The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
362
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structure length |
362
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Chain Sequence |
SDLNNAIQGILDDHVARGVVGVSLALCLPGEETSLYQSGYADKFNKMPMTGDHLFRIASCTKSFIATGLHLLVQDGTVDLDEPITRWFPDLPKAAQMPVRILLNHRSGLPDFETSMPMISDKSWTAQEIVDFSFRHGVQKEPWHGMEYSNTGYVLAGMIIAHETGKPYSDHLRSRIFAPLGMKDTWVGTHETFPIEREARGYMHAAADDENPQWDVSGAGDPVDGVWDSTEWFPLSGANAAGDMVSTPRDIVKFLNALFDGRILDQKRLWEMKDNIKPAFFPGSNTVANGHGLLLMRYGSSELKGHLGQIPGHTSIMGRDEETGAALMLIQNSGAGDFESFYLKGVNEPVDRVLEAIKNSRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
D-Amino acid amidase
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| publication title |
Crystal Structure and Functional Characterization of a D-Stereospecific Amino Acid Amidase from Ochrobactrum anthropi SV3, a New Member of the Penicillin-recognizing Proteins
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Ochrobactrum anthropi
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| total genus |
123
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| structure length |
362
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| sequence length |
362
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00144 | Beta-lactamase | Beta-lactamase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VP2 A; 2EXA A; 5GLB A; 2PBY A; 4JKT A; 4KG6 A; 5GHY A; 3O86 A; 3UDI A; 2E8I A; 1E3U D; 3HL9 A; 1YLT A; 5M19 A; 1BLC A; 4KZB A; 4EUZ A; 2Y4A A; 1SDN A; 1XXM A; 5EVI A; 4B4Z A; 5HAP A; 3MZE A; 2ZM8 A; 1IKI A; 3V39 A; 4BL2 A; 3HLC A; 3SS3 A; 3VP3 A; 4UA7 A; 1MWU A; 3MZF A; 4JXW A; 4ZDX A; 2Y2J A; 3O88 A; 5F83 A; 4N92 A; 4OOM A; 1YLW A; 3UE1 A; 3BEC A; 3BFD A; 5DF9 A; 3S22 A; 1KGF A; 3DWK A; 1TEM A; 2XH9 A; 3NI9 A; 1ZG4 A; 4BEN A; 1E4D A; 4RYE A; 1YLJ A; 1BLH A; 5HW3 A; 3MXS A; 2OLU A; 5E2G A; 4IVK A; 5CHJ A; 2XLN A; 4JF6 A; 3PBQ A; 5EEC A; 4OQ0 A; 4HBU A; 4MLL A; 2EX6 A; 3NDG A; 3A3D A; 4S2N A; 3PAG A; 2ZM2 A; 4S2I A; 4DXC A; 1SDE A; 2HDU A; 4FSF A; 1ERM A; 2Z2L B; 3HLG A; 3N8S A; 4FH4 A; 3WWX A; 3G4P A; 2ZQ9 A; 4OON A; 1K55 C; 4N1X A; 1HD8 A; 3HUN A; 4LCL A; 1RGZ A; 1LHY A; 4P6B A; 3G30 A; 3IHA A; 3ZG7 B; 3RJU A; 1K4E A; 3UO9 A; 3NY4 A; 4DF6 A; 5GL9 A; 1PYY A; 2EX8 A; 1L2S A; 3A3F A; 4KZ8 A; 1DJB A; 4B88 A; 3Q1F A; 4LV1 A; 3VFH A; 1S0W A; 4OPY A; 3M2J A; 1ESI A; 3W4O A; 5HAQ A; 5CTN A; 2ZC5 B; 4DDY A; 1K6S A; 4E3K A; 2ZJ9 A; 3N7W A; 4P87 A; 5A93 A; 3MKE A; 2WGV A; 4R1G A; 5E2F A; 3UDF A; 2IWB A; 2C5W B; 3GVB A; 4PM9 A; 1FCM A; 3BM6 A; 5CTM A; 2WZZ A; 2ZQD A; 3BFE A; 4WMC D; 2H0Y A; 1XGJ A; 4OLD A; 4UAA A; 4DXB A; 4NK3 A; 3N8L A; 5CRF A; 4BD1 A; 3C4O A; 3BFC A; 1SCW A; 3WRT A; 4DRT A; 4YIN A; 4IVI A; 5FAP A; 3LCE A; 4OPQ A; 4HES A; 4OP8 A; 1KDS A; 3MKF A; 3E2L A; 5TR7 A; 4QY6 A; 3W4P A; 4GD8 A; 3D4F A; 1GCE A; 3LO7 A; 4GB7 A; 2J9O A; 1TDG A; 3NCK A; 5GLC A; 2WZX A; 4X55 A; 1MWS A; 2XQZ A; 3GMW A; 1L0F A; 5A91 A; 5FI2 A; 3RXW A; 2Z2M B; 1YLZ A; 1QMF A; 5G18 A; 1W5D A; 2WAD A; 1ONG A; 5AQ9 A; 3P98 A; 4WBG A; 2XK1 A; 4OLG A; 2ZMA A; 4EBL A; 5HFO A; 1W8Y A; 4ZJ2 A; 4E3N A; 1XA1 A; 4ID4 A; 3ZG5 A; 3QHY A; 1I2S A; 2ZC3 B; 2WK0 A; 3A3I A; 1PWD A; 1TDL A; 2ZQA A; 5KSC A; 4S2O A; 4XUX A; 4EBP A; 1O07 A; 4N9L A; 4WYY A; 3NDE A; 4OKP A; 4QD4 A; 1MPL A; 1TVF A; 5CGW A; 1C3B A; 4X53 A; 4JXG A; 3EQU A; 3M6H A; 3AGF A; 3P09 A; 2H0T A; 4FH2 A; 4UA6 A; 3ZFZ A; 2XEP A; 1G6A A; 3HLF A; 4KQQ A; 4E3M A; 1MXO A; 1FOF A; 2IWC A; 4KG5 A; 3SOI A; 3ZHH A; 2JCH A; 3Q7V B; 3PAE A; 3UDX A; 1KGE A; 4S2N C; 1IKG A; 2XGN A; 3AGD A; 3C5A A; 3HUM A; 1RP5 A; 3G2Z A; 4R4R A; 5FAQ A; 3EQV A; 4R4S A; 1YLY A; 2A49 A; 3FYZ A; 4KZ9 A; 4Y7P A; 4MNR A; 3GV9 A; 2Y2N A; 1BT5 A; 3FZC A; 1ESU A; 1XA7 A; 2JC7 A; 1L0D A; 5FAO A; 5E43 A; 3QNB A; 4JBF A; 3PBN A; 2EXB A; 2QZ6 A; 5KMW A; 5FQJ A; 5CHM A; 2FFY A; 2J9P A; 4WZ5 A; 4ZJ3 A; 4HBT A; 3IWO A; 1CEG A; 3G2Y A; 3Q7V A; 1E25 A; 5M1A A; 4R3J A; 3ZG8 B; 4M3K A; 5EVL A; 2Y91 A; 4KZA A; 3LY3 A; 1FSY A; 2Y2G A; 4WZ4 A; 1ALQ A; 5CER A; 2G2U A; 4KZ6 A; 1AXB A; 5EOO A; 3IF6 C; 5CXW A; 4JPM A; 1BSG A; 5FA7 A; 2Y2I A; 4MBK A; 2VGK A; 3ZG9 B; 2FFF B; 3A3J A; 4DE2 A; 2WAE A; 5DF8 A; 4R3B A; 2J8Y A; 1XP4 A; 3BRM A; 2JBF A; 2WKI A; 1WE4 A; 1H5X A; 1WYC A; 4X56 A; 3VP0 A; 4OP5 A; 3IF6 B; 5CED A; 1XPB A; 2RCX A; 3DTM A; 3V3S A; 1NYM A; 4IED A; 4LCM A; 4CPK A; 3OCL A; 3IXD A; 1XGI A; 1M6K A; 3HRE A; 4DE0 A; 4RX3 A; 4X6T A; 3IF5 A; 1E3U A; 4KZ5 A; 1G68 A; 1VM1 A; 5FDH A; 1JWZ A; 1SHV A; 1M40 A; 4OPR A; 2BG1 A; 4ZBE A; 4D2O A; 2ZLY A; 2X71 A; 4GNU A; 1PI5 A; 3VFF A; 1BTL A; 4JXS A; 4EQI A; 1K6R A; 1KGG A; 5E2E A; 3HLD A; 3IF6 A; 1JWV A; 2HP6 A; 3HLE A; 4C6Y A; 1RGY A; 1XKZ A; 2R9X A; 3IWQ A; 4N1H A; 2B5R A; 2P9V A; 4NET A; 5FQI A; 4E3I A; 5CHU A; 3OPH A; 5DVA A; 3V50 A; 1BLS A; 3V3R A; 4C75 A; 1ONH A; 1CK3 A; 4WEK A; 1IEM A; 1PZO A; 5A92 A; 3UE3 A; 1I2W A; 3BEB A; 3CZD A; 4EBN A; 3OPP A; 5DTS A; 4OOL A; 1DY6 A; 3IWI A; 5AQ7 A; 5FQM A; 1Q2Q A; 1L0G A; 3ZG0 A; 1LI9 A; 2EFX A; 4E6W A; 4DKI A; 1K25 A; 2XFT A; 2V1Z A; 4K91 A; 3MFD A; 4DDS A; 3N6I A; 2JE5 A; 1IYQ A; 3N4I A; 4ZAM A; 2HDR A; 1JWP A; 1EI5 A; 2XF3 A; 4UA9 A; 3A3E A; 2PU4 A; 3SH8 A; 2Y2K A; 5GLD A; 2WYX A; 3WS0 A; 3FWL A; 5KSH A; 4R0Q A; 1PW8 A; 4QY5 A; 4X69 A; 2XD5 A; 2WAF A; 1KVL A; 5U47 A; 1HVB A; 4KG2 A; 2Q9M A; 1HZO A; 1CEF A; 3Q07 A; 4GZB A; 1GHM A; 4LV0 A; 4MBH A; 2DNS A; 5FAS A; 1KE3 A; 4S2P A; 1PW1 A; 3Q82 A; 5FQ9 A; 1MWT A; 4P85 A; 2Y2O A; 3V5M A; 4BQM A; 5EE8 A; 4WZ5 C; 2OLV A; 4HEF A; 1ERO A; 3C7V A; 4Y0U A; 5FQQ A; 4PM5 A; 4YFM A; 3BLS A; 5EVI D; 2WGI A; 4PM7 A; 4C3Q A; 3OCN A; 1LLB A; 5CEC A; 3C4P A; 1YMX A; 5D3O A; 3NBL A; 2QPN A; 2ZD8 A; 4JF5 A; 4WMC A; 3BLM A; 2OSU A; 2Y59 A; 1JTD A; 1FSW A; 3ZVT A; 1NRF A; 1DJA A; 1YQS A; 2X02 A; 3DWZ A; 1KDW A; 2CC1 A; 1FCO A; 4GD6 A; 3G31 A; 3HLB A; 2Y2P A; 5EOE A; 3W4Q A; 2Y2Q A; 3S4X A; 3UPN A; 1YMS A; 3Q81 A; 4E3L A; 1LL9 A; 1ES5 A; 5DF7 A; 3VP1 A; 1K56 D; 1EWZ A; 3UPP A; 2HPB A; 2V2F F; 3OC2 A; 1XX2 A; 3ZCZ A; 4BLM A; 2V20 A; 3PTE A; 5EUA A; 4Z9Q A; 4E3J A; 3DW0 A; 3CJM A; 3ZNT A; 2ZC7 A; 4U3T A; 3M6B A; 3HUO A; 3ITA A; 4P0M A; 1K57 C; 2UWX A; 4QHC A; 3VOY A; 5F1F A; 5F82 A; 3TSG A; 3BFG A; 3G34 A; 3WRZ A; 4A5R A; 3GR2 A; 5DTK A; 1PWC A; 3BYD A; 4S2J A; 2VGJ A; 1JTG A; 2XR0 A; 1J9M A; 3SS4 A; 4BD0 A; 1PWG A; 4FCF A; 4GN2 A; 2A3U A; 4Y0T A; 4GOG A; 4PMA A; 5I94 A; 3UY6 A; 3VP4 A; 4H8R A; 1H8Z A; 4Y0O A; 1H8Y A; 1S6R A; 1PI4 A; 1VQQ A; 3CG5 A; 1IYP A; 3W8K A; 4LV3 A; 3MBZ A; 1YM1 A; 1OME A; 1IYO A; 1GA0 A; 1GHI A; 1NXY A; 2HP5 A; 3ITB A; 1W8Q A; 1QME A; 3ZVW A; 1BUL A; 3G35 A; 3E2K A; 4OQI A; 5E2H A; 5JYP A; 2Y2M A; 2XD1 A; 1KVM A; 3M2K A; 3UN7 A; 2EFU A; 1W7F A; 4GDB A; 3BFF A; 2Q9N A; 3ISG A; 5M18 A; 3QNC A; 1YLP A; 4EWF A; 4OVD A; 3O87 A; 5F1G A; 2P9V B; 4WEJ A; 3UPO A; 2WKE A; 4BL3 A; 3PBS A; 5EPH A; 3ZNY A; 3FKW A; 3WS1 A; 1U60 A; 4S2M A; 2ZQ8 A; 5J8X A; 4CJN A; 3WS5 A; 1K57 A; 3TOI A; 4X68 A; 1K56 A; 4B4X A; 4ZTK A; 1LI0 A; 2WGW B; 5TFQ A; 4WM9 A; 3CMZ A; 3FKV A; 3FV7 A; 3PBO A; 2HDS A; 3NC8 A; 4UHU A; 1Q2P A; 4IBR A; 4JXV A; 3IQA A; 3GSG A; 3LY4 A; 4FD8 A; 5AQB A; 3RXX A; 5GHZ A; 3O3V A; 3ZDJ A; 2Y2H A; 2H5S A; 4E3O A; 4OH0 A; 5IHV A; 2Y2L A; 2ZC4 B; 3IH8 A; 5BOH A; 2RL3 A; 1RCJ A; 4BJP A; 1ES3 A; 5CGS A; 3TG9 A; 1IYS A; 2WGW A; 4WEL A; 2DCF A; 3VSK A; 1NYY A; 4U0X A; 4K0X A; 4E6X A; 3MZD A; 1NZO A; 2C6W B; 1N4O A; 2H10 A; 2WUQ A; 4OQG A; 2HP9 A; 2I72 A; 2ZC6 B; 3HLW A; 2ZM0 A; 3C7U A; 3GTC A; 3UNW A; 1ES2 A; 1LL5 A; 3LEZ A; 4OOY A; 4KZ7 A; 1L0E A; 5FSR A; 3WS2 A; 5AQA A; 3VSL A; 4KZ3 A; 1KE4 A; 5HL1 A; 3GQZ A; 4MEZ A; 4GDN A; 1ZG6 A; 5FI7 A; 2R9W A; 4RVA A; 3PBT A; 4MBF A; 4EV4 A; 2HDQ A; 1ERQ A; 1CI8 A; 3AGE A; 3OPR A; 1FCN A; 2OV5 A; 2EX9 A; 1YT4 A; 3GRJ A; 1K4F A; 3SH9 A; 3PBR A; 4KQR A; 3SH7 A; 4N9K A; 2QMI A; 1WYB A; 1FR6 A; 1W79 A; 3OPL A; 1BZA A; 5HAR A; 4KQO A; 1NZU A; 1K55 A; 4QU3 A; 4QB8 A; 2WKH A; 1JVJ A; 3NIA A; 4XUZ A; 5DTT A; 3ZGA B; 5KZH A; 1PZP A; 5FAT A; 2DRW A; 4ZJ1 A; 5CGX A; 1FQG A; 1K54 C; 2ZQ7 A; 1ES4 A; 4R23 A; 1GHP A; 1N9B A; 3G32 A; 3UE0 A; 1HTZ A; 3IXH A; 3HVF A; 3VOZ A; 4K0W A; 4DE1 A; 2Y55 A; 1BLP A; 1I5Q A; 4PM8 A; 4S2K A; 1MBL A; 2BLS A; 5CEB A; 4QJG A; 4PPR A; 2G2W A; 1BUE A; 3S1Y A; 5GHX A; 1Y54 A; 1MY8 A; 4PM6 A; 5A90 A; 2J7V A; 2ZQC A; 2EX2 A; 4RA7 A; 2XDM A; 3IXG A; 5FI6 A; 5FQK A; 4JLF A; 3I7J A; 1FR1 A; 1IEL A; 4O7D A; 3B3X A; 3IT9 A; 5HAI A; 5EVI C; 1NJ4 A; 4OPZ A; 1K38 A; 1ZC2 A; 3IHB A; 3IXB A; 3HBR A; 1O7E A; 1KE0 A; 5TGF A; 5GLA A; 5L2F A; 3MXR A; 4F94 A; 2PU2 A; 1CI9 A; 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3WRT A; 1VET B; 3LCE A; 4OPQ A; 4HES A; 5L09 A; 2PYR A; 4GD8 A; 1YKD A; 3UB8 A; 1D7E A; 1TDG A; 4EW7 A; 3GMW A; 2Z2M B; 4CLC C; 1QMF A; 5L8M A; 1W5D A; 2WAD A; 2B95 A; 4ARZ B; 5HWW A; 1P97 A; 2W3H A; 1W8Y A; 2M7U A; 1J3W A; 4E3N A; 3L7H A; 3ZG5 A; 1I2S A; 2ZC3 B; 3A3I A; 1PWD A; 1TDL A; 2ZQA A; 4XUX A; 1MKM A; 5CGW A; 1LSV A; 2XEP A; 4E3M A; 4KG5 A; 2JCH A; 2V1B A; 5FAQ A; 2PD7 A; 2A49 A; 4KZ9 A; 4Y7P A; 2Y2N A; 4HP4 A; 1BT5 A; 1XA7 A; 1FIK A; 1L0D A; 2HJ9 C; 3PBN A; 5CHM A; 1KOU A; 3OBF A; 2J9P A; 4HH3 A; 4DJ3 A; 4HBT A; 3G2Y A; 5M1A A; 3E4Q A; 2Y2G A; 4WZ4 A; 4MDZ A; 5CER A; 3UB6 A; 1G6O A; 4KZ6 A; 3KSH A; 3GEC A; 3H82 A; 4F3L A; 4JPM A; 1BSG A; 4DE2 A; 2GNX A; 3T1Q B; 5DKK A; 2WKI A; 1GSW A; 1WE4 A; 1H5X A; 1WYC A; 4GW9 A; 4X56 A; 4YWZ A; 1XPB A; 3DAV A; 4IED A; 1OJG A; 3OCL A; 4GHI A; 4X6T A; 3IS2 B; 1E3U A; 4KZ5 A; 3NOT C; 4R70 A; 1YSQ A; 2P7J A; 2L4R A; 1JWZ A; 5EM0 A; 1SHV A; 4Q0J A; 3TW8 A; 4I39 A; 1RGY A; 4N1H A; 2JN7 A; 3MQO A; 5FEG A; 2ZL1 B; 5DVA A; 3V50 A; 3V3R A; 1CK3 A; 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