAVKFTYLASAIRKCGGNEEKGNLLYTAYGSAGQWGLFDRNFGRSDATEADPEGRVPQWGKATVQEMKDKFIAVGLGPRQLAVMSAFLGPDQAATEQLLATDPQVAPWVQKYQRSRETVSQTDYEVDLITAFTKLSCLGQQINFEAYTYPV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the TL29 protein from Arabidopsis thaliana: An APX homolog without peroxidase activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Plant protein
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
|
| molecule keywords |
Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
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| total genus |
96
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| structure length |
255
|
| sequence length |
255
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00141 | peroxidase | Peroxidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UB2 A; 4FEF A; 5CIC A; 3FM1 A; 4NVN B; 5SYX A; 1AC8 A; 1CPF A; 3FM4 A; 2RBW X; 1CCC A; 2PCB A; 3UW8 A; 4JPL A; 2VCS A; 1MK8 A; 1BES A; 5KQH A; 1DSG A; 2EUR A; 1FHF A; 1AEB A; 4CCX A; 4JMT A; 2YCG A; 1AC4 A; 2AS3 A; 3ATJ A; 4NVB A; 3Q3U A; 1KZM A; 5EJX A; 2CEP A; 1H5H A; 4BLX A; 2BOQ A; 1H57 A; 1CCE A; 5SYY A; 3M29 A; 1RYC A; 5CIE A; 3E2N A; 2Y5A A; 4CCP A; 1CMU A; 2EUU A; 3M8M A; 2B11 A; 3FKG A; 2XIL A; 5D6M A; 4FCN A; 4NVH B; 5SYK A; 2EUP A; 2AS1 A; 5JPR A; 1A2G A; 5KSK A; 1QO4 A; 3UT2 A; 1GWU A; 1KOK A; 5CCP A; 5CID A; 1H5I A; 4NVG B; 2XJ6 A; 1ARP A; 2WD4 A; 5SX3 A; 1H3J A; 3E2O A; 5KQ6 A; 5SW4 A; 2EUS A; 1ML2 A; 1U74 A; 3M5Q A; 5CIB A; 4A5G A; 1LYK A; 2GHC X; 3M2A A; 3X16 A; 4XV5 A; 3VLJ A; 1GZA A; 2V23 A; 1LYC A; 3EXB A; 2GHE X; 5KQI A; 1C8I A; 1GWO A; 2E3B A; 3FJW A; 3M2G A; 5ABN A; 6ATJ A; 1MKR A; 3FM6 A; 3M2H A; 5JQR A; 4USC A; 3VLL A; 1AEJ A; 4FCS A; 1EBE A; 1GW2 A; 4JQM A; 3ZCH A; 4JM5 A; 2CCP A; 4NFG A; 4A71 A; 2B12 A; 1ARX A; 1ZBZ A; 2VKA A; 1LY9 A; 4XV7 A; 1H5A A; 1S6V A; 3FMU A; 4GED A; 2ICV A; 5SX6 A; 5SYU A; 1AEU A; 1AES A; 3M27 A; 5KQK A; 1A2F A; 1SJ2 A; 1B80 A; 4CVI A; 3M2I A; 1CPE A; 1GZB A; 4JPU A; 1CMT A; 1AEN A; 2EUT A; 5AOG A; 2XIH A; 2VCN A; 1QGJ A; 2XJ5 A; 1H5D A; 2E3A A; 2RBU X; 3HDL A; 5SX0 A; 1MN1 A; 3M2F A; 5CJH A; 1CPG A; 7CCP A; 3WXO A; 2W23 A; 1CMQ A; 5SW5 A; 4NVD A; 2VO2 X; 4JPT A; 4BLZ A; 3M28 A; 2ATJ A; 3M2E A; 2V2E A; 1YYG A; 1CCP A; 1CPD A; 1IYN A; 1H5G A; 5SXX A; 2RBT X; 2AQD A; 5FNB A; 3RIW A; 5SYH A; 2JTI A; 2E39 A; 1DSE A; 1AEH A; 1JCI A; 1LLP A; 3M23 A; 4BM2 A; 1H55 A; 2AS4 A; 4A7M A; 4NVO B; 3M2B A; 5AMM A; 2RBV X; 4PAE A; 5L02 A; 2RBZ X; 5SX7 A; 1AA4 A; 3VLM A; 4JMW A; 4JN0 A; 5EJT A; 1PA2 A; 2RBY X; 3R98 A; 5SYW A; 5L05 A; 2GHK X; 4NVE A; 2X07 A; 1U2J A; 3M2D A; 2PCC A; 1Z53 A; 1AEO A; 4NVA A; 5SYV A; 2EUN A; 2VCF X; 1HCH A; 1LGA A; 4JM8 A; 1YZP A; 1H5E A; 7ATJ A; 1DSO A; 1CCK A; 1H5F A; 1DCC A; 5SXW A; 2CL4 X; 1BEP A; 1CCJ A; 4CZP A; 1GWT A; 1KXM A; 1ATJ A; 2RC2 X; 5KQ3 A; 4A78 A; 4BLN A; 1ARY A; 1QPA A; 4C51 A; 1CMP A; 1BEJ A; 2B10 A; 3M2C A; 1H5M A; 4CZN A; 4CZO A; 5KSF A; 4NVI B; 1JDR A; 3VLK A; 2EUO A; 4JQK A; 5SW6 A; 2RC0 X; 3ZCG A; 1HSR A; 1BEK A; 1U2K A; 4CVJ A; 1MKQ A; 2ANZ A; 1CYF A; 5SXR A; 1CCG A; 4XV4 A; 2Y6A A; 4BM3 A; 3CCX A; 1W4W A; 1SOG A; 2CCD A; 5SXQ A; 4BLK A; 2XI6 A; 2B0Z A; 4C50 A; 1H58 A; 1S73 A; 1AEE A; 4JMV A; 5L86 A; 5SXS A; 4NVJ B; 1AED A; 1DJ5 A; 1ITK A; 1CCI A; 1AEM A; 4JB4 A; 4BM1 A; 1W4Y A; 4CUO A; 4NVL A; 4NVK B; 3WNU A; 1APX A; 3M26 A; 5SXT A; 1DS4 A; 3CCP A; 4A6Z A; 2YLJ A; 4BLL A; 2N18 A; 5SYL A; 1U75 A; 1YZR A; 1ZBY A; 4G05 A; 5KQ2 A; 5SX0 B; 1SBM A; 1H5C A; 2XJ8 A; 1H5L A; 1CCA A; 2GHD X; 2X08 A; 2CYP A; 1ARW A; 1MN2 A; 2IA8 A; 1DJ1 A; 4JMB A; 1B82 A; 5CIF A; 4BLY A; 1AEG A; 2GHH X; 3RIV A; 2EUQ A; 1AEQ A; 5AL9 A; 5CIG A; 4BM0 A; 1CCL A; 5SYI A; 5JHY A; 3M25 A; 5CIH A; 2GB8 A; 4NVC A; 1BJ9 A; 1BGP A; 1H5K A; 1B85 A; 1AEV A; 1U2L A; 1BEQ A; 5JHZ A; 5SX2 A; 1CK6 A; 3R99 A; 2RBX X; 5ABO A; 4FDQ A; 1OAG A; 1ARU A; 4CZQ A; 6CCP A; 4JQN A; 1AEF A; 2XIF A; 1AEK A; 1BVA A; 2AS6 A; 4OQ7 A; 3ZCY A; 5JHX A; 4JMA A; 1H5J A; 5FNE A; 5ABQ A; 3VLI A; 1V0H X; 3VLH A; 1STQ A; 1OAF A; 4P4Q A; 1YYD A; 2Y6B A; 3RRW A; 1KXN A; 2VNX X; 4CZR A; 1ARV A; 1LY8 A; 4JMS A; 4NVM B; 2VNZ X; 1BEM A; 4JMZ A; 1CCB A; 4BM4 A; 4NVF A; 5SYJ A; 1DSP A; 1SCH A; 4XV8 A; 2GGN X; 1KRJ A; 1SDQ A; 4XVA A; 5ALA A; 4JQJ A; 2AS2 A; 4ATJ A; 1AET A; 1MNP A; 2RC1 X; 4JM9 A; 2CCA A; 2BCN A; 5KQ0 A; 5SX1 A; 4XV6 A; 4JM6 A; 1GX2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MBQ A; 4DV1 T; 3QB5 K; 4FEF A; 2YOE A; 4IL9 A; 3FM1 A; 4NVN B; 5LJM A; 1AC8 A; 3EDV A; 4DR3 T; 1H7C A; 4U7I A; 2XY8 B; 2D2S A; 1CCC A; 2K48 A; 3UUM A; 5H9E B; 5AQT B; 3J9X 1; 4JPL A; 4FJO A; 1BES A; 1MNE A; 4X1I E; 2EUR A; 4ILU A; 2WM9 A; 4TUY E; 2V5C A; 4CCX A; 2J47 A; 1AC4 A; 2AS3 A; 3LBX A; 4ILA A; 1KFY A; 2DL1 A; 1KZM A; 2DWG A; 4ILC A; 3RH3 A; 2ZOP A; 1N33 T; 3NZP A; 1RYC A; 3E2N A; 4AXP A; 4JI6 T; 2BVM A; 4DR2 T; 2LEH A; 2A2F X; 4UV9 B; 1MND A; 2EUP A; 4DV2 T; 5JPR A; 5JR9 C; 1VRB A; 5GON E; 2CA5 A; 3UT2 A; 2WDR A; 4UIG A; 2V7I A; 3CQC B; 4KI0 F; 5FY1 A; 2M67 A; 1KOK A; 1T72 A; 5LNK A; 4NVG B; 3AE7 A; 2XJ6 A; 1ARP A; 5IHY A; 4LML A; 3N9M A; 3E2O A; 4JYA T; 1ML2 A; 1U74 A; 3SWH A; 1QSD A; 3ZYM A; 4JEH B; 3X16 A; 4AI6 A; 1CUN A; 1IBM T; 2V23 A; 2I59 A; 1T7S A; 1O3X A; 4KBM B; 2YDR A; 3I9Y A; 2OV9 A; 3ZEF B; 5L3E B; 5ABN A; 6ATJ A; 5L3B B; 3M2H A; 4IT4 A; 4UEL A; 4YTM A; 2IML A; 1EBE A; 1FMW A; 1YQ3 A; 3Q5E A; 4YFS A; 2MOZ A; 5LGU B; 2BDE A; 2B12 A; 5FL1 A; 2VKA A; 1SHZ C; 4YJ2 E; 4NXN T; 3L39 A; 4C91 A; 1N34 T; 2UXD T; 1FEW A; 1IAP A; 3UU5 A; 3FBL A; 4ILB A; 4YTN A; 5SYU A; 1BR4 A; 1AEU A; 1AES A; 5ABE A; 3HI2 A; 1SJ2 A; 3M2I A; 3HL6 A; 1CMT A; 3LDQ B; 4X5T A; 3UT5 E; 1I6Z A; 3AA6 B; 4BJM A; 4AKI A; 3PUR A; 1H5D A; 3UQ7 A; 5JH7 E; 3P50 A; 3SRZ A; 2JMH A; 5LGT B; 1UK5 A; 1NWM X; 1CPG A; 4NVD A; 2Q9Q C; 2W4X A; 3MKD A; 5KXJ A; 2V2E A; 4CI2 B; 2WDV A; 3DTO A; 3AEE A; 4PJM A; 1H5G A; 4PFO A; 2AQD A; 5BMV E; 3RIW A; 2E39 A; 2C5J A; 4AKR B; 2PFV A; 2WZH A; 1HTJ F; 2CHO A; 2J62 A; 3M23 A; 4DR7 T; 2UXB T; 2IHR 1; 3M2B A; 1D1A A; 2RBV X; 4PAE A; 4H63 H; 2A72 A; 4YHH T; 3OKQ A; 2AXD S; 5SX7 A; 3Q5W A; 4G63 A; 3FXD B; 2WSS S; 4CI1 B; 4GK5 E; 3JAF A; 3P7I A; 4HEA A; 2A7U B; 2WU2 A; 2WBL A; 5KX5 E; 4NVE A; 3CX6 B; 2ZCA A; 1U2J A; 2LSK A; 4P09 A; 3FZL B; 4ASK A; 3A8Y C; 1XMO T; 3KV5 A; 4NUU A; 7ATJ A; 1H5E A; 1DSO A; 1CCK A; 4HWI B; 5L3D B; 4DV4 T; 5SXW A; 2NTY A; 3PUW F; 2KWI B; 1GWT A; 1KXM A; 1WRD A; 2XZE A; 4BLN A; 1FJG T; 2K3W A; 4KX6 A; 2E5L T; 3M2C A; 3AEC A; 1L0V A; 1H5M A; 4WNK A; 4NVI B; 1B7T A; 4WYV A; 2JJ9 A; 3VLK A; 4JQK A; 4GYR A; 3TLW A; 2LT3 A; 3ZCG A; 3ETU A; 4DR6 T; 4CI3 B; 1CYF A; 4H79 A; 2D9D A; 3N9Q A; 4UXN B; 1CCG A; 1VCT A; 5FXW A; 2WMO A; 3EI0 A; 3CCX A; 2BS3 A; 1W4W A; 2BBJ A; 2HPJ A; 5J0Z A; 4LMK A; 1BR2 A; 4C50 A; 3PU8 A; 4PJJ A; 1H58 A; 2H7O A; 4O8S A; 4JBW F; 2CMR A; 3L8R A; 3RI5 A; 4CN6 A; 1ITK A; 3P4R A; 4PW8 A; 4O4I E; 3O1H A; 4ZI2 C; 5JR9 A; 1US7 B; 4JB4 A; 4DR1 T; 2RPA A; 3F31 A; 3AVR A; 5LHG B; 4CUO A; 2J1D G; 2WU5 A; 1HG5 A; 5DAB A; 4AQF C; 3LG7 A; 1DS4 A; 4YJ3 E; 5JDF A; 2XSA A; 2YN6 A; 2N18 A; 2CHN A; 3WAJ A; 4MHC A; 1YW0 A; 1H5L A; 3ZT7 A; 1QUU A; 2H7V C; 3ZPO A; 5LOV E; 3P8C D; 4JLE A; 1DJ1 A; 4YSZ A; 2C0S A; 5AQJ B; 5AQO B; 1U5P A; 4C90 A; 3GA8 A; 5L47 A; 4QH4 A; 4LFA T; 1CCL A; 5SYI A; 4HFI A; 2JQQ A; 4U74 A; 3WA8 A; 5CIH A; 3KVB A; 2GB8 A; 3PU3 A; 2YK0 A; 5AQF B; 5JDN A; 1H5K A; 3HR0 A; 2VQE T; 3ABV A; 3PDY A; 3NRX A; 5SX2 A; 4ADZ A; 2Y8D A; 2OLT A; 3C64 A; 3AE2 A; 5J1G A; 2RBX X; 5ABO A; 3C4Z A; 4KHZ F; 1OWA A; 5AQM B; 4CXW A; 2V7K A; 3K8P C; 2UUA T; 1D1B A; 4IE0 A; 4YLH A; 4IGU A; 4DMV A; 2E8I A; 2FJB A; 4AKG A; 3VKG A; 3RYC E; 3CWZ B; 3KDS E; 4JV5 T; 4L5G A; 3JCF A; 5ADX L; 5H9F B; 1G73 A; 2CXL A; 1HNZ T; 5FNE A; 1XNR T; 3CKD A; 5ABQ A; 3FZM B; 5FXX A; 2BKN A; 3GN5 B; 4P4Q A; 4Z91 A; 3PE0 A; 5HWX A; 1D0Y A; 2VNX X; 2XAS B; 4EOZ B; 1ZHC A; 1SA0 E; 2H89 A; 4JMS A; 1KNZ A; 3E0Z A; 2JQ9 A; 2XPK A; 4TV8 E; 5L3F B; 1LKX A; 1W09 A; 3ONX A; 3ZYL A; 3FXE B; 4NUV A; 4BM4 A; 5AQR B; 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3BK9 A; 3C98 B; 5HWY A; 5LG4 A; 1IJ6 A; 3EXB A; 2MYS A; 5HEG A; 5LCY A; 1G8X A; 5HCM A; 3BQK A; 5KQI A; 1C8I A; 3X1L F; 2E3B A; 3FJW A; 4B6X A; 3ETV A; 1MKR A; 3FM6 A; 4QXB B; 3RX6 A; 2HHH T; 4H9R C; 2YIN A; 4MAL A; 1VOM A; 4AIS A; 4P1N A; 3ZST A; 1GW2 A; 1YD8 G; 2V6X A; 3ZCH A; 5AQU B; 4JM5 A; 4IE6 A; 4NFG A; 4BAY B; 3PJA J; 4AQF A; 1LY9 A; 3ZLI A; 3ANW B; 4LMJ A; 3B57 A; 4ANJ A; 4N78 D; 3PUY F; 3LFM A; 1J5W A; 5JDG A; 1XMQ T; 3C4W A; 4OHF A; 4PK5 A; 5KQK A; 3KIN B; 1WR0 A; 5HXC A; 1B80 A; 2QA7 A; 2W61 A; 4CVI A; 1CPE A; 4JPU A; 5ABH A; 4NIQ A; 5AOG A; 2XIH A; 2VCN A; 2G0U A; 1SE7 A; 3QNU A; 4TWH A; 4X1K E; 4HWD A; 2K9A A; 4OFZ A; 2CBJ A; 3EAB A; 5SX0 A; 1MN1 A; 3K3N A; 5J2T E; 1WYB A; 2DHR A; 2VVN A; 5CJH A; 7CCP A; 3KV6 A; 2OEB A; 3WXO A; 2KT9 A; 3PJA A; 1CMQ A; 4UF0 A; 4JI7 T; 4BLZ A; 3M2E A; 1YKH B; 2LLY A; 2XM1 A; 2V5D A; 3K3O A; 3V5S A; 2X67 A; 1CPD A; 1IYN A; 4UR9 A; 1OED C; 2V1D B; 4P0A A; 5SXX A; 4ZI2 D; 5FNB A; 3UFG A; 2WQY A; 5AQS B; 3LK4 2; 3EHZ A; 3D0T A; 1DSE A; 3IEE A; 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