The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
157
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structure length |
157
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Chain Sequence |
DEIDAMALYRAWQQLDNGSCAQIRRVSEPDELRDIPAFYRLVQPFGWENPRHQQALLRMVFCLSAGKNVIRHQDKKSEQTTGISLGRALANSGRINERRIFQLIRADRTADMVQLRRLLTHAEPVLDWPLMARMLTWWGKRERQQLLEDFVLTTNKN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the RNA-guided immune surveillance Cascade complex in Escherichia coli
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| source organism |
Escherichia coli k12
|
| molecule keywords |
CRISPR system Cascade subunit CasA
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| total genus |
56
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| structure length |
157
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| sequence length |
157
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| chains with identical sequence |
C, N, O
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF09485 | CRISPR_Cse2 | CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4U7U B; 3WA8 A; 5CD4 J; 4QYZ B; 5H9E B; 4H79 A; 5H9F B; 2ZCA A; 4H7A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1H5C A; 4NVD A; 1FHF A; 2GHH X; 1CPG A; 1SDQ A; 2EUO A; 4NVK B; 2VNZ X; 3ATJ A; 4GKF A; 1H5H A; 4CCX A; 5SXX A; 2RBV X; 5CIH A; 7CCP A; 1AC8 A; 1CMQ A; 3FJW A; 2GHE X; 1ARP A; 1QGJ A; 3M2I A; 1SOG A; 4CZP A; 4XV5 A; 4JMA A; 5KQ3 A; 5JPR A; 1ARV A; 1QPA A; 2RBW X; 1B85 A; 4NVJ B; 4JM9 A; 5SYY A; 1BEP A; 4BLK A; 5SXQ A; 2IA8 A; 3M2H A; 5SX0 A; 5KQH A; 4CZO A; 2EUQ A; 3WA8 A; 3VLL A; 4CVJ A; 1BEK A; 3X1L F; 1H3J A; 4ATJ A; 1CPF A; 4BLZ A; 5FNE A; 4GED A; 4NVB A; 1U2L A; 4JZA A; 1LY8 A; 4JPT A; 1AEU A; 2RC1 X; 5SYL A; 5CCP A; 1AEF A; 3ZCH A; 4C51 A; 3M2E A; 4NVI B; 3VLH A; 2GHD X; 4JM5 A; 3VLJ A; 1S73 A; 2VKA A; 2XIL A; 4JQJ A; 1AEE A; 1CCA A; 1H57 A; 2XIF A; 1AET A; 4JMV A; 2RBU X; 1H5D A; 2E3B A; 5CD4 J; 2YLJ A; 5SXS A; 5SW5 A; 5FNB A; 1ARW A; 2AS3 A; 5SX1 A; 3FM1 A; 2YCG A; 1STQ A; 2ICV A; 4JB4 A; 5SYX A; 4JQN A; 2Y6B A; 5KQ0 A; 1PA2 A; 4BLY A; 2EUU A; 1JDR A; 1ARU A; 1KXM A; 1CYF A; 5CIC A; 2AS2 A; 1HCH A; 5SYW A; 1KZM A; 2VCN A; 1OAF A; 1BVA A; 4JPU A; 5SXT A; 1ABV A; 2PCB A; 2XJ5 A; 3FMU A; 5SX0 B; 4XV6 A; 5D6M A; 2PCC A; 4NVF A; 2EUT A; 4BLN A; 5ABN A; 1B80 A; 4BM1 A; 2BCN A; 1C8I A; 2WSS S; 3M2F A; 1CMU A; 2CCA A; 2GB8 A; 2B10 A; 1KOK A; 1RYC A; 2Y5A A; 2XJ8 A; 1APX A; 1CMT A; 2JTI A; 1AEV A; 2ATJ A; 5SX3 A; 1OAG A; 4JMW A; 1AED A; 1GX2 A; 1MK8 A; 4JQM A; 4XV7 A; 4JMS A; 1S6V A; 4NVO B; 1AEQ A; 1AES A; 4CZN A; 1DJ5 A; 2CEP A; 5KSF A; 4FEF A; 1AEG A; 1DCC A; 4FCS A; 4OQ7 A; 3M28 A; 1AA4 A; 5SYK A; 2Y6A A; 3WNU A; 2V2E A; 4NVH B; 1H5A A; 4JMB A; 5SX7 A; 4PAE A; 4A7M A; 5ABO A; 5JHX A; 3EXB A; 5KQ2 A; 5SYJ A; 1GZA A; 1U74 A; 3UT2 A; 1SCH A; 3ZCY A; 4CZQ A; 5KQK A; 1DSG A; 2B11 A; 2RBX X; 3R98 A; 1KRJ A; 1CCJ A; 1GWU A; 3M25 A; 5CID A; 3VLK A; 3M2G A; 1AEM A; 5CIB A; 5SX6 A; 3E2O A; 1ATJ A; 4U7U B; 4NVM B; 4QYZ B; 4A6Z A; 3FM6 A; 1QO4 A; 4H7A A; 1YZP A; 2AQD A; 3CCP A; 4JN0 A; 4JM8 A; 5JHY A; 3UW8 A; 5ALA A; 5CIG A; 4JM6 A; 1AEO A; 3M2A A; 1DJ1 A; 2GHC X; 1H58 A; 1B82 A; 5SW6 A; 4FCN A; 1DS4 A; 1CCB A; 1CCC A; 4CCP A; 2E3A A; 1MN2 A; 5L86 A; 1AEN A; 2VCS A; 5KQI A; 1CCL A; 3FM4 A; 3M29 A; 3RIW A; 3M2C A; 3E2N A; 2A7U B; 2RBZ X; 1EBE A; 4BM2 A; 2N18 A; 5EJX A; 4BM0 A; 5H9E B; 2GGN X; 1DSO A; 2VCF X; 4A78 A; 5JHZ A; 5SXR A; 4NVE A; 1BEJ A; 1GWT A; 2VO2 X; 5ABQ A; 2B0Z A; 3M2B A; 5L02 A; 3FKG A; 3M26 A; 5CIE A; 5L05 A; 1A2F A; 2AS4 A; 3VLI A; 3R99 A; 2ZCA A; 1H5L A; 5AMM A; 1UB2 A; 1H55 A; 5SW4 A; 5JQR A; 2V23 A; 5CJH A; 2B12 A; 1CPE A; 4BLL A; 1LGA A; 1CCK A; 1LYC A; 3Q3U A; 2RBT X; 1MNP A; 2W23 A; 1BES A; 2CCP A; 2XJ6 A; 1ZBY A; 1Z53 A; 4JPL A; 1U75 A; 5SYV A; 1CCE A; 2X07 A; 3M27 A; 1IYN A; 6ATJ A; 4P4Q A; 4BM3 A; 4NVA A; 3RRW A; 5H9F B; 1LY9 A; 4A71 A; 2AS6 A; 4CZR A; 1ARY A; 1DSE A; 5SX2 A; 1LYK A; 1SBM A; 4NVG B; 2E39 A; 4NVC A; 1W4W A; 4XV4 A; 2CCD A; 1H5M A; 5KQ6 A; 5EJT A; 2JMX A; 2RC2 X; 1SJ2 A; 1YYD A; 2OEB A; 3VLM A; 1ITK A; 4A5G A; 1BEQ A; 1H5K A; 1GW2 A; 1W4Y A; 4NFG A; 2EUP A; 1CCP A; 3M8M A; 4FDQ A; 2GHK X; 3M23 A; 1CCI A; 5SYI A; 5AL9 A; 2RBY X; 1HSR A; 4USC A; 4BLX A; 1JCI A; 1MKR A; 4NVN B; 1LLP A; 1H5G A; 4CVI A; 5SYU A; 1DSP A; 1H5F A; 1CK6 A; 1U2J A; 2WD4 A; 2XIH A; 4NVL A; 2EUR A; 1CPD A; 1AEK A; 1H5E A; 3ZCG A; 3WXO A; 1A2G A; 5SYH A; 3M2D A; 2X08 A; 3HDL A; 3CCX A; 2RC0 X; 2AS1 A; 1BGP A; 4G05 A; 1GWO A; 1H5J A; 1MKQ A; 4XVA A; 1U2K A; 1AEH A; 4C50 A; 1ARX A; 1AEB A; 4JQK A; 1CMP A; 1CCG A; 2CL4 X; 2VNX X; 2ZOP A; 3X16 A; 2EUS A; 1AEJ A; 5KSK A; 2ANZ A; 4CUO A; 5CIF A; 4JMZ A; 1KXN A; 4H79 A; 4JMT A; 1YZR A; 4BM4 A; 4XV8 A; 2XI6 A; 2CYP A; 1BJ9 A; 1GZB A; 7ATJ A; 1V0H X; 2BOQ A; 2BO5 A; 5SXW A; 3M5Q A; 2EUN A; 1AC4 A; 3RIV A; 1BEM A; 5AOG A; 1ZBZ A; 1ML2 A; 6CCP A; 1MN1 A; 1YYG A; 1H5I A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1H5C A; 4NVD A; 1FHF A; 2GHH X; 1CPG A; 1SDQ A; 2EUO A; 4NVK B; 2VNZ X; 3ATJ A; 1H5H A; 4CCX A; 5SXX A; 2RBV X; 5CIH A; 7CCP A; 1AC8 A; 1CMQ A; 3FJW A; 2GHE X; 1ARP A; 1QGJ A; 3M2I A; 1SOG A; 4CZP A; 4XV5 A; 4JMA A; 5KQ3 A; 5JPR A; 1ARV A; 1QPA A; 2RBW X; 1B85 A; 4NVJ B; 4JM9 A; 5SYY A; 1BEP A; 4BLK A; 5SXQ A; 2IA8 A; 3M2H A; 5SX0 A; 5KQH A; 4CZO A; 2EUQ A; 3WA8 A; 3VLL A; 4CVJ A; 1BEK A; 1H3J A; 4ATJ A; 1CPF A; 4BLZ A; 5FNE A; 4GED A; 4NVB A; 1U2L A; 4JZA A; 1LY8 A; 4JPT A; 1AEU A; 2RC1 X; 5SYL A; 5CCP A; 1AEF A; 3ZCH A; 4C51 A; 3M2E A; 4NVI B; 3VLH A; 2GHD X; 4JM5 A; 3VLJ A; 1S73 A; 2VKA A; 2XIL A; 4JQJ A; 1AEE A; 1CCA A; 1H57 A; 2XIF A; 1AET A; 4JMV A; 2RBU X; 1H5D A; 2E3B A; 5CD4 J; 2YLJ A; 5SXS A; 5SW5 A; 5FNB A; 1ARW A; 2AS3 A; 5SX1 A; 3FM1 A; 2YCG A; 1STQ A; 2ICV A; 4JB4 A; 5SYX A; 4JQN A; 2Y6B A; 5KQ0 A; 1PA2 A; 4BLY A; 2EUU A; 1JDR A; 1ARU A; 1KXM A; 1CYF A; 5CIC A; 2AS2 A; 1HCH A; 5SYW A; 1KZM A; 2VCN A; 1OAF A; 1BVA A; 4JPU A; 5SXT A; 2PCB A; 2XJ5 A; 3FMU A; 5SX0 B; 4XV6 A; 5D6M A; 2PCC A; 4NVF A; 2EUT A; 4BLN A; 5ABN A; 1B80 A; 4BM1 A; 2BCN A; 1C8I A; 3M2F A; 1CMU A; 2CCA A; 2GB8 A; 2B10 A; 1KOK A; 1RYC A; 2Y5A A; 2XJ8 A; 1APX A; 1CMT A; 2JTI A; 1AEV A; 2ATJ A; 5SX3 A; 1OAG A; 4JMW A; 1AED A; 1GX2 A; 1MK8 A; 4JQM A; 4XV7 A; 4JMS A; 1S6V A; 4NVO B; 1AEQ A; 1AES A; 4CZN A; 1DJ5 A; 2CEP A; 5KSF A; 4FEF A; 1AEG A; 1DCC A; 4FCS A; 4OQ7 A; 3M28 A; 1AA4 A; 5SYK A; 2Y6A A; 3WNU A; 2V2E A; 4NVH B; 1H5A A; 4JMB A; 5SX7 A; 4PAE A; 4A7M A; 5ABO A; 5JHX A; 3EXB A; 5KQ2 A; 5SYJ A; 1GZA A; 1U74 A; 3UT2 A; 1SCH A; 3ZCY A; 4CZQ A; 5KQK A; 1DSG A; 2B11 A; 2RBX X; 3R98 A; 1KRJ A; 1CCJ A; 1GWU A; 3M25 A; 5CID A; 3VLK A; 3M2G A; 1AEM A; 5CIB A; 5SX6 A; 3E2O A; 1ATJ A; 4U7U B; 4NVM B; 4QYZ B; 4A6Z A; 3FM6 A; 1QO4 A; 4H7A A; 1YZP A; 2AQD A; 3CCP A; 4JN0 A; 4JM8 A; 5JHY A; 3UW8 A; 5ALA A; 5CIG A; 4JM6 A; 1AEO A; 3M2A A; 1DJ1 A; 2GHC X; 1H58 A; 1B82 A; 5SW6 A; 4FCN A; 1DS4 A; 1CCB A; 1CCC A; 4CCP A; 2E3A A; 1MN2 A; 5L86 A; 1AEN A; 2VCS A; 5KQI A; 1CCL A; 3FM4 A; 3M29 A; 3RIW A; 3M2C A; 3E2N A; 2RBZ X; 1EBE A; 4BM2 A; 2N18 A; 5EJX A; 4BM0 A; 5H9E B; 2GGN X; 1DSO A; 2VCF X; 4A78 A; 5JHZ A; 5SXR A; 4NVE A; 1BEJ A; 1GWT A; 2VO2 X; 5ABQ A; 2B0Z A; 3M2B A; 5L02 A; 3FKG A; 3M26 A; 5CIE A; 5L05 A; 1A2F A; 2AS4 A; 3VLI A; 3R99 A; 2ZCA A; 1H5L A; 5AMM A; 1UB2 A; 1H55 A; 5SW4 A; 5JQR A; 2V23 A; 5CJH A; 2B12 A; 1CPE A; 4BLL A; 1LGA A; 1CCK A; 1LYC A; 3Q3U A; 2RBT X; 1MNP A; 2W23 A; 1BES A; 2CCP A; 2XJ6 A; 1ZBY A; 1Z53 A; 4JPL A; 1U75 A; 5SYV A; 1CCE A; 2X07 A; 3M27 A; 1IYN A; 6ATJ A; 4P4Q A; 4BM3 A; 4NVA A; 3RRW A; 5H9F B; 1LY9 A; 4A71 A; 2AS6 A; 4CZR A; 1ARY A; 1DSE A; 5SX2 A; 1LYK A; 1SBM A; 4NVG B; 2E39 A; 4NVC A; 1W4W A; 4XV4 A; 2CCD A; 1H5M A; 5KQ6 A; 5EJT A; 2RC2 X; 1SJ2 A; 1YYD A; 3VLM A; 1ITK A; 4A5G A; 1BEQ A; 1H5K A; 1GW2 A; 1W4Y A; 4NFG A; 2EUP A; 1CCP A; 3M8M A; 4FDQ A; 2GHK X; 3M23 A; 1CCI A; 5SYI A; 5AL9 A; 2RBY X; 1HSR A; 4USC A; 4BLX A; 1JCI A; 1MKR A; 4NVN B; 1LLP A; 1H5G A; 4CVI A; 5SYU A; 1DSP A; 1H5F A; 1CK6 A; 1U2J A; 2WD4 A; 2XIH A; 4NVL A; 2EUR A; 1CPD A; 1AEK A; 1H5E A; 3ZCG A; 3WXO A; 1A2G A; 5SYH A; 3M2D A; 2X08 A; 3HDL A; 3CCX A; 2RC0 X; 2AS1 A; 1BGP A; 4G05 A; 1GWO A; 1H5J A; 1MKQ A; 4XVA A; 1U2K A; 1AEH A; 4C50 A; 1ARX A; 1AEB A; 4JQK A; 1CMP A; 1CCG A; 2CL4 X; 2VNX X; 3X16 A; 2EUS A; 1AEJ A; 5KSK A; 2ANZ A; 4CUO A; 5CIF A; 4JMZ A; 1KXN A; 4H79 A; 4JMT A; 1YZR A; 4BM4 A; 4XV8 A; 2XI6 A; 2CYP A; 1BJ9 A; 1GZB A; 7ATJ A; 1V0H X; 2BOQ A; 5SXW A; 3M5Q A; 2EUN A; 1AC4 A; 3RIV A; 1BEM A; 5AOG A; 1ZBZ A; 1ML2 A; 6CCP A; 1MN1 A; 1YYG A; 1H5I A;
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