The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
44
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sequence length |
156
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structure length |
156
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Chain Sequence |
EIDAMALYRAWQQLDNGSCAQIRRVSEPDELRDIPAFYRLVQPFGWENPRHQQALLRMVFCLSAGKNVIRHQDKKSEQTTGISLGRALANSGRINERRIFQLIRADRTADMVQLRRLLTHAEPVLDWPLMARMLTWWGKRERQQLLEDFVLTTNKN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of CRISPR-RNA guided recognition of DNA targets in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/rna
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
CRISPR system Cascade subunit CasE
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| total genus |
44
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
|
| chains with identical sequence |
K, V, W
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-07-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| J | PF09485 | CRISPR_Cse2 | CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Peroxidase; domain 1 | Peroxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZCA A; 4H7A A; 5H9F B; 4QYZ B; 5H9E B; 4U7U B; 3WA8 A; 5CD4 J; 4H79 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M2G A; 2OEB A; 4JN0 A; 1ARV A; 1AEU A; 2CCA A; 1AEG A; 2GHD X; 2Y6A A; 1H57 A; 1C8I A; 2PCC A; 4NVB A; 1SDQ A; 1W4W A; 4NVD A; 2EUR A; 1LYC A; 4XV6 A; 1AC4 A; 5KQ3 A; 1S73 A; 4NVK B; 2YCG A; 4XV7 A; 3R99 A; 4G05 A; 1SOG A; 1JCI A; 2CCD A; 5SYW A; 4BLX A; 5SW5 A; 5KSK A; 2XIL A; 3M2B A; 3M2C A; 5EJX A; 4U7U B; 2EUO A; 1U75 A; 1MN1 A; 3EXB A; 4C50 A; 1ATJ A; 4CZP A; 5FNB A; 1V0H X; 3M2F A; 2B10 A; 1YZR A; 5L86 A; 4NVA A; 1AEK A; 4A7M A; 4CCX A; 1DSO A; 2ANZ A; 3RRW A; 2CEP A; 5SXQ A; 1CMQ A; 2VCF X; 3FM4 A; 4JMV A; 3ZCY A; 1SBM A; 1H5H A; 4A71 A; 1CMU A; 1BES A; 1JDR A; 2RBT X; 4JMT A; 5CJH A; 2B0Z A; 5SYX A; 3M26 A; 4BM3 A; 4NFG A; 1LY8 A; 1H5K A; 5SX1 A; 1SJ2 A; 4A5G A; 1AEN A; 1MNP A; 1U2L A; 2A7U B; 4JMS A; 2Y5A A; 1KXN A; 2RBY X; 2AS3 A; 5SYY A; 3E2N A; 3VLJ A; 2RBV X; 2XJ6 A; 4JQM A; 2ICV A; 2VCS A; 1QO4 A; 1APX A; 4CVJ A; 2RC1 X; 2XI6 A; 4NVM B; 1BEP A; 1LLP A; 4JM9 A; 1AEJ A; 1BJ9 A; 2IA8 A; 6ATJ A; 5JHX A; 1DSG A; 2GHE X; 6CCP A; 2BOQ A; 5SYV A; 2WD4 A; 4NVH B; 1DSP A; 5SX0 B; 1H3J A; 1MKQ A; 4BM0 A; 3FM6 A; 2VO2 X; 1ARX A; 5ABO A; 5FNE A; 4FCS A; 3ZCH A; 3VLM A; 1AET A; 4CZR A; 3VLI A; 5SW6 A; 4OQ7 A; 1A2F A; 2ZCA A; 2BO5 A; 1ARP A; 2JMX A; 2VCN A; 4BLN A; 3RIW A; 4GKF A; 3ATJ A; 4C51 A; 4XV8 A; 4A78 A; 5AL9 A; 2X07 A; 1AEE A; 1DS4 A; 1LYK A; 1QPA A; 5L05 A; 4H7A A; 1AEF A; 4NVO B; 4GED A; 1H5G A; 1CCC A; 1CMP A; 4FDQ A; 1DSE A; 2Y6B A; 1ITK A; 1H5A A; 1SCH A; 5CIH A; 5KQ6 A; 3M5Q A; 3R98 A; 5SYK A; 2BCN A; 2WSS S; 5SYL A; 1AEB A; 1GZB A; 1OAF A; 1RYC A; 4CZQ A; 2EUQ A; 1GWT A; 2RBX X; 4NVG B; 4BM1 A; 4CZN A; 1MN2 A; 4USC A; 3RIV A; 4CUO A; 5KSF A; 1LGA A; 5SXX A; 5L02 A; 2ATJ A; 2RBW X; 4NVJ B; 1GWU A; 4A6Z A; 5H9F B; 5SYI A; 4PAE A; 3VLK A; 5ABN A; 1CCP A; 2GGN X; 5CIG A; 1W4Y A; 1H5F A; 2VNZ X; 4JM8 A; 1CPE A; 2EUP A; 1PA2 A; 1IYN A; 1GWO A; 1CPD A; 2AS4 A; 1H5L A; 4BM4 A; 4H79 A; 5SXW A; 4JPU A; 3E2O A; 5D6M A; 1H5D A; 1ARU A; 1CCK A; 2AS2 A; 3WXO A; 1AC8 A; 2EUT A; 5SYU A; 4NVN B; 5KQ2 A; 1GW2 A; 2W23 A; 5KQK A; 4ATJ A; 5SYH A; 1CMT A; 3M28 A; 5JHZ A; 1MKR A; 5CIC A; 1A2G A; 4CCP A; 4JZA A; 2AS6 A; 4NVE A; 5AMM A; 1EBE A; 4CZO A; 1AEO A; 2X08 A; 4JM5 A; 4FEF A; 2CL4 X; 1AEH A; 3FJW A; 5SX3 A; 3FM1 A; 2CYP A; 2GB8 A; 3M2I A; 2EUN A; 2VNX X; 5SX7 A; 1KOK A; 2RC0 X; 5JPR A; 4JPL A; 1AEM A; 4BLY A; 1H5C A; 5SXT A; 1CPF A; 5H9E B; 3CCX A; 7CCP A; 1AEV A; 3M8M A; 2XIF A; 3VLL A; 1CCB A; 1BEM A; 1U2J A; 1QGJ A; 1CCI A; 1KRJ A; 1H55 A; 1H58 A; 1ARY A; 2E3A A; 7ATJ A; 3FMU A; 2EUU A; 5SXS A; 1STQ A; 4JQK A; 2XIH A; 1HCH A; 3M27 A; 1FHF A; 1ARW A; 1MK8 A; 1Z53 A; 5KQH A; 1H5J A; 1YYG A; 3WNU A; 4JMW A; 2EUS A; 5CIE A; 1CPG A; 4P4Q A; 5AOG A; 4BLZ A; 3M25 A; 3X16 A; 1S6V A; 1AED A; 4JQJ A; 1H5I A; 1ZBZ A; 2GHK X; 3HDL A; 3M2E A; 2E39 A; 1CCJ A; 2RBZ X; 2V23 A; 4JM6 A; 5EJT A; 1CCG A; 1H5E A; 4XV4 A; 3UW8 A; 2RC2 X; 3FKG A; 1HSR A; 5SXR A; 5SYJ A; 1ABV A; 1UB2 A; 5JHY A; 5CIF A; 1AA4 A; 2ZOP A; 2AS1 A; 5CCP A; 1YYD A; 5KQI A; 1CCE A; 4XV5 A; 4BLL A; 2XJ5 A; 1ZBY A; 1DJ1 A; 1H5M A; 1GZA A; 2GHH X; 2N18 A; 1GX2 A; 5SX2 A; 4JMZ A; 2XJ8 A; 4JMB A; 1KXM A; 4JMA A; 2E3B A; 4QYZ B; 3M29 A; 5ALA A; 4BM2 A; 2V2E A; 1U2K A; 2VKA A; 4FCN A; 3WA8 A; 1AEQ A; 1CK6 A; 3M2A A; 2PCB A; 1BEK A; 4JB4 A; 5CID A; 1DJ5 A; 4CVI A; 5KQ0 A; 4NVC A; 4BLK A; 2B12 A; 1BEJ A; 1CYF A; 1ML2 A; 2AQD A; 2RBU X; 3ZCG A; 4JPT A; 2B11 A; 2CCP A; 1U74 A; 2YLJ A; 1DCC A; 4NVL A; 3Q3U A; 3M2D A; 1LY9 A; 5SX6 A; 4NVF A; 1B85 A; 3M2H A; 1AES A; 4XVA A; 5JQR A; 1CCL A; 3M23 A; 1YZP A; 3CCP A; 3X1L F; 4NVI B; 3VLH A; 1B82 A; 5SX0 A; 1OAG A; 1BVA A; 1B80 A; 5SW4 A; 1KZM A; 1BEQ A; 2JTI A; 1BGP A; 3UT2 A; 5ABQ A; 4JQN A; 5CD4 J; 1CCA A; 2GHC X; 5CIB A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3M2G A; 4JN0 A; 1ARV A; 1AEU A; 2CCA A; 1AEG A; 2GHD X; 2Y6A A; 1H57 A; 1C8I A; 2PCC A; 4NVB A; 1SDQ A; 1W4W A; 4NVD A; 2EUR A; 1LYC A; 4XV6 A; 1AC4 A; 5KQ3 A; 1S73 A; 4NVK B; 2YCG A; 4XV7 A; 3R99 A; 4G05 A; 1SOG A; 1JCI A; 2CCD A; 5SYW A; 4BLX A; 5SW5 A; 5KSK A; 2XIL A; 3M2B A; 3M2C A; 5EJX A; 4U7U B; 2EUO A; 1U75 A; 1MN1 A; 3EXB A; 4C50 A; 1ATJ A; 4CZP A; 5FNB A; 1V0H X; 3M2F A; 2B10 A; 1YZR A; 5L86 A; 4NVA A; 1AEK A; 4A7M A; 4CCX A; 1DSO A; 2ANZ A; 3RRW A; 2CEP A; 5SXQ A; 1CMQ A; 2VCF X; 3FM4 A; 4JMV A; 3ZCY A; 1SBM A; 1H5H A; 4A71 A; 1CMU A; 1BES A; 1JDR A; 2RBT X; 4JMT A; 5CJH A; 2B0Z A; 5SYX A; 3M26 A; 4BM3 A; 4NFG A; 1LY8 A; 1H5K A; 5SX1 A; 1SJ2 A; 4A5G A; 1AEN A; 1MNP A; 1U2L A; 4JMS A; 2Y5A A; 1KXN A; 2RBY X; 2AS3 A; 5SYY A; 3E2N A; 3VLJ A; 2RBV X; 2XJ6 A; 4JQM A; 2ICV A; 2VCS A; 1QO4 A; 1APX A; 4CVJ A; 2RC1 X; 2XI6 A; 4NVM B; 1BEP A; 1LLP A; 4JM9 A; 1AEJ A; 1BJ9 A; 2IA8 A; 6ATJ A; 5JHX A; 1DSG A; 2GHE X; 6CCP A; 2BOQ A; 5SYV A; 2WD4 A; 4NVH B; 1DSP A; 5SX0 B; 1H3J A; 1MKQ A; 4BM0 A; 3FM6 A; 2VO2 X; 1ARX A; 5ABO A; 5FNE A; 4FCS A; 3ZCH A; 3VLM A; 1AET A; 4CZR A; 3VLI A; 5SW6 A; 4OQ7 A; 1A2F A; 2ZCA A; 1ARP A; 2VCN A; 4BLN A; 3RIW A; 3ATJ A; 4C51 A; 4XV8 A; 4A78 A; 5AL9 A; 2X07 A; 1AEE A; 1DS4 A; 1LYK A; 1QPA A; 5L05 A; 4H7A A; 1AEF A; 4NVO B; 4GED A; 1H5G A; 1CCC A; 1CMP A; 4FDQ A; 1DSE A; 2Y6B A; 1ITK A; 1H5A A; 1SCH A; 5CIH A; 5KQ6 A; 3M5Q A; 3R98 A; 5SYK A; 2BCN A; 5SYL A; 1AEB A; 1GZB A; 1OAF A; 1RYC A; 4CZQ A; 2EUQ A; 1GWT A; 4NVG B; 2RBX X; 4BM1 A; 4CZN A; 1MN2 A; 4USC A; 3RIV A; 4CUO A; 5KSF A; 1LGA A; 5SXX A; 5L02 A; 2ATJ A; 2RBW X; 4NVJ B; 1GWU A; 4A6Z A; 5H9F B; 5SYI A; 4PAE A; 3VLK A; 5ABN A; 1CCP A; 2GGN X; 5CIG A; 1W4Y A; 1H5F A; 2VNZ X; 4JM8 A; 1CPE A; 2EUP A; 1PA2 A; 1IYN A; 1GWO A; 1CPD A; 2AS4 A; 1H5L A; 4BM4 A; 4H79 A; 5SXW A; 4JPU A; 3E2O A; 5D6M A; 1H5D A; 1ARU A; 1CCK A; 2AS2 A; 3WXO A; 1AC8 A; 2EUT A; 5SYU A; 4NVN B; 5KQ2 A; 1GW2 A; 2W23 A; 5KQK A; 4ATJ A; 5SYH A; 1CMT A; 3M28 A; 5JHZ A; 1MKR A; 5CIC A; 1A2G A; 4CCP A; 4JZA A; 2AS6 A; 4NVE A; 5AMM A; 1EBE A; 4CZO A; 1AEO A; 2X08 A; 4JM5 A; 4FEF A; 2CL4 X; 1AEH A; 3FJW A; 5SX3 A; 3FM1 A; 2CYP A; 2GB8 A; 3M2I A; 2EUN A; 2VNX X; 5SX7 A; 1KOK A; 2RC0 X; 5JPR A; 4JPL A; 1AEM A; 4BLY A; 1H5C A; 5SXT A; 1CPF A; 5H9E B; 3CCX A; 7CCP A; 1AEV A; 3M8M A; 2XIF A; 3VLL A; 1CCB A; 1BEM A; 1U2J A; 1QGJ A; 1CCI A; 1KRJ A; 1H55 A; 1H58 A; 1ARY A; 2E3A A; 7ATJ A; 3FMU A; 2EUU A; 5SXS A; 1STQ A; 4JQK A; 2XIH A; 1HCH A; 3M27 A; 1FHF A; 1ARW A; 1MK8 A; 1Z53 A; 5KQH A; 1H5J A; 1YYG A; 3WNU A; 4JMW A; 2EUS A; 5CIE A; 1CPG A; 4P4Q A; 5AOG A; 4BLZ A; 3M25 A; 3X16 A; 1S6V A; 1AED A; 4JQJ A; 1H5I A; 1ZBZ A; 2GHK X; 3HDL A; 3M2E A; 2E39 A; 1CCJ A; 2RBZ X; 2V23 A; 4JM6 A; 5EJT A; 1CCG A; 1H5E A; 4XV4 A; 3UW8 A; 2RC2 X; 3FKG A; 1HSR A; 5SXR A; 5SYJ A; 1UB2 A; 5JHY A; 5CIF A; 1AA4 A; 2AS1 A; 5CCP A; 1YYD A; 5KQI A; 1CCE A; 4XV5 A; 4BLL A; 2XJ5 A; 1ZBY A; 1DJ1 A; 1H5M A; 1GZA A; 2GHH X; 2N18 A; 1GX2 A; 5SX2 A; 4JMZ A; 2XJ8 A; 4JMB A; 1KXM A; 4JMA A; 2E3B A; 4QYZ B; 3M29 A; 5ALA A; 4BM2 A; 2V2E A; 1U2K A; 2VKA A; 4FCN A; 3WA8 A; 1AEQ A; 1CK6 A; 3M2A A; 2PCB A; 1BEK A; 4JB4 A; 5CID A; 1DJ5 A; 4CVI A; 5KQ0 A; 4NVC A; 4BLK A; 2B12 A; 1BEJ A; 1CYF A; 1ML2 A; 2AQD A; 2RBU X; 3ZCG A; 4JPT A; 2B11 A; 2CCP A; 1U74 A; 2YLJ A; 1DCC A; 4NVL A; 3Q3U A; 3M2D A; 1LY9 A; 5SX6 A; 4NVF A; 1B85 A; 3M2H A; 1AES A; 4XVA A; 5JQR A; 1CCL A; 3M23 A; 1YZP A; 3CCP A; 4NVI B; 3VLH A; 1B82 A; 5SX0 A; 1OAG A; 1BVA A; 1B80 A; 5SW4 A; 1KZM A; 1BEQ A; 2JTI A; 1BGP A; 3UT2 A; 5ABQ A; 4JQN A; 5CD4 J; 1CCA A; 2GHC X; 5CIB A;
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