The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
256
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sequence length |
710
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structure length |
710
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Chain Sequence |
MHGGATTVNISTAEWWPKALNLDILSQHDRKTNPMGPDFNYQEEVKKLDVAALKQDLQALMTDSQDWWPADWGHYGGLMIRLTWHAAGTYRIADGRGGAGTGNQRFAPLNSWPDNTNLDKARRLLWPIKQKYGNKLSWADLIAYAGTIAYESMGLKTFGFAFGREDIWHPEKDIYWGPEKEWVPPSTNPNSRYTGDRELENPLAAVTMGLIYVNPEGVDGNPDPLKTAHDVRVTFARMAMNDEETVALTAGGHTVGKCHGNGNAALLGPEPEGADVEDQGLGWINKTQSGIGRNAVTSGLEGAWTPHPTQWDNGYFRMLLNYDWELKKSPAGAWQWEPINPREEDLPVDVEDPSIRRNLVMTDADMAMKMDPEYRKISERFYQDPAYFADVFARAWFKLTHRDMGPKARYIGPDVPQEDLIWQDPIPAGNRNYDVQAVKDRIAASGLSISELVSTAWDSARTYRNSDKRGGANGARIRLAPQKDWEGNEPDRLAKVLAVLEGIAAATGASVADVIVLAGNVGVEQAARAAGVEIVLPFAPGRGDATAEQTDTESFAVLEPIHDGYRNWLKQDYAATPEELLLDRTQLLGLTAPEMTVLIGGLRVLGTNHGGTKHGVFTDREGVLTNDFFVNLTDMNYLWKPAGKNLYEICDRKTNQVKWTATRVDLVFGSNSILRAYSELYAQDDNKEKFVRDFVAAWTKVMNADRFDLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Synechococcus elongatus pcc 7942
|
| publication title |
The crystal structure of isoniazid-bound KatG catalase-peroxidase from Synechococcus elongatus PCC7942.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Catalase-peroxidase
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| total genus |
256
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| structure length |
710
|
| sequence length |
710
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| ec nomenclature |
ec
1.11.1.21: Catalase peroxidase. |
| pdb deposition date | 2014-08-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00141 | peroxidase | Peroxidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase; domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CCG A; 4XV8 A; 1B85 A; 4BM1 A; 3M2D A; 2RC2 X; 5SYX A; 4JMV A; 5JPR A; 1AEV A; 1CCA A; 1H5F A; 1QPA A; 5CIF A; 2CYP A; 5CIH A; 3RIW A; 2N18 A; 1HSR A; 2XJ8 A; 4USC A; 4P4Q A; 3M2I A; 2X08 A; 1H58 A; 2B0Z A; 5JHY A; 3CCP A; 1AEG A; 1KRJ A; 2RBW X; 3M23 A; 2AS6 A; 3M5Q A; 4A6Z A; 3ZCY A; 2AS1 A; 1GWO A; 4JQK A; 2Y5A A; 5L86 A; 4JB4 A; 4NVG B; 4BM0 A; 2RBZ X; 2V23 A; 1MKQ A; 3VLK A; 1YZR A; 3FMU A; 2RC1 X; 1H5G A; 1MK8 A; 4BM2 A; 1B80 A; 5ABN A; 1A2G A; 2W23 A; 4BLN A; 1A2F A; 5JHX A; 4JQN A; 2XIL A; 1DSP A; 6CCP A; 4JM6 A; 3FM1 A; 1GW2 A; 2XIH A; 1AEQ A; 1UB2 A; 4JMS A; 1CCE A; 1Z53 A; 1GWU A; 1ZBY A; 1S73 A; 5CJH A; 1ITK A; 3M27 A; 2JTI A; 5SXT A; 5JQR A; 1ARY A; 2RBX X; 1YYD A; 2CCA A; 1AET A; 1AEN A; 1ZBZ A; 5SW6 A; 4A5G A; 2RC0 X; 5L02 A; 5SX7 A; 1ARW A; 5CCP A; 2AS2 A; 5SYL A; 4CZR A; 1AC4 A; 1CPG A; 4G05 A; 1QO4 A; 5SX0 A; 1LLP A; 5SW4 A; 5KSK A; 1H5D A; 1CYF A; 2V2E A; 1H5M A; 1AC8 A; 1DJ1 A; 4JQM A; 1H5K A; 2E3B A; 4A7M A; 1DSO A; 2XI6 A; 4NVN B; 4JQJ A; 1GWT A; 4BLL A; 1V0H X; 4XV5 A; 1SDQ A; 3M26 A; 1LGA A; 2VCS A; 1BES A; 4NVE A; 1FHF A; 4FCS A; 4NVH B; 4CZP A; 5KQH A; 1MKR A; 1U2J A; 1H5A A; 3ATJ A; 2VO2 X; 2EUN A; 2EUT A; 1LY8 A; 4BLY A; 3M2G A; 2XIF A; 1SJ2 A; 1AED A; 5AOG A; 4JMZ A; 1H5J A; 7ATJ A; 1H5L A; 3ZCG A; 5SX6 A; 3M2E A; 4NVK B; 2EUQ A; 4JM8 A; 1JDR A; 2B12 A; 1CMT A; 1H5I A; 5SXR A; 1CCI A; 4JMA A; 5SX3 A; 1CCJ A; 4BM4 A; 4CCP A; 5SXQ A; 4BM3 A; 1CPD A; 3RRW A; 2B11 A; 4XVA A; 3UT2 A; 1AEF A; 2RBY X; 1YZP A; 1H3J A; 2CEP A; 2AS4 A; 4BLK A; 2XJ5 A; 1DJ5 A; 3R99 A; 2Y6A A; 2GGN X; 3E2N A; 5KQ2 A; 4JMT A; 1CCB A; 1H57 A; 1LYC A; 5KQ3 A; 3VLI A; 1MN1 A; 1CCK A; 4NVI B; 4NVF A; 5KQ6 A; 1MN2 A; 5D6M A; 4ATJ A; 2BCN A; 3FKG A; 1LYK A; 4BLX A; 2WD4 A; 5SW5 A; 1OAG A; 1STQ A; 4OQ7 A; 1ML2 A; 1H55 A; 5ALA A; 5SYI A; 3FM4 A; 1GX2 A; 3VLM A; 2EUS A; 1BEJ A; 2VCF X; 2EUO A; 2GB8 A; 3M2A A; 1BJ9 A; 4NVC A; 2IA8 A; 1AEJ A; 4CZQ A; 2GHD X; 2PCB A; 2RBV X; 4JM5 A; 6ATJ A; 5EJT A; 4JPU A; 4CZO A; 2RBU X; 4JPL A; 1DS4 A; 4GED A; 2ATJ A; 1PA2 A; 1HCH A; 2E39 A; 1OAF A; 4NVL A; 4NVO B; 5FNB A; 2Y6B A; 3FM6 A; 1BEQ A; 1CK6 A; 1CPE A; 1MNP A; 3X16 A; 5KQI A; 4XV4 A; 5CID A; 2ANZ A; 3E2O A; 1ARX A; 3UW8 A; 1BEK A; 1B82 A; 4CUO A; 1BVA A; 5CIB A; 2EUP A; 2PCC A; 4JN0 A; 3M29 A; 1U2L A; 5SXW A; 2VNX X; 5FNE A; 1CPF A; 1DCC A; 3M2B A; 2CCD A; 5SX0 B; 1BEP A; 4JMB A; 3R98 A; 1CCC A; 1AA4 A; 4XV6 A; 4CZN A; 1BEM A; 1SOG A; 4NVD A; 1ARU A; 1AEU A; 2VKA A; 1SBM A; 5SYW A; 5SX2 A; 5SX1 A; 3VLH A; 5SYY A; 4JMW A; 1AEM A; 7CCP A; 3M2C A; 5JHZ A; 1APX A; 4A78 A; 1U74 A; 1W4W A; 3HDL A; 4FDQ A; 1U75 A; 2CCP A; 1AEE A; 5SYH A; 2BOQ A; 3RIV A; 1DSG A; 2AQD A; 5ABQ A; 1KOK A; 3Q3U A; 3M28 A; 3ZCH A; 4NVJ B; 4NFG A; 1IYN A; 2EUU A; 1H5C A; 3M25 A; 2XJ6 A; 5SYV A; 1KXM A; 4CVJ A; 2VCN A; 1U2K A; 1JCI A; 5SXX A; 4XV7 A; 1KXN A; 2GHH X; 3WNU A; 1EBE A; 5SYK A; 2EUR A; 2X07 A; 5AMM A; 1DSE A; 1GZA A; 1CMP A; 4A71 A; 3M2H A; 1C8I A; 4NVB A; 2AS3 A; 1AES A; 4NVA A; 1CMU A; 5KQ0 A; 2RBT X; 3VLL A; 2CL4 X; 5ABO A; 2ICV A; 1H5E A; 5KQK A; 5L05 A; 5SYU A; 4C50 A; 1ARV A; 1H5H A; 1YYG A; 1AEH A; 2GHK X; 1SCH A; 5SXS A; 3M8M A; 1CCP A; 1ARP A; 4FCN A; 4NVM B; 4CCX A; 1QGJ A; 1CCL A; 2GHE X; 2YCG A; 3EXB A; 5EJX A; 1LY9 A; 2GHC X; 1AEB A; 1RYC A; 5AL9 A; 4CVI A; 4PAE A; 4C51 A; 5KSF A; 1AEK A; 1CMQ A; 2VNZ X; 4JM9 A; 5SYJ A; 3M2F A; 1S6V A; 1GZB A; 3VLJ A; 4BLZ A; 1KZM A; 2YLJ A; 1AEO A; 4FEF A; 2E3A A; 1BGP A; 4JPT A; 3WXO A; 5CIG A; 5CIE A; 5CIC A; 3CCX A; 1ATJ A; 3FJW A; 2B10 A; 1W4Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CCG A; 4XV8 A; 1B85 A; 4BM1 A; 3M2D A; 2RC2 X; 5SYX A; 4JMV A; 5JPR A; 1AEV A; 1CCA A; 1H5F A; 1QPA A; 5CIF A; 2CYP A; 5CIH A; 3RIW A; 2N18 A; 1HSR A; 2XJ8 A; 4USC A; 4P4Q A; 3M2I A; 2X08 A; 1H58 A; 2B0Z A; 5JHY A; 3CCP A; 1AEG A; 1KRJ A; 2RBW X; 3M23 A; 2AS6 A; 3M5Q A; 4A6Z A; 3ZCY A; 2AS1 A; 1GWO A; 4JQK A; 2Y5A A; 5L86 A; 4JB4 A; 4NVG B; 4BM0 A; 3X1L F; 2RBZ X; 2V23 A; 1MKQ A; 3VLK A; 4JZA A; 1YZR A; 3FMU A; 2RC1 X; 1H5G A; 4H7A A; 1MK8 A; 4BM2 A; 4GKF A; 1B80 A; 5ABN A; 1A2G A; 5H9F B; 2W23 A; 4BLN A; 1A2F A; 5JHX A; 4JQN A; 2XIL A; 1DSP A; 6CCP A; 5CD4 J; 4JM6 A; 3FM1 A; 1GW2 A; 4U7U B; 2XIH A; 1AEQ A; 1UB2 A; 4JMS A; 1CCE A; 1Z53 A; 1GWU A; 1ZBY A; 1S73 A; 5CJH A; 1ITK A; 3M27 A; 2JTI A; 5SXT A; 5JQR A; 1ARY A; 2RBX X; 1YYD A; 2CCA A; 4H79 A; 1AET A; 1AEN A; 1ZBZ A; 5SW6 A; 4A5G A; 2RC0 X; 5L02 A; 5SX7 A; 1ARW A; 5CCP A; 2AS2 A; 5SYL A; 4CZR A; 1AC4 A; 1CPG A; 4G05 A; 1QO4 A; 5SX0 A; 1LLP A; 5SW4 A; 5KSK A; 1H5D A; 1CYF A; 2V2E A; 1H5M A; 1AC8 A; 1DJ1 A; 4JQM A; 1H5K A; 2E3B A; 4A7M A; 1DSO A; 2XI6 A; 4NVN B; 4JQJ A; 2JMX A; 1GWT A; 4BLL A; 2A7U B; 1V0H X; 4XV5 A; 1SDQ A; 3M26 A; 1LGA A; 2VCS A; 1BES A; 4NVE A; 1FHF A; 4FCS A; 4NVH B; 4CZP A; 5KQH A; 1MKR A; 1U2J A; 1H5A A; 3ATJ A; 2VO2 X; 2EUN A; 2EUT A; 1LY8 A; 4BLY A; 3M2G A; 2XIF A; 1SJ2 A; 1AED A; 5AOG A; 4JMZ A; 1H5J A; 7ATJ A; 1H5L A; 3ZCG A; 5SX6 A; 3M2E A; 4NVK B; 2EUQ A; 4JM8 A; 1JDR A; 2B12 A; 1CMT A; 1H5I A; 5SXR A; 1CCI A; 4JMA A; 5SX3 A; 1CCJ A; 4BM4 A; 4CCP A; 5SXQ A; 4BM3 A; 1CPD A; 3RRW A; 2B11 A; 4XVA A; 3UT2 A; 1AEF A; 2RBY X; 1YZP A; 1H3J A; 2CEP A; 2AS4 A; 2BO5 A; 4BLK A; 2XJ5 A; 1DJ5 A; 3R99 A; 2Y6A A; 2GGN X; 3E2N A; 5KQ2 A; 4JMT A; 1CCB A; 1H57 A; 1LYC A; 5KQ3 A; 3VLI A; 1MN1 A; 1CCK A; 2WSS S; 4NVI B; 2OEB A; 4NVF A; 5KQ6 A; 1MN2 A; 5D6M A; 4ATJ A; 2BCN A; 3FKG A; 1LYK A; 4BLX A; 2WD4 A; 5SW5 A; 1OAG A; 1STQ A; 4OQ7 A; 1ML2 A; 1H55 A; 5ALA A; 5SYI A; 3FM4 A; 1GX2 A; 3VLM A; 2EUS A; 1BEJ A; 2VCF X; 2EUO A; 2GB8 A; 3M2A A; 1BJ9 A; 4NVC A; 2IA8 A; 1AEJ A; 4CZQ A; 2GHD X; 2PCB A; 2RBV X; 4JM5 A; 6ATJ A; 5EJT A; 4JPU A; 4CZO A; 2RBU X; 4JPL A; 1DS4 A; 4GED A; 2ATJ A; 1PA2 A; 1HCH A; 2E39 A; 1OAF A; 4NVL A; 4NVO B; 5FNB A; 2Y6B A; 3FM6 A; 1BEQ A; 1CK6 A; 1CPE A; 1MNP A; 3X16 A; 5KQI A; 4XV4 A; 5CID A; 2ANZ A; 3E2O A; 2ZCA A; 1ARX A; 3UW8 A; 1BEK A; 2ZOP A; 1B82 A; 4CUO A; 1BVA A; 5CIB A; 2EUP A; 2PCC A; 4JN0 A; 3M29 A; 1U2L A; 5SXW A; 2VNX X; 5FNE A; 1CPF A; 1DCC A; 3M2B A; 2CCD A; 5SX0 B; 1BEP A; 4JMB A; 3R98 A; 1CCC A; 1AA4 A; 4XV6 A; 4CZN A; 1BEM A; 1SOG A; 4NVD A; 1ARU A; 3WA8 A; 1AEU A; 2VKA A; 1SBM A; 5SYW A; 5SX2 A; 5SX1 A; 3VLH A; 5SYY A; 4JMW A; 1AEM A; 7CCP A; 3M2C A; 5JHZ A; 1APX A; 4A78 A; 1ABV A; 1U74 A; 1W4W A; 3HDL A; 4FDQ A; 1U75 A; 2CCP A; 1AEE A; 5SYH A; 2BOQ A; 3RIV A; 1DSG A; 2AQD A; 5ABQ A; 1KOK A; 3Q3U A; 3M28 A; 3ZCH A; 4NVJ B; 4QYZ B; 4NFG A; 1IYN A; 2EUU A; 1H5C A; 3M25 A; 2XJ6 A; 5SYV A; 1KXM A; 4CVJ A; 2VCN A; 1U2K A; 1JCI A; 5SXX A; 4XV7 A; 1KXN A; 2GHH X; 3WNU A; 1EBE A; 5SYK A; 2EUR A; 2X07 A; 5AMM A; 1DSE A; 1GZA A; 1CMP A; 4A71 A; 3M2H A; 1C8I A; 4NVB A; 2AS3 A; 1AES A; 4NVA A; 1CMU A; 5KQ0 A; 2RBT X; 3VLL A; 2CL4 X; 5ABO A; 2ICV A; 1H5E A; 5KQK A; 5L05 A; 5SYU A; 4C50 A; 1ARV A; 1H5H A; 1YYG A; 1AEH A; 2GHK X; 1SCH A; 5SXS A; 3M8M A; 1CCP A; 1ARP A; 4FCN A; 4NVM B; 4CCX A; 1QGJ A; 1CCL A; 2GHE X; 2YCG A; 3EXB A; 5EJX A; 1LY9 A; 2GHC X; 1AEB A; 1RYC A; 5AL9 A; 4CVI A; 4PAE A; 4C51 A; 5KSF A; 1AEK A; 1CMQ A; 2VNZ X; 4JM9 A; 5SYJ A; 3M2F A; 1S6V A; 1GZB A; 3VLJ A; 5H9E B; 4BLZ A; 1KZM A; 2YLJ A; 1AEO A; 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