The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
163
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structure length |
161
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Chain Sequence |
IIDYFDNESINEDIKNYIQRRIKAYGDLRYSYLVMNKKTPLHPTIISNYPLDWVKKYKKNSYHLIDPVILTAKDKVAPFAWDDNSVINKKDSAVFKLAREYNIVNGYTFVLHDNSNNMATLNISNGSDDSISFDESIEINKEKIQMLLILTHEKMLGLYQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Quorum-sensing transcriptional activator
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| publication title |
Crystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator from Yersinia enterocolitica
rcsb |
| source organism |
Yersinia enterocolitica serotype o:8 / biotype 1b (strain nctc 13174 / 8081)
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| total genus |
52
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| structure length |
161
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| sequence length |
163
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03472 | Autoind_bind | Autoinducer binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5L07 A; 4Y15 A; 3QP8 A; 3QP4 A; 3SZT A; 2AVX A; 3QP1 A; 2Q0O A; 4Y17 A; 3QP5 A; 3IX8 A; 3QP6 A; 1H0M A; 2UV0 E; 4Y13 A; 3IX3 A; 3IX4 A; 3QP2 A; 1L3L A; 4LFU A; 4NG2 A; 4LGW A; 5L10 A; 3JPU A; 5L09 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C7V A; 3B3X A; 5F6A A; 1E3U D; 2M7V A; 4KZA A; 2WAE A; 1FCO A; 4IUH A; 1LI0 A; 5E2H A; 4WEJ A; 4NKP A; 2JKG A; 1KDS A; 1HZO A; 4G3K A; 3FPV A; 3LUQ A; 4WEK A; 3IXH A; 1W8Y A; 1BLS A; 4JGR A; 5HDC A; 3FWL A; 4UQI S; 4YIN A; 3G6O A; 2AVX A; 3MXR A; 2PAV P; 5DF7 A; 3TG9 A; 5EPH A; 4R38 A; 1ERQ A; 2O99 A; 4S2O A; 2WYX A; 3M2K A; 3FC7 A; 4HP9 A; 3R7W B; 5FEF A; 1KE0 A; 2Z6D A; 3MJQ A; 3UE0 A; 4GDN A; 4EBP A; 1YLP A; 1VB6 A; 1I2S A; 4EEU A; 1ZC2 A; 3FZC A; 4OPQ A; 1YLT A; 3VMA A; 3A0S A; 4KUO A; 4B9O A; 4BEN A; 4ARZ A; 1CI9 A; 3O87 A; 4DE3 A; 1K25 A; 3S7P A; 2PYP A; 5LBR A; 2ZQA A; 4BWI A; 4S2L A; 4X53 A; 5C5K A; 2D01 A; 1HLU P; 5AJG A; 1GHP A; 2Z2M B; 3PBN A; 5DTS A; 4BBV A; 3VOL A; 5DKK A; 5L10 A; 4HJ4 A; 5L07 A; 3IHB A; 3MZF A; 4OQ0 A; 4EBL A; 2DCF A; 2PT7 A; 3HLC A; 3IF6 B; 3PAE A; 3VOY A; 2Y2M A; 4RX3 A; 2R9X A; 1GA9 A; 1MBL A; 2VK3 A; 1P9R A; 2QZ6 A; 3C38 A; 2JBF A; 4EQ1 A; 4HEF A; 5GHZ A; 1NYM A; 4P6B A; 5TFQ A; 2LB9 A; 4DDS A; 4JF4 A; 5L8M A; 5HZH A; 3UB5 P; 1VQQ A; 4HHD A; 4JGO A; 4GW9 A; 4Y15 A; 1IYO A; 1W63 M; 3T50 A; 1K4F A; 2OAQ 1; 3MSH A; 5IS1 A; 4YFM A; 4Q0H A; 1CK3 A; 5KSH A; 1F2K A; 2QMI A; 3DTM A; 3N4I A; 2PYR A; 4WEL A; 5L09 A; 5AVE A; 2V2F F; 1LSX A; 5FQJ A; 3NI9 A; 3ZDJ A; 1DP8 A; 3PBQ A; 1XKZ A; 4KZ8 A; 1V9Y A; 1NJ4 A; 4E6W A; 1NYY A; 3KO6 A; 5DFY A; 5FAS A; 2PD7 A; 1T1C A; 2WUQ A; 4JXG A; 4DXB A; 4DDY A; 5CGW A; 4JKT A; 4KZ6 A; 5IHV A; 2LB5 A; 3SZT A; 1L2S A; 3C4P A; 3G30 A; 4K91 A; 3R7W A; 1H8Y A; 3QP5 A; 4OH0 A; 3MMH A; 1OJG A; 5L2F A; 1W79 A; 3CWF A; 2EXB A; 4IJG A; 2EX8 A; 3M6B A; 3GR2 A; 4X25 A; 4YWZ A; 1X0O A; 3GDI A; 3IH9 A; 5A92 A; 5HD3 A; 2Y2K A; 5JYP A; 4P87 A; 3A0R A; 4Q0J A; 3UO9 A; 3CUE A; 5TBM B; 5FQM A; 2BAS A; 1VHM A; 3ITA A; 4I3J A; 1NZU A; 4NG2 A; 1XFN A; 2P9V B; 1S4R A; 3MQ0 A; 4NXE A; 1PYY A; 2VGK A; 2BG1 A; 4PM7 A; 4F94 A; 4B4X A; 4Y3I A; 3PAG A; 5EE8 A; 2Y2L A; 3IF6 A; 3IX3 A; 3ZG9 B; 1E3U A; 3JYI A; 1K54 C; 4MBK A; 4EUZ A; 5FSR A; 1K6S A; 4L0L A; 2VA0 A; 4DKI A; 2XSS A; 3A3D A; 2ZD8 A; 3HLW A; 5DFX A; 3HCY A; 4MLL A; 3GEC A; 2EA9 A; 2J3W A; 4FCF A; 1OPX A; 4I39 A; 3BW6 A; 3UDF A; 3LID A; 4RA7 A; 3EQU A; 4M3K A; 2W3H A; 4WM9 A; 2W3D A; 3BFC A; 3ICY A; 4DXC A; 4S2N C; 2H10 A; 3LCE A; 3TRC A; 3O88 A; 2FZ0 A; 2ZQD A; 3QNB A; 3NIA A; 5DTT A; 1S1Z A; 4BJP A; 1ODV A; 1SKO A; 5A93 A; 4Z9Q A; 3NOU C; 3UB8 A; 5EVL A; 3B33 A; 2P74 A; 1VEU B; 1N9L A; 3V5M A; 4P6Z M; 4HP4 A; 2W3E A; 3CMZ A; 2XK1 A; 3S4X A; 5EM0 A; 3OPP A; 5DF8 A; 4OPR A; 3DWZ A; 4PAU A; 1XP4 A; 3IX8 A; 1T19 A; 4N9L A; 2A49 A; 1BLP A; 1K57 C; 4ZRR A; 4AFI A; 1S66 L; 1WYB A; 3WS4 A; 4IVK A; 2K7S A; 3EOI A; 1NXY A; 3ZHH A; 4MN5 A; 3SW1 A; 4IHQ A; 3L9K A; 5KIZ A; 4OPZ A; 1MWS A; 1WA9 A; 4RX2 A; 3Q82 A; 5CTN A; 2B95 A; 1E4D A; 3VP3 A; 2J3T C; 1SKF A; 4IED A; 4PKY G; 5HWT A; 3S7O A; 4BBT A; 4BLM A; 1K55 C; 2R78 A; 1LL8 A; 4KZ3 A; 4YNR A; 3I7J A; 3CZD A; 1S6R A; 2XF3 A; 2QJ7 A; 3OPH A; 1MZU A; 4LRX C; 2V8F A; 2R9W A; 4R1G A; 4QB8 A; 2HF6 A; 4NEE D; 1DY6 A; 5FEG A; 4PKY A; 4KUK A; 4PPR A; 4LV3 A; 2V0W A; 3PTE A; 4FH4 A; 4ZAM A; 4GB7 A; 5FDS A; 3RH8 B; 2ZMF A; 2CC1 A; 1IOU A; 1YQS A; 5TBM A; 2I9V A; 4S2M A; 4EET B; 3IXD A; 2Z2L B; 2XA7 S; 4UQI M; 2JKF A; 2P9V A; 1EW0 A; 2B5R A; 4LRY C; 5CHJ A; 5F1F A; 1CEF A; 4FSF A; 1XFQ A; 5FI7 A; 4OQH A; 1GSV A; 1J3W A; 3IBR A; 4X1M A; 3UME A; 4HBU A; 3T4O A; 5HDS A; 3VFH A; 4KQQ A; 3PHY A; 3PXP A; 4EWF A; 3HLE A; 1HVB A; 1KGF A; 2CMN A; 3W8K A; 3DTE A; 3VOZ A; 2XLN A; 2ZM0 A; 3AGE A; 4EU0 A; 4Y13 A; 2RCX A; 1FOF A; 1K6R A; 2OWJ A; 2Y55 A; 5HAP A; 1BYW A; 3ZVW A; 1MKI A; 1MXO A; 5F5Y A; 2ZMA A; 4X56 A; 3U2A A; 1TS8 A; 3ULF A; 4B88 A; 3N8S A; 1XPB A; 4KQO A; 4WZ4 A; 1FIK A; 3A3J A; 3T4J A; 5CEC A; 2ZJ9 A; 3BY9 A; 4XXR A; 5IT5 A; 1Y28 A; 4XUZ A; 1WYC A; 4EER A; 2WK0 A; 5CED A; 2E8I A; 2L1M A; 4OON A; 3EWK A; 4HJ6 A; 4QY5 A; 4Y7P A; 4E3M A; 1TS6 A; 3HLF A; 3IWI A; 2KX6 A; 1VEU A; 2C6W B; 1W5D A; 3V3S A; 1T1A A; 4KG2 A; 5A91 A; 2FFF B; 4ZBE A; 1XJ3 A; 5F83 A; 2HDR A; 1SCW A; 3SH8 A; 3BLS A; 4I5S A; 2OLU A; 2Y2N A; 2W0N A; 3LY3 A; 3UN7 A; 2HPB A; 3MQQ A; 4YOF A; 2FH5 A; 2JCH A; 2PRF A; 1LL9 A; 3GV9 A; 3OCL A; 3CPT A; 1KE3 A; 3K3D A; 4E3L A; 3V50 A; 1K56 D; 5CXW A; 3HRE A; 3BYD A; 4U3T A; 1PZO A; 1NRF A; 2INW A; 1GSW A; 3QP4 A; 1LSV A; 3QP1 A; 4OOL A; 3WRT A; 3KSF A; 3U4L P; 1W8Q A; 3S1Y A; 1N9B A; 1NLZ A; 1XGI A; 3LR4 A; 3F1P B; 1ZTU A; 5E2F A; 4X69 A; 1K0K A; 3ZGA B; 5FQ9 A; 1TDL A; 3IS2 B; 2Y91 A; 1T18 A; 5HX9 A; 5EEC A; 4GN2 A; 3RFB A; 3LEQ A; 1ZG4 A; 3LFV A; 2OOL A; 2J80 A; 4L9F A; 5HFO A; 1XJ2 A; 3VSK A; 1L3L A; 4HI4 A; 1OT6 A; 3WWX A; 4WL9 A; 2M7U A; 1BSG A; 1ONH A; 3T4T A; 1L0F A; 1PWD A; 2EFU A; 4MN7 A; 5DF9 A; 2RL3 A; 3HL9 A; 5GLA A; 3D72 A; 3G2Z A; 3V3R A; 1MWT A; 4HH3 A; 4ETX A; 4BL3 A; 2J3T D; 1IYP A; 2W3F A; 4LGW A; 1W63 Q; 1JNU A; 4ME4 A; 4ZJ1 A; 3C2W A; 2HV1 A; 3IQA A; 4BBU A; 5GHY A; 1WE4 A; 3EQV A; 2Q0O A; 2V1B A; 2W1R A; 3LGO A; 3UDI A; 3NOT C; 5DJT A; 4K08 A; 3DBA A; 3MFD A; 4KQD A; 5A90 A; 2QYB A; 4K0W A; 3NUL A; 4LCM A; 4S2J A; 5KMW A; 2X02 A; 2Y2P A; 1UGU A; 3V67 A; 1GHI A; 3QNC A; 2QHK A; 3T1Q B; 5EM1 A; 2ZQ9 A; 2VJW A; 4G3W A; 1ESI A; 3EEA A; 1IKI A; 3LIA A; 5HSQ A; 4Y0U A; 2PHY A; 4OOM A; 2VV8 A; 3KX0 X; 2EFX A; 2M1C A; 4OP8 A; 2Y4A A; 4LV0 A; 3DTI A; 3A3I A; 3RJU A; 4GD8 A; 4C75 A; 1YLW A; 1G6A A; 1UWN X; 3GSG A; 1BUL A; 4BMW A; 2IWB A; 2HP9 A; 1L0E A; 4LPZ A; 3Q7Z A; 1PW8 A; 3N8R A; 4WLA A; 1HTZ A; 2HP6 A; 2HP5 A; 1N9O A; 2JE5 A; 1HD8 A; 1PWC A; 4EUV A; 2D02 A; 4UA7 A; 4H6J B; 4Y0O A; 2JKR M; 3PBO A; 3T4K A; 4NXB A; 2X71 A; 1DP9 A; 1S4S A; 3UPP A; 4NET A; 1SKO B; 3W4O A; 3HUN A; 3C7U A; 5K5B A; 3MKF A; 5U47 A; 2A3U A; 5EFW A; 4ZDX A; 4GOG A; 3S7N A; 4HY8 A; 2Y8H A; 5I5L A; 2XH9 A; 3F1P A; 1NRJ A; 2VEA A; 3T4Q A; 2A24 B; 3HVF A; 4R3A A; 3IS2 A; 1TS0 A; 3V39 A; 3NC8 A; 5E2G A; 3MQO A; 4BD0 A; 2XD1 A; 1OTI A; 4IBR A; 1YM1 A; 1H8Z A; 2JHE A; 4GLQ A; 1CI8 A; 1RGZ A; 4OP5 A; 3KYZ A; 1D1J A; 4E3I A; 4MBH A; 2P08 A; 3A3E A; 3E2K A; 1XX2 A; 4ID4 A; 2XQZ A; 1PNE A; 1PI5 A; 1PZP A; 2PDR A; 4JPM A; 1Q2Q A; 5HAQ A; 1XA7 A; 2HGV A; 3IXG A; 4NXF A; 1D06 A; 5E43 A; 2W3G A; 1OME A; 4FOF A; 1FCN A; 1FSW A; 3IX4 A; 1TD5 A; 3B42 A; 4QJG A; 3VP4 A; 5A8B A; 3W4Q A; 3VE3 A; 4UAA A; 4Q8I A; 3WS1 A; 1AXB A; 3T1R A; 1K54 A; 2ZOI A; 5HDD A; 1CQA A; 4HIA A; 4HJ3 A; 2H0T A; 3KSI A; 1TEM A; 4EXO A; 4CPK A; 4P85 A; 3P98 A; 3SS3 A; 4GJ4 A; 2BTF P; 1O07 A; 2XA7 M; 4JXV A; 3VSL A; 1FQG A; 4WMC D; 4EQI A; 4S2N A; 1Z6F A; 2VGJ A; 4Q0I A; 4R70 A; 3OLO A; 4WN5 A; 3ZCZ A; 3BFG A; 3G35 A; 5TJJ A; 3C8C A; 3W4P A; 4UEY A; 2E8J A; 3PR6 A; 3MBZ A; 3ZFZ A; 3QP8 A; 3G31 A; 2Y2G A; 3CG5 A; 1P0Z A; 2WKR A; 4KQR A; 5F82 A; 3KYQ A; 1YMX A; 3H7W B; 2EWW A; 3E0Y A; 4Y0T A; 4ZJ2 A; 1CF0 A; 2J8Y A; 5EVE A; 2WKP A; 4I38 A; 3UE3 A; 2KLI A; 2B02 A; 1BUE A; 3M6H A; 3CUE C; 1XJ6 A; 3KSH A; 4H6J A; 4DJ3 A; 1JTG A; 2KDK A; 3NHQ A; 3HJI A; 1EWZ A; 2OAP 1; 3HBR A; 2HZ5 A; 3VP1 A; 5FAT A; 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