The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
164
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structure length |
164
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Chain Sequence |
SHMANVFFNISINDKPEGRIVFKLYDEAVPKTAKNFRELATGQHGFGYKDSIFHRVIPQFMLQGGDFTRHNGTGGKSIYGEKFADENFQVKHTKPGLLSMANAGANTNGSQFFITTVPTSWLDGKHVVFGEVIEGLDIVRKVEGKGSASGKTNATIKITDCGTV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of apo-cyclophilin and bounded cyclosporine A from Moniliophthora perniciosa
rcsb |
| molecule keywords |
Cyclophilin A
|
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Moniliophthora perniciosa
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| total genus |
51
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| structure length |
164
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| sequence length |
164
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00160 | Pro_isomerase | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KV1 A; 3R4G A; 4YUL A; 3BT8 A; 3PMP A; 4J5B A; 1DYW A; 2GW2 A; 3RCL A; 3VA7 A; 4YUN A; 1CWK A; 2WFJ A; 5CCR A; 2CPL A; 5KUR A; 4DGB A; 2C3B A; 3ICI A; 5F66 A; 2HAQ A; 1MIK A; 3JB9 d; 4E1Q A; 5CYH A; 4J5A X; 3RCI X; 2OK3 A; 3S6M A; 2N0T A; 2CFE A; 2FU0 A; 2K7N A; 2IGW A; 3BO7 A; 4EYV A; 5CBU A; 1FGL A; 1AWS A; 4N1O A; 1CWB A; 3OPF A; 5KUV A; 3CYH A; 3R57 A; 5KV5 A; 1A33 A; 2CMT A; 3CYS A; 5CBW A; 4YUP A; 1CYN A; 1E3B A; 2HQ6 A; 2MVZ A; 3R59 A; 4N1S A; 5KUS A; 5LUD A; 4N1M A; 1CWJ A; 2B71 A; 1AK4 A; 5KV7 A; 4ZSD A; 1AWT A; 4XNC A; 3EOV A; 4R3E A; 2BIT X; 4ZSC A; 4YUI A; 5CBV A; 4YUH A; 1X7F A; 2RS4 A; 5KUN A; 4J5D X; 1IIP A; 1CWL A; 1MZW A; 4I9Y A; 2RMA A; 5KV0 A; 2POY A; 1XWN A; 5KUU A; 1CWO A; 3ODL A; 5DUD A; 1M63 C; 2IGV A; 2OJU A; 2X2A A; 4JCP A; 3R56 A; 2POE A; 4TOT A; 1CWM A; 5KUQ A; 2ALF A; 3RCF A; 2PHC B; 2HQJ A; 2X7K A; 4YUJ A; 2X25 B; 4J58 A; 4O8H A; 2PLU A; 1M9E A; 2X2C K; 2Z6W A; 3RDD A; 3RCG A; 2WFI A; 3RCK X; 3K0P A; 3RD9 X; 5CBT A; 1V9T A; 3UCH A; 3K0Q A; 1M9X A; 5KV3 A; 1CWI A; 4YUM A; 1ZMF A; 2RMC A; 5CCN A; 1W74 A; 1YND A; 3K0N A; 3T1U A; 1AWQ A; 5KUO A; 5CCS X; 3RDA X; 4N1R A; 1Z81 A; 5KV4 A; 1H0P A; 4J5E X; 4O8I A; 5KUZ A; 5KUW A; 3MML B; 3QYU A; 4YUK A; 3BKP A; 2ESL A; 1VBS A; 1CWA A; 1LOP A; 2MC9 A; 2ZP2 A; 1QNG A; 1NMK A; 4JJM A; 4DGA A; 1MF8 C; 4S1J A; 1AWU A; 4J59 A; 3ORE A; 1CLH A; 1AWR A; 1M9Y A; 2NUL A; 3R54 A; 1AWV A; 4YUO A; 1C5F A; 1RMH A; 3MML A; 5CCQ A; 2MZU A; 3ODI A; 4IPZ A; 4J5C X; 1W8L A; 1QOI A; 1ZKF A; 1ZKC A; 2CK1 A; 1IHG A; 1CWF A; 1QNH A; 3ICH A; 2QER A; 3RFY A; 4FRV A; 2X83 B; 1OCA A; 2MS4 A; 4YUG A; 5KUL A; 3K0M A; 3OEP A; 5KV6 A; 2XGY B; 1XYH A; 1W8M A; 1M9C A; 4N1N A; 1J2A A; 4FRU A; 2RMB A; 3RDB A; 2X2D B; 4HY7 A; 4LQW A; 4N1Q A; 1IST A; 3RDC A; 2OSE A; 5A0E A; 1A58 A; 5JHE A; 2HE9 A; 2BIU X; 3K0R A; 4CYH A; 4DGC A; 3O7T A; 1E8K A; 1XO7 A; 1XQ7 A; 1VAI A; 1VDN A; 2CYH A; 2P0O A; 5KV2 A; 1CWH A; 4DGD A; 1M9D A; 1M9F A; 3K0O A; 1BCK A; 2WLW A; 3R49 A; 3K2C A; 1W8V A; 4R3F A; 1CWC A; 4N1P A; 2A2N A; 2R99 A; 1VBT A; 4DGE A; 4S1E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KV1 A; 3R4G A; 4YUL A; 3BT8 A; 3PMP A; 4J5B A; 1DYW A; 2GW2 A; 3RCL A; 3VA7 A; 4YUN A; 1CWK A; 2WFJ A; 5CCR A; 2CPL A; 5KUR A; 4DGB A; 2C3B A; 3ICI A; 5F66 A; 2HAQ A; 1MIK A; 3JB9 d; 3X27 A; 4E1Q A; 5CYH A; 4J5A X; 3RCI X; 2OK3 A; 3S6M A; 2N0T A; 2CFE A; 2FU0 A; 2K7N A; 2IGW A; 3BO7 A; 4EYV A; 5CBU A; 1FGL A; 1AWS A; 4N1O A; 1CWB A; 3OPF A; 5KUV A; 3CYH A; 3R57 A; 5KV5 A; 1A33 A; 2CMT A; 3CYS A; 5CBW A; 4YUP A; 1CYN A; 1E3B A; 2HQ6 A; 2MVZ A; 3R59 A; 4N1S A; 5KUS A; 5LUD A; 4N1M A; 1CWJ A; 2B71 A; 1ZX8 A; 1AK4 A; 5KV7 A; 4ZSD A; 1AWT A; 4XNC A; 3EOV A; 4R3E A; 2BIT X; 4ZSC A; 4YUI A; 5CBV A; 4YUH A; 1X7F A; 2RS4 A; 5KUN A; 4J5D X; 1IIP A; 1CWL A; 1MZW A; 4I9Y A; 2RMA A; 5KV0 A; 2POY A; 1XWN A; 5KUU A; 1CWO A; 3ODL A; 5DUD A; 1M63 C; 2IGV A; 2OJU A; 2X2A A; 4JCP A; 3R56 A; 2POE A; 4TOT A; 1CWM A; 5KUQ A; 2ALF A; 3RCF A; 2PHC B; 2HQJ A; 2X7K A; 4YUJ A; 2X25 B; 4J58 A; 4O8H A; 2PLU A; 1M9E A; 2X2C K; 2Z6W A; 3RDD A; 3RCG A; 2WFI A; 3RCK X; 3K0P A; 3RD9 X; 5CBT A; 1V9T A; 3UCH A; 3K0Q A; 1M9X A; 5KV3 A; 1CWI A; 4YUM A; 1ZMF A; 2RMC A; 5CCN A; 1W74 A; 2NNZ A; 1YND A; 3K0N A; 3T1U A; 1AWQ A; 5KUO A; 5CCS X; 3RDA X; 4N1R A; 1Z81 A; 5KV4 A; 1H0P A; 4J5E X; 4O8I A; 5KUZ A; 5KUW A; 3MML B; 3QYU A; 4YUK A; 3BKP A; 2ESL A; 3KOP A; 1VBS A; 1CWA A; 1LOP A; 2MC9 A; 2ZP2 A; 1QNG A; 1NMK A; 4JJM A; 4DGA A; 1MF8 C; 4S1J A; 1AWU A; 4J59 A; 3ORE A; 1CLH A; 1AWR A; 1M9Y A; 2NUL A; 3R54 A; 1AWV A; 4YUO A; 1C5F A; 2KA0 A; 1RMH A; 3MML A; 5CCQ A; 2MZU A; 3ODI A; 4IPZ A; 4J5C X; 1W8L A; 1QOI A; 1ZKF A; 1ZKC A; 2CK1 A; 1IHG A; 1CWF A; 1QNH A; 3ICH A; 2QER A; 3RFY A; 4FRV A; 2X83 B; 1OCA A; 2MS4 A; 4YUG A; 5KUL A; 3K0M A; 3OEP A; 5KV6 A; 2XGY B; 1XYH A; 1W8M A; 1M9C A; 4N1N A; 1J2A A; 4FRU A; 2RMB A; 3RDB A; 2X2D B; 4HY7 A; 4LQW A; 4N1Q A; 1IST A; 3RDC A; 2OSE A; 5A0E A; 1A58 A; 5JHE A; 2HE9 A; 2BIU X; 3K0R A; 4CYH A; 4DGC A; 3O7T A; 1E8K A; 1XO7 A; 1XQ7 A; 1VAI A; 1VDN A; 2CYH A; 2P0O A; 5KV2 A; 1CWH A; 4DGD A; 1M9D A; 1M9F A; 3K0O A; 1BCK A; 2WLW A; 3R49 A; 3K2C A; 1W8V A; 4R3F A; 1CWC A; 4N1P A; 2A2N A; 2R99 A; 1VBT A; 4DGE A; 4S1E A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5KV1 A; 3R4G A; 4YUL A; 3BT8 A; 3PMP A; 4J5B A; 1DYW A; 2GW2 A; 3RCL A; 3VA7 A; 4YUN A; 1CWK A; 2WFJ A; 5CCR A; 2CPL A; 5KUR A; 4DGB A; 2C3B A; 3ICI A; 5F66 A; 2HAQ A; 1MIK A; 3JB9 d; 4E1Q A; 5CYH A; 4J5A X; 3RCI X; 2OK3 A; 3S6M A; 2N0T A; 2CFE A; 2FU0 A; 2K7N A; 2IGW A; 3BO7 A; 4EYV A; 5CBU A; 1FGL A; 1AWS A; 4N1O A; 1CWB A; 3OPF A; 5KUV A; 3CYH A; 3R57 A; 5KV5 A; 1A33 A; 2CMT A; 3CYS A; 5CBW A; 4YUP A; 1CYN A; 1E3B A; 2HQ6 A; 2MVZ A; 3R59 A; 4N1S A; 5KUS A; 5LUD A; 4N1M A; 1CWJ A; 2B71 A; 1AK4 A; 5KV7 A; 4ZSD A; 1AWT A; 4XNC A; 3EOV A; 4R3E A; 2BIT X; 4ZSC A; 4YUI A; 5CBV A; 4YUH A; 1X7F A; 2RS4 A; 5KUN A; 4J5D X; 1IIP A; 1CWL A; 1MZW A; 4I9Y A; 2RMA A; 5KV0 A; 2POY A; 1XWN A; 5KUU A; 1CWO A; 3ODL A; 5DUD A; 1M63 C; 2IGV A; 2OJU A; 2X2A A; 4JCP A; 3R56 A; 2POE A; 4TOT A; 1CWM A; 5KUQ A; 2ALF A; 3RCF A; 2PHC B; 2HQJ A; 2X7K A; 4YUJ A; 2X25 B; 4J58 A; 4O8H A; 2PLU A; 1M9E A; 2X2C K; 2Z6W A; 3RDD A; 3RCG A; 2WFI A; 3RCK X; 3K0P A; 3RD9 X; 5CBT A; 1V9T A; 3UCH A; 3K0Q A; 1M9X A; 5KV3 A; 1CWI A; 4YUM A; 1ZMF A; 2RMC A; 5CCN A; 1W74 A; 1YND A; 3K0N A; 3T1U A; 1AWQ A; 5KUO A; 5CCS X; 3RDA X; 4N1R A; 1Z81 A; 5KV4 A; 1H0P A; 4J5E X; 4O8I A; 5KUZ A; 5KUW A; 3MML B; 3QYU A; 4YUK A; 3BKP A; 2ESL A; 1VBS A; 1CWA A; 1LOP A; 2MC9 A; 2ZP2 A; 1QNG A; 1NMK A; 4JJM A; 4DGA A; 1MF8 C; 4S1J A; 1AWU A; 4J59 A; 3ORE A; 1CLH A; 1AWR A; 1M9Y A; 2NUL A; 3R54 A; 1AWV A; 4YUO A; 1C5F A; 1RMH A; 3MML A; 5CCQ A; 2MZU A; 3ODI A; 4IPZ A; 4J5C X; 1W8L A; 1QOI A; 1ZKF A; 1ZKC A; 2CK1 A; 1IHG A; 1CWF A; 1QNH A; 3ICH A; 2QER A; 3RFY A; 4FRV A; 2X83 B; 1OCA A; 2MS4 A; 4YUG A; 5KUL A; 3K0M A; 3OEP A; 5KV6 A; 2XGY B; 1XYH A; 1W8M A; 1M9C A; 4N1N A; 1J2A A; 4FRU A; 2RMB A; 3RDB A; 2X2D B; 4HY7 A; 4LQW A; 4N1Q A; 1IST A; 3RDC A; 2OSE A; 5A0E A; 1A58 A; 5JHE A; 2HE9 A; 2BIU X; 3K0R A; 4CYH A; 4DGC A; 3O7T A; 1E8K A; 1XO7 A; 1XQ7 A; 1VAI A; 1VDN A; 2CYH A; 2P0O A; 5KV2 A; 1CWH A; 4DGD A; 1M9D A; 1M9F A; 3K0O A; 1BCK A; 2WLW A; 3R49 A; 3K2C A; 1W8V A; 4R3F A; 1CWC A; 4N1P A; 2A2N A; 2R99 A; 1VBT A; 4DGE A; 4S1E A;
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