The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
127
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sequence length |
427
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structure length |
418
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Chain Sequence |
KRVFVVGGHITTFVGKGSPLFIDKKKENKTLEELLAESINGALQNTGLHDGRAALVDKLVVGNFLGELFSSQGHLGPAAVGSLSSSAFLNKPAVRVEGACASGGLAVQSAWEALLAGTSQIALAVGVEVQTTVSARVGGDYLARAAHYKRQRQLDDFTFPCLFARRMKAIQEAGHFTMEDAAYVAAKAYASGNRNPLAHMHARKVTLDFCTQASDKNPNFLGNEIYKPFLRTTDCSQVSDGGAAVILASEEGLQKLGLSPNDNRLVEIKSLASAAGNLYEDSPDLTRMTTSMVAARTALSMAGVKPEQLQVAEVHDCFTIAELLMYEALGIAEYGGAGALIRSGATALDGRIPVNTGGGLLSFGHPVGATGVKQVLEVYRQMKGQCGEYQMKNIPGIGATLNMGGDDKTAVSMVLTNI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of Scp2-Thiolases of Trypanosomatidae, Human Pathogens Causing Widespread Tropical Diseases: The Importance for Catalysis of the Cysteine of the Unique Hdcf Loop.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Trypanosoma brucei brucei
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| molecule keywords |
3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
|
| total genus |
127
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| structure length |
418
|
| sequence length |
427
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.1.16: Acetyl-CoA C-acyltransferase. |
| pdb deposition date | 2013-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00108 | Thiolase_N | Thiolase, N-terminal domain |
| A | PF02803 | Thiolase_C | Thiolase, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BI5 A; 1U0U A; 2QO1 A; 3T6S B; 1WL4 A; 3ALE A; 4B3I C; 4OPE A; 4O9C A; 1OX0 A; 2EBD A; 1HZP A; 2QNY A; 4KTM A; 2BUH A; 4WZU A; 3IL4 A; 5HWQ A; 4WUM A; 3T5Y A; 4DFE A; 3AWK A; 1U6S A; 5F38 B; 2GYO A; 1CHW A; 2WKT A; 1TQY B; 2AQ7 A; 4WYR A; 4YUC A; 3H76 A; 5BNS A; 1XPL A; 4C6X A; 3S20 A; 4BIA A; 1M1M A; 2BZ4 A; 4Z8D A; 3WXY A; 1TXT A; 5C1J A; 2VTZ A; 2P0U A; 4C6W A; 2VB9 A; 2BZ3 A; 1QLV A; 4DDO A; 4ZDN A; 1DLU A; 4XS7 A; 4KTI A; 2RJT A; 2ALM A; 2WL4 D; 1QFL A; 4NZS A; 2WGG A; 2VB7 C; 4JB6 A; 4C70 A; 4YXQ A; 1HNJ A; 5BNR A; 2GQD A; 3V4N A; 1M1T A; 5LD8 A; 1J3N A; 4KU3 A; 3GOA A; 3WXZ A; 2GFV A; 5SXO A; 2WL4 A; 5AB4 A; 3V4X A; 4B0N A; 4QAV A; 4YZO A; 3LEH A; 4JGA A; 1WDL C; 1WDM C; 1HND A; 3GWE A; 2IB8 A; 2WL5 A; 3EUQ A; 4O9A A; 4BI9 A; 2HG4 A; 3ROW A; 1M3Z A; 1YSL B; 1PXT A; 1G5X A; 1HN9 A; 5HWO A; 1ULQ A; 3SQZ A; 2AJ9 A; 1WL5 A; 4KU2 A; 4W61 A; 1EK4 A; 2WKU A; 4YUF A; 3HHD A; 2QNZ A; 3WD8 A; 5KP6 A; 3IL6 A; 3OV3 A; 1CGK A; 3A5R A; 1F91 A; 5BY7 A; 1HNH A; 2F2S A; 2VU1 A; 4JAQ A; 3S3L A; 2C9H A; 4OPF A; 1XES A; 5AB6 A; 1U0M A; 4LS6 A; 2GFY A; 3EUT A; 4TKT A; 4XSA A; 2WU9 A; 3H78 A; 4C6V A; 1U0W A; 2UV8 A; 3VS8 A; 5TT4 A; 4C71 A; 1XPK A; 4WKY A; 2F9A A; 1X9E A; 2BYX A; 1HNK A; 1XPM A; 4E1L A; 1ZOW A; 4C2K A; 4XL2 A; 2F82 A; 3T6S A; 2BYZ A; 5F38 D; 3IL7 A; 4EWP A; 1DLV A; 4JAP A; 3HO9 A; 1Z1E A; 3WY0 A; 5E5N A; 4YXV A; 1U6E A; 2IBU A; 5KP7 A; 1FJ8 A; 4KC5 A; 4UBV A; 4XL4 A; 3G0Y A; 5DWZ C; 2VB8 A; 5F38 A; 4C72 A; 4B3J C; 3I8P A; 1TQY A; 3E1H A; 4RYB A; 4JV3 A; 5AB5 A; 3S23 A; 3S21 A; 1NL7 A; 1JWX A; 5KP5 A; 1EE0 A; 1XET A; 4UBT A; 4QYR A; 2QO3 A; 5HWP A; 2BYW A; 4YXT A; 2IB7 A; 5CBQ A; 3IL3 A; 2P8U A; 3LED A; 2FA3 A; 3SS6 A; 4LS5 A; 4UBW A; 4V2P A; 4NA3 A; 1CGZ A; 3T8E A; 4X0O D; 4B7V A; 3HNZ A; 1H4F A; 4O99 A; 3ZBG A; 3S1Z A; 4NA1 A; 1BQ6 A; 4YLT A; 2D3M A; 5LNQ A; 1MZJ A; 1M4S A; 1KAS A; 2VB7 A; 3KZU A; 4C6U A; 4X0O A; 4JRM A; 4X9K A; 1YSL A; 4LS8 A; 4NA2 A; 3FK5 A; 4XS9 A; 2D52 A; 4EWG A; 4JRH A; 2WUA A; 3G11 A; 1I8B A; 4C73 A; 2C7Z A; 2X3E A; 2GP6 A; 3ZBK A; 2WKT C; 5HWR A; 4N44 A; 4JAR A; 4ZRC A; 2BYY A; 2H84 A; 3VS9 A; 3SVK A; 2IBY A; 3OYT A; 1CML A; 2IWY A; 3ZBN A; 1AFW A; 3U0E A; 4R8E A; 2GFW A; 3O04 A; 3T5Y B; 4C2J A; 3AWJ A; 2D3T C; 4JAT A; 4Z37 A; 4F32 A; 2QX1 A; 2AQB A; 3U0F A; 5KP8 A; 1D6H A; 2WGE A; 1TED A; 3OIT A; 2QO0 A; 1W0I A; 3IL9 A; 2HDB A; 2C7Y A; 2WL4 C; 2VZ9 A; 5BNM A; 2VU2 A; 2GFX A; 1D6I A; 2EFT A; 1TVZ A; 5KP2 A; 3MQD A; 3A5Q A; 5BQS A; 5BZ4 A; 1M4T A; 2WL5 C; 4JPF A; 1MZS A; 4LS7 A; 4JD3 A; 1FJ4 A; 2WGF A; 2WL4 B; 3WD7 A; 4B3H C; 5LP7 A; 1WDK C; 1B3N A; 2QNX A; 4WYS A; 2BUI A; 1TEE A; 4YJY A; 1E5M A; 4OQJ A; 2VBA A; 4DD5 A; 5BYV A; 4XSB A; 5F0V A; 3TSY A; 5AB7 A; 1I89 A; 4UBU A; 3E60 A; 2WGD A; 1Z1F A; 4EGV A; 4KU5 A; 4EFI A; 1OXH A; 2IIK A; 3HO2 A; 3IL5 A; 4U4E A; 3GWA A; 2IX4 A; 2VU0 A; 3H77 A; 4XOX A; 4NHD A; 3EUO A; 2WKV A; 1XPK C; 2D51 A; 1DD8 A; 2FA0 A; 2VZ8 A; 2WL6 A; 2WYA A; 3ZBL A; 5LOT A; 2AHB A; 3OV2 A; 1U0V A; 1EBL A; 3A5S A; 4JAO A; 4X9O A; 1M3K A; 1I88 A; 4Z19 A; 3V7I A; 3LRF A; 4N45 A; 1DM3 A; 4XL3 A; 1I86 A; 1D6F A; 1OU6 A; 2IBW A; 1M1O A; 4C6Z A; 1UB7 A; 2IWZ A; 2IB9 A; 5F38 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BI5 A; 1U0U A; 2QO1 A; 3T6S B; 1WL4 A; 3ALE A; 4B3I C; 4OPE A; 4O9C A; 1OX0 A; 2EBD A; 1HZP A; 2QNY A; 4KTM A; 2BUH A; 4WZU A; 3IL4 A; 5HWQ A; 4WUM A; 3T5Y A; 4DFE A; 3AWK A; 1U6S A; 5F38 B; 2GYO A; 1CHW A; 2WKT A; 1TQY B; 2AQ7 A; 4WYR A; 4YUC A; 3H76 A; 5BNS A; 1XPL A; 4C6X A; 3S20 A; 4BIA A; 1M1M A; 2BZ4 A; 4Z8D A; 3WXY A; 1TXT A; 5C1J A; 2VTZ A; 2P0U A; 4C6W A; 2VB9 A; 2BZ3 A; 1QLV A; 4DDO A; 4ZDN A; 1DLU A; 4XS7 A; 4KTI A; 2RJT A; 2ALM A; 2WL4 D; 1QFL A; 4NZS A; 2WGG A; 2VB7 C; 4JB6 A; 4C70 A; 4YXQ A; 1HNJ A; 5BNR A; 2GQD A; 3V4N A; 1M1T A; 5LD8 A; 1J3N A; 4KU3 A; 3GOA A; 3WXZ A; 2GFV A; 5SXO A; 2WL4 A; 5AB4 A; 3V4X A; 4B0N A; 4QAV A; 4YZO A; 3LEH A; 4JGA A; 1WDL C; 1WDM C; 1HND A; 3GWE A; 2IB8 A; 2WL5 A; 3EUQ A; 4O9A A; 4BI9 A; 2HG4 A; 3ROW A; 1M3Z A; 1YSL B; 1PXT A; 1G5X A; 1HN9 A; 5HWO A; 1ULQ A; 3SQZ A; 2AJ9 A; 1WL5 A; 4KU2 A; 4W61 A; 1EK4 A; 2WKU A; 4YUF A; 3HHD A; 2QNZ A; 3WD8 A; 5KP6 A; 3IL6 A; 3OV3 A; 1CGK A; 3A5R A; 1F91 A; 5BY7 A; 1HNH A; 2F2S A; 2VU1 A; 4JAQ A; 3S3L A; 2C9H A; 4OPF A; 1XES A; 5AB6 A; 3LM6 A; 1U0M A; 4LS6 A; 2GFY A; 3EUT A; 4TKT A; 4XSA A; 2WU9 A; 3H78 A; 4C6V A; 1U0W A; 2UV8 A; 3VS8 A; 5TT4 A; 4C71 A; 1XPK A; 4WKY A; 2F9A A; 1X9E A; 2BYX A; 1HNK A; 1XPM A; 4E1L A; 1ZOW A; 4C2K A; 4XL2 A; 2F82 A; 3T6S A; 2BYZ A; 5F38 D; 3IL7 A; 4EWP A; 1DLV A; 4JAP A; 3HO9 A; 1Z1E A; 3WY0 A; 5E5N A; 4YXV A; 1U6E A; 2IBU A; 5KP7 A; 1FJ8 A; 4KC5 A; 4UBV A; 4XL4 A; 3G0Y A; 5DWZ C; 2VB8 A; 5F38 A; 4C72 A; 4B3J C; 3I8P A; 1TQY A; 3E1H A; 4RYB A; 4JV3 A; 5AB5 A; 3S23 A; 3S21 A; 1NL7 A; 1JWX A; 5KP5 A; 1EE0 A; 1XET A; 4UBT A; 4QYR A; 2QO3 A; 5HWP A; 2BYW A; 4YXT A; 2IB7 A; 5CBQ A; 3IL3 A; 2P8U A; 3LED A; 2FA3 A; 4LS5 A; 3SS6 A; 4UBW A; 4V2P A; 4NA3 A; 1CGZ A; 3T8E A; 4X0O D; 4B7V A; 3HNZ A; 1H4F A; 4O99 A; 3ZBG A; 3S1Z A; 4NA1 A; 1BQ6 A; 4YLT A; 2D3M A; 5LNQ A; 1MZJ A; 1M4S A; 1KAS A; 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2D51 A; 1DD8 A; 2FA0 A; 2VZ8 A; 2WL6 A; 2WYA A; 3ZBL A; 5LOT A; 2AHB A; 3OV2 A; 1U0V A; 1EBL A; 3A5S A; 4JAO A; 4X9O A; 1M3K A; 1I88 A; 4Z19 A; 3V7I A; 3LRF A; 4N45 A; 1DM3 A; 4XL3 A; 1I86 A; 1D6F A; 1OU6 A; 2IBW A; 1M1O A; 4C6Z A; 1UB7 A; 2IWZ A; 2IB9 A; 5F38 C; #chains in the Genus database with same CATH homology 1BI5 A; 1U0U A; 2QO1 A; 3T6S B; 1WL4 A; 3ALE A; 4B3I C; 4OPE A; 4O9C A; 1OX0 A; 2EBD A; 1HZP A; 2QNY A; 4KTM A; 2BUH A; 4WZU A; 3IL4 A; 5HWQ A; 4WUM A; 3T5Y A; 4DFE A; 3AWK A; 1U6S A; 5F38 B; 2GYO A; 1CHW A; 2WKT A; 1TQY B; 2AQ7 A; 4WYR A; 4YUC A; 3H76 A; 5BNS A; 1XPL A; 4C6X A; 3S20 A; 4BIA A; 1M1M A; 2BZ4 A; 4Z8D A; 3WXY A; 1TXT A; 5C1J A; 2VTZ A; 2P0U A; 4C6W A; 2VB9 A; 2BZ3 A; 1QLV A; 4DDO A; 4ZDN A; 1DLU A; 4XS7 A; 4KTI A; 2RJT A; 2ALM A; 2WL4 D; 1QFL A; 4NZS A; 2WGG A; 2VB7 C; 4JB6 A; 4C70 A; 4YXQ A; 1HNJ A; 5BNR A; 2GQD A; 3V4N A; 1M1T A; 5LD8 A; 1J3N A; 4KU3 A; 3GOA A; 3WXZ A; 2GFV A; 5SXO A; 2WL4 A; 5AB4 A; 3V4X A; 4B0N A; 4QAV A; 4YZO A; 3LEH A; 4JGA A; 1WDL C; 1WDM C; 1HND A; 3GWE A; 2IB8 A; 2WL5 A; 3EUQ A; 4O9A A; 4BI9 A; 2HG4 A; 3ROW A; 1M3Z A; 1YSL B; 1PXT A; 1G5X A; 1HN9 A; 5HWO A; 1ULQ A; 3SQZ A; 2AJ9 A; 1WL5 A; 4KU2 A; 4W61 A; 1EK4 A; 2WKU A; 4YUF A; 3HHD A; 2QNZ A; 3WD8 A; 5KP6 A; 3IL6 A; 3OV3 A; 1CGK A; 3A5R A; 1F91 A; 5BY7 A; 1HNH A; 2F2S A; 2VU1 A; 4JAQ A; 3S3L A; 2C9H A; 4OPF A; 1XES A; 5AB6 A; 3LM6 A; 1U0M A; 4LS6 A; 2GFY A; 3EUT A; 4TKT A; 4XSA A; 2WU9 A; 3H78 A; 4C6V A; 1U0W A; 2UV8 A; 3VS8 A; 5TT4 A; 4C71 A; 1XPK A; 4WKY A; 2F9A A; 1X9E A; 2BYX A; 1HNK A; 1XPM A; 4E1L A; 1ZOW A; 4C2K A; 4XL2 A; 2F82 A; 3T6S A; 2BYZ A; 5F38 D; 3IL7 A; 4EWP A; 1DLV A; 4JAP A; 3HO9 A; 1Z1E A; 3WY0 A; 5E5N A; 4YXV A; 1U6E A; 2IBU A; 5KP7 A; 1FJ8 A; 4KC5 A; 4UBV A; 4XL4 A; 3G0Y A; 5DWZ C; 2VB8 A; 5F38 A; 4C72 A; 4B3J C; 3I8P A; 1TQY A; 3E1H A; 4RYB A; 4JV3 A; 5AB5 A; 3S23 A; 3S21 A; 1NL7 A; 1JWX A; 5KP5 A; 1EE0 A; 1XET A; 4UBT A; 4QYR A; 2QO3 A; 5HWP A; 2BYW A; 4YXT A; 2IB7 A; 5CBQ A; 3IL3 A; 2P8U A; 3LED A; 2FA3 A; 4LS5 A; 3SS6 A; 4UBW A; 4V2P A; 4NA3 A; 1CGZ A; 3T8E A; 4X0O D; 4B7V A; 3HNZ A; 1H4F A; 4O99 A; 3ZBG A; 3S1Z A; 4NA1 A; 1BQ6 A; 4YLT A; 2D3M A; 5LNQ A; 1MZJ A; 1M4S A; 1KAS A; 2VB7 A; 3KZU A; 4C6U A; 4X0O A; 4JRM A; 4X9K A; 1YSL A; 4LS8 A; 4NA2 A; 3FK5 A; 4XS9 A; 2D52 A; 4EWG A; 4JRH A; 2WUA A; 3G11 A; 1I8B A; 4C73 A; 2C7Z A; 2X3E A; 2GP6 A; 3ZBK A; 2WKT C; 5HWR A; 4N44 A; 4JAR A; 4ZRC A; 2BYY A; 2H84 A; 3VS9 A; 3SVK A; 2IBY A; 3OYT A; 1CML A; 2IWY A; 3ZBN A; 1AFW A; 3U0E A; 4R8E A; 2GFW A; 3O04 A; 3T5Y B; 4C2J A; 3AWJ A; 2D3T C; 4JAT A; 4Z37 A; 4F32 A; 2QX1 A; 2AQB A; 3U0F A; 5KP8 A; 1D6H A; 2WGE A; 1TED A; 3OIT A; 2QO0 A; 1W0I A; 3IL9 A; 2HDB A; 2C7Y A; 2WL4 C; 2VZ9 A; 5BNM A; 2VU2 A; 2GFX A; 1D6I A; 2EFT A; 1TVZ A; 5KP2 A; 3MQD A; 3A5Q A; 5BQS A; 3LMA A; 5BZ4 A; 1M4T A; 2WL5 C; 4JPF A; 1MZS A; 4LS7 A; 4JD3 A; 1FJ4 A; 2WGF A; 2WL4 B; 3WD7 A; 4B3H C; 5LP7 A; 1WDK C; 1B3N A; 2QNX A; 4WYS A; 2BUI A; 1TEE A; 4YJY A; 1E5M A; 4OQJ A; 2VBA A; 4DD5 A; 5BYV A; 4XSB A; 5F0V A; 3TSY A; 5AB7 A; 1I89 A; 4UBU A; 3E60 A; 2WGD A; 1Z1F A; 4EGV A; 4KU5 A; 4EFI A; 1OXH A; 2IIK A; 3HO2 A; 3IL5 A; 4U4E A; 3GWA A; 2IX4 A; 2VU0 A; 3H77 A; 4XOX A; 4NHD A; 3EUO A; 2WKV A; 1XPK C; 2D51 A; 1DD8 A; 2FA0 A; 2VZ8 A; 2WL6 A; 2WYA A; 3ZBL A; 5LOT A; 2AHB A; 3OV2 A; 1U0V A; 1EBL A; 3A5S A; 4JAO A; 4X9O A; 1M3K A; 1I88 A; 4Z19 A; 3V7I A; 3LRF A; 4N45 A; 1DM3 A; 4XL3 A; 1I86 A; 1D6F A; 1OU6 A; 2IBW A; 1M1O A; 4C6Z A; 1UB7 A; 2IWZ A; 2IB9 A; 5F38 C;
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