4DXCA

Crystal structure of the engineered mbp tem-1 fusion protein rg13, c2 space group
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
637
structure length
624
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRRGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHWGSGGGHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPSATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Sugar binding protein, hydrolase
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chim
publication title Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 202
structure length 624
sequence length 637
ec nomenclature ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date 2012-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF13354 Beta-lactamase2 Beta-lactamase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA01
3.40.710.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Beta-lactamase DD-peptidase/beta-lactamase superfamily 4dxcA03
4DLDA 1JVXA 3MUQA 3G7WA 4DE8A 2R71A 3P09A 5KSCA 3MQ9A 3G3GA 4QJGA 1SKFA 3M2JA 1FTLA 3FASA 3G34A 3ZHHA 4ZEBA 3FV1A 1PIOA 4FORA 3PUWE 3ITBA 1WDNA 3B6QA 1SW4A 1PB9A 4P11A 4WZ5A 3S4UA 1PW1A 2OLUA 2F7CA 5D3OA 3EPEA 3KN8A 3UE3A 2GH9A 4C3QA 1K56A 1LL9A 2I3VA 3UO9A 2ZNUA 1WYBA 1SVXB 1UTBA 2NUVA 4B4ZA 4UA8A 3QHYA 2ZLYA 4ZEIA 5ICQA 2HDRA 3W8KA 2QS1A 3UP9A 4LENA 4YINA 1POY1 3NBLA 4E3IA 5TR7A 4LZ7A 2XXPA 3SDFA 3AXFA 3TQLA 1FQCA 1ANFA 5BUUA 3ZG9B 5KZTA 5IAIA 3UN6A 4YKJA 1L2SA 1B32A 3UDXA 3MAMA 3UPPA 4BDMA 3K02A 1NFTA 3ONMA 3BFFA 4MBKA 3FVKA 1IQ7A 2RF1A 5CRFA 3C9HA 1PI5A 1HSEA 2ZMBA 5I58B 2PYYA 4IY6A 1IXGA 1K6RA 3V8XB 5CERA 1YM1A 5FHNA 4A5RA 1NNTA 3LBSA 4NETA 1Y3NA 4EBNA 1MM7A 3T9VA 4LCLA 2Y84A 1A40A 2B3FA 2H10A 3KOTA 3UGWA 5B7DA 1B3FA 1P1WA 3C36A 2UWXA 3FXQA 1QULA 5AQ9A 4XTCQ 5EOOA 4E3KA 4OQHA 2OLVA 2G29A 3VSLA 3H03A 1MQDA 5CMBA 4E3JA 1ZC2A 2WAEA 4D2OA 4HEFA 3TSGA 2F5XA 4F94A 3V3SA 1MPBA 3Q07A 4GDBA 1K57C 2ZJ9A 3S2VA 4OXVA 3V3RA 1ES4A 2XD1A 2I0BA 1NXYA 5FSRA 5A5XB 3HLBA 1LFHA 4OENA 3OELA 1UTHA 5IHVA 1B3LA 5GLDA 4ZEDA 2P2AA 4IEDA 2PX1A 1I6QA 4QFNA 4XXRA 4Y0UA 4XXUA 3PUXE 1K4FA 4P0MA 1US5A 4ELRA 2ZXTA 2C6WB 1LCFA 4YKPA 4ZJ1A 3GSGA 3KJTA 4FCFA 3SEWA 4XIGQ 2ALUA 4IO3A 4RJZA 4JXGA 1K4EA 2XFTA 4KG6A 3KEIA 3MZ9A 3H6VA 3FJGA 1FTMA 4OVDA 5CRYA 5AA3A 1EZOA 2HAVA 1K25A 1ONGA 3I5OA 1O7TA 2Y2LA 3P98A 4P6BA 3HUOA 3WWXA 5CTMA 5FATA 3PD8A 4NF4B 4IO6A 3OCNA 1Z7NE 5I57B 4QFKA 4X68A 1MWTA 4H8IA 3RY3A 3M3KA 4P0IA 1XXMA 1B51A 1MM6A 1LBCA 3MZBA 4MLQA 4NF5A 1PWDA 2DE4A 1LAXA 2ZQ7A 1SCWA 3HLDA 3BRMA 3PPRA 3IJXB 1M5FA 4G68C 3SEYA 5L9OA 2Q9TA 3Q26A 3ZCZA 4Q8RA 1XX2A 2CC1A 1ZIUA 3V5AA 1LFGA 3E13X 5J8XA 3S9LC 3BBRA 5ITPA 1NNFA 3IT9A 1AIVA 2H4IA 3RTWB 2HFBA 2YLNA 1NNKA 2WKYA 4BDLA 5F1FA 2HPBA 5H8FB 1D9VA 4HCWA 1O63A 2M8CA 2DE2A 3G2YA 3PBRA 1CK3A 1B3EA 3WS2A 4C0RA 1CEGA 1RYXA 3IORA 1IIWA 1YLZA 1B6HA 4E3NA 5I2KB 3TAJA 4GWOA 1L0GA 3THIA 1Y3QA 5JYOA 3UPNA 1MY4A 1SDXA 2ZYKA 4BENA 3N26A 4KQQA 4KYSA 4OFJA 1DPPA 4ZZEA 3QNCA 3G3FA 2EFXA 2CMOA 4YU0A 4PETA 4C75A 5M2VA 1YQSA 1CI9A 2XXRA 1TWYA 2XXYA 4LA9A 3T66A 4R4RA 1SI0A 3OO8A 2I49A 2FA7A 1FCOA 5I2NB 3MVYA 3K6UA 4WEKA 5KCJB 4JWOA 3ZVTA 3OSRA 5A91A 1M5DA 4DE1A 1FR6A 2XDMA 1ZKJA 3N4IA 1OVTA 1B58A 1BLFA 3IOWA 3A09A 2WADA 3Q1FA 4RA1A 5CC2A 3ZG8B 5ICTA 5DEXA 1SDEA 1FR1A 2Y2MA 4XKPA 4XUZA 1MS7A 3T9XB 3FYZA 5F7VA 4XKNA 2HDSA 5AQBA 1ESIA 5DYHA 5FA7A 1ES5A 3E9XA 5AA4B 4EWFA 4ZE8A 1B52A 1VE4A 2Y2KA 1BTJA 2DRWA 2IWBA 2XXVA 4EDPA 2GHBA 3SESA 3K2DA 1CEFA 3H06B 5CMKA 1QKAA 2FYIA 5AA1A 2V3QA 3FATA 1H45A 5CXWA 3W4OA 1PDAA 1QUKA 1XVXA 2DVZA 2XXQA 4QRZA 2Y7WA 3ECRA 1EZPA 3IF6B 4KQRA 4ZE9A 3VDFA 4F1UA 3VLUA 1XKZA 5G18A 2DE3A 5E43A 3VSKA 4WZ5C 5AQ7A 1JEVA 3O6HA 3W9VA 4HS7A 1G6AA 1NZOA 3MFDA 3B6TA 1MXOA 5M19A 3LCEA 3ZG5A 3FZCA 2DVCA 1QMEA 3SS5A 1TEMA 5HW3A 1BLSA 2OSUA 5I56B 1H43A 5EOEA 1QUIA 2DXRA 5U47A 4KCDA 1NH7A 2X01A 4LP2B 2G93A 4KZAA 1QMFA 3RTFB 3H6WA 5TU0A 4OPQA 3TTLA 4WEDA 2ZQAA 2UVGA 5EVIA 3PAGA 3U93A 3MZEA 1RKMA 1OQGA 4H8JA 4LZ8A 1PI4A 4Y0TA 1USYE 1MPDA 3G3HA 3ZKKA 3F11A 4M3KA 1DY6A 1IYSA 3PU5A 3Q82A 5A5XA 3NCKA 2Y2IA 1YLJA 1B3GA 1BLCA 1XT8A 5E2FA 1JWVA 3HLCA 3RNNA 4EF1A 3SOIA 1LLSA 4WELA 4Y7PA 3IJOB 1EWZA 5JYPA 3TELA 1URGA 4EF2A 4OKPA 1B5IA 1I6BA 3DTMA 3VP0A 5FI7A 4ELQA 1LAGE 1N7XA 2O7UA 5AA2A 3T9UA 1EROA 3U92A 5CM6A 5JTYA 3V83A 3VFHA 4PE5B 3TPAA 3TZAA 1IYPA 4OPRA 1TDLA 2P9VB 1B40A 5HARA 2IEEA 1URDA 5L8DA 1GCEA 3VP2A 3ZS6A 1I6AA 5TGFA 3K1PA 4GL8A 4R74A 3IB1A 3BYDA 3GTCA 3IXDA 2H0TA 2RC9A 4AB6A 5HX9A 3CR9A 1DJCA 4Q0CA 4G68A 5AQAA 4BD0A 2Y2HA 3OD7A 3GRJA 3R6UA 4S2KA 1QW0A 1W79A 4NWCA 2A3UA 1MDQA 3GBBA 4FJPA 5J1DA 3IOVA 2A5TA 3IX1A 1Y9UA 3C7UA 1II5A 4IVKA 1QVSA 2HQ0A 5EVID 4C6YA 4JKTA 1W8QA 4MF3A 4K0WA 2AL4A 4GXSB 1IYOA 4HESA 1AH5A 4QHCA 3U1OA 2VGKA 3DP6A 5K2XA 2HDQA 4I8CA 3CI8A 1XOCA 4PPRA 1ATGA 3KN3A 4OOMA 5DF7A 3SKPA 1AL3A 4LUBA 1M5BA 3IQAA 3GR2A 2PVUA 2PU2A 1TDGA 3MBPA 1FTKA 1KE4A 5ISUA 4KD5A 3N8LA 3CFZA 2FNCA 4FE8A 4OP5A 4BDRA 4R4SA 2ZQ9A 4LV2A 2ZQCA 1XHYA 3L6GA 1BUEA 4OHNA 3CG1A 1LFIA 4QF9A 4FH2A 3DM0A 5CTNA 1L0FA 1DOTA 5TP9B 1KVMA 4QHQA 5AA2D 4RVAA 4IGRA 1LLBA 3S9NC 3A3IA 2QMXA 3LY4A 4YMBA 1WE4A 2EX8A 3TODA 4OOLA 1IEMA 4PM9A 4HCYA 3LEZA 1MXUA 1EI5A 3KG2A 3KGCA 3NIAA 1D4NA 3CG5A 1AMFA 4E3LA 1KGGA 2ONSA 3FVOA 4WKMA 4F3SA 1SYHA 2THIA 5H8QB 2H5YA 3D4FA 3H7MA 3QNBA 5FQKA 3HUMA 1DTZA 4OQIA 5LOMA 1TXFA 5I84A 4OFOA 3IHBA 1JVJA 3HLWA 3O66A 3HV1A 3IWIA 3Q28A 2ONRA 2Q9NA 1YPNA 3CIJA 2UYEA 3TCGA 4HBUA 1TVFA 4PQJA 4BDQA 1ONHA 3Q27A 1LB8A 1SDNA 1B0HA 2V3UA 3OEMA 3G3KA 3DP4A 1BT5A 3LC8A 4U22A 2DOJA 1ZKBA 3QUJA 5M18A 1OQHA 1FSWA 1PZOA 1POTA 4GNUA 4HTGA 1NKXA 4PM7A 3BKIB 1C3BA 2IWDA 4ZEFA 5H8HA 2F6PA 1KWHA 4OTEA 3ZKLA 2EXAA 1XS5A 1IKIA 1YLPA 2KLFA 3AGFA 3QYTA 4CPKA 3TDJA 1SQYA 2O84X 2LAOA 3MXSA 4F19A 5CECA 4DCXA 4BLAA 4DDYA 3WS0A 1M5EA 3W9WA 4AB5A 1Z7ME 3G4PA 2O7IA 3K0VA 1KE0A 1IXHA 4FEDA 1B7UA 2R9XA 5I56A 2F7AA 5H8NB 4DXCA 3DP8A 2JBFA 3H6TA 1MXWA 4LV3A 1A7LA 3OPHA 1FCMA 3C4OA 1FTJA 1A54A 3TTKA 2P74A 4KHZE 4LVQA 1RGZA 2C5WB 2Y55A 4NE4A 2GFEA 4UA9A 1I5QA 1B2HA 4RK2A 3OPPA 1ALQA 1URSA 2RINA 2XX8A 1FOFA 3U8QA 4F18A 3O9PA 3LSLA 4Z7EA 3Q7VA 3ISGA 2RL3A 4EQBA 3PMWA 1A8EA 2B65A 5I59A 4F31B 4IGTA 3VOZA 5FQ9A 5L2FA 1IITA 3TEPA 3BFEA 3G30A 4GXAA 4ZECA 3A3UA 3GLBA 1D3KA 3OPLA 1L0DA 3RUMA 1FQAA 3VFFA 3OMBA 2Q8JA 4MEZA 4WEJA 1I2WA 4LQ5A 2XXIA 4KZ7A 5GLAA 4B88A 4RX2A 2Y7PA 2NXOA 5EVIC 5HL1A 3QUFA 1J9MA 3QK6A 4RX3A 4PP0A 3NDGA 1HVBA 2P9VA 1XVYA 1Y4CA 3PUYE 1K56D 4O3AA 3GZGA 3WRZA 3EF7A 1GHIA 3TCHA 1FSYA 5KSHA 5EHSA 3VVDA 2PT1A 1YLYA 1NY0A 5L9MA 4X55A 4IO5A 4OEUA 1N9BA 4EUOA 3QXMA 4EXKA 3WRTA 4NWDA 3BECA 3K4UA 1NYYA 3E2LA 4PM6A 4N07A 1B7HA 4YKIA 4DZ1A 4X9TA 1SI1A 2WYXA 5KZHA 4TLLB 4U2RA 4X1BA 2ESNA 3SH8A 3VLWA 1N7WA 4G2ZA 4OQOA 4NF6B 3FKWA 4JXWA 4U0XA 4QSCA 1ZG6A 4GIZA 5EE8A 3SH9A 4FAJA 1H5XA 4FH4A 2DXYA 5F1QA 2VP1A 1GV8A 4B4XA 3QAXA 2Z22A 4DKIA 5BWJA 2XXXA 3MP8A 2DYXA 2RC7A 4LZ5A 5F1GA 3C7VA 4GF8A 3H6UA 3Q25A 5CI5A 4MBHA 3O6GA 1RP5A 2WUQA 1S6RA 4QU3A 3CSBA 2UVJA 4BDOA 1B4HA 1NL5A 5CMMA 3V50A 2EX2A 3I7JA 2QPQA 3CSGA 4LCMA 3UIFA 1R9LA 2PBWA 5FHMA 2I58A 1MQIA 1TFDA 1K55A 3SEVA 3IXHA 3SH7A 2O1LA 2H99A 3LUYA 4LONB 4S2JA 5E2EA 3RJUA 5B70A 1S7YA 3FUZA 4NF8B 2WGWB 3HPIA 4UA6A 1A99A 3IO4A 3N94A 4GZBA 3ILUB 3MWBA 4TLMB 1GHPA 3CJMA 4ELOA 4OERA 4F2QA 2ZC3B 1IXCA 4S2MA 3VP4A 3K1NA 3HVFA 4OFLA 4H5GA 3DWKA 5H8SA 1MQJA 4N9LA 2V3TA 1YMSA 1TFAA 3O87A 3A3JA 1S50A 2AL5A 4GD5A 2H9BA 1RCJA 2Y2JA 4FEBA 1IEJA 1UQWA 1N0TA 4KCCA 1S9TA 2GRVA 3T93B 2RCBA 2X7QA 5GHZA 4DE2A 1YMXA 3N8SA 3PV0E 2JC7A 5FASA 2BJJX 3NY4A 2ABHA 1N3XA 2QRYA 2WGIA 1ZJLA 3W15C 1JWPA 4G4PA 4RPOA 3FIRA 3ZSFA 4U4SA 4CJNA 2YJPA 3IXBA 1LI9A 3SETA 2Q89A 2UVHA 5DTKA 4EQ9A 4N1XA 2RKMA 4R75A 1DTGA 5L9SA 4KPTA 1MY8A 1HTZA 4JPMA 5TPAB 4ND9A 2XX7A 1GGGA 4NMYA 5CGSA 5KDTB 2FFYA 3V5MA 3OCLA 2E0SA 4F2OA 3P7IA 3DELB 3IHAA 1Q2QA 3S9MC 1OLCA 1EH3A 4OVJA 4E0WA 1SHVA 4POXA 5GL9A 4OMBA 1KGEA 1ESUA 2ZC6B 4OPZA 3BLMA 4H8RA 2F78A 1H44A 4WBGA 1RYOA 3KFMA 3N6UA 3PPOA 3IL1B 4PM8A 5I94A 1FQEA 3PTEA 4IO2A 4JDFA 4MLLA 2HXWA 1N3WA 2XXWA 1VM1A 4F1YA 3C32A 3AGEA 2Q9MA 3IH9A 1P1UA 2Y2NA 2P0SA 3VE1B 3O88A 4IVIA 3VXCA 5GHXA 1HZOA 2WKIA 5I58A 4S2IA 5DTSA 3PUVE 3GQZA 3ZVWA 2XEPA 2ZC5B 3Q29A 4KYDA 4O7DA 2A49A 4BL3A 4R6HA 1Y20A 2DWIA 3UE0A 1MXZA 2O6AA 3M3LA 4PFYA 3UDFA 4R9FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3V39 A;  4FEC A;  1M5C A;  2X71 A;  3DWZ A;  3M2K A;  1H8Z A;  4PFT A;  2WK0 A;  3I6V A;  3FV7 A;  4RNS A;  4RYA A;  1B5H A;  3R26 A;  2ZYN A;  3OZH A;  3G32 A;  5DF9 A;  1MY1 A;  4IY5 A;  1N76 A;  2OLB A;  3IO6 A;  2I3W A;  1YLT A;  5TPA A;  3HLE A;  2PU4 A;  4R72 A;  4KZ8 A;  4KFQ A;  4U1Z A;  2H0Y A;  3BFC A;  4NK3 A;  5KDT A;  4KG2 A;  1NZU A;  1UIU A;  1W5D A;  3V89 B;  3PBO A;  4E3O A;  1XA7 A;  1BP5 A;  3O29 A;  3DW0 A;  4P87 A;  1I69 A;  4K0X A;  4DXU A;  3JV9 A;  2Y91 A;  5CBS A;  5HBC A;  3IB0 A;  4JXV A;  4N1H A;  1LGB C;  3TKD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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