The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
193
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structure length |
179
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Chain Sequence |
EVSREQAFVRYLRQRSTPADLARMRRGLDAPGAEVVPLVEGFLGRIQDEHEDRWERICYYLVAGLWASTVSSSELEQFRKVNKGYRRTLGHAIAQLYLARDQSKSIEQRFIALLDADEEQLPYRLRQMVQLIESQDDIRIYWSELLRDLLAWNRERKPVQQKWARAFYRTVAKEETISM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
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| molecule keywords |
CRISPR-associated protein, Cse2 family
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| publication title |
Structural insights into crRNA G-rich sequence binding and R-loop formation facilitated by Meiothermus ruber CasB
rcsb |
| source organism |
Meiothermus ruber
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| total genus |
67
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| structure length |
179
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| sequence length |
193
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09485 | CRISPR_Cse2 | CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4H7A A; 5H9E B; 2ZCA A; 3WA8 A; 5CD4 J; 4U7U B; 5H9F B; 4H79 A; 4QYZ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2X08 A; 4BLX A; 2EUT A; 1FHF A; 3M2G A; 4NVO B; 5SX6 A; 5SYJ A; 4CZP A; 1CCP A; 1LY9 A; 4NVD A; 4BLN A; 3M27 A; 2OEB A; 1W4Y A; 1YYG A; 1BEM A; 4JMB A; 4QYZ B; 2A7U B; 5SW6 A; 5SXR A; 1LYK A; 3FMU A; 1CMU A; 1SOG A; 4NVI B; 5JHY A; 2E3A A; 5CIG A; 1H5I A; 4JZA A; 5ALA A; 5SW5 A; 1AEM A; 1LYC A; 4NVL A; 2X07 A; 2VKA A; 2RC2 X; 3X16 A; 3Q3U A; 4CZQ A; 3X1L F; 1AA4 A; 1HCH A; 1CCJ A; 5SX1 A; 2E3B A; 1AEF A; 2CCP A; 1QPA A; 4JQN A; 5ABN A; 4XV8 A; 5SYK A; 1C8I A; 2AS3 A; 4JQK A; 1APX A; 1H5F A; 1MKQ A; 3WXO A; 2RBV X; 3M29 A; 5CCP A; 2XJ6 A; 3VLJ A; 4BM0 A; 2RC1 X; 1CK6 A; 5ABO A; 1H5J A; 4BM4 A; 2Y5A A; 4NVK B; 2AS4 A; 2RBX X; 1EBE A; 4JB4 A; 5KSF A; 2IA8 A; 3ATJ A; 2GHH X; 2RBZ X; 1IYN A; 4JMV A; 1SBM A; 3M2A A; 1H5E A; 4NFG A; 1CCA A; 3E2N A; 6CCP A; 1H55 A; 2Y6A A; 1DCC A; 3ZCH A; 1AET A; 3VLM A; 2EUS A; 3WA8 A; 5SYL A; 5KQH A; 2B11 A; 4NVB A; 2ANZ A; 1BEP A; 2EUP A; 5SX0 A; 2B0Z A; 3ZCG A; 1HSR A; 1A2F A; 1W4W A; 1AEG A; 4H79 A; 5SX2 A; 5CIE A; 1H57 A; 1AC4 A; 5SX0 B; 1V0H X; 2PCC A; 2VCN A; 5KQ2 A; 4NVA A; 5D6M A; 4XV7 A; 2GHK X; 5L05 A; 1CCL A; 2AQD A; 5KQK A; 4BLL A; 4FEF A; 2AS6 A; 1AEJ A; 2RBT X; 3HDL A; 3VLH A; 4CVI A; 1AEQ A; 1CCB A; 1B82 A; 1GWT A; 2V23 A; 4JM6 A; 1MKR A; 4A71 A; 3M8M A; 1DSG A; 2EUQ A; 2RBW X; 2XIH A; 4CZN A; 4BM2 A; 1BEK A; 1PA2 A; 1BES A; 4XV6 A; 2W23 A; 2ZCA A; 5SX3 A; 2CEP A; 4NVN B; 1H5M A; 2WSS S; 4JMS A; 3FM4 A; 1A2G A; 3M26 A; 1CPE A; 1OAG A; 3RRW A; 1AEV A; 1SJ2 A; 5AMM A; 1AED A; 4JQM A; 1CCK A; 1U2L A; 1B85 A; 1GWO A; 3VLK A; 1AEB A; 1RYC A; 5L02 A; 5SXX A; 1CCI A; 4CCP A; 2B12 A; 1CPG A; 4NVH B; 1H5A A; 1ARX A; 1S6V A; 1JCI A; 1ITK A; 1GWU A; 2VNX X; 4FDQ A; 1BEQ A; 1AEU A; 2EUR A; 5KQ6 A; 1ARP A; 4JPU A; 4BLZ A; 1DS4 A; 3M2E A; 1YYD A; 5KQ0 A; 2V2E A; 2XIL A; 1AEK A; 3M25 A; 1KRJ A; 1ML2 A; 4GKF A; 5SXT A; 4BLK A; 1ATJ A; 1H5D A; 4JPL A; 3M2B A; 3EXB A; 1Z53 A; 4XV4 A; 5CID A; 1OAF A; 3M28 A; 1CMT A; 4XV5 A; 3M2C A; 5CIH A; 4CCX A; 1AEN A; 4GED A; 1U2J A; 1JDR A; 5H9E B; 5SYX A; 4U7U B; 1B80 A; 3E2O A; 1CCE A; 4BM1 A; 1AC8 A; 1GX2 A; 1GW2 A; 3FJW A; 5H9F B; 5JHX A; 4G05 A; 1BJ9 A; 1ZBZ A; 2WD4 A; 1AES A; 1CYF A; 4JQJ A; 4XVA A; 2RBY X; 1DJ5 A; 4CZO A; 2JMX A; 1CPD A; 3CCX A; 2VCF X; 1CMP A; 3M2H A; 4NVF A; 1SDQ A; 4NVE A; 1DSP A; 1MN2 A; 2AS2 A; 5SXQ A; 3WNU A; 4A6Z A; 7ATJ A; 2PCB A; 2Y6B A; 5SXS A; 2CL4 X; 1H5H A; 2CYP A; 2YLJ A; 2GHD X; 2JTI A; 5SX7 A; 1BGP A; 2EUN A; 4A78 A; 1BVA A; 1ARY A; 4A7M A; 2BOQ A; 1GZB A; 4FCN A; 1SCH A; 2EUO A; 2XIF A; 3FKG A; 5AL9 A; 1DSO A; 4OQ7 A; 2RBU X; 1KXM A; 1KZM A; 1U75 A; 1ARW A; 1MNP A; 1H58 A; 2ICV A; 1QO4 A; 2GB8 A; 4JMZ A; 4JM8 A; 1LLP A; 4JM5 A; 4A5G A; 2ZOP A; 5FNB A; 1ABV A; 1U74 A; 1H5L A; 2GHC X; 4BLY A; 1ARU A; 2ATJ A; 5CD4 J; 2VNZ X; 3VLI A; 3M5Q A; 3VLL A; 1AEO A; 3M23 A; 4H7A A; 7CCP A; 2CCD A; 3RIV A; 3CCP A; 4CVJ A; 4USC A; 1U2K A; 2GGN X; 5SYU A; 3UT2 A; 4C50 A; 5SYV A; 4JMT A; 1H5K A; 2E39 A; 1LY8 A; 5SYW A; 2XJ5 A; 1ARV A; 1DSE A; 2BCN A; 2GHE X; 1CCG A; 1STQ A; 2BO5 A; 5ABQ A; 1S73 A; 5CIC A; 4NVM B; 2RC0 X; 5KSK A; 2B10 A; 2VCS A; 3UW8 A; 1MN1 A; 1MK8 A; 1QGJ A; 1YZR A; 3RIW A; 3FM6 A; 1DJ1 A; 4ATJ A; 1GZA A; 1BEJ A; 2XI6 A; 3R98 A; 3R99 A; 1LGA A; 3ZCY A; 4NVC A; 5KQI A; 5AOG A; 2CCA A; 1H5C A; 5SXW A; 1ZBY A; 5EJT A; 5FNE A; 4CZR A; 1CPF A; 2YCG A; 5SW4 A; 5SYH A; 1AEE A; 4FCS A; 1H3J A; 1KXN A; 6ATJ A; 1YZP A; 4JMA A; 5EJX A; 2N18 A; 5JHZ A; 4JMW A; 5CIF A; 3M2F A; 4JM9 A; 4PAE A; 2EUU A; 3M2D A; 4JN0 A; 4C51 A; 1UB2 A; 1AEH A; 5CJH A; 5SYY A; 4NVG B; 2AS1 A; 4NVJ B; 5SYI A; 4JPT A; 5KQ3 A; 1CMQ A; 4CUO A; 1H5G A; 2XJ8 A; 5L86 A; 4BM3 A; 4P4Q A; 2VO2 X; 3FM1 A; 1CCC A; 5JQR A; 3M2I A; 5JPR A; 5CIB A; 1KOK A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2X08 A; 4BLX A; 2EUT A; 1FHF A; 3M2G A; 4NVO B; 5SX6 A; 5SYJ A; 4CZP A; 1CCP A; 1LY9 A; 4NVD A; 4BLN A; 3M27 A; 1W4Y A; 1YYG A; 1BEM A; 4JMB A; 4QYZ B; 5SW6 A; 5SXR A; 1LYK A; 3FMU A; 1CMU A; 1SOG A; 4NVI B; 5JHY A; 2E3A A; 5CIG A; 1H5I A; 4JZA A; 5ALA A; 5SW5 A; 1AEM A; 1LYC A; 4NVL A; 2X07 A; 2VKA A; 2RC2 X; 3X16 A; 3Q3U A; 4CZQ A; 1AA4 A; 1HCH A; 1CCJ A; 5SX1 A; 2E3B A; 1AEF A; 2CCP A; 1QPA A; 4JQN A; 5ABN A; 4XV8 A; 5SYK A; 1C8I A; 2AS3 A; 4JQK A; 1APX A; 1H5F A; 1MKQ A; 3WXO A; 2RBV X; 3M29 A; 5CCP A; 2XJ6 A; 3VLJ A; 4BM0 A; 2RC1 X; 1CK6 A; 5ABO A; 1H5J A; 4BM4 A; 2Y5A A; 4NVK B; 2AS4 A; 2RBX X; 1EBE A; 4JB4 A; 5KSF A; 2IA8 A; 3ATJ A; 2GHH X; 2RBZ X; 1IYN A; 4JMV A; 1SBM A; 3M2A A; 1H5E A; 4NFG A; 1CCA A; 3E2N A; 6CCP A; 1H55 A; 2Y6A A; 1DCC A; 3ZCH A; 1AET A; 3VLM A; 2EUS A; 3WA8 A; 5SYL A; 5KQH A; 2B11 A; 4NVB A; 2ANZ A; 1BEP A; 2EUP A; 5SX0 A; 2B0Z A; 3ZCG A; 1HSR A; 1A2F A; 1W4W A; 1AEG A; 4H79 A; 5SX2 A; 5CIE A; 1H57 A; 1AC4 A; 5SX0 B; 1V0H X; 2PCC A; 2VCN A; 5KQ2 A; 4NVA A; 5D6M A; 4XV7 A; 2GHK X; 5L05 A; 1CCL A; 2AQD A; 5KQK A; 4BLL A; 4FEF A; 2AS6 A; 1AEJ A; 2RBT X; 3HDL A; 3VLH A; 4CVI A; 1AEQ A; 1CCB A; 1B82 A; 1GWT A; 2V23 A; 4JM6 A; 1MKR A; 4A71 A; 3M8M A; 1DSG A; 2EUQ A; 2RBW X; 2XIH A; 4CZN A; 4BM2 A; 1BEK A; 1PA2 A; 1BES A; 4XV6 A; 2W23 A; 2ZCA A; 5SX3 A; 2CEP A; 4NVN B; 1H5M A; 4JMS A; 3FM4 A; 1A2G A; 3M26 A; 1CPE A; 1OAG A; 3RRW A; 1AEV A; 1SJ2 A; 5AMM A; 1AED A; 4JQM A; 1CCK A; 1U2L A; 1B85 A; 1GWO A; 3VLK A; 1AEB A; 1RYC A; 5L02 A; 5SXX A; 1CCI A; 4CCP A; 2B12 A; 1CPG A; 4NVH B; 1H5A A; 1ARX A; 1S6V A; 1JCI A; 1ITK A; 1GWU A; 2VNX X; 4FDQ A; 1BEQ A; 1AEU A; 2EUR A; 5KQ6 A; 1ARP A; 4JPU A; 4BLZ A; 1DS4 A; 3M2E A; 1YYD A; 5KQ0 A; 2V2E A; 2XIL A; 1AEK A; 3M25 A; 1KRJ A; 1ML2 A; 5SXT A; 4BLK A; 1ATJ A; 1H5D A; 4JPL A; 3M2B A; 3EXB A; 1Z53 A; 4XV4 A; 5CID A; 1OAF A; 3M28 A; 1CMT A; 4XV5 A; 3M2C A; 5CIH A; 4CCX A; 1AEN A; 4GED A; 1U2J A; 1JDR A; 5H9E B; 5SYX A; 4U7U B; 1B80 A; 3E2O A; 1CCE A; 4BM1 A; 1AC8 A; 1GX2 A; 1GW2 A; 3FJW A; 5H9F B; 5JHX A; 4G05 A; 1BJ9 A; 1ZBZ A; 2WD4 A; 1AES A; 1CYF A; 4JQJ A; 4XVA A; 2RBY X; 1DJ5 A; 4CZO A; 1CPD A; 3CCX A; 2VCF X; 1CMP A; 3M2H A; 4NVF A; 1SDQ A; 4NVE A; 1DSP A; 1MN2 A; 2AS2 A; 5SXQ A; 3WNU A; 4A6Z A; 7ATJ A; 2PCB A; 2Y6B A; 5SXS A; 2CL4 X; 1H5H A; 2CYP A; 2YLJ A; 2GHD X; 2JTI A; 5SX7 A; 1BGP A; 2EUN A; 4A78 A; 1BVA A; 1ARY A; 4A7M A; 2BOQ A; 1GZB A; 4FCN A; 1SCH A; 2EUO A; 2XIF A; 3FKG A; 5AL9 A; 1DSO A; 4OQ7 A; 2RBU X; 1KXM A; 1KZM A; 1U75 A; 1ARW A; 1MNP A; 1H58 A; 2ICV A; 1QO4 A; 2GB8 A; 4JMZ A; 4JM8 A; 1LLP A; 4JM5 A; 4A5G A; 5FNB A; 1U74 A; 1H5L A; 2GHC X; 4BLY A; 1ARU A; 2ATJ A; 5CD4 J; 2VNZ X; 3VLI A; 3M5Q A; 3VLL A; 1AEO A; 3M23 A; 4H7A A; 7CCP A; 2CCD A; 3RIV A; 3CCP A; 4CVJ A; 4USC A; 1U2K A; 2GGN X; 5SYU A; 3UT2 A; 4C50 A; 5SYV A; 4JMT A; 1H5K A; 2E39 A; 1LY8 A; 5SYW A; 2XJ5 A; 1ARV A; 1DSE A; 2BCN A; 2GHE X; 1CCG A; 1STQ A; 5ABQ A; 1S73 A; 5CIC A; 4NVM B; 2RC0 X; 5KSK A; 2B10 A; 2VCS A; 3UW8 A; 1MN1 A; 1MK8 A; 1QGJ A; 1YZR A; 3RIW A; 3FM6 A; 1DJ1 A; 4ATJ A; 1GZA A; 1BEJ A; 2XI6 A; 3R98 A; 3R99 A; 1LGA A; 3ZCY A; 4NVC A; 5KQI A; 5AOG A; 2CCA A; 1H5C A; 5SXW A; 1ZBY A; 5EJT A; 5FNE A; 4CZR A; 1CPF A; 2YCG A; 5SW4 A; 5SYH A; 1AEE A; 4FCS A; 1H3J A; 1KXN A; 6ATJ A; 1YZP A; 4JMA A; 5EJX A; 2N18 A; 5JHZ A; 4JMW A; 5CIF A; 3M2F A; 4JM9 A; 4PAE A; 2EUU A; 3M2D A; 4JN0 A; 4C51 A; 1UB2 A; 1AEH A; 5CJH A; 5SYY A; 4NVG B; 2AS1 A; 4NVJ B; 5SYI A; 4JPT A; 5KQ3 A; 1CMQ A; 4CUO A; 1H5G A; 2XJ8 A; 5L86 A; 4BM3 A; 4P4Q A; 2VO2 X; 3FM1 A; 1CCC A; 5JQR A; 3M2I A; 5JPR A; 5CIB A; 1KOK A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
