3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
1WXBA 1J3TA 1NRVA 1D4TA 1O4QA 4ROJA 1ABOA 1NEBA 1LUMA 4IIMA 2L3QA 2VKNA 2FCIA 3UATA 3M0TA 1YVLA 2I0NA 2LP5A 4R0KA 1VA7A 1O4EA 1YNZA 1VYVA 1X27A 2SEMA 3M0SA 3GQIB 4E6RA 2EPDA 1O4DA 1GRIA 4GL9E 2MIOA 2GQIA 2L6KA 1JWOA 2HMHA 3TSWA 1PHTA 1LCKA 2RPNA 1AOTF 2EOBA 2HUWA 2JTEA 4GBQA 2HDAA 2IZVA 1QG1E 4IIOA 1O4PA 5AULA 2O88A 3S9KA 1TUCA 1FBVA 4J9FA 1KJWA 4A63B 2EYVA 4K2RA 1QADA 4XZ1A 1JXMA 4CC4B 4DEYA 4DGPA 4FSSA 4AG2C 2LJ3A 1K0SA 3EGUA 1YCSB 4GWFA 3TKZA 1SPKA 1LUNA 1RUWA 4LNPA 1BKMA 2JW4A 1GCQA 1AYBA 2AKLA 1W70A 1RLPC 5HCKA 2DILA 4CC3A 1SEMA 3BUOB 2DMOA 2DRKA 2A08A 2DBMA 1A1BA 1K76A 1ABQA 3PSKA 2PNIA 2DX1A 2MOXA 1BLJA 5L23A 1LUIA 2CIAA 1OPLA 1H92A 1O4IA 5D0JA 2CDTA 2EGCA 1M61A 2YUOA 4OHIA 3SHWA 2AUGA 2D1XA 1UHFA 4OHEA 4P9VA 2IUHA 2X3WD 2EYYA 3VS4A 1BHFA 2B3OA 1S1NA 2DM1A 3EACA 4GLMA 5EHPA 4J9GA 2BZXA 2LNHB 2DLYA 1K4US 4HVVA 2O9VA 1U3OA 1X69A 1NLOC 2MCNA 1H3HA 1AYAA 4Z88A 1GBRA 4JEGA 4JZ3A 1R1PA 1OO3A 3PJPA 2AK5A 3M7FA 1UGVA 3OP0A 1UJ0A 1O4BA 2B86A 2FPEA 1YWOA 2JM8A 1QWEA 2CSIA 2V1RA 1UURA 1BM2A 4NWGA 2J6OA 2IUIA 5DC9A 2KK6A 3IMJA 2LJ0A 1BMBA 1ZSGA 2EL8A 4QSYA 1X6CA 5KAZA 1KA7A 4DGXA 2D8JA 1N5ZA 2JT4A 3BUMB 1A0NB 2HDXA 1E7OA 4F59A 1CSKA 2K6DA 1TZEE 1PRLC 4F5AA 2L3TA 2AKKA 2C0IA 2OI3A 2EQIA 4E93A 1UUEA 1SRMA 2PLEA 1BBZA 1BK2A 2EYXA 4JJBA 4OMOA 2CRHA 2DCRA 2KNBB 5FWCA 2K3BA 2DL5A 2K7AB 3REAB 4ESRA 1AYDA 3VS0A 2CUBA 1CWEA 1QWFA 3VGOA 1BFIA 3M0QA 2RQRA 1QLYA 1O43A 1M27C 4RTUA 4HVWA 1E6GA 1QKWA 1T3SA 2JS2A 1RPYA 3IN7A 4OHDA 5HKYA 2ETZA 3MXCA 4U17A 2BBUA 1T0JA 1BF5A 4H1OA 1OPKA 3VRZA 1SHFA 1O41A 3NGPA 1CKBA 3BUWB 1Y1UA 5GJWB 4AFZC 1Z3KA 2J06A 2F2WA 4CC7A 2SHPA 1O4NA 3KFVA 3IQLA 1ZX6A 3I35A 1CJ1A 1AWWA 1I3ZA 4H34A 1GCQC 5HKWA 2KGTA 1G83A 1IS0A 3R6NA 2RVFA 4Y92A 2DA9A 3NMZC 2KNOA 3EG3A 1BHHB 2OQ1A 2FRYA 2KBTA 3SEMA 2RMOA 2DBKA 4JGHA 2EW3A 2DVJA 4J9EA 1WI7A 1SPSA 1SSHA 2H5KA 2A36A 5EG3B 2Y1MA 1M30A 4K44A 1E6HA 1CSYA 1M3AA 4F14A 2D8HA 1GFDA 2K79A 3CXLA 3PVQA 1O4FA 3I5SA 4JJCA 1O42A 1TG0A 2A37A 1NG2A 2RF0A 1M3CA 4AFSC 1SHDA 2AZVA 3O5ZA 1A08A 2QMSA 1B47A 3CD3A 1PRMC 1HJDA 1ZUYA 2CT3A 2PZ1A 3I5RA 2GE9A 1ZUUA 1O4KA 1AYCA 2E5KA 3VRNA 3HHMB 4Z89A 4J9HA 3T04A 4CC2A 2VIFA 1BU1A 1PNJA 2EO3A 1RJAA 1WX6A 3EHQA 3N8MA 2AOAA 1YN8A 2KYBA 4J9DA 1WXTA 3H0FA 1O4CA 2XP1A 1M3BA 4JE4A 3PVLA 1H9OA 1R1SA 2MRKA 2Y1NA 5GJVB 1NLPC 2L3SA 1XOVA 3GBQA 2HCKA 2M0YA 2KRSA 4OMLA 3VRPA 1O45A 1I1JA 4FL2A 3VRYA 4J9BA 1O4GA 4OHHA 2KR3A 5DC4A 2ESWA 2L3PA 1GHUA 1BKLA 2KYMA 1UE9A 3THKA 1XA6A 4P9ZA 3VS6A 4RUGA 4LN2A 1I07A 2DE0X 3TSZA 4WWQA 2YT6A 4LE9A 1JEGA 3VROA 2LNXA 1QKXA 3MXYA 3N7YA 3NPFA 4DEXA 1A09A 5HKZA 1BLKA 2K2MA 4OMMA 2EYZA 2JMCA 4F17A 1O4RA 2MC1A 3JV3A 1JU5A 1JQQA 1T3LA 5DC0B 1B07A 3OVEA 1MW4A 5IH2A 1WDXA 3VRRA 2LQNA 3EG2A 1WIEA 3GXWA 2W10A 5DF6A 1HD3A 4AFQC 2DL8A 1OEBA 2OZOA 3KFJA 1Z9ZA 2VVKA 2C0TA 1W1FA 2KT1A 2KRNA 1ZUKA 1OV3A 2CT4A 2MRJA 1O47A 2CSQA 2CI9A 4K45A 2MK2A 3GXXA 3K2MA 2J7IA 3REBB 2J6FA 1FU6A 3UF4A 2EO6A 2LJ1A 3CWGA 1K1ZA 1O4OA 1R1QA 5J3XA 2D0NA 3M0RA 2IUGA 4OMQA 1SRLA 1X2QA 3U23A 3BUXB 3N84A 3BKBA 1VYUA 1AZEA 1O4HA 3S8OA 1O44A 4EY0A 1V1CA 2KXDA 2LMJA 3QWXX 2GSBA 2DJQA 1WYXA 1LKKA 5EC7A 1AVZC 5EEQA 4EIHA 1UG1A 5I6VA 2BTTA 3PFVA 1A07A 2YUPA 4HCKA 2EKHA 2L4KA 1A1AA 5AXIA 2RORA 4A4BA 1SKJA 5EHRA 2EYWA 3I9QA 3OB1B 2EGEA 3IN8A 2J05A 1K9AA 3VS3A 1UECA 2CH4W 1FYRA 1SHAA 3MAZA 3FJ5A 1YVHA 2K9GA 3UA7A 2ROLA 2DNUA 2ECZA 2X3XD 1ZBJA 4J9CA 1AOJA 1YWPA 1KFZA 4RTWA 1FU5A 2J6KA 4U1PA 2GNCA 1WQUA 3CBLA 3PS5A 1PKTA 4X1VA 1KC2A 1UTIA 1RI9A 4GPLB 1BG1A 1CWDL 2PNBA 4FL3A 2JS0A 2RNAA 3PLFB 3VS1A 1PKSA 4M4ZA 2W0ZA 2DL4A 3EHRA 2C0OA 3CQTA 4NWFA 2LX7A 2JYQA 1AWOA 5GJHA 2JMAA 2GBQA 2EKXA 4HXJA 1GL5A 1BFJA 2ENMA 1NEGA 1F1WA 3EAZA 4X6SA 2RQWA 2VWFA 2RMXA 5BO4A 1AOUF 4HVUA 4J9IA 3WA4A 1CSZA 1HCTB 2NWMA 2C9WA 5FW9A 2O31A 1O4LA 2GTJA 2YDLA 1PWTA 1O46A 2KE9A 1FYNA 1BB9A 1U5SA 2AZSA 2HEQA 1NYFA 4RTZA 2F2XA 1UFFA 1JU5C 2JM9A 1JO8A 1CKAA 2BZYA 2KRMA 5I11A 4FBNA 2SRCA 2LNWA 4AG1C 1GFCA 1MILA 5IHNA 1UJYA 1KSWA 1U06A 4RTVA 1M27A 4K11A 2HSPA 1UHCA 5IHIA 1UUSA 2JXBA 3UYOA 1OO4A 4OMNA 4ORZA 1H8KA 1P13A 2EGAA 2OJ2A 3NHNA 3BUNB 1Y57A 5IXBA 1EFNA 3IMDA 2YUQA 2K79B 5IBSA 5FWBA 2CI8A 2MQIA 4QT7A 1O4AA 1X0NA 2CH4A 4OMPA 1AWXA 4JJDA 1HSQA 2QDLA 1X2KA 1WA7A 1SPRA 3OV1A 3TL0A 2DL7A 1FMKA 1X6GA 4A4CA 3TVTA 2M51A 1SHBA 1FHSA 3VRQA 3PQZA 4F5BA 2DRMA 1JYUA 4AFUC 1ARKA 2O2OA 1JYQA 1O4JA 3US4A 4KRTA 1GCPA 1RLQC 2FRWA 4EIKA 3PE0A 5IBMA 3HIZB 1QCFA 4D8DA 2YU7A 1A81A 5IXFA 1AWJA 1ZLMA 2H8HA 1G2BA 2FEIA 2H46E 3VS2A 2L2PA 2ECDA 3QWYA 2V1QA 1YP5A 3H41A 2KEAA 3PSJA 3C7IA 2RN8A 2DYBA 1AD5A 3VS5A 3M0PA 1PICA 2IIMA 3S8NA 1VYTA 1A1CA 2DL3A 1F2FA 2P4RA 2LCSA 2AOBA 1TUDA 1LCJA 2HDVA 1FBZA 2CUDA 1I0CA 3C0CA 3EG1A 3RNJA 1Z9QA 4RTXA 1Y0MA 3ULRB 2ED1A 2PLDA 2CS0A 2PNAA 2NUZA 5EELA 1OOTA 2LZ6B 4E68A 1NZLA 1B3QA 1MV0B 1MUZA 1LUKA 4L1BB 2K7AA 1X43A 3UA6A 1IO6A 1KIKA 4D8KA 1JYRA 5GJIA 2DM0A 1LKLA 3VS7A 1ZFPE 2RQUA 3HCKA 1AB2A 1UDLA 2LCTA 2XMFA 1X6BA 2OAWA 4JZ4A 2LQWA 1M8MA 2L0AA 2RQVA 1A1EA 1NZVA 2HBWA 1WXUA 2CR4A 4OHLA 2PTKA 2DF6A 1GBQA 1W6XA 2CREA 2ROTA 4RTTA 2KXCA 1JXOA 2KROA 2ED0A 3H0HA 2FG0A 3EG0A 1WLPB 1O48A 1MV3A 2ABLA 1TCEA 2EBPA 1AEYA 2DLZA 5IHKA 3M0UA 2FPDA 1D1ZA 2GTOA 2RSYA 2F2VA 2O9SA 2YSQA 1O49A 4JPBW 1KA6A 3LH5A 1BHHA 5CDWA 4F16A 1IJRA 2A28A 4LUEA 5ECAA 3ZNIA 1O4MA 2EVRA 4RTYA 2DX0A 2FO0A 3A98A 2YSXA 4XZ0A 2G6FX 1SHGA 2KT8A 2BZ8A 2EU0A 2FPFA 4TZIA 3H0IA 1AZGB 2GGRA 1K0XA 5I22A 4ZNXA 4Z8AA 1RQQC 2DLPA 1HCSB 3ZL7C 1WFWA 3RBBB 3OB2B 1NYGA 4LUDA 1D4WA 1NM7A 2Y3AB 4WCIA 2RQTA 2YUNA 1T0HA 3S8LA 2CBLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VOMA 2LCCA 2LCLA 1J3TA 1NRVA 2DKGA 3M0TA 2I0NA 1G5VA 1O4EA 1YNZA 3HL8A 1NE8A 1X27A 4ATOA 3GQIB 1D0XA 4ANJA 1YHQQ 3HRUA 2HMHA 4E7IA 1W2BS 2RPNA 2JTEA 3G6EA 4KUDK 4XZ1A 1JXMA 4CC4B 2LJ3A 1K0SA 1SPKA 1RUWA 3OS2A 4LNPA 2JW4A 2HBPA 1KQSP 1RLPC 2DILA 4HCZA 3CCMT 4LD6A 5GMKe 2O4XB 1SKUB 2DRKA 2YLBA 5CAIA 1ABQA 4RG8A 3PSKA 3PT9A 4RCBA 1BLJA 3BFMA 5L23A 3MP6A 2CIAA 1OPLA 1B7TA 2CDTA 5GANh 3A8HB 2H3EB 4FYVB 2YUOA 4NS5A 3VJPA 4ZGDB 3RERA 2EYYA 1BKBA 6AT1B 1M1KR 3EACA 1TUGB 4J9GA 1U8RA 4E2FB 1K4US 3RMQA 1H3HA 3EGDA 4BI3A 2DXTA 1R1PA 3ASKA 3PJPA 3M7FA 3OP0A 1M90R 1O4BA 1WHMA 2JM8A 2PU9B 2V1RA 9ATCB 1NJIR 2NUTB 1RAAB 2R5AA 4XU1A 2E6NA 1VQ4A 2OTLT 3HSBA 1RACB 2KK6A 3IMJA 1ZSGA 5HK0A 2XKOC 2EL8A 1KA7A 1VQKA 3N5BB 1N5ZA 2LQ8A 1VQLT 5D6XA 1VQPT 2L5QA 3OBWA 4EDUA 1TZEE 1PRLC 1LPLA 4E7KA 2OI3A 1RAIB 1SRMA 1MMAA 4C92E 2EYXA 1JB0E 1KQSS 2DO3A 2E10A 1JBMA 4JJNK 1CWEA 1QVPA 3VGOA 4NL3A 1QVFA 1Q86R 1P92A 4M75C 2F69A 1PG5B 3LWIA 1FMVA 2EJFA 2PVDB 1T3SA 2VV5A 5HKYA 1YITT 5GANe 1K8AR 4M78D 1BI0A 1QP2A 4M78G 3NGPA 4ZN3A 1O41A 3BUWB 4AFZC 3QZ9B 1Z3KA 2J06A 5CKFA 2SHPA 1JJ2P 3O8VA 2E1HA 4ZTJA 2LRQA 3I35A 5GAOl 2E64A 2KGTA 2MYSA 1S72A 2RVFA 4Y92A 2DA9A 1R0BG 2RI5A 3EG3A 2E3IA 3I55Q 2FRYA 3OW2P 3CC2Q 4XTYA 2RMOA 5GAOm 2LDMA 1FXXA 1WI7A 4PJOE 1SSHA 2K4YA 1M30A 2Y90A 4UC4A 4E7SA 5GANg 3OYDA 1IREB 1GFDA 3CXLA 1OZ3A 2CYZB 2QDYB 3OYMA 2M16A 4AFSC 1M3CA 1SHDA 1BI2A 1VQ8A 1A08A 4E7LA 1B47A 1ZUYA 1ZUUA 1AYCA 2KSSA 2D0QB 4Z89A 1YIJQ 4ZTFA 4J9HA 3M57A 2EKOA 1PNJA 1RJAA 4KGXB 4OB1B 3G4SA 2RHXA 1YN8A 4J9DA 3H0FA 2VGNA 4JE4A 4JGHA 1R1SA 1ACMB 2KRSA 1KG1A 1O45A 3GNFB 3OY9A 3CC4A 3VS6A 2XI9A 4LN2A 2ZPBB 4KUIA 4LE9A 3ZFJA 1PC0A 3JAME 1BCMA 1JJ2S 3NPFA 4DEXA 1A09A 3PTAA 2K2MA 4BI4A 2EYZA 2JMCA 4A4HA 4F17A 1O4RA 3JV3A 1JU5A 1OI1A 1B07A 3NTKA 3VRRA 2PVGB 4PJLA 3OW2S 3GXWA 2W10A 4AFQC 1OEBA 3GP8A 4AT1B 3PNWC 1KC8R 2DEQA 2VVKA 5GAMf 1WQ7A 1W1FA 2QQBA 3OBYA 4KBMB 5CKDA 2MK2A 3GXXA 3CCST 2J7IA 1O9SA 3UF4A 3CCMA 4EMKB 2IUGA 1PSFA 2FB7A 4XTUA 4PKCC 3S8OA 1V1CA 2RI3A 3A8LB 1YJWT 1VQ5Q 5EEQA 5I6VA 4C92F 1UG1A 2BTTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WXB A;  1J3T A;  1NRV A;  1D4T A;  1O4Q A;  4ROJ A;  1ABO A;  1NEB A;  1LUM A;  4IIM A;  2L3Q A;  2VKN A;  2FCI A;  3UAT A;  3M0T A;  1YVL A;  2I0N A;  2LP5 A;  4R0K A;  1VA7 A;  1O4E A;  1YNZ A;  1VYV A;  1X27 A;  2SEM A;  3M0S A;  3GQI B;  4E6R A;  2EPD A;  1O4D A;  1GRI A;  4GL9 E;  2MIO A;  2GQI A;  2L6K A;  1JWO A;  2HMH A;  3TSW A;  1PHT A;  1LCK A;  2RPN A;  1AOT F;  2EOB A;  2HUW A;  2JTE A;  4GBQ A;  2HDA A;  2IZV A;  1QG1 E;  4IIO A;  1O4P A;  5AUL A;  2O88 A;  3S9K A;  1TUC A;  1FBV A;  4J9F A;  1KJW A;  4A63 B;  2EYV A;  4K2R A;  1QAD A;  4XZ1 A;  1JXM A;  4CC4 B;  4DEY A;  4DGP A;  4FSS A;  4AG2 C;  2LJ3 A;  1K0S A;  3EGU A;  1YCS B;  4GWF A;  3TKZ A;  1SPK A;  1LUN A;  1RUW A;  4LNP A;  1BKM A;  2JW4 A;  1GCQ A;  1AYB A;  2AKL A;  1W70 A;  1RLP C;  5HCK A;  2DIL A;  4CC3 A;  1SEM A;  3BUO B;  2DMO A;  2DRK A;  2A08 A;  2DBM A;  1A1B A;  1K76 A;  1ABQ A;  3PSK A;  2PNI A;  2DX1 A;  2MOX A;  1BLJ A;  5L23 A;  1LUI A;  2CIA A;  1OPL A;  1H92 A;  1O4I A;  5D0J A;  2CDT A;  2EGC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1WXB A;  1J3T A;  1NRV A;  1D4T A;  1O4Q A;  4ROJ A;  1ABO A;  1NEB A;  1LUM A;  4IIM A;  2L3Q A;  2VKN A;  2FCI A;  3UAT A;  3M0T A;  1YVL A;  2I0N A;  2LP5 A;  4R0K A;  1VA7 A;  1O4E A;  1YNZ A;  1VYV A;  1X27 A;  2SEM A;  3M0S A;  3GQI B;  4E6R A;  2EPD A;  1O4D A;  1GRI A;  4GL9 E;  2MIO A;  2GQI A;  2L6K A;  1JWO A;  2HMH A;  3TSW A;  1PHT A;  1LCK A;  2RPN A;  1AOT F;  2EOB A;  2HUW A;  2JTE A;  4GBQ A;  2HDA A;  2IZV A;  1QG1 E;  4IIO A;  1O4P A;  5AUL A;  2O88 A;  3S9K A;  1TUC A;  1FBV A;  4J9F A;  1KJW A;  4A63 B;  2EYV A;  4K2R A;  1QAD A;  4XZ1 A;  1JXM A;  4CC4 B;  4DEY A;  4DGP A;  4FSS A;  4AG2 C;  2LJ3 A;  1K0S A;  3EGU A;  1YCS B;  4GWF A;  3TKZ A;  1SPK A;  1LUN A;  1RUW A;  4LNP A;  1BKM A;  2JW4 A;  1GCQ A;  1AYB A;  2AKL A;  1W70 A;  1RLP C;  5HCK A;  2DIL A;  4CC3 A;  1SEM A;  3BUO B;  2DMO A;  2DRK A;  2A08 A;  2DBM A;  1A1B A;  1K76 A;  1ABQ A;  3PSK A;  2PNI A;  2DX1 A;  2MOX A;  1BLJ A;  5L23 A;  1LUI A;  2CIA A;  1OPL A;  1H92 A;  1O4I A;  5D0J A;  2CDT A;  2EGC A; 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