The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
142
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sequence length |
415
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structure length |
414
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Chain Sequence |
KRVGIEALAVAVPSRYVDIEDLARARGVDPAKYTAGLGAREMAVTDPGEDTVALAATAAARLIRQQDVDPSRIGMLVVGTETGIDHSKPVASHVQGLLKLPRTMRTYDTQHAYGGTAGLMAAVEWIASGAGAGKVAVVVCSDIARYGLNTAGEPTQGGGAVALLVSEQPDLLAMDVGLNGVCSMDVYDFWRPVGRREALVDGHYSITCYLEALSGAYRGWREKALAAGLVRWSDALPGEQLARIAYHVPFCKMARKAHTQLRLCDLEDAADAAASTPESREAQAKSAASYDAQVATSLGLNSRIGNVYTASLYLALAGLLQHEAGALAGQRIGLLSYGSGCAAEFYSGTVGEKAAERMAKADLEAVLARRERVSIEEYERLMKLPADAPEAVAPSPGAFRLTEIRDHRRQYAEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the HMG-CoA Synthase MvaS from the Gram-Negative Bacterium Myxococcus xanthus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Myxococcus xanthus (strain dk 1622)
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| total genus |
142
|
| structure length |
414
|
| sequence length |
415
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| ec nomenclature |
ec
2.3.3.10: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase. |
| pdb deposition date | 2016-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01154 | HMG_CoA_synt_N | Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal |
| A | PF08540 | HMG_CoA_synt_C | Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I89 A; 3HHD A; 5LNQ A; 2F9A A; 4KU2 A; 4WYR A; 2IBY A; 2GFX A; 1EE0 A; 2C7Z A; 2IB8 A; 3E1H A; 1DD8 A; 4N45 A; 4C73 A; 4Z8D A; 2VZ8 A; 2GFV A; 5BY7 A; 2VB8 A; 5AB5 A; 1MZJ A; 3S21 A; 4XSA A; 2IIK A; 4C6W A; 5LD8 A; 4LS7 A; 4YXQ A; 2D3T C; 4B3H C; 2D52 A; 1D6I A; 1WDK C; 1I8B A; 4C71 A; 3G0Y A; 2AQB A; 1G5X A; 1NL7 A; 3T5Y B; 2X3E A; 1WL4 A; 4XL2 A; 2WL5 A; 4EWG A; 4DD5 A; 2H84 A; 1U6E A; 4O9C A; 1CHW A; 4YXV A; 1HN9 A; 4N44 A; 2QO1 A; 4U4E A; 1MZS A; 3OIT A; 2WL4 B; 5F38 C; 2D3M A; 3WD8 A; 4WUM A; 2BUH A; 1TED A; 3VS8 A; 4B7V A; 2WU9 A; 1JWX A; 1I88 A; 4YXT A; 3SS6 A; 5C1J A; 1X9E A; 1HND A; 2VBA A; 4B3J C; 1M1T A; 1M1M A; 4X0O D; 1U0U A; 3G11 A; 5HWQ A; 4YUC A; 2WYA A; 3OV2 A; 4Z19 A; 2UV8 A; 5KP7 A; 2BYZ A; 4NA2 A; 1WDL C; 2GFY A; 3WXY A; 5LOT A; 5KP8 A; 4NA1 A; 2WKU A; 4YZO A; 5F38 A; 1TVZ A; 3LED A; 1OXH A; 2WKT C; 4WYS A; 2WGD A; 4XL3 A; 3U0E A; 1M1O A; 2WL5 C; 4JV3 A; 3T6S A; 3EUO A; 4C72 A; 1HNJ A; 3S1Z A; 1AFW A; 4NA3 A; 4UBU A; 4KU5 A; 4KC5 A; 3ROW A; 5AB4 A; 1WDM C; 1HNK A; 5F0V A; 2C9H A; 4UBW A; 2IWY A; 1D6H A; 1J3N A; 4QAV A; 4EWP A; 4BI9 A; 1XES A; 4C6U A; 4C70 A; 2WKV A; 4O99 A; 5DWZ C; 2IB9 A; 3IL5 A; 4JPF A; 4WKY A; 4XS7 A; 1B3N A; 2WKT A; 4TKT A; 1BI5 A; 4XSB A; 3WY0 A; 4JAO A; 1XPK A; 3HNZ A; 2AJ9 A; 4B3I C; 2VU2 A; 1Z1E A; 3EUT A; 2VB7 A; 4Z37 A; 1TQY A; 4KTI A; 2F82 A; 2QNY A; 5CBQ A; 2VU1 A; 4RYB A; 4O9A A; 1YSL B; 1E5M A; 3U0F A; 3WXZ A; 2WGF A; 3IL7 A; 5HWR A; 1HNH A; 2GFW A; 1WL5 A; 5F38 B; 1CML A; 1QLV A; 4JAQ A; 1D6F A; 4OPF A; 4C2K A; 3IL9 A; 3FK5 A; 1DLU A; 5E5N A; 4NHD A; 5BNS A; 3HO2 A; 1FJ8 A; 4C6X A; 2GP6 A; 2WGE A; 2GQD A; 3OV3 A; 4LS6 A; 3S23 A; 1KAS A; 2VB9 A; 4JAP A; 4JAR A; 4X0O A; 1XET A; 1ULQ A; 1DLV A; 3T8E A; 4BIA A; 3WD7 A; 1W0I A; 1EK4 A; 4YUF A; 2IX4 A; 5AB7 A; 2IBW A; 2D51 A; 4F32 A; 5KP6 A; 4C6V A; 3O04 A; 1PXT A; 2QX1 A; 4R8E A; 2HDB A; 2WL4 D; 4JRH A; 4UBV A; 1XPK C; 5BNR A; 3H78 A; 1UB7 A; 2FA3 A; 2FA0 A; 2BZ3 A; 1DM3 A; 1F91 A; 2BYX A; 2BUI A; 2WL4 A; 4DDO A; 2VB7 C; 5AB6 A; 2BYY A; 2WUA A; 1BQ6 A; 1TQY B; 1Z1F A; 4UBT A; 1OX0 A; 3S20 A; 2P0U A; 1M3K A; 2EFT A; 4V2P A; 3AWK A; 2C7Y A; 4WZU A; 5KP2 A; 3KZU A; 3MQD A; 4ZDN A; 1OU6 A; 3ZBG A; 2GYO A; 5BYV A; 1M3Z A; 4XL4 A; 4KU3 A; 1EBL A; 4DFE A; 4YLT A; 1XPM A; 1ZOW A; 2QNX A; 3S3L A; 1I86 A; 4E1L A; 4LS8 A; 3TSY A; 3V4X A; 4C2J A; 2VU0 A; 4ZRC A; 1FJ4 A; 1QFL A; 3VS9 A; 5BNM A; 3IL3 A; 5TT4 A; 3IL4 A; 1U6S A; 2P8U A; 2IWZ A; 2HG4 A; 3V4N A; 3E60 A; 4JAT A; 1U0M A; 1M4S A; 1CGZ A; 2VTZ A; 2VZ9 A; 4OPE A; 3AWJ A; 2QO0 A; 2F2S A; 1M4T A; 2WL6 A; 1XPL A; 3A5R A; 3OYT A; 3EUQ A; 4X9K A; 4JD3 A; 3GWE A; 3GOA A; 5KP5 A; 3SVK A; 5LP7 A; 4JB6 A; 2QO3 A; 3T6S B; 2WL4 C; 3LEH A; 2IBU A; 4LS5 A; 1H4F A; 4C6Z A; 3ZBL A; 2RJT A; 1U0W A; 1HZP A; 4XOX A; 4KTM A; 2BZ4 A; 4JRM A; 3GWA A; 3T5Y A; 2EBD A; 2QNZ A; 4X9O A; 3A5S A; 3A5Q A; 3ZBN A; 3H77 A; 3V7I A; 5BQS A; 3IL6 A; 5BZ4 A; 4NZS A; 2BYW A; 1CGK A; 1TEE A; 5HWO A; 3ALE A; 3H76 A; 4YJY A; 5SXO A; 3LRF A; 4W61 A; 1TXT A; 2IB7 A; 4OQJ A; 1YSL A; 1U0V A; 5F38 D; 4B0N A; 3ZBK A; 4QYR A; 4EFI A; 4EGV A; 5HWP A; 3I8P A; 2WGG A; 2AQ7 A; 2ALM A; 2AHB A; 4JGA A; 4XS9 A; 3HO9 A; 3SQZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I89 A; 3HHD A; 5LNQ A; 2F9A A; 4KU2 A; 4WYR A; 2IBY A; 2GFX A; 1EE0 A; 2C7Z A; 2IB8 A; 3E1H A; 1DD8 A; 4N45 A; 4C73 A; 4Z8D A; 2VZ8 A; 2GFV A; 5BY7 A; 2VB8 A; 5AB5 A; 1MZJ A; 3S21 A; 4XSA A; 2IIK A; 4C6W A; 5LD8 A; 4LS7 A; 4YXQ A; 2D3T C; 4B3H C; 2D52 A; 1D6I A; 1WDK C; 1I8B A; 4C71 A; 3G0Y A; 2AQB A; 1G5X A; 1NL7 A; 3T5Y B; 2X3E A; 1WL4 A; 4XL2 A; 2WL5 A; 4EWG A; 4DD5 A; 2H84 A; 1U6E A; 4O9C A; 1CHW A; 4YXV A; 1HN9 A; 4N44 A; 2QO1 A; 4U4E A; 1MZS A; 3OIT A; 2WL4 B; 5F38 C; 2D3M A; 3WD8 A; 4WUM A; 2BUH A; 1TED A; 3VS8 A; 4B7V A; 2WU9 A; 1JWX A; 1I88 A; 4YXT A; 3SS6 A; 5C1J A; 3LM6 A; 1X9E A; 1HND A; 2VBA A; 4B3J C; 1M1T A; 1M1M A; 4X0O D; 1U0U A; 3G11 A; 5HWQ A; 4YUC A; 2WYA A; 3OV2 A; 4Z19 A; 2UV8 A; 5KP7 A; 2BYZ A; 4NA2 A; 1WDL C; 2GFY A; 3WXY A; 5LOT A; 5KP8 A; 4NA1 A; 2WKU A; 4YZO A; 5F38 A; 1TVZ A; 3LED A; 1OXH A; 2WKT C; 4WYS A; 2WGD A; 4XL3 A; 3U0E A; 1M1O A; 2WL5 C; 4JV3 A; 3T6S A; 3EUO A; 4C72 A; 1HNJ A; 3S1Z A; 1AFW A; 4NA3 A; 4UBU A; 4KU5 A; 4KC5 A; 3ROW A; 5AB4 A; 1WDM C; 1HNK A; 5F0V A; 2C9H A; 4UBW A; 2IWY A; 1D6H A; 1J3N A; 4QAV A; 4EWP A; 4BI9 A; 1XES A; 4C6U A; 4C70 A; 2WKV A; 4O99 A; 5DWZ C; 2IB9 A; 3IL5 A; 4JPF A; 4WKY A; 4XS7 A; 1B3N A; 2WKT A; 4TKT A; 1BI5 A; 4XSB A; 3WY0 A; 4JAO A; 1XPK A; 3HNZ A; 2AJ9 A; 4B3I C; 2VU2 A; 1Z1E A; 3EUT A; 2VB7 A; 4Z37 A; 1TQY A; 4KTI A; 2F82 A; 2QNY A; 5CBQ A; 2VU1 A; 4RYB A; 1YSL B; 1E5M A; 3U0F A; 3WXZ A; 2WGF A; 3IL7 A; 5HWR A; 1HNH A; 2GFW A; 1WL5 A; 5F38 B; 1CML A; 1QLV A; 4JAQ A; 1D6F A; 4OPF A; 4C2K A; 3IL9 A; 3FK5 A; 1DLU A; 5E5N A; 4NHD A; 5BNS A; 3HO2 A; 1FJ8 A; 4C6X A; 2GP6 A; 2WGE A; 2GQD A; 3OV3 A; 4LS6 A; 3S23 A; 1KAS A; 2VB9 A; 4JAP A; 4JAR A; 4X0O A; 1XET A; 1ULQ A; 1DLV A; 3T8E A; 4BIA A; 3WD7 A; 1W0I A; 1EK4 A; 4YUF A; 2IX4 A; 5AB7 A; 2IBW A; 2D51 A; 4F32 A; 5KP6 A; 4C6V A; 3O04 A; 1PXT A; 2QX1 A; 4R8E A; 2HDB A; 2WL4 D; 4JRH A; 4UBV A; 1XPK C; 5BNR A; 3H78 A; 1UB7 A; 2FA3 A; 2FA0 A; 2BZ3 A; 1DM3 A; 1F91 A; 2BYX A; 2BUI A; 2WL4 A; 4DDO A; 2VB7 C; 5AB6 A; 2BYY A; 2WUA A; 1BQ6 A; 1TQY B; 1Z1F A; 4UBT A; 1OX0 A; 3S20 A; 2P0U A; 1M3K A; 2EFT A; 4V2P A; 3AWK A; 2C7Y A; 4WZU A; 5KP2 A; 3KZU A; 3MQD A; 4ZDN A; 1OU6 A; 3ZBG A; 2GYO A; 5BYV A; 3LMA A; 1M3Z A; 4XL4 A; 4KU3 A; 1EBL A; 4DFE A; 4YLT A; 1XPM A; 1ZOW A; 2QNX A; 3S3L A; 1I86 A; 4E1L A; 4LS8 A; 3TSY A; 3V4X A; 4C2J A; 2VU0 A; 4ZRC A; 1FJ4 A; 1QFL A; 3VS9 A; 5BNM A; 3IL3 A; 5TT4 A; 3IL4 A; 1U6S A; 2P8U A; 2IWZ A; 2HG4 A; 3V4N A; 3E60 A; 4JAT A; 1U0M A; 1M4S A; 1CGZ A; 2VTZ A; 2VZ9 A; 4OPE A; 3AWJ A; 2QO0 A; 2F2S A; 1M4T A; 2WL6 A; 1XPL A; 3A5R A; 3OYT A; 3EUQ A; 4X9K A; 4JD3 A; 3GWE A; 3GOA A; 5KP5 A; 3SVK A; 5LP7 A; 4JB6 A; 2QO3 A; 3T6S B; 2WL4 C; 3LEH A; 2IBU A; 4LS5 A; 1H4F A; 4C6Z A; 3ZBL A; 2RJT A; 1U0W A; 1HZP A; 4XOX A; 4KTM A; 2BZ4 A; 4JRM A; 3GWA A; 3T5Y A; 2EBD A; 2QNZ A; 4X9O A; 3A5S A; 3A5Q A; 3ZBN A; 3H77 A; 3V7I A; 5BQS A; 3IL6 A; 5BZ4 A; 4NZS A; 2BYW A; 1CGK A; 1TEE A; 5HWO A; 3ALE A; 3H76 A; 4YJY A; 5SXO A; 3LRF A; 4W61 A; 1TXT A; 2IB7 A; 4OQJ A; 3SQZ A; 1YSL A; 1U0V A; 5F38 D; 4B0N A; 3ZBK A; 4QYR A; 4EFI A; 4EGV A; 5HWP A; 3I8P A; 2WGG A; 2AQ7 A; 2ALM A; 2AHB A; 4JGA A; 4XS9 A; 3HO9 A; 4O9A A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1I89 A; 3HHD A; 5LNQ A; 2F9A A; 4KU2 A; 4WYR A; 2IBY A; 2GFX A; 1EE0 A; 2C7Z A; 2IB8 A; 3E1H A; 1DD8 A; 4N45 A; 4C73 A; 4Z8D A; 2VZ8 A; 2GFV A; 5BY7 A; 2VB8 A; 5AB5 A; 1MZJ A; 3S21 A; 4XSA A; 2IIK A; 4C6W A; 5LD8 A; 4LS7 A; 4YXQ A; 2D3T C; 4B3H C; 2D52 A; 1D6I A; 1WDK C; 1I8B A; 4C71 A; 3G0Y A; 2AQB A; 1G5X A; 1NL7 A; 3T5Y B; 2X3E A; 1WL4 A; 4XL2 A; 2WL5 A; 4EWG A; 4DD5 A; 2H84 A; 1U6E A; 4O9C A; 1CHW A; 4YXV A; 1HN9 A; 4N44 A; 2QO1 A; 4U4E A; 1MZS A; 3OIT A; 2WL4 B; 5F38 C; 2D3M A; 3WD8 A; 4WUM A; 2BUH A; 1TED A; 3VS8 A; 4B7V A; 2WU9 A; 1JWX A; 1I88 A; 4YXT A; 3SS6 A; 5C1J A; 3LM6 A; 1X9E A; 1HND A; 2VBA A; 4B3J C; 1M1T A; 1M1M A; 4X0O D; 1U0U A; 3G11 A; 5HWQ A; 4YUC A; 2WYA A; 3OV2 A; 4Z19 A; 2UV8 A; 5KP7 A; 2BYZ A; 4NA2 A; 1WDL C; 2GFY A; 3WXY A; 5LOT A; 5KP8 A; 4NA1 A; 2WKU A; 4YZO A; 5F38 A; 1TVZ A; 3LED A; 1OXH A; 2WKT C; 4WYS A; 2WGD A; 4XL3 A; 3U0E A; 1M1O A; 2WL5 C; 4JV3 A; 3T6S A; 3EUO A; 4C72 A; 1HNJ A; 3S1Z A; 1AFW A; 4NA3 A; 4UBU A; 4KU5 A; 4KC5 A; 3ROW A; 5AB4 A; 1WDM C; 1HNK A; 5F0V A; 2C9H A; 4UBW A; 2IWY A; 1D6H A; 1J3N A; 4QAV A; 4EWP A; 4BI9 A; 1XES A; 4C6U A; 4C70 A; 2WKV A; 4O99 A; 5DWZ C; 2IB9 A; 3IL5 A; 4JPF A; 4WKY A; 4XS7 A; 1B3N A; 2WKT A; 4TKT A; 1BI5 A; 4XSB A; 3WY0 A; 4JAO A; 1XPK A; 3HNZ A; 2AJ9 A; 4B3I C; 2VU2 A; 1Z1E A; 3EUT A; 2VB7 A; 4Z37 A; 1TQY A; 4KTI A; 2F82 A; 2QNY A; 5CBQ A; 2VU1 A; 4RYB A; 1YSL B; 1E5M A; 3U0F A; 3WXZ A; 2WGF A; 3IL7 A; 5HWR A; 1HNH A; 2GFW A; 1WL5 A; 5F38 B; 1CML A; 1QLV A; 4JAQ A; 1D6F A; 4OPF A; 4C2K A; 3IL9 A; 3FK5 A; 1DLU A; 5E5N A; 4NHD A; 5BNS A; 3HO2 A; 1FJ8 A; 4C6X A; 2GP6 A; 2WGE A; 2GQD A; 3OV3 A; 4LS6 A; 3S23 A; 1KAS A; 2VB9 A; 4JAP A; 4JAR A; 4X0O A; 1XET A; 1ULQ A; 1DLV A; 3T8E A; 4BIA A; 3WD7 A; 1W0I A; 1EK4 A; 4YUF A; 2IX4 A; 5AB7 A; 2IBW A; 2D51 A; 4F32 A; 5KP6 A; 4C6V A; 3O04 A; 1PXT A; 2QX1 A; 4R8E A; 2HDB A; 2WL4 D; 4JRH A; 4UBV A; 1XPK C; 5BNR A; 3H78 A; 1UB7 A; 2FA3 A; 2FA0 A; 2BZ3 A; 1DM3 A; 1F91 A; 2BYX A; 2BUI A; 2WL4 A; 4DDO A; 2VB7 C; 5AB6 A; 2BYY A; 2WUA A; 1BQ6 A; 1TQY B; 1Z1F A; 4UBT A; 1OX0 A; 3S20 A; 2P0U A; 1M3K A; 2EFT A; 4V2P A; 3AWK A; 2C7Y A; 4WZU A; 5KP2 A; 3KZU A; 3MQD A; 4ZDN A; 1OU6 A; 3ZBG A; 2GYO A; 5BYV A; 3LMA A; 1M3Z A; 4XL4 A; 4KU3 A; 1EBL A; 4DFE A; 4YLT A; 1XPM A; 1ZOW A; 2QNX A; 3S3L A; 1I86 A; 4E1L A; 4LS8 A; 3TSY A; 3V4X A; 4C2J A; 2VU0 A; 4ZRC A; 1FJ4 A; 1QFL A; 3VS9 A; 5BNM A; 3IL3 A; 5TT4 A; 3IL4 A; 1U6S A; 2P8U A; 2IWZ A; 2HG4 A; 3V4N A; 3E60 A; 4JAT A; 1U0M A; 1M4S A; 1CGZ A; 2VTZ A; 2VZ9 A; 4OPE A; 3AWJ A; 2QO0 A; 2F2S A; 1M4T A; 2WL6 A; 1XPL A; 3A5R A; 3OYT A; 3EUQ A; 4X9K A; 4JD3 A; 3GWE A; 3GOA A; 5KP5 A; 3SVK A; 5LP7 A; 4JB6 A; 2QO3 A; 3T6S B; 2WL4 C; 3LEH A; 2IBU A; 4LS5 A; 1H4F A; 4C6Z A; 3ZBL A; 2RJT A; 1U0W A; 1HZP A; 4XOX A; 4KTM A; 2BZ4 A; 4JRM A; 3GWA A; 3T5Y A; 2EBD A; 2QNZ A; 4X9O A; 3A5S A; 3A5Q A; 3ZBN A; 3H77 A; 3V7I A; 5BQS A; 3IL6 A; 5BZ4 A; 4NZS A; 2BYW A; 1CGK A; 1TEE A; 5HWO A; 3ALE A; 3H76 A; 4YJY A; 5SXO A; 3LRF A; 4W61 A; 1TXT A; 2IB7 A; 4OQJ A; 3SQZ A; 1YSL A; 1U0V A; 5F38 D; 4B0N A; 3ZBK A; 4QYR A; 4EFI A; 4EGV A; 5HWP A; 3I8P A; 2WGG A; 2AQ7 A; 2ALM A; 2AHB A; 4JGA A; 4XS9 A; 3HO9 A; 4O9A A;
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