The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
|
sequence length |
387
|
structure length |
386
|
Chain Sequence |
TIGIDKINFYVPKYYVDMAKLAEARQVDPNKFLIGIGQTEMAVSPVNQDIVSMGANAAKDIITDEDKKKIGMVIVATESAVDAAKAAAVQIHNLLGIQPFARCFEMKEAYAATPAIQLAKDYLATRPNEKVLVIATDTARYGLNSGGEPTQGAGAVAMVIAHNPSILALNEDAVAYTEDVYDFWRPTGHKYPLVDGALSKDAYIRSFQQSWNEYAKRQGKSLADFASLCFHVPFTKMGKKALESIIDNADETTQERLRSGYEDAVDYNRYVGNIYTGSLYLSLISLLENRDLQAGETIGLFSYGSGSVGEFYSATLVEGYKDHLDQAAHKALLNNRTEVSVDAYETFFKRFDDVEFDEEQDAVHEDRHIFYLSNIENNVREYHRPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase intermediate complex observed in "real-time"
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus
|
| total genus |
139
|
| structure length |
386
|
| sequence length |
387
|
| chains with identical sequence |
B, D
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.3.10: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase. |
| pdb deposition date | 2004-10-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01154 | HMG_CoA_synt_N | Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal |
| A | PF08540 | HMG_CoA_synt_C | Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YSL B; 3GWA A; 4XSB A; 5KP2 A; 2VTZ A; 5SXO A; 2IBU A; 4JV3 A; 2VZ8 A; 5BY7 A; 2QO1 A; 2WKU A; 4KTM A; 3T6S B; 4C6X A; 3OYT A; 2GFX A; 3E60 A; 4XL4 A; 2VB7 A; 4YUF A; 3S20 A; 3S21 A; 4QYR A; 3T5Y A; 2GFW A; 2UV8 A; 1MZJ A; 1OX0 A; 2BYZ A; 2F82 A; 3IL7 A; 4C2K A; 2GFY A; 5KP7 A; 2QNZ A; 1WL4 A; 4X0O A; 1J3N A; 1Z1E A; 4N44 A; 3HNZ A; 4KU3 A; 4W61 A; 1CHW A; 3MQD A; 1XPM A; 3HHD A; 1XPK A; 1M1O A; 3S1Z A; 5HWQ A; 4OPE A; 2D3M A; 4YXT A; 2WGD A; 1XET A; 2WGF A; 4UBV A; 1M1T A; 4LS8 A; 2BUH A; 3A5R A; 4DD5 A; 4JAO A; 2IBW A; 3WD7 A; 3IL4 A; 3ROW A; 4O9C A; 4WZU A; 1CGZ A; 2QNY A; 1WL5 A; 5KP8 A; 5F38 D; 1D6H A; 1Z1F A; 4N45 A; 1CGK A; 4NZS A; 3A5S A; 4NA3 A; 1I89 A; 5F38 C; 1EK4 A; 2ALM A; 3LRF A; 1WDL C; 4E1L A; 4C2J A; 5C1J A; 1DM3 A; 4XS7 A; 3AWJ A; 1HN9 A; 2IWY A; 5LNQ A; 2QX1 A; 2WYA A; 2H84 A; 1M3K A; 2AJ9 A; 4O99 A; 3FK5 A; 2WKT A; 2IX4 A; 1QFL A; 1CML A; 4C72 A; 1M4S A; 2HG4 A; 5AB6 A; 1FJ4 A; 2F2S A; 4JAP A; 4LS5 A; 2BZ3 A; 4KU2 A; 2P8U A; 5BNS A; 1BQ6 A; 3ZBN A; 2VBA A; 1TED A; 4DFE A; 1HZP A; 2BUI A; 4LS7 A; 5DWZ C; 2WL6 A; 4KTI A; 4O9A A; 1HNH A; 1PXT A; 2GP6 A; 4X9O A; 1HNK A; 4TKT A; 2WU9 A; 2WGG A; 2WL4 B; 1X9E A; 4JRM A; 1TVZ A; 2VB8 A; 3S3L A; 2HDB A; 2QNX A; 3KZU A; 4WYS A; 2VB7 C; 3ZBG A; 3LEH A; 4KU5 A; 3V4N A; 4KC5 A; 4DDO A; 3EUO A; 4ZDN A; 5KP6 A; 2BYX A; 3EUQ A; 4C6W A; 4X0O D; 4WYR A; 1F91 A; 4C71 A; 1TXT A; 4XL2 A; 4YUC A; 2QO0 A; 2VZ9 A; 2D3T C; 1YSL A; 1E5M A; 1ZOW A; 3I8P A; 3H76 A; 1I86 A; 5HWR A; 4B7V A; 4B3J C; 1OXH A; 2GQD A; 3T6S A; 1XPK C; 2D52 A; 2WL4 A; 2F9A A; 4XS9 A; 2IIK A; 2WL5 A; 4R8E A; 5HWO A; 2EFT A; 2IB9 A; 1UB7 A; 1U0U A; 1G5X A; 1D6I A; 5AB4 A; 1WDM C; 4WKY A; 3IL6 A; 1WDK C; 2AHB A; 4C70 A; 3T8E A; 1BI5 A; 5E5N A; 3ZBL A; 1KAS A; 4C6Z A; 3GOA A; 2IWZ A; 4YJY A; 4LS6 A; 2C7Z A; 1M4T A; 1DLV A; 1XES A; 4EWG A; 3SVK A; 4Z37 A; 4JD3 A; 2WGE A; 1XPL A; 4JB6 A; 4UBU A; 5BNM A; 1M1M A; 1DD8 A; 5LD8 A; 2D51 A; 4JAR A; 5F0V A; 1I8B A; 5KP5 A; 2GFV A; 1TEE A; 2WKT C; 1U6S A; 1MZS A; 2VU0 A; 3V4X A; 1HND A; 1U6E A; 4NHD A; 1ULQ A; 4NA2 A; 1U0W A; 4JRH A; 4JAT A; 1H4F A; 3H77 A; 2X3E A; 4EFI A; 3OV3 A; 4EWP A; 1QLV A; 4WUM A; 5HWP A; 4NA1 A; 5AB5 A; 1B3N A; 5BQS A; 4Z19 A; 4B3H C; 2IB8 A; 3U0E A; 1OU6 A; 3S23 A; 4XSA A; 3TSY A; 4JPF A; 1U0V A; 4C73 A; 1TQY B; 4F32 A; 5TT4 A; 4C6V A; 4RYB A; 4YXV A; 3GWE A; 4EGV A; 3VS9 A; 4Z8D A; 2BZ4 A; 1U0M A; 2BYY A; 4UBT A; 3E1H A; 3SS6 A; 5AB7 A; 4OQJ A; 5LOT A; 4YXQ A; 2IBY A; 3IL9 A; 5F38 B; 3G0Y A; 3OV2 A; 2QO3 A; 3ALE A; 1NL7 A; 1HNJ A; 3ZBK A; 3AWK A; 3WXZ A; 3WXY A; 3G11 A; 2C9H A; 5BZ4 A; 1EBL A; 2WL4 D; 2WUA A; 1AFW A; 3SQZ A; 4B0N A; 4U4E A; 5BNR A; 2P0U A; 2GYO A; 3WD8 A; 2WL4 C; 3IL5 A; 4YZO A; 2WL5 C; 4OPF A; 3OIT A; 4B3I C; 4QAV A; 1TQY A; 1I88 A; 3HO2 A; 4V2P A; 2BYW A; 4XOX A; 4C6U A; 1FJ8 A; 4YLT A; 2RJT A; 1DLU A; 2EBD A; 3V7I A; 1W0I A; 5F38 A; 4JAQ A; 4BIA A; 3IL3 A; 2VB9 A; 2AQB A; 3VS8 A; 4BI9 A; 1D6F A; 2AQ7 A; 3O04 A; 3LED A; 3T5Y B; 3U0F A; 1JWX A; 1EE0 A; 2C7Y A; 2FA0 A; 4ZRC A; 3EUT A; 1M3Z A; 3H78 A; 4JGA A; 4X9K A; 4XL3 A; 2VU1 A; 2IB7 A; 5CBQ A; 3HO9 A; 5BYV A; 2VU2 A; 2WKV A; 4UBW A; 3WY0 A; 5LP7 A; 2FA3 A; 3A5Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YSL B; 3GWA A; 4XSB A; 5KP2 A; 2VTZ A; 5SXO A; 2IBU A; 4JV3 A; 2VZ8 A; 5BY7 A; 2QO1 A; 3LM6 A; 2WKU A; 4KTM A; 3T6S B; 4C6X A; 3OYT A; 2GFX A; 3E60 A; 4XL4 A; 2VB7 A; 4YUF A; 3S20 A; 3S21 A; 4QYR A; 3T5Y A; 2GFW A; 2UV8 A; 1MZJ A; 1OX0 A; 2BYZ A; 2F82 A; 3IL7 A; 4C2K A; 2GFY A; 5KP7 A; 2QNZ A; 1WL4 A; 4X0O A; 1J3N A; 1Z1E A; 4N44 A; 3HNZ A; 4KU3 A; 4W61 A; 1CHW A; 3MQD A; 1XPM A; 3HHD A; 1XPK A; 1M1O A; 3S1Z A; 5HWQ A; 4OPE A; 2D3M A; 4YXT A; 2WGD A; 1XET A; 2WGF A; 4UBV A; 1M1T A; 4LS8 A; 2BUH A; 3A5R A; 4DD5 A; 4JAO A; 2IBW A; 3WD7 A; 3IL4 A; 3ROW A; 4O9C A; 4WZU A; 1CGZ A; 2QNY A; 1WL5 A; 5KP8 A; 5F38 D; 1D6H A; 1Z1F A; 4N45 A; 1CGK A; 4NZS A; 3A5S A; 4NA3 A; 1I89 A; 5F38 C; 1EK4 A; 2ALM A; 3LRF A; 1WDL C; 4E1L A; 4C2J A; 5C1J A; 1DM3 A; 4XS7 A; 3AWJ A; 1HN9 A; 2IWY A; 5LNQ A; 2QX1 A; 2WYA A; 2H84 A; 1M3K A; 2AJ9 A; 4O99 A; 3FK5 A; 2WKT A; 2IX4 A; 1QFL A; 1CML A; 4C72 A; 1M4S A; 2HG4 A; 5AB6 A; 1FJ4 A; 2F2S A; 4JAP A; 4LS5 A; 2BZ3 A; 4KU2 A; 2P8U A; 5BNS A; 1BQ6 A; 3ZBN A; 2VBA A; 1TED A; 4DFE A; 1HZP A; 2BUI A; 4LS7 A; 5DWZ C; 2WL6 A; 4KTI A; 4O9A A; 1HNH A; 1PXT A; 2GP6 A; 4X9O A; 1HNK A; 4TKT A; 2WU9 A; 2WGG A; 2WL4 B; 1X9E A; 4JRM A; 1TVZ A; 2VB8 A; 3S3L A; 2HDB A; 2QNX A; 3KZU A; 4WYS A; 2VB7 C; 3ZBG A; 3LEH A; 4KU5 A; 3V4N A; 4KC5 A; 4DDO A; 3EUO A; 4ZDN A; 5KP6 A; 2BYX A; 3EUQ A; 4C6W A; 4X0O D; 4WYR A; 3LMA A; 1F91 A; 4C71 A; 1TXT A; 4XL2 A; 4YUC A; 2QO0 A; 2VZ9 A; 2D3T C; 1YSL A; 1E5M A; 1ZOW A; 3I8P A; 3H76 A; 1I86 A; 5HWR A; 4B7V A; 4B3J C; 1OXH A; 2GQD A; 3T6S A; 1XPK C; 2D52 A; 2WL4 A; 2F9A A; 4XS9 A; 2IIK A; 2WL5 A; 4R8E A; 5HWO A; 2EFT A; 2IB9 A; 1UB7 A; 1U0U A; 1G5X A; 1D6I A; 5AB4 A; 1WDM C; 4WKY A; 3IL6 A; 1WDK C; 2AHB A; 4C70 A; 3T8E A; 1BI5 A; 5E5N A; 3ZBL A; 1KAS A; 4C6Z A; 3GOA A; 2IWZ A; 4YJY A; 4LS6 A; 2C7Z A; 1M4T A; 1DLV A; 1XES A; 4EWG A; 3SVK A; 4Z37 A; 4JD3 A; 2WGE A; 1XPL A; 4JB6 A; 4UBU A; 5BNM A; 1M1M A; 1DD8 A; 5LD8 A; 2D51 A; 4JAR A; 5F0V A; 1I8B A; 5KP5 A; 2GFV A; 1TEE A; 2WKT C; 1U6S A; 1MZS A; 2VU0 A; 3V4X A; 1HND A; 1U6E A; 4NHD A; 1ULQ A; 4NA2 A; 1U0W A; 4JRH A; 4JAT A; 1H4F A; 3H77 A; 2X3E A; 4EFI A; 3OV3 A; 4EWP A; 1QLV A; 4WUM A; 5HWP A; 4NA1 A; 5AB5 A; 1B3N A; 5BQS A; 4Z19 A; 4B3H C; 2IB8 A; 3U0E A; 1OU6 A; 3S23 A; 4XSA A; 3TSY A; 4JPF A; 1U0V A; 4C73 A; 1TQY B; 4F32 A; 5TT4 A; 4C6V A; 4RYB A; 4YXV A; 3GWE A; 4EGV A; 3VS9 A; 4Z8D A; 2BZ4 A; 1U0M A; 2BYY A; 4UBT A; 3E1H A; 3SS6 A; 5AB7 A; 4OQJ A; 5LOT A; 4YXQ A; 2IBY A; 3IL9 A; 5F38 B; 3G0Y A; 3OV2 A; 2QO3 A; 3ALE A; 1NL7 A; 1HNJ A; 3ZBK A; 3AWK A; 3WXZ A; 3WXY A; 3G11 A; 2C9H A; 5BZ4 A; 1EBL A; 2WL4 D; 2WUA A; 1AFW A; 3SQZ A; 4B0N A; 4U4E A; 5BNR A; 2P0U A; 2GYO A; 3WD8 A; 2WL4 C; 3IL5 A; 4YZO A; 2WL5 C; 4OPF A; 3OIT A; 4B3I C; 4QAV A; 1TQY A; 1I88 A; 3HO2 A; 4V2P A; 2BYW A; 4XOX A; 4C6U A; 1FJ8 A; 4YLT A; 2RJT A; 1DLU A; 2EBD A; 3V7I A; 1W0I A; 5F38 A; 4JAQ A; 4BIA A; 3IL3 A; 2VB9 A; 2AQB A; 3VS8 A; 4BI9 A; 1D6F A; 2AQ7 A; 3O04 A; 3LED A; 3T5Y B; 3U0F A; 1JWX A; 1EE0 A; 2C7Y A; 2FA0 A; 4ZRC A; 3EUT A; 1M3Z A; 3H78 A; 4JGA A; 4X9K A; 4XL3 A; 2VU1 A; 2IB7 A; 5CBQ A; 3HO9 A; 5BYV A; 2VU2 A; 2WKV A; 4UBW A; 3WY0 A; 5LP7 A; 2FA3 A; 3A5Q A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1YSL B; 3GWA A; 4XSB A; 5KP2 A; 2VTZ A; 5SXO A; 2IBU A; 4JV3 A; 2VZ8 A; 5BY7 A; 2QO1 A; 3LM6 A; 2WKU A; 4KTM A; 3T6S B; 4C6X A; 3OYT A; 2GFX A; 3E60 A; 4XL4 A; 2VB7 A; 4YUF A; 3S20 A; 3S21 A; 4QYR A; 3T5Y A; 2GFW A; 2UV8 A; 1MZJ A; 1OX0 A; 2BYZ A; 2F82 A; 3IL7 A; 4C2K A; 2GFY A; 5KP7 A; 2QNZ A; 1WL4 A; 4X0O A; 1J3N A; 1Z1E A; 4N44 A; 3HNZ A; 4KU3 A; 4W61 A; 1CHW A; 3MQD A; 1XPM A; 3HHD A; 1XPK A; 1M1O A; 3S1Z A; 5HWQ A; 4OPE A; 2D3M A; 4YXT A; 2WGD A; 1XET A; 2WGF A; 4UBV A; 1M1T A; 4LS8 A; 2BUH A; 3A5R A; 4DD5 A; 4JAO A; 2IBW A; 3WD7 A; 3IL4 A; 3ROW A; 4O9C A; 4WZU A; 1CGZ A; 2QNY A; 1WL5 A; 5KP8 A; 5F38 D; 1D6H A; 1Z1F A; 4N45 A; 1CGK A; 4NZS A; 3A5S A; 4NA3 A; 1I89 A; 5F38 C; 1EK4 A; 2ALM A; 3LRF A; 1WDL C; 4E1L A; 4C2J A; 5C1J A; 1DM3 A; 4XS7 A; 3AWJ A; 1HN9 A; 2IWY A; 5LNQ A; 2QX1 A; 2WYA A; 2H84 A; 1M3K A; 2AJ9 A; 4O99 A; 3FK5 A; 2WKT A; 2IX4 A; 1QFL A; 1CML A; 4C72 A; 1M4S A; 2HG4 A; 5AB6 A; 1FJ4 A; 2F2S A; 4JAP A; 4LS5 A; 2BZ3 A; 4KU2 A; 2P8U A; 5BNS A; 1BQ6 A; 3ZBN A; 2VBA A; 1TED A; 4DFE A; 1HZP A; 2BUI A; 4LS7 A; 5DWZ C; 2WL6 A; 4KTI A; 4O9A A; 1HNH A; 1PXT A; 2GP6 A; 4X9O A; 1HNK A; 4TKT A; 2WU9 A; 2WGG A; 2WL4 B; 1X9E A; 4JRM A; 1TVZ A; 2VB8 A; 3S3L A; 2HDB A; 2QNX A; 3KZU A; 4WYS A; 2VB7 C; 3ZBG A; 3LEH A; 4KU5 A; 3V4N A; 4KC5 A; 4DDO A; 3EUO A; 4ZDN A; 5KP6 A; 2BYX A; 3EUQ A; 4C6W A; 4X0O D; 4WYR A; 3LMA A; 1F91 A; 4C71 A; 1TXT A; 4XL2 A; 4YUC A; 2QO0 A; 2VZ9 A; 2D3T C; 1YSL A; 1E5M A; 1ZOW A; 3I8P A; 3H76 A; 1I86 A; 5HWR A; 4B7V A; 4B3J C; 1OXH A; 2GQD A; 3T6S A; 1XPK C; 2D52 A; 2WL4 A; 2F9A A; 4XS9 A; 2IIK A; 2WL5 A; 4R8E A; 5HWO A; 2EFT A; 2IB9 A; 1UB7 A; 1U0U A; 1G5X A; 1D6I A; 5AB4 A; 1WDM C; 4WKY A; 3IL6 A; 1WDK C; 2AHB A; 4C70 A; 3T8E A; 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1I88 A; 3HO2 A; 4V2P A; 2BYW A; 4XOX A; 4C6U A; 1FJ8 A; 4YLT A; 2RJT A; 1DLU A; 2EBD A; 3V7I A; 1W0I A; 5F38 A; 4JAQ A; 4BIA A; 3IL3 A; 2VB9 A; 2AQB A; 3VS8 A; 4BI9 A; 1D6F A; 2AQ7 A; 3O04 A; 3LED A; 3T5Y B; 3U0F A; 1JWX A; 1EE0 A; 2C7Y A; 2FA0 A; 4ZRC A; 3EUT A; 1M3Z A; 3H78 A; 4JGA A; 4X9K A; 4XL3 A; 2VU1 A; 2IB7 A; 5CBQ A; 3HO9 A; 5BYV A; 2VU2 A; 2WKV A; 4UBW A; 3WY0 A; 5LP7 A; 2FA3 A; 3A5Q A;
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