The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
230
|
sequence length |
714
|
structure length |
703
|
Chain Sequence |
KRPKSNQDWWPSKLNLEILDQNARDVGPVEDDFDYAEEFQKLDLEAVKSDLEELMTSSQDWWPADYGHYGPLFIRMAWHSAGTYRTADGRGGAAGGRQRFAPINSWPDNANLDKARRLLLPIKQKYGQKISWADLMILAGNVAIESMGFKTFGYAGGREDAFEEDKAVNWGPEDEFETQERFDEPGEIQEGLGASVMGLIYVNPEGPDGNPDPEASAKNIRQTFDRMAMNDKETAALIAGGHTFGKVHGADDPEENLGPEPEAAPIEQQGLGWQITAGIEGPWTQSPTEWDMGYINNLLDYEWEPEKGPGGAWQWAPKSEELKNSVPDAHDPDEKQTPMMLTTDIALKRDPDYREVMETFQENPMEFGMNFAKAWYKLTHRDMGPPERFLGPEVPDEEMIWQDPLPDADYDLIGDEEIAELKEEILDSDLSVSQLVKTAWASASTYRDSDKRGGANGARLRLEPQKNWEVNEPEQLETVLGTLENIQTEFNDSRSDGTQVSLADLIVLGGNAAVEQAAANAGYDVEIPFEPGRVDAGPEHTDAPSFDALKPKVDGVRNYIQDDITRPAEEVLVDNADLLNLTASELTALIGGMRSIGANYQDTDLGVFTDEPETLTNDFFVNLLDMGTEWEPAADSEHRYKGLDRDTGEVKWEATRIDLIFGSNDRLRAISEVYGSADAEKKLVHDFVDTWSKVMKLDRFDLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure and Kinetics Studies on Ser305Ala variant of KatG from HALOARCULA MARISMORTUI and its Complexes with Inhibitor SHA
rcsb |
| molecule keywords |
Catalase-peroxidase 2
|
| molecule tags |
Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
|
| source organism |
Haloarcula marismortui
|
| total genus |
230
|
| structure length |
703
|
| sequence length |
714
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
1.11.1.21: Catalase peroxidase. |
| pdb deposition date | 2011-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00141 | peroxidase | Peroxidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4A6Z A; 1QPA A; 1LYC A; 2RC2 X; 3M5Q A; 5ABN A; 2YCG A; 4NVF A; 3RIV A; 1OAF A; 5SW5 A; 2RC0 X; 3M2F A; 3M27 A; 5L05 A; 5ABO A; 1S73 A; 1ML2 A; 5L02 A; 1AED A; 1AEQ A; 2XJ5 A; 1GW2 A; 1SJ2 A; 2B0Z A; 1CPF A; 4JM9 A; 1U75 A; 2VCN A; 1S6V A; 3ATJ A; 1KRJ A; 5SYK A; 5SX2 A; 2RBW X; 1H5G A; 5CIH A; 2B11 A; 3ZCH A; 4CVI A; 3FJW A; 2VCF X; 1KOK A; 2GHH X; 5CIB A; 1CYF A; 1H5F A; 3M2E A; 4CUO A; 5AOG A; 2X08 A; 4JPU A; 1BVA A; 5SX7 A; 4JQM A; 1GZB A; 1ARP A; 1SDQ A; 1Z53 A; 2CCA A; 3CCX A; 1GX2 A; 1AEU A; 2CCP A; 1GWU A; 4BM2 A; 1APX A; 4JMV A; 2E3A A; 1LY9 A; 5AMM A; 1H5K A; 2AQD A; 4JQK A; 1CCK A; 1HSR A; 4BLN A; 2EUP A; 3UW8 A; 4XV8 A; 1B85 A; 1AEH A; 5KQ6 A; 1ARV A; 1KXN A; 1STQ A; 4NVA A; 2XIF A; 3VLM A; 2YLJ A; 5D6M A; 3M26 A; 1AEB A; 1BES A; 1MNP A; 7CCP A; 1CK6 A; 5SX0 B; 1AC4 A; 4XVA A; 4NVI B; 4JB4 A; 4FCS A; 4JMB A; 4XV4 A; 2B10 A; 4USC A; 1H58 A; 1KXM A; 1SOG A; 4JPT A; 1BEM A; 4NVL A; 1DCC A; 3M2G A; 5CJH A; 1EBE A; 1B80 A; 2W23 A; 3FM6 A; 5ABQ A; 4NFG A; 2AS3 A; 1AEK A; 1CCA A; 2RBX X; 1PA2 A; 5KQ3 A; 7ATJ A; 2CCD A; 1H5E A; 2XJ6 A; 2Y6A A; 4NVK B; 5JQR A; 5SW6 A; 4NVE A; 1JCI A; 1IYN A; 3EXB A; 4CZQ A; 5CIF A; 2Y6B A; 1MKQ A; 4CCP A; 4C51 A; 2B12 A; 5CIE A; 5CIG A; 4NVB A; 3E2O A; 1DSG A; 2GHD X; 4JM8 A; 2E3B A; 4NVO B; 5JPR A; 1CMU A; 3M2D A; 3M2A A; 1DSE A; 2WD4 A; 2E39 A; 5SXS A; 1SCH A; 2VNZ X; 1BEJ A; 1CMP A; 1DSO A; 3E2N A; 4BLK A; 3FKG A; 1CMQ A; 4CZN A; 1HCH A; 5EJT A; 2PCB A; 1ARY A; 5EJX A; 2AS2 A; 1ARW A; 2EUT A; 2BCN A; 1BEQ A; 1LYK A; 5JHX A; 2EUN A; 5KSK A; 3VLL A; 1AA4 A; 2AS4 A; 1AEM A; 4P4Q A; 5CID A; 2RC1 X; 5SYV A; 1CPE A; 5KQH A; 4NVM B; 5SXX A; 4BM0 A; 1MK8 A; 5JHZ A; 1ZBY A; 4XV7 A; 4CZR A; 3X16 A; 1ATJ A; 4JPL A; 3M23 A; 5KQI A; 4PAE A; 2VO2 X; 2XIL A; 1CMT A; 2AS6 A; 3M2B A; 1U74 A; 2VKA A; 5SYW A; 1QGJ A; 5KQ0 A; 5ALA A; 5SXW A; 1AES A; 1DS4 A; 3UT2 A; 3WNU A; 1AEJ A; 1H3J A; 4FEF A; 5SXR A; 5SYY A; 1CCI A; 3CCP A; 3R99 A; 4NVG B; 2GGN X; 2JTI A; 3M8M A; 1H5H A; 5SXQ A; 1LY8 A; 2ICV A; 3M2C A; 1H57 A; 2ANZ A; 5SW4 A; 5SXT A; 4OQ7 A; 5KQ2 A; 4FDQ A; 1QO4 A; 4JMW A; 2GHC X; 1GWT A; 3FMU A; 2PCC A; 2RBZ X; 1V0H X; 1DSP A; 1H5J A; 6CCP A; 2RBY X; 4JN0 A; 5SYL A; 4JM5 A; 3FM4 A; 1BGP A; 5SYJ A; 1AEF A; 2CL4 X; 2EUO A; 1ARU A; 4XV6 A; 4CVJ A; 2EUQ A; 1BJ9 A; 1B82 A; 2EUU A; 5SYH A; 4NVD A; 1CCJ A; 4BM1 A; 4XV5 A; 3M2H A; 5FNE A; 1YYD A; 5AL9 A; 2CYP A; 2RBU X; 2XJ8 A; 3VLI A; 5KQK A; 2VCS A; 2XIH A; 2BOQ A; 1AEO A; 2EUR A; 1AEG A; 4NVN B; 4NVH B; 5SYI A; 1UB2 A; 1AEE A; 1A2G A; 1GWO A; 4JM6 A; 4A78 A; 4BM3 A; 4JQJ A; 5L86 A; 4CCX A; 1CCP A; 1YZR A; 2X07 A; 1JDR A; 1AC8 A; 4CZO A; 1FHF A; 2GHE X; 3M28 A; 1CCE A; 4JQN A; 1YZP A; 1MN2 A; 4BLZ A; 5SX1 A; 3WXO A; 2RBT X; 1CCG A; 1AEN A; 2V2E A; 4GED A; 1BEP A; 3VLH A; 2RBV X; 1H55 A; 2N18 A; 1YYG A; 2Y5A A; 1CCC A; 4A5G A; 2AS1 A; 1H5M A; 2VNX X; 4BLL A; 1U2J A; 2V23 A; 2XI6 A; 5FNB A; 4G05 A; 3M29 A; 1DJ5 A; 1LGA A; 5KSF A; 4JMS A; 2CEP A; 3RRW A; 4A71 A; 4C50 A; 1H5I A; 1MKR A; 2GHK X; 4BLX A; 1MN1 A; 1GZA A; 4JMA A; 2IA8 A; 1OAG A; 3ZCY A; 3RIW A; 1H5A A; 1C8I A; 1ITK A; 1A2F A; 5SX3 A; 5CIC A; 3HDL A; 1H5L A; 3ZCG A; 1H5D A; 3FM1 A; 1CPD A; 1W4W A; 6ATJ A; 4CZP A; 5JHY A; 1LLP A; 2ATJ A; 4NVC A; 1KZM A; 5CCP A; 1W4Y A; 1H5C A; 4A7M A; 1CCL A; 5SYU A; 1RYC A; 3VLK A; 3M2I A; 3M25 A; 4JMZ A; 3R98 A; 1BEK A; 5SX0 A; 1AET A; 1CCB A; 4JMT A; 1ARX A; 1DJ1 A; 4BM4 A; 1U2L A; 2GB8 A; 1U2K A; 4NVJ B; 5SX6 A; 4BLY A; 1CPG A; 5SYX A; 1AEV A; 1ZBZ A; 2EUS A; 4ATJ A; 4FCN A; 3VLJ A; 1SBM A; 3Q3U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4A6Z A; 1QPA A; 1LYC A; 2RC2 X; 2WSS S; 3M5Q A; 5ABN A; 2YCG A; 4NVF A; 3RIV A; 5H9F B; 1OAF A; 5SW5 A; 2RC0 X; 3M2F A; 3M27 A; 5L05 A; 5ABO A; 1S73 A; 1ML2 A; 5L02 A; 1AED A; 1AEQ A; 2XJ5 A; 1GW2 A; 1SJ2 A; 2B0Z A; 1CPF A; 4JM9 A; 4H7A A; 1U75 A; 2VCN A; 1S6V A; 3ATJ A; 1KRJ A; 5SYK A; 5SX2 A; 2RBW X; 1H5G A; 5CIH A; 2B11 A; 3ZCH A; 4CVI A; 3FJW A; 2VCF X; 1KOK A; 2GHH X; 5CIB A; 1CYF A; 1H5F A; 3M2E A; 4CUO A; 5AOG A; 2X08 A; 4JPU A; 1BVA A; 5SX7 A; 4JQM A; 1GZB A; 1ARP A; 1SDQ A; 1Z53 A; 4JZA A; 2CCA A; 3CCX A; 1GX2 A; 1AEU A; 2CCP A; 1GWU A; 4BM2 A; 1APX A; 2OEB A; 4JMV A; 2E3A A; 1LY9 A; 5AMM A; 1H5K A; 2AQD A; 4JQK A; 1CCK A; 1HSR A; 4BLN A; 2EUP A; 3UW8 A; 4XV8 A; 1B85 A; 1AEH A; 5KQ6 A; 1ARV A; 1KXN A; 1STQ A; 4NVA A; 5CD4 J; 2XIF A; 3VLM A; 2YLJ A; 5D6M A; 3M26 A; 1AEB A; 1BES A; 1MNP A; 7CCP A; 1CK6 A; 5SX0 B; 1AC4 A; 4XVA A; 4NVI B; 4JB4 A; 4FCS A; 4JMB A; 4XV4 A; 2B10 A; 4USC A; 1H58 A; 1KXM A; 1SOG A; 4JPT A; 1BEM A; 4NVL A; 1DCC A; 3M2G A; 5CJH A; 1EBE A; 1B80 A; 2ZOP A; 2W23 A; 3FM6 A; 5ABQ A; 4NFG A; 2AS3 A; 1AEK A; 1CCA A; 2RBX X; 1PA2 A; 5KQ3 A; 7ATJ A; 2CCD A; 1H5E A; 2XJ6 A; 2Y6A A; 4NVK B; 5JQR A; 5SW6 A; 4NVE A; 1JCI A; 1IYN A; 3EXB A; 4CZQ A; 5H9E B; 5CIF A; 2Y6B A; 1MKQ A; 4CCP A; 4C51 A; 2B12 A; 5CIE A; 5CIG A; 4NVB A; 3E2O A; 1DSG A; 2GHD X; 4JM8 A; 2E3B A; 4NVO B; 5JPR A; 1CMU A; 4H79 A; 3M2D A; 3M2A A; 1DSE A; 2WD4 A; 2E39 A; 5SXS A; 1SCH A; 2VNZ X; 1BEJ A; 1CMP A; 1DSO A; 3E2N A; 4BLK A; 3FKG A; 1CMQ A; 4CZN A; 1HCH A; 5EJT A; 2PCB A; 1ARY A; 5EJX A; 2AS2 A; 1ARW A; 2EUT A; 2BCN A; 1BEQ A; 1LYK A; 5JHX A; 2EUN A; 5KSK A; 3VLL A; 1AA4 A; 2AS4 A; 1AEM A; 4P4Q A; 5CID A; 2RC1 X; 5SYV A; 1CPE A; 5KQH A; 4NVM B; 5SXX A; 4BM0 A; 1MK8 A; 5JHZ A; 1ZBY A; 4XV7 A; 4CZR A; 3X16 A; 1ATJ A; 4JPL A; 3M23 A; 5KQI A; 4PAE A; 2VO2 X; 2XIL A; 1CMT A; 2AS6 A; 4GKF A; 3M2B A; 1U74 A; 4U7U B; 2VKA A; 5SYW A; 1QGJ A; 5KQ0 A; 5ALA A; 5SXW A; 1AES A; 1DS4 A; 3UT2 A; 3WNU A; 1AEJ A; 1H3J A; 4FEF A; 5SXR A; 5SYY A; 1CCI A; 3CCP A; 3R99 A; 4NVG B; 2GGN X; 2JTI A; 3M8M A; 1H5H A; 5SXQ A; 1LY8 A; 2ICV A; 3M2C A; 1H57 A; 2ANZ A; 5SW4 A; 5SXT A; 4OQ7 A; 5KQ2 A; 4FDQ A; 1QO4 A; 4JMW A; 2GHC X; 1GWT A; 3FMU A; 2PCC A; 2RBZ X; 1V0H X; 1DSP A; 1H5J A; 6CCP A; 2RBY X; 4JN0 A; 5SYL A; 4JM5 A; 3FM4 A; 1BGP A; 5SYJ A; 1AEF A; 2CL4 X; 2EUO A; 1ARU A; 4XV6 A; 4CVJ A; 2EUQ A; 1BJ9 A; 1B82 A; 2EUU A; 5SYH A; 4NVD A; 1CCJ A; 4BM1 A; 4XV5 A; 3M2H A; 5FNE A; 1YYD A; 5AL9 A; 2CYP A; 2RBU X; 2XJ8 A; 3VLI A; 5KQK A; 2VCS A; 2XIH A; 2BOQ A; 1AEO A; 2EUR A; 1AEG A; 4NVN B; 4NVH B; 5SYI A; 1UB2 A; 1AEE A; 1A2G A; 1GWO A; 4JM6 A; 4A78 A; 4BM3 A; 4JQJ A; 5L86 A; 4CCX A; 1CCP A; 1YZR A; 2X07 A; 1JDR A; 1AC8 A; 4CZO A; 1FHF A; 2GHE X; 3WA8 A; 3M28 A; 1CCE A; 4JQN A; 1YZP A; 1MN2 A; 4BLZ A; 5SX1 A; 3WXO A; 2RBT X; 1CCG A; 1AEN A; 2V2E A; 4GED A; 1BEP A; 3VLH A; 2RBV X; 1H55 A; 2N18 A; 1YYG A; 2Y5A A; 1CCC A; 4A5G A; 2AS1 A; 1H5M A; 2VNX X; 4BLL A; 1U2J A; 2V23 A; 2XI6 A; 5FNB A; 4G05 A; 2ZCA A; 3M29 A; 1DJ5 A; 1LGA A; 5KSF A; 4JMS A; 2CEP A; 3RRW A; 4A71 A; 4C50 A; 1H5I A; 1MKR A; 2GHK X; 4BLX A; 1MN1 A; 1GZA A; 4JMA A; 4QYZ B; 2IA8 A; 1OAG A; 3ZCY A; 3RIW A; 1H5A A; 1C8I A; 1ITK A; 2BO5 A; 1A2F A; 5SX3 A; 5CIC A; 3HDL A; 1H5L A; 3ZCG A; 1H5D A; 3FM1 A; 1CPD A; 1W4W A; 6ATJ A; 4CZP A; 5JHY A; 1LLP A; 2ATJ A; 2A7U B; 4NVC A; 1KZM A; 5CCP A; 1W4Y A; 1H5C A; 4A7M A; 1CCL A; 5SYU A; 1RYC A; 3X1L F; 3VLK A; 3M2I A; 3M25 A; 4JMZ A; 3R98 A; 1BEK A; 5SX0 A; 1AET A; 1CCB A; 4JMT A; 1ARX A; 1DJ1 A; 4BM4 A; 1U2L A; 1ABV A; 2GB8 A; 1U2K A; 2JMX A; 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