The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
GSSGSSGREEDPHEGKIWFHGKISKQEAYNLLMTVGQVCSFLVRPSDNTPGDYSLYFRTNENIQRFKICPTPNNQFMMGGRYYNSIGDIIDHYRKEQIVEGYYLKEPVPMQDQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Ras GTPase-activating protein 1
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| publication title |
Solution structure of the second SH2 domain of human Ras GTPase-activating protein 1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
17
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00017 | SH2 | SH2 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5BO4 A; 4K2R A; 2IZV A; 3WA4 A; 3VRZ A; 2EYV A; 3TKZ A; 2CS0 A; 2XP1 A; 1KA6 A; 1CWD L; 4FL2 A; 5GJH A; 1Y57 A; 4LUD A; 4EY0 A; 2JYQ A; 1LUN A; 2L4K A; 3C7I A; 3BUO B; 3N8M A; 1O4P A; 2MC1 A; 3M7F A; 2AOB A; 1JYR A; 1PIC A; 1HCT B; 3VRP A; 3BUN B; 3NHN A; 1LKL A; 4P9Z A; 4XZ0 A; 2KNO A; 3VRQ A; 4H34 A; 4JE4 A; 2EKX A; 2CR4 A; 2B3O A; 3MXY A; 2CI9 A; 2PLE A; 3PLF B; 5KAZ A; 5AUL A; 2C0O A; 5HKW A; 1UUR A; 1XA6 A; 3BUW B; 3N84 A; 3TL0 A; 1KA7 A; 2H8H A; 1O4R A; 1LUK A; 1JYU A; 2MRJ A; 5EEQ A; 1Z3K A; 4XZ1 A; 3CBL A; 1O42 A; 1BLK A; 1O4J A; 4F59 A; 1WQU A; 5DF6 A; 1O4Q A; 1BF5 A; 1AOT F; 1QG1 E; 5EHP A; 2H5K A; 3CWG A; 4OHL A; 4L1B B; 1LUI A; 3PJP A; 4OHH A; 2OZO A; 1LCJ A; 4OHI A; 4K45 A; 1IS0 A; 2PLD A; 3OV1 A; 1BFI A; 4F5A A; 2YU7 A; 1O4C A; 3MAZ A; 1TCE A; 1UUS A; 1R1P A; 1LKK A; 3OP0 A; 2FCI A; 1NRV A; 1D1Z A; 1O4A A; 1B47 A; 3OB2 B; 1OPK A; 1SHA A; 2LCT A; 1X27 A; 4K44 A; 1RPY A; 5J3X A; 1O4H A; 1G83 A; 2K79 B; 3IN7 A; 2DLZ A; 3HCK A; 1JU5 A; 1BMB A; 2LNX A; 1O44 A; 4FBN A; 1CWE A; 4E93 A; 3VS4 A; 1O4I A; 1RJA A; 1NZV A; 1O4M A; 1BFJ A; 2EYY A; 1BHH A; 2HDX A; 1AYB A; 3VRN A; 2SHP A; 1RQQ C; 1A1B A; 1M27 A; 1O4O A; 2EU0 A; 1O4K A; 3EAC A; 1JYQ A; 4LUE A; 4EIH A; 3UF4 A; 5DC9 A; 2MK2 A; 4GPL B; 2HCK A; 1O41 A; 4DGX A; 2EL8 A; 1KC2 A; 1A81 A; 5D0J A; 2DVJ A; 3VS0 A; 4NWG A; 1KSW A; 3OVE A; 2VIF A; 2H46 E; 1K9A A; 4GL9 E; 1BHF A; 2PNB A; 4F5B A; 1O4B A; 2C9W A; 5IBM A; 5EHR A; 1A1E A; 5CDW A; 4OHD A; 3VS7 A; 5EG3 B; 2LNW A; 4K11 A; 2QMS A; 1AYD A; 2PNA A; 2CBL A; 4E68 A; 2MRK A; 3IN8 A; 1A1C A; 1BG1 A; 2RVF A; 1MIL A; 1ZFP E; 3PS5 A; 4D8K A; 2EO3 A; 1LUM A; 1A1A A; 1QAD A; 1SHB A; 3UYO A; 1JWO A; 5EEL A; 3QWX X; 3VS2 A; 1BKM A; 1QCF A; 4NWF A; 4P9V A; 3PQZ A; 3HHM B; 1BLJ A; 3HIZ B; 1OO4 A; 1YVL A; 2LQW A; 3OB1 B; 4FL3 A; 1SPR A; 2OQ1 A; 5HKZ A; 1F2F A; 2RMX A; 3CXL A; 3US4 A; 3S8N A; 1SPS A; 1TZE E; 4JEG A; 5DC0 B; 4JGH A; 1I3Z A; 4M4Z A; 1CJ1 A; 1AB2 A; 2HMH A; 2Y1M A; 3GXX A; 3S9K A; 5HKY A; 2FO0 A; 2HUW A; 1SHD A; 1O4D A; 1H9O A; 1O46 A; 2Y3A B; 2C0I A; 2PTK A; 3VS1 A; 1BKL A; 1AYA A; 2GSB A; 2DM0 A; 3VS6 A; 1FMK A; 1A07 A; 1IJR A; 1O4E A; 3PFV A; 3S8O A; 1O49 A; 3T04 A; 2EYZ A; 3ZNI A; 1AYC A; 1BM2 A; 4ROJ A; 1F1W A; 2CIA A; 1O48 A; 5DC4 A; 3PSJ A; 1D4W A; 3KFJ A; 1O4G A; 2KK6 A; 1Y1U A; 1O43 A; 3S8L A; 1FU5 A; 1X0N A; 1O45 A; 1OPL A; 2ETZ A; 1O4L A; 3EAZ A; 1FBV A; 2C0T A; 2K7A B; 2L6K A; 2RSY A; 3IMD A; 2DX0 A; 1FU6 A; 5GJI A; 5I6V A; 2CI8 A; 1FBZ A; 3BUX B; 4X6S A; 4GWF A; 3VGO A; 1CSZ A; 1MW4 A; 3VS5 A; 2HDV A; 1FYR A; 1GHU A; 1R1S A; 1CSY A; 3IMJ A; 4DGP A; 2AOA A; 4TZI A; 2EO6 A; 3GQI B; 1R1Q A; 2IUG A; 4WWQ A; 2ECD A; 2LQN A; 2L3T A; 4H1O A; 1LCK A; 3QWY A; 5IBS A; 3VRY A; 1SKJ A; 3PSK A; 1FHS A; 4QSY A; 2AUG A; 1O4N A; 2ABL A; 1NZL A; 2SRC A; 2ROR A; 2YSX A; 2BBU A; 4U17 A; 2IUH A; 2CRH A; 2EOB A; 3N7Y A; 4U1P A; 4OHE A; 1A09 A; 1GRI A; 1X6C A; 3VRR A; 1YVH A; 1M61 A; 5AXI A; 1D4T A; 1AD5 A; 3VRO A; 1O4F A; 3BKB A; 2IUI A; 3VS3 A; 2DCR A; 1O47 A; 1P13 A; 4A4B A; 3K2M A; 3BUM B; 1BHH B; 4A4C A; 2DLY A; 1OO3 A; 3CD3 A; 1AOU F; 1HCS B; 2Y1N A; 3MXC A; 1A08 A; 3GXW A; 2MQI A; 2GE9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BO4 A; 4K2R A; 2IZV A; 3WA4 A; 3VRZ A; 2EYV A; 3TKZ A; 2CS0 A; 2XP1 A; 1KA6 A; 1CWD L; 4FL2 A; 5GJH A; 1Y57 A; 4LUD A; 4EY0 A; 2JYQ A; 1LUN A; 2L4K A; 3C7I A; 3BUO B; 3N8M A; 1O4P A; 2MC1 A; 3M7F A; 2AOB A; 1JYR A; 1PIC A; 1HCT B; 3VRP A; 3BUN B; 3NHN A; 1LKL A; 4P9Z A; 4XZ0 A; 2KNO A; 3VRQ A; 4H34 A; 4JE4 A; 2EKX A; 2CR4 A; 2B3O A; 3MXY A; 2CI9 A; 2PLE A; 3PLF B; 5KAZ A; 5AUL A; 2C0O A; 5HKW A; 1UUR A; 1XA6 A; 3BUW B; 3N84 A; 3TL0 A; 1KA7 A; 2H8H A; 1O4R A; 1LUK A; 1JYU A; 2MRJ A; 5EEQ A; 1Z3K A; 4XZ1 A; 3CBL A; 1O42 A; 1BLK A; 1O4J A; 4F59 A; 1WQU A; 5DF6 A; 1O4Q A; 1BF5 A; 1AOT F; 1QG1 E; 5EHP A; 2H5K A; 3CWG A; 4OHL A; 4L1B B; 1LUI A; 3PJP A; 4OHH A; 2OZO A; 1LCJ A; 4OHI A; 4K45 A; 1IS0 A; 2PLD A; 3OV1 A; 1BFI A; 4F5A A; 2YU7 A; 1O4C A; 3MAZ A; 1TCE A; 1UUS A; 1R1P A; 1LKK A; 3OP0 A; 2FCI A; 1NRV A; 1D1Z A; 1O4A A; 1B47 A; 3OB2 B; 1OPK A; 1SHA A; 2LCT A; 1X27 A; 4K44 A; 1RPY A; 5J3X A; 1O4H A; 1G83 A; 2K79 B; 3IN7 A; 2DLZ A; 3HCK A; 1JU5 A; 1BMB A; 2LNX A; 1O44 A; 4FBN A; 1CWE A; 4E93 A; 3VS4 A; 1O4I A; 1RJA A; 1NZV A; 1O4M A; 1BFJ A; 2EYY A; 1BHH A; 2HDX A; 1AYB A; 3VRN A; 2SHP A; 1RQQ C; 1A1B A; 1M27 A; 1O4O A; 2EU0 A; 1O4K A; 3EAC A; 1JYQ A; 4LUE A; 4EIH A; 3UF4 A; 5DC9 A; 2MK2 A; 4GPL B; 2HCK A; 1O41 A; 4DGX A; 2EL8 A; 1KC2 A; 1A81 A; 5D0J A; 2DVJ A; 3VS0 A; 4NWG A; 1KSW A; 3OVE A; 2VIF A; 2H46 E; 1K9A A; 4GL9 E; 1BHF A; 2PNB A; 4F5B A; 1O4B A; 2C9W A; 5IBM A; 2KGY A; 5EHR A; 1A1E A; 5CDW A; 4OHD A; 3VS7 A; 5EG3 B; 2LNW A; 4K11 A; 2QMS A; 1AYD A; 2PNA A; 2CBL A; 4E68 A; 2MRK A; 3IN8 A; 1A1C A; 1BG1 A; 2RVF A; 1MIL A; 1ZFP E; 3PS5 A; 4D8K A; 2EO3 A; 1LUM A; 1A1A A; 1QAD A; 1SHB A; 3UYO A; 1JWO A; 5EEL A; 3QWX X; 3VS2 A; 1BKM A; 1QCF A; 4NWF A; 4P9V A; 3PQZ A; 3HHM B; 1BLJ A; 3HIZ B; 1OO4 A; 1YVL A; 2LQW A; 3OB1 B; 4FL3 A; 1SPR A; 2OQ1 A; 5HKZ A; 1F2F A; 2RMX A; 3CXL A; 3US4 A; 3S8N A; 1SPS A; 1TZE E; 4JEG A; 5DC0 B; 4JGH A; 1I3Z A; 4M4Z A; 1CJ1 A; 1AB2 A; 2HMH A; 2Y1M A; 3GXX A; 3S9K A; 5HKY A; 2FO0 A; 2HUW A; 1SHD A; 1O4D A; 1H9O A; 1O46 A; 2Y3A B; 2C0I A; 2PTK A; 3VS1 A; 1BKL A; 1AYA A; 2GSB A; 2DM0 A; 3VS6 A; 1FMK A; 1A07 A; 1IJR A; 1O4E A; 3PFV A; 3S8O A; 1O49 A; 3T04 A; 2EYZ A; 3ZNI A; 1AYC A; 1BM2 A; 4ROJ A; 1F1W A; 2CIA A; 1O48 A; 5DC4 A; 3PSJ A; 1D4W A; 3KFJ A; 1O4G A; 2KK6 A; 1Y1U A; 1O43 A; 3S8L A; 1FU5 A; 1X0N A; 1O45 A; 1OPL A; 2ETZ A; 1O4L A; 3EAZ A; 1FBV A; 2C0T A; 2K7A B; 2L6K A; 2RSY A; 3LYV A; 3IMD A; 2DX0 A; 1FU6 A; 3K2T A; 5GJI A; 5I6V A; 2CI8 A; 1FBZ A; 3BUX B; 4X6S A; 4GWF A; 3VGO A; 1CSZ A; 1MW4 A; 3VS5 A; 2HDV A; 1FYR A; 1GHU A; 1R1S A; 1CSY A; 3IMJ A; 4DGP A; 2AOA A; 4TZI A; 2LRA A; 2EO6 A; 3GQI B; 1R1Q A; 2IUG A; 4WWQ A; 2ECD A; 2LQN A; 2L3T A; 4H1O A; 1LCK A; 3QWY A; 5IBS A; 3VRY A; 1SKJ A; 3PSK A; 1FHS A; 4QSY A; 2AUG A; 1O4N A; 2ABL A; 1NZL A; 2SRC A; 2ROR A; 2YSX A; 2BBU A; 4U17 A; 2IUH A; 2CRH A; 2EOB A; 3N7Y A; 4U1P A; 4OHE A; 1A09 A; 1GRI A; 1X6C A; 3VRR A; 1YVH A; 1M61 A; 5AXI A; 1D4T A; 1AD5 A; 3VRO A; 1O4F A; 3BKB A; 2IUI A; 3VS3 A; 2DCR A; 1O47 A; 1P13 A; 4A4B A; 3K2M A; 3BUM B; 1BHH B; 4A4C A; 2DLY A; 1OO3 A; 3CD3 A; 1AOU F; 1HCS B; 2Y1N A; 3MXC A; 1A08 A; 3GXW A; 2MQI A; 2GE9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5BO4 A; 4K2R A; 2IZV A; 3WA4 A; 3VRZ A; 2EYV A; 3TKZ A; 2CS0 A; 2XP1 A; 1KA6 A; 1CWD L; 4FL2 A; 5GJH A; 1Y57 A; 4LUD A; 4EY0 A; 2JYQ A; 1LUN A; 2L4K A; 3C7I A; 3BUO B; 3N8M A; 1O4P A; 2MC1 A; 3M7F A; 2AOB A; 1JYR A; 1PIC A; 1HCT B; 3VRP A; 3BUN B; 3NHN A; 1LKL A; 4P9Z A; 4XZ0 A; 2KNO A; 3VRQ A; 4H34 A; 4JE4 A; 2EKX A; 2CR4 A; 2B3O A; 3MXY A; 2CI9 A; 2PLE A; 3PLF B; 5KAZ A; 5AUL A; 2C0O A; 5HKW A; 1UUR A; 1XA6 A; 3BUW B; 3N84 A; 3TL0 A; 1KA7 A; 2H8H A; 1O4R A; 1LUK A; 1JYU A; 2MRJ A; 5EEQ A; 1Z3K A; 4XZ1 A; 3CBL A; 1O42 A; 1BLK A; 1O4J A; 4F59 A; 1WQU A; 5DF6 A; 1O4Q A; 1BF5 A; 1AOT F; 1QG1 E; 5EHP A; 2H5K A; 3CWG A; 4OHL A; 4L1B B; 1LUI A; 3PJP A; 4OHH A; 2OZO A; 1LCJ A; 4OHI A; 4K45 A; 1IS0 A; 2PLD A; 3OV1 A; 1BFI A; 4F5A A; 2YU7 A; 1O4C A; 3MAZ A; 1TCE A; 1UUS A; 1R1P A; 1LKK A; 3OP0 A; 2FCI A; 1NRV A; 1D1Z A; 1O4A A; 1B47 A; 3OB2 B; 1OPK A; 1SHA A; 2LCT A; 1X27 A; 4K44 A; 1RPY A; 5J3X A; 1O4H A; 1G83 A; 2K79 B; 3IN7 A; 2DLZ A; 3HCK A; 1JU5 A; 1BMB A; 2LNX A; 1O44 A; 4FBN A; 1CWE A; 4E93 A; 3VS4 A; 1O4I A; 1RJA A; 1NZV A; 1O4M A; 1BFJ A; 2EYY A; 1BHH A; 2HDX A; 1AYB A; 3VRN A; 2SHP A; 1RQQ C; 1A1B A; 1M27 A; 1O4O A; 2EU0 A; 1O4K A; 3EAC A; 1JYQ A; 4LUE A; 4EIH A; 3UF4 A; 5DC9 A; 2MK2 A; 4GPL B; 2HCK A; 1O41 A; 4DGX A; 2EL8 A; 1KC2 A; 1A81 A; 5D0J A; 2DVJ A; 3VS0 A; 4NWG A; 1KSW A; 3OVE A; 2VIF A; 2H46 E; 1K9A A; 4GL9 E; 1BHF A; 2PNB A; 4F5B A; 1O4B A; 2C9W A; 5IBM A; 5EHR A; 1A1E A; 5CDW A; 4OHD A; 3VS7 A; 5EG3 B; 2LNW A; 4K11 A; 2QMS A; 1AYD A; 2PNA A; 2CBL A; 4E68 A; 2MRK A; 3IN8 A; 1A1C A; 1BG1 A; 2RVF A; 1MIL A; 1ZFP E; 3PS5 A; 4D8K A; 2EO3 A; 1LUM A; 1A1A A; 1QAD A; 1SHB A; 3UYO A; 1JWO A; 5EEL A; 3QWX X; 3VS2 A; 1BKM A; 1QCF A; 4NWF A; 4P9V A; 3PQZ A; 3HHM B; 1BLJ A; 3HIZ B; 1OO4 A; 1YVL A; 2LQW A; 3OB1 B; 4FL3 A; 1SPR A; 2OQ1 A; 5HKZ A; 1F2F A; 2RMX A; 3CXL A; 3US4 A; 3S8N A; 1SPS A; 1TZE E; 4JEG A; 5DC0 B; 4JGH A; 1I3Z A; 4M4Z A; 1CJ1 A; 1AB2 A; 2HMH A; 2Y1M A; 3GXX A; 3S9K A; 5HKY A; 2FO0 A; 2HUW A; 1SHD A; 1O4D A; 1H9O A; 1O46 A; 2Y3A B; 2C0I A; 2PTK A; 3VS1 A; 1BKL A; 1AYA A; 2GSB A; 2DM0 A; 3VS6 A; 1FMK A; 1A07 A; 1IJR A; 1O4E A; 3PFV A; 3S8O A; 1O49 A; 3T04 A; 2EYZ A; 3ZNI A; 1AYC A; 1BM2 A; 4ROJ A; 1F1W A; 2CIA A; 1O48 A; 5DC4 A; 3PSJ A; 1D4W A; 3KFJ A; 1O4G A; 2KK6 A; 1Y1U A; 1O43 A; 3S8L A; 1FU5 A; 1X0N A; 1O45 A; 1OPL A; 2ETZ A; 1O4L A; 3EAZ A; 1FBV A; 2C0T A; 2K7A B; 2L6K A; 2RSY A; 3IMD A; 2DX0 A; 1FU6 A; 5GJI A; 5I6V A; 2CI8 A; 1FBZ A; 3BUX B; 4X6S A; 4GWF A; 3VGO A; 1CSZ A; 1MW4 A; 3VS5 A; 2HDV A; 1FYR A; 1GHU A; 1R1S A; 1CSY A; 3IMJ A; 4DGP A; 2AOA A; 4TZI A; 2EO6 A; 3GQI B; 1R1Q A; 2IUG A; 4WWQ A; 2ECD A; 2LQN A; 2L3T A; 4H1O A; 1LCK A; 3QWY A; 5IBS A; 3VRY A; 1SKJ A; 3PSK A; 1FHS A; 4QSY A; 2AUG A; 1O4N A; 2ABL A; 1NZL A; 2SRC A; 2ROR A; 2YSX A; 2BBU A; 4U17 A; 2IUH A; 2CRH A; 2EOB A; 3N7Y A; 4U1P A; 4OHE A; 1A09 A; 1GRI A; 1X6C A; 3VRR A; 1YVH A; 1M61 A; 5AXI A; 1D4T A; 1AD5 A; 3VRO A; 1O4F A; 3BKB A; 2IUI A; 3VS3 A; 2DCR A; 1O47 A; 1P13 A; 4A4B A; 3K2M A; 3BUM B; 1BHH B; 4A4C A; 2DLY A; 1OO3 A; 3CD3 A; 1AOU F; 1HCS B; 2Y1N A; 3MXC A; 1A08 A; 3GXW A; 2MQI A; 2GE9 A;
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