The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
143
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sequence length |
404
|
structure length |
404
|
Chain Sequence |
MKRAVITGLGIVSSIGNNQQEVLASLREGRSGITFSQELKDSGMRSHVWGNVKLDTTGLIDRKVVRFMSDASIYAFLSMEQAIADAGLSPEAYQNNPRVGLIAGSGGGSPRFQVFGADAMRGPRGLKAVGPYVVTKAMASGVSACLATPFKIHGVNYSISSACATSAHCIGNAVEQIQLGKQDIVFAGGGEELCWEMACEFDAMGALSTKYNDTPEKASRTYDAHRDGFVIAGGGGMVVVEELEHALARGAHIYAEIVGYGATSDGADMVAPSGEGAVRCMKMAMHGVDTPIDYLNSHGTSTPVGDVKELAAIREVFGDKSPAISATKAMTGHSLGAAGVQEAIYSLLMLEHGFIAPSINIEELDEQAAGLNIVTETTDRELTTVMSNSFGFGGTNATLVMRKL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-Activity Relationships at the 5-Position of Thiolactomycin: An Intact (5R)-Isoprene Unit Is Required for Activity against the Condensing Enzymes from Mycobacterium tuberculosis and Escherichia coli
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
143
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| structure length |
404
|
| sequence length |
404
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| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.1.41: Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I. |
| pdb deposition date | 2005-08-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00109 | ketoacyl-synt | Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain |
| A | PF02801 | Ketoacyl-synt_C | Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H77 A; 3MQD A; 1D6I A; 1HNJ A; 5SXO A; 1M3K A; 5CBQ A; 3V7I A; 3V4N A; 4NHD A; 4Z37 A; 1X9E A; 1WDL C; 2WGD A; 4C71 A; 3WD7 A; 4X0O A; 2QNY A; 1HNK A; 1M3Z A; 5F38 B; 1TEE A; 3ZBK A; 1XPK C; 5E5N A; 2F9A A; 4KU5 A; 4YXV A; 1F91 A; 3OV3 A; 5LP7 A; 1EBL A; 3T6S B; 3SQZ A; 5KP7 A; 2VB7 A; 2FA3 A; 4WYS A; 2F82 A; 3V4X A; 1M4S A; 1DM3 A; 4N44 A; 4ZDN A; 2VU1 A; 1HZP A; 2WKV A; 3S1Z A; 4YXQ A; 2VZ8 A; 3IL7 A; 1PXT A; 4OPF A; 5F38 A; 3SS6 A; 2EBD A; 1WDM C; 2IB9 A; 2GP6 A; 3E60 A; 3T6S A; 3T5Y B; 4KTM A; 4C6V A; 4JRM A; 4YJY A; 2C7Y A; 3GWE A; 1U0M A; 2UV8 A; 4C6U A; 4B3H C; 3ROW A; 2IIK A; 3GOA A; 2D51 A; 1XPK A; 4C2K A; 4X9O A; 2WGF A; 1HN9 A; 1Z1E A; 3U0E A; 1TQY A; 4C73 A; 5AB7 A; 2GFW A; 4BIA A; 3FK5 A; 4YLT A; 4UBT A; 2IWY A; 2QX1 A; 2IBU A; 3EUT A; 2IBY A; 5HWO A; 5AB6 A; 2QO0 A; 3T5Y A; 4W61 A; 3S20 A; 2D3T C; 4NA1 A; 2GYO A; 1FJ4 A; 1KAS A; 2WKU A; 3A5R A; 2WL4 C; 3S3L A; 4DFE A; 2AQB A; 1EK4 A; 1HNH A; 5F0V A; 2D52 A; 1XPM A; 4Z19 A; 2BYW A; 3O04 A; 1DD8 A; 1CGK A; 3IL3 A; 2D3M A; 5BZ4 A; 4WZU A; 1U0V A; 5AB5 A; 3U0F A; 2BYZ A; 1OU6 A; 2WU9 A; 3T8E A; 2WL4 B; 5AB4 A; 4NZS A; 1TXT A; 5BNR A; 3HNZ A; 2ALM A; 5TT4 A; 1WL5 A; 2VU2 A; 2WGE A; 4JAR A; 2IBW A; 2IB7 A; 4BI9 A; 4Z8D A; 4YUC A; 1UB7 A; 4DDO A; 2VB8 A; 5BQS A; 2X3E A; 3IL9 A; 1EE0 A; 4JGA A; 4QYR A; 3IL5 A; 3WXY A; 1D6F A; 1ULQ A; 3WD8 A; 4LS6 A; 4V2P A; 4JAP A; 3OIT A; 4EGV A; 1I88 A; 2WL4 A; 4C6W A; 4EWP A; 3H78 A; 1U0W A; 4O9A A; 4X0O D; 4R8E A; 4JB6 A; 1CHW A; 1J3N A; 5KP5 A; 2BYX A; 1E5M A; 4LS7 A; 4WUM A; 4UBV A; 3GWA A; 4O99 A; 2WYA A; 1CML A; 1B3N A; 1U6S A; 3OV2 A; 4JPF A; 2GFX A; 4EWG A; 4WKY A; 1W0I A; 4YUF A; 2BYY A; 5HWP A; 2WKT C; 1H4F A; 1M1T A; 2GQD A; 3VS8 A; 1U0U A; 4LS8 A; 2QO1 A; 3ZBG A; 2IWZ A; 4RYB A; 3WXZ A; 4B0N A; 5BNS A; 2QNX A; 4KTI A; 2QO3 A; 3HHD A; 5C1J A; 4C6X A; 4NA3 A; 1XES A; 2VU0 A; 4XS7 A; 1G5X A; 5LOT A; 2C9H A; 5BNM A; 4KU2 A; 3E1H A; 4N45 A; 1DLU A; 2WL5 C; 3G0Y A; 3A5Q A; 1M4T A; 4KC5 A; 4ZRC A; 4JAT A; 4WYR A; 4UBW A; 4YXT A; 3EUO A; 4UBU A; 1HND A; 1YSL B; 4DD5 A; 2EFT A; 1JWX A; 5KP6 A; 5DWZ C; 3EUQ A; 5HWR A; 2WGG A; 4LS5 A; 1BQ6 A; 4XS9 A; 3ZBN A; 4NA2 A; 5KP8 A; 3S23 A; 2IX4 A; 5HWQ A; 2WKT A; 3ZBL A; 4JRH A; 2BZ3 A; 2RJT A; 3S21 A; 4JAO A; 4B7V A; 4OPE A; 2C7Z A; 1I86 A; 2FA0 A; 2HG4 A; 2VTZ A; 3LRF A; 3SVK A; 5LNQ A; 1I89 A; 3I8P A; 1YSL A; 3WY0 A; 1TED A; 2BUI A; 4B3J C; 4XL4 A; 4C72 A; 2VZ9 A; 4TKT A; 3HO9 A; 3AWJ A; 2WL5 A; 1FJ8 A; 4JV3 A; 4EFI A; 4KU3 A; 1I8B A; 1XET A; 3IL6 A; 2AJ9 A; 4XL3 A; 2WUA A; 4C70 A; 2H84 A; 1DLV A; 2GFV A; 2GFY A; 1U6E A; 4B3I C; 3LEH A; 3OYT A; 4C2J A; 2AQ7 A; 3KZU A; 4XOX A; 1M1O A; 1CGZ A; 1XPL A; 3HO2 A; 1TQY B; 1M1M A; 5KP2 A; 4E1L A; 5LD8 A; 2WL6 A; 4C6Z A; 1ZOW A; 4QAV A; 2QNZ A; 2WL4 D; 5BY7 A; 4X9K A; 1WDK C; 3IL4 A; 2F2S A; 1TVZ A; 1AFW A; 3G11 A; 4JAQ A; 5F38 D; 4F32 A; 2VB9 A; 5BYV A; 1QLV A; 2HDB A; 4XL2 A; 1OX0 A; 1MZS A; 2BZ4 A; 1D6H A; 4U4E A; 1QFL A; 4XSA A; 2VBA A; 2P0U A; 3A5S A; 1MZJ A; 1NL7 A; 1Z1F A; 2AHB A; 2VB7 C; 3ALE A; 4YZO A; 2BUH A; 4XSB A; 3LED A; 4O9C A; 1BI5 A; 4OQJ A; 3VS9 A; 2P8U A; 3AWK A; 3TSY A; 1OXH A; 4JD3 A; 5F38 C; 2IB8 A; 3H76 A; 1WL4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LMA A; 3H77 A; 3MQD A; 1D6I A; 1HNJ A; 5SXO A; 1M3K A; 5CBQ A; 3V7I A; 3V4N A; 4NHD A; 4Z37 A; 1X9E A; 1WDL C; 2WGD A; 4C71 A; 3WD7 A; 4X0O A; 2QNY A; 1HNK A; 1M3Z A; 5F38 B; 1TEE A; 3ZBK A; 1XPK C; 5E5N A; 2F9A A; 4KU5 A; 4YXV A; 1F91 A; 3OV3 A; 5LP7 A; 1EBL A; 3T6S B; 3SQZ A; 5KP7 A; 2VB7 A; 2FA3 A; 4WYS A; 2F82 A; 3V4X A; 1M4S A; 1DM3 A; 4N44 A; 4ZDN A; 2VU1 A; 1HZP A; 2WKV A; 3S1Z A; 4YXQ A; 2VZ8 A; 3IL7 A; 1PXT A; 4OPF A; 5F38 A; 3SS6 A; 2EBD A; 1WDM C; 2IB9 A; 2GP6 A; 3E60 A; 3T6S A; 3T5Y B; 4KTM A; 4C6V A; 4JRM A; 4YJY A; 2C7Y A; 3GWE A; 1U0M A; 2UV8 A; 4C6U A; 4B3H C; 3ROW A; 2IIK A; 3GOA A; 2D51 A; 1XPK A; 4C2K A; 4X9O A; 2WGF A; 1HN9 A; 1Z1E A; 3U0E A; 1TQY A; 4C73 A; 5AB7 A; 2GFW A; 4BIA A; 3FK5 A; 4YLT A; 4UBT A; 2IWY A; 2QX1 A; 2IBU A; 3EUT A; 2IBY A; 5HWO A; 5AB6 A; 2QO0 A; 3T5Y A; 4W61 A; 3S20 A; 2D3T C; 4NA1 A; 2GYO A; 1FJ4 A; 1KAS A; 2WKU A; 3A5R A; 2WL4 C; 3S3L A; 4DFE A; 2AQB A; 1EK4 A; 1HNH A; 5F0V A; 2D52 A; 1XPM A; 4Z19 A; 2BYW A; 3O04 A; 1DD8 A; 1CGK A; 3IL3 A; 2D3M A; 5BZ4 A; 4WZU A; 1U0V A; 5AB5 A; 3U0F A; 2BYZ A; 1OU6 A; 2WU9 A; 3T8E A; 2WL4 B; 5AB4 A; 4NZS A; 1TXT A; 5BNR A; 3HNZ A; 2ALM A; 5TT4 A; 1WL5 A; 2VU2 A; 2WGE A; 4JAR A; 2IBW A; 2IB7 A; 4BI9 A; 4Z8D A; 4YUC A; 1UB7 A; 4DDO A; 2VB8 A; 5BQS A; 2X3E A; 3IL9 A; 1EE0 A; 4JGA A; 4QYR A; 3IL5 A; 3WXY A; 1D6F A; 1ULQ A; 3WD8 A; 4LS6 A; 4V2P A; 3LM6 A; 4JAP A; 3OIT A; 4EGV A; 1I88 A; 2WL4 A; 4C6W A; 4EWP A; 3H78 A; 1U0W A; 4O9A A; 4X0O D; 4R8E A; 4JB6 A; 1CHW A; 1J3N A; 5KP5 A; 2BYX A; 1E5M A; 4LS7 A; 4WUM A; 4UBV A; 3GWA A; 4O99 A; 2WYA A; 1CML A; 1B3N A; 1U6S A; 3OV2 A; 4JPF A; 2GFX A; 4EWG A; 4WKY A; 1W0I A; 4YUF A; 2BYY A; 5HWP A; 2WKT C; 1H4F A; 1M1T A; 2GQD A; 3VS8 A; 1U0U A; 4LS8 A; 2QO1 A; 3ZBG A; 2IWZ A; 4RYB A; 3WXZ A; 4B0N A; 5BNS A; 2QNX A; 4KTI A; 2QO3 A; 3HHD A; 5C1J A; 4C6X A; 4NA3 A; 1XES A; 2VU0 A; 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1OX0 A; 1MZS A; 2BZ4 A; 1D6H A; 4U4E A; 1QFL A; 4XSA A; 2VBA A; 2P0U A; 3A5S A; 1MZJ A; 1NL7 A; 1Z1F A; 2AHB A; 2VB7 C; 3ALE A; 4YZO A; 2BUH A; 4XSB A; 3LED A; 4O9C A; 1BI5 A; 4OQJ A; 3VS9 A; 2P8U A; 3AWK A; 3TSY A; 1OXH A; 4JD3 A; 5F38 C; 2IB8 A; 3H76 A; 1WL4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3LMA A; 3H77 A; 3MQD A; 1D6I A; 1HNJ A; 5SXO A; 1M3K A; 5CBQ A; 3V7I A; 3V4N A; 4NHD A; 4Z37 A; 1X9E A; 1WDL C; 2WGD A; 4C71 A; 3WD7 A; 4X0O A; 2QNY A; 1HNK A; 1M3Z A; 5F38 B; 1TEE A; 3ZBK A; 1XPK C; 5E5N A; 2F9A A; 4KU5 A; 4YXV A; 1F91 A; 3OV3 A; 5LP7 A; 1EBL A; 3T6S B; 3SQZ A; 5KP7 A; 2VB7 A; 2FA3 A; 4WYS A; 2F82 A; 3V4X A; 1M4S A; 1DM3 A; 4N44 A; 4ZDN A; 2VU1 A; 1HZP A; 2WKV A; 3S1Z A; 4YXQ A; 2VZ8 A; 3IL7 A; 1PXT A; 4OPF A; 5F38 A; 3SS6 A; 2EBD A; 1WDM C; 2IB9 A; 2GP6 A; 3E60 A; 3T6S A; 3T5Y B; 4KTM A; 4C6V A; 4JRM A; 4YJY A; 2C7Y A; 3GWE A; 1U0M A; 2UV8 A; 4C6U A; 4B3H C; 3ROW A; 2IIK A; 3GOA A; 2D51 A; 1XPK A; 4C2K A; 4X9O A; 2WGF A; 1HN9 A; 1Z1E A; 3U0E A; 1TQY A; 4C73 A; 5AB7 A; 2GFW A; 4BIA A; 3FK5 A; 4YLT A; 4UBT A; 2IWY A; 2QX1 A; 2IBU A; 3EUT A; 2IBY A; 5HWO A; 5AB6 A; 2QO0 A; 3T5Y A; 4W61 A; 3S20 A; 2D3T C; 4NA1 A; 2GYO A; 1FJ4 A; 1KAS A; 2WKU A; 3A5R A; 2WL4 C; 3S3L A; 4DFE A; 2AQB A; 1EK4 A; 1HNH A; 5F0V A; 2D52 A; 1XPM A; 4Z19 A; 2BYW A; 3O04 A; 1DD8 A; 1CGK A; 3IL3 A; 2D3M A; 5BZ4 A; 4WZU A; 1U0V A; 5AB5 A; 3U0F A; 2BYZ A; 1OU6 A; 2WU9 A; 3T8E A; 2WL4 B; 5AB4 A; 4NZS A; 1TXT A; 5BNR A; 3HNZ A; 2ALM A; 5TT4 A; 1WL5 A; 2VU2 A; 2WGE A; 4JAR A; 2IBW A; 2IB7 A; 4BI9 A; 4Z8D A; 4YUC A; 1UB7 A; 4DDO A; 2VB8 A; 5BQS A; 2X3E A; 3IL9 A; 1EE0 A; 4JGA A; 4QYR A; 3IL5 A; 3WXY A; 1D6F A; 1ULQ A; 3WD8 A; 4LS6 A; 4V2P A; 3LM6 A; 4JAP A; 3OIT A; 4EGV A; 1I88 A; 2WL4 A; 4C6W A; 4EWP A; 3H78 A; 1U0W A; 4O9A A; 4X0O D; 4R8E A; 4JB6 A; 1CHW A; 1J3N A; 5KP5 A; 2BYX A; 1E5M A; 4LS7 A; 4WUM A; 4UBV A; 3GWA A; 4O99 A; 2WYA A; 1CML A; 1B3N A; 1U6S A; 3OV2 A; 4JPF A; 2GFX A; 4EWG A; 4WKY A; 1W0I A; 4YUF A; 2BYY A; 5HWP A; 2WKT C; 1H4F A; 1M1T A; 2GQD A; 3VS8 A; 1U0U A; 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