The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
381
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structure length |
369
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Chain Sequence |
RSQRADGLAAVLAIGTANPPNCVTQEEIPDFYFRVTNSDHLTALKDKFKRICQEMGVQRRYLHHTEEMLSAHPEFVDRDAPSLDARLDIAADAVPELAAEAAKKAIAEWGRPAADITHLVVTTNSGAHVPGVDFRLVPLLGLRPSVRRTMLHLNGCFAGCAALRLAKDLAENSRGARVLVVAAELTLMYFTGPDEGCFRTLLVQGLFGDGAAAVIVGADADDVERPLFEIVSAAQTIIPESDHALNMRFTERRLDGVLGRQVPGLIGDNVERCLLDMFGPLLGGWNDLFWAVHPGSSTIMDQVDAALGLEPGKLAASRRVLSDYGNMSGATVIFALDELRRQRKWPELGVMMAFGPGMTVDAMLLHATS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the one-pot formation of the diarylheptanoid scaffold by curcuminoid synthase from Oryza sativa
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Os07g0271500 protein
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Oryza sativa
|
| total genus |
114
|
| structure length |
369
|
| sequence length |
381
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.1.211: Bisdemethoxycurcumin synthase. |
| pdb deposition date | 2010-08-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00195 | Chal_sti_synt_N | Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain |
| A | PF02797 | Chal_sti_synt_C | Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G0Y A; 2WL5 C; 5F38 A; 2C7Y A; 1TEE A; 2VB9 A; 4YXT A; 2FA0 A; 2VU2 A; 3IL4 A; 4R8E A; 1OXH A; 5HWO A; 4KU5 A; 4U4E A; 1FJ4 A; 2WL4 D; 3EUQ A; 1BI5 A; 2AJ9 A; 1EBL A; 1EK4 A; 5F38 D; 5CBQ A; 4YXV A; 3EUT A; 3ZBK A; 4WKY A; 4ZRC A; 2HDB A; 2WKV A; 2C9H A; 4UBU A; 3VS9 A; 5KP5 A; 1HN9 A; 3WXY A; 3T5Y B; 4C6V A; 4EFI A; 2HG4 A; 2QO3 A; 3IL3 A; 5KP6 A; 3A5S A; 1D6H A; 4XS7 A; 2EBD A; 4N44 A; 3HO2 A; 3IL6 A; 5AB7 A; 4C6Z A; 2BYX A; 2IBU A; 4WUM A; 2VBA A; 2VZ8 A; 1Z1E A; 4C71 A; 1QLV A; 1JWX A; 3GOA A; 1WDK C; 3AWK A; 4KTI A; 5AB4 A; 4JAT A; 4LS5 A; 4EWG A; 2IIK A; 4E1L A; 4JPF A; 5F38 B; 2WKT A; 4X9O A; 3T5Y A; 4Z8D A; 1D6F A; 4N45 A; 1XPK A; 1E5M A; 1XES A; 2D51 A; 5SXO A; 2VB8 A; 3WXZ A; 1XPL A; 4Z37 A; 2WGF A; 4JAQ A; 3LED A; 5HWP A; 4B3I C; 4X9K A; 4C6W A; 4OPF A; 2IX4 A; 1YSL A; 4EWP A; 3V7I A; 3E60 A; 3A5Q A; 3T6S A; 2BYY A; 1FJ8 A; 1WDL C; 2IWY A; 3A5R A; 3VS8 A; 4KTM A; 4XSB A; 3S21 A; 4C72 A; 2D3T C; 2WKU A; 2WL6 A; 1M1T A; 2WL5 A; 3O04 A; 4TKT A; 4B0N A; 3TSY A; 3V4X A; 4YUC A; 1CML A; 2WYA A; 1AFW A; 4XOX A; 4C70 A; 3HHD A; 4XL3 A; 1I8B A; 4JAR A; 1F91 A; 3WD8 A; 4XL2 A; 2WUA A; 4X0O A; 2BUH A; 3T8E A; 4B3J C; 5LOT A; 5E5N A; 1OX0 A; 3LRF A; 1J3N A; 1OU6 A; 4DD5 A; 3EUO A; 3GWA A; 4X0O D; 2IBY A; 1I88 A; 4DFE A; 3SQZ A; 4YZO A; 2F82 A; 2QO1 A; 2GQD A; 4JD3 A; 1U6E A; 2GFY A; 4DDO A; 4NA1 A; 3G11 A; 3OV2 A; 1YSL B; 1M3K A; 2GYO A; 5BNM A; 2IB8 A; 3H76 A; 2IB7 A; 4Z19 A; 5BQS A; 1TED A; 4YLT A; 1CGZ A; 3T6S B; 2GFX A; 1DLU A; 4QYR A; 4YXQ A; 2BUI A; 3HO9 A; 1HND A; 4LS6 A; 4XSA A; 3H78 A; 1TQY B; 3FK5 A; 4WYS A; 1NL7 A; 5LNQ A; 1U0V A; 2VTZ A; 2FA3 A; 3IL7 A; 1UB7 A; 1M1M A; 1CHW A; 3SVK A; 5KP7 A; 4BIA A; 2GP6 A; 4JRH A; 4WYR A; 1I89 A; 2BYW A; 1M3Z A; 4NA2 A; 1HZP A; 4JGA A; 4JB6 A; 3S20 A; 2QX1 A; 4UBV A; 3ALE A; 1HNK A; 4NA3 A; 2IBW A; 5KP2 A; 2VU0 A; 4BI9 A; 4C2K A; 3MQD A; 2WGD A; 2C7Z A; 4ZDN A; 1WL4 A; 4B3H C; 4YUF A; 4QAV A; 3H77 A; 4OQJ A; 1TQY A; 4C6U A; 3V4N A; 5KP8 A; 2D3M A; 2D52 A; 4WZU A; 2VB7 C; 1H4F A; 4V2P A; 3ROW A; 4YJY A; 1HNJ A; 3ZBG A; 3GWE A; 4JAO A; 1PXT A; 3OV3 A; 1W0I A; 4F32 A; 4JRM A; 2VZ9 A; 1KAS A; 2BZ4 A; 2WL4 C; 4KU3 A; 5LP7 A; 1M1O A; 1MZJ A; 3S1Z A; 4O9C A; 5BNS A; 5F38 C; 2ALM A; 2QO0 A; 2AQB A; 2QNZ A; 1TVZ A; 2AQ7 A; 1M4S A; 3ZBL A; 4C6X A; 5BZ4 A; 3IL9 A; 1U0W A; 1CGK A; 5AB6 A; 5LD8 A; 2EFT A; 1BQ6 A; 1ULQ A; 3U0E A; 1DLV A; 4B7V A; 4UBT A; 2F9A A; 3IL5 A; 3OYT A; 2IB9 A; 1B3N A; 2GFW A; 4OPE A; 4KC5 A; 5BNR A; 1M4T A; 4NHD A; 4C2J A; 2H84 A; 2VU1 A; 3ZBN A; 3HNZ A; 2WU9 A; 3OIT A; 5C1J A; 1WDM C; 1XPM A; 5BYV A; 4C73 A; 1D6I A; 2X3E A; 2BYZ A; 4NZS A; 2QNY A; 3I8P A; 2P8U A; 2IWZ A; 1U6S A; 1ZOW A; 4XS9 A; 1DM3 A; 4UBW A; 4W61 A; 2AHB A; 2WGE A; 2WL4 B; 5F0V A; 1HNH A; 1U0M A; 3S3L A; 2P0U A; 4EGV A; 1I86 A; 1U0U A; 4O99 A; 1EE0 A; 3U0F A; 5TT4 A; 4JAP A; 2F2S A; 4KU2 A; 3LEH A; 1QFL A; 2UV8 A; 4XL4 A; 2WKT C; 3S23 A; 2BZ3 A; 1X9E A; 1XPK C; 4RYB A; 1G5X A; 2GFV A; 2WGG A; 5AB5 A; 1Z1F A; 3E1H A; 5BY7 A; 4O9A A; 2VB7 A; 3WY0 A; 1XET A; 1DD8 A; 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3T6S A; 2BYY A; 1FJ8 A; 1WDL C; 2IWY A; 3A5R A; 3VS8 A; 4KTM A; 4XSB A; 3S21 A; 4C72 A; 2D3T C; 2WKU A; 2WL6 A; 1M1T A; 2WL5 A; 3O04 A; 4TKT A; 4B0N A; 3TSY A; 3V4X A; 4YUC A; 1CML A; 2WYA A; 1AFW A; 4XOX A; 4C70 A; 3HHD A; 4XL3 A; 1I8B A; 4JAR A; 1F91 A; 3WD8 A; 4XL2 A; 2WUA A; 4X0O A; 2BUH A; 3T8E A; 4B3J C; 5LOT A; 5E5N A; 1OX0 A; 3LRF A; 1J3N A; 1OU6 A; 4DD5 A; 3EUO A; 3GWA A; 4X0O D; 2IBY A; 1I88 A; 4DFE A; 3LM6 A; 3SQZ A; 4YZO A; 2F82 A; 2QO1 A; 2GQD A; 4JD3 A; 1U6E A; 2GFY A; 4DDO A; 4NA1 A; 3G11 A; 3OV2 A; 1YSL B; 1M3K A; 2GYO A; 5BNM A; 2IB8 A; 3H76 A; 2IB7 A; 4Z19 A; 5BQS A; 1TED A; 4YLT A; 1CGZ A; 3T6S B; 2GFX A; 1DLU A; 4QYR A; 4YXQ A; 2BUI A; 3HO9 A; 1HND A; 4LS6 A; 4XSA A; 3H78 A; 1TQY B; 3FK5 A; 4WYS A; 1NL7 A; 5LNQ A; 1U0V A; 2VTZ A; 2FA3 A; 3IL7 A; 1UB7 A; 1M1M A; 1CHW A; 3SVK A; 5KP7 A; 4BIA A; 2GP6 A; 4JRH A; 4WYR A; 1I89 A; 2BYW A; 1M3Z A; 4NA2 A; 1HZP A; 4JGA A; 4JB6 A; 3S20 A; 2QX1 A; 4UBV A; 3ALE A; 1HNK A; 4NA3 A; 2IBW A; 5KP2 A; 2VU0 A; 4BI9 A; 4C2K A; 3MQD A; 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2BZ3 A; 1X9E A; 1XPK C; 3LMA A; 4RYB A; 1G5X A; 2GFV A; 2WGG A; 5AB5 A; 1Z1F A; 3E1H A; 5BY7 A; 4O9A A; 2VB7 A; 3WY0 A; 1XET A; 1DD8 A; 5DWZ C; 2RJT A; 3KZU A; 4LS7 A; 3SS6 A; 5HWQ A; 3AWJ A; 1WL5 A; 2WL4 A; 3WD7 A; 1MZS A; 2QNX A; 5HWR A; 1TXT A; 4JV3 A; 4LS8 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3G0Y A; 2WL5 C; 5F38 A; 2C7Y A; 1TEE A; 2VB9 A; 4YXT A; 2FA0 A; 2VU2 A; 3IL4 A; 4R8E A; 1OXH A; 5HWO A; 4KU5 A; 4U4E A; 1FJ4 A; 2WL4 D; 3EUQ A; 1BI5 A; 2AJ9 A; 1EBL A; 1EK4 A; 5F38 D; 5CBQ A; 4YXV A; 3EUT A; 3ZBK A; 4WKY A; 4ZRC A; 2HDB A; 2WKV A; 2C9H A; 4UBU A; 3VS9 A; 5KP5 A; 1HN9 A; 3WXY A; 3T5Y B; 4C6V A; 4EFI A; 2HG4 A; 2QO3 A; 3IL3 A; 5KP6 A; 3A5S A; 1D6H A; 4XS7 A; 2EBD A; 4N44 A; 3HO2 A; 3IL6 A; 5AB7 A; 4C6Z A; 2BYX A; 2IBU A; 4WUM A; 2VBA A; 2VZ8 A; 1Z1E A; 4C71 A; 1QLV A; 1JWX A; 3GOA A; 1WDK C; 3AWK A; 4KTI A; 5AB4 A; 4JAT A; 4LS5 A; 4EWG A; 2IIK A; 4E1L A; 4JPF A; 5F38 B; 2WKT A; 4X9O A; 3T5Y A; 4Z8D A; 1D6F A; 4N45 A; 1XPK A; 1E5M A; 1XES A; 2D51 A; 5SXO A; 2VB8 A; 3WXZ A; 1XPL A; 4Z37 A; 2WGF A; 4JAQ A; 3LED A; 5HWP A; 4B3I C; 4X9K A; 4C6W A; 4OPF A; 2IX4 A; 1YSL A; 4EWP A; 3V7I A; 3E60 A; 3A5Q A; 3T6S A; 2BYY A; 1FJ8 A; 1WDL C; 2IWY A; 3A5R A; 3VS8 A; 4KTM A; 4XSB A; 3S21 A; 4C72 A; 2D3T C; 2WKU A; 2WL6 A; 1M1T A; 2WL5 A; 3O04 A; 4TKT A; 4B0N A; 3TSY A; 3V4X A; 4YUC A; 1CML A; 2WYA A; 1AFW A; 4XOX A; 4C70 A; 3HHD A; 4XL3 A; 1I8B A; 4JAR A; 1F91 A; 3WD8 A; 4XL2 A; 2WUA A; 4X0O A; 2BUH A; 3T8E A; 4B3J C; 5LOT A; 5E5N A; 1OX0 A; 3LRF A; 1J3N A; 1OU6 A; 4DD5 A; 3EUO A; 3GWA A; 4X0O D; 2IBY A; 1I88 A; 4DFE A; 3LM6 A; 3SQZ A; 4YZO A; 2F82 A; 2QO1 A; 2GQD A; 4JD3 A; 1U6E A; 2GFY A; 4DDO A; 4NA1 A; 3G11 A; 3OV2 A; 1YSL B; 1M3K A; 2GYO A; 5BNM A; 2IB8 A; 3H76 A; 2IB7 A; 4Z19 A; 5BQS A; 1TED A; 4YLT A; 1CGZ A; 3T6S B; 2GFX A; 1DLU A; 4QYR A; 4YXQ A; 2BUI A; 3HO9 A; 1HND A; 4LS6 A; 4XSA A; 3H78 A; 1TQY B; 3FK5 A; 4WYS A; 1NL7 A; 5LNQ A; 1U0V A; 2VTZ A; 2FA3 A; 3IL7 A; 1UB7 A; 1M1M A; 1CHW A; 3SVK A; 5KP7 A; 4BIA A; 2GP6 A; 4JRH A; 4WYR A; 1I89 A; 2BYW A; 1M3Z A; 4NA2 A; 1HZP A; 4JGA A; 4JB6 A; 3S20 A; 2QX1 A; 4UBV A; 3ALE A; 1HNK A; 4NA3 A; 2IBW A; 5KP2 A; 2VU0 A; 4BI9 A; 4C2K A; 3MQD A; 2WGD A; 2C7Z A; 4ZDN A; 1WL4 A; 4B3H C; 4YUF A; 4QAV A; 3H77 A; 4OQJ A; 1TQY A; 4C6U A; 3V4N A; 5KP8 A; 2D3M A; 2D52 A; 4WZU A; 2VB7 C; 1H4F A; 4V2P A; 3ROW A; 4YJY A; 1HNJ A; 3ZBG A; 3GWE A; 4JAO A; 1PXT A; 3OV3 A; 1W0I A; 4F32 A; 4JRM A; 2VZ9 A; 1KAS A; 2BZ4 A; 2WL4 C; 4KU3 A; 5LP7 A; 1M1O A; 1MZJ A; 3S1Z A; 4O9C A; 5BNS A; 5F38 C; 2ALM A; 2QO0 A; 2AQB A; 2QNZ A; 1TVZ A; 2AQ7 A; 1M4S A; 3ZBL A; 4C6X A; 5BZ4 A; 3IL9 A; 1U0W A; 1CGK A; 5AB6 A; 5LD8 A; 2EFT A; 1BQ6 A; 1ULQ A; 3U0E A; 1DLV A; 4B7V A; 4UBT A; 2F9A A; 3IL5 A; 3OYT A; 2IB9 A; 1B3N A; 2GFW A; 4OPE A; 4KC5 A; 5BNR A; 1M4T A; 4NHD A; 4C2J A; 2H84 A; 2VU1 A; 3ZBN A; 3HNZ A; 2WU9 A; 3OIT A; 5C1J A; 1WDM C; 1XPM A; 5BYV A; 4C73 A; 1D6I A; 2X3E A; 2BYZ A; 4NZS A; 2QNY A; 3I8P A; 2P8U A; 2IWZ A; 1U6S A; 1ZOW A; 4XS9 A; 1DM3 A; 4UBW A; 4W61 A; 2AHB A; 2WGE A; 2WL4 B; 5F0V A; 1HNH A; 1U0M A; 3S3L A; 2P0U A; 4EGV A; 1I86 A; 1U0U A; 4O99 A; 1EE0 A; 3U0F A; 5TT4 A; 4JAP A; 2F2S A; 4KU2 A; 3LEH A; 1QFL A; 2UV8 A; 4XL4 A; 2WKT C; 3S23 A; 2BZ3 A; 1X9E A; 1XPK C; 3LMA A; 4RYB A; 1G5X A; 2GFV A; 2WGG A; 5AB5 A; 1Z1F A; 3E1H A; 5BY7 A; 4O9A A; 2VB7 A; 3WY0 A; 1XET A; 1DD8 A; 5DWZ C; 2RJT A; 3KZU A; 4LS7 A; 3SS6 A; 5HWQ A; 3AWJ A; 1WL5 A; 2WL4 A; 3WD7 A; 1MZS A; 2QNX A; 5HWR A; 1TXT A; 4JV3 A; 4LS8 A;
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