The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
163
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structure length |
162
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Chain Sequence |
YFQGVRIITNYGDLKFELFCSQCPKACKNFLALSASGYYKNTIFHKNIKGFIIQGGDPTGTGKGGESIYGRYFDDEIYPELKYDRRGILSMASKGAKKPNTNGSQFFITYSSLPQLNGEYVIFGKLIDGFETLNTLENCPSDKSHKPIDEIIIKDIVIHSNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Cryptosporidium parvum cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cgd2_1660.
rcsb |
| molecule keywords |
Cyclophilin-like protein, putative
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Cryptosporidium parvum iowa ii
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| total genus |
48
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| structure length |
162
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| sequence length |
163
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VBT A; 4TOT A; 2MS4 A; 2ZP2 A; 4YUK A; 5KV5 A; 1M9X A; 3K0P A; 2X7K A; 2CK1 A; 4FRV A; 4N1Q A; 4J5D X; 3UCH A; 3K0M A; 5KUQ A; 2MC9 A; 3MML A; 4JCP A; 1M9D A; 1W8L A; 2HE9 A; 1CLH A; 4ZSC A; 4LQW A; 1E3B A; 1QNG A; 2BIU X; 1CWO A; 2OJU A; 3CYS A; 5CBU A; 5KUZ A; 1MF8 C; 3RDC A; 1NMK A; 4JJM A; 1YND A; 2X2A A; 3K0O A; 3R54 A; 1CWJ A; 2R99 A; 2RMA A; 5KUO A; 4YUL A; 5A0E A; 2PHC B; 2B71 A; 3RCK X; 2FU0 A; 1OCA A; 1CWH A; 3R4G A; 2IGW A; 2POE A; 2IGV A; 1C5F A; 5CCR A; 1FGL A; 1M63 C; 3EOV A; 4J5B A; 4N1N A; 2WFI A; 3R56 A; 3MML B; 2MVZ A; 1ZMF A; 1H0P A; 3R59 A; 1RMH A; 4R3E A; 3RCI X; 4YUH A; 3ODI A; 1W8V A; 3OEP A; 5KV4 A; 4N1M A; 5CCS X; 4J59 A; 4XNC A; 4DGD A; 5CBW A; 4YUJ A; 1XYH A; 5KV1 A; 3BT8 A; 3VA7 A; 3RCG A; 1BCK A; 1XQ7 A; 2CYH A; 5KV2 A; 1VAI A; 2POY A; 3RD9 X; 1IST A; 1ZKF A; 4YUP A; 1A58 A; 5JHE A; 1IIP A; 1AWV A; 3ORE A; 4J5C X; 2PLU A; 3PMP A; 5F66 A; 4J58 A; 2Z6W A; 2WLW A; 2X2C K; 4DGC A; 2NUL A; 3S6M A; 1AWQ A; 1QNH A; 3BKP A; 1AWR A; 3K0N A; 2MZU A; 4J5E X; 4I9Y A; 4O8H A; 3R57 A; 4S1J A; 2X83 B; 1ZKC A; 4N1P A; 3ICH A; 3RCF A; 5CCQ A; 2RS4 A; 2XGY B; 1W74 A; 3BO7 A; 2N0T A; 4J5A X; 4N1R A; 1AWT A; 4DGE A; 1CWL A; 3T1U A; 4DGB A; 3RCL A; 1AWU A; 3R49 A; 5CBV A; 5CYH A; 3RDB A; 1IHG A; 1VBS A; 2CFE A; 4YUG A; 1A33 A; 3QYU A; 2HAQ A; 1V9T A; 4HY7 A; 4N1S A; 1X7F A; 1XWN A; 2HQ6 A; 5KUL A; 1AWS A; 4FRU A; 2OK3 A; 1Z81 A; 3CYH A; 2A2N A; 4E1Q A; 1CYN A; 3RDD A; 4R3F A; 2CMT A; 1XO7 A; 2ESL A; 2P0O A; 3K0Q A; 5KUV A; 1J2A A; 2ALF A; 4CYH A; 5LUD A; 1QOI A; 5KUN A; 1AK4 A; 2RMC A; 1CWK A; 4ZSD A; 2HQJ A; 2RMB A; 1CWC A; 3OPF A; 3K2C A; 1VDN A; 5KV3 A; 4YUM A; 2C3B A; 2X25 B; 1M9C A; 4DGA A; 5CCN A; 4O8I A; 2K7N A; 3JB9 d; 1M9Y A; 3ODL A; 1M9F A; 1DYW A; 1CWB A; 4YUI A; 2WFJ A; 1MZW A; 3ICI A; 1M9E A; 4YUO A; 5KV0 A; 1LOP A; 4N1O A; 1CWM A; 2BIT X; 2GW2 A; 4YUN A; 5CBT A; 1E8K A; 4S1E A; 4EYV A; 1CWI A; 4IPZ A; 3K0R A; 5KUR A; 5KUW A; 1CWA A; 3RDA X; 2QER A; 5KUS A; 5KV7 A; 3RFY A; 5KUU A; 5KV6 A; 3O7T A; 1MIK A; 2X2D B; 2CPL A; 5DUD A; 1W8M A; 1CWF A; 2OSE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VBT A; 4TOT A; 2MS4 A; 2ZP2 A; 4YUK A; 5KV5 A; 1M9X A; 3K0P A; 2X7K A; 2CK1 A; 4FRV A; 4N1Q A; 4J5D X; 3UCH A; 2KA0 A; 3K0M A; 5KUQ A; 2MC9 A; 3MML A; 4JCP A; 1M9D A; 1W8L A; 2HE9 A; 1CLH A; 4ZSC A; 4LQW A; 1E3B A; 1QNG A; 2BIU X; 1CWO A; 2OJU A; 3CYS A; 5CBU A; 5KUZ A; 1MF8 C; 3RDC A; 1NMK A; 4JJM A; 1YND A; 2X2A A; 3K0O A; 3R54 A; 1CWJ A; 2R99 A; 2RMA A; 5KUO A; 4YUL A; 5A0E A; 2PHC B; 2B71 A; 3RCK X; 2FU0 A; 1OCA A; 1CWH A; 3R4G A; 2IGW A; 2POE A; 2IGV A; 1C5F A; 5CCR A; 1FGL A; 1M63 C; 3EOV A; 4J5B A; 4N1N A; 2WFI A; 3R56 A; 3MML B; 2MVZ A; 1ZMF A; 1H0P A; 3R59 A; 1RMH A; 2NNZ A; 4R3E A; 3RCI X; 4YUH A; 3ODI A; 1W8V A; 3OEP A; 5KV4 A; 4N1M A; 5CCS X; 4J59 A; 4XNC A; 4DGD A; 5CBW A; 4YUJ A; 1XYH A; 5KV1 A; 3BT8 A; 3VA7 A; 3RCG A; 1BCK A; 1XQ7 A; 2CYH A; 5KV2 A; 1VAI A; 2POY A; 3RD9 X; 1IST A; 1ZKF A; 4YUP A; 1A58 A; 5JHE A; 1IIP A; 1AWV A; 1ZX8 A; 3ORE A; 4J5C X; 2PLU A; 3PMP A; 5F66 A; 4J58 A; 2Z6W A; 2WLW A; 2X2C K; 4DGC A; 2NUL A; 3S6M A; 1AWQ A; 1QNH A; 3BKP A; 1AWR A; 3K0N A; 2MZU A; 4J5E X; 4I9Y A; 4O8H A; 3R57 A; 4S1J A; 2X83 B; 1ZKC A; 4N1P A; 3ICH A; 3RCF A; 5CCQ A; 2RS4 A; 2XGY B; 1W74 A; 3BO7 A; 2N0T A; 4J5A X; 4N1R A; 1AWT A; 4DGE A; 1CWL A; 3T1U A; 4DGB A; 3RCL A; 1AWU A; 3R49 A; 5CBV A; 5CYH A; 3RDB A; 1IHG A; 1VBS A; 2CFE A; 4YUG A; 1A33 A; 3QYU A; 2HAQ A; 1V9T A; 4HY7 A; 3X27 A; 4N1S A; 1X7F A; 1XWN A; 2HQ6 A; 5KUL A; 1AWS A; 4FRU A; 2OK3 A; 1Z81 A; 3CYH A; 2A2N A; 4E1Q A; 1CYN A; 3RDD A; 4R3F A; 2CMT A; 1XO7 A; 2ESL A; 2P0O A; 3K0Q A; 5KUV A; 1J2A A; 2ALF A; 4CYH A; 5LUD A; 1QOI A; 5KUN A; 1AK4 A; 2RMC A; 1CWK A; 4ZSD A; 2HQJ A; 2RMB A; 1CWC A; 3OPF A; 3K2C A; 1VDN A; 5KV3 A; 4YUM A; 2C3B A; 2X25 B; 1M9C A; 4DGA A; 5CCN A; 4O8I A; 2K7N A; 3JB9 d; 1M9Y A; 3ODL A; 1M9F A; 1DYW A; 1CWB A; 4YUI A; 2WFJ A; 1MZW A; 3ICI A; 1M9E A; 4YUO A; 5KV0 A; 1LOP A; 4N1O A; 1CWM A; 2BIT X; 2GW2 A; 4YUN A; 5CBT A; 1E8K A; 4S1E A; 4EYV A; 1CWI A; 4IPZ A; 3K0R A; 5KUR A; 5KUW A; 1CWA A; 3RDA X; 2QER A; 5KUS A; 5KV7 A; 3RFY A; 5KUU A; 5KV6 A; 3KOP A; 3O7T A; 1MIK A; 2X2D B; 2CPL A; 5DUD A; 1W8M A; 1CWF A; 2OSE A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1VBT A; 4TOT A; 2MS4 A; 2ZP2 A; 4YUK A; 5KV5 A; 1M9X A; 3K0P A; 2X7K A; 2CK1 A; 4FRV A; 4N1Q A; 4J5D X; 3UCH A; 3K0M A; 5KUQ A; 2MC9 A; 3MML A; 4JCP A; 1M9D A; 1W8L A; 2HE9 A; 1CLH A; 4ZSC A; 4LQW A; 1E3B A; 1QNG A; 2BIU X; 1CWO A; 2OJU A; 3CYS A; 5CBU A; 5KUZ A; 1MF8 C; 3RDC A; 1NMK A; 4JJM A; 1YND A; 2X2A A; 3K0O A; 3R54 A; 1CWJ A; 2R99 A; 2RMA A; 5KUO A; 4YUL A; 5A0E A; 2PHC B; 2B71 A; 3RCK X; 2FU0 A; 1OCA A; 1CWH A; 3R4G A; 2IGW A; 2POE A; 2IGV A; 1C5F A; 5CCR A; 1FGL A; 1M63 C; 3EOV A; 4J5B A; 4N1N A; 2WFI A; 3R56 A; 3MML B; 2MVZ A; 1ZMF A; 1H0P A; 3R59 A; 1RMH A; 4R3E A; 3RCI X; 4YUH A; 3ODI A; 1W8V A; 3OEP A; 5KV4 A; 4N1M A; 5CCS X; 4J59 A; 4XNC A; 4DGD A; 5CBW A; 4YUJ A; 1XYH A; 5KV1 A; 3BT8 A; 3VA7 A; 3RCG A; 1BCK A; 1XQ7 A; 2CYH A; 5KV2 A; 1VAI A; 2POY A; 3RD9 X; 1IST A; 1ZKF A; 4YUP A; 1A58 A; 5JHE A; 1IIP A; 1AWV A; 3ORE A; 4J5C X; 2PLU A; 3PMP A; 5F66 A; 4J58 A; 2Z6W A; 2WLW A; 2X2C K; 4DGC A; 2NUL A; 3S6M A; 1AWQ A; 1QNH A; 3BKP A; 1AWR A; 3K0N A; 2MZU A; 4J5E X; 4I9Y A; 4O8H A; 3R57 A; 4S1J A; 2X83 B; 1ZKC A; 4N1P A; 3ICH A; 3RCF A; 5CCQ A; 2RS4 A; 2XGY B; 1W74 A; 3BO7 A; 2N0T A; 4J5A X; 4N1R A; 1AWT A; 4DGE A; 1CWL A; 3T1U A; 4DGB A; 3RCL A; 1AWU A; 3R49 A; 5CBV A; 5CYH A; 3RDB A; 1IHG A; 1VBS A; 2CFE A; 4YUG A; 1A33 A; 3QYU A; 2HAQ A; 1V9T A; 4HY7 A; 4N1S A; 1X7F A; 1XWN A; 2HQ6 A; 5KUL A; 1AWS A; 4FRU A; 2OK3 A; 1Z81 A; 3CYH A; 2A2N A; 4E1Q A; 1CYN A; 3RDD A; 4R3F A; 2CMT A; 1XO7 A; 2ESL A; 2P0O A; 3K0Q A; 5KUV A; 1J2A A; 2ALF A; 4CYH A; 5LUD A; 1QOI A; 5KUN A; 1AK4 A; 2RMC A; 1CWK A; 4ZSD A; 2HQJ A; 2RMB A; 1CWC A; 3OPF A; 3K2C A; 1VDN A; 5KV3 A; 4YUM A; 2C3B A; 2X25 B; 1M9C A; 4DGA A; 5CCN A; 4O8I A; 2K7N A; 3JB9 d; 1M9Y A; 3ODL A; 1M9F A; 1DYW A; 1CWB A; 4YUI A; 2WFJ A; 1MZW A; 3ICI A; 1M9E A; 4YUO A; 5KV0 A; 1LOP A; 4N1O A; 1CWM A; 2BIT X; 2GW2 A; 4YUN A; 5CBT A; 1E8K A; 4S1E A; 4EYV A; 1CWI A; 4IPZ A; 3K0R A; 5KUR A; 5KUW A; 1CWA A; 3RDA X; 2QER A; 5KUS A; 5KV7 A; 3RFY A; 5KUU A; 5KV6 A; 3O7T A; 1MIK A; 2X2D B; 2CPL A; 5DUD A; 1W8M A; 1CWF A; 2OSE A;
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