The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
142
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sequence length |
415
|
structure length |
414
|
Chain Sequence |
KRVGIEALAVAVPSRYVDIEDLARARGVDPAKYTAGLGAREMAVTDPGEDTVALAATAAARLIRQQDVDPSRIGMLVVGTETGIDHSKPVASHVQGLLKLPRTMRTYDTQHAYGGTAGLMAAVEWIASGAGAGKVAVVVCSDIARYGLNTAGEPTQGGGAVALLVSEQPDLLAMDVGLNGVCSMDVYDFWRPVGRREALVDGHYSITCYLEALSGAYRGWREKALAAGLVRWSDALPGEQLARIAYHVPFCKMARKAHTQLRLCDLEDAADAAASTPESREAQAKSAASYDAQVATSLGLNSRIGNVYTASLYLALAGLLQHEAGALAGQRIGLLSYGSGCAAEFYSGTVGEKAAERMAKADLEAVLARRERVSIEEYERLMKLPADAPEAVAPSPGAFRLTEIRDHRRQYAEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the HMG-CoA Synthase MvaS from the Gram-Negative Bacterium Myxococcus xanthus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Myxococcus xanthus (strain dk 1622)
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| total genus |
142
|
| structure length |
414
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| sequence length |
415
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| ec nomenclature |
ec
2.3.3.10: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase. |
| pdb deposition date | 2016-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01154 | HMG_CoA_synt_N | Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal |
| A | PF08540 | HMG_CoA_synt_C | Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VU0 A; 1D6I A; 1EK4 A; 4XL2 A; 5TT4 A; 4X9O A; 2F2S A; 2AQB A; 1M3Z A; 2WKV A; 2WUA A; 3FK5 A; 3G11 A; 4DD5 A; 2WL6 A; 2VB8 A; 4E1L A; 2WL4 A; 4JAO A; 2VU2 A; 1I8B A; 2WL4 C; 3T8E A; 1WL5 A; 3T5Y A; 4R8E A; 2WL4 B; 2X3E A; 1TED A; 4JD3 A; 4Z37 A; 3T5Y B; 3V7I A; 1I88 A; 4B0N A; 3S1Z A; 5LNQ A; 3A5R A; 5F38 D; 1WDK C; 3WXZ A; 2WGF A; 2GFW A; 2WL5 A; 4OPF A; 4B3J C; 3S21 A; 2VZ8 A; 1DM3 A; 4X0O D; 4JGA A; 4XL3 A; 3SS6 A; 4YXT A; 2AQ7 A; 2BYZ A; 4QYR A; 4C6Z A; 1BI5 A; 2WGD A; 4YLT A; 4DDO A; 2ALM A; 4JAQ A; 4JPF A; 3ZBK A; 3OIT A; 4UBW A; 1M4S A; 1M3K A; 4JV3 A; 1B3N A; 1ULQ A; 3IL9 A; 3SQZ A; 3V4X A; 2QO3 A; 1BQ6 A; 3S20 A; 5KP7 A; 3KZU A; 1Z1F A; 4KU3 A; 4DFE A; 5BQS A; 3IL6 A; 2AHB A; 4NHD A; 2F9A A; 4KU2 A; 2VTZ A; 4RYB A; 1HNJ A; 3U0E A; 5CBQ A; 4OQJ A; 1DLV A; 3H78 A; 3WXY A; 4EWG A; 5BY7 A; 3ALE A; 1F91 A; 4YUF A; 2BYW A; 2BUI A; 3HO2 A; 5AB6 A; 3E60 A; 3HO9 A; 3LRF A; 1TVZ A; 3HHD A; 2AJ9 A; 1XPM A; 2WKT A; 4NZS A; 4EWP A; 2GFX A; 1CGK A; 4V2P A; 2BZ3 A; 4KTI A; 4C72 A; 3G0Y A; 1MZJ A; 5SXO A; 1M4T A; 4C2J A; 3GWA A; 1I86 A; 2D3T C; 4LS7 A; 1DD8 A; 1HZP A; 1HNK A; 1CGZ A; 2IB9 A; 2WKU A; 1YSL A; 3ROW A; 4O99 A; 2P0U A; 5KP6 A; 3TSY A; 5BZ4 A; 3ZBL A; 5AB4 A; 5KP5 A; 1YSL B; 3AWJ A; 2VZ9 A; 2IBU A; 4LS8 A; 5AB7 A; 3E1H A; 4ZDN A; 2F82 A; 5LP7 A; 3WD7 A; 3IL7 A; 4NA3 A; 3A5Q A; 1EBL A; 3WY0 A; 2FA3 A; 1M1O A; 1UB7 A; 4JRM A; 1QFL A; 1WL4 A; 4NA2 A; 1FJ8 A; 3O04 A; 4OPE A; 3OYT A; 1U6S A; 2C7Z A; 3S3L A; 4UBV A; 2WYA A; 4C6V A; 2C7Y A; 3MQD A; 2GFV A; 1HND A; 4JAP A; 1U0M A; 1Z1E A; 4BI9 A; 4JAR A; 4N45 A; 1WDM C; 4WZU A; 4LS5 A; 5LOT A; 3H76 A; 1U0W A; 5HWP A; 2IWZ A; 3GWE A; 2IB8 A; 5BNR A; 4NA1 A; 1QLV A; 2H84 A; 2WL4 D; 4XS9 A; 4QAV A; 4XSA A; 2FA0 A; 4EGV A; 4N44 A; 4C6X A; 1CML A; 4Z8D A; 3EUT A; 4B3H C; 3AWK A; 1U0U A; 4O9A A; 4C2K A; 3U0F A; 1EE0 A; 4O9C A; 5HWR A; 2EBD A; 2QNZ A; 2RJT A; 4WYS A; 1XPL A; 3OV3 A; 4YXQ A; 4Z19 A; 1TQY A; 2P8U A; 4C71 A; 1E5M A; 2IWY A; 1XPK C; 1TQY B; 5HWQ A; 4UBU A; 1FJ4 A; 1MZS A; 2GP6 A; 2IBY A; 5BNS A; 1I89 A; 1XES A; 4C73 A; 5F38 C; 2D52 A; 1OX0 A; 4XSB A; 1W0I A; 4X0O A; 1G5X A; 5F0V A; 5DWZ C; 2HG4 A; 2IX4 A; 4C70 A; 4F32 A; 3VS9 A; 3H77 A; 4YXV A; 5KP2 A; 1PXT A; 2VB7 C; 4W61 A; 4WYR A; 1JWX A; 3LED A; 1HNH A; 1U6E A; 4U4E A; 2VB9 A; 2GYO A; 1X9E A; 2BYY A; 4YUC A; 1TEE A; 3GOA A; 4WKY A; 1XET A; 5AB5 A; 1WDL C; 3VS8 A; 1KAS A; 3ZBN A; 4BIA A; 4JAT A; 5E5N A; 3T6S A; 3EUO A; 3T6S B; 5C1J A; 2D3M A; 4B3I C; 4C6W A; 3IL3 A; 2VBA A; 3I8P A; 4XOX A; 1HN9 A; 3EUQ A; 4UBT A; 4LS6 A; 4XS7 A; 2WGG A; 3ZBG A; 2GQD A; 2D51 A; 1M1T A; 3A5S A; 2QX1 A; 4KC5 A; 2WL5 C; 2QNY A; 2UV8 A; 2IB7 A; 1OXH A; 2QO1 A; 2WU9 A; 1AFW A; 2BZ4 A; 4JB6 A; 1H4F A; 3HNZ A; 3SVK A; 5BNM A; 3WD8 A; 4KU5 A; 4YJY A; 2GFY A; 1J3N A; 2C9H A; 2IBW A; 5LD8 A; 4XL4 A; 1OU6 A; 5HWO A; 1XPK A; 1NL7 A; 3V4N A; 3S23 A; 4KTM A; 4ZRC A; 2WGE A; 3LEH A; 4X9K A; 2VU1 A; 1ZOW A; 2EFT A; 5F38 A; 4YZO A; 1M1M A; 2BYX A; 4TKT A; 3IL5 A; 5F38 B; 3OV2 A; 2BUH A; 5BYV A; 1TXT A; 1CHW A; 2QO0 A; 2QNX A; 1D6H A; 4JRH A; 4B7V A; 1U0V A; 2VB7 A; 1D6F A; 4C6U A; 5KP8 A; 2WKT C; 4WUM A; 2IIK A; 1DLU A; 4EFI A; 2HDB A; 3IL4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VU0 A; 1D6I A; 1EK4 A; 4XL2 A; 5TT4 A; 4X9O A; 2F2S A; 2AQB A; 1M3Z A; 2WKV A; 2WUA A; 3FK5 A; 3G11 A; 4DD5 A; 2WL6 A; 2VB8 A; 4E1L A; 2WL4 A; 4JAO A; 2VU2 A; 1I8B A; 2WL4 C; 3T8E A; 1WL5 A; 3T5Y A; 4R8E A; 2WL4 B; 2X3E A; 1TED A; 4JD3 A; 4Z37 A; 3T5Y B; 3V7I A; 1I88 A; 4B0N A; 3S1Z A; 5LNQ A; 3A5R A; 5F38 D; 1WDK C; 3WXZ A; 2WGF A; 2GFW A; 2WL5 A; 4OPF A; 4B3J C; 3S21 A; 2VZ8 A; 1DM3 A; 4X0O D; 4JGA A; 4XL3 A; 3SS6 A; 4YXT A; 2AQ7 A; 2BYZ A; 4QYR A; 4C6Z A; 1BI5 A; 2WGD A; 4YLT A; 4DDO A; 2ALM A; 4JAQ A; 4JPF A; 3ZBK A; 3OIT A; 4UBW A; 1M4S A; 1M3K A; 4JV3 A; 1B3N A; 1ULQ A; 3IL9 A; 3SQZ A; 3V4X A; 2QO3 A; 1BQ6 A; 3S20 A; 5KP7 A; 3KZU A; 1Z1F A; 4KU3 A; 4DFE A; 5BQS A; 3IL6 A; 2AHB A; 4NHD A; 2F9A A; 4KU2 A; 2VTZ A; 4RYB A; 1HNJ A; 3U0E A; 5CBQ A; 4OQJ A; 1DLV A; 3H78 A; 3WXY A; 4EWG A; 5BY7 A; 3ALE A; 1F91 A; 4YUF A; 2BYW A; 2BUI A; 3HO2 A; 5AB6 A; 3E60 A; 3HO9 A; 3LRF A; 1TVZ A; 3HHD A; 2AJ9 A; 1XPM A; 2WKT A; 4NZS A; 4EWP A; 2GFX A; 1CGK A; 4V2P A; 2BZ3 A; 4KTI A; 4C72 A; 3G0Y A; 1MZJ A; 5SXO A; 1M4T A; 4C2J A; 3GWA A; 1I86 A; 2D3T C; 4LS7 A; 1DD8 A; 1HZP A; 1HNK A; 1CGZ A; 2IB9 A; 2WKU A; 1YSL A; 3ROW A; 4O99 A; 2P0U A; 5KP6 A; 3TSY A; 5BZ4 A; 3ZBL A; 5AB4 A; 5KP5 A; 1YSL B; 3AWJ A; 2VZ9 A; 2IBU A; 4LS8 A; 5AB7 A; 3E1H A; 4ZDN A; 2F82 A; 5LP7 A; 3WD7 A; 3IL7 A; 4NA3 A; 3A5Q A; 1EBL A; 3WY0 A; 2FA3 A; 1M1O A; 1UB7 A; 4JRM A; 1QFL A; 1WL4 A; 4NA2 A; 1FJ8 A; 3O04 A; 4OPE A; 3OYT A; 1U6S A; 2C7Z A; 3S3L A; 4UBV A; 2WYA A; 3LM6 A; 4C6V A; 2C7Y A; 3MQD A; 2GFV A; 1HND A; 4JAP A; 1U0M A; 1Z1E A; 4BI9 A; 4JAR A; 4N45 A; 1WDM C; 4WZU A; 4LS5 A; 5LOT A; 3H76 A; 1U0W A; 5HWP A; 2IWZ A; 3GWE A; 2IB8 A; 5BNR A; 4NA1 A; 1QLV A; 2H84 A; 2WL4 D; 4XS9 A; 4QAV A; 4XSA A; 2FA0 A; 4EGV A; 4N44 A; 4C6X A; 1CML A; 4Z8D A; 3EUT A; 4B3H C; 3AWK A; 1U0U A; 4O9A A; 4C2K A; 3LMA A; 3U0F A; 1EE0 A; 4O9C A; 5HWR A; 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2AHB A; 4NHD A; 2F9A A; 4KU2 A; 2VTZ A; 4RYB A; 1HNJ A; 3U0E A; 5CBQ A; 4OQJ A; 1DLV A; 3H78 A; 3WXY A; 4EWG A; 5BY7 A; 3ALE A; 1F91 A; 4YUF A; 2BYW A; 2BUI A; 3HO2 A; 5AB6 A; 3E60 A; 3HO9 A; 3LRF A; 1TVZ A; 3HHD A; 2AJ9 A; 1XPM A; 2WKT A; 4NZS A; 4EWP A; 2GFX A; 1CGK A; 4V2P A; 2BZ3 A; 4KTI A; 4C72 A; 3G0Y A; 1MZJ A; 5SXO A; 1M4T A; 4C2J A; 3GWA A; 1I86 A; 2D3T C; 4LS7 A; 1DD8 A; 1HZP A; 1HNK A; 1CGZ A; 2IB9 A; 2WKU A; 1YSL A; 3ROW A; 4O99 A; 2P0U A; 5KP6 A; 3TSY A; 5BZ4 A; 3ZBL A; 5AB4 A; 5KP5 A; 1YSL B; 3AWJ A; 2VZ9 A; 2IBU A; 4LS8 A; 5AB7 A; 3E1H A; 4ZDN A; 2F82 A; 5LP7 A; 3WD7 A; 3IL7 A; 4NA3 A; 3A5Q A; 1EBL A; 3WY0 A; 2FA3 A; 1M1O A; 1UB7 A; 4JRM A; 1QFL A; 1WL4 A; 4NA2 A; 1FJ8 A; 3O04 A; 4OPE A; 3OYT A; 1U6S A; 2C7Z A; 3S3L A; 4UBV A; 2WYA A; 3LM6 A; 4C6V A; 2C7Y A; 3MQD A; 2GFV A; 1HND A; 4JAP A; 1U0M A; 1Z1E A; 4BI9 A; 4JAR A; 4N45 A; 1WDM C; 4WZU A; 4LS5 A; 5LOT A; 3H76 A; 1U0W A; 5HWP A; 2IWZ A; 3GWE A; 2IB8 A; 5BNR A; 4NA1 A; 1QLV A; 2H84 A; 2WL4 D; 4XS9 A; 4QAV A; 4XSA A; 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4YJY A; 2GFY A; 1J3N A; 2C9H A; 2IBW A; 5LD8 A; 4XL4 A; 1OU6 A; 5HWO A; 1XPK A; 1NL7 A; 3V4N A; 3S23 A; 4KTM A; 4ZRC A; 2WGE A; 3LEH A; 4X9K A; 2VU1 A; 1ZOW A; 2EFT A; 5F38 A; 4YZO A; 1M1M A; 2BYX A; 4TKT A; 3IL5 A; 5F38 B; 3OV2 A; 2BUH A; 5BYV A; 1TXT A; 1CHW A; 2QO0 A; 2QNX A; 1D6H A; 4JRH A; 4B7V A; 1U0V A; 2VB7 A; 1D6F A; 4C6U A; 5KP8 A; 2WKT C; 4WUM A; 2IIK A; 1DLU A; 4EFI A; 2HDB A; 3IL4 A;
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