The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
|
sequence length |
289
|
structure length |
289
|
Chain Sequence |
LVHVASVEKGRSYEDFQKVYNAIALKLREDDEYDNYIGYGPVLVRLAWHISGTWDKHDNTGGSYGGTYRFKKEFNDPSNAGLQNGFKFLEPIHKEFPWISSGDLFSLGGVTAVQEMQGPKIPWRCGRVDTPEDTTPDNGRLPDADKDAGYVRTFFQRLNMNDREVVALMGAHALGKTHLKNSGYEGGGANNVFTNEFYLNLLNEDWKLEKNDANNEQWDSKSGYMMLPTDYSLIQDPKYLSIVKEYANDQDKFFKDFSKAFEKLLENGITFPKDAPSPFIFKTLEEQGL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Blind prediction of charged ligand binding affinities in a model binding site.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytochrome c peroxidase
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
116
|
| structure length |
289
|
| sequence length |
289
|
| ec nomenclature |
ec
1.11.1.5: Cytochrome-c peroxidase. |
| pdb deposition date | 2013-03-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00141 | peroxidase | Peroxidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 2 | Peroxidase, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VCN A; 4NVH B; 4BM1 A; 1DS4 A; 1U2K A; 1BJ9 A; 4JM6 A; 5EJT A; 1BGP A; 3HDL A; 2XIL A; 5KSF A; 1AEJ A; 4JQM A; 5SYH A; 2BCN A; 1CPG A; 2AS2 A; 5KQI A; 1BES A; 2VCS A; 4JB4 A; 5SYI A; 5KQ2 A; 2XJ5 A; 1GWT A; 3FMU A; 4NVN B; 1GWU A; 1MKR A; 5ABN A; 5SXS A; 1H3J A; 1QGJ A; 1H5L A; 2VKA A; 1PA2 A; 1AEE A; 4XV8 A; 2E3B A; 1A2G A; 2GHH X; 2RC0 X; 2CEP A; 2RC1 X; 4JPU A; 1ML2 A; 3ZCH A; 5KQK A; 1AEQ A; 2VNZ X; 3UW8 A; 1DSE A; 3CCP A; 4JPT A; 1KXN A; 2N18 A; 4JMV A; 1W4W A; 5CIH A; 2VCF X; 3VLL A; 3CCX A; 2ATJ A; 1GX2 A; 1HCH A; 4XVA A; 1ARP A; 1H57 A; 1H5H A; 2Y5A A; 1U74 A; 1QPA A; 3FM6 A; 4NVI B; 3VLJ A; 2EUQ A; 1H5E A; 4A5G A; 4BM0 A; 1DSP A; 1LGA A; 2V23 A; 2VO2 X; 2YCG A; 1LY8 A; 1CCG A; 1MN1 A; 1H5C A; 1H5D A; 1FHF A; 2ICV A; 2Y6A A; 2GHD X; 5EJX A; 1MNP A; 1LY9 A; 2B11 A; 2RBT X; 2XJ6 A; 1ZBZ A; 2XJ8 A; 5SXX A; 4CZN A; 1AET A; 5AMM A; 4CZP A; 4BLZ A; 1AEG A; 1ARY A; 4BLL A; 1STQ A; 1AEF A; 1AEM A; 5CIF A; 1H5K A; 5KQ0 A; 5L02 A; 1U2L A; 4JMB A; 1CCA A; 3M2H A; 1CCI A; 1CPD A; 2YLJ A; 3RIV A; 1UB2 A; 3X16 A; 2PCC A; 1IYN A; 2JTI A; 3Q3U A; 1OAG A; 1S6V A; 1MN2 A; 3FKG A; 5SYJ A; 1OAF A; 1AA4 A; 1SDQ A; 5SW6 A; 5CJH A; 5SX3 A; 3M2F A; 4NVD A; 5SYV A; 1DSG A; 1ATJ A; 4JN0 A; 1QO4 A; 4JPL A; 2RBY X; 2XIH A; 1CCJ A; 5CID A; 1BEK A; 5CIB A; 1V0H X; 2GB8 A; 5SYU A; 1CMQ A; 4NVO B; 3ATJ A; 2EUP A; 1U2J A; 4G05 A; 5SX2 A; 3WXO A; 5SW5 A; 1AEN A; 5KQ6 A; 1LYC A; 1BVA A; 1KZM A; 5ALA A; 4BLY A; 1RYC A; 7CCP A; 6CCP A; 4CCX A; 2W23 A; 1YYG A; 2XI6 A; 7ATJ A; 2V2E A; 1H5F A; 5SX0 A; 1KOK A; 5JHX A; 1KXM A; 4JQN A; 4JMZ A; 4PAE A; 5KSK A; 1JDR A; 3M29 A; 5JQR A; 2PCB A; 3M23 A; 4CCP A; 1U75 A; 2RC2 X; 3E2N A; 5SYK A; 4JMT A; 1AEV A; 3FM1 A; 1CCB A; 1SBM A; 1JCI A; 3M2G A; 1ARW A; 1YZP A; 4XV4 A; 2CCA A; 2GGN X; 2B0Z A; 2RBZ X; 5SX6 A; 4NVJ B; 1CCC A; 1B85 A; 1H55 A; 2CCP A; 4CZO A; 5D6M A; 4JQK A; 2EUN A; 1ZBY A; 4A6Z A; 1DJ5 A; 2AQD A; 3RRW A; 2RBW X; 4JMS A; 1A2F A; 1GWO A; 2EUO A; 1SJ2 A; 3VLK A; 3M2A A; 1C8I A; 4OQ7 A; 3FJW A; 3WNU A; 4NVK B; 3E2O A; 1ARU A; 5CIC A; 1CYF A; 4CZR A; 5FNB A; 3R99 A; 2CYP A; 4NVM B; 4NVB A; 5CCP A; 2E3A A; 1BEJ A; 3VLM A; 1APX A; 2AS3 A; 4NVE A; 4XV5 A; 1SCH A; 4P4Q A; 1LYK A; 3M26 A; 1AEB A; 2B12 A; 4BM2 A; 4NVL A; 1AES A; 4XV6 A; 3M5Q A; 1YYD A; 3VLI A; 2Y6B A; 2E39 A; 2RBV X; 4FCN A; 4USC A; 1H5J A; 3M2B A; 5ABQ A; 4BLK A; 4ATJ A; 1AED A; 2AS6 A; 4FCS A; 4XV7 A; 5JHZ A; 5L05 A; 5SX1 A; 1BEM A; 1CK6 A; 5SX7 A; 5CIG A; 1HSR A; 1YZR A; 2X07 A; 1DCC A; 4BLN A; 5AL9 A; 4JM9 A; 4NVF A; 3ZCG A; 2X08 A; 3R98 A; 5ABO A; 4A71 A; 4JM8 A; 2EUR A; 2WD4 A; 4C50 A; 2B10 A; 1DJ1 A; 2EUU A; 1H5G A; 3RIW A; 1AEU A; 2CCD A; 1W4Y A; 4C51 A; 4CVJ A; 5SXR A; 5KQH A; 1GZA A; 4JQJ A; 5SX0 B; 4JMW A; 2RBX X; 5CIE A; 1CMP A; 2VNX X; 1LLP A; 1CPE A; 1KRJ A; 5SXQ A; 2AS1 A; 1AEH A; 1AC8 A; 5JPR A; 2ANZ A; 1CCL A; 4A78 A; 1S73 A; 1B82 A; 4NVG B; 1GW2 A; 1CCE A; 1CMU A; 1ARX A; 1AC4 A; 2GHK X; 4GED A; 2CL4 X; 2GHC X; 5SYL A; 1CMT A; 4NVC A; 1H5A A; 1H5M A; 4BM3 A; 1CCK A; 3M2I A; 5FNE A; 5JHY A; 2IA8 A; 1CCP A; 3M2D A; 3VLH A; 5L86 A; 4NFG A; 2AS4 A; 2GHE X; 3FM4 A; 1CPF A; 2EUS A; 4JMA A; 1B80 A; 4NVA A; 4FDQ A; 2XIF A; 1BEP A; 3M2E A; 1ITK A; 1GZB A; 5SYW A; 4BLX A; 1MK8 A; 5SXW A; 3M2C A; 1MKQ A; 5SYY A; 1BEQ A; 4CUO A; 1AEK A; 3M28 A; 3EXB A; 2RBU X; 4CZQ A; 1ARV A; 2EUT A; 1H5I A; 3M27 A; 5SW4 A; 4CVI A; 4JM5 A; 2BOQ A; 3M8M A; 1SOG A; 5AOG A; 1AEO A; 3UT2 A; 5KQ3 A; 4BM4 A; 1DSO A; 4A7M A; 5SXT A; 3M25 A; 3ZCY A; 1H58 A; 6ATJ A; 5SYX A; 1EBE A; 1Z53 A; 4FEF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VCN A; 4NVH B; 4BM1 A; 1DS4 A; 1U2K A; 1BJ9 A; 4JM6 A; 5EJT A; 1BGP A; 3HDL A; 2XIL A; 5KSF A; 1AEJ A; 4JQM A; 5SYH A; 2BCN A; 2ZOP A; 1CPG A; 2AS2 A; 5KQI A; 1BES A; 2VCS A; 4JB4 A; 5SYI A; 5KQ2 A; 2XJ5 A; 1GWT A; 3FMU A; 4NVN B; 4GKF A; 1GWU A; 1MKR A; 5ABN A; 5SXS A; 1H3J A; 1QGJ A; 1H5L A; 2VKA A; 1PA2 A; 1AEE A; 4XV8 A; 2BO5 A; 2E3B A; 1A2G A; 2GHH X; 2RC0 X; 2CEP A; 2RC1 X; 4JPU A; 1ML2 A; 3ZCH A; 5KQK A; 1AEQ A; 2VNZ X; 3UW8 A; 1DSE A; 3CCP A; 4JPT A; 1KXN A; 2N18 A; 4JMV A; 1W4W A; 5CIH A; 2VCF X; 3VLL A; 3CCX A; 2ATJ A; 1GX2 A; 1HCH A; 4XVA A; 1ARP A; 1H57 A; 1H5H A; 2Y5A A; 3WA8 A; 3X1L F; 1U74 A; 1QPA A; 3FM6 A; 4NVI B; 3VLJ A; 2EUQ A; 1H5E A; 4A5G A; 4BM0 A; 1DSP A; 1LGA A; 2V23 A; 2VO2 X; 2YCG A; 1LY8 A; 1CCG A; 1MN1 A; 1H5C A; 1H5D A; 1FHF A; 2ICV A; 2Y6A A; 2GHD X; 5EJX A; 1MNP A; 1LY9 A; 2B11 A; 2RBT X; 2XJ6 A; 2OEB A; 1ZBZ A; 2XJ8 A; 5SXX A; 4CZN A; 1AET A; 4H7A A; 5AMM A; 4CZP A; 4BLZ A; 1AEG A; 1ARY A; 4BLL A; 1STQ A; 1AEF A; 1AEM A; 5CIF A; 1H5K A; 5KQ0 A; 5L02 A; 1U2L A; 4JMB A; 1CCA A; 3M2H A; 1CCI A; 1CPD A; 2YLJ A; 3RIV A; 1UB2 A; 3X16 A; 2PCC A; 1IYN A; 2JTI A; 3Q3U A; 1OAG A; 1S6V A; 1MN2 A; 3FKG A; 5SYJ A; 1OAF A; 1AA4 A; 1SDQ A; 5SW6 A; 5CJH A; 5SX3 A; 3M2F A; 4NVD A; 5SYV A; 1DSG A; 1ATJ A; 4JN0 A; 1QO4 A; 4JPL A; 2A7U B; 2RBY X; 2XIH A; 1CCJ A; 5CID A; 1BEK A; 5CIB A; 1V0H X; 2GB8 A; 5SYU A; 1CMQ A; 4NVO B; 3ATJ A; 2EUP A; 1U2J A; 4G05 A; 5SX2 A; 3WXO A; 5SW5 A; 1AEN A; 5KQ6 A; 1LYC A; 1BVA A; 1KZM A; 5ALA A; 4BLY A; 1RYC A; 7CCP A; 6CCP A; 4CCX A; 2W23 A; 1YYG A; 2XI6 A; 7ATJ A; 2V2E A; 1H5F A; 5SX0 A; 1KOK A; 5JHX A; 1KXM A; 4JQN A; 4JMZ A; 4PAE A; 5KSK A; 1JDR A; 3M29 A; 5JQR A; 2PCB A; 3M23 A; 4CCP A; 1U75 A; 2RC2 X; 3E2N A; 5SYK A; 4JMT A; 1AEV A; 3FM1 A; 1CCB A; 1SBM A; 1JCI A; 5H9F B; 3M2G A; 1ARW A; 1YZP A; 4XV4 A; 2CCA A; 2GGN X; 2B0Z A; 2RBZ X; 5SX6 A; 4NVJ B; 1CCC A; 1B85 A; 1H55 A; 2CCP A; 4CZO A; 5D6M A; 4JQK A; 2EUN A; 1ZBY A; 4A6Z A; 1DJ5 A; 2AQD A; 3RRW A; 2RBW X; 4JMS A; 1A2F A; 5CD4 J; 1GWO A; 2EUO A; 1SJ2 A; 3VLK A; 3M2A A; 1C8I A; 4OQ7 A; 3FJW A; 3WNU A; 4NVK B; 3E2O A; 1ARU A; 5CIC A; 1CYF A; 4CZR A; 5FNB A; 3R99 A; 2CYP A; 4NVM B; 4NVB A; 5CCP A; 2WSS S; 2E3A A; 5H9E B; 1BEJ A; 3VLM A; 1APX A; 2AS3 A; 2ZCA A; 4NVE A; 4XV5 A; 4U7U B; 1SCH A; 4P4Q A; 1LYK A; 3M26 A; 1AEB A; 2B12 A; 4BM2 A; 4NVL A; 1AES A; 4XV6 A; 3M5Q A; 1YYD A; 3VLI A; 2Y6B A; 2E39 A; 2RBV X; 4FCN A; 4USC A; 1H5J A; 3M2B A; 5ABQ A; 4BLK A; 4ATJ A; 1AED A; 2AS6 A; 4FCS A; 4XV7 A; 5JHZ A; 5L05 A; 5SX1 A; 4QYZ B; 1BEM A; 1CK6 A; 5SX7 A; 5CIG A; 1HSR A; 1YZR A; 2X07 A; 1DCC A; 4BLN A; 5AL9 A; 4JM9 A; 4NVF A; 3ZCG A; 2X08 A; 4JZA A; 3R98 A; 5ABO A; 4A71 A; 4JM8 A; 2EUR A; 2WD4 A; 4C50 A; 2B10 A; 1DJ1 A; 2EUU A; 1H5G A; 3RIW A; 1AEU A; 2CCD A; 1W4Y A; 4C51 A; 4CVJ A; 5SXR A; 5KQH A; 1GZA A; 4JQJ A; 5SX0 B; 4JMW A; 2RBX X; 5CIE A; 1CMP A; 2VNX X; 1LLP A; 1CPE A; 1KRJ A; 5SXQ A; 2AS1 A; 1AEH A; 1AC8 A; 5JPR A; 2ANZ A; 2JMX A; 1CCL A; 4A78 A; 1S73 A; 1B82 A; 4NVG B; 1GW2 A; 1CCE A; 1CMU A; 1ARX A; 1AC4 A; 2GHK X; 4GED A; 2CL4 X; 2GHC X; 5SYL A; 1CMT A; 4NVC A; 1H5A A; 1H5M A; 4BM3 A; 1CCK A; 3M2I A; 5FNE A; 5JHY A; 2IA8 A; 1CCP A; 3M2D A; 3VLH A; 5L86 A; 4NFG A; 2AS4 A; 2GHE X; 3FM4 A; 1CPF A; 2EUS A; 4JMA A; 1B80 A; 4NVA A; 4FDQ A; 2XIF A; 1BEP A; 3M2E A; 1ITK A; 1GZB A; 5SYW A; 4BLX A; 1MK8 A; 5SXW A; 3M2C A; 1MKQ A; 5SYY A; 1BEQ A; 4CUO A; 1AEK A; 3M28 A; 3EXB A; 2RBU X; 4CZQ A; 1ARV A; 2EUT A; 1H5I A; 3M27 A; 5SW4 A; 4H79 A; 4CVI A; 4JM5 A; 2BOQ A; 3M8M A; 1SOG A; 5AOG A; 1AEO A; 3UT2 A; 5KQ3 A; 1ABV A; 4BM4 A; 1DSO A; 4A7M A; 5SXT A; 3M25 A; 3ZCY A; 1H58 A; 6ATJ A; 5SYX A; 1EBE A; 1Z53 A; 4FEF A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2VCN A; 4NVH B; 4BM1 A; 1DS4 A; 1U2K A; 1BJ9 A; 4JM6 A; 5EJT A; 1BGP A; 3HDL A; 2XIL A; 5KSF A; 1AEJ A; 4JQM A; 5SYH A; 2BCN A; 1CPG A; 2AS2 A; 5KQI A; 1BES A; 2VCS A; 4JB4 A; 5SYI A; 5KQ2 A; 2XJ5 A; 1GWT A; 3FMU A; 4NVN B; 1GWU A; 1MKR A; 5ABN A; 5SXS A; 1H3J A; 1QGJ A; 1H5L A; 2VKA A; 1PA2 A; 1AEE A; 4XV8 A; 2E3B A; 1A2G A; 2GHH X; 2RC0 X; 2CEP A; 2RC1 X; 4JPU A; 1ML2 A; 3ZCH A; 5KQK A; 1AEQ A; 2VNZ X; 3UW8 A; 1DSE A; 3CCP A; 4JPT A; 1KXN A; 2N18 A; 4JMV A; 1W4W A; 5CIH A; 2VCF X; 3VLL A; 3CCX A; 2ATJ A; 1GX2 A; 1HCH A; 4XVA A; 1ARP A; 1H57 A; 1H5H A; 2Y5A A; 3WA8 A; 1U74 A; 1QPA A; 3FM6 A; 4NVI B; 3VLJ A; 2EUQ A; 1H5E A; 4A5G A; 4BM0 A; 1DSP A; 1LGA A; 2V23 A; 2VO2 X; 2YCG A; 1LY8 A; 1CCG A; 1MN1 A; 1H5C A; 1H5D A; 1FHF A; 2ICV A; 2Y6A A; 2GHD X; 5EJX A; 1MNP A; 1LY9 A; 2B11 A; 2RBT X; 2XJ6 A; 1ZBZ A; 2XJ8 A; 5SXX A; 4CZN A; 1AET A; 4H7A A; 5AMM A; 4CZP A; 4BLZ A; 1AEG A; 1ARY A; 4BLL A; 1STQ A; 1AEF A; 1AEM A; 5CIF A; 1H5K A; 5KQ0 A; 5L02 A; 1U2L A; 4JMB A; 1CCA A; 3M2H A; 1CCI A; 1CPD A; 2YLJ A; 3RIV A; 1UB2 A; 3X16 A; 2PCC A; 1IYN A; 2JTI A; 3Q3U A; 1OAG A; 1S6V A; 1MN2 A; 3FKG A; 5SYJ A; 1OAF A; 1AA4 A; 1SDQ A; 5SW6 A; 5CJH A; 5SX3 A; 3M2F A; 4NVD A; 5SYV A; 1DSG A; 1ATJ A; 4JN0 A; 1QO4 A; 4JPL A; 2RBY X; 2XIH A; 1CCJ A; 5CID A; 1BEK A; 5CIB A; 1V0H X; 2GB8 A; 5SYU A; 1CMQ A; 4NVO B; 3ATJ A; 2EUP A; 1U2J A; 4G05 A; 5SX2 A; 3WXO A; 5SW5 A; 1AEN A; 5KQ6 A; 1LYC A; 1BVA A; 1KZM A; 5ALA A; 4BLY A; 1RYC A; 7CCP A; 6CCP A; 4CCX A; 2W23 A; 1YYG A; 2XI6 A; 7ATJ A; 2V2E A; 1H5F A; 5SX0 A; 1KOK A; 5JHX A; 1KXM A; 4JQN A; 4JMZ A; 4PAE A; 5KSK A; 1JDR A; 3M29 A; 5JQR A; 2PCB A; 3M23 A; 4CCP A; 1U75 A; 2RC2 X; 3E2N A; 5SYK A; 4JMT A; 1AEV A; 3FM1 A; 1CCB A; 1SBM A; 1JCI A; 5H9F B; 3M2G A; 1ARW A; 1YZP A; 4XV4 A; 2CCA A; 2GGN X; 2B0Z A; 2RBZ X; 5SX6 A; 4NVJ B; 1CCC A; 1B85 A; 1H55 A; 2CCP A; 4CZO A; 5D6M A; 4JQK A; 2EUN A; 1ZBY A; 4A6Z A; 1DJ5 A; 2AQD A; 3RRW A; 2RBW X; 4JMS A; 1A2F A; 5CD4 J; 1GWO A; 2EUO A; 1SJ2 A; 3VLK A; 3M2A A; 1C8I A; 4OQ7 A; 3FJW A; 3WNU A; 4NVK B; 3E2O A; 1ARU A; 5CIC A; 1CYF A; 4CZR A; 5FNB A; 3R99 A; 2CYP A; 4NVM B; 4NVB A; 5CCP A; 2E3A A; 5H9E B; 1BEJ A; 3VLM A; 1APX A; 2AS3 A; 2ZCA A; 4NVE A; 4XV5 A; 4U7U B; 1SCH A; 4P4Q A; 1LYK A; 3M26 A; 1AEB A; 2B12 A; 4BM2 A; 4NVL A; 1AES A; 4XV6 A; 3M5Q A; 1YYD A; 3VLI A; 2Y6B A; 2E39 A; 2RBV X; 4FCN A; 4USC A; 1H5J A; 3M2B A; 5ABQ A; 4BLK A; 4ATJ A; 1AED A; 2AS6 A; 4FCS A; 4XV7 A; 5JHZ A; 5L05 A; 5SX1 A; 4QYZ B; 1BEM A; 1CK6 A; 5SX7 A; 5CIG A; 1HSR A; 1YZR A; 2X07 A; 1DCC A; 4BLN A; 5AL9 A; 4JM9 A; 4NVF A; 3ZCG A; 2X08 A; 4JZA A; 3R98 A; 5ABO A; 4A71 A; 4JM8 A; 2EUR A; 2WD4 A; 4C50 A; 2B10 A; 1DJ1 A; 2EUU A; 1H5G A; 3RIW A; 1AEU A; 2CCD A; 1W4Y A; 4C51 A; 4CVJ A; 5SXR A; 5KQH A; 1GZA A; 4JQJ A; 5SX0 B; 4JMW A; 2RBX X; 5CIE A; 1CMP A; 2VNX X; 1LLP A; 1CPE A; 1KRJ A; 5SXQ A; 2AS1 A; 1AEH A; 1AC8 A; 5JPR A; 2ANZ A; 1CCL A; 4A78 A; 1S73 A; 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