The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
163
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structure length |
163
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Chain Sequence |
SIKLQTNHGTITLKLFADKAPETAANFEQYVKDGHYDGTIFHRVIDGFMIQGGGFEPGMKQKSTRAPIKNEANNGLSNKKYTIAMARTPDPHSASAQFFINVKDNAFLDHTAPTAHGWGYAVFGEVVEGTDVVDRIKSVATGSRAGHGDVPVDDVIIEKAEIV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a bacterial cytoplasmic cyclophilin A in complex with a tetrapeptide.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Azotobacter vinelandii
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| total genus |
40
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| structure length |
163
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| sequence length |
163
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2011-07-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RS4 A; 2CPL A; 5KUV A; 2POE A; 1OCA A; 1X7F A; 1W8L A; 2IGV A; 2Z6W A; 5CBW A; 5CCN A; 2OK3 A; 2BIT X; 2HQ6 A; 2IGW A; 1AWT A; 5JHE A; 1M9X A; 1AWS A; 3RDC A; 5F66 A; 1CWA A; 2N0T A; 3CYH A; 1CLH A; 1FGL A; 1A33 A; 1VDN A; 2ESL A; 2CMT A; 5KUZ A; 4J5A X; 4N1Q A; 3ICH A; 3K0R A; 3R59 A; 2CYH A; 5A0E A; 1QNH A; 4R3F A; 1YND A; 2MZU A; 2X7K A; 1M9C A; 4ZSD A; 4DGC A; 4S1J A; 1DYW A; 4E1Q A; 2C3B A; 1C5F A; 5KV0 A; 1A58 A; 1ZMF A; 1XYH A; 1CWI A; 1M9F A; 2FU0 A; 2OSE A; 2WFI A; 4S1E A; 2X25 B; 4FRU A; 1IIP A; 4YUG A; 2X2C K; 4JJM A; 4TOT A; 1CYN A; 1LOP A; 1MIK A; 2X2D B; 3ODI A; 5KV5 A; 5CBT A; 5KUW A; 3RDB A; 3MML B; 1CWM A; 1V9T A; 4R3E A; 4YUO A; 2WFJ A; 1VBS A; 3PMP A; 2ALF A; 2GW2 A; 1AWU A; 2RMB A; 4I9Y A; 2A2N A; 1AWV A; 2MVZ A; 3K0N A; 4N1S A; 1CWO A; 4DGB A; 1VBT A; 3EOV A; 4YUI A; 3RCL A; 4FRV A; 4O8H A; 5LUD A; 4O8I A; 4ZSC A; 4YUM A; 5DUD A; 5KUQ A; 1IHG A; 2ZP2 A; 2RMC A; 4JCP A; 1AWQ A; 2BIU X; 5CBV A; 1MF8 C; 3BT8 A; 2HE9 A; 3R56 A; 5KUR A; 5KV4 A; 5KUN A; 3R4G A; 1E8K A; 2R99 A; 5KV1 A; 3K0M A; 3BKP A; 1E3B A; 1CWB A; 4J58 A; 1BCK A; 2K7N A; 1CWJ A; 4YUJ A; 5KV6 A; 3RD9 X; 2X83 B; 4DGE A; 3ICI A; 3VA7 A; 5KV2 A; 3K0P A; 3UCH A; 2MC9 A; 1J2A A; 2RMA A; 3RCG A; 5KUS A; 3ODL A; 1M9D A; 1XO7 A; 2XGY B; 1XQ7 A; 4J5E X; 2MS4 A; 2POY A; 5KUL A; 3ORE A; 1W8V A; 1RMH A; 2CFE A; 4N1P A; 3RFY A; 4DGA A; 4J5D X; 1CWK A; 4YUN A; 1AK4 A; 1W8M A; 1IST A; 2OJU A; 3JB9 d; 4XNC A; 3RCF A; 2B71 A; 3R49 A; 1NMK A; 1M9Y A; 3QYU A; 3RDD A; 1CWL A; 4YUL A; 5CYH A; 4N1O A; 1ZKC A; 4IPZ A; 3OEP A; 3RCI X; 2HQJ A; 2NUL A; 3R57 A; 4N1R A; 3S6M A; 3T1U A; 2PLU A; 3K0Q A; 4J5C X; 2QER A; 2P0O A; 3R54 A; 2PHC B; 4YUH A; 1CWH A; 3BO7 A; 1VAI A; 1CWF A; 1XWN A; 5CCR A; 2X2A A; 5KUU A; 3K2C A; 5KV3 A; 1M63 C; 1W74 A; 4EYV A; 4DGD A; 5CBU A; 1QNG A; 4J59 A; 1CWC A; 4CYH A; 1H0P A; 2CK1 A; 1M9E A; 1MZW A; 3O7T A; 1Z81 A; 2HAQ A; 5CCS X; 4N1M A; 3CYS A; 4YUP A; 4N1N A; 5KV7 A; 1AWR A; 5CCQ A; 4YUK A; 4HY7 A; 4J5B A; 3K0O A; 3RDA X; 1QOI A; 2WLW A; 4LQW A; 3OPF A; 5KUO A; 3MML A; 3RCK X; 1ZKF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RS4 A; 2CPL A; 5KUV A; 2POE A; 1OCA A; 1X7F A; 1W8L A; 2IGV A; 2Z6W A; 5CBW A; 5CCN A; 2OK3 A; 2BIT X; 2HQ6 A; 2IGW A; 1AWT A; 5JHE A; 1M9X A; 1AWS A; 3RDC A; 3X27 A; 5F66 A; 1CWA A; 2N0T A; 3CYH A; 1CLH A; 1FGL A; 1A33 A; 1VDN A; 2ESL A; 2CMT A; 5KUZ A; 4J5A X; 4N1Q A; 3ICH A; 3K0R A; 3R59 A; 2CYH A; 5A0E A; 1QNH A; 1ZX8 A; 4R3F A; 1YND A; 2MZU A; 2X7K A; 1M9C A; 4ZSD A; 4DGC A; 4S1J A; 1DYW A; 2KA0 A; 4E1Q A; 2C3B A; 1C5F A; 5KV0 A; 1A58 A; 1ZMF A; 1XYH A; 1CWI A; 1M9F A; 2FU0 A; 2OSE A; 2WFI A; 4S1E A; 2X25 B; 4FRU A; 1IIP A; 4YUG A; 2X2C K; 4JJM A; 4TOT A; 1CYN A; 1LOP A; 1MIK A; 2X2D B; 3ODI A; 5KV5 A; 5CBT A; 5KUW A; 3RDB A; 3MML B; 1CWM A; 1V9T A; 4R3E A; 4YUO A; 2WFJ A; 1VBS A; 3PMP A; 2ALF A; 2GW2 A; 1AWU A; 2RMB A; 4I9Y A; 2A2N A; 1AWV A; 2MVZ A; 3K0N A; 4N1S A; 1CWO A; 4DGB A; 1VBT A; 3EOV A; 4YUI A; 3RCL A; 4FRV A; 4O8H A; 5LUD A; 4O8I A; 4ZSC A; 4YUM A; 5DUD A; 5KUQ A; 1IHG A; 2ZP2 A; 2RMC A; 4JCP A; 1AWQ A; 2BIU X; 5CBV A; 1MF8 C; 3BT8 A; 2HE9 A; 3R56 A; 5KUR A; 5KV4 A; 5KUN A; 3R4G A; 1E8K A; 2R99 A; 5KV1 A; 3K0M A; 3BKP A; 1E3B A; 1CWB A; 4J58 A; 1BCK A; 2K7N A; 1CWJ A; 4YUJ A; 5KV6 A; 3RD9 X; 2X83 B; 4DGE A; 3ICI A; 3VA7 A; 5KV2 A; 3K0P A; 3UCH A; 2MC9 A; 1J2A A; 2RMA A; 3RCG A; 5KUS A; 3ODL A; 1M9D A; 1XO7 A; 2XGY B; 1XQ7 A; 4J5E X; 2MS4 A; 2POY A; 5KUL A; 3ORE A; 1W8V A; 1RMH A; 2CFE A; 4N1P A; 3RFY A; 4DGA A; 4J5D X; 1CWK A; 4YUN A; 1AK4 A; 1W8M A; 1IST A; 2OJU A; 3JB9 d; 4XNC A; 3RCF A; 2B71 A; 3R49 A; 1NMK A; 1M9Y A; 3QYU A; 3RDD A; 1CWL A; 4YUL A; 3KOP A; 5CYH A; 4N1O A; 1ZKC A; 4IPZ A; 3OEP A; 3RCI X; 2HQJ A; 2NUL A; 3R57 A; 4N1R A; 3S6M A; 3T1U A; 2PLU A; 3K0Q A; 4J5C X; 2QER A; 2P0O A; 3R54 A; 2PHC B; 4YUH A; 1CWH A; 3BO7 A; 1VAI A; 1CWF A; 1XWN A; 5CCR A; 2X2A A; 5KUU A; 3K2C A; 5KV3 A; 1M63 C; 1W74 A; 4EYV A; 4DGD A; 5CBU A; 1QNG A; 4J59 A; 1CWC A; 4CYH A; 2CK1 A; 1H0P A; 1M9E A; 1MZW A; 3O7T A; 1Z81 A; 2HAQ A; 5CCS X; 4N1M A; 3CYS A; 4YUP A; 4N1N A; 5KV7 A; 1AWR A; 5CCQ A; 4YUK A; 4HY7 A; 4J5B A; 3K0O A; 3RDA X; 1QOI A; 2WLW A; 4LQW A; 3OPF A; 5KUO A; 3MML A; 2NNZ A; 3RCK X; 1ZKF A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2RS4 A; 2CPL A; 5KUV A; 2POE A; 1OCA A; 1X7F A; 1W8L A; 2IGV A; 2Z6W A; 5CBW A; 5CCN A; 2OK3 A; 2BIT X; 2HQ6 A; 2IGW A; 1AWT A; 5JHE A; 1M9X A; 1AWS A; 3RDC A; 5F66 A; 1CWA A; 2N0T A; 3CYH A; 1CLH A; 1FGL A; 1A33 A; 1VDN A; 2ESL A; 2CMT A; 5KUZ A; 4J5A X; 4N1Q A; 3ICH A; 3K0R A; 3R59 A; 2CYH A; 5A0E A; 1QNH A; 4R3F A; 1YND A; 2MZU A; 2X7K A; 1M9C A; 4ZSD A; 4DGC A; 4S1J A; 1DYW A; 4E1Q A; 2C3B A; 1C5F A; 5KV0 A; 1A58 A; 1ZMF A; 1XYH A; 1CWI A; 1M9F A; 2FU0 A; 2OSE A; 2WFI A; 4S1E A; 2X25 B; 4FRU A; 1IIP A; 4YUG A; 2X2C K; 4JJM A; 4TOT A; 1CYN A; 1LOP A; 1MIK A; 2X2D B; 3ODI A; 5KV5 A; 5CBT A; 5KUW A; 3RDB A; 3MML B; 1CWM A; 1V9T A; 4R3E A; 4YUO A; 2WFJ A; 1VBS A; 3PMP A; 2ALF A; 2GW2 A; 1AWU A; 2RMB A; 4I9Y A; 2A2N A; 1AWV A; 2MVZ A; 3K0N A; 4N1S A; 1CWO A; 4DGB A; 1VBT A; 3EOV A; 4YUI A; 3RCL A; 4FRV A; 4O8H A; 5LUD A; 4O8I A; 4ZSC A; 4YUM A; 5DUD A; 5KUQ A; 1IHG A; 2ZP2 A; 2RMC A; 4JCP A; 1AWQ A; 2BIU X; 5CBV A; 1MF8 C; 3BT8 A; 2HE9 A; 3R56 A; 5KUR A; 5KV4 A; 5KUN A; 3R4G A; 1E8K A; 2R99 A; 5KV1 A; 3K0M A; 3BKP A; 1E3B A; 1CWB A; 4J58 A; 1BCK A; 2K7N A; 1CWJ A; 4YUJ A; 5KV6 A; 3RD9 X; 2X83 B; 4DGE A; 3ICI A; 3VA7 A; 5KV2 A; 3K0P A; 3UCH A; 2MC9 A; 1J2A A; 2RMA A; 3RCG A; 5KUS A; 3ODL A; 1M9D A; 1XO7 A; 2XGY B; 1XQ7 A; 4J5E X; 2MS4 A; 2POY A; 5KUL A; 3ORE A; 1W8V A; 1RMH A; 2CFE A; 4N1P A; 3RFY A; 4DGA A; 4J5D X; 1CWK A; 4YUN A; 1AK4 A; 1W8M A; 1IST A; 2OJU A; 3JB9 d; 4XNC A; 3RCF A; 2B71 A; 3R49 A; 1NMK A; 1M9Y A; 3QYU A; 3RDD A; 1CWL A; 4YUL A; 5CYH A; 4N1O A; 1ZKC A; 4IPZ A; 3OEP A; 3RCI X; 2HQJ A; 2NUL A; 3R57 A; 4N1R A; 3S6M A; 3T1U A; 2PLU A; 3K0Q A; 4J5C X; 2QER A; 2P0O A; 3R54 A; 2PHC B; 4YUH A; 1CWH A; 3BO7 A; 1VAI A; 1CWF A; 1XWN A; 5CCR A; 2X2A A; 5KUU A; 3K2C A; 5KV3 A; 1M63 C; 1W74 A; 4EYV A; 4DGD A; 5CBU A; 1QNG A; 4J59 A; 1CWC A; 4CYH A; 1H0P A; 2CK1 A; 1M9E A; 1MZW A; 3O7T A; 1Z81 A; 2HAQ A; 5CCS X; 4N1M A; 3CYS A; 4YUP A; 4N1N A; 5KV7 A; 1AWR A; 5CCQ A; 4YUK A; 4HY7 A; 4J5B A; 3K0O A; 3RDA X; 1QOI A; 2WLW A; 4LQW A; 3OPF A; 5KUO A; 3MML A; 3RCK X; 1ZKF A;
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