The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
149
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sequence length |
466
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structure length |
466
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Chain Sequence |
RLTELREDIDAILEDPALEGAVSGVVVVDTATGEELYSRDGGEQLLPASNMKLFTAAAALEVLGADHSFGTEVAAESAPGRRGEVQDLYLVGRGDPTLSAEDLDAMAAEVAASGVRTVRGDLYADDTWFDSERLVDDWWPEDEPYAYSAQISALTVAHGERFDTGVTEVSVTPAAEGEPADVDLGAAEGYAELDNRAVTGAAGSANTLVIDRPVGTNTIAVTGSLPADAAPVTALRTVDEPAALAGHLFEEALESNGVTVKGDVGLGGVPADWQDAEVLADHTSAELSEILVPFMKFSNNGHAEMLVKSIGQETAGAGTWDAGLVGVEEALSGLGVDTAGLVLNDGSGLSRGNLVTADTVVDLLGQAGSAPWAQTWSASLPVAGESDPFVGGTLANRMRGTAAEGVVEAKTGTMSGVSALSGYVPGPEGELAFSIVNNGHSGPAPLAVQDAIAVRLAEYAGHQAPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
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| publication title |
Crystal Structure of a Complex between Actinomadura R39 Dd-Peptidase and a Boronate Inhibitor
rcsb |
| total genus |
149
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| structure length |
466
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| sequence length |
466
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 2012-08-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02113 | Peptidase_S13 | D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; | D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4BD0 A; 1BLC A; 4KEN B; 4C3Q A; 5AQB A; 4EBP A; 3VSL A; 1ESI A; 1XA7 A; 1YLY A; 2EXB A; 3NBL A; 4IBR A; 5CRF A; 2E8I A; 1MBL A; 3A3D A; 3DW0 A; 4QB8 A; 1RCJ A; 1PIO A; 4JXG A; 4CJN A; 2ZJ9 A; 3HLF A; 3NC8 A; 4UA6 A; 1ALQ A; 4JPM A; 3UE1 A; 4EBN A; 1NY0 A; 4X53 A; 4EQI A; 4H8R A; 1YLW A; 1I2S A; 5U47 A; 3SS3 A; 3GV9 A; 1CI8 A; 3UE0 A; 2Y2Q A; 4OOY A; 2J8Y A; 5A90 A; 3PBQ A; 4X69 A; 3LEZ A; 2Y2H A; 4KG2 A; 4KZ5 A; 1C3B A; 3GSG A; 3HLC A; 3N6I A; 4ZTK A; 3VP0 A; 5J8X A; 2V1Z A; 3ZG5 A; 3MZE A; 5FQK A; 3MZD A; 5FAS A; 3IXB A; 5TFQ A; 3PBR A; 3C5A A; 1BLP A; 3BLS A; 1XXM A; 4QU3 A; 3UPP A; 4DDS A; 1ES3 A; 4U0X A; 1PW8 A; 2ZC5 B; 4ID4 A; 1K25 A; 3OZH A; 5E43 A; 3VSK A; 2WGW B; 3V50 A; 3TOI A; 3DTM A; 4OVD A; 2Z2L B; 3WS5 A; 5M1A A; 1BTL A; 3E2K A; 2FFF B; 3MXS A; 4R4S A; 5AQA A; 1FCM A; 5F1G A; 4WMC A; 4LCL A; 4R1G A; 2H10 A; 2WK0 A; 2Y2G A; 2ZM2 A; 4S2I A; 4E3K A; 1JWZ A; 3NI9 A; 1IYS A; 1CI9 A; 2ZLY A; 3BM6 A; 3LO7 A; 2ZC3 B; 2IWC A; 3BFE A; 3OC2 A; 5EVI C; 4DDY A; 3RXX A; 4C75 A; 4XUX A; 3VP2 A; 1Y54 A; 3BRM A; 3CG5 A; 3WRT A; 3ZG0 A; 3S22 A; 1HD8 A; 4EBL A; 2H5S A; 1Q2Q A; 3IF6 B; 1TDL A; 4JXS A; 5FI6 A; 1RP5 A; 3HBR A; 1NZU A; 1FR1 A; 1GA9 A; 3HLD A; 3AGE A; 1RGY A; 2P74 A; 3V3S A; 3UNW A; 4GZB A; 3IXD A; 1YQS A; 3IF5 A; 4A5R A; 1QME A; 2GDN A; 1NRF A; 1FOF A; 2ZQA A; 1G6A A; 3IHA A; 4WEK A; 3WS1 A; 1WE4 A; 4X56 A; 5F82 A; 1WYC A; 2ZM8 A; 3G4P A; 5HAR A; 2EX6 A; 3A3J A; 3BFG A; 3CZD A; 5CER A; 3ZHH A; 1MKI A; 5HAI A; 1ERQ A; 3ISG A; 3HUN A; 1BSG A; 4GD6 A; 2XEP A; 5FAQ A; 2G2W A; 4S2M A; 5D3O A; 3HRE A; 4QY5 A; 5EOO A; 1JWV A; 4E6X A; 4WM9 A; 1NYM A; 4BJP A; 4DXC A; 5HL1 A; 5DF8 A; 1GHM A; 4KZ4 A; 4WZ5 C; 4LV0 A; 1H8Z A; 3UDX A; 1DY6 A; 3N8S A; 3BFF A; 4QJG A; 1SDN A; 2J9P A; 3I7J A; 4PMA A; 1JWP A; 4JF6 A; 2WGV A; 4C6Y A; 2OSU A; 5GLB A; 2JCH A; 2JE5 A; 3PBO A; 5HX9 A; 3QNB A; 1O7E A; 4B88 A; 2Y4A A; 2I72 A; 3ZVW A; 3FYZ A; 1GHI A; 1L0D A; 2WAF A; 4ZJ1 A; 4YFM A; 3BFD A; 2VGJ A; 2DRW A; 4E3M A; 4JKT A; 3UDF A; 3GQZ A; 4UA9 A; 1PWD A; 1PZP A; 2Y2K A; 5F83 A; 5A92 A; 4S2L A; 3G32 A; 1LLB A; 3HLE A; 3EQU A; 4XUZ A; 4JXV A; 4GD8 A; 5M19 A; 1AXB A; 4WBG A; 3GTC A; 3N8R A; 3IWI A; 5I94 A; 2WGI A; 4F94 A; 3A3F A; 4JF4 A; 2RCX A; 1IYQ A; 1CK3 A; 3IF6 C; 2C5W B; 5GHZ A; 4OQ0 A; 2ZC4 B; 3QHY A; 4UAA A; 3N4I A; 3M2J A; 2Q9N A; 4IVK A; 2XF3 A; 1N9B A; 1KDW A; 1K56 A; 1VM1 A; 3M2K A; 3M6B A; 1K57 A; 3NY4 A; 4FCF A; 4QY6 A; 4R23 A; 3N7W A; 3IXG A; 1PWC A; 3BLM A; 2XLN A; 3SOI A; 3G2Y A; 4EV4 A; 1NXY A; 3IT9 A; 4OON A; 3SH9 A; 4HBU A; 2WAD A; 3WRZ A; 2ZQC A; 3N8L A; 1MWR A; 5FI7 A; 5FQ9 A; 1S0W A; 1KDS A; 2R9W A; 1YLJ A; 5FAP A; 2PU4 A; 1LI0 A; 3D4F A; 1TDG A; 2V2F F; 3MZF A; 4KZ6 A; 4RYE A; 4OPZ A; 2WZX A; 3E2L A; 4BD1 A; 2P9V A; 1ESU A; 2BG1 A; 4K0X A; 4KQO A; 1XP4 A; 4KQR A; 4Y7P A; 3BFC A; 1SDE A; 4S2N C; 3V5M A; 1FQG A; 1K4F A; 2Y2I A; 3G2Z A; 1CEG A; 3OCN A; 3GR2 A; 1IEL A; 3CMZ A; 3LCE A; 4GKU A; 4MEZ A; 4X68 A; 5KSH A; 4FH2 A; 3Q7V A; 2WZZ A; 4ZJ2 A; 2Y2O A; 5GLA A; 3JYI A; 2WKH A; 3OPR A; 3LY3 A; 2V20 A; 2ZQ8 A; 5DF9 A; 2Y2P A; 5EE8 A; 3UPO A; 1JVJ A; 3IHB A; 4DE3 A; 1DJA A; 3W4Q A; 3ZNT A; 4BL2 A; 2EX8 A; 1RGZ A; 3MKF A; 2EFU A; 4XXR A; 1XX2 A; 4DE2 A; 4ZBE A; 5JYP A; 3DWZ A; 1FCO A; 1FCN A; 3AGD A; 2WYX A; 3W8K A; 3SH7 A; 3W4O A; 1BLH A; 3RXW A; 4B4X A; 4O7D A; 1YLT A; 3NIA A; 5A91 A; 5CEB A; 1IEM A; 1K38 A; 2X71 A; 4PM9 A; 4R3J A; 4Z9Q A; 4JBF A; 5FQJ A; 4X55 A; 5KSC A; 3PBS A; 1BUE A; 3ZCZ A; 4RA7 A; 4Q8I A; 2R9X A; 4EUZ A; 5TR7 A; 1XA1 A; 2WGW A; 5FQM A; 3SS5 A; 2OLU A; 4RVA A; 1KVL A; 3B3X A; 4OKP A; 1ES2 A; 2EX2 A; 2OV5 A; 4B4Z A; 4QHC A; 5E2F A; 3OPH A; 4X6T A; 1ZG4 A; 5TGF A; 2WUQ A; 5EPH A; 4OQI A; 1FSW A; 3PAG A; 2XFT A; 4N9L A; 2HDU A; 1DJB A; 4YIN A; 5HFO A; 5HAQ A; 3M6H A; 3HLB A; 1KGF A; 2HP6 A; 3HUM A; 1XPB A; 3C7V A; 2Y91 A; 1GCE A; 1K55 C; 1M6K A; 1Z6F A; 4RX3 A; 3Q7Z A; 4LCM A; 1ZG6 A; 2UWX A; 3IF6 A; 1K54 C; 1HTZ A; 2HDS A; 2QZ6 A; 1E4D A; 3FWL A; 3GVB A; 3VFF A; 5E2H A; 3OCL A; 3ZFZ A; 4JXW A; 1ZKJ A; 2X02 A; 4N1X A; 3S1Y A; 2J7V A; 3NDE A; 2WKE A; 1BUL A; 3Q82 A; 4Y0T A; 5L2F A; 1IYO A; 2JC7 A; 3HUO A; 3HLG A; 1I2W A; 3SH8 A; 1MWT A; 3VP3 A; 2ZMA A; 5KMW A; 4KG5 A; 1XKZ A; 5CGW A; 3NDG A; 3ZVT A; 2ZQ7 A; 2ZQD A; 1PWG A; 2RL3 A; 4HEF A; 5CHJ A; 2ZQ9 A; 1E3U A; 1G68 A; 3TG9 A; 4MLL A; 1XGJ A; 3VOY A; 4E3N A; 5M18 A; 4Y0O A; 1TVF A; 1I5Q A; 3IH9 A; 4OOM A; 1L2S A; 3G31 A; 1BT5 A; 1ES5 A; 4L0L A; 1EWZ A; 1PZO A; 2QMI A; 2ZM0 A; 4Y0U A; 4ZJ3 A; 3A3E A; 3V3R A; 1IKG A; 3WS4 A; 2HDR A; 2XGN A; 4MNR A; 4R0Q A; 4DKI A; 4WMC D; 4FSF A; 4JLF A; 1HZO A; 2HP9 A; 1H8Y A; 5CTN A; 2DNS A; 2PBY A; 1L0E A; 5FDH A; 4QD4 A; 1W79 A; 1VQQ A; 4N9K A; 4GDB A; 1BLS A; 4DF6 A; 1XGI A; 3IWO A; 4OLG A; 4P87 A; 1KGG A; 4LV2 A; 3WWX A; 4OP8 A; 5FA7 A; 3BYD A; 4M3K A; 5FI2 A; 3VOZ A; 1YMS A; 2HPB A; 1L0G A; 1YLZ A; 3O87 A; 5FSR A; 3FKW A; 4KZB A; 4OH0 A; 3AGF A; 2FFY A; 3NCK A; 1N4O A; 4PPR A; 1HVB A; 5CHM A; 4KZ9 A; 2Q9M A; 1L0F A; 1PW1 A; 3TSG A; 4OPQ A; 5EEC A; 1JTG A; 3OPP A; 2C6W B; 4E3L A; 1MWU A; 3O86 A; 1LHY A; 1EI5 A; 2OLV A; 3UO9 A; 4PM7 A; 3Q81 A; 1J9M A; 3MKE A; 1W8Q A; 3CJM A; 4UA7 A; 4P0M A; 1NJ4 A; 2XK1 A; 2A49 A; 4OP5 A; 4DE0 A; 1YMX A; 4N92 A; 5EVI A; 5CHU A; 5CED A; 1PI4 A; 5EUA A; 3Q07 A; 1S6R A; 3O88 A; 3O3V A; 4CPK A; 3P98 A; 3ZDJ A; 2A3U A; 2Y2L A; 2PU2 A; 4KZA A; 1GHP A; 4U3T A; 1KGE A; 3ZG8 B; 1LI9 A; 2XH9 A; 1ZC2 A; 4HES A; 5GL9 A; 1QMF A; 5CTM A; 1NZO A; 3Q7V B; 2WAE A; 2J9O A; 3ZGA B; 4BQM A; 3HLW A; 5CEC A; 3BEB A; 1E3U D; 2H0T A; 4E3I A; 3G35 A; 4K0W A; 5FAO A; 3UY6 A; 4MBK A; 3VP1 A; 1DJC A; 1K55 A; 1H5X A; 1K6R A; 2XFS A; 1K4E A; 3HVF A; 1GA0 A; 5JYO A; 3IH8 A; 4P85 A; 4UHU A; 1K54 A; 3FZC A; 5AQ7 A; 3ITA A; 3WS2 A; 1CEF A; 2G2U A; 2IWD A; 1YT4 A; 3MFD A; 4EWF A; 4E6W A; 4S2K A; 2VGK A; 1MXO A; 5AQ9 A; 5GHX A; 1SHV A; 5DVA A; 3MXR A; 1JTD A; 4WEL A; 5HW3 A; 4KZ7 A; 1LL9 A; 3PBT A; 5BOH A; 4IBX A; 4MBF A; 5EOE A; 2HDQ A; 4U0T A; 3DWK A; 4WZ5 A; 1BZA A; 4GN2 A; 4S2O A; 5G18 A; 3PTE A; 3VP4 A; 3W4P A; 4LV1 A; 4N1H A; 1ERO A; 3PAE A; 5DTT A; 5DTK A; 4WYY A; 1OME A; 2EX9 A; 5GLD A; 2XDM A; 1K57 C; 1K56 D; 1YLP A; 4ZAM A; 4D2O A; 1M40 A; 4HBT A; 1E25 A; 2QPN A; 3S4X A; 2EFX A; 5DTS A; 1W8Y A; 4LV3 A; 4BEN A; 4PM5 A; 3C4O A; 3UDI A; 1U60 A; 4DRT A; 5CXW A; 1ONG A; 1FR6 A; 5FQQ A; 4OOL A; 3PBN A; 5IHV A; 3SS4 A; 4BLM A; 1SCW A; 1FSY A; 4WZ4 A; 3ZNY A; 5CGS A; 1Q2P A; 1W7F A; 5EVI D; 2XR0 A; 3IQA A; 4KQQ A; 3VMA A; 3HL9 A; 4S2P A; 4OPY A; 2Y2N A; 3OPL A; 4GDN A; 4NK3 A; 2IWB A; 3C7U A; 4LEN A; 4OPR A; 4GOG A; 3P09 A; 1LL5 A; 3FV7 A; 4R4R A; 4DE1 A; 3C4P A; 4WEJ A; 3IXH A; 5FAT A; 4K91 A; 2HP5 A; 5EVL A; 4PM6 A; 5FQI A; 1KE4 A; 2XD5 A; 2B5R A; 2Z2M B; 4IVI A; 2WKI A; 4DXB A; 1KE3 A; 3UN7 A; 4OQG A; 4RX2 A; 4FD8 A; 4KZ3 A; 1ONH A; 4MBH A; 3UE3 A; 2XD1 A; 3GMW A; 4ZDX A; 4P6B A; 5HAP A; 1IKI A; 1W5D A; 2Y2M A; 2ZD8 A; 4FH4 A; 2Y55 A; 2Y2J A; 1K6S A; 3Q1F A; 4S2N A; 5GHY A; 1ES4 A; 5DF7 A; 5F1F A; 1YM1 A; 3FKV A; 4IED A; 3WS0 A; 3EQV A; 3G30 A; 3RJU A; 1KVM A; 2X01 A; 4KG6 A; 1O07 A; 3MBZ A; 3ZG7 B; 1NYY A; 4GNU A; 3GRJ A; 1IYP A; 3QNC A; 3BEC A; 3ZG9 B; 4BL3 A; 5A93 A; 4S2J A; 5GLC A; 1TEM A; 2Y59 A; 2EXA A; 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1ERQ A; 3ISG A; 1BSG A; 3HRE A; 1JWV A; 3TJZ C; 4WM9 A; 2LB9 A; 4WZ5 C; 3PD2 A; 1H8Z A; 3N8S A; 3BFF A; 3KO6 A; 3UB7 A; 2JCH A; 3KX0 X; 3PBO A; 3QNB A; 3ZVW A; 3FYZ A; 2NUT C; 1L0D A; 3BWL A; 3T1Q B; 4S0K A; 3GQZ A; 3H7W A; 4RRD A; 4S2L A; 3G32 A; 1JKE A; 2KOI A; 4KUK A; 4YWZ A; 4JXV A; 3LMV A; 5M19 A; 3UB8 A; 1A0K A; 4GCZ A; 3N8R A; 3IWI A; 3KOD A; 4ETZ A; 3M2J A; 4IVK A; 3KNF A; 1TS6 A; 3KOB A; 1KDW A; 4R23 A; 4QY6 A; 1K57 A; 2XLN A; 4BMW A; 4EV4 A; 4OON A; 1OJG A; 4HBU A; 5HDD A; 2O0Y A; 5FI7 A; 3EOI A; 5FQ9 A; 2R9W A; 3SZT A; 1YLJ A; 1LI0 A; 3D4F A; 4RYE A; 2WZX A; 3KSH A; 2P9V A; 1CEG A; 2R78 A; 3LCE A; 3CMZ A; 4GKU A; 4MEZ A; 5KSH A; 2GX5 A; 4FH2 A; 4CLC C; 3CUE A; 3JYI A; 1H0M A; 3LY3 A; 5EE8 A; 3T12 B; 2Y2P A; 3UPO A; 3W4Q A; 1LSV A; 1RGZ A; 2EWV A; 2PRF A; 3MKF A; 5F68 A; 3LUQ A; 5C5K A; 2QJ7 A; 1S67 L; 2CMN A; 5HPF A; 4GW9 A; 1T1C A; 2HV1 A; 4PM9 A; 2BAS A; 4Z9Q A; 1CJF A; 3ZCZ A; 1YSQ A; 4EUZ A; 4WL9 A; 4Q0I A; 4EET B; 4EW7 A; 3SS5 A; 1KVL A; 4CQH A; 4QHC A; 5E2F A; 5TGF A; 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